2009年成都市流感活动情况及H3N2亚型流感病毒HA1基因特性分析

目的 分析2009年成都市流感流行情况,探讨甲3流感病毒(H3N2)亚型分离毒株的流行及HA1基因变异和进化.方法 MDCK细胞对咽拭子样品进行病毒分离鉴定,提取病毒核酸,用RT-PCR法扩增HA1基因,对H3N2分离株核酸及氨基酸序列进行亲缘关系分析.结果 甲型流感H1N1、H3N2、甲1、B型流感病毒分离率分别为2...     

2010年广州市甲型H1N1流感病毒分离株HA基因变异分析

目的比较2010年广州市分离到的甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因和2009年中国大陆甲型H1N1流感病毒HA基因的变异情况,为甲型H1N1流感的监测和防控提供理论依据。方法收集2010年广州市有发热和呼吸道症状病人的咽拭子标本,用H1N1流感特异性引物进行PCR检测,扩增分离到的H1N1病毒HA片段,测序后与2009年的H1N1毒株进行比对和分析,并用生物信息学方法对抗原位点和糖基化位点进行分析。结果共收集到426份标本,甲型流感阳性211份,其中H1N1流感4株,与2009年分离的甲型H1N1流感相比,有12个氨基酸碱基位点发生了有意义突变,其中6个位点位于抗原位点上;4株毒株HA基因145位氨基酸都发生了变异;其中2株毒株在第180位氨基酸位点的抗原位点发生了变异。进化分析表明4株毒株与2009年中国大陆分离的8株毒株进化关系较远。结论 2010年广州市甲型H1N1毒株与2009年相比发生了较大变异。HA基因145位和180位氨基酸位点变异对H1N1毒株抗原变异有重要意义。本文分离的A/Guangdong/ZS03/2010(H1N1)和A/Guangdong/ZS01/2010(H1N1)毒株可能已经发生了抗原性漂移。     

新型甲型H1N1流感病毒深圳分离株HA基因的克隆与进化

目的 分析2009年新型甲型H1N1流感病毒深圳分离株A/Shenzhen/71/09血凝素(Hemagglufinin,HA)基因序列,探讨其基因变异与分子进化.方法 采用RT-PCR技术扩增A/Shenzhen/71/09 HA基因片段并进行测序,利用Cluster和Mega3.1软件对不同亚型毒株HA基因核苷酸序列进行分析,绘制发育进化树. 结果 A/Shenzhen/71/09毒株HA基因包含HA1和HA2两个片段,长度分别约为1 032bp和669bp,HA蛋白裂解位点为VPSIQSR↓ GLF,不含连续碱性氨基酸.进化分析表明该病毒株与其它亚型病毒株遗传距离较远,而与深圳地区同期分离的其它H1N1毒株高度同源,同源性在99.0％以上.结论 新型甲型H1N1流感病毒HA基因不具备高致病流感病毒序列特征,深圳地区同期分离的毒株变异率低,但仍需密切关注新型甲型流感的传播情况.     

广州市A型流感病毒血凝素基因的遗传变异研究

 【目的】 了解2006-2007年广州地区流感的病原学分布,掌握 H1N1亚型流感病毒血凝素基因(HA)的遗传和进化特征。【方法】 选取2006-2007年广州市19个流感监测点的流感病毒代表株共45株,应用病原学、血清学和分子生物学方法对病毒的型别进行了鉴定;选取24株H1N1亚型流感病毒进行全长HA基因的扩增、克隆与分子进化分析。 【结果】 A型流感病毒H1N1和B型流感病毒交替成为广州地区2006年流感的优势流行株;2006-2007年广州地区H1N1亚型流感病毒流行株在HA蛋白的抗原区、受体结合位点和潜在糖基化位点均发生了点突变;遗传进化分析结果表明,24株H1N1亚型毒株间基因同源性的平均值为98.4%;与WHO推荐的疫苗株(New Caledonia/20/1999和Solomon Islands/3/2006)相比,同源性高达96.6%和97.8%。【结论】 2006年,广州地区流感的病原体为H1N1亚型流感病毒和B型流感病毒;2006-2007年广州市H1N1亚型流感病毒HA基因发生了一定程度的变异, 有必要对毒株的变异加强监测;WHO推荐的2006-2007年H1N1亚型流感病毒疫苗株适用于我国人群的免疫预防。     

