基于TCGA数据库构建肾透明细胞癌自噬相关基因风险预测模型

目的 基于TCGA数据库中差异表达自噬相关基因(DEARGs)构建肾透明细胞癌(ccRCC)预后预测模型.方法 从TCGA数据库中下载537例ccRCC及96例正常组织RNA测序数据,提取自噬相关基因(ARGs)表达谱.通过对比癌和正常组织,获取差异表达基因列表,将其中489例有配对临床信息的ccRCC样本通过随机抽样的方法按照7:3的比例拆分为训练组(n=344)与验证组(n=145),在训练组中利用单因素和多因素Cox回归分析构建预后预测模型,并在验证组中对模型进行验证评估.结果 分析筛选出36个DEARGs,运用单因素和多因素Cox回归分析筛选得8个DEARGs(CX3CL1、PRKCQ、RAB、VMP1、IFNG、EIF4EBP1、ATG16L2和BID)及其风险系数(coefficient,COEF),并计算每位患者的风险评分(RS),以中位风险评分(RS)为截断值,将训练组和验证组的患者分为低风险组和高风险组.Kaplan-Meier法和Log-Rank法分析显示,RS高的患者总体生存率差于评分低的患者(P<0.05).研究在验证组得到一致性的结果(P<0.05).此外,多因素回归分析揭示该预测模型是ccRCC患者预后预测的独立风险因子(P<0.05).结论 自噬相关差异表达基因是ccRCC患者潜在的诊断和预后评估标志物,可为患者术后个体化治疗提供理论支持.     

基于自噬相关基因的肝细胞癌患者预后预测模型

目的:通过自噬相关基因表达水平来构建一个肝细胞癌患者预后预测模型并进行验证.方法:从TCGA及ICGC数据库下载肝细胞癌患者基因表达数据及相应临床数据.在TCGA组中通过单因素Cox分析找到肿瘤组织与正常组织间差异表达的自噬相关基因,再筛选出与患者总体生存期显著相关的差异表达基因作为候选建模基因,通过Lasso回归分析...     

基于TCGA 数据库的肺腺癌自噬基因预后模型的建立与应用

摘要 ：目的 利用 TCGA 数据库建立预测肺腺癌预后的自噬相关基因预后模型。 方法 通过 R 语言软件筛选出 TCGA 数据库中肺腺癌样本及癌旁样本中差异表达的自噬基因,探讨其潜在功能。R（v 3.6.1）筛选预后相关的自噬基因（ATG）,计算各样本的风险值（RS）并构建预后模型,进一步探讨RS与生存关系。同时验证ATG与对临床信息的相关性。结果 共筛选出 9个表达差异ATG（RAC1、SQSTM1、CD46、NRG3、IKBKB、VMP1、WIPI1、FKBP1B、IKBKB）。Kaplan-Meier 生存分析证实,高RS的LUAD患者总体生存率明显缩短 （p<0.05）。Cox 回归分析显示RS是肺腺癌患者独立预后因素（p<0.05）。结论 RS可用于预测肺腺癌细胞癌患者的预后,有利于进一步指导临床治疗。     

基于TGGA数据库构建肺腺癌自噬相关基因预后风险模型

目的 基于TCGA数据库,结合人类自噬数据库构建预测肺腺癌患者预后的风险模型,探讨自噬相关基因预后风险模型对肺腺癌患者预后的预测性能及与免疫微环境的相关性。方法 从癌症基因组图谱数据库下载肺腺癌患者临床信息和转录组数据,结合人类自噬数据库筛选出232个自噬相关基因。通过Cox回归分析筛选出4个独立与预后相关的自噬基因,并采用风险评分构建肺腺癌预后预测模型,用ROC曲线评价预测模型性能。使用ESTIMATE和CIBERSORT在线网站(https://cibersort.stanford.edu/)探索风险评分与肿瘤免疫微环境之间的关系。结果 肺腺癌中有30个差异表达的自噬相关基因,其中4个自噬基因(BIRC5、ERO1A、ITGB4、NLRC4)具有预测患者预后的功能。依据风险评分进行分组,Kaplan-Meier分析表明高风险组生存率低于低风险组(P <0.000 1)。ROC曲线表明风险评分模型判断肺腺癌预后的准确性(AUC=0.757)。ESTIMATE和CIBERSORT分析提示风险评分模型与肿瘤微环境中的多个免疫细胞亚群浸润相关。结论 自噬相关基因预后风险模型较临床数据...     

