TaqMan探针法荧光定量PCR检测脑脊液细菌方法的建立及应用

目的 建立TaqMan探针法荧光定量PCR检测方法,用于脑脊液标本细菌的快速检测.方法 针对细菌的16S rRNA基因,设计合成细菌的通用引物和革兰阳性菌、革兰阴性菌分型探针,通过构建质粒和制作脑脊液模拟标本来研究引物和探针的检测特异度和敏感度.结果 两种革兰分型探针只对相应的细菌可以检测到荧光信号,乙肝病毒DNA、白色念珠菌及人基因组DNA检测结果均为阴性,此方法最低可以检测到10个拷贝的质粒DNA以及102CFU/ml的金黄色葡萄球菌和大肠埃希菌.结论 TaqMan探针法荧光定量PCR检测细菌的特异度和敏感度高,检测快速,对脑脊液细菌的早期诊断有重要意义.     

建立检测产气肠杆菌的TaqMan荧光定量PCR和普通PCR方法

目的 建立敏感、特异的普通聚合酶链反应(PCR)方法和TaqMan 荧光定量PCR方法对产气肠杆菌进行快速检测。方法 以产气肠杆菌组氨酸脱氢酶基因(hdc)为靶基因设计引物以及TaqMan FAM探针,建立对产气肠杆菌进行检测的普通PCR方法和TaqMan 荧光定量PCR方法,并评价该方法的特异性、灵敏性和稳定性。结果 普通PCR和TaqMan 荧光定量PCR方法均能对产气肠杆菌进行特异检测;普通PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本的检测下限分别为 100 copies/l和1.0105 cfu/g,TaqMan 荧光定量PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本的检测下限分别为33 copies/l和1.0104 cfu/g;TaqMan 荧光定量PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本检测的扩增曲线良好;在稳定性评价试验中,普通PCR方法的重复性良好,TaqMan 荧光定量PCR方法对质粒标准品检测Ct值的组内差异为0.15%~0.98%,组间差异为0.55%~1.63%。结论 本研究建立的检测产气肠杆菌的普通PCR方法和TaqMan 荧光PCR方法特异性好、灵敏度高,能够用于产气肠杆菌的快速检测。     

普通TaqMan探针及raqMan MGB探针real-time PCR检测无形体msp-2基因方法的建立与比较

目的 建立敏感、特异、定量real-time PCR方法,用于无形体病早期诊断及立克次体病鉴别诊断.方法 通过GenBank Blast比较分析,选择世界各地39株无形体,以msp-2特异基因保守区设计普通TaqMan探针及TaqMan MGB探针并比较分析.结果 普通TaqMan探针及TaqMan MGB探针2种方法...     

TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR法检测幽门螺杆菌

目的建立TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR快速检测幽门螺杆菌(HP)的方法。方法针对HP cagA基因设计特异性引物和探针,建立TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法,并验证该方法的特异性、灵敏度和重复性。用该法对肝癌、肝硬化患者腹水及全血,猪、金黄地鼠、猴、犬、兔、豚鼠、大鼠、小鼠的全血、粪便、肠共1 201份标本进行检测,同时作常规细菌分离和测序分析。结果本方法特异性为100%,最低可检测2.2×101copies/μL的质粒DNA。标准曲线表明其具有良好线性关系,回归方程为:Y=-3.306X+38.633,相关系数(r)为0.999,扩增效率为100.648%。批内相对标准偏差(RSD)为0.19%～1.2%,批间RSD为0.14%～3.4%,RSD均<5%。上述1 201份标本用本法检出HP阳性130份,常规细菌分离法仅检出2份HP阳性。测序结果表明,与GenBank中收录的HP序列同源性为99%～100%。结论建立的TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR法特异性和灵敏度高,重复性良好,适用于HP感染的检测。     

