黄连药材DNA提取及RAPD反应体系的优化

目的探索黄连药材DNA的提取并对其RAPD反应体系进行优化。方法采用目前较为流行的苯酚法、CTAB法、高盐低pH值法,通过电泳、紫外分光光度仪检测及RAPD扩增效果确定黄连药材基因组DNA提取的最佳方法。结果CTAB法为黄连药材基因组DNA提取的最佳方法,建立了适合黄连药材的RAPD反应体系:25μL体系中内含1×PCRbuffer、2mmol/LMg2 、100~150μmol/LdNTP、20ng引物、40ng模板、1UTaq酶。结论CTAB法及黄连药材的RAPD反应体系可以用于黄连药材的RAPD分析。     

PCR-SSP法进行HLA分型的影响因素分析

日曲：探讨DNA模板质量、DNA聚合酶(Taq)用量对人类白细胞抗原(HLA)分型结果的影响，从而确定PCR一序列特异性引物(PCR-SSP)技术的更加优化的扩增体系。方法：采用PCR-序列特异性引物(PCR-SSP)的方法，对山西地区14400名骨髓供的血样进行了人类白细胞抗原(HLA)基因分型，回顾性分析DNA模板的纯度、DNA用量、DNA聚合酶(Taq)酶用量对HLA分型结果的影响。结果：每个PCR反应的DNA模板量在30ng～50ng之间时PCR扩增效果最优；每个PCR反应所用Taq酶为0．23U时PCR扩增效果最优。结论：DNA模板量和Taq酶用量是使用PCR-SSP技术进行HLA分型的主要影响因素；模板DNA的纯度对实验结果影响不大。     

近交系中国地鼠山医群体遗传结构的随机扩增多态分析

目的应用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对近交系中国地鼠山医群体的遗传结构进行多态分析。方法采用30条10bp引物对中国地鼠山医群体的A家系和E家系共24个个体进行RAPD扩增,分析家系的遗传纯度,探讨两个家系的亲缘关系。结果30条随机引物对供试的24个个体产生255条谱带。单个引物扩增的谱带数是2~17条,平均8条。所有样品的相似系数0.9431~0.9955之间变动,平均相似系数为0.9749。根据扩增出的RAPD图谱,运用SPSS软件包中的Wardmethod法进行聚类分析。结论供试中国地鼠A家系和E家系两个家系间存在一定程度的差异,中国地鼠A家系和E家系分别先聚为一类,中国地鼠群体间的分子聚类关系与各群体间的亲缘关系基本一致。     

WHBE兔、日本大耳白兔和新西兰兔遗传多样性的RAPD分析

目的 应用随机引物扩增多态性DNA技术 （random amplified polymorphic DNA,RAPD） 对大耳白黑眼兔（white hair black eyes rabbit,WHBE rabbit）、日本大耳白兔（Japanese white rabbit,JW rabbit）和新西兰兔（New Zealand white rabbit,NZW rabbit） 3个实验兔品系进行遗传分析。方法 选用90只实验兔的皮肤组织样品提取基因组DNA,用60个随机引物对实验兔基因组DNA进行PCR扩增,根据电泳结果筛选出多态性较高的引物进行RAPD-PCR分析,再利用Popgene 3.2统计软件对3个品系的扩增条带进行遗传分析,获得实验数据。结果 分析结果表明：（1） 60个随机引物中筛选出25个多态性较高的引物,3个品系实验兔共检测到493个扩增片段,长度在100 ~1800 bp之间,筛选的25个引物中,其中16个引物既可扩增出3个品系共同的DNA条带,也可扩增出WHBE兔特有的特征条带;（2） WHBE兔位点数为234个,其中多态位点数166个,多态位点比为70.94%,JW兔位点数为228个,其中多态位点数122个,多态位点比为53.51%,NZW兔位点数为231个,其中多态位点数94个,多态位点比为40.69%;（3） 三个群体的Shannon多样性指数分别为0.3385,0.2222和0.1905;（4） JW兔和NZW兔的遗传相似系数最高,为0.8443,其次为WHBE兔和JW兔的遗传相似系数,为0.8204,WHBE兔和NZW兔的遗传相似系数最低,为0.7862。结论 结果表明WHBE兔与JW兔和NZW兔之间有遗传的相似性,也存在着遗传差异,应用RAPD技术可以很好地检测实验兔不同品系之间以及同一品系不同个体之间的亲缘关系。     

