SARS冠状病毒PUMC01分离株的基因组序列分析

目的 对北京协和医院分离的SARS冠状病毒(SARS-CoV)PUMC01株的基因组序列进行变异及系统发育分析。方法 利用随机引物法构建SARS-CoV-PUMC01分离株的cDNA文库,随机挑选质粒克隆进行大规模测序,测序反应经过组装后获得全基因组序列(Genbank Accession No．,AY350750),对该序列与SARS-CoV的参考序列相比进行系统发育及变异分析。结果 与参考序列(SARS-CoV-Tor2及SARS-CoV-Urbani)相比较,在SARS-CoV-PUMC01上共发现10个变异位点;与其他的17株SARS-CoV进行系统发育分析后发现,18株SARS-CoV分为两类,两类之间及每一类的各株病毒间具有不同的分化时间。结论 了解不同地区SARS-CoV之间的系统发育关系,为系统了解不同SARS-CoV分离株之间的临床关系以及SARS-CoV的传播链提供了进化上的证据。     

严重急性呼吸综合征冠状病毒2主要蛋白质分子的氨基酸变异分析

目的 应用生物物理学方法鉴定分析严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）中主要蛋白质分子的关键氨基酸变异。方法 通过氨基酸序列同源比对、突变氨基酸残基分类、蛋白质三维结构重建和氨基酸残基静电相互作用测量,以同源性最高的蝙蝠冠状病毒RaTG13为参照,进行SARS-CoV-2中主要蛋白质分子的关键氨基酸变异分析。结果 初步分析确定SARS-CoV-2中RNA依赖的RNA聚合酶（RdRp）、核糖核酸外切酶（ExoN）、尿苷酸特异性核糖核酸内切酶（NendoU）和刺突蛋白（S蛋白）上至少发生了10处影响静电相互作用的氨基酸变异,这些变异可能影响蛋白质分子的空间构象及其生物学功能。结论 初步确定了SARS-CoV-2中主要蛋白质分子的关键氨基酸变异,为理解SARS-CoV-2的遗传特性、致病性和流行病学特征提供了有用线索。     

河南省2021年境外输入SARS-CoV-2全基因组测序分析

目的:分析河南省2021年境外输入新型冠状病毒SARS-CoV-2的全基因组特征和变异情况。方法:收集河南省2021年85份境外输入SARS-CoV-2阳性标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合二代测序技术进行全基因组测序,应用CLC Genomics Workbench 20软件进行变异分析,应用进化分析在线平台,采用邻近法构建系统发育进化树。结果:共获得85株病毒,其中非关切变异株(VOC)、Alpha、Beta、Delta和Omicron变异株占比分别为4.71%、10.59%、2.35%、76.47%和5.88%,未发现Gamma变异株输入。非VOC、Alpha、Beta、Delta和Omicron病毒株累计核苷酸突变数和氨基酸突变数分别为59、77、36、288、72个和40、46、20、171、50个。85株均存在C241T、C3037T、C14408T、A23403G核苷酸突变和P4715L、D614G氨基酸突变。系统发育树显示,85株具有基因型多样性,各VOC型病毒株序列形成不同的进化分支,Delta病毒株可形成多种类型的亚分支,且入境来源具有明显的地域性。结论:202...     

广西首起新冠奥密克戎变异株引起的本土聚集性疫情病例新冠病毒基因特征分析

目的 揭示2022年2月广西德保县本土新冠疫情中病例新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因组特征及变异情况,为广西新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫情溯源及防控工作提供科学依据。方法 从广西德保县2月本土新冠疫情的确诊病例中选取30份病例的上呼吸道标本进行核酸提取、构建DNA测序文库、第二代测序仪上机测序、拼接测序数据,通过基因比对和构建进化树完成病毒基因变异位点和进化分析。结果 与武汉参考株相比,广西德保县2月本土聚集性新冠疫情病例的SARS-CoV-2核苷酸突变中位数为57个（56～58个）,氨基酸突变的中位数为63个（62～65个）,同源性非常高,均属于VOC/Omicron变异株BA.1进化分支。结论 SARS-CoV-2全基因组测序分析对新冠疫情的溯源研判提供科学依据,对新冠疫情的防控至关重要。     

