乳香-没药治疗类风湿性关节炎的网络药理学和生物信息学分析

目的:研究乳香-没药药对治疗类风湿性关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)的作用机制。方法:依托GEO、GeneCards、OMIM数据库挖掘RA相关基因并进行合并。通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索乳香-没药的有效化学成分和相关靶点,使用Cytoscape 3.8.0软件绘制“药物-成分-靶标-信号途径”的可视化网络。运用STRING数据库构建化合物靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。运用R软件进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果:GEO、GeneCards、OMIM数据库筛选出类风湿性关节炎相关基因4 655个,共筛选出乳香-没药药对主要活性成分46个,对应靶点90个。获得乳香-没药治疗类风湿性关节炎的靶点60个,核心靶点6个。此外,KEGG通路富集结果主要包括流体剪切应力与动脉粥样硬化、AGE-RAGE信号通路、白细胞介素-17信号通路。结论:乳香-没药药对可通过多靶点、多通路来治疗类风湿性关节炎。     

基于网络药理学及分子对接研究桃仁-红花治疗膝骨关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学及分子对接技术研究桃仁-红花治疗膝骨关节炎(KOA)的作用机制.方法:采用TCMSP及Uniprot数据库收集整合桃仁、红花的活性成分及其药理作用靶点,在GeneCards数据库检索KOA的靶点基因,通过Venny获取疾病-药物交互靶点,借助STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作网络...     

基于网络药理学探讨乳香——没药药对干预乳腺增生症的分子机制＊

目的 采用网络药理学方法，探索乳香-没药药治疗乳腺增生症的作用机制。方法 本研究利用中医药数据库收集筛选乳香-没药药对的化学成分信息，通过Pubchem数据库以及其他化学结构数据库转换成各活性成分有效成分的SMILES式，将SMILES式输入Swiss Target Prediction数据库进行靶点预测，利用DAVID数据库进行KEGG通路注释分析，最后利用Cytoscape根据收集乳香没药药对的预测靶点和进一步的富集分析，构建活性成分-预测靶点网络模型和成分-靶点-通路网络模型，并分析其作用机制。结果 乳香-没药药对抑制乳腺增生主要有乳香脂酸、因香酚、没药甾酮、曼苏宾酸等51个活性成分；雄激素受体、细胞色素P450、微管相关tau蛋白、雌激素受体、类固醇17α-羟化酶/17,20裂解酶、糖皮质激素受体、盐皮质激素受体等271个作用靶点；类固醇激素生物合成，雄激素和雌激素代谢，VEGF、ErbB、mTOR信号通路；类固醇生物合成6条信号通路参与乳腺增生症调控；类固醇生物合成、类固醇代谢、激素调节、激素代谢14个生物过程。结论 本研究通过对乳香-没药药对的网络药理学分析，发现了乳香-没药药对乳腺增生症治疗的相关信号通路和生物过程，其作用机制主要涉及抑制乳腺细胞增生、促进细胞凋亡自噬、抑制炎症反应和血管新生等方面，体现了乳香-没药药对在“多成分-多靶点-多途径”方面对乳腺增生症的治疗作用，为理解乳香-没药药对中各有效组分的协同作用提供科学依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨四神煎治疗膝骨关节炎的作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术分析四神煎治疗膝骨关节炎活性成分及药物分子的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及ETCM数据库筛选四神煎的有效药物成分及对应的靶点基因,使用GeneCards数据库获取膝骨关节炎的疾病靶点,使用R语言Limma包筛选差异表达的基因,接着对药物靶点与疾病靶点、差异表达基因取交集,并使用R语言ClusterProfiler包进行基因本体论（GO）/京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析;利用Cytoscape软件绘制关键靶点-功能、关键靶点-通路的调控网络图;对交集基因、药物活性成分绘制中药药理调控网络;针对交集靶点绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络图,并采用Cytoscape进行可视化;最后针对蛋白质-蛋白质相互作用网络中排名居前5位的基因及其对应的活性成分进行分子对接。结果：通过TCMSP及ETCM数据库筛选出药物靶点取并集,去重复后得到四神煎的药物靶点491个,膝骨关节炎的疾病靶点共1 477个;在膝骨关节炎/正常样本之间共存在2 988个差异表达的基因,其中1 539个基因在膝骨关节炎样本中为上调表达,1 449个基...     

基于网络药理学和分子对接技术探析通痹健骨方治疗膝骨关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探析通痹健骨方治疗膝骨关节炎(KOA)的作用机制,并进一步运用细胞实验进行验证.方法:依据中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出通痹健骨方活性成分及其对应的靶点;通过检索GeneCards数据库,在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)及DrugBank数据库获取KOA靶点;将...     

