ENTPD5在上皮性卵巢癌组织中高表达:基于Oncomine数据库及生物信息学方法

目的 探讨ENTPD5在上皮性卵巢癌中的表达及临床价值。方法 通过Oncomine、TCGA数据库对ENTPD5在上皮性卵巢癌中的表达水平进行分析,UALCAN数据库分析ENTPD5表达水平与上皮性卵巢癌患者临床性状的相关性,基因富集分析（GSEA）软件分析ENTPD5在上皮性卵巢癌中的可能作用机制,CIBERSORT包探讨ENTPD5的表达量与免疫浸润的相关性。为进一步验证生物信息挖掘结果,RT-qPCR及Western blot检测23例上皮性卵巢癌组织和15例正常卵巢组织中ENTPD5的表达水平,免疫组化法检测50例上皮性卵巢癌石蜡样本和6例正常卵巢石蜡样本中ENTPD5的表达水平。结果 Oncomine、TCGA数据库发现与正常卵巢组织相比,ENTPD5在上皮性卵巢癌组织中表达显著增高（P<0.05）,ENTPD5表达水平与上皮性卵巢癌患者生存呈负相关（P<0.05）。UALCAN数据库发现ENTPD5表达水平与患者年龄相关。GSEA软件分析发现ENTPD5参与ABC转运蛋白、WNT信号通路、胰岛素信号通路以及糖降解等过程,并在其中高度富集。CIBERSORT包分析显示 ENTPD5表达水平与NK细胞、肥大细胞及嗜酸性粒细胞的含量呈负相关（P<0.05）。RT-qPCR结果提示ENTPD5在上皮性卵巢癌组织中的表达水平（2.592±0.339）显著高于其在正常卵巢组织表达水平（1.00±0.123）（t=4.312,P<0.01）。Western blot结果提示上皮性卵巢癌组织中的ENTPD5表达显著高于正常卵巢组织（P<0.05）。免疫组化结果提示ENTPD5在上皮性卵巢癌组织中高表达。结论 ENTPD5在上皮性卵巢癌中高表达,其可能通过参与细胞多种功能过程以及细胞免疫浸润,参与上皮性卵巢 癌的发生发展。     

基于数据库挖掘分析BUB1基因在卵巢癌中的表达及意义

目的探讨BUB1在卵巢癌(Ovarian cancer, OV)中的表达及与预后的关系。方法利用Oncomine数据库挖掘BUB1在各种肿瘤中的表达;通过GEPIA数据库分析BUB1在卵巢癌组织中的表达,采用Kaplan-Meier数据库分析BUB1在卵巢癌中的预后价值;通过Coexpedia数据库构建BUB1在卵巢癌中的共表达基因网络,并用FunRich软件对score>13的共表达基因注释。利用WebGestalt对其进行KEGG通路富集分析。按score高低筛选出关键基因,GEPIA进一步分析BUB1与关键基因的相关性。结果 (1)从Oncomine数据库检索出BUB1基因相关研究424项,其中高表达85项,低表达15项。(2)GEPIA分析表明,BUB1在卵巢癌组织中的表达高于正常组织(P<0.05)。(3)Kaplan-Meier数据库分析结果显示,BUB1基因低表达的卵巢癌患者总生存期(HR=1.2,P<0.05)增加。(4)BUB1的共表达基因主要有AURKA、DLGAP5、KIF2C、TPX2、BUB1B、DEPDC1、KIF23、CDCA3、TTK、...     

基于Oncomine数据库及生物信息学方法分析KIF11在浆液性卵巢癌中的表达及临床意义

目的：探究驱动蛋白家族成员11(KIF11)在浆液性卵巢癌中的表达及临床意义。方法：应用Oncomine、GEPIA数据库分析KIF11 mRNA在卵巢癌与正常卵巢中的表达情况;应用Kaplan-Meier Plotter分析KIF11表达水平与卵巢癌预后的关系;应用免疫组化法检测89例浆液性卵巢癌组织及26例正常卵巢组织中KIF11蛋白表达水平,分析KIF11蛋白表达水平与卵巢癌患者临床病理特征的相关性。结果：Oncomine数据库示,浆液性卵巢癌组织中KIF11 mRNA的表达高于正常卵巢组织（P<0.05）。GEPIA数据库示,KIF11 mRNA在卵巢癌中高表达（P<0.05）。Kaplan-Meier Plotter分析示,KIF11高表达组卵巢癌患者的总生存期（OS）、无进展生存期（PFS）低于低表达组（P<0.05）。免疫组化示,KIF11蛋白在浆液性卵巢癌中高表达率高于正常卵巢（P<0.05）,浆液性卵巢癌中KIF11高表达与淋巴结转移（P=0.001）、FIGO分期（P=0.005）及组织分级（P=0.002）有关。结论：KIF11 mRNA及...     

