环带库蚊ISSR-PCR反应体系的建立及优化

目的:建立及优化适宜环带库蚊(Culex annulus)ISSR-PCR的反应体系,为环带库蚊遗传多样性研究奠定技术基础.方法:选用引物IS01,应用正交试验及单因素试验对的ISSR-PCR反应体系中的BSA、模板DNA、Mg2+、引物、dNTP、Taq DNA聚合酶浓度6个关键因素进行优化筛选.结果:20 μL反应体系中最佳因素为BSA 2.0 g/L、DNA模板1.00×10-4mg/L、Mg2+2.0 mmol/L、引物1.0 μmol/L、dNTP0.15 mmol/L、TaqDNA聚合酶0.20 5U/μL.结论:优化后的反应体系适于环带库蚊的ISSR-PCR扩增.     

夏枯草ISSR分子标记技术的建立与体系优化

目的 建立并优化夏枯草ISSR-PCR反应体系和扩增程序,为探讨夏枯草种质间遗传多样性奠定基础。方法 采用单因子试验和正交设计方法,研究Mg2+、dNTP、引物、 Taq DNA聚合酶、模板DNA、退火温度及循环次数对PCR扩增的影响。结果 夏枯草ISSR-PCR的最佳反应体系为：在20 μL的反应体系中含模板DNA 30 ng,Mg2+2.2 mmol/L、dNTP 175 μmol/L、引物0.75 μmol/L、Taq DNA聚合酶1.0 U。在此基础上,从92条引物中筛选出18条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物,并通过梯度PCR试验,确定引物最佳退火温度。结论 采用单因子试验和正交设计方法可以快速建立ISSR-PCR反应体系,经过24份夏枯草种质检验,证明该体系稳定可靠,可用于夏枯草遗传分析。     

大黄ISSR-PCR反应体系的建立与优化

采用正交设计和单因素试验相结合的方法对影响大黄ISSR-PCR反应体系的重要因素(Mg2+、Taq DNA聚合酶、dNTPs、引物、DNA模板)进行优化,通过统计软件分析和直观分析获得最佳的反应体系:DNA模板30 ng,2.5 μL 10×Taq Buffer,dNTPs 0.4 mmol/L、引物0.25 μmol/L、Mg2+ 2.5mmol/L、Taq DNA聚合酶1.25 U.     

水蛭ISSR-PCR反应体系的建立及优化

目的 建立并优化水蛭ISSR-PCR反应体系及扩增程序,为水蛭进行遗传多样性研究提供依据。方法 使用引物ISSR825,采用正交优化方法对影响PCR反应的Mg²⁺、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA进行了体系优化,同时对引物的最佳退火温度进行了选择。结果 在25 μL总体积中,其中包括10×PCR 缓冲液 2.5 μL、Mg²⁺ 2.0 mmol/L、dNTP 0.25 mmol/L、引物0.8 μmol/L、Taq DNA聚合酶2.5 U、模板DNA 2.0 ng/μL,最佳退火温度为49.7 ℃。结论 所建立的最佳ISSR-PCR反应体系稳定可靠,可用于水蛭遗传多样性评价、不同种源鉴定及亲缘关系分析。     

天门冬ISSR分子标记技术的建立与体系优化

目的 建立并优化天门冬ISSR-PCR反应体系和扩增程序，为探讨天门冬种质间遗传多样性提供依据。方法 采用单因子试验和正交设计法，研究Mg²⁺、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA、延伸时间及循环次数对PCR扩增的影响。结果 天门冬ISSR-PCR的最佳反应体系为25 μL的反应体系中含模板DNA 40 ng、Mg²⁺ 1.25 mmol/L、dNTP 320 μmol/L、引物1.2 μmol/L、Taq DNA 聚合酶1.5 U。在此基础上，从50条引物中筛选出13条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物，并通过梯度PCR试验，确定引物最佳退火温度。结论 建立的天门冬ISSR-PCR反应体系，经过17份天门冬种质检验，证明该体系稳定可靠，可用于天门冬遗传分析。     

