世界11个不同人群MICA基因遗传多态性研究及聚类分析

目的 探讨MICA基因在世界11个不同人群的遗传多态性分布特征,并绘制系统发生树.方法 应用11个人群MICA基因频率数据,采用PHYLIP软件,计算不同群体的遗传距离,绘制遗传树,并进行聚类分析.结果 MICA*001基因主要分布在欧洲和美洲地区,MICA*002基因在亚洲人及高加索人中均有检出,但在黑人和印第安人基因频率相对较高,MICA*008基因频率在高加索人种中有较高的分布;中国、泰国、日本和韩国等亚洲人彼此遗传关系相对较近聚为一大类;美国、英国的高加索人种聚为一类;中国的浙江和湖北汉族人遗传距离最近.结论 MICA基因在不同人种、不同地区人群分布不同,具有高度遗传多态性.建立稳定的MICA基因技术检测平台有助于开展中国人群MICA基因多态性研究,为人类学、MICA基因和疾病相关性和器官移植等研究提供遗传学参考数据.     

遗传学检验与临床

在亚洲和欧洲人群中对一个AC二核苷酸重复的多态性位点与精神分裂症的关联研究,X-连锁肾上腺脑白质营养不良的分子诊断方法研究,利用MICA穿膜区微卫星多态性估算广东汉族和／或中外不同人群间遗传距离,PCYT1A基因多态性与精神分裂症的关系。     

中国南方汉族人群MICA-TM基因座等位基因分布

目的调查中国南方汉族人群MICA基因穿膜区(TM)基因座多态性分布。方法应用聚合酶链反应和荧光(6-FAM)自动化技术，对中国南方地区106例无亲缘关系汉族人群样本检测MICA—TM，计算基因频率、基因型频率、个体鉴别力、期望杂合性、多态性信息含量和非父排除率。结果MICA—TM基因型分布符合Hardy—Weinberg平衡，共检出MI—CA—TM 5个等位基因，即A4、A5、A5．1、A6和A9；MICA—TM A5基因频率(O．2877)最高，A4基因频率(0．1321)最低；A5—5．1和A5—5基因型分布频率分别为14．15％和10．38％。结论MICA—TM基因座适合作为中国人群的遗传标志，可用于人类学、遗传病的基因连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等研究领域。     

辽宁汉族人群MICA、TNF基因微卫星多态性研究

目的探讨中国北方辽宁汉族人群HLA区域的MICA和TNF基因微卫星多态性分布。方法采用PCR-毛细管电泳方法检测197名正常无关个体的MICA基因第5外显子和TNF基因复合体TNFa微卫星的基因型。应用Arlequin和SPSS软件进行统计分析。结果辽宁汉族人群MICA基因第5外显子存在5种等位基因,其中以A5.1最为常见(34.01%);TNFa位点存在13种等位基因,其中以a6最为常见(33.76%)。辽宁地区和南方部分地区汉族人群MICA基因第5外显子和TNFa位点的等位基因频率分布均具有统计学差异(P<0.01)。MICA基因第5外显子和TNFa位点间存在一定的连锁不平衡,如单体型A5-a6和A5.1-a7(P<0.05)。结论 MICA基因第5外显子和TNFa位点微卫星多态性分布在中国汉族人群中均存在地区差异。     

广东汉族人群21个常染色体STR基因座遗传多态性

目的调查研究广东汉族人群21个常染色体短串联重复序列(STR)基因座的遗传多态性。方法采用Expressmarker22STR荧光检测试剂盒,对618例广东汉族无关个体21个常染色体STR基因座(D18S51、FGA、D21S11、D8S1179、vWA、D13S317、D16S539、D7S820、TH01、D3S1358、D5S818、CSF1PO、D2S1338、D19S433、D12S223、D2S441、D10S1248、TPOX、D6S1043、PentaE、PentaD)和1个性别位点进行复合扩增,用AB3500分析仪进行基因分型,用Modified-Powerstates、Phylip3.695和Mega7.0软件进行法医遗传学参数统计分析及Hardy-Weinberg平衡检验、遗传距离计算、进化树绘制。结果广东汉族群体中共检出223个等位基因,各基因座分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05),频率分布0.000 8-0.525 1;杂合度、个体识别力、多态信息含量等法医学参数显示,除TH01和TPOX基因座,其余STR基因座的均具有高度遗传多态性;群体进化树分析显示该人群与贵州汉族人群亲缘关系最近,与云南汉族人群亲缘关系最远。结论这21个常染色体STR基因座在广东汉族人群中具有较高的多态性和较好的个体识别能力,是较理想的遗传标记,能满足法医学个体识别和亲权鉴定的需要,所得到的数据可为广东汉族的群体遗传学研究提供依据。     