基于生物信息学分析SUFU基因在胃癌组织中的表达及意义

目的:多种数据库结合Real-time PCR实验分析SUFU基因在胃癌组织中的表达情况,并探讨其表达差异的临床意义。方法:利用Oncomine数据库分析SUFU基因在胃癌中的表达情况,TGCA数据库在线工具UALCAN分析SUFU基因在正常胃组织和胃癌组织中表达差异及与胃癌临床病理特征的关系,Kaplan-Meier Plotter数据库分析SUFU基因表达与胃癌患者预后的相关性,并收集临床样本,通过PCR实验进行验证。结果:对Oncomine数据库中12项关于胃癌的研究进行Meta分析,SUFU差异表达基因中位数排名为1560.0,P=0.002,其中5项研究显示SUFU在胃癌组织中的表达明显高于癌旁正常组织。UALCAN同样显示SUFU在胃癌组织中高表达,并且SUFU高表达与患者的年龄及肿瘤分化程度相关：低龄组SUFU表达水平高于高龄组;低分化组中SUFU的表达水平高于高分化组及中分化组(P<0.05)。Kaplan-Meier Plotter数据库显示SUFU表达水平与胃癌患者预后显著相关(P<0.05),SUFU高表达患者总生存率低于低表达患者。PCR实验也验证S...     

纺锤体检测点蛋白BUB1B在胃癌组织中的表达及意义

目的 检测胃癌组织中纺锤体检测点蛋白BUB1B的表达,探究BUB1B在胃癌发生中的重要意义.方法 采用荧光实时定量PCR检测30例胃癌组织及17例癌旁正常组织中BUB1B mRNA水平表达;免疫组织化学检测BUB1B在胃癌组织及癌旁组织中BUB1B蛋白的表达情况.结果 在mRNA水平,BUB1B在胃癌组织中的表达明显高于癌旁正常组织,近(8.875±1.08)倍;免疫组织化学结果显示,胃癌组织中BUB1B的表达明显高于癌旁正常组织.按照评分标准统计显示,癌旁组织BUB1B表达均值为(92.12±12.99),胃癌组织表达均值为(133.39±8.49),两者之间存在明显差异(P＜0.05).且BUB1B表达与TNM分期相关,但与淋巴结转移,年龄,肿瘤大小及有无家族史无明显相关.结论 BUB1B的过表达在胃癌发生发展中起重要作用,为探索肿瘤发生机制及寻找更为有效的治疗提供新的思路.     

基于TCGA和Oncomine数据库子宫内膜癌生物信息学分析

目的 通过TCGA和Oncomine数据库对子宫内膜癌进行生物信息学分析,深入挖掘子宫内膜癌发生关键基因.方法 从TCGA数据库中下载子宫内膜癌转录组数据,利用R软件对子宫内膜癌与癌旁正常组织进行比较,获取差异表达基因,进一步通过在线生物信息学工具对差异表达基因进行功能富集分析,并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网...     

基于 Oncomine数据库探讨METTL3在胃癌中的意义

目的 探讨METTL3在胃癌中的表达及意义。方法 收集Oncomine数据库中关于METTL3的数据信息,对其在胃癌中的作用进行统计分析。利用Kaplan-Meier Plotter进行患者生存周期分析。结果 经过筛选,涉及mRNA METTL3在正常胃组织和胃癌组织表达差异的研究共4项(其中按照病理分为9项,共包含346例组织样本),与对照组相比,METTL3在346例胃癌组织中高表达(P<0.05)。METTL3表达量与胃癌总体生存呈负相关,METTL3表达水平越高则患者总体生存率越低(P<0.05)。根据胃癌Lauren分型探讨,发现肠型胃癌以及混合型胃癌中METTL3的表达情况与生存时间之间关系不大(P>0.05)。弥漫型胃癌中,METTL3的表达水平与预后具有相关性,且METTL3表达水平高的患者生存更获益(P<0.05)。针对HER2阳性的胃癌,METTL3的表达水平与胃癌患者预后呈负相关(P<0.05)。结论 mRNA METTL3在胃癌组织中高表达,且与胃癌预后有关,可能为肿瘤药物的开发提供重要理论依据,但需要更多的研究进行探讨。     