玉竹ISSR反应体系的优化

目的建立稳定性高、重复性好的适合玉竹ISSR-PCR扩增的反应体系。方法以玉竹根茎为材料,采用改良的CTAB法提取玉竹基因组DNA,并利用单因素多水平试验,分别对模板DNA、引物、Mg2 、Taq酶、dNTP的浓度和退火温度进行考察。结果玉竹的最佳反应体系为:在20μL的反应体系中,含1×buffer、15 ng模板DNA、0.4μmol/L引物、2 mmol/L Mg2 、1.0 U Taq酶、200μmol/L dNTP。此反应体系以52℃的退火温度扩增出来的玉竹电泳图谱清晰,重复性好。结论本实验反应体系适宜于玉竹ISSR-PCR的扩增,为玉竹下一步分子生物学的研究打下基础。     

两面针ISSR-PCR反应体系的建立及优化

【目的】建立适合两面针简单重复序列—聚合酶链反应(ISSR-PCR)体系和扩增程序。【方法】采用改良的高盐低pH法提取两面针基因组DNA,通过单因素试验和正交试验相结合对ISSR反应体系中的主要成分(Mg2+、Taq DNA聚合酶、引物和模板)进行筛选和优化,并考察退火温度对扩增结果的影响。【结果】最佳的PCR反应体系为:总体积为25μL,含1.50 mmol/L Mg2+、150μmol/L dNTPs、0.04 U/μL Taq DNA聚合酶、0.60μmol/L引物、2.40 ng/μL DNA模板。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,51.4℃退火45 s,72℃延伸2 min;35个循环;72℃再延伸10 min。【结论】优化了两面针ISSR-PCR反应体系和扩增程序,为两面针ISSR遗传多样性分析打下基础。     

蠕形螨ISSR-PCR的反应体系优化及引物筛选

目的以蠕形螨的DNA为模板,对蠕形螨简单重复序列锚定PCR(ISSR-PCR)反应体系优化并对ISSR引物进行筛选,为ISSR分析奠定基础。方法用自然沉降法收集山羊蠕形螨,用基因组DNA提取试剂盒提取山羊蠕形螨DNA,并以此为模板,以(CA)8RG(R为1分子的嘧啶)为引物,利用正交实验法,从Mg2+浓度、引物用量、dNTPs、DNA模板用量和TaqDNA聚合酶以及退火温度对蠕形螨ISSR-PCR反应体系进行优化,并以优化的反应体系筛选ISSR-PCR的引物。结果 ISSR-PCR 25μL最佳反应体系包括:0.4 mmol/L Mg2+、30 pmol引物、30～60 ng模板DNA、2u Taq酶,最佳退火温度为49℃、循环35次。筛选出10条条带清晰、多态性好、重复性高的引物。结论筛选出蠕形螨ISSR-PCR最佳反应体系和理想的引物,为蠕形螨的分子生物学研究奠定了基础。     

家蝇相关序列扩增多态性扩增体系的建立与优化

目的:建立和优化家蝇的相关序列扩增多态性(SRAP-PCR)扩增体系.方法:以驯养家蝇为材料,通过单因子实验分别研究了模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物浓度及Taq DNA聚合酶用量对家蝇SRAP分子标记扩增体系的影响,并对扩增体系进行了优化.结果:优化后的反应体系总体积为30 μl,含50 ng模板DNA、1.5mmol/L Mg2+、0.20 mmol/L dNTPs、0.15 μmol/L引物和0.50 U Taq DNA聚合酶.结论:家蝇SRAP-PCR扩增优化系统的建立,为今后利用SRAP技术进行家蝇遗传多样性分析、基因定位奠定了基础.     