青岛骨髓库HLA基因多态性研究

目的研究青岛骨髓库汉族人群HLAA、B、DRB1基因多态性分布。方法采用序列特异性引物PCR方法(SSPPCR)对1383名自愿骨髓捐献汉族进行HLAA、B、DRB1位点分型检测(低分辨率)。结果共检出HLA表型特异性A位点16个;B位点39个;DRB1位点14个,分别占各位点可检出表型特异性数的76%、91%和100%。用表型估算法对各位点的等位基因频率和双位点单型频率进行计算并进行有效的统计学处理。结论获得青岛骨髓库汉族人群HLAA、B、DRB1位点基因多态性资料。该库HLA多态性分布更接近中国北方汉族人群分布规律。     

成都汉族群体MMPs和TIMPs基因单核苷酸多态性及单体型分析

目的研究MMPs和TIMPs基因单核苷酸多态性(SNPs)在中国成都汉族人群中的分布特点。方法采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测132名中国成都汉族个体MMPs基因6个SNPs(MMP1-1607 1G/2G、MMP2-1306C/T、MMP2-735C/T、MMP3-1612 5A/6A、MMP9-1562C/T、MMP21 572C/T)和TIMPs基因2个SNPs(TIMP2 303C/T、TIMP3-1296C/T)的多态性,并与中国北方汉族及日本、欧洲群体的MMPs和TIMPs基因SNPs等位基因频率的分布进行比较。结果获得了成都汉族人群的MMPs和TIMPs基因8个SNPs的群体遗传学资料。除MMP21 572C/T位点外,其余MMPs和TIMPs的SNPs基因型及等位基因频率及单体型的频率分布与中国北方汉族人群、日本及欧洲等人群之间的比较具有统计学意义(P<0.05)。结论成都地区汉族人群MMPs和TIMPs基因8个SNPs的等位基因频率同其他地区人群的存在较明显的不同。     

1914名河北地区汉族人群HLA-DQB1基因多态性分析

目的探讨河北汉族人群人类白细胞抗原-DQB1(HLA-DQB1)基因型遗传特性。方法对1914名河北地区汉族人群献血者采用聚合酶链反应-基于测序的分型技术(PCR-SBT)进行HLA-DQB1位点高分辨基因分型,采用直接计数法计算等位基因频率,并与中国其他地区人群基因频率进行比较。结果 1914名河北汉族献血者中共检出21个HLADQB1等位基因,其中频率大于0.0500的常见等位基因共6个,分别为DQB1*03∶01、DQB1*03∶03、DQB1*06∶02、DQB1*02∶02、DQB1*06∶01和DQB1*05∶01。结论河北地区汉族人群DQB1具有丰富的多态性,基因分布有明显的地区特性,了解河北汉族人群HLA-DQB1的分布状况,有利于帮助临床寻找HLA匹配的造血干细胞无关供者,同时为我国人群群体遗传学研究等提供有价值的背景资料。     

遗传学检验与临床

中国南方汉族人群6个Y-STR基因座遗传多态性及法医学应用，微卫星DNA vWA的多态性与精神分裂症的关联研究．荧光定量PCR快速诊断21三体综合征，北京地区汉族人群21号染色体上5个STR基因座的遗传多态性，首发精神分裂症患者临床表现与22号染色体上可能候选基因的关联分析     

MICA第5外显子微卫星多态性与大肠癌易感相关性研究

目的研究MHC-Ⅰ类链相关基因A(MICA)第5外显子微卫星多态性与大肠癌之间的相关性。方法应用荧光PCR微卫星分型技术分析103名大肠癌患者和100名正常人群MICA基因第5外显子微卫星等位基因频率。结果 MICA*A6基因频率在患者组(23.3%)高于对照组(14.5%),相对风险(OR)为1.791 4(P0.05);其余各基因频率在患者组与对照组之间的差异无统计学意义(P0.05)。结论 MICA-STR MICA*A6等位基因多态性与大肠癌相关,MICA*A6是人群个体中1个大肠癌遗传易感标记。     

皖籍汉族人群MICA等位基因多态性的分布

目的了解皖籍汉族正常人群中MICA（major histocompatibility complex class I chain—related gene A）等位基因的分布,为进一步研究MICA关联疾病的发病机制奠定基础。方法采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针杂交（polymerase chain reaction and sequence—specific oligonucleotide probing。PCR—SSOP）技术对112例正常人群进行MICA基因外显子2、3、4的多态性分析。结果本研究人群的MICA基因多态性以MICA＊008等位基因频率最高,达30．36％,其次为＊010（16．96％）、＊002（13．84％）和＊009（12．05％）。单倍型分析显示。MICA基因与多个HLA—B位点间存在连锁不平衡现象,有统计学意义的有MICA＊008-B40、B07、B13,MICA＊010-B46、B15,MICA＊002-B35、B15和MICA＊009-B52。结论皖籍汉族正常人群的MICA等位基因分布具有其基本特点,MICA基因与HLA—B位点间存在广泛连锁不平衡。     

