分型引物RT-PCR法在杯状病毒分子流行病学研究中的应用

目的:应用分型引物RT-PCR法确定五个地区病毒性腹泻粪便标本中杯状病毒流行型别及感染情况。方法:对五个地区收集的<5岁病毒性腹泻粪便标本应用针对病毒壳体区域设计的四对引物(GI-SKF/GI-SKR、COG2F/G2-SKR、SLV5317/SLV5749、PreCAP1/82b)进行反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增诺如病毒GI和GII组、扎如、星状病毒(Astrovirus),扩增产物通过1·5%琼脂糖凝胶电泳鉴定。选取部分阳性标本测序研究型别流行特点。结果:本实验从663例标本中共检出单独感染诺如病毒、扎如病毒和星状病毒阳性标本数分别为84、4、11株,同时还发现3株混合感染标本。选取24株诺如病毒阳性标本测序分析发现19株为GII/4型,2株为GII/3型,1株为GII/1型,1株为GII/13型,1株为GII/15型,4株扎如病毒中2株为SGI/1型,1株为SGII/3型,1株为SGII/1型。结论:研究表明杯状病毒是我国婴幼儿腹泻重要病原体,诺如病毒流行株为GII/4型毒株,同时存在其它型别的散在流行;福建、兰州检测到不同型别扎如病毒证明我国存在多种型别的扎如病毒感染。     

江苏省苏州及南京地区2010年婴幼儿腹泻中诺如病毒分子流行病学研究

目的 了解江苏地区婴幼儿腹泻患者中诺如病毒的感染情况,明确该地区诺如病毒的主要基因型别和流行病学特征.方法 收集2010年江苏省苏州市婴幼儿医院及南京市婴幼儿医院疑似病毒性腹泻粪便标本498例,采用荧光定量PCR方法检测粪便中诺如病毒RNA及其基因组别,并对部分阳性标本测序以明确基因型.结果 498份粪便标本中,GⅠ组诺如病毒阳性标本为2例,阳性率为0.4％,GⅡ组诺如病毒为190例,阳性率为38％,对本地区部分诺如病毒阳性标本进行测序,2份GⅠ标本中,一株为GⅠ1型,另一株为GⅠ3型;测序的23份GⅡ标本中21株为GⅡ4型,2株为GⅡ3型.结论 诺如病毒是本省婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,以诺如病毒GⅡ4型为主,同时也存在其他型别的感染流行.     

南京地区婴幼儿杯状病毒感染的分子流行病学研究

目的 了解南京地区婴幼儿杯状病毒腹泻的感染状况、临床表现以及分子流行病学特征.方法 采集2010年7月至2011年6月南京医科大学附属南京儿童医院5岁以下腹泻患儿粪便标本及儿童保健中心健康婴幼儿粪便标本各428份.采用反转录-聚合酶链反应( RT-PCR)检测杯状病毒,测序确定其基因型别.结果 428份腹泻样本中有63份为杯状病毒阳性,检出率为14.72％.其中诺如病毒GⅡ型58例,未检出诺如病毒GⅠ型,札如病毒5例,以诺如病毒GⅡ-4 2006b型为主要流行株.428份健康对照组标本杯状病毒检出19例,诺如病毒6例,札如病毒11例,2例为诺如病毒GⅡ型和札如病毒混合感染.结论 南京地区婴幼儿中存在不同基因型杯状病毒感染,流行毒株以GⅡ.2006b为主.     

南京地区婴幼儿杯状病毒感染的分子流行病学研究

目的了解南京地区婴幼儿杯状病毒腹泻的感染状况、临床表现以及分子流行病学特征。方法采集2010年7月至2011年6月南京医科大学附属南京儿童医院5岁以下腹泻患儿粪便标本及儿童保健中心健康婴幼儿粪便标本各428份。采用反转录-聚合酶链反应（RT—PCR）检测杯状病毒,测序确定其基因型别。结果428份腹泻样本中有63份为杯状病毒阳性,检出率为14．72％。其中诺如病毒GⅡ型58例,未检出诺如病毒GI型,札如病毒5例,以诺如病毒GⅡ-42006b型为主要流行株。428份健康对照组标本杯状病毒检出19例,诺如病毒6例,札如病毒11例,2例为诺如病毒GⅡ型和札如病毒混合感染。结论南京地区婴幼儿中存在不同基因型杯状病毒感染,流行毒株以GⅡ-2006b为主。     