基于TCGA数据库的食管鳞癌代谢相关基因预后风险模型的建立

目的：探索影响食管鳞状细胞癌(ESCC)患者预后的代谢相关基因,构建ESCC患者的预后风险模型。方法：从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载食管癌的转录组数据和临床病例资料。从转录组数据中提取出代谢相关基因的数据,筛选ESCC组织和正常组织中差异表达的代谢基因。运用单因素COX分析、Lasso回归分析、多因素COX分析构建预后风险模型,并用受试者工作特征(ROC)曲线评估代谢相关基因预后模型的预测能力,并对高低风险组进行GSEA分析。结果：肿瘤组和对照组共存在280个差异表达的代谢相关基因,其中乙醛脱氢酶1A1(ALDH1A1)、黑酸1,2-二加氧酶(HGD)以及DNA引物酶多肽1(PRIM1)与ESCC的预后相关。Kaplan-Meier分析显示,相较于低风险组,高风险组的总体生存期降低(P<0.01)。ROC曲线分析及多因素COX回归分析表明,该预后模型具有良好的预测效能[曲线下面积(AUC)=0.741],可以作为一个独立的预后因素(HR=11.66,P<0.001)。结论：基于代谢相关基因构建的预后风险模型可以作为ESCC患者的预后因素,为寻找新的食管癌治疗靶点提供...     

自噬相关基因同膀胱癌预后的关系研究

目的 分析自噬相关基因在膀胱癌中表达模式并基于自噬相关基因构建膀胱癌预后模型。方法 基于癌症基因组图谱数据库中膀胱癌患者基因表达谱数据和临床相关信息,分析自噬相关基因在膀胱癌中的表达模式;利用单因素、多因素Cox回归模型,筛选同膀胱癌预后相关的自噬相关差异表达基因,建立预后风险模型;利用不同来源的数据集（GSE48075）评估建立的预后风险模型。结果 共筛选出38个膀胱癌组织中差异表达的自噬相关基因,MYC、SPHK1、NAMPT、 P4HB、 SPNS1、 DIRAS3、 TP63、 APOL1、 ITGA3等自噬相关基因表达同膀胱癌预后相关,利用MYC、SPHK1、NAMPT等自噬相关基因成功构建了膀胱癌预后风险模型,风险模型验证结果表明该模型对膀胱癌预后有较好的预测效果,表现为预后模型低风险组预后良好,高风险组预后较差。结论 膀胱癌风险预后模型可较好地预测膀胱癌患者生存情况。     

自噬在肝细胞癌发病中的作用

自噬作为机体维持内环境稳态的一种特殊机制,与肝细胞癌的发生发展密切相关。在肝细胞癌早期,通过适当提高自噬水平,可加速细胞“推陈出新”,有效延缓肝细胞癌进展;在肝细胞癌中晚期,过高水平自噬又促进肿瘤进展。因此,自噬水平对于肝癌发生发展具有双向作用,这与中医“正邪理论”有相似之处。临床可通过调整正邪平衡、维持自噬水平的方法调控肝细胞癌进程。     

自噬基因结肠癌预后模型建立及验证

目的 通过筛选结肠癌预后自噬相关基因,构建一种基于差异表达自噬基因的结肠癌预后模型,探讨其特征及临床意义.方法 在癌症基因组数据库(TCGA)中,检索结肠癌的转录组数据,利用wilcox检验进行差异分析,筛选出结肠癌差异表达的自噬基因,对其进行KEGG pathway和GO功能富集分析.结合临床信息,使用COX分析筛选...     

自噬相关基因对老年女性乳腺癌预后预测的价值

目的:探索自噬相关基因(ARG)对老年女性乳腺癌预后预测的价值.方法:分别从TCGA和HADb数据库中下载得到老年女性乳腺癌504例的病例信息和ARG信息.将病例按7:3的比例分为训练集(n=356)和验证集(n=148).乳腺癌患者总生存期定义为从随机化开始至因任何原因死亡的时间.在训练集中,通过Cox回归分析筛选与...     

与胰腺癌免疫预后相关的自噬相关基因预测

目的 通过表征自噬相关基因(ARGs)在胰腺癌(PAAD)中的表达模式和预后,寻找与胰腺癌免疫治疗预后不良相关的候选基因.方法 从人类自噬数据库(HADb)和基因集富集分析(GSEA)网站获得566个自噬相关基因,通过GEPIA、Kaplan-Meier Plotter和cBioPortal数据库检测胰腺癌患者中ARG...     

