BRIP1在胶质瘤中的表达及临床意义

目的 探讨乳腺癌易感基因相互作用蛋白1（BRIP1）在胶质瘤中的表达及其与病人预后的相关性。方法 从GEO数据库GPL570平台选取三个BRIP1基因表达谱芯片（GSE4290、GSE50161和GSE74195）分析胶质瘤BRIP1的表达情况。使用TCGA下载有关胶质瘤BRIP1表达、生存率和临床特征的数据，多因素Cox比例回归风险模型分析胶质瘤生存预后的影响因素；利用受试者工作特征（ROC）曲线评估BRIP1表达水平与胶质瘤生存预后的关系；通过基因富集分析胶质瘤BRIP1相关的细胞信号通路。结果 胶质瘤BRIP1表达水平相比于正常样本明显升高（P<0.05）。多因素Cox回归分析结果表明，BRIP1高表达（HR=1.250；95% CI: 1.056~1.480；P<0.001）是胶质瘤不良预后的独立危险因素。生存曲线分析显示，相较于BRIP1低表达组，BRIP1高表达组胶质瘤生存期明显缩短（P<0.001）。ROC曲线分析显示BRIP1表达水平预测胶质瘤1年不良预后的曲线下面积（AUC）为0.744，最佳截断值为0.302，敏感性为0.832，特异性为0.528；预测3年不良预后的AUC为0.801，最佳截断值为0.420，敏感性为0.696，特异性为0.809；预测5年不良预后的AUC为0.767，最佳截断值为0.420时，敏感性为0.593，特异性为0.842。基因富集分析显示BRIP1基因主要富集于DNA复制、同源重组、错配修复和细胞周期等信号转导通路。结论 BRIP1在人脑胶质瘤表达上调，与胶质瘤不良预后密切相关。     

ITGA4基因在脑胶质瘤中的表达及临床意义

目的 探讨整合素α4(ITGA4)基因在脑胶质瘤中的表达与临床意义。方法 计算机检索CGGA数据库获取mRNAseq-325数据集中325例脑胶质瘤的转录组测序（RNA-seq）数据及临床资料,并用m RNAseq-693数据集中693例脑胶质瘤进行验证。结果 胶质瘤ITGA4基因呈高表达（P<0.05）,与胶质瘤IDH基因型、1p/19q共缺失状态、WHO病理分级有关（P<0.05）,与胶质瘤MGMT启动子甲基化状态无明显关系（P>0.05）。多因素Cox回归分析显示,ITGA4高表达是胶质瘤生存预后不良的独立危险因素（P<0.05）。生存曲线分析显示,ITGA4高表达胶质瘤病人生存期明显缩短（P<0.05）。GO分析和KEGG分析显示,ITGA4基因调控的生物过程包括细胞粘附、血管生成及细胞迁移等,主要调控PI3K/AKT信号通路。结论 我们的结果提示胶质瘤ITGA4呈高表达,与胶质瘤不良生存预后密切相关,主要调控PI3K/AKT信号通路。     

脑胶质瘤FBLIM1的表达及临床意义

目的 探讨FBLIM1在脑胶质瘤中的表达及临床意义。方法 采用R软件分析UCSC数据库中癌症基因组图谱联合基因型组织表达数据集（TCGA、TARGET、GTEx）中的662例胶质瘤和1 157例正常脑组织的FBLIM1表达水平。利用TCGA数据库698例胶质瘤mRNA-seq及临床数据分析FBLIM1表达与胶质瘤临床特征的关系,用Cox比例回归风险模型分析胶质瘤生存预后的影响因素,采用Kaplan-Meier法分析TCGA数据库及中国脑胶质瘤基因组图谱（CGGA）数据库共计1 975例胶质瘤的FBLIM1表达与生存预后的关系。结果 胶质瘤FBLIM1表达水平较正常脑组织明显增高（P<0.05）,且肿瘤WHO分级越高,FBLIM1表达水平越高（P<0.05）;胶质瘤FBLIM1表达与IDH基因状态、1p/19q联合缺失、WHO分级及病人年龄显著相关（P<0.05）;FBLIM1过表达为胶质瘤病人生存预后不良的独立危险因素（OR=1.444;95% CI 1.032~2.020;P<0.05）;生存曲线分析显示FBLIM1高表达的胶质瘤病人中位总生存期较低表达病人明显缩短（P<0.05）。结论 胶质瘤FBLIM1呈高表达,与病人生存预后不良相关。     

