基于网络药理学研究鬼箭羽治疗脑缺血再灌注损伤的作用机制

目的 基于网络药理学的方法 ,探究鬼箭羽治疗脑缺血再灌注损伤的作用机制.方法 通过TCMSP数据库筛选鬼箭羽的活性成分及作用靶点,利用Gene Cards和OMIM数据库检索脑缺血再灌注损伤的疾病靶点.使用Cytoscape 3.7.2软件构建"GJY-成分-CIRI-靶点"网络.利用String平台构建蛋白互作(PP...     

基于网络药理学探讨穿心莲抗癌的作用机制

[目的]基于网络药理学探讨穿心莲抗癌的潜在作用机制.[方法]应用中药系统药理学技术平台(TCMSP)筛选穿心莲的潜在活性化学物质,借助GeneCards数据库、OMIM数据库平台筛选治疗癌症的作用靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-活性化学物质-疾病-作用靶点"网络图,借助String数据库平台构建...     

野菊花抗菌活性的网络药理学研究

目的 基于网络药理学方法研究野菊花主要抗菌活性成分、靶点,初步探讨其作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP)、GeneCards数据库筛选出野菊花主要抗菌活性成分、靶点,采用Cytoscape 3.7.2软件构建可视化的"药物-成分-靶点-疾病"网络,依据在线STRING数据库构建蛋白互作网络(PPI),...     

基于网络药理学和分子对接探讨裘氏二藤汤治疗慢性盆腔炎的机制

[目的] 基于网络药理学和分子对接方法,探讨二藤汤的有效成分治疗慢性盆腔炎的机制。[方法] 利用TCMSP和TCMID数据库筛选出二藤汤有效成分及其靶点,运用Uniprot数据库获取标准化的靶点名称,同时,利用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。通过GeneCards、OMIM数据库收集慢性盆腔炎靶点,同时,利用Venny 2.1.0获取“药物-疾病”的交集靶点并绘制韦恩图,通过STRING平台构建PPI网络图,并运用Cytoscape 3.7.2软件中CytoNCA插件筛选关键靶点。利用Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路的富集分析。最后,利用AutoDock Vina 1.1.2对关键靶点和活性成分进行分子对接。[结果] 通过筛选共获得231个活性成分,211个“药物-疾病”交集靶点;GO分析获得2538个条目,分别为2174个BP,233个MF及131个CC条目。KEGG分析得到209条信号通路;分子对接结果显示关键靶点与核心活性成分具有较好的结合活性。[结论]二藤汤通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性盆腔炎。     

基于网络药理学及分子对接探究补肾健脾方治疗慢性乙型肝炎的作用机制

[目的]基于网络药理学和分子对接技术探究补肾健脾方治疗慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)的作用机制。[方法]借助中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、UniProt等数据库筛选活性成分及其对应靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-靶点网络图。通过DisGeNET和STRING数据库构建药物-疾病交集靶点的蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络。采用DAVID数据库进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。对药物核心活性成分和靶点进行分子对接,以验证预测结果。[结果]补肾健脾方包含槲皮素、山奈酚等188个活性成分,以及白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、血清白蛋白(albumin,ALB)...     

基于网络药理学探究三七治疗玻璃体积血的作用机制

目的:探讨三七治疗玻璃体积血(VH)的协同作用机制.方法:采用TCMSP数据库筛选三七的有效成分,并收集其对应的作用靶点;使用GeneCards、OMIM数据库检索筛选与VH相关的基因靶点,并将三七作用靶点与疾病基因进行映射;利用STRING数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白相互作用网络图和"药物...     

基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台获取地榆的有效活性成分及其作用靶点，利用药物靶标数据库、OMIM^?、GeneCards^?数据库获取结直肠癌的相关靶点。将地榆有效活性成分的作用靶点与结直肠癌的相关靶点取交集，获得共同靶点。将有效活性成分和共同靶点导入Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-成分-靶点-疾病”网络。针对共同靶点，使用STRING数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络，使用Metascape线上软件进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共筛选出9个地榆有效活性成分，包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等。获得地榆有效活性成分的作用靶点154个和结直肠癌相关靶点1 908个，取交集后获得共同靶点94个。PPI网络显示，地榆治疗结直肠癌的关键作用靶点包括肿瘤蛋白p53、苏氨酸蛋白激酶(AKT)1、Caspase-3、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等。GO功能富集分析结果显示，地榆...     