香加皮ISSR—PCR条件体系的优化

采用正交设计法、均匀设计法,对影响香加皮IssR—PCR43体系的引物、Mg2＋、dNTP、TaqDNA聚合酶浓度进行优化,通过两种方法的比较建立了适合香加皮ISSR-PCR的反应体系：在20μL反应体系中,含Mg2＋1mmol／L、dNTP0．15mmol／L、引物1．0μmol／L、TaqDNA聚合酶1U、buffer2．5μL和模板DNA约50ng。在此基础上对扩增程序中的退火温度进行筛选,通过比较将退火温度定为50℃,最终扩增程序定为：94℃预变性4min接着进行40个循环：94℃变性30S,50~C退火1min,72℃2延伸90s;循环结束后72℃延伸10min。     

国外实验动物信息资源网站

目的建立实验兔随机扩增多态DNA（RAPD）的最优反应体系,并对RAPD引物进行筛选优化。方法以白毛黑眼（WHBE）兔,日本大耳白（JW）兔,新西兰（NZW）兔为实验材料,对影响RAPD反应的各因素进行优化,摸索出最佳的Mg^2＋,dNTP,Taq酶,引物和DNA模板的浓度,并从60个随机引物中筛选出适合实验兔RAPD反应的引物。结果最优RAPD—PCR反应体系为：在20山的反应体系中,Mg^2＋1．5mmol／L,dNTP0．25mmol／L,Taq酶1．25U,引物5μmol／L,模板DNA40ng。60个RAPD引物中剔除了重复性差,条带模糊的引物后,有25个引物稳定,扩增出来的条带清晰、多态性高。结论本研究筛选出的25个引物和建立的PCR体系可应用于实验兔的RAPD反应。     

药用植物诃子ISSR-PCR反应体系的建立与优化

目的 建立和优化药用植物诃子的ISSR-PCR反应体系.方法 以诃子叶片为实验材料,采用CTAB法提取诃子DNA为模板,通过单因素和双因素实验,研究诃子ISSR-PCR反应体系中DNA模板、Taq DNA聚合酶、Mg2+、引物、dNTPs等的用量,以及退火温度对扩增结果的影响.结果 建立了适合诃子ISSR分析的反应体系...     

胡黄连SRAP反应体系的建立与引物筛选

目的:建立胡黄连SRAP的反应体系,并筛选出适合胡黄连的引物组合,为胡黄连的遗传多样性研究奠定基础.方法:采用5因素(dNTP、Mg2+、Taq酶、引物、DNA)4水平正交试验一步法建立SRAP -PCR的反应体系,采用梯度温度法筛选PCR反应程序的最佳退火温度,对已发表的SRAP引物组合进行了筛选.结果:胡黄连SRAP - PCR的最佳反应体系,即20μL反应体系:10×buffer 2μL,dNTP 150μmol·L-1,Mg23 mmol·L-1,Taq酶2U,引物为0.5μmol·L-1,DNA为20ng,DMSO 1μL;最适的退火温度是30.0℃～33.2℃:最适的引物组合为Me1Em1,Me1Em2,Me1Em3,Me3Em3,Me1Em4,Me2Em4,Me3Em4,Me4Em4,Me1Em5,Me3Em5,Me4Em5,Me3Em6,Me4Em6.结论:该体系是适合胡黄连SRAP - PCR反应的最适宜体系,为今后胡黄连遗传多样性研究奠定了基础.     

湘产百合核心种质库的SRAP体系的建立

目的确立适用于湘产百合核心种质库的相关序列扩增多态性（SRAP）反应体系。方法根据构建核心种质库的需求,对实验步骤、评分规则进行针对性改良,通过Mg2＋、d NTPs、引物、Taq酶、模板5因素4水平的正交试验与单因素试验构建SRAP体系,并筛选出适用引物。结果最佳反应体系（20μL）：Mg^2＋浓度2.5 mmol/L,d NTPs浓度0.20μmol/L,引物浓度0.20μmol/L,Taq酶1.0 U,模板DNA 50 ng能获得明亮清晰的扩增条带;并由144对引物组合中筛选出32对产物稳定、多态性丰富的引物组合。结论该体系具有较高的稳定性,并可提高引物使用率,满足百合核心种质构建对大信息量的需求,适用于湘产百合核心种质库的研究。     