RASSF1基因在胃癌组织及细胞中的表达

[摘要] 目的 研究RASSF1基因的三种转录本(RASSF1-A, -B, -C)在胃癌组织及细胞中的表达特点。方法 应用生物信息学分析RASSF1基因的3种转录本的结构特点; 同时利用半定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测胃癌组织、癌旁组织及不同胃癌细胞系BGC和SGC细胞中三种转录本的mRNA表达水平。结果 RASSF1基因3种转录本在胃癌不同分化程度的细胞系BGC-823和SGC-7901细胞中均有表达,在60例胃癌组织中RASSF1A,RASSF1B 表达缺失率分别为60.2%(37/60),25%（15/60）,RASSF1C基因在胃癌组织及癌旁组织表达率相近约为86.7%（55/60）。结论 RASSF1三种转录本在胃癌组织中的表达下调, RASSF1B和RASSF1C在胃癌中的表达无差异,其余基因比较有差异。RASSF1B的表达可能与细胞的分化程度有关。     

基于Oncomine数据库分析ENO1在卵巢癌中的表达及其预后价值

目的:拟探讨α-烯醇化酶(α-enolase,ENO1)在卵巢癌中的表达及其预后意义。方法:收集Oncomine数据库中关于ENO1的信息,并对目前数据库中资料进行二次分析,对其在卵巢癌中的作用进行荟萃分析,同时利用Kaplan-Meier Plotter进行卵巢癌患者生存分析。结果:Oncomine数据库中共有14项研究涉及ENO1在卵巢癌组织和正常组织中的表达,共包括1 001个样本。与对照组相比,ENO1在卵巢癌组织中高表达(P<0.05)。高表达ENO1的卵巢癌患者总体生存率较高,而低表达ENO1的卵巢癌患者预后较差(P<0.05)。进一步亚组分析发现,ENO1表达水平对浆液性卵巢癌患者预后有显著影响,而在子宫内膜样卵巢癌患者中,其表达水平对预后无显著影响(P<0.05)。结论:通过对Oncomine基因芯片数据库中肿瘤相关基因信息的深入挖掘,发现ENO1在卵巢癌中高表达,且与卵巢癌的预后有关,可作为肿瘤预后标志物及替代药物治疗的新靶点。     

烟酰胺-N-甲基转移酶在胃癌中高表达并与预后负相关:基于生物信息学方法

目的 探讨烟酰胺-N-甲基转移酶（NNMT）在胃癌中的表达、生物学功能和临床病理学意义。方法 运用公共数据库GEO、Oncomine及TCGA分析筛选与胃癌分型和临床预后相关的基因;利用STRING、GSEA、DAVID、Cytoscape等软件分析预测与候选基因相关的分子通路,构建蛋白质相互作用关系网络;通过qRT-PCR分析候选基因在28例胃癌和配对癌旁组织中mRNA的差异表达;CCK8增殖实验、平板克隆形成实验、划痕愈合实验、Transwell小室细胞运动实验等分析NNMT表达对胃癌细胞增殖、侵袭和迁移能力的影响。结果 NNMT在多个数据库分析中呈高表达且与胃癌预后负相关;通路分析显示,NNMT高表达与细胞外基质受体和细胞黏附分子等细胞粘附相关通路以及细胞因子受体等分子通路相关;而NNMT低表达可能与碱基错配修复和核黄素代谢等生物过程相关。蛋白相互作用分析显示,NNMT可能与AURKA等16个差异表达的蛋白存在相互作用关系,且与TAGLN、PTRF、AKAP12、IGF2BP2蛋白存在较高的共表达趋势。在临床组织标本中,qRT-PCR结果显示,胃癌组织中NNMTmRNA的表达明显高于癌旁组织（P<0.05）。在胃癌细胞系中,NNMT的过表达可显著促进细胞增殖、侵袭和迁移,而NNMT敲除可对细胞增殖、侵袭和迁移产生明显的抑制作用。结论 NNMT在胃癌中异常高表达并促进胃癌细胞的增殖、侵袭和转移;NNMT高水平表达与胃癌患者预后呈负相关,提示NNMT可能为胃癌预后相关分子。     

