宏基因组二代测序（mNGS）联合体外膜氧合（ECMO）救治鹦鹉热衣原体重症肺炎1例报道

成人社区获得性肺炎（Community Acquired Pneumonia,CAP）指在医院外罹患的肺实质（含肺泡壁,即广义上的肺间质）炎症,包括具有明确潜伏期的病原体感染在入院后于潜伏期内发病的肺炎。CAP常见致病菌主要包括肺炎链球菌、流血嗜血杆菌、肺炎支原体、肺炎衣原体等。而鹦鹉热衣原体肺炎是衣原体肺炎的一种,属于非典型病原体。鹦鹉热衣原体肺炎在临床上较比少见,临床症状无特异性,且致病性强,因而临床快速早期诊断对治疗有重大的指导意义。本文通过宏基因组二代测序（mNGS）技术及体外膜氧合（ECMO）技术抢救鹦鹉热重症肺炎1例进行报道。     

二代测序辅助诊断鹦鹉热衣原体肺炎3例报道并文献复习

鹦鹉热衣原体肺炎是一种由鹦鹉热衣原体感染引起的人畜共患病,通过受感染的鸟类传播。由于病原学培养及血清学诊断困难,其误诊和漏诊时有发生,大规模流调也难以开展。本文报道浙江大学医学院附属杭州市第一人民医院收治的3例鹦鹉热衣原体肺炎患者,其中2例有病情快速进展,重症化趋势。均有禽类、鸟类接触史,临床表现有咳嗽咳痰、呼吸困难、呼吸衰竭,1例行高流量呼吸支持治疗,最终通过宏基因二代测序（mNGS）技术辅助诊断鹦鹉热衣原体肺炎,3例患者经治疗好转出院。本文提示病原学诊断在鹦鹉热衣原体肺炎中具有重要地位,而mNGS对于诊断这种少见复杂的感染性疾病是有效的补充手段。     

鹦鹉热衣原体肺炎2例报告及文献复习

目的:分析鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床表现、诊断方法和治疗过程,提高临床医生对该病的认识,以进一步提高其临床诊治效率并改善其预后.方法:收集2例鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床资料,对诊治经过进行总结,分析患者的感染指标、氧合功能和肺部影像学的动态变化,对比培养法、血清学方法和宏基因组二代测序技术(mNGS)等病原学诊断方法,...     

宏基因组二代测序诊断的鹦鹉热衣原体肺炎16例临床分析

目的 总结肺泡灌洗液宏基因组二代测序确诊的鹦鹉热衣原体肺炎的临床特点。方法 分析16例宏基因组二代测序确诊的鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床特征、流行病学、实验室结果、治疗及预后。结果 有禽类接触史9例（56.3%）,发热14例（87.5%）,咳嗽咳痰12例（75.0%）,胸痛5例（31.3%）,呼吸困难5例（31.3%）,腹泻4例（25.0%）,咯血2例（12.5%）、嗜睡2例（12.5%）,神志不清2例（12.5%）,呼吸衰竭2例（12.5%）;16例(100.0%)降钙素原升高,12例(75.0%)中性粒细胞升高,6例(37.5%)肌酶升高;16例(100.0%)有肺实变;莫西沙星、多西环素、米诺环素治疗有效。结论 对不明原因社区获得性肺炎患者要注意鹦鹉热衣原体肺炎可能,肺泡灌洗液宏基因组二代测序有助于其早期确诊。     

鹦鹉热衣原体肺炎13例临床分析

目的探讨鹦鹉热衣原体肺炎的临床特征。方法回顾性分析厦门大学附属第一医院2018年11月至2021年2月连续收治的13例鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床资料。结果 13例患者均有发热, 合并呼吸困难11例、咳嗽9例、乏力8例、头痛6例。所有患者就诊时序贯器官衰竭估计(SOFA)评分≥2分, 肺炎严重指数(PSI)评分Ⅱ级者2例, PSI评分Ⅳ/Ⅴ级者11例。实验室检查结果显示, 所有患者的C反应蛋白(CRP)、降钙素原(PCT)均升高, 其中CRP≥100 mg/L者11例, PCT≥0.5 ng/ml者9例。合并呼吸衰竭者12例, 转氨酶升高者12例。患者胸部CT多表现为多发的片状渗出影、局灶实变, 可见空气支气管征, 8例患者病变发生于下肺。所有患者经宏基因二代测序技术确诊并及时调整以多西环素为基础的药物治疗方案及积极器官支持后病情好转, 病灶可完全吸收, 预后均良好。结论鹦鹉热衣原体肺炎患者常表现为脓毒症, 病情进展迅速, 宏基因二代测序技术对于早期诊断鹦鹉热衣原体肺炎具有重要意义, 确诊后及时调整治疗预后良好。     