感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学分析

目的 研究感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学特点.方法 对2008-2010年湖州地区的感染性腹泻疫情标本共119份进行诺如病毒核酸检测,并选取部分阳性扩增产物经序列测定分析诺如病毒的基因型.结果 119份感染性腹泻标本荧光定量PCR检测阳性50份,其中GⅠ型9份,GⅡ型35份,GⅠ和GⅡ混合感染6份.对12份PCR扩增阳性产物进行序列分析显示：5株GⅠ型诺如病毒毒株分属于GⅠ/2和GⅠ/3两种基因型;7株GⅡ型诺如病毒毒株中除1株属于新基因型GⅡb外,其余6株均属于GⅡ/4基因型.结论 诺如病毒是引起湖州地区感染性腹泻疫情最重要的病原菌之一,且湖州地区的诺如病毒存在很高的遗传多样性,同时也存在基因型别的差异.     

长春地区2010年度婴幼儿腹泻的病原学研究及流行病学特点

目的 了解长春地区四种主要腹泻病毒病原构成及流行病学特点.方法 收集长春市儿童医院5岁以下住院患儿腹泻样本共460例,轮状病毒采用ELISA试剂盒检测,杯状病毒、星状病毒采用逆转录-聚合酶链反应( RT-PCR)法,腺病毒采用聚合酶链反应(PCR)法进行鉴定.结果 460份标本中轮状病毒占35.22％( 162/460);杯状病毒占20.43％( 94/460),星状病毒占9.78％(45/460),腺病毒占3.70％(17/460),混合感染达7.17％(33/460),发病患儿以2岁以下婴幼儿为主.对162份轮状病毒阳性标本进行G/P分型,结果示G1P[8]为主要流行株,杯状病毒以GⅡ-4亚型为主要流行株,星状病毒为Ⅰ型,腺病毒为Ad41.结论 长春地区婴幼儿病毒性腹泻的病原中轮状病毒是最主要病原,其次为杯状病毒、星状病毒和腺病毒.     

2011年苏州地区诺如病毒GⅡ组变异株的分子特征研究

目的 了解苏州地区诺如病毒的感染状况及其变异株的分子特征.方法 收集苏州市儿童医院疑似病毒性腹泻粪便标本419例,采用荧光定量PCR方法检测粪便中诺如病毒RNA及其基因组别,并对部分阳性标本测序分析.结果 419份粪便标本中,GⅡ组诺如病毒为122例,阳性率为29％,未检测出GⅠ组诺如病毒,对本地区部分诺如病毒阳性标本进行测序,A区(RdRp区)测序的25份GⅡ标本中25株均为GⅡ.4型;C区(N-S区)测序的26份GⅡ标本中17株为GⅡ.4型,8株为GⅡ.3型,1株为GⅡ.2型;D区(P区)测序的25份GⅡ标本中16株为GⅡ.4型,9株为GⅡ.3型.结论 诺如病毒是本地区婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,以诺如病毒GⅡ.4-2006b亚型为主,此外发现有GⅡ.4-2010亚型(GⅡ.4 New Orleans株)的流行,这是国内首次对该亚型毒株进行报道,同时还检测到部分重组毒株,提示诺如病毒在本地区的遗传变异日趋复杂.     

北京市春季诺如病毒性腹泻流行病学及病原学调查

目的 探讨北京市春季诺如病毒性腹泻的流行病学规律及病原学特点.方法 对2007年1月至4月北京市各级各类医院报告的451例病毒性腹泻病例采集便标本,应用ELISA方法进行诺如病毒抗原检测.应用逆转录聚合酶链反应进行RNA检测,对9例阳性标本的PCR产物进行克降测序.结果 ELISA检测诺如病毒阳性166例,阳性率35.48%.166例病人主要集中在1月、2月,以20～29岁年龄组最多,男性多于女性,城区多于郊区.但在病毒性腹泻病例中,诺如病毒阳性率分布无时间、人群和空间差异.该9株病毒均为GⅡ/4型诺如病毒变异株,组内核苷酸同源性为97.0%～99.6%.系统发生树表明北京地Ⅸ的流行株与同时期世界上流行的诺如病毒株属于同一型别的GⅡ/4变异株.结论 北京市春季诺如病毒性腹泻主要山GⅡ/4变异株引起,与同期世界上流行株有共同的来源,各人群均存在感染的风险,应该加强相应的预防控制措施,并有必要在围外发生流行时建立预警机制.     