基于COVID-19相关基因的肝细胞癌分子分型及预后模型构建与验证

目的：基于新型冠状病毒肺炎（COVID-19）相关基因对肝细胞癌进行分子分型,并建立预后模型。方法：收集GeneCard数据库中COVID-19相关基因,分析其在肝细胞癌患者癌与癌旁组织的基因表达量差异,通过一致聚类分析进行分子分型。使用limma包计算不同分子亚型之间差异表达基因并进行功能富集分析。使用R软件包“ESTIMATE”评估不同分子亚型的免疫评分。使用Cox比例风险回归模型和lasso回归构建多基因预后模型,并在其他数据库进行外部验证。结果：基于28个COVID-19相关基因将TCGA的365个肝细胞癌（LIHC）样本分成3个亚型,预后较差的C2亚型具有更高的免疫评分。多因素Cox回归分析结果说明5基因模型是肝细胞癌患者的独立预后危险因素。细胞周期、同源重组等肿瘤相关通路随着风险评分的升高而增加,提示高风险组具有更强的侵袭性。结论：构建了基于COVID-19相关基因的肝细胞癌分子亚型,并开发了预后相关的5基因模型（VEGFA、CD14、CD209、REN、PSMD1）。     

自噬基因预测肝癌患者长期生存及通路分析

目的 探究自噬相关基因(autophagy-related genes,ARGs)对肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者整体生存(overall survival,OS)的影响.方法 收集TCGA数据库中377例肝细胞癌患者组织的全部转录组表达数据,利用GO及KEGG富集分析差异表达...     

RNA结合蛋白相关肝细胞癌预后模型的建立与验证

目的 探究RNA结合蛋白(RBP)在肝细胞癌(HCC)中的表达及对患者预后的影响.方法 从癌症基因组图谱数据库(TCGA)下载HCC的RNA序列数据,测定正常组织和肿瘤组织中差异表达的RBP水平,通过单因素、多因素回归分析筛选影响HCC患者预后的独立RBP,并构建预后模型.结果 基于EIF2AK4、PRKDC、DHX3...     

舌癌与自噬相关基因的研究进展

自噬是细胞通过溶酶体降解细胞内废物,维持细胞稳态的一种进化上保守的行为。自噬与癌症的关系具有两面性,一方面可以自食,另一方面在癌细胞形成后,又可通过自噬为癌细胞提供存活的能量。舌癌作为一个高发、预后差的癌症,为近年来研究的热点。迄今为止,已有30多种自噬相关基因及其蛋白质被发现并研究,其与癌症有着不可分割的关系。通过研究自噬基因与舌癌的关系,可以为舌癌的治疗及预后评估提供依据。     

构建基于自噬相关lncRNAs皮肤黑色素瘤预后模型

目的：构建预测皮肤黑色素瘤（SKCM)预后的自噬相关长链非编码RNA(lncRNAs)风险模型,寻找与SKCM预后相关的新的生物学标志物。方法：从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获得SKCM的lncRNAs的表达谱,以构建自噬基因与lncRNAs共表达网络。Lasso回归和多因素Cox回归寻找与自噬相关lncRNAs。根据自噬相关lncRNAs建立风险评分,并使用Cox回归检验其是否为独立的预后因素。利用GO和KEGG分析自噬相关lncRNAs的功能富集。结果：SKCM中鉴定出有11个自噬相关lncRNAs,其中7个（USP30-AS1、HCP5、WAC-AS1、EBLN3P、AL162171.1、LINC00339、THCAT158）是保护性因素,4个（LINC00518、AC009570.1、AC009495.2、LINC00665）是危险因素。根据风险评分Kaplan-Meier生存分析发现,高风险组SKCM预后明显差于低风险组,差异有统计学意义（P<0.001）。Cox回归提示风险评分（HR=1.333,95%CI:1.214～1.465,P<0.001）是影响S...     

自噬相关基因在急性髓系白血病中的预后意义

目的 基于生物信息学方法,研究自噬相关基因在急性髓系白血病(AML)中的预后意义.方法 根据从The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库下载AML的RNA-seq数据和临床数据,基于自噬基因的表达谱,使用单因素Cox回归分析确定与AML的总生存期(OS)显著相关的自噬相关基因;使用LASSO回归...