鹦鹉热衣原体肺炎合并横纹肌溶解5例临床分析

为探讨鹦鹉热衣原体肺炎合并横纹肌溶解(RM)患者的临床特征及治疗方法, 收集我院2020年1月至2021年11月经宏基因组二代测序(mNGS)确诊的鹦鹉热衣原体肺炎患者的病例资料, 对合并RM患者的一般情况、临床表现、实验室检查、胸部CT表现及诊疗过程进行总结分析。21例鹦鹉热衣原体肺炎患者中10例(47.6%)血肌酸激酶(CK)升高, 5例(23.8%)合并RM。5例鹦鹉热衣原体肺炎合并RM患者均为重症, 主要临床表现为高热、气促、头痛、肌肉酸痛, 2例继发急性肾损伤(AKI)及神志改变。所有患者肌酶谱(CK、肌红蛋白、乳酸脱氢酶)、炎症指标(高敏C反应蛋白、白细胞介素6)及D-二聚体均明显升高。5例患者胸部CT表现以肺大片实变为主, 1例合并磨玻璃改变, 2例并发少量胸腔积液。患者入院后经mNGS检查很快确定诊断并及时予针对性治疗, 除1例因多脏器功能衰竭死亡外, 其余4例患者好转出院。提示鹦鹉热衣原体肺炎容易继发RM, 早发现、早治疗可有效改善患者预后。     

9例重症鹦鹉热衣原体肺炎的临床特点及诊治分析

目的 探讨重症鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床特点及宏基因二代测序(mNGS)在其病原学诊断中的应用。 方法 收集2019年11月-2021年2月住院的重症鹦鹉热衣原体肺炎患者9例,男性5例,女性4例,年龄中位数67岁。回顾性分析患者的病历资料,描述其临床表现、实验室检查、影像学特点、mNGS病原学结果及治疗过程。 结果 9例中,4例发病前接触过鸟类或禽类。临床表现主要为高热、咳嗽、呼吸困难、乏力、肌肉酸痛;白细胞计数正常或轻度升高,中性粒细胞比例和降钙素原明显升高,部分患者出现肝、肾功能异常;胸部CT检查主要表现为单侧或双侧肺叶斑片状实变影。所有患者均进行mNGS检测,均检出鹦鹉热衣原体核酸序列,予多西环素单药或联用莫西沙星为基础的治疗,均痊愈。 结论 鹦鹉热衣原体肺炎发病率低,但病情危重,对疑似病例应尽早完善mNGS检测,及时启动以四环素类药物为基础的治疗方案。     

8例鹦鹉热衣原体肺炎的诊治体会

目的 总结鹦鹉热衣原体肺炎的临床特点及诊治方法。方法 回顾性分析2022年1月至2022年4月南京梅山医院呼吸科收治的8例鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床资料、诊治经过。结果 8例患者均高热起病,伴其他临床特征如下:8例咳嗽、1例胸痛、4例肌肉酸痛、1例腹泻、1例呼吸困难、2例乏力;8例患者均有鸟类/家禽接触史:2例养鸽子,3例养鸡,1例养鹦鹉,1例运输家禽、1例邻居养鸽子;实验室检查可见淋巴细胞计数降低、C反应蛋白升高,谷丙转氨酶升高、低钠血症;胸部CT示8例患者单肺病变居多且以下肺为主,主要胸部CT影像学表现是磨玻璃影、实变影、支气管空气征及细网格征;8例患者均收集肺泡灌洗液(BALF)进行宏基因组二代测序(mNGS)进行检测,mNGS检测出鹦鹉热衣原体(39～757条),确诊为鹦鹉热衣原体肺炎,调整抗生素为米诺环素、莫西沙星治疗后患者均好转出院。结论 鹦鹉热衣原体肺炎以发热、咳嗽为主要临床表现,鸟类/家禽接触史是重要诊断线索,对疑似患者肺泡灌洗液mNGS检测能明确诊断,米诺环素为治疗首选。     

