三阴性乳腺癌免疫相关LncRNA筛选及预后预测模型构建

目的 筛选出三阴性乳腺癌（TNBC）免疫相关LncRNA基因,构建TNBC预后预测模型。方法 (1)从癌症基因组图谱（TCGA）项目下载TNBC组织和癌旁组织的转录组RNA表达谱原始数据,结合Immport数据库,筛选TNBC免疫相关的LncRNA。进一步应用单因素及多因素Cox分析筛选TNBC与预后关系密切的免疫相关LncRNA,然后再根据最佳AIC值确定与预后关系密切的免疫相关LncRNA。(2)根据预后关系密切的免疫相关LncRNA,构建TNBC预后预测模型。(3)根据TNBC预后风险模型测算的风险评分值的中位值将TNBC患者样本分为高风险组和低风险组,比较高低风险组生存率。(4)采用ROC、主成分分析（PCA）评估构建的TNBC预后预测模型的预测效能。(5)采用多因素Cox分析TNBC预后预测模型预测效能的独立性。结果 共计65例份TNBC组织样本,得到369个免疫相关LncRNA,通过单因素和多因素Cox分析,共得到3个与预后关系密切的免疫相关LncRNA(AC090181.2、LINC01235、LINC01943),并构建TNBC预后预测模型,该模型表达公式如下：风险评分...     

肺腺癌预后关键基因的筛选、验证及其调控通路分析

目的筛选肺腺癌预后关键基因并进行验证,分析其调控通路。方法从TCGA和GEO数据库获取肺腺癌转录组数据,筛选共同差异表达基因。将LASSO引入到COX回归模型中,进一步筛选预后关键基因。计算TCGA数据库获得的500例肺腺癌患者的预后关键基因相关风险评分,以风险评分中位数作为临界值将患者分为高风险组和低风险组,比较两组5年生存率。采用GEPIA数据库分析癌组织预后关键基因表达,Kaplan Meier-plotter数据库分析预后关键基因表达与肺腺癌患者预后的关系。采用基因集变异分析(GSVA)预测肺腺癌预后关键基因的调控通路。结果在TCGA、GEO数据库共得到166个共同差异表达基因,回归分析筛选出DCN、RRAS、ECT2和PCP4是肺腺癌预后关键基因。高、低风险组5年生存率分别为29.3%、48.4%,两组比较P <0.01。肺腺癌组织中DCN、RRAS mRNA表达均低于正常肺组织,PCP4、ECT2 mRNA表达均高于正常肺组织(P均<0.05)。RRAS、PCP4、ECT2高表达者5年生存率明显低于低表达者,DCN高表达者5年生存率明显高于低表达患者(P均<...     

乳腺大汗腺癌预后不良的危险因素及预测模型

目的 分析乳腺大汗腺癌预后不良的独立危险因素,构建乳腺大汗腺癌预后的预测模型。方法 从美国国立癌症研究监测、流行病学和最终结果数据库中检索并筛选出乳腺大汗腺癌患者638例,收集其临床资料,通过COX单因素及多因素比例风险回归分析法分析乳腺大汗腺癌预后不良的独立危险因素。基于乳腺大汗腺癌预后不良的独立危险因素构建乳腺大汗腺癌预后的预测列线图,采用一致性指数（C-指数）和校准曲线评价列线图的区分度和一致性。结果 年龄71～82岁、T4分期、M1分期是乳腺大汗腺癌预后不良的独立危险因素（P均<0.05）。基于预后不良的独立危险因素构建了3、5年乳腺大汗腺癌预后的预测列线图。列线图的C-指数为0.762(95%CI为0.728～0.796)。乳腺大汗腺癌预后的预测列线图预测的生存率与患者生存率接近。结论 年龄71～82岁、T4分期、M1分期的乳腺大汗腺癌患者的预后较差。成功构建乳腺大汗腺癌预后的预测模型,且模型的区分度及一致性均较好。     

基于铜死亡相关lncRNA构建乳腺癌预后预测模型

目的 构建铜死亡相关长链非编码核糖核酸（long non-coding RNA,lncRNA）预后预测模型,并进行效能验证。方法 从癌症基因组图谱数据库下载女性乳腺癌患者的转录组数据及临床信息,通过Pearson相关性分析鉴定乳腺癌组织中的铜死亡相关lncRNA。将铜死亡相关lncRNA及临床资料均完整的乳腺癌患者作为整体组,以1:1的比例随机分为训练组和验证组。在训练组中通过单因素Cox回归、Lasso回归筛选与乳腺癌患者预后关系密切的铜死亡相关lncRNA。基于上述选择的lncRNA,采用多因素Cox回归分析构建乳腺癌预后预测模型,再根据AIC值选择最佳乳腺癌预后预测模型（AIC值最小）。依据最佳乳腺癌预后预测模型计算所有患者的风险评分。以训练组患者的中位风险评分作为截断值,将所有患者分为高、低风险组,通过生存曲线、亚组生存分析验证预后预测模型的区分能力,通过ROC及一致性指数曲线验证预后预测模型的准确性,通过单因素和多因素Cox回归验证预后预测模型的独立性。通过对高、低风险组差异表达基因进行GO及KEGG富集分析,对高、低风险组患者进行免疫浸润分析验证预后预测模型的临床实用性。结...     