2004-2005年宁夏A(H1N1)亚型流感病毒基因特性研究

目的了解宁夏流行的A(H1N1)亚型流感病毒血凝素基因变异情况。方法对分离的A(H1N1)亚型毒株随机选取5株进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因进化特性分析。结果HA1区核苷酸序列和氨基酸序列分析表明,宁夏2004年分离到的A(H1N1)亚型流感病毒株有以下位点发生变异,35 D>N、152 G>R、182 P>S、221 D>G,其中152、221位氨基酸位于抗原决定簇;2005年分离到的A(H1N1)亚型流感病毒株有以下位点发生变异,82 T>K、94 Y>H、119 K>N、145 R>K、165 V>A、208 R>K、251W>R、266 T>N,其中165位氨基酸位于抗原决定簇。结论宁夏2004-2005年分离的A(H lN1)亚型流感毒株基因特性和抗原性已开始发生变异。     

人群甲型流感病毒M2蛋白变异与金刚烷胺耐药性分析

目的 分析河北省人群甲型流感病毒流行株对金刚烷胺的耐药性.方法 分离、复苏2005-2007两个流感流行期甲,亚型流感病毒25株,甲130株.采用酚-氯仿提取病毒RNA,一步法RT-PCR扩增M2基因片断,凝胶成像分析、核酸测序以及DNAStar 6.0生物学软件分析耐药性有关的氨基酸位点.结果 55株病毒扩增50株,47株成功测序.病毒耐药性比例为87.2%(41/47),甲,100%(24/24),甲1 73.9%(17/23).变异主要发生在M2跨膜区第31位氨基酸,丝氨酸被天冬酰胺置换.结论 人群甲型流感对金刚烷胺类药物耐药率较高,应加强耐药性监测,提醒卫生部门应对流感大流行谨慎使用此类药物.     

河北省2002～2004年流行期甲3亚型流行性感冒毒株HA1基因特性分析

目的 了解河北省2002—2004年两个流行期甲，（H3N2）亚型流行性感冒（流感）病毒株血凝素（HA）基因的特性。方法 随机抽取两个流行期分离到的4株甲3亚型流感病毒株，提取病毒核糖核酸（RNA），采用逆转录-聚合酶链反应（RT—PCR）扩增病毒HA1基因纯化产物进行核苷酸序列测定，并用DNASTAR软件进行处理。结果 河北省2002-2004年两个流行期共分离到流感毒株92株，甲3亚型流感毒株76株，乙型毒株16株；新分离毒株与2002—2003年国内外分离到的甲3亚型毒株同源性接近，甲3亚型流感病毒活动增强并成为优势株是由于HA1基因发生突变所造成的。结论 河北省2002-2004年分离到的4株病毒与A／Johannesbur／64／03属于同一种系，属于两个小分支。     

2005年贵州省流行性感冒监测结果分析

目的: 了解2005年贵州省人群中流行性感冒流行的趋势及病毒型别,及时发现新的变异毒株,为流感防治提供科学依据.方法: 选择哨点医院进行流感的流行病学和病原学监测,采用鸡胚和MDCK细胞培养,进行病毒分离,用血凝抑制试验进行型和亚型鉴定,同时开展全省疫情监测.结果: 2005年检测1 054份标本,分离阳性病毒株56株(其中监测点标本24株,疫情标本32株),分离的病毒型别主要是甲1型42株,甲3型7株,乙型6株,有1株未定型.结论: 2005年贵州省流感流行的高峰在3～4月和10～12月,有甲1、甲3及乙型流感病毒,但以甲1型流感病毒较为活跃.     

