2015年我国17省市5岁以下腹泻患儿星状病毒感染监测结果分析

目的 了解2015年我国17省市5岁以下腹泻患儿星状病毒的流行特征.方法 收集2015年我国17省市4 672份5岁以下腹泻患儿的腹泻粪便样本和相应病例临床信息,采用描述性流行病学方法分析星状病毒感染的分布特征.利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)反应进行星状病毒检测,对其中部分星状阳性PCR产物测序并进行系统进化分析.结果 星状病毒检出的阳性率约为3.40％(159/4 672).星状病毒感染阳性的患儿年龄主要集中在0～2岁,占85.53％(136/159);季节高峰在1月;流行地区主要位于西部及北部地区.选取52份星状病毒阳性标本进行测序,获得32株序列,系统进化分析结果显示,31株为经典HAstV-1型星状病毒,同时检测到1株HAstV-5型星状病毒.结论 星状病毒是我国17省市5岁以下腹泻患儿的重要病原体之一,经典的HAstV-1型是我国星状病毒流行优势株.     

江苏省苏州及南京地区2010年婴幼儿腹泻中诺如病毒分子流行病学研究

目的 了解江苏地区婴幼儿腹泻患者中诺如病毒的感染情况,明确该地区诺如病毒的主要基因型别和流行病学特征.方法 收集2010年江苏省苏州市婴幼儿医院及南京市婴幼儿医院疑似病毒性腹泻粪便标本498例,采用荧光定量PCR方法检测粪便中诺如病毒RNA及其基因组别,并对部分阳性标本测序以明确基因型.结果 498份粪便标本中,GⅠ组诺如病毒阳性标本为2例,阳性率为0.4％,GⅡ组诺如病毒为190例,阳性率为38％,对本地区部分诺如病毒阳性标本进行测序,2份GⅠ标本中,一株为GⅠ1型,另一株为GⅠ3型;测序的23份GⅡ标本中21株为GⅡ4型,2株为GⅡ3型.结论 诺如病毒是本省婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,以诺如病毒GⅡ4型为主,同时也存在其他型别的感染流行.     

在兰州地区儿童粪便中检测Aichi virus

目的 从兰州腹泻和正常儿童粪便标本中检测 Aichi virus,同时探讨 Aichi virus 与婴幼儿腹泻之间的联系.方法 根据文献发表资料,采用RT-PCR方法扩增 Aichi virus 3CD 片段,阳性产物经测序确定,并与已发表的该病毒序列进行比对分析.结果 在46份腹泻住院患儿粪便标本和299份腹泻门诊就诊患儿标本中各检出1例 Aichi virus,总检出率为0.06%,正常对照儿童中未检测到 Aichi virus.2株病毒3CD区基因与已知参考株核苷酸序列同源性均为97%,系统进化分析显示这2株病毒属于B基因型.结论 我国存在B基因型的 Aichi virus,但要明确我国 Aichi virus 的病原学及流行病学特点需要更多研究.     

深圳市儿童秋冬季腹泻诺如病毒检测及基因型分析

目的 了解深圳市儿童秋冬季腹泻中诺如病毒（Nov）的感染状况,并对阳性株进行基因型分析.方法 收集深圳地区多家医院2009年9月至2010年1月腹泻患儿粪便标本307份,通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法进行诺如病毒核酸扩增,部分阳性标本的PCR产物经纯化、测序,结合GenBank参考株相应核酸序列构建系统进化树并进行基因型分析,采用SimPlot3.5.1对重组株进行分析和鉴定.结果 307份粪便标本中诺如病毒核酸阳性38例,阳性率为12.4％,以6～24个月龄婴幼儿感染为主,占全部病例数的81.6％（31 /38）,感染的发病高峰为10、11月份,占全部病例数的73.7％ （28/38）;26份测序标本中25株属于GⅡ.4型2006b变异体,1株为GⅡ.12/GⅡ.3型重组株.结论 诺如病毒是深圳市儿童秋冬季腹泻的重要病原体,优势流行株为GⅡ.4型2006b变异体,深圳首次检出的诺如病毒重组株为GⅡ.12/GⅡ.3型.     