SARS病原学和特异性检测的研究进展

经研究分析SARS的病原体为变异的冠状病毒-SARS冠状病毒(SARS Coronavrirus，SARS-CoV)。这是一种全新的病毒，为一种单链正义RNA病毒；其基因组由约29727个核苷酸、11个开放阅读框(Opening Reading Frames，ORFs)组成，与已知冠状病毒核苷酸有50％～60％同源性。但通过比较遗传史和序列比对表明，SARS-CoV的特征和以前发现的冠状病毒的特征并不完全相似，     

SARS-CoV-2溯源新进展

从2019年12月~2020年11月19日,COVID-19大流行已导致全球55 928 327例确诊病例,造成1 344 003人死亡。但是,我们对这次疫情的病原体-新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的来源仍然未了解清楚。本综述总结和分析SARS-CoV-2溯源研究进展,为进一步的研究提供启示。现有证据表明SARS-CoV-2有可能是在40~70年前由蝙蝠冠状病毒分化而来;该病毒在进化过程中同时存在多种变异及自然选择现象,病毒基因不同区域可能发生不同变异并受到不同的选择压力,这些都增加了病毒溯源的困难性;有多种动物被认为可能是SARS-CoV-2的宿主,包括猫、狮子、老虎、狗、水貂等;SARS-CoV-2可能可由人类传播给动物,且该病毒也可以在动物间互相传播;现有证据不支持该病毒的源头是中国。我们仍未清楚该病毒如何传播到人类,仍然需要更多的研究去探索SARS-CoV-2的来源、宿主、中间宿主及其跨物种传播的机制。     

蝙蝠相关的冠状病毒

2019年12月,新型冠状病毒肺炎（COVID-19）暴发,继2003年严重急性呼吸综合征（SARS）暴发后又给人类敲响了一记警钟。研究者通过溯源分析,发现COVID-19病原体严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的自然宿主可能是中华菊头蝠。21世纪以来,全球共出现4次冠状病毒[严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）、中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）、猪急性腹泻综合征冠状病毒（SADS-CoV）、SARS-CoV-2]的暴发,给人类健康、公共卫生、经济发展及社会稳定造成了巨大的威胁与损失。大量证据表明,这4种冠状病毒的自然宿主可能均为蝙蝠。本文对蝙蝠相关冠状病毒的种类、全球地理分布及引起暴发的蝙蝠相关冠状病毒作一综述。     

新型冠状病毒变异株的进化演变及其免疫逃逸的研究进展

尽管新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因组中的大多数突变要么无效,要么迅速清除,要么相对中性,但仍会有小部分突变影响其功能特性,并可能改变其传染性、致病力或与宿主免疫的相互作用。SARS-CoV-2自2019年底出现后有一段持续约11个月的相对进化停滞期。然而,自2020年末以来,SARS-CoV-2出现了一系列影响病毒特性的刺突蛋白（S蛋白）突变,关注的变异毒株（VOC）从Alpha到Omicron。这些变异株会影响病毒的传染性和抗原性。有证据表明,接种后血清对某些SARS-CoV-2变异株的中和作用减弱,但这需要对保护的相关因素有更深入的了解,以评估这可能会如何影响疫苗的有效性。在这篇综述中,我们描述了SARS-CoV-2的进化演变,总结了有关SARS-CoV-2刺突蛋白突变的文献,讨论了不同变异株对疫苗保护作用的影响及其应对策略。     