外周血宏基因组二代测序辅助诊断Q热血流感染1例

Q热血流感染是由贝纳柯克斯体引起的感染,临床病例罕见,临床表现缺乏特异性,传统检测方法不易获得其病原学证据,误诊率极高,严重时可引起患者全身多个脏器受累,危及生命,早期诊断与精准治疗仍是临床面临的巨大挑战。宏基因二代测序技术在少见、罕见病原体感染诊断方面展现出了巨大潜力,使Q热病原菌检出率不断提高。本文报道通过外周血宏基因组二代测序成功诊断Q热血流感染1例,并及时给予合理抗菌药物治疗,患者预后良好,以期为临床提供参考。     

鹦鹉热衣原体肺炎21例临床特征分析

目的 探讨鹦鹉热衣原体肺炎的临床诊疗特点。方法 回顾性分析2020年1月—2023年3月在南京医科大学第一附属医院住院并经宏基因组二代测序（metagenomic next-generation sequencing,mNGS）确诊的21例鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床资料。根据重症肺炎诊断标准分为重症组（10例）和非重症组（11例）,分析两组临床表现、实验室检查、影像学特征、治疗及预后。结果 21例患者中男11例,女10例,平均年龄（51.7±11.6）岁,均为急性起病,12例有禽类接触史。18例患者发病时间为秋冬季节。所有患者均有高热,其他常见症状包括咳嗽、咳痰、胸闷及乏力。重症组实验室检查提示白细胞、中性粒细胞计数、C反应蛋白、降钙素原、转氨酶、肌酸激酶、乳酸脱氢酶（lactic dehydrogenase,LDH）、脑钠肽前体及D-二聚体水平明显高于非重症组。影像学检查发现所有患者均出现不同程度实变影及斑片影,周围伴有渗出,重症组患者中更易出现双肺受累、双侧胸腔积液、空洞及纵隔淋巴结肿大。治疗方面,11例患者单用四环素类药物,3例患者单用大环内酯类,2例患者单用呼吸喹诺酮类,5例患...     

宏基因组二代测序技术辅助肺部肿瘤诊断的临床病例分析

目的 回顾性分析肺癌患者临床资料,探讨宏基因组二代测序技术利用人源序列在辅助临床肺部肿瘤诊断中的应用价值。方法 回顾性分析2021年8月26日—12月18日期间4例疑似肺部感染住院患者支气管肺泡灌洗液（bronchoalveolar lavage fluid,BALF）的宏基因组二代测序结果、常规临床检测结果及其临床诊疗信息。结果 患者1的胸部CT检查初步诊断为肺癌,另外3例患者的胸部X线或CT检查分别显示双肺团块样及片状高密度影（患者2）、双肺团块样及片状高密度影（患者3）和肺部肿物性质待查（患者4）。4例患者BALF标本的肿瘤宏基因组二代测序结果均提示肿瘤信号预警。此外,患者3 BALF标本的依据人源序列的宏基因组二代测序结果同时检出与BALF临床培养结果一致的白色假丝酵母,患者4的宏基因组二代测序结果同时检出临床未鉴定出的A型鼻病毒。结论 依据人源序列的基因组二代测序技术既可以辅助临床进行感染鉴别诊断,也可以辅助临床进行肿瘤早期诊断。     

奥马环素治疗鹦鹉热衣原体肺炎1例

本文报道1例高热肺炎患者经莫西沙星、头孢哌酮舒巴坦钠抗感染治疗后,症状仍无缓解。经完善气管镜检查,肺泡灌洗液宏基因组高通量测序（metagenomics nextgeneration sequencing,mNGS）结果回报：检出鹦鹉热衣原体,更换三代四环素（奥马环素）进行治疗后病情明显好转且不良反应少。通过分析该例患者的治疗过程并结合文献复习,总结此病的临床特点及治疗用药。     

