食管鳞状细胞癌组织中基因表达差异的初步分析

目的 应用寡核苷酸芯片技术分析食管鳞状细胞癌、癌旁、正常组织中基因表达差异,探讨与食管鳞状细胞癌发生、发展相关的基因变化.方法 Trizol一步法抽提食管癌、癌旁、正常组织中总RNA,纯化后逆转录为cRNA,经荧光标记、纯化,与Agilent寡核苷酸芯片(21 074探针)杂交,应用Agilent扫描仪获取图像,特征提取软件定量分析处理.挑选明显差异表达的基因进行实时荧光定量逆转录-PCR、免疫组化、免疫印迹验证.结果 ①经寡核苷酸芯片技术筛选差异表达基因的结果显示:上调38个、下调61个.②实时荧光定量逆转录PCR验证提示:差异较大的上调基因有CTHRC1、INHBA、SPP1、LUM、HRK,其中CTHRC1差异最为显著.③免疫组化:CTHRC1在食管鳞癌组织中有增强表达,表达率为56.5%(26/46).在淋巴结转移组中的阳性表达率显著高于无淋巴结转移组(P<0.05).④免疫印迹:在食管癌细胞株TE-13及Eca-109中均检测到CTHRC1的表达.结论 CTHRC1可能是食管鳞癌最为重要的生物分子之一.     

bcl-2家族相关基因异常表达与Barrett食管的关系

目的应用寡核苷酸芯片技术高通量分析Barrett食管与正常食管黏膜组织的基因表达差异,探索与疾病进展相关的靶基因。方法对Barrett食管患者的病变食管黏膜以及正常食管黏膜组织,应用Trizol一步法进行总RNA抽提,10g/L琼脂糖凝胶电泳和芯片实验室进行RNA质量检测。总RNA纯化后进行逆转录cRNA合成、荧光标记和纯化,将Barrett食管黏膜和正常食管黏膜组织的cRNA探针分别与Agilent寡核苷酸芯片（30,968探针）进行杂交,洗涤后应用Agilent扫描仪获取图像,Feature Extraction提取软件进行定量分析处理。结果（1）大活检钳钳取2次活检的组织能提供芯片所需要的5μg RNA,配对组织总RNA质量高,反转录cRNA及荧光标记质量好;（2）2倍差异表达基因中,上调基因共142个,下调基因共284个。其中包括bcl-2、MCLI、BAX、BIK和BCLAF1等15个异常表达的bcl-2家族相关基因。结论基因芯片分析可用于内镜下活检组织,Barrett食管的发生发展涉及多基因多步骤,是一个复杂的过程;bcl-2家族相关基因异常表达可能涉及Barrett食管的发生发展过程,确切机制有待进一步深入研究。     

Barrett食管基因差异表达谱初步探讨

病变组织差异表达基因的分析有助于寻找与疾病发生、发展和临床治疗有关的关键分子。目的：应用寡核苷酸芯片对Barrett食管与正常食管黏膜组织的差异表达基因进行高通量分析．以期筛选与Barrett食管发生、发展相关的分子标记物。方法：取6例Barrett食管患者病变食管黏膜和相应正常食管黏膜组织。Trizol一步法抽提总RNA．纯化后合成cRNA探针；探针荧光标记和纯化后，将两种组织探针分别与Agilent全基因组寡核苷酸芯片（含30968个基因组探针）进行杂交；获取芯片扫描图谱，以特征提取软件行定量分析、处理。结果：Barrett食管与正常食管黏膜组织的2倍差异表达（Ratio值≥2或≤0．5）基因中，上调基因142个，下调基因284个，涉及细胞周期相关基因、信号转导相关基因、黏蛋白相关基因、癌基因和抑癌基因、骨形态蛋白基因、凋亡抑制基因、bcl-2家族相关基因等。结论：高通量的基因芯片技术可筛选出大量Barrett食管相关基因，对这些相关基因的功能进行验证将有助于找到Barrett食管发生、发展的关键基因或通路。     

