帕金森病黑质基因的生物信息学分析

目的 挖掘帕金森病黑质改变的关键信号分子,进一步阐明帕金森病发病的生物信息学基础。方法 在GEO数据库中下载并筛选帕金森病黑质的差异表达基因,利用STRING在线数据库构建蛋白与蛋白互作网络分析,运用Cytoscape筛选出关键基因,通过DAVID数据库平台对差异基因进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果 下载得到基因芯片GSE20333的数据,获得63个差异基因,其中5个上调基因,58个下调基因。筛选出PIK3GG、P2RY10、LDHC、INADL等10个关键基因。GO分析显示差异基因主要富集在细胞外、细胞膜。KEGG分析主要设计催乳激素信号通路、造血细胞谱系和癌症中的胆碱代谢等信号通路。结论 本研究得出的关键基因和信号通路可能与帕金森病黑质改变的分子过程有关,为深入研究帕金森病的治疗提供理论参考。     

溃疡性结肠炎中巨噬细胞差异基因及功能分析

目的 研究溃疡性结肠炎（UC）肠道巨噬细胞的基因表达差异和生物学功能。方法 选取2019年1月至12月前往the VA San Diego医疗机构就诊的7例UC患者和7名健康对照者为研究对象。分析直肠黏膜单细胞测序数据,比较巨噬细胞的差异表达基因,进行基因本体（GO）功能富集和京都基因和基因组数据库（KEGG）信号通路富集分析。结果 过滤细胞,确定巨噬细胞群。筛选出UC组和对照组肠黏膜差异基因31个,包括TIMP1、IFITM3、IGHG1等。对差异基因进行GO和KEGG富集分析,发现主要富集于氧化应激生物学过程和IL-17信号通路。结论 肠道巨噬细胞的氧化应激和IL-17信号通路可能参与UC疾病过程。     

右美托咪定对老年小鼠海马和杏仁核半胱氨酸蛋白酶-3基因表达影响的实验研究

目的:探讨右美托咪定对老年小鼠海马和杏仁核半胱氨酸蛋白酶-3(Caspase-3)基因表达的影响。方法:48只老年(18月龄)小鼠随机平分为三组:对照组、舒芬太尼组与右美托咪定组。舒芬太尼组与右美托咪定组分别给予5μg/kg舒芬太尼与5μg/kg右美托咪定进行腹腔注射,对照组给予等容量0.9%氯化钠溶液腹腔注射,每周1次,持续8周,检测Caspase-3表达变化情况。结果:舒芬太尼组与右美托咪定组干预第4周与第8周的逃避潜伏期低于对照组(均P<0.05),穿越平台次数与处于平台所在象限时间高于对照组(P<0.05),舒芬太尼组与右美托咪定组对比差异有统计学意义(P<0.05)。舒芬太尼组与右美托咪定组干预第4周与第8周的血清去甲肾上腺素含量高于对照组(均P<0.05),TNF-α含量低于对照组(P<0.05),舒芬太尼组与右美托咪定组对比差异有统计学意义(P<0.05)。舒芬太尼组与右美托咪定组干预第8周的海马和杏仁核Caspase-3基因、蛋白表达水平低于对照组(均P<0.05),舒芬太尼组低于右美托咪定组(P<0.05)。结论:右美托...     

