微卫星不稳定性与疾病关系的研究

微卫星序列是指广泛分布于染色体基因组中具高度多态性的简单串联重复序列,重复单位仅为2～6个核苷酸,重复次数可达10～50次.真核细胞最常见的微卫星序列是(CA)n,约有5×104～7×105(CA)n重复散在于整个基因组.微卫星序列的重复单位可以是完全相同、可以是具有间隔的重复单位或部分完全相同、部分具有间隔的重复单位,微卫星不稳定性是指重复单位的数目出现增加或减少,这种不稳定性反映在人类多种疾病中.     

微卫星(microsatellite,MS)

微卫星(microsatellite,Ms)是指DNA基因组中小于10个核苷酸的简单重复序列,又称短串联重复(short tandem repeat,sm),是一种普遍存在于人类基因组的重复序列,一般为2～6个碱基重复,如(CA)n、(GT)n、(CAG)n等,尤以(CA)n重复序列最为常见。     

微卫星不稳定性分析中的相关问题

1 微卫星及其不稳定性的概念和意义 微卫星(microsatellite,MS),是指DNA基因组中小于10个核苷酸的简单重复序列,又称短串联重复(short tandem repeat,STR),是一种遍布于人类基因组的重复序列,一般为2～6个碱基重复,如(CA)n、(GT)n、(CAG)n等,尤以(CA)n重复序列最为常见.     

短串联重复序列的研究进展

短串联重复序列 (short tandem repeat,简称 STR) ,也称微卫星 DNA(microsatellite) ,是一类广泛存于真核生物基因组中的 DNA串联重复序列 ,其核心序列为 2 - 6 bp[2 ] ,多存在于非翻译区及内含子中 ,重复次数通常在 15～ 30次。其中以(CA) n、(GT) n、(CAG) n为核心序列的 STR在基因组中分布最为广泛 ,一般每个微卫星位点有十几个等位片断 ,具有高度多态性[2 ] ,其高度多态性主要源于核心序列重复次数的个体间差异 ,这种差异在基因传递的过程中一般遵循孟德尔共显性遗传规律 [2 ] 。 STR作为一个重要的遗传标记 ,通过 PCR的方法 …     

肺癌中的微卫星异常现象及其临床意义

近年研究表明 ,微卫星不稳定性和杂合性缺失与肺癌的发生、发展密切相关 ,是肺癌发生、发展的又一可能机制 ,微卫星异常的检测也有助于肺癌的早期诊断。1　微卫星DNA概述1.1　微卫星DNA的概念及特点　微卫星DNA(microsatelliteDNA)又称短串联重复序列 (shorttandemrepeats,STRs)、简单重复顺序 (simplesequencesrepeats ,SSRs) ,是广泛分布于原核、真核生物基因组中的短小串联重复的DNA序列 ,这类DNA序列没有编码功能 ,占人类基因组的 5 %～ 10 % ,一般由 2～ 6个核苷酸组成的重复单元串联排列而成 ,如 (CA)n、(TG)n、(CAG)n、…     

散发性结直肠癌与微卫星不稳定性的关系

结直肠癌 (colorectalcancer,CRC)是消化系统常见的恶性肿瘤之一 ,其发生发展涉及到一系列遗传学改变 ,近来研究发现 :由错配修复 (mismatchrepair ,MMR)基因突变引起的微卫星不稳定性 (microsatelliteinstability ,MSI)是散发性结直肠癌发生的重要机制。1　肿瘤微卫星不稳定性微卫星 (microsatellite ,MS)是指基因组中小于 10个核苷酸的简单重复序列 ,以两个核苷酸组成的 (CA) n 重复序列最为丰富 ,重复次数为 10～ 5 0次 ,主要包括在基因的非编码区 ,其序列短 ,多数小于 2 0 0bp ,但有的长且序列独特 ,易于体外经PCR扩增 ,其重复单…     

