蝙蝠相关的冠状病毒

2019年12月,新型冠状病毒肺炎（COVID-19）暴发,继2003年严重急性呼吸综合征（SARS）暴发后又给人类敲响了一记警钟。研究者通过溯源分析,发现COVID-19病原体严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的自然宿主可能是中华菊头蝠。21世纪以来,全球共出现4次冠状病毒[严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）、中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）、猪急性腹泻综合征冠状病毒（SADS-CoV）、SARS-CoV-2]的暴发,给人类健康、公共卫生、经济发展及社会稳定造成了巨大的威胁与损失。大量证据表明,这4种冠状病毒的自然宿主可能均为蝙蝠。本文对蝙蝠相关冠状病毒的种类、全球地理分布及引起暴发的蝙蝠相关冠状病毒作一综述。     

三种人类高致病性冠状病毒的增殖和传播机制研究进展

严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）、中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）和严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）是目前已知的三种人类高致病性冠状病毒,由非结构蛋白、结构蛋白、附属蛋白和核糖核酸组成。病毒粒子通过冠状病毒的刺突糖蛋白（S蛋白）识别宿主受体,以膜融合方式进入宿主细胞,通过大型复制转录复合体在宿主细胞内复制,并通过干扰和抑制宿主的免疫应答来促进增殖。人类高致病性冠状病毒的宿主是人和脊椎动物,病毒粒子通过飞沫、接触、气溶胶等途径感染肺部细胞,也可能通过消化道、尿液、眼部等其他途径传播。本文基于现有研究结果讨论人类高致病性冠状病毒的增殖和传播机制,以期为阻断其传播和致病提供依据。     

新型冠状病毒的研究进展

由于新型冠状病毒(SARS-CoV-2)传播快,病情潜伏期长,且具有较强的传染性,引发了全球新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情的爆发。SARS-CoV-2与重症急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)、中东呼吸系统综合征冠状病毒(MERS-CoV)的基因序列、传播途径、临床特征等方面具有高度相似性,但其传染性、变异性和适应性更强。SARS-CoV-2主要传播途径为呼吸道传播、气溶胶和接触传播。SARS-CoV-2通过表面S蛋白入侵表面有ACE2受体的细胞,通常最先攻击肺,亦可波及心脏、血管、肾脏、肠道和大脑等多个器官。而识别和消除人畜共患病源是阻止新的病毒从动物宿主传染到人类的重要任务,预防和控制SARS-CoV-2感染最有效的措施仍然是早发现、早隔离新的感染源、疑似感染者及无症状感染者,并对感染者进行早期诊断和支持治疗。同时建议建立全球性健康保护体系,统筹安排各种防疫资源,以积极应对现阶段的全球疫情。     

新型冠状病毒肺炎并发症及合并症的研究进展

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)是一种呼吸道疾病，其主要通过呼吸道在人与人间传播，由一种新的病毒“SARS-CoV-2”引起。COVID-19经过传播导致疫病在全世界范围内大流行，快速扩张，对人类的健康及全球的经济发展造成了不可估量的危害。目前研究证据表明，COVID-19已发生多次变异，传染性极高，病毒载量增加。因此，全面认识新型冠状病毒肺炎并发症及其与基础病的关系对新型冠状病毒的预防和治疗极其重要。本文简要叙述COVID-19目前的流行情况，并对其并发症及合并症的研究作一系统综述。     

新型冠状病毒变异特点及其变异检测技术

由新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)引起的新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019, COVID-19)暴发已构成重大的全球健康危机,SARS-CoV-2已出现多种变异型,其传播能力和毒力存在较大差异。SARS-CoV-2变异已成为目前新型冠状病毒疫情防控的重大难题之一。SARS-CoV-2的变异特点分析及变异检测对遏制新型冠状病毒的传播,采取全面有效的疾病控制措施及使用合理的治疗方式等具有重大意义。本文就SARS-CoV-2主要变异型的特点及其变异检测技术进行分析和综述。     