分型引物RT-PCR法在杯状病毒分子流行病学研究中的应用

目的:应用分型引物RT-PCR法确定五个地区病毒性腹泻粪便标本中杯状病毒流行型别及感染情况。方法:对五个地区收集的<5岁病毒性腹泻粪便标本应用针对病毒壳体区域设计的四对引物(GI-SKF/GI-SKR、COG2F/G2-SKR、SLV5317/SLV5749、PreCAP1/82b)进行反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增诺如病毒GI和GII组、扎如、星状病毒(Astrovirus),扩增产物通过1·5%琼脂糖凝胶电泳鉴定。选取部分阳性标本测序研究型别流行特点。结果:本实验从663例标本中共检出单独感染诺如病毒、扎如病毒和星状病毒阳性标本数分别为84、4、11株,同时还发现3株混合感染标本。选取24株诺如病毒阳性标本测序分析发现19株为GII/4型,2株为GII/3型,1株为GII/1型,1株为GII/13型,1株为GII/15型,4株扎如病毒中2株为SGI/1型,1株为SGII/3型,1株为SGII/1型。结论:研究表明杯状病毒是我国婴幼儿腹泻重要病原体,诺如病毒流行株为GII/4型毒株,同时存在其它型别的散在流行;福建、兰州检测到不同型别扎如病毒证明我国存在多种型别的扎如病毒感染。     

北京市肠道门诊腹泻患者人杯状病毒感染调查

目的 调查北京地区肠道门诊就诊腹泻患者人杯状病毒的感染情况.方法 收集北京市2011年4月至2012年3月丰台、昌平、怀柔3个区县的肠道门诊就诊腹泻患者450例,采集患者粪便标本,使用逆转录聚合酶链反应法(RT-PCR)对粪便标本进行人杯状病毒RNA检测,对RT-PCR阳性标本的PCR产物进行克隆测序.结果 450例患者标本中68例人杯状病毒阳性(68/450,15.11％).选择其中18例PCR产物进行克隆测序,将获得的序列进行比对分析、构建系统发生树,结果表明,15株为诺如病毒,3株为扎如病毒.其中诺如病毒GⅡ/4型11株(11/18,61.11％),GⅡ/7型1株(1/18,5.56％),GⅡ组未定型3株(3/18,16.67％).结论 人杯状病毒是北京地区肠道门诊就诊腹泻患者的重要病原,主要流行株为诺如病毒GⅡ/4型.     

2011年苏州地区诺如病毒GⅡ组变异株的分子特征研究

目的 了解苏州地区诺如病毒的感染状况及其变异株的分子特征.方法 收集苏州市儿童医院疑似病毒性腹泻粪便标本419例,采用荧光定量PCR方法检测粪便中诺如病毒RNA及其基因组别,并对部分阳性标本测序分析.结果 419份粪便标本中,GⅡ组诺如病毒为122例,阳性率为29％,未检测出GⅠ组诺如病毒,对本地区部分诺如病毒阳性标本进行测序,A区(RdRp区)测序的25份GⅡ标本中25株均为GⅡ.4型;C区(N-S区)测序的26份GⅡ标本中17株为GⅡ.4型,8株为GⅡ.3型,1株为GⅡ.2型;D区(P区)测序的25份GⅡ标本中16株为GⅡ.4型,9株为GⅡ.3型.结论 诺如病毒是本地区婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,以诺如病毒GⅡ.4-2006b亚型为主,此外发现有GⅡ.4-2010亚型(GⅡ.4 New Orleans株)的流行,这是国内首次对该亚型毒株进行报道,同时还检测到部分重组毒株,提示诺如病毒在本地区的遗传变异日趋复杂.     