丰度加权法分析冬虫夏草RAPD多态性高度差异及动态变化

目的:检测在冬虫夏草僵虫体、子座和子囊果部位多菌共存和差异表达导致的随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)分子标记多态性及其在冬虫夏草成熟过程中的动态变化.方法:采用模糊、整体性RAPD分子标记多态性研究法,选用20条随机引物,应用ZUNIX丰度加权相似度公式和丰度加权聚类法,比对冬虫夏草3个成熟期僵虫体、子座和子囊果部位RAPD分子标记多态性,以及与中国被毛孢的差异.结果:丰度非加权算法忽略了RAPD共有扩增子的丰度差异,而丰度加权ZUNIX相似度算法和聚类法,将扩增子的丰度差异及其在冬虫夏草成熟过程中的动态变化所蕴含的全部菌物分子信息汇入分析,准确获取样本间相似度和构建聚类图.冬虫夏草全部样本的总相似度为0.42,小于总相异度0.58.3个成熟期子座样本的相似度为0.57,僵虫体为0.50.同株冬虫夏草的子座和僵虫体样本的相似度随着成熟过程出现低→高→低的变化.子囊果部位与成熟子座的相似度最高(0.87),汇入一个聚类分枝;未成熟子座和僵虫体聚为另一分枝;这两个分枝聚为一群.而成熟中子座和僵虫体聚为一个分枝,与成熟僵虫体聚为另一群.中国被毛孢与冬虫夏草样本的相似度为0.55～0.69,与冬虫夏草聚类群之间被外群对照蛹虫草拟青霉分隔.结论:冬虫夏草各部位的RAPD分子标记多态性丰富,随着冬虫夏草的成熟而变化;冬虫夏草与中国被毛孢的RAPD多态性存在巨大差异,支持冬虫夏草是多菌和多种突变基因型菌共生的统一微生态系统的学说,不支持“冬虫夏草是一种真菌”和“中国被毛孢是冬虫夏草的无性世代”的学说.     

贵州省同一产地野生和栽培天麻的RAPD分析

目的: 对贵州省同一产地野生和栽培天麻的遗传多态性进行分析.方法: 采用随机扩增多态性DNA标记技术.结果: 从30个随机引物中筛选到6个多态性强、重复性好的引物.该6个引物的扩增结果表明,贵州省同一产地野生和栽培天麻的指纹图谱有明显差异,差异系数为40%～60%,而栽培天麻之间的差异并不显著.结论: 本实验为天麻的分子生物学鉴定及天麻种质资源合理利用及科学的栽培育种提供了一定的科学依据.     

小鼠肝癌H22细胞克隆株的RAPD分析

目的应用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术检测小鼠肝癌H22细胞克隆株的遗传变异。方法用47条引物对小鼠肝癌H22细胞的4个克隆株H22-H8D8,H22-H2G4,H22-H2E10,H22-H2C4基因组DNA进行RAPD分析。结果47条引物均能扩增出明显的条带,条带数多为4~10条,片段大小在200~2000 bp之间。其中4条引物的扩增条带具有多态性,表现为带的有无、移动和强弱差异。结论RAPD技术可以用来检测小鼠肝癌H22细胞克隆株基因组之间的差异。     