用微卫星DNA多态性进行血友病甲基因诊断的研究

目的 :研究FⅧ基因 13内含子 (CA)n重复序列 (CA 13)、2 2内含子 (CA)n重复序列 (CA 2 2 )及基因旁微卫星DNADXS15位点的多态性在血友病甲基因诊断中的应用价值。方法 :用聚合酶链反应 (PCR)和聚丙烯酰胺凝胶电泳(测序胶 )的方法 ,检测了三个血友病甲家系共 12名成员X染色体CA 13、CA 2 2、DXS15的长度变化 ,并进行连锁分析结果 :三个家系均得到诊断 ,并检出一名携带者。结论 :用微卫星多态性进行血友病甲基因诊断 ,方法简便可行 ,有望成为血友病甲基因诊断的新方法     

河北汉族人群D16S310基因座的遗传多态性研究

短串联重复序列 (ｓｈｏｒｔｔａｎｄｅｍｒｅｐｅａｔ,ＳＴＲ)属微卫星ＤＮＡ序列 ,重复单位 2 7ｂｐ。ＳＴＲ位点在人类基因组中含量丰富 ,它不仅是绘制基因组物理图谱和遗传连锁分析的理想标记 ,也是法医遗传高信息基因座的丰富来源。Ｄ16Ｓ310短串联重复序列在人类自然群体的基因频率分布尚不清楚 ,为了解大陆人群Ｄ16Ｓ310基因座的遗传多态性 ,作者采用聚合酶链反应 (ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅｃｈａｉｎｒｅａｃｔｉｏｎ ,ＰＣＲ)技术和聚丙烯酰胺凝胶电泳技术 ,并结合银染的方法 ,对中国河北省 2 0 9名汉族无关个体进行了调查 ,首次获得…     

血友病A家系因子Ⅷ基因内含子重复序列多态性的检测及分析

目的探索一种更简便和更特异的方法，用于血友病A的基因诊断及其家系遗传咨询。方法提取两个血友病A家系中成员外周血DNA，进行因子Ⅷ基因中内含子13（CA）n、内含子22（GT）n和（AG）n二核苷酸重复序列多态性分析。结果通过对内含子13和内含子22的两个STR位点的检测，两个家系均检出携带者。结论凝血因子Ⅷ基因中内含子重复序列是血友病A高多态性遗传标志之一，用于血友病A家系分析有较大的实用价值。     

肿瘤中微卫星不稳定的发生机制及研究意义

微卫星（microsatellite，MS）是由1～6个核苷酸组成单元串联重复排列而成的DNA序列，故又称短串联重复序列（short tandem repeats，STRs）、简单重复顺序（simple sequences repeats，SSRs）。MS广泛分布于原核和真核生物基因组中，在人类基因组DNA序列中，平均约隔6kb便含有一个MS，约占人基因组的10％，多位于基因之间的间隔区域及内含子、启动子中，也有一些基因的外显子中含有MS。由于MS呈高度多态且按孟德尔共显性方式稳定遗传，自发性突变率很低（10^-5～10^-4），序列一般较短，易于扩增，所以在连锁分析、人类进化研究、个体识别、亲子鉴定、基因定位作图等方面得到了广泛的应用。     

广东汉族人基因组D17S5位点遗传多态性

本介绍用二步法PCR检测广东汉族人基因组D17S5 VNTR(数量可变的串联重复序列)遗传多态性的结果。共发现有12个等位基因。这些等位基因片段的大小在100bp至870bp之间(每一重复单位为70bp)，等位基因的频率分布在0．00．5至0．19之间。统计学分析证明D17S5各等位基因频率在本组人群的分布符合哈-温氏平衡     

广东汉族人基因组D17S5位点遗传多态性

本文介绍用二步法PCR检测广东汉族人基因组D17s5 VNTR(数量可变的串联重复序列)遗传多态性的结果。共发现有12个等位基因。这些等位基因片段的大小在100bP至870bP之间(每一重复单位为70bP),等位基因的频率分布在0.005至0.19之间。统计学分析证明D17S5各等位基因频率在本组人群的分布符合哈-温氏平衡(X~2=74.63,df=6.6,P>0.05),并遵循盂德尔遗传规律。这一遗传多态性系统的杂合     