近视小鼠巩膜成纤维细胞的基因表达谱:基于单细胞RNA测序的生物信息学分析

目的 利用单细胞RNA测序( RNA-seq)技术探索巩膜成纤维细胞在近视形成前后基因表达的变化探索巩膜成纤维细胞在近视中的作用机制。方法 将正常健康的C57BL/6J小鼠按随机数字法平均分为近视模型组与阴性对照组，6只/组。阴性对照组双眼前节无遮盖、近视模型组使用半透明眼罩行右眼形觉剥夺，实验开始及结束时均测眼轴，并单细胞捕获右眼巩膜成纤维细胞进行RNA-seq，筛选差异表达基因，使用GO功能分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）途径进行功能显著性富集分析。结果 近视模型组与阴性对照组比较，筛选出差异基因169个（P>0.05），112个上调基因和 57个下调基因，分子功能中71个GO项（P<0.05）。GO功能分析显示差异基因中有：白细胞聚集、分化以及细胞黏附等与炎症相关GO项；ATP代谢与结合，氧化还原过程、氧化应激反应、氧化磷酸化等与缺氧相关的GO项；蛋白质折叠、蛋白质转运以及蛋白质代谢过程的负调控、内质网、内质网腔、内质网应激等与蛋白质及内质网应激相关GO的生物学过程。KEGG分析显示差异基因显著的富集信号通路主要为与缺氧相关的三羧酸循环、氧化磷酸化、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、氧化磷酸化等通路，与炎症相关的丝裂原活化蛋白激酶信号通路、白细胞跨内皮转运等，以及与蛋白质相关的帕金森氏病、亨廷顿病、蛋白质消化吸收等通路。结论 巩膜成纤维细胞在近视形成过程中出现功能障碍，与炎症、缺氧、蛋白质调节及内质网应激的相关基因表达和通路的调节有一定关系。     

基于mRNA-Seq数据筛选Mn2+调控小鼠巨噬细胞的差异表达基因及功能的初步分析

对Mn2+调控的小鼠巨噬细胞mRNA进行测序和生物信息学分析,筛选出差异表达的基因并分析其生物学功能,探究Mn2+对小鼠巨噬细胞的调控作用。采用MnCl2 和NaCl分别处理小鼠腹腔巨噬细胞24 h,利用mRNA-Seq方法筛选出Mn2+调控巨噬细胞的差异表达基因,并对差异基因进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomesm, KEGG）和基因本体论（Gene Ontology, GO）通路富集分析及qRT-PCR的验证。通过整合数据库信息和分析获得1637个差异表达基因,其中表达明显上调的基因有912个,表达明显下调的基因有725个,其中与免疫相关差异最显著的10个基因qRT-PCR验证结果与mRNA测序分析趋势一致。GO富集分析表明10个差异基因具有免疫吞噬、细胞增殖和分化及转录因子调控等生物活性,KEGG通路主要富集在PI3-Akt、NF-κB信号通路。通过mRNA-Seq数据筛选Mn2+调控小鼠巨噬细胞的差异表达基因及其GO和KEGG富集分析,结果表明Mn2+对巨噬细胞具有明显的免疫调节作用。     

非肝硬化乙型肝炎病毒相关肝细胞癌的转录组测序及其对患者生存的影响

目的 通过转录组测序以及生物信息学分析探讨非肝硬化乙型肝炎病毒(hepatitis B viral, HBV)相关肝细胞癌的转录特征及与患者生存的关系。方法 通过转录组测序获得非肝硬化HBV相关肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)的差异表达基因；利用基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)数据库富集分析获得差异表达基因涉及的生物功能过程及信号通路；通过基因-基因功能相互作用网络分析获得关键基因；利用癌症基因图谱(the cancer genome atlas, TCGA)数据库肝癌队列对关键基因进行生存预后分析。结果 共发现上调差异基因3 672个，下调差异基因2 715个。GO功能富集分析主要涉及细胞分化、DNA复制、DNA修复、炎症反应免疫应答、细胞黏附等。KEGG通路富集主要包括细胞周期、氧化磷酸化、p53信号通路、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor, TNF)信号通路和核因子κB(nuclear f...     

转录组测序分析急、慢性乙型肝炎患者外周血单个核细胞基因变化

目的 筛选急性乙型肝炎(acute hepatitis B,AHB)和慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)外周血单个核细胞中异常表达基因。方法 收集在右江民族医学院附属医院就诊的3例AHB与3例CHB外周血,分离单个核细胞,提取RNA后进行转录组测序,根据P<0.05且|log2FC|>1计算两组样本的表达差异,绘制差异基因热图。对差异基因进行GO功能与KEGG信号通路聚类。结果 AHB组和CHB组两组间满足P<0.05且|log2FC|>1差异条件的基因共计725个,其中上调372个,下调353个。差异基因主要富集的GO功能：微管发生功能、内源性刺激反应功能、组织发生功能、细胞增殖调控功能与细胞增殖功能和细胞外区域功能。差异基因主要富集的KEGG信号通路：PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、硫胺素代谢通路、癌症转录失调和IL-17信号通路。结论 提供了AHB和CHB外周血单个核细胞中差异表达基因变化的一般情况与可能调控功能和通路,可能有助于阐明AHB和CHB的发展机制。     

