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1.
目的 构建肠道病毒71型(EV71)山东临沂分离株3D区的系统进化树,进行遗传进化分析,探讨3D区与神经毒力的关系.方法 于2009-2010年在山东省临沂市人民医院采集手足口病(HFMD)患儿的粪便标本和咽拭子标本107份,进行EV71的分离;用Bioedit和MEGA 4对EV71山东临沂分离株SDLY1、SDLY11、SDLY48、SDLY96、SDLY107的3D区进行序列分析,参比序列选自GenBank.结果 3D区的系统发生树分析结果显示,5株临沂分离株在发生树上比较集中,SDLY11、96、107的3D区同源性最高,与CoxA16原型株G-10的系统发生关系较近,与EV71原型株BrCr/70的系统发生关系较远;3D区碱基构成比和氨基酸构成比分析显示,含量最高的碱基为A(29%),含量最高的氨基酸为亮氨酸(>10%);基因序列比对和氨基酸序列比对分析结果显示,碱基突变较多,但大多为静默突变,临沂分离株与CoxA16 G-10之间的氨基酸突变中有很大一部分是赖氨酸与精氨酸之间的突变,在SDLY107的3D区发现了3个特有的氨基酸突变:N37S、K142R、G261E.结论 EV71山东临沂分离株3D区的进化可能与CoxA16 G-10有关,突变N37S、K142R、G261E可能与EV71的神经毒力有关.  相似文献   

2.
目的 了解2009-2010年山东省临沂市肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征,初步探讨VP1区核苷酸或氨基酸变异与不同临床类型的关系.方法 从手足口病(HFMD)病例、重症病例和死亡病例的粪便标本中分离获得23株EV71病毒株,RT-PCR扩增VP1区,并进行序列测定和分析.结果 23株分离株与A、B基因型同源性较低;与C4亚型的C4a群代表株的核苷酸和氨基酸同源性分别达到92.8%~93.5%和98.3% ~99.3%,明显高于其他亚型代表株的同源性;各分离株间的氨基酸序列比对显示无特征性改变.结论 2009-2010年临沂地区流行的EV71是C4亚型的C4a群,HFMD病例、重症病例和死亡病例分离株VP1区核苷酸序列和氨基酸序列无特征性差异.  相似文献   

3.
目的 开展肠道病毒71型(EV71)基因变异监测,为EV71型传染病防治提供依据.方法 对福建省2013-2014年手足口监测标本进行病毒分离和鉴定.选取34株(每年各17株)各地市具有代表性EV71型分离株进行VP1基因测序,对所得序列进行比对,构建进化树,并分析氨基酸变异情况.结果 34株EV71型分离株均为C4a亚型,VP1区的核苷酸和氨基酸同源性分别为93.3%~99.8%和98.3%~100%,2013与2014年毒株VP1基因未见明显变异.分离株的氨基酸同源性比较,共有22株在6个位点的氨基酸发生突变.结论 福建地区2013-2014年流行的EV71毒株基因型仍为C4a亚型,但序列进化和氨基酸变异分析提示,福建省存在不同的EV71传播链,应持续给予关注.  相似文献   

4.
目的 探讨重症手足口病肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)5′非编码区(untranslated region, UTR)、VP1区是否存在潜在的毒力位点。 方法 分离培养不同临床症状手足口病患者粪便标本中EV71,提取病毒总RNA,逆转录PCR扩增5′-UTR、VP1区后测定基因序列,对两个区域核苷酸序列及VP1区编码氨基酸序列进行比对和同源性分析,构建VP1区及不同临床症状EV71病毒5′- UTR基因进化树。 结果 本实验共获得9株EV71毒株(5株来源于重症病例,4株来源于轻症),5′-UTR、VP1区核苷酸同源性均为94.5%~ 99.7%,VP1区氨基酸同源性为97.3%~99.9%。9株EV71毒株5′-UTR共有67个核苷酸突变位点,与4株轻症EV71毒株相比,5株重症EV71毒株VP1区编码氨基酸有2处发生替换(S283T、A289T),5′-UTR共有37个核苷酸位点发生突变。VP1区基因进化树显示9个EV71毒株均属于C4a基因亚型,并且两组不同临床症状毒株处于同一较小分支中。5′-UTR核苷酸序列的系统进化树显示临床表现不同的EV71株呈交错分布,相同临床表现不单独聚类。 结论 9株EV71毒株均属于C4a基因亚型,5′-UTR核苷酸突变和VP1区氨基酸替换可能影响病毒毒力,对EV71病毒的全基因组序列特征分析及与宿主之间的相互作用机制进行研究非常必要。  相似文献   