安徽池州地区小儿腹泻病毒病原学研究

目的 了解安徽池州市小儿腹泻的主要病毒病原.方法 采集2005年1月至2006年12月间在安徽池州市人民医院儿科住院的428例小儿腹泻患者粪便标本,采用酶免疫分析或ELISA法分别检测轮状病毒、星状病毒、腺病毒或杯状病毒抗原.对轮状病毒进行病毒株血清学检测,并采用RT-PCR进行基因分型.结果 安徽池州小儿腹泻常见的病毒病原检出率分别为轮状病毒29.2%、杯状病毒10.5%、腺病毒2.4%.其中,混合感染率为2.4%.同时比较用PCR及ELISA两种方法检查44份粪便标本中轮状病毒,结果两种方法检查一致率达97.7%.对48株轮状病毒G血清型分型结果是血清Ⅰ型3份、Ⅱ型1份、Ⅲ型35份、Ⅸ型2份、未能分型7份.分别来自2005年26份可分型、2006年15份可分型,2年中均以RV Ⅲ型占绝大多数(分别为24株、11株),其他型别仅占少数.对8株轮状病毒P分型,其中7株为G3P8,1株为G9P8.轮状病毒感染具有明显季节性,以冬、春季多,杯状病毒似乎以秋季多.结论 安徽池州地区小儿腹泻的病毒病原中以轮状病毒为主,杯状病毒次之,腺病毒检出率低.两年中流行的轮状病毒以G3型为主,G3P8多.     

婴幼儿轮状病毒流行的新趋势--G9型轮状病毒全球流行综述

轮状病毒(HRV)是世界范围内婴幼儿重症腹泻的最主要病因.轮状病毒腹泻至今尚无特效药物,发展轮状病毒疫苗成为控制该病主要手段,而HRV疫苗的研究、开发和应用又有赖于HRV流行病学调查.本文作者分析了世界各地HRV流行病学调查资料,综述了G9型HRV在全球流行现状,展示了婴幼儿轮状病毒流行的新趋势,即G9型HRV将要或已经成为全球第五个常见的流行优势株.     

江门成人散发急性腹泻者星状病毒的检测及毒株型别分析

目的研究江门地区成人腹泻者星状病毒感染情况及型别特点。方法收集江门地区病毒性腹泻流行期散发成人腹泻患者粪便标本，经胶体金法、RT-PCR法分别检测轮状病毒和诺如病毒后，运用实时荧光PCR进行星状病毒检测．并对阳性标本进行RT—nested PCR测序，鉴定型别。结果56份成人病毒性腹泻粪便标本中．荧光PCR法测出3份星状病毒株（5．4％），经RT—PCR测序1份，序列分析鉴定为HAtsV-4型。结论江门成人散发病毒性腹泻者存在星状病毒感染，型别为HAstV-4，未发现多致泻病毒混合感染。     

2008-2009年北京地区GⅡ.12型诺如病毒基因特征研究

目的 了解2008-2009年北京地区成人腹泻样本中诺如病毒(Norovirus,NoV)GⅡ.12型毒株的基因特征.方法 用三对引物对11株GⅡ.12型诺如病毒毒株RdRp,、ORF2、ORF3及ORF1/OFF2重叠区分别扩增,PCR产物纯化、克隆、测序,通过DNAStar、MEGA、SimPlot等生物软件进行比对、系统进化分析及重组分析.结果 根据系统进化分析,11株在RdRp区属于GⅡ.g,在ORF2和ORF3区均属于GⅡ.12.SimPlot分析进一步证实了11株均为GⅡ.g/GⅡ.12重组株.结论 北京地区流行的GⅡ.12型诺如病毒与世界其他地区流行的GⅡ.12型诺如病毒毒株均属同一毒株,确定了北京地区GⅡ.12型诺如病毒毒株的基因特征.     

卢龙县1998年婴幼儿腹泻轮状病毒血清型调查

目的 对河北省卢龙县农村人口中儿童轮状病毒腹泻流行情况进行调查。方法 采用病毒核酸电泳和酶免疫方法对卢龙县1998年轮状病毒腹泻发病季节采集的非菌性腹泻粪便标本进行轮状病毒检测,采用酶免疫和RT-PCR方法对轮状病毒阳性标本进行血清型调查。结果 120份婴幼儿腹泻样本轮状病毒阳性率为39.2%,病毒电泳型全为长型,血清分型发现G3型为流行优势株,占61.7%,其次为G1型占36.2%,G4型占6.4%,轮状病毒腹泻病人最小年龄为2月龄,最大为2岁,男女之比库存1：1.47,结论 卢龙县1998年轮状病毒腹泻流行规律与全国情况基本一致,但流行毒株以G3型为主,与全国以G1型为主不同。     