两种严重急性呼吸综合征冠状病毒S蛋白结构特征及抗原表位比较

目的: 通过严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）-2与SARS-CoV S蛋白结构特征及抗原表位的比较分析,从分子水平为SARS-CoV-2致病机制研究提供数据支持,并为疫苗、抗体及药物研发寻找合适的候选靶点。方法: 利用生物信息学方法和工具,基于S蛋白参考序列进行理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、结构域、二级结构、三级结构分析及抗原表位预测,同时对受体血管紧张素转换酶2（ACE2）、C型凝集素（CLEC4M）的组织表达及关联通路、途径进行分析。结果: SARS-CoV-2、SARS-CoV S蛋白氨基酸序列一致性为75.80%,两者结构特征具有较高一致性,但SARS-CoV-2高级结构特征不如SARS-CoV明显。受体ACE2、CLEC4M在消化系统及心脏、肾脏、肺、胎盘中均有表达,主要关联的肾素-血管紧张素系统、蛋白质消化吸收通路及血管紧张素前体转化、G蛋白偶联受体（GPCR）配体结合途径与2019冠状病毒病典型症状相关。分析获得S蛋白三对高度或完全同源的抗原表位,即SARS-CoV-2 S蛋白第600~605位氨基酸残基与SARS-CoV第586~591位高度一致,SARS-CoV-2 S蛋白第695~703位、第888~896位氨基酸残基分别与SARS-CoV第677~685位、第870~878位高度或完全一致。结论: SARS-CoV-2与SARS-CoV S蛋白结构上的相似性决定了两者具有相近的感染模式和临床表现。筛选获得的高可信度的SARS-CoV-2候选抗原表位可为病毒诊断和疫苗研制提供参考。     

严重急性呼吸综合征冠状病毒2与新型冠状病毒肺炎

目前正在暴发流行的新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的病原体是严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）,这是近年来继严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）和中东呼吸综合征冠状病毒（MERSCoV）之后发现的能够感染人的第7种冠状病毒。SARS-CoV-2系单股正链RNA病毒,传染性强,人群普遍对其缺乏免疫力,疫情目前仍在持续。2020年1月30日（当地时间）,WHO将此次疫情列为国际关注的突发公共卫生事件（PHEIC）。本文就SARS-CoV-2病原学、致病性及COVID-19的检测诊断、预防控制和临床治疗等领域的进展进行讨论。     

Functional mutations of SARS-CoV-2: implications to viral transmission,pathogenicity and immune escape

The pandemic of coronavirus disease 2019 caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has led to major public health challenges globally. The increasing viral lineages identified indicate that the SARS-CoV-2 genome is evolving at a rapid rate. Viral genomic mutations may cause antigenic drift or shift, which are important ways by which SARS-CoV-2 escapes the human immune system and changes its transmissibility and virulence. Herein, we summarize the functional mutations in SARS-CoV-2 genomes to characterize its adaptive evolution to inform the development of vaccination, treatment as well as control and intervention measures.     

SARS-CoV-2: Camazotz's Curse

The world is currently face to face with a pandemic which is spreading rapidly across the globe caused by SARS-CoV-2, a strain of Coronaviruses (CoVs) belonging to subgenus Sarbecovirus of genus Betacoronavirus. World Health Organisation (WHO) on 11 Feb 20 named this disease caused by SARS-CoV-2 as Covid-19. This pandemic is spreading rapidly and more than 20,00,000 cases have occurred globally. The human Coronaviruses discovered in 1960s were considered potentially harmless endemic viruses with seasonal distribution before late 2002. The CoVs are found in a large number of domestic and wild animals and birds. The first pandemic caused by Coronavirus caused by SARS-CoV was recognized in the late 2002 in Guangdong Province and resulted in widespread morbidity and mortality. This was followed by MERS-CoV which began in 2012 in the Arabian peninsula with multiple outbreaks related to it in various parts of the globe. Various studies have suggested how these viruses made their entry from their natural reservoir bats via intermediate host like civets and camels in case of SARS-CoV and MERS-CoV respectively. The intermediate host of the SARS-CoV-2 still needs to be established. The SARS-CoV-2 has 96.2% similarity to the bat Severe Acute Respiratory Syndrome related-Coronavirus (SARSr-CoV RaTG13). SARS-CoV-2 has been found to be more distant in relation to SARS-CoV (79%) and MERS-CoV (50%). At the whole genome sequence level pangolin CoV and SARSr-CoV RaTG13 show 91.02% and 96.2% similarity with SARS-CoV-2 but the S1 subunit of spike protein of pangolin CoV is more closely related to SARS-CoV-2 than SARSr-CoV RaTG13. The genetic analysis of the currently circulating strains of the pandemic have shown 99.98-100% similarity in their genomes implying a recent shift to humans. The animal source of SARS-CoV-2 needs to be identified to implement control measures in the present pandemic. Also, how the virus moves interspecies will help predict and prevent future pandemics.     