基于桑黄对肺炎的治疗作用及其机制的网络药理学分析

目的：基于网络药理学筛选中药桑黄治疗肺炎的活性成分,分析桑黄治疗肺炎的有效成分和靶点。方法：利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)软件搜索中药桑黄的成分和作用靶点;通过Uniprot数据库得到基因名称(Gene Name);通过GeneCards找出肺炎对应的靶点,将桑黄和肺炎的靶点进行比对,得到关键靶点。利用Cytoscape 3.9.1软件绘制出桑黄化学成分-肺炎-靶点网络图;通过String平台构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,采用Cytoscape软件中ClueGo插件对桑黄关键基因进行基因本体论(GO)生物功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果：桑黄主要活性成分有21种,(E)-4-(3,4-dihydroxyphenyl) but-3-en-2-one成分所含靶点最多,包括细胞色素P450家族(CYP450)、人表皮生长因子受体(EGFR)和基质金属蛋白酶(MMP)等。筛选出桑黄的化合物靶点358个,其中217个基因为桑黄-肺炎共同靶点,与肺炎有关的关键基因包括含铜胺氧化酶3 (AOC3)、DNA连接酶1 (LIG1)、谷氨酰胺...     

基于网络药理学角度探讨当归四逆汤对子宫内膜异位症的干预机制

目的 基于网络药理学探讨当归四逆汤治疗子宫内膜异位症（EMS）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选当归四逆汤有效活性成分及潜在靶点，在Genecard、OMIM和TTD数据库中寻找EMS相关靶点基因取当归四逆汤靶点基因与EMS相关靶点基因共同靶点。通过Cytoscape 3.5.0软件构建“当归四逆汤活性成分-潜在靶点-EMS”网络图。运用String数据库构建构建蛋白质互作（PPI）网络图。对潜在靶点基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果 数据库筛选的得到当归四逆汤有效活性成分151个，与EMS相关潜在作用靶基因71个，KEGG富集通路分析主要包括化学致癌受体激活，脂质和动脉粥样硬化通路等。结论 当归四逆汤具有多活性成分，能通过多靶点，多通路发挥EMS保护作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨瓜蒌皮注射液治疗冠心病的作用机制

[目的]通过网络药理学及分子对接的方法,探究瓜蒌皮注射液治疗冠心病的分子机制。[方法]首先通过查阅文献汇总瓜蒌皮注射液中的主要化学成分,通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、SwissADME数据库筛选其活性成分并预测其作用靶点,与在GeneCards数据库、OMIM数据库中获取的冠心病的相关靶点交集获得核心靶点;其次通过String数据库构建靶点蛋白互作网络,转换格式导入Cytoscape3.7.2软件构建蛋白互作网络和“相关活性成分-潜在作用靶点”网络并分析关键靶点蛋白与活性成分;然后通过Metascape数据库对靶点基因进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后通过AutoDock Vina软件将活性成分与核心靶点进行分子对接来对网络药理学预测的准确性进行虚拟验证。[结果]研究获得瓜蒌皮注射液治疗冠心病的可能相关活性成分10个,核心靶点7个。瓜蒌皮注射液的活性成分可能通过调控蛋白激酶B抗体（AKT1）、表皮生长因子受体（EGFR）、非受体酪氨酸激酶（SRC）、热休克蛋白90AA1(HSP90AA1)、半胱氨酸蛋白酶3(CA...     