基于vvhA基因TaqMan实时荧光定量PCR快速检测创伤弧菌的研究

目的建立基于溶细胞毒素基因vvhA检测创伤弧菌（Vibrio vulnificus）的TaqMan实时荧光定量PCR。方法采用Primer Express软件,设计位于vvhA基因序列保守区的PCR引物和TaqMan探针,建立检测创伤弧菌vvhA基因100bp扩增产物的TaqMan实时荧光定量PCR。采用基因克隆技术,构建作为阳性对照的pMD19-vvhA100重组质粒。以最低扩增循环数（Ct值）、荧光强度增加值（△Rn）为观察指标,对vvhA基因TaqMan实时荧光定量PCR条件进行优化。以不同浓度的创伤弧菌及其它8种细菌DNA和pMD19-vvhA100为模板,对vvhA基因TaqMan实时荧光定量PCR的特异性、敏感性和重复性进行验证。创伤弧菌经腹腔和皮下注射及灌胃感染ICR小鼠,验证vvhA基因TaqMan实时荧光定量PCR对感染小鼠血液、皮下感染组织和肠内容物的检测效果。结果所建立的vvhA基因TaqMan实时荧光定量PCR仅对创伤弧菌DNA或pMD19-vvhA100呈现阳性检测结果,其检测灵敏度可达0．01ng创伤弧菌DNA或10^3个拷贝的pMD19-vvhA100,不同浓度pMD19-vvhA100三次检测结果的SD≤0．79,对腹腔和皮下感染创伤弧菌的小鼠血液、皮下组织标本检测结果均为阳性。结论所建立的创伤弧菌vvhA基因TaqMan实时荧光定量PCR具有快速、稳定、敏感、特异等优点,适合用于临床实验室进行创伤弧菌引起的败血症和创口感染快速诊断。     

用TaqMan探针法对乙型肝炎病毒进行定量及分型研究

目的 评价实时定量聚合酶链反应(PCR)方法在乙型肝炎病毒(HBV)定量和基因分型应用中的检测灵敏度、动力学(定量线性)范围、重复性、精(准)确性及其对基因型分析的能力.方法 从罗氏公司购置标准品、引物及Taq-Man探针试剂.选取HBV感染者的血清和肝细胞标本,用定量PCR法对HBV 7个基因型(A-G)进行检测及定量研究;对模板进行连续的梯度稀释用于验证本试验体系的敏感性、动力学(定量线性)范围及精(准)确性.结果 和结论此方法能够对HBV 7个(用于HBV的定量和基因分型)基因型进行定量.该方法的检测底线(限)为50拷贝/ml,定量线性范围从100拷贝/ml至109拷贝/ml,同时具有很高的重复性和精确性.     

基于TaqMan探针的幽门螺杆菌实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的探讨基于TaqMan探针的幽门螺杆菌23SrDNA基因片段的实时荧光定量PCR检测的有效方法。方法根据幽门螺杆菌23SrDNA序列设计引物和探针,构建质粒标准品,建立实时荧光定量PCR体系并进行方法学评价,并对2012年5月至10月收集的100份临床样本进行检测同时应用免疫组化及银染方法进行比较分析。结果建立了检测23SrDNA的实时荧光定量PCR方法：107-102copies/ul范围内均有＂S＂型扩增曲线,最低检测浓度为102copies/ul,标准曲线相关系数为1。对临床其它消化道病原体不出现特异性的扩增曲线。对100份样本进行检测,实时荧光定量PCR能检出31份阳性,而免疫组化方法能检出25份阳性,银染方法能检出28份阳性。结论实时荧光定量PCR方法可成功检测幽门螺杆菌,且该方法具有灵敏度和特异性高及重复性好等优点。     

TaqMan PCR技术同步检测沙眼衣原体及肺炎衣原体的DNA

我们自行设计了针对沙眼衣原体、肺炎衣原体的特异性引物、Taq Man荧光探针,对这2种病原体核酸进行双重扩增荧光探针杂交检测,取得满意结果。     

肺炎链球菌TaqMan实时荧光定量PCR的建立及临床应用

目的：建立TaqMan实时荧光定量PCR检测肺炎链球菌的方法,应用于临床儿童社区获得性肺炎（CAP）标本的快速筛查。方法根据 GenBank公布的肺炎链球菌自溶酶基因（lytA）设计引物和探针,建立实时荧光定量 PCR,并对体系进行优化;同时以痰培养法做双盲对照,应用于1504份 CAP患儿标本检测。结果 TaqMan实时荧光定量 PCR菌液的最低检出限可达18.75 cfu/PCR,无交叉反应,特异度好;对1504份儿童CAP标本检测,141份肺炎链球菌实时荧光定量PCR阳性,其中140份肺炎链球菌痰培养阳性,该方法灵敏度为100％,特异度为99.93％。从样品处理到结果报告仅需2.5 h。结论 TaqMan实时荧光定量PCR快速、简便、灵敏度高、特异度强,可用于儿童CAP中肺炎链球菌的初筛和指导抗生素的的合理使用。     