乳腺癌相关基因DNA甲基化的研究进展

乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤之一，严重威胁着妇女的健康。在乳腺癌发生过程中，除DNA序列改变外，表观遗传学改变在其形成过程中也具有重要作用。表观遗传学研究基因表达的变化，但不涉及DNA序列的改变。DNA甲基化是表观遗传学研究最深入的一种机制。DNA甲基化是指由DNA甲基转移酶（DNMT）催化，     

肺腺癌预后相关的炎症反应关键基因筛选及其预后预测模型建立

目的 筛选基于肺腺癌（LUAD）预后相关的炎症反应关键基因,并基于该基因构建预后预测模型。方法 在TCGA数据库中下载肺腺癌组织数据作为训练集,在GTEx数据库中下载正常肺组织数据作为训练集的正常对照,筛选差异表达基因（DEG）;在分子特征数据库中下载炎症反应相关基因列表,采用单变量COX回归分析其中与预后相关的炎症反应相关基因,与DEG取交集得到与LUAD预后相关的炎症反应相关基因,应用LASSO回归和随机生存森林（RSF）算法筛选与LUAD预后相关的炎症反应关键基因,并建立预后风险评分公式。使用训练集进行内部验证,从GEO数据库中下载LUAD数据作为验证集进行外部验证,绘制该预后风险评分预测患者1年、3年和5年生存率的受试者工作特征（ROC）曲线,根据cut-off值分为高、低风险组,比较其总生存期（OS）。单因素及多因素COX回归分析风险评分与训练集和验证集OS的关系,整合所有独立的预后相关因素,构建预测训练集患者1年、3年和5年生存率的列线图。结果 LUAD组织和正常肺组织的DEG共48个,与预后相关的炎症反应相关基因共50个,取交集后获得与LUAD预后相关的炎症反应相关基因共...     

乳腺癌骨转移预后相关因素分析

目的分析乳腺癌术后骨转移患者的预后相关因素。方法收集2001年12月～2006年12月天津医科大学附属肿瘤医院收治的乳腺癌术后首次发生远处转移且为骨转移的患者376例,回顾性分析其临床病理资料,并进行单因素和多因素逐步回归性分析。结果本组死亡260例,中位生存时间为33.0个月。单因素分析显示,肿瘤大小、病理类型、组织学分级、分子分型、乳腺癌术后是否规范化疗以及是否相继出现内脏转移与骨转移预后有关(P均<0.05);多因素分析显示,肿瘤分子分型、组织学分级、术后是否规范化疗和相继有无内脏转移与骨转移后预后有关(P均<0.05)。结论分子分型差、肿瘤组织分级高、术后未行规范化疗以及相继出现内脏转移是骨转移预后不良的独立危险因素。     

赫赛汀联合紫杉醇治疗HER-2过表达转移性乳腺癌

目的观察赫赛汀联合紫杉醇对人类表皮生长因子受体-2（HER-2）过表达的转移性乳腺癌的治疗效果。方法将86例HER-2过度表达的转移性乳腺癌患者随机分为赫赛汀联合紫杉醇治疗组（联合组,32例）、赫赛汀治疗组（单药组,25例）和紫杉醇联合表阿霉素治疗组（常规组,29例）,分别用相应药物治疗,8周为1疗程,观察各组疗效及不良反应。结果三组总有效率（RR）比较,联合组〉单药组〉对照组（P均〈0．05）;各组药物不良反应发生率比较,P〉0．05。结论与赫赛汀单独应用和常规化疗相比,赫赛汀联合紫杉醇能显著提高HER-2过表达的转移性乳腺癌的疗效,且不增加不良反应。     

应用基因芯片技术筛选胰腺癌相关基因

目的应用基因芯片技术筛选胰腺癌相关基因。方法将14000种人类基因PCR产物按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上，制成基因芯片。按一步法抽提4例胰腺癌和癌旁正常胰腺组织的总RNA，将等量的RNA分别逆转录合成荧光分子掺人的cDNA一链作探针，混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用ScanArray 4000扫描仪扫描芯片荧光信号图像，每点上两种荧光信号的强度分别代表Cy5-dCTP和Cy3-dCTP的量，获得的荧光信号图像用计算机分析。结果按差异显著性标准，从14000个基因中筛选出在胰腺癌组织中共同差异表达基因189条，其中已知基因101条，新基因88条。在筛选出的已知基因中，有50条表达上调，51条表达下调。结论基因芯片技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选胰腺癌相关基因。并高效对基因功能进行研究。胰腺癌基因表达谱的分析有助于认识肿瘤发病机制。     

