PR（＋）／PR（-）乳腺癌差异表达microRNAs潜在作用通路的生物信息学分析

目的通过对乳腺癌中与孕激素受体（PR）状态相关的microRNAs差异表达谱进行生物信息学分析,探讨microRNAs在PR表达状态中可能参与的调控机制,为深入研究乳腺癌不同分子亚型的分化提供新思路。方法利用文献挖掘方法找到与PR状态相关的microRNAs差异表达数据集,然后利用生物信息学方法（Targetscan软件和DAVID数据库）预测microRNAs的靶基因,再对靶基因进行基因本体论（GO）富集和通路分析。结果通过文献挖掘找到3个差异表达microRNAs数据集．生物信息学分析获得3个相应靶基因集和1个靶基因合集。靶基因的GO分类主要涉及细胞内的信号级联、蛋白氨基酸磷酸化、蛋白质甲基转移酶活性及转录因子活性等生物学过程及分子功能。通路分析发现3条KEGG信号通路和3条BIOCARTA代谢通路可能参与不同PR表达状态的调节。结论通过生物信息学方法,初步分析了microRNAs在不同PR表达状态中可能参与调控的信号和代谢通路,为进一步探索microRNAs在乳腺癌不同分子亚型分化的调控机制奠定基础。     

尼洛替尼和伊马替尼对慢性粒细胞 白血病表达谱的影响

目的 探索尼洛替尼和伊马替尼对慢性粒细胞白血病（CML）细胞基因表达谱的影响,阐明酪氨酸 激酶抑制剂（TKI）抑制白血病的分子机制。方法 从在线基因表达数据库中下载表达谱数据集GSE19567, 利用BRB-ArrayTools 软件进行质量控制并筛选差异表达基因（DEGs ）,然后分别对差异基因进行GO 功能 富集分析、KEGG 通路富集分析、pathway 互作网络和基因互作网络分析。结果 共筛选出差异基因519 个, 其中177 个上调表达,342 个下调表达。GO 富集分析发现DEGs 主要涉及小分子代谢、血液凝固、转录调控、 细胞增殖与凋亡调控等生物过程,发挥的分子功能集中在蛋白结合、蛋白二聚化、序列特异性DNA 结合和 ATP 结合等。KEGG 富集分析发现代谢通路、PI3K-Akt 信号通路、Jak-STAT 信号通路和HIF-1 信号通路 等pathway 显著富集。网络分析挖掘出的核心基因有SHMT 2、CBS 、CTH 、HK 2,核心pathway 包括MAPK 信号通路、细胞周期和细胞凋亡等。结论 酪氨酸激酶抑制剂影响了CML 细胞代谢通路和信号转导通路的相 关基因,通过细胞周期阻滞和诱导凋亡等机制抑制白血病,为白血病的靶向治疗提供了基础。     

人类表皮细胞衰老相关的microRNA差异性表达与信号通路分析

目的探讨衰老过程中表皮稳态的相关机制。方法使用生物信息学分析来鉴定与年龄有关的microRNAs以及下游调控的靶基因,通过微阵列数据[基因和microRNAs(miRNA)]使用GEO2R软件进行GO分析和KEGG信号通路分析。使用Cytoscape(v.3.5.1)预测miRNA-基因互作网络和关键基因。结果通过生物信息学技术,确定了人类表皮差异miRNA以及其调控的靶基因参与的信号通路。结论表皮信号通路的确定为改善年龄相关性皮肤疾病的治疗提供理论依据。     

hsa-miR-105的靶基因预测及生物信息学分析

目的:对hsa-miR-105进行靶基因、功能富集分析(GO分析)、信号通路富集分析、靶基因编码蛋白相互作用分析及与L ncRN A s之间联系枢纽等生物信息学分析,为后续研究其功能提供线索.方法:通过UCSC基因组浏览器、miRbase数据库、TargetScan、miRanda、MicroT-CD软件、miRTarBase数据库、GeneOntology数据库、KEGG信号转导通路、STRING数据库及LncBase V.2软件等在线工具分析hsa-miR-105序列及保守性,预测其靶基因,对预测的靶基因进行GO富集分析、KEEG通路富集分析和靶基因编码蛋白分析,预测与hsa-miR-105相关的长链非编码RNA(LincRNA)的基因.结果:hsa-miR-105序列在各物种间高度保守;GO分析发现hsa-miR-105靶基因功能主要富集在细胞氮化物代谢、生物合成过程、TRK受体信号通路中的神经营养和Fc-epsilon受体信号通路等方面(P<0.05),KEGG通路分析涉及的信号通路主要有氨基酸的生物合成、调控干细胞多功能性的信号通路和急性骨髓白血病等(P<0.01);蛋白互作显示编码蛋白间存在复杂的相互作用,且编码蛋白在互作网络中起到稳定结构的作用;与hsa-miR-105相关的长链非编码RNA(LincRNA)的基因有CASC7、H19和NEAT1.结论:hsa-miR-105可能参与肿瘤发生、发展等重要的生物学过程及调控机制,为进一步实验验证提供了线索.     