3例无家族史Duchenne肌营养不良患者的基因突变研究

目的探讨3例无Duchenne肌营养不良(DMD)家族史DMD患者的发病原因。方法采用17对引物检测dystro-phin基因外显子的缺失,结合45CA、49CA、50CA、3′CA和5′CA这5个短串联重复序列(STR)多态位点,对3个无DMD家族史而只有1例明确患者的家系进行连锁分析。结果 STR连锁分析显示3例患者的49CA位点dystrophin基因缺失,但其母亲49CA位点均为杂合子。结论 3个家系中的3位母亲均不是致病基因的携带者,DMD是由于患者自身发生基因突变所致。     

鼻咽癌患者IL-8和IFN-γ基因多态性的研究

目的 研究IL-8和IFN-γ基因多态性在鼻咽癌(NPC)患者中的频率分布,并分析其与NPC的相关性.方法 应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性技术(PCR-RFLP)分析105例NPC患者和109例健康对照者IL-8基因-251(A/T)位点的基因多态性;应用聚合酶链反应、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染技术检测两组人群中IFN-γ CA短串联重复序列多态性.分析两位点多态性与NPC的关系.结果 NPC组IL-8 -251(A/T)位点基因型、等位基因频率与对照组相比差异无统计学意义(P＞0.05);NPC组IFN-γ(CA)n 13等位基因频率低于对照组,差异具有统计学意义(χ2=5.878,P=0.015),其基因型(CA)13 /(CA)13 、(CA)13 /(CA)13-和(CA)13-/(CA)13-在两组人群中的分布也有差异(χ2=15.181,P=0.001). 结论在研究人群中未发现IL-8 -251(A/T)位点多态性与NPC相关;IFN-γ(CA)n 13等位基因与NPC具有相关性,提示IFN-γ重复序列基因多态性可能在决定鼻咽癌遗传易感性方面有一定意义.     

中缅树鼩微卫星分子标记的筛选

目的筛选中缅树鼩微卫星分子标记,逐步填补中缅树鼩特异性遗传标记的空白。方法建立中缅树鼩基因小片段插入文库,利用5’端地高辛标记的(CA)15探针从约1500个菌落中选出36个阳性克隆。对这些克隆进行测序,发现其中15个含有重复序列,其中1个为重复克隆,1个因两端序列太短而不能设计引物。结果用Primer3软件设计13对引物。PCR结果,13对均有条带。退火温度分布在44～52℃之间。阳性克隆率为2.4%,微卫星克隆率为1%。结论利用地高辛标记探针筛选树鼩微卫星分子标记所得的微卫星克隆率,可达到传统放射性核素标记探针同等的效果,并可避免放射性危害。树鼩微卫星分子标记的筛选将为下一步进行基因组结构的分析、树鼩遗传连锁图谱的构建、分子进化和标记辅助选择等提供大量的微卫星标记。     

杜氏盐藻2种碳酸酐酶基因5'上游的克隆与序列分析

目的：克隆盐藻2种碳酸酐酶基因(DCA1、CA1)5’上游区序列，并对其进行测序和序列分析。方法：利用Dra Ⅰ、EcoR Ⅴ、PvuⅡ和StuⅠ4种平端限制内切酶分别酶切盐藻基因组DNA，并与衔接头连接，构建成盐藻步行基因组文库GWL1、GWL2、GWL3和GWL4；巢式PCR方法从盐藻步行基因组文库中扩增DCA1和CA1基因5’上游区序列，双脱氧末端终止法测序。结果：DCA1基因，在GWL1、GWL3中分别扩增出约1．3kb和4、5kb的特异带，而CA1基因，则在GW12、GWL4中分别扩增出1．7kb和2．5kb的特异带；序列分析结果表明，所得序列的3’端与已知DCA1、CA1基因cDNA5’端序列完全一致。该2序列均有多个与转录调控有关的保守序列(如TATA—box、CAAT—box)和富含GT的重复序列等许多相似之处。结论：采用基因组步行方法从已知cDNA周围未知启动子或其他调控区域中克隆得到的DCA1、CA1基因的5’上游区序列，可能是2种新的杜氏盐藻碳酸酐酶基因的启动子区序列。     