从一对夫妻患者的诊治过程探讨2019冠状病毒病(COVID-19)疑似患者的管理

观察2例2019冠状病毒病（COVID-19）疑似患者诊断、治疗以及隔离管理的过程,结合文献分析COVID-19疑似患者的临床特征和管理重点。COVID-19是由严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）感染所致的疾病,SARS-CoV-2具有很强的传染性,甚至无症状感染者也可能传播病毒。SARS-CoV-2可通过接触传播、飞沫传播,并可能通过气溶胶传播。在临床发热门诊的患者管理中,准确识别并管理好疑似患者,采取严格的隔离措施,对院内感染的防控极为重要。     

新型冠状病毒SARS-CoV-2的变异和进化分析

目的 分析新型冠状病毒SARS-CoV-2的进化、变异情况。方法 从GISAID、NCBI中下载相关病毒全基因组序列,运用生物信息学软件MEGA-X、BEAST、TempEst等软件,构建基因组进化树,推测病毒的时间进化信号,计算病毒出现的tMRCA时间,分析病毒进化的选择压力。结果 基因组进化树显示SARS-CoV-2与蝙蝠冠状病毒Beta CoV/bat/Yunnan/RaTG13/2013、 bat-SL-CoVZC45、bat-SL-CoVZXC21和SARS-CoV等病毒共同构成冠状病毒β属的Sarbecovirus亚属。现在的病毒序列有微弱的时间进化信号,tMRCA平均时间为73 d,95%可信区间（38.9~119.3 d）,与BetaCoV/bat/Yunnan/RaTG13/2013病毒不具正性时间进化信号,与bat-SL-CoVZC45和SARS-CoV具有强的正性时间进化关系。病毒在流行期间存在变异,主要是净化选择压力。 结论 病毒SARS-CoV-2可能出现在2019年11月左右,来源于蝙蝠相关冠状病毒。结果将有助于研究病毒SARS-CoV-2的溯源、进化,对疾病进行正确防控具有指导意义。     

血管紧张素转换酶2在SARS-CoV-2感染中的作用机制研究进展

引发新型冠状病毒肺炎的病原体SARS-CoV-2为单股正链RNA病毒,传染性强,已在世界范围内多个国家传播,成为全球关注的热点.研究表明血管紧张素转换酶2(angiotensin converting enzyme 2,ACE2)可能是SARS-CoV-2感染宿主的受体,因而了解SARS-CoV-2作用于ACE2的不同...     

SARS-CoV-2易感实验动物研究进展

由SARS-CoV-2导致的COVID-19从2020年开始在全球蔓延,虽然各国采取了广泛措施以应对疫情,仍然造成了全球大流行,引发了严重的国际公共卫生问题.目前虽然SARS-CoV-2病毒的源头和中间宿主尚不清楚,但是在动物模型的基础上,我国的新冠疫苗研发处于世界领先地位,获得了多种有效疫苗.合适的实验动物对SARS...     

新冠病毒变异株"奥密克戎"的最新研究进展

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)是由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的一种具有发病率、致死率极高的新型呼吸系统传染病.由于SARS-CoV-2本身的特异性,其突变率较高,目前已出现一系列不同的SARS-CoV-2变异株,使COVID-19疫情一直反复.近日,世界卫生组织(WHO)公布了新变异株"奥密克戎"(...     

SARS-CoV-2: Camazotz's Curse

The world is currently face to face with a pandemic which is spreading rapidly across the globe caused by SARS-CoV-2, a strain of Coronaviruses (CoVs) belonging to subgenus Sarbecovirus of genus Betacoronavirus. World Health Organisation (WHO) on 11 Feb 20 named this disease caused by SARS-CoV-2 as Covid-19. This pandemic is spreading rapidly and more than 20,00,000 cases have occurred globally. The human Coronaviruses discovered in 1960s were considered potentially harmless endemic viruses with seasonal distribution before late 2002. The CoVs are found in a large number of domestic and wild animals and birds. The first pandemic caused by Coronavirus caused by SARS-CoV was recognized in the late 2002 in Guangdong Province and resulted in widespread morbidity and mortality. This was followed by MERS-CoV which began in 2012 in the Arabian peninsula with multiple outbreaks related to it in various parts of the globe. Various studies have suggested how these viruses made their entry from their natural reservoir bats via intermediate host like civets and camels in case of SARS-CoV and MERS-CoV respectively. The intermediate host of the SARS-CoV-2 still needs to be established. The SARS-CoV-2 has 96.2% similarity to the bat Severe Acute Respiratory Syndrome related-Coronavirus (SARSr-CoV RaTG13). SARS-CoV-2 has been found to be more distant in relation to SARS-CoV (79%) and MERS-CoV (50%). At the whole genome sequence level pangolin CoV and SARSr-CoV RaTG13 show 91.02% and 96.2% similarity with SARS-CoV-2 but the S1 subunit of spike protein of pangolin CoV is more closely related to SARS-CoV-2 than SARSr-CoV RaTG13. The genetic analysis of the currently circulating strains of the pandemic have shown 99.98-100% similarity in their genomes implying a recent shift to humans. The animal source of SARS-CoV-2 needs to be identified to implement control measures in the present pandemic. Also, how the virus moves interspecies will help predict and prevent future pandemics.     