北京市肠道门诊腹泻患者人杯状病毒感染调查

目的 调查北京地区肠道门诊就诊腹泻患者人杯状病毒的感染情况.方法 收集北京市2011年4月至2012年3月丰台、昌平、怀柔3个区县的肠道门诊就诊腹泻患者450例,采集患者粪便标本,使用逆转录聚合酶链反应法(RT-PCR)对粪便标本进行人杯状病毒RNA检测,对RT-PCR阳性标本的PCR产物进行克隆测序.结果 450例患者标本中68例人杯状病毒阳性(68/450,15.11％).选择其中18例PCR产物进行克隆测序,将获得的序列进行比对分析、构建系统发生树,结果表明,15株为诺如病毒,3株为扎如病毒.其中诺如病毒GⅡ/4型11株(11/18,61.11％),GⅡ/7型1株(1/18,5.56％),GⅡ组未定型3株(3/18,16.67％).结论 人杯状病毒是北京地区肠道门诊就诊腹泻患者的重要病原,主要流行株为诺如病毒GⅡ/4型.     

长春地区2010年度婴幼儿腹泻的病原学研究及流行病学特点

目的了解长春地区四种主要腹泻病毒病原构成及流行病学特点。方法收集长春市儿童医院5岁以下住院患儿腹泻样本共460例,轮状病毒采用ELISA试剂盒检测,杯状病毒、星状病毒采用逆转录一聚合酶链反应（RT-PCR）法,腺病毒采用聚合酶链反应（PCR）法进行鉴定。结果460份标本中轮状病毒占35．22％（162／460）;杯状病毒占20．43％（94／460）,星状病毒占9．78％（45／460）,腺病毒占3．70％（17／460）,混合感染达7．17％（33／460）,发病患儿以2岁以下婴幼儿为主。对162份轮状病毒阳性标本进行G／P分型,结果示G1P[8]为主要流行株,杯状病毒以GII-4亚型为主要流行株,星状病毒为I型,腺病毒为Ad41。结论长春地区婴幼儿病毒性腹泻的病原中轮状病毒是最主要病原,其次为杯状病毒、星状病毒和腺病毒。     

深圳市儿童秋冬季腹泻诺如病毒检测及基因型分析

目的 了解深圳市儿童秋冬季腹泻中诺如病毒（Nov）的感染状况,并对阳性株进行基因型分析.方法 收集深圳地区多家医院2009年9月至2010年1月腹泻患儿粪便标本307份,通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法进行诺如病毒核酸扩增,部分阳性标本的PCR产物经纯化、测序,结合GenBank参考株相应核酸序列构建系统进化树并进行基因型分析,采用SimPlot3.5.1对重组株进行分析和鉴定.结果 307份粪便标本中诺如病毒核酸阳性38例,阳性率为12.4％,以6～24个月龄婴幼儿感染为主,占全部病例数的81.6％（31 /38）,感染的发病高峰为10、11月份,占全部病例数的73.7％ （28/38）;26份测序标本中25株属于GⅡ.4型2006b变异体,1株为GⅡ.12/GⅡ.3型重组株.结论 诺如病毒是深圳市儿童秋冬季腹泻的重要病原体,优势流行株为GⅡ.4型2006b变异体,深圳首次检出的诺如病毒重组株为GⅡ.12/GⅡ.3型.     

2006-2015年成都地区5岁以下病毒性腹泻住院患儿病原学特征分析CSCD

目的 对成都地区5岁以下急性腹泻病患儿进行病毒学监测,了解引起腹泻常见病毒的流行特征,为指导病毒性腹泻的防控提供科学依据.方法 采集成都市妇女儿童中心医院儿童消化科2006年3月至2015年6月5岁以下腹泻住院患儿粪便标本,并送四川省疾病预防控制中心进行病毒RNA提取与检测,并记录患儿临床资料.采用ELISA、RT-PCR方法对轮状病毒抗原进行检测与分型;采用RT-PCR方法对杯状病毒、星状病毒、腺病毒进行检测与分型.结果 共收集1-59月龄腹泻住院患儿粪便标本份共2 331份（男1 446份,女885份）,阳性检出率58.0％,以7-12月龄为好发年龄.轮状病毒阳性检出率28.3％,11 -12月份为流行季节.杯状病毒阳性检出率23.3％,9月份为流行季节,诺如病毒GII为主要感染株,未发现暴发流行.星状病毒阳性检出率1.5％,主要于1-3月份检出.腺病毒阳性检出率5.1％,主要于5-8月份检出,2011年有过小流行.2007年以后,轮状病毒的检出率较前明显下降,而同时杯状病毒检出率逐年升高,2010-2015年杯状病毒成为引起5岁以下患儿腹泻的主要病毒之一.绝大多数病毒性腹泻患儿为急性病程（91.2％）,以轻度脱水为主,其次为中度脱水,无重度脱水.可伴消化道外表现,轮状病毒的消化道外表现较杯状病毒多见,但在随访中均恢复正常.结论 病毒性腹泻是5岁以下儿童急性腹泻病常见原因,成都地区以轮状病毒、杯状病毒为主要病原体.     