基因芯片在肝细胞癌相关基因筛选中的初步研究

目的探讨基因表达谱芯片技术在筛查肝细胞癌相关基因群表达中的作用。方法采用美国Affymetrix公司的U133A2．0基因表达谱芯片，按一步法抽提肝细胞癌及正常肝脏组织总RNA，分离纯化两种组织的mRNA；经逆转录合成掺人生物素标记的cDNA合成探针，与芯片杂交和严格洗片后，用荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像，分析肝细胞癌及正常肝组织中差异表达的基因。结果在18400条基因中，肝细胞癌组织与正常肝脏组织间有2756条（14．98％）存在差异表达的基因，其中上调基因1772条和下调基因984条，对2756条差异表达基因作了初步功能分类，这些基因与肝细胞癌的发病机制存在相关性。结论基因表达谱芯片技术可以筛选出肝细胞癌表达异常的相关基因群，对其进一步研究有助于认识肝细胞癌的发病机制。     

应用基因表达谱芯片筛选胃腺癌相关基因

目的:利用基因芯片技术筛选胃腺癌组织和癌旁正常组织间的差异表达基因．方法:分别抽取胃腺癌组织和癌旁正常组织的总RNA．采用逆转录的方法,制成cDNA链, 并以两种荧光Cy5和Cy3标记后作为探针,与含有14 784条人类14KcDNA基因表达谱芯片进行杂交．以Agilent荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,并用计算机处理和分析．结果:在14 784条基因中,4例胃腺癌组织和癌旁正常组织共同差异表达基因29条,其中上调基因10条,下调基因19条,上调的基因中有2 条功能信息不明．结论:胃腺癌发生过程中有多基因的参与,胃腺癌与癌旁正常组织共同差异表达的29条基因可能与胃癌的发生、发展有关．     

肝癌发生过程中的差异基因表达

目的:应用寡核苷酸芯片研究正常肝脏、慢性乙型肝炎、肝硬化及肝癌的基因表达谱,筛选肝癌相关基因.方法:分别对正常肝组织及肝炎、肝硬化和肝癌组织进行总RNA抽提并纯化,反转录得到cDNA,生物素标记cRNA探针,分别与含有19378个已知基因的寡核苷酸芯片进行杂交,Gene Scanner 3000激光系统扫描,GenePix Pro3.0分析软件读取处理杂交信号.结果:在慢性乙型肝炎、肝硬化及肝癌组织中,筛选出共同差异表达基因81个,其中持续上调表达基因53个,持续下调表达基因数28个.结论:寡核苷酸基因表达谱芯片能够快速筛选出肝癌相关基因,有多种基因共同参与肝癌发生的整个过程.     

FasL基因的克隆化及其mRNA在肺癌组织中的表达

用植物凝集素激活正常人单核细胞，诱导FasL mRNA表达，提取总RNA，经逆转录多聚酶链反应(RT—PCR)筛选FasL基因片段。定向克隆入质粒pSPTl9，多克隆位点获取重组质粒，经DNA测序后体外转录制备Dig—FasL cRNA探针。收集经病理证实的肺癌及癌周正常肺组织新鲜标本，用液氮速冻，4％多聚甲醛固定。在冰冻切片上以cRNA探针原位杂交进行FasL mRNA表达分布的观察。结果：在鳞癌、腺癌和小细胞肺癌的癌组织及癌旁肺组织中均可检出FasL的杂交信号。镜下见鳞癌组织中FasL的表达水平高于腺癌和小细胞肺癌。     

应用基因芯片研究肝细胞癌组织差异基因表达谱

目的：应用基因芯片技术研究原发性肝细胞癌组织中的差异基因表达谱改变，以寻找肝细胞癌相关基因。方法：抽提正常肝组织和肝癌组织中的mRNA来制备探针，经杂交、洗涤后，通过计算机扫描分析正常肝组织和肝癌组织基因表达谱的差异情况。结果：在10000个候选基因中，筛选出102条差异表达基因，表达上调的有42条，表达下调的有60条。未知基因12条。结论：基于DNA微阵矩技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选与肝癌发生发展相关的基因。     