阿尔茨海默病相关分子标志物APP和MAPT在人脑胶质瘤中的表达及临床意义

目的 研究阿尔茨海默病（AD）相关分子标志物APP和MAPT在人脑胶质瘤中的表达水平， 及作为脑胶质瘤潜在预后判断标志物和干预靶点的意义。方法 纳入中国脑胶质瘤基因组图谱计划 （CGGA）和癌症基因组图谱计划（TCGA）2 个数据库中的 325 个和 609 个Ⅱ～Ⅳ级胶质瘤患者，收集患者的 WHO 病理分级、原发或继发状态、IDH 突变状态、1p/19q 杂合缺失状态、生存期等数据以及 APP 和 MAPT 2 种基因的表达水平。对基因表达水平进行标准化处理后，比较 2 种基因在各级别胶质瘤、IDH 突变 / 野生型、1p/19q 杂合缺失 / 野生型中的表达差异。采用 Kaplan-Meier（K-M）生存曲线分析 2 种基因水平 与原发、继发胶质瘤预后的关系，并采用 Log-rank 进行比较。在 CGGA 和 TCGA 数据库中筛选与 MAPT 表达水平相关的基因列表，采用基因本体论（GO）功能富集分析 MAPT 影响胶质瘤预后的分子机制。 结果 在 CGGA 和 TCGA 数据库中，Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ级胶质瘤患者之间的 MAPT 表达水平两两比较，差异均有 统计学意义（均P＜ 0.01）。在 TCGA 数据库中，仅Ⅲ、Ⅳ级胶质瘤患者之间的 APP 表达水平比较，差异有 统计学意义（P＜ 0.01）。在 CGGA 和 TCGA 数据库中，Ⅱ～Ⅳ级胶质瘤 IDH 突变型患者的 MAPT 表达水 平均高于 IDH 野生型患者，差异均有统计学意义（均P＜ 0.01）；在 TCGA 数据库中，Ⅳ级胶质瘤 IDH 突变 型 APP 表达水平高于野生型患者，差异有统计学意义（P＜ 0.05）。在 TCGA 数据库中，APP 在Ⅱ、Ⅲ级胶 质瘤以及 MAPT 在Ⅲ级胶质瘤患者 1p/19q 杂合缺失和野生型之间的表达水平比较，差异有统计学意义 （P＜ 0.001）；在 CGGA 数据库中，Ⅳ级胶质瘤 1p/19q 杂合缺失和野生型患者之间的 MAPT 表达水平比较， 差异有统计学意义（P＜ 0.001）。K-M 生存曲线分析显示，MAPT 基因能够有效判断原发性胶质瘤患者的 预后，MAPT 表达水平较高的患者预后较好（P＜ 0.001）。GO 功能富集分析显示，MAPT 表达水平与胶质 瘤的肌动蛋白细胞骨架组装、微管蛋白细胞骨架组装、Wnt 通路、神经系统发育、以 DNA 为模板的转录 调控、RNA 聚合酶Ⅱ启动子转录调控呈正相关，与细胞迁移、细胞黏附、血管生成、细胞分裂、细胞增殖 等呈负相关。细胞模型验证发现，MAPT 过表达能够抑制胶质瘤细胞的迁移和侵袭能力。结论 MAPT 表达水平可以预测原发性胶质瘤患者的预后，且 MAPT 与胶质瘤恶性程度存在相关性，是胶质瘤研究和 治疗的潜在靶点。     

人脑胶质瘤组织BIRC2表达变化及临床意义

目的 探讨人脑胶质瘤组织含杆状病毒IAP重复蛋白2（BIRC2）表达变化及临床意义。方法 从GEO数据库获取人脑胶质瘤的基因表达芯片进行差异表达基因分析,并借助TCGA数据库对筛选出的BIRC2基因在人脑胶质瘤中的表达及预后进行分析,同时通过GSEA分析BIRC2在人脑胶质瘤中的作用机制进行预测。结果 从GEO数据库筛选GSE66354芯片中筛选出BIRC2为上调表达基因。TCGA数据库分析结果表明,BIRC2在多形性胶质母细胞瘤中的表达显著高于正常脑组织（P<0.05）,预后分析表明BIRC2高表达胶质瘤病人预后更差（P<0.05）,GSEA分析显示BIRC2的作用主要发生在蛋白质翻译启动等过程。结论 本文结果提示BIRC2可能与人脑胶质瘤的发生、发展有关,检测BIRC2基因可用于评估人脑胶质瘤病人预后。     