甲状腺微小乳头状癌患者血浆microRNA差异表达谱的研究

目的比较甲状腺微小乳头状癌患者与甲状腺良性结节患者血浆小分子RNA（miRNA）表达谱的差异,初步分析差异miRNA靶基因的功能。方法收集并分离5例甲状腺微小乳头状癌和5例甲状腺良性结节患者的血浆,采用miRNA-seq方法筛选出两组差异表达miRNA,进一步采用mirdbV5和TaregetScan7.1对差异表达miRNA进行靶基因预测,并运用GeneOntology（GO）分析和KEGG信号通路数据库初步分析靶基因功能。结果与甲状腺良性结节相比,甲状腺微小乳头状癌共有11个miRAN表达有显著差异,其中上调3个,下调8个;3个上调的miRNA通过两个软件共同预测到靶基因76个,8个下调miRNA共同预测到靶基因298个。上调miRNA靶基因GO分析提示与蛋白质修饰和细胞分解代谢有关。下调的miRNA靶基因GO分析结果提示与代谢以及生物合成有关。KEGG分析提示差异miRNA与RNA降解以及HIF-1信号通路相关。结论甲状腺微小乳头状癌与甲状腺良性结节miRNA表达谱存在明显差异,这些差异表达的miRNA可能与蛋白质修饰、细胞代谢以及生物合成、HIF-1信号通路有关。     

基于网络药理学的左金丸治疗胃癌作用机制研究

目的基于网络药理学方法探讨左金丸治疗胃癌的作用机制。方法利用TCMSP数据库获得左金丸所含中药的化学成分及对应作用靶点基因,检索GeneCards和OMIM数据库获得疾病胃癌相关靶点基因,然后取两者的交集,得到左金丸作用于胃癌的预测靶基因;利用Cytoscape 3.7.1软件构建左金丸化合物-作用靶点-疾病三者相互关系网络,采用STRING数据库对左金丸作用于胃癌的预测靶基因进行蛋白互作网络分析,利用Cytoscape3.7.1软件的插件cytohubba筛选出关键靶基因,并利用ONCOMINE数据库分析关键靶基因在胃癌中的表达情况;利用在线工具DAVID进行GO功能富集分析并利用Cytoscape3.7.1软件的ClueGO插件进行KEGG通路富集分析。结果共筛选出左金丸作用于胃癌的预测靶基因68个,关键靶基因15个,这些关键基因在ONCOMINE数据库的胃癌样本和正常样本中的表达存在显著性差异。GO功能富集分析显示,左金丸作用于胃癌的预测靶基因主要涉及对有机物质的反应、细胞凋亡的负调控、细胞程序性死亡的负调控等生物过程;KEGG通路富集分析主要涉及癌症通路、p53信号通路、VEGF信号通路等。结论本研究初步揭示了左金丸治疗胃癌的主要作用靶点及多靶点、多维调控、协同作用、整体调节的作用机制,可为后续进一步深入研究其作用机制提供参考。     

哮喘相关的miR-201-3p靶基因的预测及生物信息学分析

目的:预测并分析miR-201-3p的靶基因。方法:利用miRanda、miRDB、miRWalk和Targetscan等4个数据库在线预测miR-201-3p的靶基因,对获得的靶基因用Cytoscape软件中的Bi NGO插件进行Gene Ontology(GO)分类及KEGG数据库的信号转导通路富集分析。结果:共预测获得1082个靶基因。经GO分析这些靶基因后,共得到涉及245条生物学进程,主要包括细胞进程、生物学调节和生物学进程调节等;分子功能包括蛋白质异源二聚体活化和I-SMAD蛋白结合等。KEGG富集分析发现这些靶基因主要参与MAPK信号通路、T细胞受体信号通路、Wnt信号通路、趋化因子信号通路等与炎症有关的信号通路。结论:成功预测了miR-201-3p的靶基因,部分靶基因可能参与了哮喘气道炎症和气道重塑。     