山医群体中国地鼠近交E家系RAPD分析

目的　分析山医群体中国地鼠E家系的遗传纯度。方法　应用经过筛选的 3 1条随机引物对中国地鼠E家系 12只个体基因组DNA进行RAPD扩增 ,计算近交个体间的相似系数。结果　所有样品的相似系数0 943 1到 0 9978之间变动 ,平均相似系数为 0 9749,聚类分析得到了这些个体的同源树资料。结论　山医群体E家系有较高的遗传纯度     

Zmu-1:DHP豚鼠的随机扩增多态性DNA分析

目的：研究Zmu-1：DHP豚鼠基因组DNA的遗传多态性及其遗传概貌，探讨随机引物PCR(RAPD—PCR)在豚鼠遗传质量检测中运用的可行性。方法：用RAPD—PCR法，对新培育的Zmu—1：DHP豚鼠和对照品系DHP豚鼠的基因组DNA进行PCR扩增。结果：从40条随机引物中，筛选出2条呈多态性的引物，分别是第S1202号和第S1219号引物。Zmu—1：DHP品系的扩增产物无多态性变化，而且其条带与多数DHP品系的个体相同。少数DHP品系的个体呈多态性变化，并找到该品系增加和缺失的特征性条带各一种。结论：Zmu—1：DHP品系的基因纯合性及个体一致性较DHP品系高。二个品系的DNA序列存在较少差异，说明豚鼠品系间遗传结构比较接近。一旦选定具有多态性的引物，RAPD—PCR法可以区分豚鼠品系，适用于豚鼠遗传质量检定。     

重症监护病房铜绿假单胞菌随机扩增多态性DNA研究

目的建立随机扩增多态性DNA(RAPD)基因分型方法监测重症监护病房(ICU)铜绿假单胞菌医院感染。方法收集2005年1月~6月从各科ICU内分离出的21株铜绿假单胞菌,提取DNA后进行RAPD分型,同时进行抗生素敏感性试验。结果全部菌株均能产生指纹图谱,分型率100%。21株铜绿假单胞菌共分为14型,其中9株6型分布于脑外科,3株同型分布于神经内科,4株4型分布于呼吸科,5株3型分布于普外科。抗生素敏感性试验表明21株铜绿假单胞菌均为多重耐药菌株,对哌拉西林、头孢菌素类、喹诺酮类及阿米卡星等耐药,仅对亚胺培南/西司他丁、头孢哌酮/舒巴坦等敏感。结论ICU内存在铜绿假单胞菌感染局部流行,RAPD分型技术分型率高、简便快速。     

RAPD在判别肺炎克雷伯菌暴发流行中的应用

肺炎克雷伯菌是重要的条件致病菌，常常引起老人及婴幼儿重症护理病房的交叉感染及暴发流行，追踪其传染源尤为重要，故多年来许多学者致力于细菌的克隆识别研究。1990年，Williams和Welsh几乎同时提出了一种遗传标记技术－随机引物PCR（RAPD）^[1,2]。本人于同一时期从两个病房共收集7株肺炎克雷伯菌，经RAPD分析后7株菌出现两个型。联合RAPD分析和表型分析证实肺炎克雷伯菌有流行趋势。     

RAPD技术在肠炎沙门氏菌同源性分析中的应用

目的 研究2004年广州市3起肠炎沙门氏菌食源性疾病分离的20株菌株和来源于从业人员健康体检的18株肠炎沙门氏菌的分子特征,为肠炎沙门氏菌食源性疾病的流行病学溯源和疫情控制提供有效手段。方法 采用随机引物扩增多态性DNA分析（randomly amplified polymorphic DNA analysis,RAPD）对38株肠炎沙门氏菌进行分子分型,结合SPSS软件构建以上菌株的带型关系系统树状图,对菌株进行基因多态性分析。结果 38株肠炎沙门氏菌的RAPD结果经聚类分析可分为3个聚类群,分属3个不同的克隆。结论 RAPD技术可用于肠炎沙门氏菌食源性疾病的流行病学调查和溯源。