河北省卢龙地区2008-2009年5岁以下腹泻住院儿童中诺如病毒的检测和分型

目的 了解河北省卢龙地区2008 -2009年5岁以下住院儿童中诺如病毒的分子流行病学特征.方法 收集2008年10月至2009年8月325例5岁以下腹泻住院患儿粪便标本和流行病学资料,采用酶联免疫吸附试验( ELISA)检测轮状病毒抗原,利用多重RT-PCR方法检测诺如病毒,并对部分诺如病毒阳性株进行序列测定和系统进化分析.结果 诺如病毒的检出率为11.3％ (37/325),仅次于轮状病毒的检出率(48.6％),高于腺病毒(6.5％)和星状病毒(4.3％),主要感染2岁以下儿童,季节高峰在11月,系统进化分析表明诺如病毒流行优势株为GⅡ-4/2006b变异株,并发现一株未见报道的新型GⅡ-4变异株.结论 诺如病毒是引起2008 -2009年卢龙地区的急性胃肠炎的重要病原之一,GⅡ-4/2006b变异株仍是流行优势株,要进一步监测新型GⅡ-4变异株的流行.     

兰州地区5岁以下婴幼儿病毒性腹泻的分子流行病学研究

目的调查兰州地区5岁以下婴幼儿病毒性腹泻的流行情况,了解四种主要腹泻病毒在儿童中的分布情况。方法采集2009年7月至2010年6月兰州大学第一医院儿科5岁以下腹泻患儿粪便标本290份及儿童保健中心健康婴幼儿正常粪便标本114份,采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测轮状病毒抗原,采用巢式聚合酶链反应对轮状病毒阳性标本进行分型;采用反转录．聚合酶链反应（RT—PCR）检测杯状病毒和星状病毒,聚合酶链反应（PCR）检测腺病毒。结果290份腹泻标本中四种病毒的阳性率分别为：轮状病毒39．31％,杯状病毒11．38％,腺病毒10．69％,星状病毒4．83％;对114份轮状病毒阳性标本G、P分型,G3型及P[8]型为优势株;114份正常标本轮状病毒检出率为0,杯状病毒检出7例,星状病毒检出1例,腺病毒检出5例。结论病毒性病原在兰州地区婴幼儿腹泻中占有重要地位,长期系统的监测具有重要意义。     

河北省卢龙地区2008—2009年5岁以下腹泻住院儿童中诺如病毒的检测和分型

目的了解河北省卢龙地区2008—2009年5岁以下住院儿童中诺如病毒的分子流行病学特征。方法收集2008年10月至2009年8月325例5岁以下腹泻住院患儿粪便标本和流行病学资料,采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测轮状病毒抗原,利用多重RT．PCR方法检测诺如病毒,并对部分诺如病毒阳性株进行序列测定和系统进化分析。结果诺如病毒的检出率为11．3％（37／325）,仅次于轮状病毒的检出率（48．6％）,高于腺病毒（6．5％）和星状病毒（4．3％）,主要感染2岁以下儿童,季节高峰在11月,系统进化分析表明诺如病毒流行优势株为GII-4／2006b变异株,并发现一株未见报道的新型GII-4变异株。结论诺如病毒是引起2008—2009年卢龙地区的急性胃肠炎的重要病原之一,G114／2006b变异株仍是流行优势株,要进一步监测新型GII-4变异株的流行。     

江门成人散发急性腹泻者星状病毒的检测及毒株型别分析

目的研究江门地区成人腹泻者星状病毒感染情况及型别特点。方法收集江门地区病毒性腹泻流行期散发成人腹泻患者粪便标本，经胶体金法、RT-PCR法分别检测轮状病毒和诺如病毒后，运用实时荧光PCR进行星状病毒检测．并对阳性标本进行RT—nested PCR测序，鉴定型别。结果56份成人病毒性腹泻粪便标本中．荧光PCR法测出3份星状病毒株（5．4％），经RT—PCR测序1份，序列分析鉴定为HAtsV-4型。结论江门成人散发病毒性腹泻者存在星状病毒感染，型别为HAstV-4，未发现多致泻病毒混合感染。     