大鼠脑缺血再灌注时右美托咪定对JAK1/STAT1信号通路的影响

目的:探讨大鼠脑缺血再灌注时右美托咪定对JAK1/STAT1信号通路的影响。方法:选取体重220～260g,SD大鼠40只,随机分为5组(n=8):假手术组(C组)、脑缺血再灌注组(I/R组)、右美托咪定25μg/kg组(D1组)、右美托咪定50μg/kg组(D2组)、右美托咪定75μg/kg组(D3组),实验开始时,C组仅进行外科操作暴露颈外动脉而不造成脑缺血,I/R组进行脑缺血操作30min前腹腔内注射无菌生理盐水1ml,D1组、D2组、D3组分别于脑缺血操作30min前腹腔内注射右美托咪定25μg/kg、50μg/kg、75μg/kg(均稀释至1ml)。缺血120min后,将I/R组、D1组、D2组、D3组预留的尼龙线线栓退出,恢复大脑中动脉血供,实现再灌注。术后24h后,每组选取2只大鼠取脑组织采用Western Blot方法检测其p-JAK1、p-STAT1表达水平。结果:脑缺血再灌注时,脑皮质缺血半暗带区p-JAK1、p-STAT1的表达均增高,在右美托咪定治疗组中p-JAK1、p-STAT1的表达均有所减低,其中右美托咪定50μg/kg组降低最为明显。结论:右美托咪定对大鼠脑缺血再灌注损伤时保护作用与其下调JAK1/STAT1信号转导通路有关,其中右美托咪定50μg/kg组更为明显。     

右美托咪定对胃癌手术患者认知功能及 血清IL-6 和PI3K/AKT 表达的影响

目的 探讨右美托咪定对胃癌手术患者认知功能保护作用及对患者血清IL-6 及PI3K/AKT 表达 的影响。方法 选取该院收治的80 例胃癌手术患者作为研究对象,按入院先后顺序分为右美组和对照组,每 组各40 例。对照组患者采用静吸复合麻醉方法,在该基础上右美组患者加用右美托咪定。比较两组患者术后 认知功能、血清IL-6 及PI3K、AKT 表达水平。结果 右美组患者术后1 d MMSE 评分高于对照组患者,差 异有统计学意义（P <0.05）;术后24 h 及术后3 d,对照组患者血清IL-6 及PI3K、AKT 水平高于右美组患 者,差异有统计学意义（P <0.05）;患者MMSE 评分与血清IL-6、PI3K、AKT 表达水平呈负相关（P <0.05）。 结论 右美托咪定可有效保护胃癌患者术后认知功能,其机制可能与IL-6 介导的PI3K/AKT 信号通路有关。     

晚期骨关节炎软骨退行性变的生物信息学分析

目的 基于生物信息学方法筛选并分析晚期骨关节炎(OA)软骨退行性变相关的差异表达基因。方法 选择GSE57218数据集作为分析对象,该数据集是基于GEO公共数据库进行数据检索获得。采用R语言limma工具包筛选DEmRNAs,并对数据进行标准化处理后,利用Metascape在线分析软件及R语言clusterProfiler包分别对DEmRNAs行GO功能和KEGG通路富集分析。选用String在线工具行PPI分析,将结果导入Cytoscape软件得出核心模块与预测核心基因。利用OMIM人类基因数据库筛选出与Hub基因、核心模块的共性表达基因,用GSEA富集分析筛选出核心信号通路及核心基因;将上述筛选出的基因用于预测潜在治疗药物并进行组织定位特异性分析。结果 通过对GSE57218进行分析,共筛选出305个差异表达基因。对上述差异基因行GO和KEGG分析,GO功能富集分析主要富集在NABA核心基质组、ECM的组织、骨骼系统开发、基质组相关、血小板脱粒等。KEGG和GSEA功能富集分析结果显示,与OA发病相关的核心通路为ECM受体相互作用、黏附斑激酶信号通路核心基因。分别对Cytoscap...     