患者血清microRNA表达谱及相关生物信息学分析

探讨慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者血清中microRNA(miRNA)的差异性表达谱,并通过生物信息学探索其意义。方法 下载GEO数据库开源数据集（GSE70080）,分析慢阻肺患者与正常人血清的miRNA差异性表达谱,分析其对慢阻肺的诊断价值,运用miRTarbase、Target Scan、PicTar 、miRDB等软件预测和筛选miRNAs的靶基因,并将得出的上述靶基因功能富集、信号通路及蛋白质互作网络分析。 结果 该数据集中慢阻肺与健康对照组血清差异表达的miRNA共62个(P＜0.05) ,其中较对照组上调8个,下调54个,上调miRNA和下调miRNA诊断慢阻肺的受试者曲线下面积分别为0.938和0.969。靶基因预测显示差异性表达miRNA共有15099个靶基因,GO功能分析显示上述靶基因主要涉及Wnt、MAPK、NF-κB等重要生物学过程,KEGG分析主要富集于Wnt、NF κB、MAPK等信号通路。miRNA和mRNA的网络图显示SLC4A8与多个miRNA相关。蛋白质互作网络显示靶基因编码蛋白质间存在复杂的相互作用,ACVR1B、ACVRL1、KRT2、KRT74、KRT82在互作网络中具有核心地位。结论 慢阻肺患者的血清miRNA存在差异性表达,miRNA可能通过调控靶基因参与调控相关的生物功能和通路参与慢阻肺发病机制调控     

不稳定型心绞痛患者循环microRNA对神经生长因子通路的靶向调节作用及其功能调控网络

目的:研究不稳定型心绞痛患者循环microRNA表达谱变化,及其通过神经生长信号通路的网络调控作用.方法:选取冠状动脉造影阴性的患者作为对照(n=6)和不稳定型心绞痛患者(n=6),抽取静脉血,提取全血microRNA,利用Taqman低密度微小RNA芯片检测microRNA表达,通过芯片数据分析工具SAM(significance analysis of microarray)得出显著差异表达microRNA.应用预测工具(Targetscan,miRanda,DIANA-microT)得出不稳定型心绞痛相关microRNA的靶基因,应用芯片整合生物信息分析工具DAVID分析相关靶基因富集的信号通路,利用Panther数据库获取靶基因的生物功能聚类,通过Cytoscape构建microRNA的靶基因功能网络.结果:不稳定型心绞痛患者循环血中显著上调了20个microRNAs,并且其主要靶向调节神经生长因子通路,靶基因的功能集中在信号传导、细胞增殖分化、细胞周期、免疫炎症、神经生长和活动、细胞凋亡.结论:差异表达上调的microRNA主要抑制调节神经生长因子通路,即抑制细胞增殖、免疫炎症、神经生长等,从而稳定动脉粥样硬化易损斑块.     

hsa-miR-126的靶基因预测及功能分析

目的 检测hsa-miR-126在各个组织器官中的表达情况,通过生物信息学预测hsa-miR-126的靶基因,进一步分析其可能功能,为研究hsa-miR-126的功能和机制奠定基础.方法 通过miRGator v3.0数据库查看hsa-miR-126在各个组织器官中的表达丰度情况;应用TargetScan、DIANA-microT-CDS及miRanda预测hsa-miR-126的靶基因;将预测所得靶基因和已证实的靶基因交集组成的基因集合分别进行功能富集分析（GO analysis）和信号转导通路富集分析,分析hsa-miR-126的可能功能.结果 hsa-miR-126在胃肠道,心脏,肾脏,肝胆系统,肺,干细胞,睾丸,胸腺,甲状腺,子宫中表达丰度较高;结合已被证实靶基因得到40个候选靶基因;靶基因主要参与细胞迁移调控以及腺体发育相关生物过程,涉及数个癌症通路和与癌症发生相关的信号通路,以及神经营养因子信号通路,ErbB信号通路,趋化因子信号通路和VEGF信号通路等.结论 hsa-miR-126预测的靶基因集合富集于多个生物学过程,与肿瘤和血管性疾病密切相关,生物信息预测结果为今后的研究奠定了基础。     

依从性预测研究进展

依从性差是一个普遍存在的现象,也是疾病得不到有效控制的重要因素,其对临床效果及疾病康复有重要的影响; 早期预测患者依从性状况并找出重要的影响因素,将有助于医护人员采取有针对性的干预措施,从而提高患者的依从性, 改善预后。对依从性的定义和测量工具、依从性预测模型及评分系统等系列问题进行综述,以期为开展特定疾病的依从 性预测研究提供依据。     

子宫输卵管造影的相关影响因素分析

目的:分析子宫输卵管造影(Hysterosalpingography,HSG)中使用双腔球囊导管置管和注药过程中影响诊断的相关因素,并分析预防措施。方法:搜集2007年1月至2010年11月在本院行HSG的患者2 308例,均使用双腔球囊导管。比较不同球囊大小、导管顶端插入深度和不同通液速度对HSG的影响。结果:不同球囊大小造影剂外溢、导管脱出、发生人工流产综合征和宫腔显影不全的比例有明显差异,部分差异有统计学意义(P<0.05);导管顶端位于输卵管开口处者82.69%(640/774)同侧输卵管、宫角不显影,经调整后71.45%(553/774)同侧宫角显影,55.17%(427/774)同侧输卵管显影;导管顶端位于宫腔内、宫颈管内者有37例和7例宫腔部分显影或不显影,经调整后宫腔均正常显影;不同通液速度疼痛和输卵管再通的比例有显著的统计学差异(P<0.05),而淋巴静脉返流的比例无显著的统计学差异。结论:在子宫输卵管造影中,根据宫腔大小和位置选用适当的球囊大小、导管位置和通液速度,获得最好的显影效果同时预防手术并发症的发生。     