Molecular detection of SARS-CoV-2 being challenged by virus variation and asymptomatic infection

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) has been a pandemic for more than a year. With the expanding second wave of the pandemic in winter, the continuous evolution of SARS-CoV-2 has brought new issues, including the significance of virus mutations in infection and the detection of asymptomatic infection. In this review, we first introduced several major SARS-CoV-2 mutations since the COVID-19 outbreak and then mentioned the widely used molecular detection techniques to diagnose COVID-19, primarily focusing on their strengths and limitations. We further discussed the effects of viral genetic variation and asymptomatic infection on the molecular detection of SARS-CoV-2 infection. The review finally summarized useful insights into the molecular diagnosis of COVID-19 under the special situation being challenged by virus mutation and asymptomatic infection.     

全球自然感染SARS-CoV-2人群的抗体水平研究

新型冠状病毒肺炎（COVID-19）已蔓延至全球二百二十多个国家和地区,造成了全球大流行。通过SARS-CoV-2的特异性抗体的血清学检测可以估计人群感染的状况,有助于回顾性评估研究人群中疫情的规模或感染程度。本文对全球自然感染SARS-CoV-2一般人群和医务工作者、儿童、孕妇等特殊人群的血清抗体水平研究进行综述,以期更好地理解COVID-19流行期间人群的血清学特征和规律,对疾病的认识和后期疫情防控提供重要借鉴。综述发现全球范围内报告的自然感染SARS-CoV-2血清抗体阳性率在不同国家或地区有所不同,阳性率从低于0.1%到超过20%,其高低与不同血清学检测方法、检测时所处的疫情流行阶段有关。儿童的血清抗体阳性率低于其他年龄组,医务工作者、孕妇的血清抗体阳性率则与一般人群相似。未来有必要进一步持续监测血清抗体阳性水平,以评估COVID-19所致的疾病负担,为COVID-19疫情控制提供科学证据。     

19例喀什地区维吾尔族居民的主动脉疾病基因突变分析

目的 探讨喀什地区少数民族的主动脉疾病基因突变类型,分析其与临床表型的相关性。方法 利用二代测序技术对包含马凡综合征在内的19例新疆维吾尔族主动脉疾病家系的37个相关致病基因进行基因检测|、分析,并对其近亲家属完成sanger验证。结果 本研究纳入19个主动脉疾病家系,共检测出23个突变位点,有11例先证者（57.89%）存在一个或以上的基因突变。其中有1例（5.26%）为明确的致病性突变;8例（42.11%）检测出意义未明性突变;7例（36.84%）检测出良性/可能良性突变。23个突变位点中包括有1个（5.26%）明确的致病性突变位点,14个（60.87%）意义未明的基因突变,8个（34.78%）良性/可能良性突变。对14个意义未明突变位点采用SIFT及Polyphen2 HDIV软件预测,发现6个（42.86%）为有害性/可能有害性 突变。对8个良性/可能良性突变位点进行上述软件预测,结果均为有害性/可能有害性突变。结论 本研究发现了23个突变位点,其中22个尚待以后更多的患者数据进行验证。基因诊断有助于患者及其近亲属的早期诊断及鉴别诊断。     