STK40在脑胶质瘤中的表达及其临床意义的生信分析

目的 探讨丝氨酸/酸酸蛋白激酶40（STK40）在脑胶质瘤中的表达及其临床意义。方法 计算机检索GEPIA数据库,运用生物信息学方法分析STK40在胶质瘤组织及正常脑组织中的表达差异;同时,检索CGGA数据库中693例脑胶质瘤的基因信息及临床资料,运用Kaplan-Meier生存曲线分析STK40表达水平与脑胶质瘤生存预后的关系;采用多因素Cox比例回归风险模型分析脑胶质瘤生存预后的影响因素。结果 GEPIA数据库分析显示,胶质母细胞瘤组织STK40表达水平较正常脑组织明显增高（P<0.05）。STK40表达水平与胶质瘤病理级别呈正相关,随胶质瘤病理级别增高,STK40表达水平明显增高（P<0.0001）。多因素Cox风险比例回归模型分析结果显示,STK40高表达是脑胶质瘤生存预后不良的独立危险因素（P<0.05）。Kaplan-Meier生存曲线分析显示,STK40高表达组中位总生存期较低表达组明显缩短（P<0.0001）;而且STK40高表达明显降低胶质瘤放/化疗的效果（P<0.0001）。Pearson相关性分析显示,ERK下游产物SRF与STK40呈明显正相关（r=0.45;P<0.0001）,JNK下游产物ATF2与STK40表达水平呈明显负相关（r=-0.167;P<0.0001）。结论 胶质瘤STK40呈高表达,与病人生存预后不良有关,其作用机制可能与ERK/MAPK及JNK/MAPK信号通路有关。     

IDH突变调控BMP2、COL27A1和SERPINA5基因表达影响人脑胶质瘤的生存预后

目的 探讨异柠檬酸脱氢酶（IDH）突变影响胶质瘤临床预后的潜在分子机制。方法 计算机检索CGGA和TCGA数据库,获取胶质瘤RNA测序数据（RNA-seq）,应用生物信息学分析方法分析IDH突变改善胶质瘤临床预后的潜在分子机制。结果从TCGA数据库下载胶质母细胞瘤（GBM）和低级别胶质瘤（LGG）相关RNA-seq,从CGCA数据量下载648例胶质瘤的RNAseq(234例GBM和414例LGG),从GEO数据量下载单细胞RNA-seq数据GSE131928数据集（28例IDH野生型GBM）。GO和KEGG分析显示,IDH突变显著下调胞外基质（ECM）相关基因表达,GEPIA分析显示BMP2、COL27A1、SERPINA5、VEGFA基因表达水平与胶质瘤生存预后有关,多因素Cox比例回归风险模型分析显示BMP2、COL27A1、SERPINA5基因表达是胶质瘤生存预后独立影响因素,BMP2联合SERPINA5预测胶质瘤生存预后效果最好。结论 我们结果提示胶质瘤IDH基因突变,可能通过调控BMP2、COL27A1和SERPINA5基因表达,影响病人生存预后。     

低级别胶质瘤自噬相关基因预后分类器的构建及验证

目的 本研究旨在构建自噬相关基因(ARGs)的风险分类器,从而预测低级别胶质瘤(LGG)患者的生存率。方法 从UCSC Xena, CGGA, GlioVis和GTEx公共数据库中获取LGG患者和正常脑组织数据,结合人类自噬数据库筛选出232个ARGs。通过差异分析得到差异ARGs。在训练集中,利用单因素Cox回归分析和LASSO回归分析,构建ARGs的预后分类器。通过绘制受试者工作特征(ROC)曲线确定最佳Cut-off值。Kaplan-Meier生存曲线和ROC曲线下面积(AUC)用于评估分类器性能,并在内部数据集和外部数据集中验证。Cox回归分析用于评估分类器的独立预后价值。最后,结合常见临床参数和风险分类用于构建列线图模型,并利用ROC曲线,一致性指数和校准曲线评估该模型的预测能力。结果 本研究构建了由6个ARGs(BAG1、 PTK6、 EEF2、 PEA15、 ITGA6和MAP1LC3C)的预后风险分类器,其可将LGG患者分为具有明显生存差异的高、低风险组在多个数据集(均P<0.05)。5年AUC值显示该分类器在训练集,内部验证集和TCGA总集中分别为0.837, ...     