基于网络药理学的乳香-没药药对药效机制研究＊

目的 网络药理学方法，研究乳香-没药药对在抗溃疡、抗炎、抗肿瘤和炎症性肠病和镇痛的治疗过程中的共性作用机制。方法 借助中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索乳香-没药药对的化学成分和作用靶点，通过人类基因数据库(Genecards)和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)等多个数据库筛选上述5种疾病相关靶点。利用 Cytoscape3.7.1 软件构建“药物-靶点-疾病”交互网络图。运用蛋白相互作用（PPI）筛选核心靶点；通过生物学信息注释数据库（DAVID）做基因本体（GO）功能分析和基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果 乳香-没药药对共包含403个化合物，247个活性靶点，与五种疾病基因交集获得79个高频基因，通过构建“药物-靶点-疾病”网络及对网络进行分析，共获得20个关键靶标；在对GO富集分析时，获得8个高频共性相关条目，主要病毒感染和肿瘤信号通路等；在对靶标进行KEGG通路分析时，共获得6条高频相关的通路，其中病毒感染和肿瘤信号通路为主要通路。结论 本研究结果初步验证了乳香-没药药对在抗溃疡、抗炎、抗肿瘤、炎症性肠病和镇痛这五种疾病治疗的作用机制以及高频共性靶点、基因、信号通路等，为进一步阐述乳香-没药药对作用机制奠定了良好的理论基础。     

基于网络药理学探讨新伤丸治疗膝骨性关节炎的分子作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨新伤丸治疗膝骨性关节炎(Knee Osteoarthritis,KOA)的潜在分子作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索新伤丸中16个药味中含有的活性成分,筛选有效活性成分及其潜在作用靶点;运用GeneCards数据库获取与KOA相关的靶标基因,采用Cyt...     

基于网络药理学对枸杞子-五味子治疗注意缺陷多动障碍的机制探究

目的:基于网络药理学探讨枸杞子-五味子药对治疗注意缺陷多动障碍的药效物质基础和作用机制.方法:检索ETCM数据库,筛选枸杞子-五味子活性成分及靶基因;检索Drugbank、Genecards、DisGeNET和TTD数据库,筛选ADHD相关靶基因;利用Cytoscape构建药对活性成分-靶点网络并进行拓扑结构分析;对疾...     

基于网络药理学-分子对接研究乳香-没药配伍改善类风湿性关节炎的作用机制

应用网络药理学方法及分子对接技术,探讨乳香-没药配伍有效成分对应靶基因及治疗类风湿性关节炎(RA)可能的作用机制.基于文献研究并结合相关中药系统药理数据库和文献检索筛选得到乳香-没药主要有效成分,通过SwissTarget-Prediction数据库对活性成分进行靶标预测.同时通过DrugBank,GeneCards及...     

基于网络药理学研究白术-黄芪药对抗胃癌作用机制

目的 运用网络药理学研究脾胃培源方君药药对白术-黄芪治疗胃癌的作用机制.方法 使用TCMSP数据库检索白术、黄芪的有效活性成分与作用靶点,通过Genecards、Drugbank、PharmGKB、OMIM、TTD数据库检索胃癌疾病靶点,将预测的靶点与疾病靶点取交集获得交集基因,通过Cytoscape 3.7.2搭建"...     

“白术-茯苓”药对治疗膝骨关节炎的“中药-成分-靶点”调控网络研究

目的:采用网络药理学和生物信息学方法探索"白术-茯苓"药对治疗膝骨关节炎(OA)的"中药-成分-靶点"调控网络和分子机制。方法:在BATMAN-TCM数据库检索白术(BAI ZHU)及茯苓(FU LING)对应的有效成分和靶点,筛选条件为score≥20且Adjusted P-value 0.05;在Gene数据库中获得膝骨关节炎对应的靶点,关键词为"Osteoarthritis";白术-茯苓对应的靶点和骨关节炎靶点的交集作为"白术-茯苓"药对干预骨关节炎的潜在作用靶点;使用DAVID数据库分析靶点的GO和KEGG信号通路富集结果;基于STRING数据库的信息分析蛋白质-蛋白质互相作用,通过Cytoscape 3.7.0软件进行PPI网络可视化构建和关键基因筛选。结果:"白术-茯苓"药对总共筛选出32个有效成分,对应548个靶点;骨关节炎对应得到626个靶点;通过映射,筛选出交集靶点为71个;中药-有效成分-靶点调控网络包含94个节点,133条边;GO功能富集结果主要涉及RNA聚合酶II启动子转录的正调控、炎症反应、转录的正调控,DNA模板、信号转导、凋亡过程的负调控等,KEGG富集结果主要涉及TNF信号通路、细胞因子与细胞因子受体的相互作用、NF-κB信号通路、破骨细胞分化等信号通路;Hub靶点包括白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、白介素1β(IL-1β)、基质金属肽酶9(MMP-9)等。结论:"白术-茯苓"药对通过多成分、多靶点、多条信号通路达到治疗膝骨关节炎的效果,其分子作用机制是错综复杂的。     