Analysis of the association between MICA gene polymorphisms and schizophrenia

BackgroundThe major histocompatibility complex (MHC) has been implicated in schizophrenia. This study aimed to explore the correlation between the major histocompatibility complex class I polypeptide‐related sequence A (MICA) polymorphisms and schizophrenia.MethodsA total of 220 Han schizophrenia patients, 47 Han healthy controls, 155 Li schizophrenia patients, and 48 Li controls were selected from Hainan Province, China. The diagnosis was made according to the Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders, 4th edition, criteria. Sequencing‐based‐typing (PCR‐SBT) technology was used for MICA allele typing, and the correlation analyses of MICA gene polymorphism and schizophrenia were performed.ResultsIn the Han group, the three allele frequencies of MICA*002:01, MICA*A4, and MICA*A9 in the schizophrenia group were significantly higher than those in the healthy control group, and the differences were statistically significant (pc < 0.05; pc values were 0.024, 0.030, and 0.031, respectively). Yet, there was no difference in the MICA gene between the schizophrenia group and the healthy controls group in the Li population.ConclusionWe found MICA*002:01, MICA*A4, and MICA*A9 may be susceptibility alleles for schizophrenia in the Han population, while the MICA allele polymorphism in the Li population is not associated with schizophrenia in Chinese.     

吉林汉族人群HLA-A高分辨基因的多态性分析

背景:HLA与免疫遗传学、免疫生物学密切相关,其分型对于器官移植和非感染性疾病的易感性有重要意义。目的:调查吉林汉族人群HLA-A位点基因多态性,分析不同人群HLA-A等位基因频率分布特征。方法:采用基因测序技术检测2196名吉林汉族人HLA-A位点第2、3、4外显子序列,软件分析得到分型结果,计算各等位基因频率并与不同人群进行比较。结果与结论:共检测到42种HLA-A等位基因,其中3种等位基因频率≥5%,分别是HLA-A*02:01(8.5%),HLA-A*11:01(8.2%)和HLA-A*24:02(7.3%),这3种等位基因频率合计为24.0%。同时,检测到39种等位基因频率<0.5%的HLA-A等位基因,这39种等位基因频率合计为76.0%。吉林汉族人群HLA-A等位基因频率分布与美国亚裔人群、中国香港华人、日本人相比存在一定差异。提示吉林汉族人群HLA-A基因的分布有地域特征。     

用PCR-SSP方法分析南方汉族人群MICA基因多态性

目的调查南方汉族人群MICA基因外显子2~6的多态性。方法采用聚合酶链反应/序列特异性引物(PCR-SSP)方法,调查113例江苏省扬州地区汉族正常人群MICA等位基因的分布情况。结果共检测出18个MICA等位基因,最常见的3种等位基因分别是MICA*008(23.0%),MICA*010(17.6%)和MICA*002/020(11.2%),最罕见的3种等位基因是MICA*042(0.4%),MICA*045(1.3%)和MICA*044(1.3%)。结论中国南方汉族人群MICA等位基因分布频率具有自己的种族特异性。     

MICA polymorphism is associated with type 1 diabetes in the Korean population

OBJECTIVE: Recent studies have demonstrated that MICA (major histocompatibility complex class I chain-related genes) on the short arm of the chromosome 6 are associated with susceptibility to various autoimmune diseases in Caucasians. The aim of our study was to investigate the role of MICA in type 1 diabetes susceptibility independent of the HLA DR-DQ polymorphism in genetically distinct Koreans. RESEARCH DESIGN AND METHODS: A total of 119 patients selected from Korean Seoul type 1 diabetes registry and 134 nondiabetic unrelated control subjects were typed for exon 5 polymorphism of MICA in addition to HLA DR-DQ typing. A total of 52 simplex families of type 1 diabetes were also studied. RESULTS: The MICA microsatellite allele consisting of six repetitions of GCT/AGC (A6) was present at a significantly lower frequency in the diabetic patient group (Pc < 0.01; Pc = P value after Bonferroni correction) than in the control population. The MICA microsatellite allele consisting of four repetitions (A4) was present at a higher frequency in diabetic patients (P < 0.05). This deviated distribution was not changed even after controlling for the HLA DRB1-DQB1 haplotype. Transmission/disequilibrium test revealed significant deviation of transmission for alleles at the A6 polymorphism within the MICA gene (P < 0.05). CONCLUSIONS: We could assess that the MICA gene might be associated with type 1 diabetes transracially independent of the HLA gene.     