分型引物RT-PCR法在杯状病毒分子流行病学研究中的应用

目的：应用分型引物RT-PCR法确定五个地区病毒性腹泻粪便标本中杯状病毒流行型别及感染情况。方法：对五个地区收集的〈5岁病毒性腹泻粪便标本应用针对病毒壳体区域设计的四对引物（GⅠ—SKF／GⅠ-SKR、COG2F／G2-SKR、SLV5317／SLV5749、PreCAP1／82b）进行反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增诺如病毒GⅠ和GⅡ组、扎如、星状病毒（Astrovirus）,扩增产物通过1．5％琼脂糖凝胶电泳鉴定。选取部分阳性标本测序研究型别流行特点。结果：本实验从663例标本中共检出单独感染诺如病毒、扎如病毒和星状病毒阳性标本数分别为84、4、11株,同时还发现3株混合感染标本。选取24株诺如病毒阳性标本测序分析发现19株为GⅡ／4型,2株为GⅡ／3型,1株为GⅡ／1型,1株为GⅡ／13型,1株为GⅡ／15型,4株扎如病毒中2株为SGⅠ／1型,1株为SGⅡ／3型,1株为SGⅡ／1型。结论：研究表明杯状病毒是我国婴幼儿腹泻重要病原体,诺如病毒流行株为GⅡ／4型毒株,同时存在其它型别的散在流行;福建、兰州检测到不同型别扎如病毒证明我国存在多种型别的扎如病毒感染。     

国内110株新生隐球菌临床株变种、基因型和交配型分析

目的 对国内部分地区的新生隐球菌(Cryptococcus neoformans)临床株进行分子流行病学调查,分析其变种、基因型和交配型的构成和分布.方法 (1)PCR指纹分型法:以野生型噬菌体M13中针对小卫星DNA的核心序列为单引物对模板进行PCR扩增,将所有受试菌株鉴定到8种主要基因型水平.(2)利用变种和交配型特异性引物扩增分型法,区分格鲁比变种(C.neoformans var.grubii)、新生变种(C.neoformans var.neoformans)和格特变种(C.neoformans var.gattii),同时鉴定α和a交配型.结果 110株临床株中,98株(89.1%)为格鲁比变种,均为VNI基因型和α交配型;9株(8.2%)格特变种,包括VGⅠ基因型、α交配型8株(7.3%)和VGⅡ基因型、α交配型1株(0.9%);2株(1.8%)为AD杂合体,VNⅢ基因型,-/α和α/-交配型各1株;1株(0.9%)为新生变种,VNⅣ基因型和a交配型.结论 我国新生隐球菌临床株包含3个变种和AD杂合体.与国外情况比较,相似的是国内临床株中绝大部分为α交配型菌株,且格鲁比变种中的VNⅠ基因型占了其中的大部分;但未发现VNⅡ、VGⅢ和VGⅣ基因型菌株.     

两株人源隐孢子虫分离株的鉴定和种系发育分析

从郑州市某医院腹泻婴幼儿粪便中分离获得2个隐孢子虫分离株,应用巢式PCR扩增分离株SSU rRNA(18S rRNA)基因的特定片段,扩增产物分别用限制性内切酶SspⅠ和VspⅠ单酶切进行限制性片段多态性(RFLP)分析确定分离株种类或基因型.同时对扩增产物进行克隆和测序,并与GeBank上发表的相关参考序列进行同源性比较和种系发育分析.根据RFLP分析,2个分离株可初步确定为人隐孢子虫(Cryptosporidium hominis);种系发育分析表明2个分离株与C.hominis协的相应序列位于同一进化枝,序列同源性为100%.因此,本试验中获得的2个分离株应为C.hominis.     