Antiviral,immunomodulatory, and anticoagulant effects of quercetin and its derivatives: Potential role in prevention and management of COVID-19

The coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection has caused a devastating health crisis worldwide. In this review, we have discussed that prophylactic phytochemical quercetin supplementation in the form of foods or nutraceuticals may help manage the COVID-19 pandemic. The following evidence supports our argument. First, nuclear factor erythroid-derived 2-like 2 (NRF2) agonists abrogate replication of SARS-CoV-2 in lung cells, and quercetin is a potent NRF2 agonist. Second, quercetin exerts antiviral activity against several zoonotic coronaviruses, including SARS-CoV-2, mainly by inhibiting the entry of virions into host cells. Third, inflammatory pathways activated by nuclear factor kappa B, inflammasome, and interleukin-6 signals elicit cytokine release syndrome that promotes acute respiratory distress syndrome in patients with COVID-19, and quercetin inhibits these pro-inflammatory signals. Fourth, patients with COVID-19 develop thrombosis, and quercetin mitigates coagulation abnormalities by inhibiting plasma protein disulfide isomerase. This review provides a strong rationale for testing quercetin for the management of COVID-19.     

奥密克戎(Omicron)变异株及其对口腔诊疗的潜在影响

严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)感染引起的2019冠状病毒病(coronavirus disease 2019, COVID-19,我国通称新型冠状病毒肺炎,简称新冠肺炎)疫情已经在全世界蔓延超过两年,每日的新增感染人数及死亡人数仍在持续增长。最新出现的奥密克戎(Omicron)变异株因其刺突蛋白出现多位点突变,导致病毒传染性与致病性发生显著变化,给公共卫生带来了新的挑战。WHO将Omicron变异株列为“需要关注的变异株”(variants of concern, VOC)。SARS-CoV-2及其变异株的传播扰乱了世界范围内的口腔诊疗工作。口腔诊疗过程中,近距离面对面交流、飞沫、气溶胶、接触唾液、血液等,增加了口腔诊疗机构中的传播风险,特别是Omicron等新发变异株的流行,对口腔诊疗带来新的挑战。口腔舌部、黏膜等组织可高表达血管紧张素转换酶2(angiotensin converting enzyme 2, ACE2),ACE2是SARS-CoV-2的结合受...     

A Longitudinal Survey for Genome-based Identification of SARS-CoV-2 in Sewage Water in Selected Lockdown Areas of Lahore City,Pakistan: A Potential Approach for Future Smart Lockdown Strategy

In 2019, the newly emerged SARS-CoV-2 virus caused pneumonia-like illness. The disease rapidly spread globally, leading to a worldwide outbreak referred to as the COVID-19 pandemic. The affected patients show symptoms of fever, dry cough, respiratory distress, myalgia, and gastrointestinal disturbance. As of April 5, 2021, 132,083,022 people worldwide were affected by COVID-19, while 2,868,454 people died due to the disease[1]. SARS-CoV-2-positive patients may remain asymptomatic or start showing symptoms in 2?14 days after exposure to the virus[2]. The viral infection can be diagnosed from nasopharyngeal, throat, alveolar lavage, lacrimal, blood, and stool samples. The patient starts shedding the virus in stool regardless of being symptomatic or asymptomatic, which makes sewage-based detection of the virus to be more beneficial in the early infection stage.     

新型冠状病毒肺炎相关心肌炎发病机制的研究进展

严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）最初被认为主要对呼吸系统产生影响,随着研究深入,目前已经发现SARS-CoV-2感染会影响人体的多个器官系统,心脏是继肺部感染之后的一大目标靶器官。临床上经常能观察到新型冠状病毒肺炎（COVID-19）患者的心脏损伤,其中心肌炎在COVID-19心肌损伤中占1%~7%,这类患者临床预后常较差。令人遗憾的是,目前COVID-19是如何引起心肌损伤,又是如何进展为心肌炎,其相关机制及病理生理改变目前仍未知。从目前资料分析发现,除血管紧张素转换酶2（ACE2）介导打击机制较为学者认可外,细胞因子风暴及免疫介导引发心肌损伤等机制目前仍是推测性的,鉴于心脏MRI、心内膜活检的应用受限,而COVID-19相关心肌炎的尸检等基础研究资料较少,因此,COVID-19相关心肌炎的诊断及治疗对临床医生而言仍是一大挑战。本文就COVID-19相关心肌炎可能存在的病理生理机制予以综述,以期有助于增进医务人员对该病的认识进而降低总体死亡率。     