5.
一起引发手足口病流行的肠道病毒71型的分子特征   总被引:11,自引:3,他引:11  
上海市某幼儿园 2 0 0 0年 10~ 11月发生手足口病 (HFMD)流行 ,从患儿粪便标本中分离到 13株肠道病毒 71型 (EV71) ,血清学实验证明 ,所分离的病毒为此次HFMD流行的病因。对其中的 4株病毒 (SHANGHAI EV71 H2 5、SHANGHAI EV71 H2 6、SHANGHAI EV71 F1和SHANGHAI EV71 F2 )进行了VP1区全基因核苷酸序列测定 ,并做了比较分析。 4株EV71VP1区全基因均为 891个核苷酸 ,编码 2 97个氨基酸 ,与检索到的广东省深圳市和台湾省HFMD病人EV71分离株同源性较高 (>94 % ) ,与脑炎EV71分离株 (BrCr株 )同源性低 (<83% )。种系发生树分析亦表明 ,上海市的 4株EV71与深圳株 (AF30 2 996 EV71 SHZH98)和台湾株 (AF2 86 5 31 FV71 TW 98)亲缘关系较近 ,与BrCr株亲缘关系较远。因此上海市HFMD 4株EV71分离株为本地流行株。  相似文献   

6.
肠道病毒71型北京分离株全基因组序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%~96.7%、88.3%~96.1%、78.1%~94.0%、90.8%~94.6%、85.9%~94.1%和90.9%~93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92~107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.  相似文献   

7.
目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%~96.7%、88.3%~96.1%、78.1%~94.0%、90.8%~94.6%、85.9%~94.1%和90.9%~93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92~107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.  相似文献   

8.
目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%~96.7%、88.3%~96.1%、78.1%~94.0%、90.8%~94.6%、85.9%~94.1%和90.9%~93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92~107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.  相似文献   

9.
目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%~96.7%、88.3%~96.1%、78.1%~94.0%、90.8%~94.6%、85.9%~94.1%和90.9%~93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92~107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.  相似文献   

10.
目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%~96.7%、88.3%~96.1%、78.1%~94.0%、90.8%~94.6%、85.9%~94.1%和90.9%~93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92~107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.  相似文献   

11.
目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%~96.7%、88.3%~96.1%、78.1%~94.0%、90.8%~94.6%、85.9%~94.1%和90.9%~93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92~107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.  相似文献   

12.
目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%~96.7%、88.3%~96.1%、78.1%~94.0%、90.8%~94.6%、85.9%~94.1%和90.9%~93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92~107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.  相似文献   

13.
目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%~96.7%、88.3%~96.1%、78.1%~94.0%、90.8%~94.6%、85.9%~94.1%和90.9%~93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92~107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.  相似文献   

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目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%~96.7%、88.3%~96.1%、78.1%~94.0%、90.8%~94.6%、85.9%~94.1%和90.9%~93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92~107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.  相似文献   

15.
肠道病毒71型北京分离株全基因组序列分析   总被引:6,自引:0,他引:6  
目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%~96.7%、88.3%~96.1%、78.1%~94.0%、90.8%~94.6%、85.9%~94.1%和90.9%~93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92~107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.  相似文献   

16.
目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%~96.7%、88.3%~96.1%、78.1%~94.0%、90.8%~94.6%、85.9%~94.1%和90.9%~93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92~107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.  相似文献   

17.
目的分析不同进化分支肠道病毒71型(EV71)的3D蛋白氨基酸序列的差异,了解潜在毒力相关变异位点。方法从GenBank和实验室收集C4基因亚型EV71全基因序列,以VP1序列做进化分析,统计分析C4a和C4b两进化分支EV71病毒的3D蛋白氨基酸序列。结果共收集病毒序列301株C4型EV71毒株,其中C4a序列293株、C4b序列8株。不同进化分支中3D区有22个氨基酸残基分布有统计学意义。结论两种进化分支C4亚型EV71病毒的3D蛋白,共有22个位点氨基酸变异,其生物学意义有待进一步研究。  相似文献   