轮状病毒北京地方株VP4基因的序列分析和原核系统的初步表达

A组轮状病毒是引起婴幼儿重症腹泻的最主要病原[1],结构蛋白VP4是A组轮状病毒感染后刺激机体产生保护性抗体的主要抗原之一.由于VP4仅占病毒毒粒蛋白的1.5%,对VP4的高效表达将非常有助于进行其多肽的功能性、抗原性和免疫原性的研究.我们先前的工作发现A组轮状病毒在我国的流行以P1A型为主,本文初步探讨了轮状病毒P1A型我国地方株VP4基因的一级结构特点及通过序列分析预测血清型的分子基础,并且将地方株VP4完整基因在原核系统中进行了表达.     

广州4株登革1型病毒E基因的全序列测定和分子进化分析

目的 通过对广州市不同年份分离的4株登革1型病毒(DEN-1)蛋白E基因进行全序列测定及分子进化分析,了解各流行株之间的遗传差异及进化关系,追踪其可能的传染来源.方法 应用RT-PCR技术分别扩增各株病毒的蛋白E基因,克隆到pGEM-T Easy载体,转化DH5α宿主菌,经PCR和酶切鉴定后进行序列测定.测序结果与国内外流行株进行同源性比较和毒力位点分析,并绘制基因系统发生树.结果 4株DEN-1病毒E基因序列长度均为1485 bp,编码495个氨基酸,核苷酸序列同源性为91%～98%,推导的氨基酸序列同源性为96.0%～99.2%.广州1995年流行的DEN-1和2002、2004、2006年流行株的毒力位点氨基酸存在差异.结论 通过对登革1型病毒E基因的进化分析,GZ01/95、GZ01/02和GZ01/04这3株同属于基因型Ⅳ,而GZ17/06属于基因型Ⅰ.1995年广州地区流行的DEN-1可能来源于印度尼西亚,而2002和2004年的流行可能与澳大利亚流行株有关.2006年广州又出现的DEN-1可能与泰国2002年的流行株输入有关.     

北京地区Noro病毒主要衣壳蛋白编码基因的序列分析

目的 确定从北京地区婴幼儿腹泻标本中检测到的3株Noro病毒的基因型别及主要衣壳蛋白（VP1）编码基因的特点。方法 从经酶免疫分析法筛选到的Noro病毒阳性的粪便标本中应用RT-PCR方法扩增Noro病毒VP1全基因，克隆到pBS-T载体中并测定核苷酸序列，与GenBank中的其他Noro病毒VP1基因序列进行比较和分析。结果 经过扩增和测序，标本CR2905、CR2932和CR2987的VP1基因全长分别为1620bp、1623bp和1647bp，编码不同大小的蛋白。CR2905和CR2932与GⅡ-4型的氨基酸同源性在80％以上，属于Noro病毒GⅡ基因组（Genogroup）的GⅡ-4型（Geno．type）；CR2987与GⅡ-3型的氨基酸同源性在80％以上，属于Noro病毒GⅡ基因组的GⅡ-3型。CR2905、CR2932与其他GⅡ-4型的变异性在9．1％至12．5％之间，提示为新的变异株。结论 北京地区婴幼儿中存在不同基因型别的Noro病毒的感染，根据基因的同源性分析，CR2905、CR2932可能为GⅡ-4型的新的变异株。     

2007—2010年河北省卢龙县婴幼儿腹泻患者A组轮状病毒感染监测

目的了解河北省婴幼儿腹泻患者轮状病毒的感染特点及基因型别的变迁情况。方法2007—2010年在河北卢龙县医院和卢龙县妇幼保健院收集5岁以下腹泻住院病例1643例的粪便标本，采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测轮状病毒抗原，阳性标本用多重反转录．聚合酶链反应（RT-PCR）进行基因分型。结果1643例标本中801例轮状病毒抗原阳性，阳性率为48．75％。对轮状病毒抗原阳性标本进行G／P分型，2007—2010年G3型所占比例波动于48．59％-69．92％，G1型由2007年的10．59％下降至2010年的5．79％，G9型则由2007年的2．12％上升至2010年的19．74％。P分型以P[8]最为常见，G／P组合以G3P[8]为主。结论轮状病毒是婴幼儿腹泻的主要病原，G3P[8]为河北省主要流行株，G9型有上升趋势。