基于网络药理学探讨玉屏风散治疗系统性红斑狼疮的作用机制

目的采用网络药理学的方法研究方剂玉屏风散的主要活性成分、靶点,初步探讨其治疗系统性红斑狼疮的作用机制。方法通过TCMSP、Uniprot数据库筛选出玉屏风散的药物活性靶点,通过OMIM、GeneCards、TTD数据库筛选出系统性红斑狼疮疾病相关靶点信息。采用RStudio软件将玉屏风散的药物活性靶点与系统性红斑狼疮疾病靶点信息取交集,将交集靶点数据依靠String在线数据库平台构建蛋白互作PPI网络模型,利用Cytoscape 3.7.2软件,构建可视化的"中药-成分-靶点-疾病"网络图并进行分析,找寻玉屏风散治疗系统性红斑狼疮的关键靶点并通过RStudio绘制柱状图。使用RStudio对关键靶点进行GO功能分析和KEGG通路分析。结果玉屏风散治疗系统性红斑狼疮的潜在靶点有124个,蛋白互作PPI网络模型提示AKT1、VEGFA、IL6、TNF、TP53等可能是玉屏风散治疗系统性红斑狼疮的核心靶点。GO功能分析结果显示,玉屏风散治疗系统性红斑狼疮潜在基因的生物功能主要涉及细胞因子受体结合、细胞因子活性、受体配体活性等;KEGG通路分析结果显示,玉屏风散治疗SLE潜在基因的通路主要涉及...     

三棱提取物抑制糖酵解限速酶抗黑色素瘤机制研究

目的 探究三棱抗黑色素瘤的分子作用机制及其有效物质基础.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCM-SP)检索三棱的活性成分及对应的靶点,利用GeneCards数据库检索黑色素瘤疾病靶点,借助Cytoscape3.7.2软件绘制药物-疾病靶点蛋白互作(PPI)网络,并筛选出核心靶点,再根据DAVID数据库平台进行...     

基于网络药理学方法研究东北桤木的抗弓形虫作用机制

[目的]基于网络药理学方法探讨东北桤木的抗弓形虫作用机制.[方法]检索PubChem数据库获得东北桤木中的化合物分子结构(以smiles格式存储),在Digenet、GeneCards和Drugbank数据中进行筛选得到抗弓形虫的靶点;通过建立药物靶基因与疾病靶点venny图寻找共同基因靶点;利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物成分-靶标-疾病网络图,采用网络分析仪分析东北桤木的主要活性成分.[结果]东北桤木中的黄酮类成分与弓形虫多个靶点相关;AKT1、EGFR、JUN、STAT3及TLR4等是蛋白质相互作用网络中的关键靶标;与弓形虫相关的通路有NF-κB、Toll样受体及JAK-STAT信号传导等.[结论]东北桤木的多个活性成分可通过多靶点、多通路起到抗弓形虫作用.     

基于网络药理学探讨复方积雪草抗肾纤维化的分子机制

目的通过网络药理学方法研究复方积雪草主要活性成分治疗肾纤维化的作用机制。方法在TCMSP数据库中筛选与复方积雪草主要组分相关的活性成分和靶点,利用GeneCards数据库检索与肾纤维化相关靶点并与活性成分靶点取交集。采用Cytoscape软件构建蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络、化合物-靶点网络图、中药-化合物-靶点网络图,筛选核心靶点,分子对接验证化合物与靶点的结合能力;将获得的核心靶点利用STRING进行基因通路的富集分析,进而分析网络和作用机制。结果得到复方积雪草活性成分靶点203个,获得肾纤维化靶点5219个,共同靶点177个。筛选出核心靶点36个。分子对接验证结果化合物与靶点具有较好的结合能力。GO富集分析分别获得可靠性排名TOP10的主要分子功能(MF)、主要细胞组分(CC)和主要生物学过程(BP)。得到核心靶点之间的PPI网络图、化合物-核心靶点网络图和草药-化合物-核心靶点网络图。肿瘤相关通路显著性最高。结论初步系统分析了复方积雪草治疗肾纤维化的科学性及分子机制。     

基于网络药理学和分子对接探讨解毒通利方治疗肝纤维化的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接的方法探讨解毒通利方治疗肝纤维化(HF)的可能作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)获得解毒通利方所有有效活性成分,通过TCMSP数据库将这些有效活性成分进行成分靶点预测,并与GeneCards数据库、PharmGkb数据库、TTD数据库、OMIM数据库和DrugBank数据库中HF疾病基因相关靶点使用R语言软件取交集,从而获得解毒通利方治疗HF的靶点;通过STRING绘制交集靶点的蛋白互作(PPI)网络,筛选核心蛋白;利用Cytoscape 3.8.0软件构建“中药—关键化合物—核心靶点”网络;运用R语言软件进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测核心靶点的作用机制。最后,应用分子对接技术,将关键有效活性成分和PPI中核心蛋白进行分子对接。结果 共筛选解毒通利方药物活性化合物172种,作用靶点4 068个,构建PPI网络,运用“CytoNCA”插件筛选出IL6、AKT1、STAT1、RELA、MYC、FOS、STAT3、MAPK1、CCND1等19个核心蛋白...     