MICA基因外显子2～4多态性与习惯性流产的关系

目的研究MICA基因外显子2～4多态性与习惯性流产(RSA)的关联。方法采用PCR-SSP方法分别对56例RSA患者和78例正常对照组的MICA基因外显子2～4的多态性进行分析。结果在RSA组中共检出8种等位基因,各等位基因及频率分别为:MICA*001(4.5%),MICA*00201/020(17.9%),MICA*004(8.0%),MICA*00801/02(30.4%),MICA*00901/02(9.8%),MICA*010(22.3%),MICA*01201/02(5.3%),MICA*018(1.8%)。其中MICA*00801/02为最常见等位基因,基因频率最高,占30.4%,MICA*018最低,频率为1.8%,在对照组中共检出9种等位基因,经统计分析,RSA组与正常对照组之间MICA基因外显子2～4各等位基因频率均无显著性差异。结论MICA基因外显子2～4多态性与RSA之间无相关性,但该基因外显子5多态性与RSA之间是否存在关联还有待于进一步研究。     

广西地区汉族人群HLA-B15和HLA-B40组抗原多态性研究

目的研究广西地区汉族人群HLA-B15和HLA-B40组抗原的等位基因和特异性的分布情况,探讨其可能对临床供者选择的影响。方法采用多聚酶链式反应-基于测序的分型技术(PCR-SBT)对广西地区1 644名汉族人进行HLA-B基因分型,采用直接计算法计算每个等位基因的频率,分析各等位基因的抗原特异性,将HLA-B15和HLA-B40组的基因频率和与其他人群比较。结果 1 644名广西地区汉族人HLA-B位点基因频率不符合Hardy-Weinberg遗传平衡(P0.05)。HLA-B15组共检出14个等位基因,分属5种抗原特异性;HLA-B40组共检出6个等位基因,分属2种抗原特异性。结论广西地区汉族人群HLA-B15和HLA-B40组抗原多态性比较接近中国南方汉族人群,但也有广西地区特点。     

Genetic polymorphisms of orosomucoid on the Han population in Nanjing of China.

Human orosomucoid (ORM) is a major binding protein for various basic drugs. The genetic polymorphisms of ORM could be responsible for interindividual variation in the plasma binding of basic drugs, which might influence their effects or toxicities. The genetic polymorphisms of ORM on the Han population in Nanjing of China were analyzed by isoelectric focusing (IEF) on polyacrylamide gels following by immunoblotting. After desialylation of sera from 220 unrelated Chinese subjects, the band patterns of ORM showed that the polymorphism of the structural locus ORM1 is controlled by three codominant autosomal alleles, ORM1*F1, ORM1*F2 and ORM1*S, which presented five phenotypes, ORM1 F1, ORM1 S, ORM1 F1F2, ORM1 F1S, and ORM1 F2S. The allele frequencies were: ORM1*F1=0.7068, ORM1*F2=0. 0182, ORM1*S=0.2750. The results presented in this paper indicate the ORM1 locus is polymorphic and the ORM2 locus is monomorphic in sera from the Han population in Nanjing of China.     

四川骨髓库四川籍汉族人群MICA等位基因分布

目的研究四川骨髓库四川籍汉族志愿者MICA等位基因分布特点。方法采用PCR-SBT和PCR-SSP方法,对四川骨髓库119名无关汉族志愿者标本作MICA等位基因分型和MICA基因缺失型分析。结果共检测到13种已知MICA等位基因和2种新MICA等位基因,频率依次为MICA*010(25.2%)、MICA*008:01/04(23.1%)、MICA*002:01(16.0%)、MICA*019(10.5%)、MICA*012:01(8.8%)、MICA*049(4.2%)和MICA*009:01(3.8%),这7种等位基因占所有MICA等位基因的91.6%。与浙江汉族相比,仅MICA*027分布的差异有统计学意义(P<0.05);与内蒙古汉族、韩国人、美国白人及非洲裔美国人相比,MICA*004和MICA*019分布的差异有统计学意义(P<0.05)。所发现的3例2种MICA新等位基因,已被世界卫生组织HLA因子命名委员会分别命名为MICA*064N和MICA*010:02。连锁不平衡分析发现,四川骨髓库汉族人群中B*1301-MICA*045,B*4801-MICA*Del紧密连锁;最常见的4位点单体型是A*0207-B*4601-MICA*010-DRB1*0901。结论四川籍汉族人群MICA等位基因表现出较丰富的多态性,具有其自身的特点。