基于网络药理学和分子对接探讨柴胡-大黄药对防治胆石症的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术初步探讨柴胡-大黄药对治疗胆石症的有效物质基础及作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索柴胡、大黄的有效活性成分及潜在作用靶点;通过GeneCards、CTD、TTD数据库得出胆石症相关作用靶点.利用Cytoscape 3.7.2软件及STRING数据库构造...     

基于数据挖掘及网络药理学的益气活血法治疗膝骨关节炎的机制研究

目的：基于数据挖掘分析益气活血法的高频配伍规律,并通过网络药理学方法研究其核心药物组治疗膝骨关节炎的作用机制。方法：应用Python 3.8.1编程对中国中医药在线数据库进行智能抓取,分析其配伍规律,以符合支持度≥0.30,置信度≥0.90,提升度≥1.00的中药为核心药物组,通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取核心药物组的主要活性成分,利用PubChem平台、Swiss Target Prediction平台收集药物靶标基因,通过GeneCards及OMIM数据库获得膝骨关节炎相关靶基因,利用Venny数据库获取药物靶点及疾病靶点的交集,采用Cysoscape软件和STRING数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用网络,借助DAVID软件对关键靶基因进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析,通过Systems Dock Web Site对成分与关键靶标基因进行分子对接验证。结果：以益气活血法中使用频次最高的药对黄芪-当归为核心药物组,并筛选得到22个活性成分,涉及74个关键靶基因。网络分析结果表明,核心药物组治疗膝骨关节炎的关键靶点为肿瘤坏死...     

基于网络药理学的“川芎-延胡索”药对作用机制研究

目的:运用网络药理学理念和技术研究"川芎-延胡索"药对的主要活性成分、靶点和药理学作用机制。方法:通过检索中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库,结合口服生物利用度和类药性分析,筛选出川芎和延胡索的主要成分、靶点信息,采用Cytoscape软件构建活性成分-作用靶点网络,获取的靶点信息,筛选核心靶点。利用DAVID在线分析工具对靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路分析。结果:从"川芎-延胡索"药对中筛选得到58个主要活性成分相关作用于靶点220个,主要涉及在癌症、信号传导、免疫、细胞通讯及凋亡等生物学过程中的多条信号通路。结论:本研究初步揭示了"川芎-延胡索"药对的主要活性成分、靶点及协同作用机制,为进一步深入探讨其药理学作用提供了参考。     

计算机模拟法探讨没药治疗骨肉瘤的作用机制

目的 探讨没药治疗骨肉瘤（OS）的作用及其机制。方法 以口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18为阈值，从中药系统药理学数据库及分析平台，收集没药的潜在活性成分及其对应靶点，并通过中国知网数据库检索与骨肉瘤相关的已报道活性化合物，利用Discovery Studio(DS)模拟软件，分别构建没药潜在活性成分和已报道活性化合物的数据集，基于“Calculate Molecular Properties”模块，比较两数据集的化学空间；以已知活性化合物数据集为参照配体，基于“Find Similar Moleculars by Fingerprints”模块，从没药潜在活性成分数据集中找出相似的分子。在GEO、OMIM、PharmGkb、DrugBank与GeneCards数据库中收集OS疾病靶点，与没药成分对应靶点取交集，将交集靶点与活性成分导入Cytoscape 3.8.1软件中，构建没药活性成分-靶点网络；再将交集靶点导入STRING网站构建蛋白质-蛋白质作用网络（PPI网络），在Cytoscape 3.8.1软件中拓扑分析筛选出核心靶点；用DAVID在线数据库对交集靶点进行基因本体（...     