DNA甲基化PCR方法的优化

【目的】优化DNA甲基化PCR的反应体系及扩增参数，为基因甲基化的研究建立一个最佳的PCR方法。【方法】以MHCC-97H肝癌细胞株AFP基因启动子区为模板，分析DNA甲基化反应体系中Mg^2＋、TaqDNA聚合酶用量、加入时间、退火温度及循环方式对甲基化PCR扩增的影响。【结果】反应体系20μl：模板DNA（MoDNA），2μl；正向引物，1μl；反向引物，1μl；10×PCR Buffer，2．5μl；2mmol／LdNTPs，2．5μl；Taq酶，0．4μl；MgCl2，2μl；H2O，8．6μl。PCR程序采用Touch Down PCR。【结论】优化了适用于AFP基因甲基化PCR的反应体系，为利用甲基化PCR分析方法研究肝癌等肿瘤发生机制奠定基础。     

PCR扩增肺癌组织puma基因第四外显子的实验研究

目的探讨PCR扩增肺癌组织中puma基因第四外显子（GC含量76．44％）的最适实验条件．方法通过改变PCR反应体系各组分的浓度和反应条件,探讨PCR反应体系最适浓度和反应条件．结果PCR反应体系为dNTP200μmol／L,普通MgCl2 1．0mmol／L,引物500nmol／L,TaqDNA聚合酶0．1U／μL,模板量不低于4000ng,普通10×扩增体系缓冲液5μL,总体积50μL.反应条件为94℃预变性5min,94℃ 45s、61℃ 45s、72℃ 45s循环33次,最后72℃延伸5min．结论确立了puma基因第四外显子的PCR扩增条件,为后续的突变研究奠定了基础．     

四引物扩增受阻突变体系聚合酶链反应在SNP基因分型中的研究

目的 探讨四引物扩增受阻突变体系聚合酶链反应(tetra-primer amplification refractory mutation system-potymerase chain reaction,tetra-primer ARMS-PCR)在SNP基因分型中的应用. 方法 利用人EXO1基因第10外显子CA9T单核苷酸多态性为研究对象,以tetra-primer ARMS-PCR的原理设计四种引物进行扩增,从而对Mg2 浓度、dN浓度、Taq酶用量及内外引物浓度比例4个因素进行优化. 结果 当反应体系的退火温度为51℃,Mg2 浓度、dNTP浓度分别为2.0 nanol/L、0.1 mmol/L,Taq酶用量为0.5 U,内/外引物浓度为1/0.2μmol/L时,tetra-primer ARMS-PCR应用于该SNP位点的基因分型结果最佳. 结论 四引物扩增受阻突变体系聚合酶链反应是SNP基因分型的一种可行方法,但在应用时需对反应条件进行必要的优化.     

浙贝母ITS-PCR体系优化与不同产地样品序列差异研究

目的:优化浙贝母的ITS-PCR扩增体系,并对不同来源浙贝母品种的ITS序列进行差异分析。方法:浙贝母样品采用减压干燥法处理,以广谱植物基因组总DNA提取试剂盒提取浙贝母总DNA,对反应过程中的退火温度、Taq酶浓度、Mg~(2+)、dNTP浓度等因素进行考察。采用Conting Express和DNAman等分子生物学软件进行序列处理。结果:最优的浙贝母ITS-PCR扩增体系为:50μL反应体系中含Taq酶1 U,2.5 mmol/L Mg~(2+)、dNTP分别为4μL,退火温度为56℃。浙贝母的ITS序列全长668 bp,G+C含量为65.4%,不同产地浙贝母的ITS序列无差异。结论:所建立的体系可用以浙贝母ITS序列分析,为浙贝母的ITS序列研究奠定基础。ITS序列不适合作为浙贝母种间和产地间的鉴别工具。