无创DNA产前筛查质量管理样本的制备与评价

目的:建立无创DNA产前筛查(noninvasive prenatal screening, NIPS)质量管理样本的制备方法,并对制备的样本进行质量及稳定性评价。方法:基于孕妇血浆中胎儿游离DNA的特点,将核型为21号染色体三体、18号染色体三体和13号染色体三体的片段化基因组DNA分别与背景血浆混合制备出人工模拟样...     

石蜡包埋组织DNA的提取

多年存档的常规福尔马林固定石蜡包埋的病理标本,可用聚合酶链反应(PCR)技术进行回顾性研究或检测,但模板DNA的质量直接影响PCR的效果。本文以扩增c-Ki     

无创DNA产前筛查质量管理样本的制备与评价CSCD

目的建立无创DNA产前筛查(noninvasive prenatal screening,NIPS)质量管理样本的制备方法,并对制备的样本进行质量及稳定性评价。方法基于孕妇血浆中胎儿游离DNA的特点,将核型为21号染色体三体、18号染色体三体和13号染色体三体的片段化基因组DNA分别与背景血浆混合制备出人工模拟样本,与商品化质控品进行对比,并在不同的检测平台进行检测,再分别在-80℃、-20℃、4℃、24℃和37℃条件下保存。结果人工模拟样本结果与预期相符,可以在不同平台进行检测,可在-80℃和-20℃条件下保存至少30天。结论成功制备了人工模拟样本,并证实该样本具有良好的稳定性,可以考虑将其作为NIPS的质量管理样本。     

建立科研使用FFPE肿瘤组织库的几点建议

福尔马林固定石蜡包埋( formalin fixed paraffn embed-ded, FFPE)是病理科普遍采用的组织处理和保存方法。组织标本经取材、固定、脱水、透明、浸蜡以及包埋等程序处理之后,可长时间保存[1]。《临床技术操作规范—病理学分册》(以下简称《操作规范》)要求, FFPE 组织需保存15年[2]。该操作由于流程简单,易于掌握,可以实现高度自动化处理,且代价低廉,适合大多数医院病理科开展。目前, FFPE组织已广泛应用于病理科的常规病理工作中。     

石蜡包埋组织基因组DNA提取的条件优化

DNA提取是分子生物学研究的基础工作.在进行回顾性实验研究时,病理科保存的大量石蜡包埋组织(paraffin-embedded tissues, PETs)系分子生物学研究材料的可靠来源,但从福尔马林固定的PETs中提取高质量的DNA仍存在一定难度.PETs在制作过程中受到多种理化因素影响,造成DNA降解严重,使得PCR扩增结果不稳定.如何避免DNA分子损失,保持DNA相对完整和纯度是亟待解决的难题.本研究通过比较不同脱蜡方法和抽提方法所得DNA的质量,旨在找到一种安全有效的PETs中提取DNA的方法.     

全自动核酸提取仪与手动提取组织DNA的效率比较

正近年,随着众多与疾病诊断、预后及治疗相关的分子标志物的出现,以石蜡组织DNA为材料进行分子水平的基因检测及筛查已成为临床诊断及相关研究的常规手段。对于各种基因分析而言,重要的是能够获得足够纯度和数量的DNA~([1])。DNA提取是分子生物学研究的一项基础技术,其提取的质量好坏及数量的多少直接影响到分子生物学实验的开展~([2])。目前病理科所使用的DNA大部分为人工提取,     

四种石蜡包埋组织DNA提取方法的比较

背景:由于在甲醛固定石蜡包埋组织的制作及保存过程中对DNA造成的损害,影响了后续的聚合酶链反应等研究。选择一种简便有效且经济实用的石蜡包埋组织DNA提取方法成为研究者们关注和亟待解决的问题。目的:比较甲醛固定石蜡包埋组织中4种提取DNA的方法对DNA质量的影响,探讨一种操作简便、污染少、经济实用的石蜡包埋组织中提取DNA的方法。方法:取手术切除的普通甲醛固定石蜡包埋的非小细胞肺癌组织标本20例,分别以二甲苯脱蜡-酚氯仿法、改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法、试剂盒法和改良TES水浴脱蜡-试剂盒抽提DNA法提取其DNA,然后进行电泳分析、紫外分光光度计测定A260/A280比值及PCR扩增。结果与结论:改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法和改良TES水浴脱蜡-试剂盒抽提DNA法可获得较大的DNA片段,且两种方法与试剂盒法所提取DNA的A260/A280值相比较,均有显著性意义(P0.05),4种方法的提取效率差异无显著性意义(P0.1),以改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法所得DNA为模板,扩增的目的条带亮度与阳性对照相当。结果证实改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法简便有效,所用试剂价格低廉,是一种经济实用的石蜡包埋组织DNA提取方法。     