非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶12基因在脑胶质瘤中的表达及意义

目的基于中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)和癌症基因组图谱计划(TCGA)数据库分析非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶12基因(PTPN12)在脑胶质瘤中的表达和意义。方法回顾性分析CGGA数据库(325例)和TCGA数据库(636例)中脑胶质瘤患者的临床资料和RNA测序数据。分析不同世界卫生组织(WHO)肿瘤级别、四分型亚型、异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变状态、O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化状态的患者PTPN12表达量的差异。根据PTPN12的表达量将患者分为PTPN12高表达组和PTPN12低表达组,采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,比较两组患者的生存差异。采用单因素和多因素Cox回归分析法判断PTPN12对脑胶质瘤患者的预后作用。进一步通过基因本体(GO)功能富集分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析获得基因相关的功能以及有关的通路。结果两数据库中,PTPN12的表达量均随脑胶质瘤病理级别的升高而升高(均P<0.01);与IDH突变型比较,IDH野生型中PTPN12表达量升高(均P<0.01);MGMT启动子非甲基化者PTPN12表达量高于MGMT启动子甲基化者(均P<0.01);PTPN12在经典型、间质型、神经元型以及前神经元型中表达量的差异均具有统计学意义,间质型中表达量最高(均P<0.01)。两数据库中,PTPN12高表达者均比低表达者的生存期短(均P<0.01)。两个数据库中,多因素Cox回归分析结果均显示,PTPN12表达量为脑胶质瘤患者生存期的独立影响因素(CGGA数据库中,HR=1.433,95%CI:1.094~1.876,P=0.009;TCGA数据库中,HR=1.588,95%CI:1.018~2.477,P=0.042)。GO分析结果显示,PTPN12表达量正相关的基因更多地富集在增殖、凋亡、黏附、蛋白水解、免疫反应、血管生成、药物反应、缺氧反应、肿瘤细胞G2/M期的转化、肿瘤细胞G1/S期的转化等多个与脑胶质瘤恶性进展相关的功能上。KEGG分析结果显示,与PTPN12表达量呈正相关的基因更多地富集在肿瘤相关通路、PI3K-Akt通路、丝裂原活化蛋白激酶通路、肿瘤坏死因子通路、缺氧诱导因子1通路、p53通路、凋亡通路以及细胞周期通路上。结论不同WHO肿瘤级别的脑胶质瘤患者PTPN12表达量不同,PTPN12表达量可独立用于脑胶质瘤患者的预后判断,且与多个脑胶质瘤恶性进展相关的功能和通路有关。     

基于细胞周期相关基因的胶质瘤患者预后模型构建与验证

目的 探讨细胞周期相关基因在胶质瘤患者中的表达及预后价值。方法 利用CGGA数据库筛选与胶质瘤患者预后相关的细胞周期基因，并基于CGGA与TCGA中胶质瘤患者的临床数据，通过LASSO回归分析，构建预测患者生存情况的预后模型。根据计算公式，区分高低风险组患者，组间进行GSEA富集分析与ssGSEA免疫微环境分析。结果 筛选到10个与患者预后密切相关的细胞周期基因，LASSO回归分析纳入4个基因[细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2C（CDKN2C）、姐妹染色单体分离的PTTG1调控因子（PTTG1）、细胞周期蛋白依赖性激酶2（CDK2）、WEE1 G2检查点激酶（WEE1）]构建预后模型，计算公式为：风险值（risk socre）=（0.008）×CDKN2C表达量+（0.022）×PTTG1表达量+（0.031）×CDK2表达量+（0.127）×WEE1表达量。生存分析显示，高风险组患者生存率低于低风险组，ROC曲线表明，模型在CGGA与TCGA队列中，均具有较好的预测能力。GSEA富集分析显示，高风险组富集到多个细胞周期进程相关的信号通路，提示可能参与胶质瘤的恶性进程。免疫微环境分析表明，高风险组患者的免疫细胞浸润与免疫反应激活程度均高于低风险组。结论 基于细胞周期相关基因的预后模型可较好地应用于胶质瘤患者的预后预测，纳入的关键基因可能是胶质瘤治疗的可靠靶点。 [国际神经病学神经外科学杂志, 2023, 50(4): 15-24]