18.
目的探讨浙江宁波地区2010年分离的肠道病毒71型(EV71)中神经毒性相关位点。方法采集宁波地区2010年手足口病不同症状患者粪便标本,进行荧光聚合酶链反应检测,阳性标本病毒分离;分8个片段对EV71全基因序列和VP1区进行逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)、克隆、测序、拼接、同源性比较,用DNAstar推导其内含子编码的氨基酸序列并比对分析。结果 6株分离株基因全长均为7 406 bp,核苷酸同源性为97.9%~99.4%,其中3株死亡病例标本内部核糖体进入位点(IRES)中的124、272及408位,碱基分别为T、G、A,区别于其他3株手足口轻症患者分离株的A、A和G;3株死亡病例标本位于主要衣壳蛋白VP1区的第715位氨基酸和3C蛋白酶的第1 704位及1 706位的氨基酸分别为甲硫氨酸(met)、精氨酸(arg)及异亮氨酸(ile),区别于3株轻症病例的亮氨酸(leu)、赖氨酸(lys)及缬氨酸(val)。结论宁波地区2010年分离的EV71 IRES、VP1与3C位点变异与EV71神经毒性相关。  相似文献   

19.
目的利用反向遗传技术分别对肠道病毒71型(EV71)强毒株SDLY107和弱毒株SDLY1的3C和3CD编码区进行置换,拯救重组病毒。方法使用PCR技术得到重组片段3C(1)-3D-3'UTR(107)和3CD(1)-3'UTR(107),并克隆入p M D19-T。利用双酶切、T4连接酶将两种重组3CD-3'UTR分别置换入本室构建并保存的EV71的SDLY107株的感染性c DNA克隆p M D19-T-107,得到重组p M D19-T-107后,将其线性化并转染入横纹肌肉瘤(RD)细胞,盲传得到重组病毒107(1-3C)和107(1-3CD)。对收获病毒进行鉴定。结果构建了重组EV71全长c DNA克隆;RNA转染并盲传至第3代,36 h后RD细胞出现细胞病变(CPE),48 h出现明显的CPE,成功拯救重组病毒SDLY107(1-3C)和SDLY107(1-3CD);重组病毒产生的CPE更接近SDLY107。结论成功构建了重组EV71反向遗传系统,拯救了重组病毒SDLY107(1-3C)和SDLY107(1-3CD),为进一步研究3C与3D蛋白在EV71致病机制中的作用提供基础。  相似文献   

20.
目的 比较分析济南市轻重症手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病原肠道病毒71型(enterovirus 71, EV71)结构蛋白基因及氨基酸变异情况。方法 对2017年济南市轻重症手足口病患儿EV71细胞分离株结构蛋白基因序列进行RT-PCR扩增测序,应用EditSeq和MegAlign等软件对结构蛋白基因进行序列拼接及核苷酸、氨基酸同源性比对,应用Mega 5.2软件构建VP1基因系统进化树。结果 轻重症患儿EV71分离株结构蛋白基因核苷酸和氨基酸同源性分别为93.0%~98.8%和99.0%~99.8%,均属于C4a基因亚型。经VP1基因同源性分析,济南市EV71分离株与2017年江苏株(GenBank ID: MG520666,同源性99.3%)、2015年河南株(KU744452,同源性99.2%)、2015年北京株(KU376386,同源性99.2%)及2016年山东潍坊株(MG588036,同源性99.0%)亲缘关系较近。死亡患儿EV71分离株VP1蛋白出现E145Q突变,重症EV71分离株分别出现VP1蛋白A19V、T101I,VP3蛋白M150I突变。结论 济南市轻重症HFMD患儿EV71分离株均属于C4a亚型,与江苏、河南、山东及北京等地的EV71株亲缘关系较近,其VP1蛋白145位氨基酸残基可能是影响病毒毒力的重要位点。  相似文献   

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