不同组织中DNA提取及其影响因素分析

根据医疗科研的需要,我们分别从人全血、新鲜组织及ＯＣＴ包埋冰冻组织中提取ＤＮＡ,提取的方法各有不同,特别是我们自己摸索了一套提取ＯＣＴ包埋冰冻组织ＤＮＡ的方法。在实验过程中,分别总结了各方法的影响因素,供实验工作者应用时参考。１材料与方法１１材料来...     

多中心间的协同性决定队列生物样本的一致性

<正>作为转化医学、个体化医学和精准医学研究领域必不可少的宝贵资源,生物样本的价值在于其本身既有疾病相关个体特异的临床信息,又可以通过一系列生物技术手段获得实验室的实验信息。比如对肿瘤的遗传基因分型以及高风险的遗传标志(基因型体质、风险家族史等)多方位的分析,再结合相应患者的临床表现(基因型与表现型的符合性与特异性)和生活习惯(如环境暴露相关的致病风险因子)等信息可以对疾病发生的相关性做更加全面、可靠的分析,其结果     

石蜡包埋软骨组织中DNA提取方法的改良

<正>随着基因遗传学的发展,DNA检测技术也日臻完善,而对某些特定疾病的基因分析能为探究疾病的发病机制以及遗传概况提供可靠的方法学依据。各大医院的病理科均存留着大量的组织蜡块,从这些石蜡标本中提取DNA可以在短时间内获得足够的目标疾病DNA。目前已有多位学者对从石蜡     

探讨两种石蜡包埋组织DNA提取方法

正随着精准医学和个体化医学的快速发展,人们对分子检测的研究越来越广泛、越来越深入;寻找疾病的遗传学发病因素,对不同患者实施适于其病情的治疗及使用不同剂量的药物逐渐成为医学发展的方向[1,2]。新鲜组织、石蜡包埋组织、外周血、胸腹水等样本中核酸的提取,是分子生物学的基本要求。由于患者病程及身体状况等原因,很多情况下短期内获取人体新鲜组织、胸腹水等标本较困难,而甲醛固定石蜡包埋组织(formalin-fixed paraffin-embeded tissue,FFPET)     

QIAamp及Biomed粪便细菌基因组DNA提取试剂盒提取人肠道细菌基因组DNA质量的差异*

背景：有研究表明,不同试剂盒提取的粪便细菌基因组DNA质量有差别,选择一种操作简便、质量优良的粪便细菌基因组DNA提取试剂盒成为研究者们关注和急需解决的问题。 目的：比较QIAamp及Biomed粪便细菌基因组DNA提取试剂盒提取的人肠道细菌基因组DNA质量的差异。 方法：收集健康成年人新鲜粪便标本30例,用两种试剂盒分别提取细菌基因组DNA,检测其浓度、吸光度A260/280 nm值及提取率,设计乳酸菌属16S rDNA基因特异性引物,以各自所提DNA为模板,进行常规聚合酶链反应,凝胶电泳后比较条带数量、明暗度及密度,并进行实时荧光定量聚合酶链反应定量检测各自所含乳酸菌属的数量。 结果与结论：QIAamp试剂盒提取的正常人肠道细菌基因组DNA的浓度、提取率、表达量及乳酸菌属的数量均高于Biomed试剂盒(P < 0.05或P < 0.01)。说明QIAamp试剂盒提取的粪便细菌基因组DNA质量优于Biomed试剂盒。     

组织切片标本的质量评价

组织学是一门实践性很强的医学基础课,实验教学在整个教学过程中占有极其重要的地位,而学生观察组织切片标本无疑是实验教学中的关键环节.但目前实验教学中所用的组织切片标本有各院校自已制作的,也有从市场上购买的,而对组织切片的质量检验迄今尚没有一个客观的评分标准,致使组织切片标本的质量令人担忧.     