肝癌细胞表达差异片段MRG 98.2的临床意义

目的 筛选肝细胞癌（HCC）相关基因,探讨其在HCC发病中的临床意义。方法 用差异显示技术对比研究正常肝组织、HCC组织及癌旁肝组织之间mRNA的表达差异,以肝cDNA片段MRG98．2为探针,对10例HCC及癌旁肝组织进行斑点印渍分析,并通过逆转录聚合酶链反应（RT－PCR）方法检测这些标本血管内皮生长因子（VEGF）mRNA的表达水平。结果 从HCC组织中获得的差示片段MRG98．2在7例HCC标本中表达阳性（70％）,癌旁肝组织弱表达（2／10）或无表达。VEGF mRNA在7例MRG98．2 阳性表达的HCC组织中的6例表达上调。结论 MRG98．2是HCC相关的基因片段,其表达与VEGF mRNA相关,并可能与肿瘤浸润转移、患者的预后不良有关。     

原发性肝癌REIC/Dkk-3基因mRNA低表达及其意义

原发性肝细胞癌是我国常见的恶性肿瘤之一，病死率很高。Tsuji等从几种永生细胞系中发现一段新的REIC／Dkk-3基因序列表达明显下调，而在正常细胞系中表达正常，提示REIC／Dkk-3可能是一种新的抑癌基因。为探讨REIC／Dkk-3基因表达与人肝细胞癌的关系，本研究应用荧光定量逆转录聚合酶链反应（FQ—RT—PCR）对肝细胞癌癌灶及癌旁组织中REIC／Dkk-3基因mRNA的表达进行了定量检测，以探讨REIC／Dkk-3基因与肝癌发生发展、病理分型及肿瘤生物学行为之间的关系。     

实时荧光定量RT-PCR和寡核苷酸芯片方法分析食管腺癌组织中基因的表达

目的采用实时荧光定量RT—PCR和寡核苷酸芯片技术分析食管腺癌基因表达的特征。方法应用寡核苷酸芯片筛选6例食管腺癌基因表达谱,实时荧光定量RT—PCR验证其中8个基因的表达变化。结果2倍差异表达基因（DEGs）中,上调基因共212个,下调基因共126个;涉及细胞周期相关基因、信号转导相关基因、血管生成相关基因、细胞增殖相关基因、凋亡抑制基因、抑癌基因、黏附和代谢等。实时荧光定量RT-PCR和寡核苷酸芯片技术对8个基因的检测结果一致,不仅变化方向相同,而且表达值非常接近。结论食管腺癌的发生、发展涉及多基因多步骤,是一个复杂的过程。寡核苷酸芯片和实时荧光定量RT-PCR分析基因表达变化都是可信的,基因芯片筛选基因表达谱具有高通量大规模的特点,而实时荧光定量RT-PCR则适合单个基因表达变化的研究,两者互为补充和印证。     

冠心病不同进展阶段差异表达基因筛选

目的基于转录组学分析不同进程冠心病患者差异表达基因图谱,探索与冠心病进展相关的特异性基因。方法经冠脉造影与血样质控,选择8例冠脉临界病变患者(临界组),并根据性别、年龄匹配冠脉造影正常者8例(对照组),急性心肌梗死患者8例(心梗组),通过Illumina平台的HiSeq高通量测序技术对不同组别患者外周血单核细胞基因组测序,筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并进行GO条目富集分析差异基因功能。结果临界组与对照组相比,有169个DEGs,110个上调和59个下调(基因集1);心梗组与临界组相比,有376个DEGs,246个上调和130个下调(基因集2)。最显著富集的GO条目包括炎症反应及mRNA稳定性调节、蛋白结合、细胞核浆及分泌颗粒等条目。基因集1、2交集基因包括DKK3、NR4A1、HIP1和PAX8-AS1。结论本研究初步获取了不同进程冠心病患者差异表达基因图谱,发现DKK3、NR4A1、HIP1和PAX8-AS1基因表达改变可能与冠心病进展相关。     