马钱子治疗骨关节炎的潜在药物靶标

目的 探讨马钱子能否作为治疗骨关节炎(OA)的潜在药物靶标.方法 在中药系统药理学技术平台(TCMSP)中根据口服生物利用度(OB)和类药性(DL)筛选出马钱子的化学成分及其相对应的靶基因;检索GeneCards、OMIM等数据库筛选OA疾病的相关靶点,应用Cytoscape3.7.2软件构建药物-活性成分-基因-疾病...     

基于网络药理学和分子对接探讨枳实治疗乳腺癌的作用机制

目的:探讨枳实治疗乳腺癌的有效活性成分及其潜在机制.方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)分析枳实中的化合物,筛选其活性成分和潜在靶标,采用Cytoscape 3.7.2软件对枳实化合物-靶点网络进行构建,...     

基于网络药理及分子对接技术探讨贯叶金丝桃-川芎治疗焦虑症的作用机制

目的 应用网络药理学及分子对接方法探讨贯叶金丝桃-川芎药对治疗焦虑症作用机制,为临床应用贯叶金丝桃-川芎药对提供依据。方法 利用TCMSP数据库进行化合物成分检索,Swiss Target Prediction数据库预测药物靶点,在Uniprot数据库进行标准化处理。使用OMIM数据库、Disgenet数据库、Genecards数据库获焦虑症相关靶点数据。利用Venny 2.1在线软件绘制韦恩图,Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络图。使用Network Analyzer软件对网络图进行拓扑分析,利用DAVID 6.8数据库,基于R3.6.1软件使用Bioconductor生物信息软件包,进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析。对接程序由AutoDock-Vina 1.1.2执行,应用PyMOL 2.3.0和BIOVIA Discovery Studio 2016软件对结果可视化。结果 共筛选出贯叶金丝桃-川芎药对12个活性成分,潜在靶点413个,焦虑症相关靶点1871个,活性成分-疾病共同靶点119个,进行拓扑分析得到9个核心成分。对其PPI网...     

基于网络药理学和分子对接探讨鸡血藤治疗冠脉微循环疾病机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨鸡血藤治疗冠脉微循环疾病的作用靶点及信号通路.方法:在中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选鸡血藤的活性成分及作用靶点,使用UniProt数据库对靶点进行矫正,找出药物—疾病共同靶点,利用Cytoscape3.7.1软件构建药物—活性成份—靶点—疾病网络图,通过R软件安装"Bio...     

基于网络药理学的消岩汤治疗胃癌机制探讨

[目的]运用网络药理学探讨消岩汤治疗胃癌的作用机制。[方法]通过TCMSP、TCMID和BATMAN-TCM数据库筛选消岩汤的活性成分及作用靶点,后利用Uniprot获取蛋白靶点所对应的基因名称;通过DrugBank、GeneCards、OMIM数据库挖掘胃癌疾病靶点,并筛选出与消岩汤靶点基因的交集基因;运用Cytoscape3.7.2软件绘制药物-化合物-交集靶点网络图;运用String数据分析平台构建PPI网络,并运用MCODE插件对PPI网络进行Cluster模块分析;运用Metascape数据库进行KEGG富集分析及GO富集分析;运用Kaplan-Meier Plotter数据库探索关键基因靶点对胃癌患者OS的影响,绘制生存曲线。[结果]筛选得到消岩汤活性成分41种、靶点基因266个,胃癌靶基因1 163个,最终获得交集基因116个,剔除不含交集基因的活性成分后得到化合物35种。TP53、JUN、AKT1、MAPK3、RELA、MAPK1、ESR1、MAPK14、IL-6等为消岩汤治疗胃癌的关键靶点。GO富集分析结果显示与凋亡的信号通路、对无机物质的反应、对氧化应激的反应、对化...