2008～2009年南宁市季节性H1N1亚型流感病毒血凝素HA1基因变异分析

目的分析南宁市2008～2009年度流行性感冒的病原学监测结果,探讨其季节性H1N1亚型流感病流行情况和HA1基因变异规律及进化趋势。方法根据流感病原学监测和疫情挑选2008～2009年中分离到的季节性H1N1亚型毒株20株(每年10株),提取病毒RNA,采用RT-PCR扩增病毒HA基因后进行核苷酸序列测定,利用VectorNTI 9.0分析处理,并与WHO推荐疫苗株进行比对,用Mage 4.1构建系统进化树。结果 2008～2009年南宁市季节性流感流行主要集中在夏秋季节,H1N1成为2008年度的优势毒株。进化树分析表明,南宁市2008～2009年毒株被分为2个分支(Ⅰ和Ⅱ),A/Solomon/3/2006和A/Brisbane/59/2007分别分布在分支Ⅰ和Ⅱ内。对H1N1HA1氨基酸序列分析表明,20份毒株二硫键和糖基化位点比较保守,受体结合位点(RBS)和抗原决定簇位点相对活跃,其中RBS 188、189、222、224均发生了不同程度的变异。与A/Solomon/3/2006相比,2008年毒株抗原决定簇存在4个氨基酸的替换并且分布在两个抗原决定簇区域,2009年毒株除A/nanning/473/2009外,抗原决定簇区氨基酸变异未达到4个。结论南宁市2009年H1N1流感病毒HA1基因特性与A/Brisbane/59/2007疫苗株接近,2008年毒株与两疫苗株相比变异较大,这可能是导致2008年南宁市H1N1亚型流感病毒流行强度明显增加的原因。     

福州2009-2014年甲型H1N1流感病毒株HA基因进化分析

目的:分析福州地区2009-2014年甲型H1N1流感病毒株的HA基因序列和遗传特征。方法:采集流感样病例的咽拭子标本,用MDCK细胞培养法和Real-time RT-PCR法对6株分别来自2009-2014年的病毒株进行病毒分离、鉴定,HA基因片段通过RT-PCR法进行扩增后克隆到p MD18-T载体上,并测定6株病毒株的HA基因序列。通过生物软件Bio Edit对该分离株和Gen Bank中相关毒株的序列进行基因进化树分析。结果:6株分离株的HA基因推导氨基酸序列与参考株A/California/04/2009相比,2009-2014年HA1区氨基酸发生了突变,主要是位于136、145、188、189、192和193位点。结论:近几年,福州地区H1N1流感的HA基因序列与世界流行的病毒参考株具有高度同源性,并多处氨基酸发生替换而产生抗原性漂移。     

流感大流行期间疫苗免疫方案的传染病模型

目的模拟流感大流行期间疫苗免疫方案控制疫情的效果,对比两种疫苗免疫方案的效果差异,为制订应急方案提供数据参考。方法基于传染病的自然规律,在传统SEIR模型的基础上建立对人群免疫的传染病模型,采用感染率(AR)作为判断指标,对全人群免疫和部分人群免疫(排除康复人群)两种免疫方案进行效果对比。结果对于R0在2左右的流感大流行,感染者均表现临床症状的情况下,随着疫苗延迟时间(TL)和完成时间(DV)的缩短,感染率下降。当控制目标设定为将感染率控制在50%以下时,采用全人群免疫方案的最大TL和DV组合为40和30 d;采用部分人群免疫方案的最大TL和DV组合为两者均为40 d,或两种方案的TL和DV最大组合均为30和80 d。如果不能在短期内开展和完成疫苗计划(TL在30 d内,DV为20 d内),则部分人群免疫方案可以更快地降低感染率。结论为最大程度地减少大流行期间的生命损失,将感染率控制在50%以下,防病重点应为尽早开展和完成疫苗计划,如果TL在30 d以上,则部分人群的免疫方案更有利于疫情的控制。