基于mRNA高通量测序筛选调控小鼠术后谵妄重要差异基因

目的 基于高通量测序技术筛选小鼠海马组织中术后谵妄(POD)发生的相关重要差异基因。方法 将16只健康雌性C57小鼠随机分为术后谵妄(POD组)和对照组(CON组),每组8只。采用异氟烷麻醉下剖腹探查构建POD模型,术后多时间点行为学检测POD改变。于造模后24 h收集小鼠海马组织进行高通量测序,对显著差异基因进行基因本体(GO)分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路数据库分析,采用RT-qPCR验证关键差异表达基因(DEGs)。结果 相比于对照组,POD组共鉴定了105个DEGs,其中79个DEGs上调,26个DEGs下调;GO分析结果显示,主要富集的生物过程包括应激反应、代谢过程等,主要表达于细胞器、细胞膜,参与的分子过程涉及转录活性调节等。KEGG分析提示,通路主要富集于NF-κB、趋化因子、mTOR、FoxO和Hippo等信号通路;综合上述结果并结合RT-qPCR验证筛选出Cdkn1a、Nfkbia、Card14、Wnt3、Bcl2、Gng11、Grm3和Akt2 8个关键基因。结论 高通量测序筛选出的差异表达基因,可能通过NF-κB、趋化因子、mTOR等信号通路介导P...     

右美托咪定对脓毒症患者炎症相关基因表达的影响

目的 基于PCR Assay芯片技术,分析右美托咪定对脓毒症患者炎症相关基因表达的变化并推论其可能的作用机制.方法 选取本院2015年1月~2015年12月收治的50个老年严重脓毒症病例,随机分为右美托咪定治疗组与生理盐水对照组(常规治疗组).右美托咪定干预前与干预后1、3天所有患者静脉采血立即提取RNA做PCR Assay基因芯片检测.结果 右美托咪定组与常规治疗组相比,死亡率差异无统计学意义.右美托咪定干预后相关基因TNF-α,IL17A,IL1B,CCL1,CCL24,CX3CL1,XCL1,IL10,IL12B,IL13的Fold绝对值趋向于1,而常规治疗组治疗前后,绝大多数基因Fold值变化并不大.结论 右美托咪定早期应用可调节机体细胞因子相关基因及抗炎相关基因的表达,使机体整体炎症及抗炎反应趋于平和,从而纠正机体过度炎症反应及免疫抑制状态从而起到对脓毒症的保护作用,但并不减少脓毒症患者死亡率.     

基于基因芯片技术的高原红细胞增多症基因组DNA甲基化差异分析

目的 利用全基因组DNA甲基化芯片技术,发现与高原红细胞增多症(HAPC)相关的甲基化基因。方法 纳入4例男性HAPC患者和5例匹配的高原健康男性,利用外周静脉血提取基因组DNA,利用Illumina 850 k甲基化芯片检测并比较两组样品的DNA甲基化位点差异分布及甲基化水平差异基因,并对相关基因进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,探讨甲基化差异基因的潜在功能。结果 共发现差异甲基化位点96 360个,差异甲基化基因24 054个。GO功能富集分析提示,生物过程的正向调控、细胞质和解剖结构发展是差异甲基化基因的主要功能。KEGG信号通路分析提示,差异甲基化基因参与了代谢通路、癌症通路和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路。结论 DNA甲基化的异常变化可能参与了HAPC的发生,甲基化位点可作为HAPC早期诊断和预警的标志物。     