65岁及以上老年女性乳腺癌患者临床特点及预后相关影响因素

老年女性乳腺癌占女性乳腺癌患者的多数〔1〕。老年女性新陈代谢变慢,卵巢功能下降,体内雌激素水平也随之锐减,常易合并多种并发症等情况使其临床治疗和诊断具有一定特点〔2〕。本研究旨在探讨老年女性乳腺癌患者的临床特点及影响其预后的因素。     

青年乳腺癌临床病理特点及预后分析

目的探讨青年女性乳腺癌的临床病理特点及年龄对预后的影响。方法按年龄将407例女性乳腺癌患者分为青年组（≤35岁）和对照组（〉35岁）,对比分析两组的临床病理特点,包括TNM分期、病理类型、肿瘤大小、淋巴结转移情况、雌激素受体（ER）表达、孕激素受体（PR）表达、人表皮生长因子受体2（c-erbB-2）表达和p53表达,并对全部患者进行随访,用Kaplan-Meier方法绘制生存曲线,Log-Rank检验比较组间无病生存（DFS）率的差异。结果青年组、对照组c-erBb-2阴性表达率分别为77.8%和59.0%（P=0.028）;3 a DFS率分别为84.9%和92.4%（P=0.010）;青年组ER、PR阴性表达率高,p53阳性率高,淋巴结易转移,但无统计学差异（P〉0.05）;两组间TNM分期、病理类型、肿瘤大小、手术方式、术后是否接受辅助放化疗及内分泌治疗等均无差异。结论青年乳腺癌复发转移出现早,预后差。     

P21在乳腺癌中的表达及与预后的关系

20 0 0～ 2 0 0 2年期间 ,我们采用免疫组化检测乳腺癌组织中 P2 1蛋白的表达 ,并探讨其与年龄、肿瘤大小、组织学分级、淋巴结转移、雌激素受体 (ER)和孕激素受体 (PR)的关系及其对预后的影响 ,现报告如下。1　资料与方法1 .1　一般资料　选取山东省立医院病理科 1 981～1 991年的乳腺癌部分存档蜡块 ,复阅 HE切片及临床病史资料 ,随机选择资料齐全且术前未作放化疗的 86例 ,取其原发灶作为研究材料。本组 86例乳腺癌患者的年龄为 2 4～ 77岁 ,中位年龄 48岁 ;瘤体≤2 .5 cm3 4例 ,>2 .5 cm5 2例 ;润性导管癌 83例 ,浸润性小叶癌 3例 ;…     

基于GEO和TCGA数据库食管鳞状细胞癌预后模型构建与验证

目的探讨食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织与正常组织之间的差异表达基因,构建ESCC的预后相关模型并验证其临床应用价值。方法首先,基于GSE20347、GSE23400、GSE26886、GSE45168、GSE77861数据集确定ESCC的差异表达基因。其次,经通路富集后使用STRING和Cytoscape软件筛选关键基因。随后,Kaplan-Meier Plotter和单变量Cox回归用于生存分析,多因素Cox回归应用于构建预后模型。实时荧光定量PCR用于验证预后相关基因的差异表达情况。此外,我们通过Kaplan-Meier曲线、ROC曲线、一致性指数、灵敏度和特异度验证模型的预后价值。最后,利用基因集富集分析进一步探讨ESCC预后机制。结果本研究发现98个差异表达基因和15个关键基因,其中6个关键基因与预后相关。此外,基于VCAN、ALOX12和ACPP的预后模型经验证临床应用价值较好。结论基于VCAN、ALOX12和ACPP的预后模型可独立预测ESCC的预后。     

基于生物信息学方法的喉鳞癌相分离相关基因调控机制分型分析与预后预测模型构建

目的 根据喉鳞癌患者转录组数据和临床参数,分析喉鳞癌相分离相关基因调控机制分型,并建立用于预测喉鳞癌患者生存时间的预后预测模型。方法 从TCGA数据库下载111例喉鳞癌、12例正常组织转录组测序数据作为TCGA队列,以本实验室自有的107例喉鳞癌及其对应癌旁组织转录组测序数据作为自测队列,进行生物信息学分析。使用R语言DESeq2分析癌组织中的差异表达的相分离相关基因。使用GSEA Preranked算法对每例患者个体进行调控机制评分,使用一致性聚类对患者进行调控机制分子分型;使用STRING在线数据库构建相分离相关基因互作网络,使用cluster Profiler对相分离相关基因进行富集分析;使用Cox回归法从喉鳞癌表达差异的相分离相关基因中筛选与喉鳞癌患者生存时间相关的基因,以此建立喉鳞癌预后预测模型,采用Kaplan-Meier显示相分离相关基因对喉鳞癌患者生存时间的影响;使用LASSO算法构建相分离相关基因喉鳞癌患者预后预测模型。基于预后预测模型和喉鳞癌患者的临床参数构建诺莫图,评估预后预测模型对喉鳞癌患者生存时间的预测能力。结果 从两个独立患者队列中共筛选出105个在喉鳞癌组...