贵阳地区GⅡ.4型诺如病毒变异株的初步研究

目的 了解贵阳地区GⅡ.4型诺如病毒变异株的组成及其点突变.方法 监测2010年6-11月于贵阳地区哨点医院就诊的急性胃肠炎病例,收集粪便标本,采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应(real-time RT-PCR)初步鉴定,随机选取部分GⅡ型诺如病毒阳性标本,采用一步法RT-PCR对其VP1基因区克隆及测序,基因序列与国内外流行的GⅡ.4型诺如病毒进行系统进化及氨基酸位点的突变分析.结果 检测标本426份,有267份(62.68％)GⅡ型诺如病毒阳性,测序获得了9份GⅡ.4型诺如病毒VP1基因组序列,贵州省2010年流行的GⅡ.4型诺如病毒包括2个变异株(GⅡ.42008a和GⅡ.4 2008b新型变异株),亚型组闻的VP1基因的同源性为95.90％ ～ 96.72％,亚型组内同源性为99.45％ ～ 100％,有2个氨基酸位点易发生突变.结论 贵阳地区2010年夏秋季急性胃肠炎以诺如病毒GⅡ型为主,并且变异株具有多样性.     

2010-2011年兰州地区5岁以下腹泻患儿杯状病毒和腺病毒感染的流行特征

目的 了解兰州地区腹泻患儿中杯状病毒和腺病毒感染的分子流行病学及临床特点.方法 收集兰州大学第一医院2010年7月至2011年6月腹泻患儿粪便标本295份,采用RT-PCR或PCR的方法检测杯状病毒及腺病毒,腺病毒阳性标本利用多重PCR及巢式PCR的方法分型,并对序列进行分析.结果 295份粪便标本中杯状病毒的检出率为13.2％( 39/295),腺病毒的检出率是5.1％ (15/295).分型结果显示:杯状病毒中69.2％为诺如病毒,其余是札如病毒,诺如病毒中以GⅡ-3(13例)为主,其次为GⅡ-4(12例),GⅡ-6(2例);腺病毒主要以F组的41型(10/15)为主,同时还检测到1例A组的31型,2例B组的3型及C组的1例5型和1例6型,两种病毒均主要感染2岁以下儿童,无明显的季节高峰.结论 杯状病毒和腺病毒是2010 -2011年兰州地区病毒性腹泻患儿的重要病原,长期监测具有重要意义.     

太原市5岁以下腹泻住院儿童的病毒病原及其流行特征

目的 了解山西省太原市5岁以下腹泻住院儿童四种主要腹泻病毒的流行情况.方法 收集山西儿童医院2007年10月至2008年11月5岁以下全部住院腹泻患儿的粪便标本,采用ELISA试剂盒来检测轮状病毒;采用聚合酶链反应（PCR）检测腺病毒;逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）法检测星状病毒和杯状病毒并对轮状病毒进行分型.结果 346份标本中轮状病毒占40.8%、杯状病毒占7.5%、星状病毒占6.4%、腺病毒占3.2%.对141份轮状病毒阳性标本进行G1P分型,G1型是最优势株,P型优势株为P[8].四种病毒主要是感染2岁以下婴幼儿,RV有明显的季节的特征,9-11月份（48.92%）为发病高峰.结论 轮状病毒为最主要的病毒病原,G1P[8]型为主要流行株,秋冬季为发病高峰,2岁以下为发病高危人群,混合感染多见.     

安徽池州地区小儿腹泻病毒病原学研究

目的 了解安徽池州市小儿腹泻的主要病毒病原.方法 采集2005年1月至2006年12月间在安徽池州市人民医院儿科住院的428例小儿腹泻患者粪便标本,采用酶免疫分析或ELISA法分别检测轮状病毒、星状病毒、腺病毒或杯状病毒抗原.对轮状病毒进行病毒株血清学检测,并采用RT-PCR进行基因分型.结果 安徽池州小儿腹泻常见的病毒病原检出率分别为轮状病毒29.2%、杯状病毒10.5%、腺病毒2.4%.其中,混合感染率为2.4%.同时比较用PCR及ELISA两种方法检查44份粪便标本中轮状病毒,结果两种方法检查一致率达97.7%.对48株轮状病毒G血清型分型结果是血清Ⅰ型3份、Ⅱ型1份、Ⅲ型35份、Ⅸ型2份、未能分型7份.分别来自2005年26份可分型、2006年15份可分型,2年中均以RV Ⅲ型占绝大多数(分别为24株、11株),其他型别仅占少数.对8株轮状病毒P分型,其中7株为G3P8,1株为G9P8.轮状病毒感染具有明显季节性,以冬、春季多,杯状病毒似乎以秋季多.结论 安徽池州地区小儿腹泻的病毒病原中以轮状病毒为主,杯状病毒次之,腺病毒检出率低.两年中流行的轮状病毒以G3型为主,G3P8多.