宏基因组二代测序技术在呼吸系统感染病原学诊断中的应用价值

目的 探讨宏基因组二代测序技术(m NGS)在呼吸系统感染病原学诊断中的应用价值。方法 选取2020年12月-2021年1月在南方医科大学珠江医院就诊的48例呼吸系统感染者为研究对象,比较痰mNGS检测和痰培养检出病原体的分布、阳性率、符合率、混合感染率,对检出的部分特殊病原体采用PCR、质谱技术进行验证,分析痰mNGS检测的优势和可行性。结果 痰mNGS检出75株病原体,其中细菌20株,真菌24株,病毒16株,特殊病原体15株;痰培养检出20株病原体,其中细菌8株,真菌11株,特殊病原体1株。痰mNGS与痰培养检测病原体总符合率为35.42%(17例),阳性符合率为22.92%(11例)。痰mNGS检测病原体阳性率87.50%(42例)和混合感染率60.42%(29例)均显著高于痰培养的阳性率29.17%(14例)和混合感染率8.33%(4例),差异均有统计学意义(χ²=32.685、28.860,P均<0.05)。特殊病原体鹦鹉热衣原体、结核分枝杆菌复合群(MTB)和诺卡菌,验证结果与痰mNGS检测符合率均为100.00%(各2例)。鹦鹉热衣原体患者根据...     

应用mNGS技术诊断鹦鹉热衣原体肺炎临床特征分析

目的 分析总结鹦鹉热衣原体肺炎患者临床特征,以提高该疾病早期诊断能力及救治水平。方法 回顾性分析空军军医大学第一附属医院、吉林大学第一医院二部、西安交通大学第二附属医院呼吸与危重症医学科于2018年1月-2022年1月经宏基因组二代测序（mNGS）方法确诊的14例鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床资料,分析总结其临床特点。结果 14例患者中仅2例有明确的鸟类或禽类接触史。所有患者均急性高热起病,10例伴呼吸道症状。白细胞计数正常13例,中性粒细胞百分比升高7例。所有患者超敏C反应蛋白、白细胞介素-6、血沉均显著升高。所有患者胸部CT均表现为斑片影和/或实变影,可累及不同肺叶,但所有患者肺下叶均受累。所有患者均经支气管肺泡灌洗液或外周血mNGS检查确诊。经多西环素、米诺环素、莫西沙星、阿奇霉素单药或两药联合方案,13例患者均好转出院,1例死亡。结论 高热伴胸部影像学异常应考虑鹦鹉热衣原体肺炎可能,其快速精准诊断有赖于m NGS技术,早期靶向抗生素治疗效果良好。     

三例非免疫缺陷出现急性呼吸窘迫综合征的重症腺病毒肺炎患者临床诊治

目的 探讨短时间出现严重急性呼吸窘迫综合征的重症腺病毒肺炎患者的临床诊治及减少康复后的并发症。方法 分析3例免疫功能正常的重症社区获得性腺病毒肺炎患者的临床资料,实验室检查结果,治疗过程及影像学转归。结果 3例患者均在极短时间内发病并快速进展出现ARDS,均在早期留取了肺泡灌洗液进行宏基因组二代测序,检测出了腺病毒,并立刻使用了抗病毒治疗药物,前两例患者接受了西多福韦抗病毒治疗,第三例患者使用了利巴韦林抗病毒治疗。3例患者均接受了极高的呼吸支持,其中前两例接受了体外膜肺氧合治疗。3例患者治疗后肺部感染均恢复良好。结论 重症腺病毒肺炎的诊治目前仍以个体化对症支持、免疫调节和治疗并发症为主,宏基因组二代测序能尽早确诊和治疗,有利于减少并发症、提高生存率。     

鹦鹉热肺炎11例临床特征分析

目的探讨鹦鹉热肺炎的临床特点、诊治方法和预后,提高对本病的认识。方法回顾性分析2019年12月至2020年12月海宁市人民医院确诊的11例鹦鹉热肺炎患者的临床资料。结果6例鹦鹉热肺炎患者均有明确禽类接触史。所有患者均出现发热症状,其次表现为咳嗽、咳痰、胸闷等;可伴有Hb下降,降钙素原、CRP升高;均出现电解质紊乱和凝血功能异常;胸部影像表现：肺实变伴支气管充气征10例,可合并磨玻璃影、叶间裂牵拉、小叶间隔增厚,单侧肺累及8例,双侧肺累及3例;胸腔积液9例。11例患者给予四环素类、大环内酯类或者喹诺酮类药物治疗,均好转出院。结论鹦鹉热肺炎临床表现、影像学特征不典型,支气管肺泡灌洗液宏基因组二代测序可早期、及时诊断。     