冠心病急性心肌梗死患者外周血差异基因表达分析及功能

目的 探讨冠心病急性心肌梗死患者外周循环血单核细胞中差异基因表达及功能。方法 收集2020年9月至2021年9月在昆明市第一人民医院接受冠脉造影的患者,提取外周血单核细胞总RNA,使用DNBSEQ平台进行第2代高通量测序。检测并筛选差异表达基因,进行KEGG及GO富集分析。结果 冠心病急性心肌梗死组与冠脉正常组对比,其中差异基因89个,上调基因67个,下调基因22个;其中差异lncRNA14个,差异mRNA72个,差异circRNA3个。完成KEGG pathway富集分析、KEGG disease富集分析、KEGG molecular富集分析。完成GO cell composition富集分析、GO cell function富集分析、GO biological process molecular富集分析。结论 筛选出显著差异的10个mRNA、6个lncRNA、2个circRNA。富集分析中涉及感染、转录失调、PI3K-Akt信号通路、脂类合成、吞噬泡腔、细胞外基质、脂多糖结合等,与冠状动脉粥样硬化的发生与发展及急性血栓事件的发生可能相关。     

RNA-Seq技术筛选APP/PS1阿尔茨海默病模型小鼠差异表达基因及功能分析

目的分析阿尔茨海默病(AD)模型小鼠前额叶皮层的差异表达基因,从转录组水平揭示AD的发病机制。方法本研究随机选取9月龄雌性APP swe/PS1ΔE9(PAP)的模型小鼠和野生型C57BL/6 J小鼠各5只,提取前额叶皮层组织RNA,用Illumina HiSeq 3000测序。采用edgeR软件进行表达差异显著性分析。分析AD组和对照组基因表达变化,并采用qRT-PCR对其中6个关键差异表达基因进行验证。然后对差异表达基因进行聚类分析、GO功能富集分析、KEGG通路富集分析。结果在AD组与对照组之间发现224个差异表达基因(P0.05,|logFC| 1.0),其中205个基因上调,19个基因下调。6个关键基因qRT-PCR验证结果与RNA-Seq趋势一致。GO功能富集分析结果表明,这些差异表达基因与免疫反应、炎症反应、趋化因子活动以及IgG结合等有关;KEGG通路富集分析结果表明,这些基因参与吞噬、溶酶体、Toll样受体信号通路、细胞因子受体相互作用、NF-κB信号通路等重要生物学通路。结论得到AD相关差异表达基因,为利用模型小鼠进行AD相关机制和治疗研究提供了实验依据。     

尼洛替尼和伊马替尼对慢性粒细胞 白血病表达谱的影响

目的 探索尼洛替尼和伊马替尼对慢性粒细胞白血病（CML）细胞基因表达谱的影响,阐明酪氨酸 激酶抑制剂（TKI）抑制白血病的分子机制。方法 从在线基因表达数据库中下载表达谱数据集GSE19567, 利用BRB-ArrayTools 软件进行质量控制并筛选差异表达基因（DEGs ）,然后分别对差异基因进行GO 功能 富集分析、KEGG 通路富集分析、pathway 互作网络和基因互作网络分析。结果 共筛选出差异基因519 个, 其中177 个上调表达,342 个下调表达。GO 富集分析发现DEGs 主要涉及小分子代谢、血液凝固、转录调控、 细胞增殖与凋亡调控等生物过程,发挥的分子功能集中在蛋白结合、蛋白二聚化、序列特异性DNA 结合和 ATP 结合等。KEGG 富集分析发现代谢通路、PI3K-Akt 信号通路、Jak-STAT 信号通路和HIF-1 信号通路 等pathway 显著富集。网络分析挖掘出的核心基因有SHMT 2、CBS 、CTH 、HK 2,核心pathway 包括MAPK 信号通路、细胞周期和细胞凋亡等。结论 酪氨酸激酶抑制剂影响了CML 细胞代谢通路和信号转导通路的相 关基因,通过细胞周期阻滞和诱导凋亡等机制抑制白血病,为白血病的靶向治疗提供了基础。     