新型冠状病毒肺炎患者围手术期处理策略与要点

新型冠状病毒肺炎（COVID-19）已发展成全球大流行,对公共卫生安全造成严重威胁。由于其病原体严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）可通过飞沫、接触等途径在人与人之间传播,疑似或确诊COVID-19患者在手术室或ICU接受治疗时,如何在实施全面有效治疗的过程中避免病毒进一步播散成为医务人员关注的重点与难点。本文针对SARS-CoV-2的传播特征、围手术期特殊环境及特定操作下的疾病处理和感染控制措施展开讨论。     

PCR-核酸飞行时间质谱系统检测新型冠状病毒方法的建立及应用研究

背景　新型冠状病毒肺炎（COVID-19）在全球暴发,实验室检测结果是疾病诊断的重要依据,检测方法的灵敏度和特异度是影响实验结果的关键因素,现实时荧光定量聚合酶链反应（PCR）核酸检测方法是COVID-19确诊的通用方法,但其检测灵敏度有方法局限性,依赖标本病毒含量。通过对PCR-核酸飞行时间质谱检测方法的优化,从而提高对低新型冠状病毒（SARS-CoV-2）含量病例检测的灵敏度,可为现有方法做有效补充。目的　应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）原理,在Clin-ToF Ⅱ飞行时间质谱系统上,建立PCR-核酸飞行时间质谱（PCR-TOF MS）系统检测SARS-CoV-2的方法,并评估其实际应用价值。方法　2020年2-3月于上海市临床检验中心室间质评阳性样本40份、阴性样本7份,国家卫生健康委员会室间质评阳性样本41份、阴性样本33份,本实验室购买阳性质粒及稀释样本32份,健康人样本28份,空白对照超纯水5份,共186份样本作为建立PCR-TOF MS系统数据。于2020年1-2月收集安徽省内临床送检到安徽省疾病预防控制中心的疑似COVID-19患者上呼吸道样本80份（咽拭子样本55份、痰液样本25份）及健康人群样本20份（均为咽拭子样本）作为评估PCR-TOF MS系统效果的数据。建立PCR-TOF MS系统试验体系步骤,包括PCR扩增、虾碱性磷酸酶（SAP）消化、单碱基延伸和质谱检测;并基于阳性质粒优化模版量,根据186份样本检测质谱峰的信噪比（SNP）确定该方法在SARS-CoV-2检测时的判读标准。对80份疑似SARS-CoV-2样本和20份健康人群样本进行检测分析,并与实时荧光定量PCR法进行对比。结果　通过对PCR-TOF MS 模板条件的优化,模版量6 μl时,扩增产物可获得典型的质谱峰图。建立的PCR-TOF MS反应体系可以对SARS-CoV-2核酸的开放读码框1ab（ORF1ab）基因和核壳蛋白（N）基因进行有效扩增检测。本研究PCR-TOF MS方法对临床疑似病例样本的检出率为90.00%,高于实时荧光定量PCR法的75.00%,同时,结果显示,实时荧光定量PCR法检出中含有25.00%的可疑结果,而PCR-TOF MS则无可疑结果。对于痰液和咽拭子两种样本的检出率,PCR-TOF MS法分别为100.00%和85.45%,高于荧光定量PCR法的64.00%和43.64%。阴性样本两种方法均未检出。结论　通过PCR技术与飞行时间质谱技术的结合,使得检测SARS-CoV-2目标片段指数级扩大,从而提高样本的检测灵敏度。MALDI-TOF MS技术通过对离子分子量的检测分析,具有较高的准确性和特异性,同时证实了痰液样本优于咽拭子样本。该方法可作为实时荧光定量PCR法的补充和协同,在一定程度上有利于弥补假阴性的问题,从而降低临床漏诊率,提高检测效率,为疫情的研判缩短时间。