结合宏基因组二代测序诊断的八例鹦鹉热患者临床分析

目的 回顾性分析鹦鹉热患者的临床资料,以提高临床医生对该病的认识,并探讨病原宏基因组二代测序(mNGS)在鹦鹉热诊断中的应用价值.方法 回顾性分析南京鼓楼医院2018年1月至2020年5月通过mNGS诊断的8例鹦鹉热患者的临床资料,分析临床特征及影像学表现,并追踪其治疗及转归.结果 8例中,男6例,女2例,年龄43～ ...     

衣原体肺炎的诊断与鉴别诊断

衣原体(chlamydia)家族仅有1个属,即衣原体属,包括4个衣原体种,即沙眼衣原体(C.trachomatis)、鹦鹉热衣原体(C.psittaci)、肺炎衣原体(C.pneumoniae)和家畜衣原体(C pecorum).目的:讨论衣原体肺炎的诊断与鉴别诊断.方法:根据患者的临床表现与检查结果进行诊断.结论:肺炎衣原体肺炎的临床表现没有特异性,确诊完全依赖实验室检查.鹦鹉热肺炎主要根据有关职业史、接触史及血液和支气管分泌物做细胞培养发现病原体进行诊断.     

宏基因组学二代测序在免疫功能受损不明原因肺部感染患者病原鉴别中的意义

目的：探讨宏基因组学二代测序（mNGS）技术在免疫功能受损不明原因肺炎患者病原鉴别中的作用。方法：CD4+ T淋巴细胞降低的不明原因肺部感染患者20例留取标本传统细菌培养,于入院当日及24小时后检测两次新冠病毒核酸阴性后外送病原mNGS检测。比较细菌培养与mNGS病原二代测序结果对不明原因肺炎病原诊断的差异。结果：20例患者共送检23份标本检测病原mNGS,其中无菌标本病原mNGS共15例,结果4例血标本未检测到任何病原体,其余11例共报告病原体18例次;非无菌标本病原mNGS检出的病原体数量和种类明显多于无菌标本, 8例患者均有阳性病原体报告21例次。而传统细菌真菌培养仅2例报告了白色念珠菌,未见其他病原体阳性报告。结论：mNGS对免疫功能受损不明原因肺炎病原,尤其是条件致病病原学诊断具有更高敏感性,有助于更早识别病原体和指导治疗用药。     

结合宏基因组二代测序诊断的鹦鹉热衣原体肺炎临床特征分析

目的 分析鹦鹉热衣原体肺炎临床特征，提高临床医生对此病的认识和诊治水平。方法 回顾性分析2020年9月—2022年1月西南医科大学附属医院收治的经宏基因组二代测序辅助诊断的39例鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床资料。结果 89.7%(35例)患者有禽类接触史，典型的临床表现为高热（92.3%,36例）、咳嗽（76.9%,30例）、肌肉酸痛（48.7%,19例）、头痛（38.5%,15例）等。实验室检查提示：76.9%白细胞数正常，76.9%淋巴细胞数下降，多伴有C-反应蛋白（100%）、降钙素原（97.4%）、白介素-6(95.8%)、白介素-10(95.8%)、谷丙转氨酶（74.4%）、谷草转氨酶（84.6%）升高。单因素分析提示重症组与非重症组谷草转氨酶、血尿素氮、C-反应蛋白、降钙素原差异有统计学意义（P<0.05），多因素Logistic回归分析显示血尿素氮升高（OR=4.899）对预测患者并发重症肺炎具有指导意义。53.6%鹦鹉热衣原体肺炎支气管镜下未见异常。影像学表现多呈大叶性肺炎（61.5%）、气管充气征阳性（94.9%）。治疗上其对四环素类、大环内酯类和氟喹诺酮类敏感，...