新型冠状病毒肺炎的流行病学、临床治疗与疫情防控

本文系统介绍新型冠状病毒肺炎的病原学、流行病学、传播动力学、临床特征、治疗及防控等多个领域的最新研究进展,同时比较新型冠状病毒与严重急性呼吸综合症冠状病毒、中东呼吸综合症冠状病毒及H1N1流感病毒所致疫情特征的异同。新型冠状病毒的原始宿主可能为蝙蝠,患者和无症状感染者为传染源,可借助飞沫和接触途径进行人际传播,人群普遍易感。患者临床症状主要表现为发热和咳嗽,伴有白细胞和淋巴细胞减少,但目前尚无特效治疗药物。防控策略上,一方面应着力研发疫苗开展一级预防;另一方面继续贯彻对患者和密切接触者的隔离、佩戴口罩、及时进行公共场所消毒,同时大力研发快速检测试剂盒,实现对疾病的血清学监测,开展早发现、早诊断、早隔离、早治疗的二级防控策略。此外,应着力降低人群对疾病恐慌、加强防疫宣传与健康教育,共同防控疫情蔓延。     

Molecular immune pathogenesis and diagnosis of COVID-19

Coronavirus disease 2019(COVID-19)is a kind of viral pneumonia which is caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARS-CoV-2).The emergence of SARS-CoV-2 has been marked as the third introduction of a highly pathogenic coronavirus into the human population after the severe acute respiratory syndrome coronavirus(SARS-CoV)and the Middle East respiratory syndrome coro-navirus(MERS-CoV)in the twenty-first century.In this minireview,we provide a brief introduction of the general features of SARS-CoV-2 and discuss current knowledge of molecular immune pathogenesis,diagnosis and treatment of COVID-19 on the base of the present understanding of SARS-CoV and MERS-CoV infections,which may be helpful in offering novel insights and potential therapeutic targets for combating the SARS-CoV-2 infection.     

SARS冠状病毒S2基因变异性分析

目的 测定SARS冠状病毒GD322株S2基因序列并对SARS-CoVS2基因进行系统进化树分析。方法用RT-PCR法从SARS-CoV GD322株基因组中扩增S2基因片段并克隆至pGEM—T载体,转化大肠杆菌DH5a株后测序。利用Lasergene、ClustalX、DNAman和Treeview等软件,将基因序列翻译成氨基酸序列后,与早、中、晚期各地暴发的SARS-CoVS2蛋白序列进行比对,构建系统进化树,并在Internet网数据库中对S2蛋白氨基酸序列进行T细胞抗原表位预测。结果随着SARS-CoV的传播流行,S2基因趋于稳定,晚期的SARS-CoVS2基因的同源性达到99．9％。T细胞抗原表位预测发现。SARS-CoVS2蛋白第57位氨基酸突变对T细胞抗原表位有影响。结论SARS流行过程中SARS-CoVS2基因较为稳定,S2蛋白57位氨基酸的突变可影响病毒T细胞抗原表位。     

Structural basis of SARS-CoV-2 3CLpro and anti-COVID-19 drug discovery from medicinal plants

The recent pandemic of coronavirus disease 2019 (COVID-19) caused by SARS-CoV-2 has raised global health concerns. The viral 3-chymotrypsin-like cysteine protease (3CL^pro) enzyme controls coronavirus replication and is essential for its life cycle. 3CL^pro is a proven drug discovery target in the case of severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) and Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV). Recent studies revealed that the genome sequence of SARS-CoV-2 is very similar to that of SARS-CoV. Therefore, herein, we analysed the 3CL^pro sequence, constructed its 3D homology model, and screened it against a medicinal plant library containing 32,297 potential anti-viral phytochemicals/traditional Chinese medicinal compounds. Our analyses revealed that the top nine hits might serve as potential anti- SARS-CoV-2 lead molecules for further optimisation and drug development process to combat COVID-19.