膀胱移行细胞癌基因组(CA)n重复序列不稳定性的研究

目的 探讨膀胱移行细胞部基因组（CA）n重复序列不稳定性与肿瘤生物学特性的相关性。方法 26例膀胱移行细胞癌肿瘤基因组DNA，Inter-SSR PCR扩增，聚丙烯酰胺凝胶电泳。结果 PCR扩增产物约20多种，片段大小为104－1200bp，带型的差异主要是增加或减少，染色增强或减弱，不稳定系数与肿瘤的分级呈正相关。结论 膀胱移行细胞部基因组中平均有12．8％（的（CA）n重复序列DNA片段与正常组织基因组有差异，肿瘤分级越高差异越大。     

两例TPOX基因座3个等位基因的亲子鉴定案件分析

<正>短串联重复序列(short tandem repeats, STR)广泛存在于人类基因组中,核心序列一般由2～6个碱基构成,其核心序列串联重复排列的数目变化构成序列长度差异,具有高度多态性。短串联重复序列作为一种遗传标记能在群体中稳定遗传,且遗传遵循孟德尔遗传定律。随着DNA测序技术的迅速发展,近年来多种由STR遗传标记组成系统的商品化试剂盒获得认可,STR自动分型技术得以普及。因其具有高度多态性、稳定的遗传性和可重复性、自动化程度高、     

复合扩增D3S1358等9个STR位点在亲子鉴定中的应用

人类基因组中约有 5 0万个短串联重复序列位点 (ｓｈｏｒｔｔａｎｄｅｍｒｅｐｅａｔ,ＳＴＲ) ,其核心序列一般为 2～ 6ｂｐ ,片段长度为 10 0～ 5 0 0ｂｐ ,由于核心单位重复数目的变化 ,构成ＳＴＲ位点的高度多态性。目前 ,国内外普遍采用复合扩增ＳＴＲ位点进行基因分型来判定亲子关系 ,由于其具有一次检测的遗传信息量大以及准确、高效、简便等优越性 ,取代了过去传统的ＨＬＡ和酶型检测等方法。本实验室引进ＡＢＩ 310基因分析仪 ,应用复合扩增及四色荧光自动分析技术 ,获得了宁波地区汉族人群的Ｄ3Ｓ135 8等 9个ＳＴＲ位点的遗传多态…     

绝经后女性雌激素受体β基因多态性与骨密度的关系

目的 探讨绝经后女性雌激素受体β基因(estrogen receptor β,ESR2)CA重复序列多态性及G1082A多态性与骨密度的关系.方法 随机数字表法抽取重庆地区绝经后女性200例,采用基因扫描及DNA测序技术分析ESR2基因CA重复序列多态性,采用多聚酶链反应-限制性片段长度多态性法分析ESR2基因G1082A多态性,使用双能X线骨密度仪测量股骨近端及腰椎骨密度.结果 以CA重复序列平均数22次为界,将重复序列基因分为短基因(<22)和长基因(≥22),分别以S和L表示.200名绝经后女性中CA重复序列基因型SS、SL及LL的频率分别为25.0%、4600%及29.0%;G1082A基因型rr、Rr及RR的频率分别为43.0%、42.0%及15.0%;基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05).在校正年龄、绝经年限、身高、体质量和体质指数后,CA重复序列SS基因型者股骨颈骨密度较SL或LL基因型者高(P<0.01),其余部位(大转子、Wards三角和腰椎)各基因型骨密度无统计学差异(P>0.05);G1082A位点各基因型股骨颈、大转子、Wards三角及腰椎骨密度无统计学差异(P>0.05);这2个ESR2基因的多态性位点非连锁不平衡(P>0.05).结论 绝经女性中,ESR2基因第5内含子的CA重复序列多态性可能对骨密度的遗传调节起作用,而ESR2基因第5外显子的G1082A多态性可能对骨密度无明显影响.