磁共振横向弛豫时间测量方法的研究

目的研究磁共振横向弛豫时间测量方法,使病变诊断定量计算更为简便。方法本文拟在T2测量方面借助Matlab进行测算,依据T2的数学表达式特征,采用单双指数曲线拟合法、最小二乘法对测量数据进行处理,并对三种处理方法进行比较研究。结果通过Origin9．0软件评估,数值波动双指数拟合最小、最稳定;最小二乘法较大;单指数拟合最大。但最小二乘法和单指数拟合地更快。结论三种方法均可以测出横向弛豫时间T2的值。     

评刊之感

欣逢《中国医院》创刊6周年、公开发行两周年之际,谈点评刊之感,以兹庆贺、纪念。 从2001年7月起,我有幸担任本刊评刊员,真诚感谢给我这一“老有所学”机会,期期通读,收获甚丰。24期,千篇文章(含动态、短讯),颇有走进没设课桌的动态医院管理大学之感。《中国医院》杂志突出特点,一是政策性强,紧跟党中央、国务院、卫生部对医院改革发展,乃至整个卫生改革发展的部署,传递信息,答疑释惑;二是科学性强,理论阐述,经验介绍,感悟体会,都遵循经济社会规律和医学科学规律;三是权威性高,政府官员,学会领导,院士、博士专家,优秀院长、主任,国内国际名士,均为本刊撰稿。本刊对医院管理者和卫生管理者及时而良好的指导作用,已为业内人士所公认和赞许。     

中药蛇床子的研究进展

概述近年来有关蛇床子的化学成分、药理作用和临床应用和研究进展。     

国外医院患者入院过程概述

合理有效的做好患者人院安排是医院面临的一个比较重要的问题,笔者简单介绍了国外医院的入院过程,并提出改进患者人院过程应准确的记录患者信息、有效的使用各种技术、以及最优化医院的资源等策略,以期为中国医院患者入院以及挂号过程提供一些借鉴。     

《伤寒论》太阴病篇评述

对《伤寒论》太阴病篇有关问题进行了评述，指出太阴病篇所论之太阴病仅是脾的病变，不包括肺的病变；太阴病篇所论之太阴病的证治很不完整，太阴病的证治散见于其他各篇，学习时当结合其他病篇，方能全面；治疗太阴病的代表方剂当为理中汤(丸)；桂枝加芍药汤证、桂枝加大黄汤证的病机是脾络瘀滞，并无表证；太阴病的转归除转愈者外，更有虚实之辨。     

基于文献计量方法的免疫血小板减少症研究现状分析

目的 分析国际免疫性血小板减少症(ITP)的研究现状与研究热点.方法 检索科学引文索引扩展板(SCI-E)数据库2006-2016年ITP主题领域的文献,基于文献计量方法,应用Cite Space软件分析国际ITP研究的作者合作关系、时间分布、地域分布、发文机构分布及主题分布情况,重点对目前ITP的国际研究热点主题进行分析.结果 共检索到期刊论文936篇,2006-2015年ITP主题领域的文献量呈稳固上升趋势;研究主要分布于东亚、欧洲及北美洲地区,文献发文排名靠前的国家分别为美国、中国、日本、加拿大和英国;论文产出最多的机构为美国康奈尔大学.动物模型、血小板生成素受体激动剂、幽门螺杆菌根除、系统评价、T淋巴细胞增殖为研究热点;大剂量地塞米松、基因多态性、相关性、反应等高频关鍵词为最新研究方向.结论;本文明确了ITP主题领域研究的作者合作关系、地域分布,以及研究的热点与趋势,可以为我国ITP科研领域的发展提供参考.     

葛根素对高血压性头颈痛疗效观察

目的：观察葛根素对高血压性头颈痛治疗效果。方法：对76例高血压头颈痛病例,随机分为治疗组34例（葛根素治疗）、对照组42例（β体阻滞剂治疗）。结果：5天内总的症状消失率治疗组82．4％,对照组57．1％,两组比较有显著性差异（P＜0．01）;总的停药反跳率分别为8．8％和42．9％,二者有显著性差异（P＜0．05）;不良反应峡谷组也有显著性差异（P＜0．01）。结论葛根素对高血压性头颈痛疗效优于β受体阻滞剂而且稳定,无不良反应。