基于网络药理学和分子对接探究补肾活血汤“从虚从瘀从毒”治疗膝骨关节炎的作用机制

目的:"从虚从瘀从毒"三个角度,采用网络药理学和分子对接技术探讨补肾活血汤治疗膝骨关节炎的内在分子机理。方法:将补肾活血汤中的药物在TCMSP、TCM Database@Taiwan数据库查询相关化学成分及作用靶点,然后对靶点进行基因注释;在PharmGkb、OMIM、DrugBank、GeneCards、TTD 5个数据库中进行疾病相关靶点检索,获取其对应靶点;然后通过Cytoscape 3.8.2软件将药物成分、疾病及靶点的对应关系构建"中药-成分-靶点-疾病"网络可视化,并从String数据库获取交集靶点数据,构建PPI蛋白互作网络;利用R语言软件对基因进行GO和KEGG富集分析;最后对核心化合物及核心靶点进行分子对接。结果:共获取补肾活血汤活性化合物163种,共筛选出10个核心成分,预测出对应靶点244个,KOA相关靶点1921个,两者的交集基因共129个;利用PPI蛋白互作网络共筛选到3个核心靶点蛋白;GO和KEGG富集分析分别得到2604个、159个富集结果;分子对接结果显示补肾活血汤治疗骨质疏松过程中,其核心化合物quercetin、luteolin、kaempferol与核心靶点TP53、JUN、RELA具有良好的结合性能。结论:补肾活血汤在促进细胞增殖、抗黏附及维持血管内稳定、抗炎等方面发挥其重要作用,并通过网络药理学和分子对接阐释了其"从虚从瘀从毒"治疗膝骨关节炎的内在分子机制。     

基于网络药理学探讨桂芍配伍治疗骨关节炎的作用机制

目的运用网络药理学技术研究“桂枝—白芍”药对治疗骨关节炎的主要活性成分和靶点,进而探讨桂芍治疗骨关节炎的潜在作用机制。方法通过检测网络数据库平台(TTD、DrugBank和GeneCards)数据库构建骨关节炎疾病靶点;通过检测TCMSP、HIT数据库筛选桂枝—白芍药对活性成分及靶点。利用Cytoscape3.7.2软件构建活性成分—靶点网络图,并对靶点进行KEGG及GO富集分析。结果从“桂枝—白芍”药对中共筛选出17个有效成分,与骨关节炎相关作用靶点40个,KEGG与GO富集分析显示“桂枝—白芍”药对主要与癌症、免疫、炎症以及细胞衰老、凋亡等信号通路有关。结论本研究利用网络药理学的方法,初步揭示了“桂枝—白芍”药对对于骨关节炎的主要活性成分、治疗靶点及相关信号通路,为进一步深入研究其作用机制提供了参考。     

基于网络药理学探究人参-三七药对改善无症状性心肌缺血作用机制

目的:借助网络药理学研究人参-三七药对治疗无症状性心肌缺血的作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),以"人参""三七"为检索词获取药物成分及作用靶点,运用UniProt对基因靶点标准化处理,利用Cytoscape 3.7.2软件构建成分-靶点网络图;以GeneCards平台挖掘SMI作用靶点;...     

基于网络药理学探讨灵仙活络汤治疗膝骨关节炎的作用机制

目的：使用网络药理学方法寻找及分析自拟方灵仙活络汤治疗膝骨关节炎（KOA）的主要化合物、靶点及有关通路。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取灵仙活络汤中君药及用量最大的两味臣药（威灵仙、乳香、没药）的主要成分及靶点,再用SwissTargetPrediction预测靶点,保留P>0.5的有关靶点,使用Uniprot网站规范两次获得的靶点名称。使用GeneCards、DrugBank、OMIM数据库获取KOA的主要疾病靶点,利用Venny2.1得到药物-疾病重合靶点,即关键靶点,然后使用Cytoscape 3.7.2构建“疾病-药物-化合物-有效靶点”网络。利用String对关键靶点进行蛋白质相互作用分析,使用Cytoscape 3.7.2构建PPI网络,使用Metascape进行KEGG通路富集分析及Go富集分析。结果：得到槲皮素、鞣花酸、β-谷甾醇、豆甾醇等32种化合物,涉及TNF、IL6、AKT1、IL1B、TP53等112个靶点。GO富集分析显示,灵仙活络汤治疗KOA可能与细胞因子受体结合、DNA结合转录因子结合、细胞因子活性、磷酸酶结合等分子功能相关...     

基于网络药理学的鹿茸治疗骨关节炎作用的机制

目的:利用网络药理学方法探索鹿茸(Cervi Cornu Pantotrichum)在治疗骨关节炎中的作用机制.方法:利用BATMAN-TCM数据库筛选出鹿茸的有效活性成分,挖掘对应的靶点信息.通过GeneCards,在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)得到骨关节炎相关靶点信息.将成分靶点和骨关节炎靶点取交集,使用ST...