石蜡包埋组织提取DNA不同条件下的PCR扩增

背景：在甲醛固定石蜡包埋组织的制作及保存过程中会对DNA造成损害,提取的DNA在用于PCR扩增时部分结果并不理想。 目的：比较分析石蜡包埋组织中提取DNA应用于PCR反应的影响因素。 方法：从10.0 μm×2、10.0 μm×4和10.0 μm×5石蜡包埋食管癌组织切片中提取DNA,以0.05,0.1,0.2 μg模板DNA量扩增内参基因β-actin,PCR反应循环次数分别为35,40,45次,分析影响PCR反应的因素。 结果与结论：琼脂糖凝胶电泳结果显示以10.0 μm×2组织切片量,PCR反应循环次数40次,PCR反应模板DNA量      0.05 μg扩增取得的目的基因DNA的质量最高。说明减少石蜡包埋组织用量和减少模板DNA量有助于获得高质量的PCR反应条带,且PCR反应循环次数应大于40次,小于45次,再增加循环次数,则意义不大。 关键词：石蜡包埋组织;提取DNA;PCR反应;循环次数;模板DNA doi:10.3969/j.issn.1673-8225.2012.11.017     

死胎多脏器组织中HBV DNA表达分析

近年来国内外研究证实,乙型肝炎病毒(HBV)产妇传播是导致新生儿发育不良和死亡的重要因素,也是形成人群中众多慢性无症状携带者(CsC)的重要原因。为了解HBV通过产妇传播(MFT)而引起胎儿多脏器组织感染的情况,我们进行了如下探讨。     

从组织切片中提取单个细胞DNA进行PCR的方法

从组织切片中提取单个细胞ＤＮＡ进行ＰＣＲ的方法邓飞吕广能李甘地刘卫平聚合酶链反应（ＰＣＲ）敏感性极高，微量的ＤＮＡ污染也会导致假阳性的出现，所以对其模板ＤＮＡ纯度要求很高。而何杰金病侵犯的淋巴结中，肿瘤性成分ＨｏｄｇＫｉｎ细胞和Ｒｅｅｄ－Ｓｔｅｒｎｂ...     

一种从石蜡包埋组织中快速提取DNA的方法

目的建立从甲醛固定石蜡包埋组织中高效、快速提取基因组DNA的方法。方法将一片10μm厚石蜡包埋大肠癌组织切片直接浸入150μl消化液中,56℃孵育0.5h、1h和2h,灭活蛋白酶K后离心取上清即为DNA提取物。琼脂糖凝胶电泳检测所提取DNA的片段分布,紫外分光光度法测定DNA的产量及纯度。以提取的DNA为模板,PCR扩增不同长度产物片段并进行产物的直接测序以评价提取方法。结果该提取方法能够获得较长片段的基因组DNA,从一片10μm厚石蜡切片中即可获得大约60μg的DNA,在0.5h消化条件下获取的模板DNA,即可实现对152bp、293bp、392bp和541bp等4种不同片段的100%扩增,1h消化组的PCR产物可直接用于DNA测序。结论建立了一种简单、快速地从甲醛固定石蜡包埋组织中提取DNA的方法,只需一步消化即可获得满足普通PCR及测序需要的基因组DNA。     

石蜡包埋胃癌组织中DNA四种提取方法的探讨

目的探讨提取石蜡包埋胃癌组织中DNA的最佳方法。方法用蛋白酶K消化氯化钠盐析方法、蛋白酶K消化酚氯仿抽提方法、试剂盒方法及改良试剂盒方法,提取石蜡包埋胃癌组织中DNA,进行PCR扩增,应用凝胶电泳成像检出率(检出率=检出数/总例数)比较4种方法提取DNA质量的情况。结果改良试剂盒方法,凝胶电泳成像检出率95.5%(151/158),分别与蛋白酶K消化氯化钠盐析方法15.3%(4/26)、蛋白酶K消化酚氯仿抽提方法8.3%(1/12)、试剂盒方法19.2%(11/57)凝胶电泳成像检出率比较差异有统计学意义(P0.05)。结论 4种提取DNA方法中改良试剂盒方法,是提取石蜡包埋胃癌组织中DNA的最佳方法。