基于Oncomine数据库荟萃分析SEPT2在结直肠癌中的表达及临床意义

目的:阐述SEPT2在结直肠癌(CRC)中的表达及意义。方法:应用Oncomine数据库挖掘关于SEPT2的信息,并对挖掘的资料进行二次分析,对其在结直肠癌组织中的表达情况进行荟萃分析,同时在TCGA数据中进行生存分析验证预后相关性。结果:Oncomine数据库中共收集了438个不同类型的研究结果,共有13个研究涉及SEPT2在结直肠癌组织和癌旁正常组织中的表达,共1139个样本,与癌旁正常组织比较,SEPT2在结直肠癌组织中高表达(P=2.45×10^(-4))。在TCGA CRC的研究中,SEPT2的mRNA表达量与结直肠癌总体生存率存在相关性,即在随访至313d之前SEPT2表达情况与患者总体生存率无明显差异(P=0.3764),而313d之后SEPT2高表达的患者预后较差(P=0.0414)。结论:通过深入挖掘Oncomine数据库中关于结直肠癌相关基因芯片的信息发现,SEPT2在结直肠癌组织中高表达,且与患者的预后相关,为今后结直肠癌患者预后的判断提供依据,同时也为相关肿瘤药物的研发提供重要理论依据。     

食管癌中高表达的钙结合蛋白1基因的序列分析及意义

目的:筛选食管癌中差异表达的基因,为进一步了解食管癌发生的分子机制奠定基础.方法: 利用荧光差异显示技术(DD-PCR)获得差异片段,对这些片段进行克隆和序列分析.通过在GenBank中同源性检索,查找差异片段相对应的同源基因.利用定量PCR检测验证该基因表达的差异性,并对该基因的结构进行预测和分析.结果:通过DD-PCR得到差异片段中的一个片段对应于人类钙结合蛋白1基因(Cabin1).荧光定量PCR技术检测结果表明钙结合蛋白1基因在食管癌组织中的表达量高于其对应的癌旁组织,在食管癌细胞株TE1中的表达量高于其他被测试的5种肿瘤细胞株.生物软件分析表明:该基因的读码框长6 663bp,编码2 220个氨基酸,至少有4种剪切方式.结论:Cabin1在食管癌组织及食管癌细胞中异常表达,可能在食管癌发生过程中起着重要的作用.     

PFN2在胃癌组织中高表达并促进胃癌细胞的增殖和迁移

目的 研究PFN2作为胃癌新的预后评价指标及作为胃癌治疗全新靶点的潜力。方法 组织层面上,应用免疫组织化学检测100例胃癌组织及其癌旁组织中PFN2蛋白表达水平;根据PFN2表达量,将研究对象分为癌组织中PNF2高表达组（46例）、低表达（48例）组,以及癌旁组织中PFN2高表达组（26例）、低表达（49例）组;采用χ2检验、Spearman相关性以及Kaplan-Meier 生存分析法,分析PFN2蛋白表达水平与患者的临床参数之间关系;细胞功能上,敲低MKN-45细胞中PFN2,将其分为controlsiRNA组与PFN2-siRNA组;过表达MKN-45细胞中PFN2,将其分为control-vector组与PFN2-vector组,选取Transwell实验、CCK-8实验检测PFN2对胃癌MKN-45细胞增殖及迁移影响。结果 在胃癌组织中PFN2蛋白表达高于癌旁组织（P<0.01）;PFN2蛋白的表达水平和胃癌病人的M分期显著正相关（P<0.05）;在胃癌组织中,PFN2表达和VEGFR表达呈正相关关系（P<0.01）;PFN2蛋白高表达的胃癌患者预后更差（P<0.01）,并且是胃癌预后的独立预测因子（P<0.05）;MKN-45细胞中高表达PFN2组较低表达组增殖、迁移能力更强（P<0.001）。结论 PFN2蛋白在胃癌组织中高表达,并促进人胃癌MKN-45细胞的增殖、迁移。     

基于数据库分析CDCA基因家族在胃癌中的表达及预后意义

目的:基于数据库分析CDCA基因家族在胃癌中的表达及对胃癌患者预后的影响.方法:采用Oncomine数据库检索分析CDCA基因家族中8个成员在胃癌组织中mRNA的表达情况;利用GEPIA数据库验证CDCA基因家族8个成员在胃癌组织中mRNA的表达结果;结合Ka-plan-Meier Plotter数据库的临床信息进一步分析CDCA基因家族中8个成员在胃癌患者中的潜在预后价值;利用STRING数据库得到CDCA基因家族的共表达基因,将共表达基因输入到metascape数据库,进行通路富集分析.结果:CDCA基因家族8个成员在胃癌组织中mRNA表达均高于正常组织(P<0.05).CDCA1、CDCA2、CDCA3、CDCA5、CDCA7、CDCA8基因高表达胃癌患者的预后较好(HR<1,Logrank P<0.05);CDCA4基因低表达胃癌患者的预后较好(HR>1,Logrank P<0.05);CDCA6基因高表达患者与低表达患者预后差异无统计学意义(Logrank P>0.05).结论:CDCA基因家族8个成员的mRNA表达在胃癌和正常胃组织中有明显差异,其中CDCA1、CDCA2、CDCA3、CDCA5、CDCA7、CDCA8基因高表达胃癌患者预后较好,CDCA4基因高表达患者预后较差,提示CDCA基因家族的部分基因的表达水平与胃癌患者的预后有一定的相关性.     