粪肠球菌TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

目的 建立用于检测粪肠球菌的TaqMan实时荧光定量-聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative-Polymerase Chain Reaction,FQ-PCR)方法。 方法 根据粪肠球菌的d-丙氨酸聚连接酶(ddl)基因设计TaqMan FQ-PCR的引物及探针,并使用39种常见致病菌和条件致病菌检测其特异性。将目的基因克隆到质粒中,制作标准曲线,确定方法的检测下限。制备血液模拟标本,直接提取核酸进行检测,探索临床应用的可能。 结果 在特异性评价实验中,除阳性对照外其余样本均未出现特异性扩增曲线。建立粪肠球菌TaqMan FQ-PCR方法的标准曲线,确定该方法的检测下限为20 copy/管。通过对粪肠球菌血液模拟标本的检测发现,本方法对模拟标本的检测灵敏度为3.9×103 cfu/ml。在稳定性评价中,对含菌量为3.9×108、3.9×106和3.9×104cfu/ml的血液模拟标本重复检测10次,结果显示扩增反应Ct值的变异系数(CV)为0.99%~1.84%。 结论 本研究建立了适用于临床标本检测的粪肠球菌TaqMan FQ-PCR方法。     

实时荧光定量-聚合酶链反应检测食品中金黄色葡萄球菌方法的研究

目的利用实时荧光定量-聚合酶链反应（real-time PCR）技术,建立食品中金黄色葡萄球菌（金葡萄）污染的快速敏感特异的检测方法。方法以金葡菌的IFemB/I基因作为靶序列,设计一对引物和探针,以金葡菌菌株提取核酸DNA作为模板,优化引物和探针的浓度比和Mgsup2+/sup浓度,以金葡菌和10种相关细菌考核检测体系的灵敏性、稳定性和特异性。并初步应用于样品的检测。结果本研究建立的反应体系在引物和探针的浓度为0.8 mol/L、0.6 mol/L,Mgsup2+/sup浓度为3.5 mmol/L时,具有良好的特异性和敏感性。在10株相关菌株的检测中,除金葡菌出现很好的阳性外,其余菌株均为阴性。在纯菌条件下,最低检测限为44 cfu/ml。稳定性分析表明:同一样品重复检测3次IC/It值的变异系数均5％。检测样品结果显示real-time PCR方法较传统方法敏感、快捷、简便。结论该方法特异性强,稳定性高,操作简便快捷,适应食品微生物检验发展需要,具有较大的推广及应用价值。     

弗氏枸橼酸杆菌TaqMan实时荧光定量-聚合酶链反应检测方法的建立

目的 建立针对弗氏枸橼酸杆菌的TaqMan实时荧光定量-聚合酶链反应(real time-PCR)检测方法。 方法 针对弗氏枸橼酸杆菌的特有序列设计引物和TaqMan探针,扩增目的基因建立标准曲线,确定检测方法的灵敏度;对20种其他肠道致病菌及院内感染中常见的致病菌进行检测,评价该检测方法的特异性;使用牛奶模拟标本评价方法在实际检测工作中应用性。 结果 TaqMan real time-PCR检测方法对弗氏枸橼酸杆菌重组质粒的检测灵敏度为1.0101拷贝／反应体系;该检测方法在检测30种其他肠道致病菌及院内感染中常见的致病菌时未出现特异性扩增。该检测方法对牛奶模拟样本中弗氏枸橼酸杆菌检测下限为1.0102cfu/ml的菌量;通过对1.0107、1.0105和1.0103三个浓度质粒标准品的重复检测,确定本方法的组内变异系数为1.90%~3.91%;组间变异系数为1.52%~1.69%。 结论 本研究建立的TaqMan real time-PCR检测方法可作为检测弗氏枸橼酸杆菌灵敏、特异、快速的方法。     