乙型肝炎病毒相关肝细胞癌核心差异表达基因生物信息学分析

目的 探索与乙型肝炎病毒（HBV）相关肝细胞癌（HCC）发生发展相关的核心基因,为进一步揭示HBV相关HCC发病机制提供参考。方法 从高通量基因表达数据库（GEO）中下载GSE55092、GSE121248两个数据集,采用R语言筛选HCC组织和癌旁组织间差异表达基因（DEGs）,并绘制可视化火山图。对DEGs基因进行基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析,构建蛋白质相互作用（PPI）网络,并用Cytoscape 3.9.0开源平台中分子复合物检测（MCODE）和cytoHubba插件筛选核心DEGs。利用UALCAN和Kaplan Meier-plotter数据库中临床样本数据对筛选出的核心DEGs进行差异表达和生存分析验证。结果 从GSE55092数据集和GSE121248数据集中分别筛选出1 148个和686个DEGs,其中下调表达基因分别为703个和477个、上调表达基因分别为445个和209个;两个数据集共筛选出557个共同表达的DEGs,其中下调表达基因384个、上调表达基因173个。GO富集分析显示,DEGs主要参与细胞分裂、细胞增殖、氧化还原、免...     

OPN和Syndecan-1在原发性肝癌中的表达及与临床病理参数之间的相关性

目的:应用组织芯片技术考察骨桥蛋白(osteopontin,OPN)和Syndecan-1在原发性肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达及与临床病理参数之间的相关性,分析两者在HCC发生发展过程中的可能机制.方法:应用S-P法对高通量肝癌组织芯片(478点阵,产品批号:OD-CT-DgLiv01-001)进行染色,检测OPN和Syndecan-1蛋白在肝癌、肝硬化和正常肝组织中的表达.结果:OPN在HCC、肝硬化和正常肝组织中的阳性率分别为73.3%,47.4%和22.2%,差异具有显著性(P<0.05,P<0.05);Syndecan-1在HCC、肝硬化和正常肝组织中的阳性率分别为19.6%,35.0%和90%,亦有显著性差异(P<0.05,P<0.01).单因素分析结果显示OPN的表达与肿瘤包膜的完整性(x~2=4.52,P<0.05),门静脉有无癌栓(x~2=4.28,P<0.05)及肿瘤的转移相关(x~2=7.21,P<0.05),与其他临床病理特征没有相关性;Syndecan-1的表达与肿瘤有无包膜(x~2=5.58,P<0.01),病理分级(x~2=4.35,P<0.01)以及肿瘤转移与否相关(x~2=3.37,P<0.05),与其他临床病理特征没有相关性.蛋白之间的相关性分析显示,OPN与Syndecan-1之间存在负相关(r=-0.439,P<0.01).结论:组织芯片是一种可高效率和高通量研究肿瘤分子病理的技术平台;HCC的发生发展与癌细胞OPN的过表达和Syndecan-1表达下调可能有关,OPN可能通过下调Syndecan-1的表达,降低肿瘤细胞之间的黏附性,从而促进肿瘤的转移.     

Expression of cytochrome P4502E1 gene in hepatocellular carcinoma

AIM: To investigate cytochrome P4502E1 (CYP2E1) gene expression in occurrence and progression of hepatocellular carcinoma (HCC). METHODS: The human liver arrayed library was spotted onto the nylon membranes to make cDNA array. Hybridization of cDNA array was performed with labeled probes synthesized from RNA isolated from HCC and adjacent liver tissues. Sprague-Dawley rats were administrated diethylnitrosamine (DENA) to induce HCC. CYP2E1 expression was detected by the method of RT-PCR and Northern blot analysis. RESULTS: CYP2E1 was found by cDNA array hybridization to express differently between HCC and liver tissues. CYP2E1 only expressed in liver, but did not express in HCC tissues and expressed lowly in cirrhotic tissues. In the progression of cirrhosis and HCC, the expression level of CYP2E1 was gradually decreased and hardly detected until the late stage of HCC. CONCLUSION: Using arrayed library to make cDNA arrays is an effective method to find differential expression genes. CYP2E1 is a unique gene expressing in liver but did not express in HCC. CYP2E1 expression descended along with the initiation and progression of HCC, which is noteworthy further investigations in its significance in the development of HCC.