Analysis of serpine1 expression and prognosis in gastric cancer based on tcga database and geo database

Objective To analyze the expression of SERPINE1 in gastric cancer and its clinical significance. Methods The expression of SERPINE1 in 33 kinds of cancer tissues was investigated by searching the TIMER database. By retrieving the TCGA database, the RNA-Sep data and clinical information of 375 gastric cancer tissues and 32 paracancerous tissues were downloaded, and the gene expression profile chips of 111 gastric cancer tissues and 21 paracancerous tissues were downloaded by retrieving the GSE54129 data set of the GEO database. The TCGA data set and SERPINE1 in the GSE54129 data set were respectively used to analyze the expression differences between cancerous tissues and paracancerous tissues, COX analyzed the impact of clinical baseline data and SERPINE1 mRNA expression level on the prognosis of gastric cancer patients in TCGA data set. Kaplan Meier survival curve and ROC were drawn to analyze the relationship between SERPINE1 mRNA expression and prognosis. Gene enrichment analysis (GSEA) was used to explore and predict SERPINE1 involved pathways. Results TIMER database analysis showed that SERPINE1 was significantly highly expressed in 8 kinds of cancer tissues (P <0.05). The analysis of TCGA data set and GSE54129 data set showed that the expression of SERPINE1 in gastric cancer tissues was higher than that in adjacent tissues (P<0.001). Multivariate COX analysis showed that high levels of pathological Stage4 and SERPINE1 mRNA expression were independent risk factors affecting the prognosis and survival time of gastric cancer patients [HR (95% CI) = 3.061(1.107 − 8.464), 1.778(1.224 − 2.582), P <0.05]. Kaplan-Meier survival curve analysis showed that the total survival time of the high expression group of SERPINE1 was significantly lower than that of the low expression group (P <0.001). ROC curve analysis showed that the area under the curve of SERPINE1 expression predicting 1-, 3-, and 5-year survival probability was 0.598, 0.649, and 0.731, respectively. GESA analysis showed that SERPINE1 was correlated with epithelial mesenchymal transformation, inflammatory reaction, cell apical junction complex, KRAS pathway, angiogenesis and other pathways. Conclusion The expression of SERPINE1 in gastric cancer is obviously up-regulated, and its high expression indicates poor prognosis of gastric cancer patients. SERPINE1 can be used as a biological marker affecting the prognosis of gastric cancer patients, and as a potential therapeutic target. © 2023, Chinese Medical Doctor Association. All rights reserved.     

CircPCSK5在胃癌中高表达并促进胃癌细胞的增殖、侵袭和上皮间质转化

目的 探讨circPCSK5在胃癌中的表达情况和对胃癌细胞增殖、侵袭和上皮间质转化的影响。方法 通过高通量测序构建胃癌组织和癌旁正常胃粘膜组织的circRNA差异表达谱。选取在皖南医学院第一附属医院行胃癌根治术的患者共62例作为研究对象,利用RT-qPCR检测circPCSK5在胃癌组织和细胞系中的表达情况。采用χ2检验分析circPCSK5表达水平与胃癌临床病理资料相关性,利用Kaplan-Meier法绘制患者的总生存和无病生存曲线,Cox比例风险回归模型分析影响胃癌患者预后的独立危险因素。通过RNase R和actinomycin D实验检测circPCSK5的稳定性。利用荧光原位杂交和细胞核质分离实验检测circPCSK5的亚细胞定位。通过CCK-8和EdU实验检测circPCSK5对胃癌细胞增殖能力的影响,通过transwell实验检测circPCSK5对胃癌细胞迁移和侵袭能力的影响。利用Western blot和RT-qPCR检测敲低或过表达circPCSK5后胃癌细胞上皮-间质转化标记物的表达变化。结果 在胃癌组织和细胞中,circPCSK5的表达明显升高（P<0.0...