实时定量PCR检测乳腺癌患者内皮素-1的表达及其临床意义

目的检测内皮素-1(EDN-1)基因在乳腺癌患者外周血中的表达情况,并探讨它在乳腺癌的发生、发展中的作用。方法选取2013年1月1日至2014年5月20日在花都区人民医院接受乳腺手术且经病理学证实为乳腺癌的患者54例纳入试验组,另选取同期体检健康女性60例纳入对照组。采用实时定量聚合酶链反应(PCR)检测所有研究对象外周血EDN-1的表达情况,并分析其与各临床参数的关系。结果乳腺癌患者外周血EDN-1表达水平高于体检健康女性,组间比较差异有统计学意义(P0.01),其表达水平为健康女性人群的5.877倍;EDN-1的表达水平与患者的年龄和肿瘤的组织类型均无关(P0.05),与患者的肿瘤大小、区域淋巴结转移情况、是否有远处转移密切相关(P0.05)。结论 EDN-1基因与乳腺癌的发生、发展关系密切,实时定量PCR可以敏感、特异地检测乳腺癌患者外周血中EDN-1的表达,可以为乳腺癌的筛查与早期诊断提供帮助,宜在临床工作中开展。     

Escherichia coli DNA Contamination in AmpliTaq Gold Polymerase Interferes with TaqMan Analysis of lacZ

Real-time PCR is a powerful method for the quantification of gene expression in biological samples. This method uses TaqMan chemistry based on the 5′-exonuclease activity of the AmpliTaq Gold DNA polymerase which releases fluorescence from hybridized probes during synthesis of each new PCR product. Many gene therapy studies use lacZ, encoding Escherichia coli β-galactosidase, as a marker gene. Our results demonstrate that E. coli DNA contamination in AmpliTaq Gold polymerase interferes with TaqMan analysis of lacZ gene expression and decreases sensitivity of the method below the level required for biodistribution and long-term gene expression studies. In biodistribution analyses the contamination can lead to false-negative results by masking low-level lacZ expression in target and ectopic tissues, and false-positive results if sufficient controls are not used. We conclude that, to get reliable TaqMan results with lacZ, adequate controls should be included in each run to rule out contamination from AmpliTaq Gold polymerase.     

Microarray technology and gene expression analysis for the study of angiogenesis

Angiogenesis plays a major role in multiple disease processes including cancer, and new agents that modulate angiogenesis are rapidly entering clinical trials. The understanding of the biological mechanisms and downstream effects for many of these agents is poorly understood. It is therefore important that methods evolve to understand how an agent regulates angiogenesis, in order to promote a higher percentage of successful drug candidates. With the emergence of microarray technology for the evaluation of gene expression, researchers have a powerful tool for dissecting the biological mechanisms of angiogenesis. However, huge data sets and complex statistics pose a hurdle for the investigator to obtain useful and meaningful data. To eliminate problems in data analysis, proper design and planning prior to performing a microarray experiment is crucial to making valid conclusions. This review will discuss the critical factors in designing, performing and analysing microarray experiments, and the utility of various models of angiogenesis for microarray analysis.     

Performance evaluation of five commercial real-time PCR reagent systems using TaqMan assays for B. anthracis detection

BackgroundReal-time PCR assay sensitivity is affected by the choice and concentrations of reaction mix constituents among other factors such as primers, probes, and analytical assay platforms. Commercially available reagent mixes facilitate PCR assay set-up with fewer steps and timeliness. However, determination of analytical assay framework is important for ready-to-use real-time PCR reagent systems for rapid, quantitative and accurate detection of bioterror pathogens such as Bacillus anthracis.MethodsIn this study, performance characteristics of five commercially available quantitative PCR reagent mixes were evaluated using TaqMan-based real-time PCR. The reagent systems were tested for compatibility on the ABI 7000 assay platform and compared for their distinctive analytical characteristics using the B. anthracis rpoB and pag gene real-time PCR assays.Results and conclusionsKnowledge of distinctive assay performance characteristics of commercially available qPCR reagent mixes is critical for carefully designing analytical assay systems. The ABI, ABgene and Eppendorf reagent systems performed consistently overall for the two TaqMan assays for B. anthracis detection that were used in the current study. However, the use of Eppendorf reagent system requires shorter thermal cycling time. In addition, while the ABI and Eppendorf systems have similar assay sensitivity for both the rpoB and pag assays, the Eppendorf system achieves the same with lower C_T values.