骨关节炎的关键通路与免疫细胞浸润模式及中药预测分析

目的 利用生物信息学的方法分析骨关节炎(osteoarthritis, OA)的关键通路与免疫细胞浸润模式及潜在治疗中药。方法 从基因表达综合数据库(GEO)中下载GSE55235基因表达芯片,运用GEO2R在线分析工具筛选差异表达基因(DEGs)。使用DAVID在线数据库对DEGs进行基因本体富集分析(Gene Ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书信号通路分析(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG),通过STRING在线数据库构建蛋白相互作用网络(PPI)。使用Cytoscape软件中的cytoHubba插件筛选核心基因,Coremine Medical数据库预测治疗OA的潜在中药。通过CIBERSORT数据库对人类22种免疫细胞亚型的表达矩阵进行去卷积,分析OA组与对照组免疫细胞浸润情况。结果 共筛选出235个差异基因,其中101个为上调基因,134个为下调基因。GO富集分析主要涉及免疫反应、炎症反应、细胞粘附和凋亡过程等生物过程。KEGG主要富集在TNF信号通路、破骨细胞分化、MAPK信号通路、NF-kappa...     

右美托咪啶对脂多糖致伤大鼠肾小管上皮细胞TLR_4表达的影响

目的:观察右美托咪啶对脂多糖致伤大鼠肾小管上皮细胞TLR4表达影响,探讨其可能机制。方法:将大鼠肾小管上皮细胞复苏后培养,加入10ng/ml脂多糖(LPS),均经培养后分为3组,A组为空白对照组,B组为对照组,加入右美托咪定2.5μg,C组为实验组,先加入阿替美唑10μg后30min加入右美托咪定2.5μg,培养12h,免疫组化法检测TLR4蛋白表达及TLR4mRNA水平,并测定细胞凋亡率。结果:B组应用右美托咪定后,TLR4水平为(45.1±13.5)×103均低于A组、B组(tBA=6.549,tBC=5.660,P<0.05);B组TLR4mRNA相对表达值为0.46±0.02,均低于A组、C组(tBA=27.599,tBC=24.749,P<0.05)。B组使用右美托咪定后,细胞凋亡率为(34.6±7.6)%,均明显低于A组、C组(P<0.05)。结论:右美托咪啶可下调脂多糖致伤大鼠肾小管上皮细胞TLR4表达,且右美托咪啶对TLR4的调节与α2AR被激动相关。     

体外右美托咪定对MGC-803胃癌细胞增殖的影响

目的:探讨体外右美托咪定对MGC-803胃癌细胞增殖的影响。方法:将MGC-803胃癌细胞随机分为六组,右美托咪定组(A1、A2、A3、A4、A5组)和对照组(C组),右美托咪定组各组的右美托咪定终浓度分别为1000、100、10、1、0.1 ng/m L,通过MTT实验检测各组OD值,并计算增殖率。结果:右美托咪定组各组OD值及增殖率与C组比较差异均无统计学意义(P>0.05)。结论:体外右美托咪定对MGC-803胃癌细胞的增殖无明显影响。     

新疆维吾尔族胃癌合并幽门螺旋杆菌感染患者差异表达基因分析

目的 分析研究维吾尔族胃癌合并幽门螺旋杆菌感染患者差异表达基因,筛选胃癌发生发展过程中的关键基因和信号通路。方法 对2017年1-12月新疆维吾尔自治区人民医院的5名维吾尔族胃癌合并幽门螺旋杆菌感染患者胃癌组织和癌旁组织进行基因芯片检测,获取胃癌合并幽门螺旋杆菌感染的基因表达谱,并进行差异表达基因筛选。采用基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析了解差异基因的功能,并通过STRING数据库和Cytoscape分析差异基因编码蛋白之间的互作网络进一步筛选调控关键基因,qRT-PCR对挑选的基因进行表达量验证分析。结果 通过比较分析胃癌组织和癌旁组织芯片数据,共筛选出差异表达基因919个（P<0.05,Fold change≥2）,其中上调251个,下调668个。GO分类注释显示,差异基因与胃酸分泌、甲状腺激素代谢、氧化还原酶活性、细胞稳态、磷脂易位、鞘磷脂代谢等生物功能存在密切关联。KEGG通路分析显示,细胞周期、P53信号通路、Nothch信号通路、鞘糖脂生物合成、DNA复制、错配修复、细胞粘附分子、脂肪消化吸收等信号通路可能在胃癌合并幽门螺旋杆菌感染过...