铁线莲属8种药用植物ITS序列分析

目的 通过测定并比较柱果铁线莲、单叶铁线莲、威灵仙、山木通、毛蕊铁线莲、转子莲、女萎和天台铁线莲的ITS序列,为铁线莲属药用植物的分子鉴定提供依据。方法 利用PCR法从叶片基因组DNA中扩增ITS,借助Clustal X、MEGA、DNASTAR等软件比较和分析ITS的序列特征。结果 铁线莲属8种药用植物ITS1与ITS2之间的长度为534～561 bp,变异位点50个,信息位点22个;天台铁线莲与转子莲的遗传距离最小,与女萎遗传距离最大,亲缘关系最远。序列已提交至NCBI数据库,登录号为JF714638－JF714645。结论 获得铁线莲属8种药用植物的ITS序列,为分子鉴定奠定了基础。     

基于ITS2序列蒙药甘草DNA分子鉴定研究

目的应用DNA条形码技术准确、快速鉴定蒙药材甘草。方法采用试剂盒法提取药材的基因组DNA,PCR扩增其核糖体DNA的内转录间隔区(internal transcribed spacer 2,ITS2)并进行双向测序,应用CodonCode Aligner17.0对测序峰图进行校对拼接,比较ITS2序列的GC含量,采用MEGA 5.0计算种内遗传距离,并得到峰图和二级结构。结果甘草药材的ITS2序列长度为223 bp,种内无变异,平均K2P遗传距离为0,GC含量53%,建立其二级结构和峰图。结论 ITS2基因序列可以鉴定蒙药材甘草,为该蒙药的分子鉴定提供方法。     

石豆兰属植物rDNA ITS序列的克隆与分析

目的 通过测定11种石豆兰属植物的ITS序列,为石豆兰属植物分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。方法 利用PCR法从叶片基因组DNA中克隆ITS序列,并借助生物信息学软件对其进行分析。结果 11种石豆兰属植物的ITS全长为633～645 bp,5.8 S序列长度162 bp,ITS1和ITS2序列变异位点丰富,共168个,其中信息位点95个,序列存在大量的转换、颠换和缺失;5.8 S序列较为保守,仅含6个变异位点和2个信息位点;11种石豆兰属植物的遗传距离为0.002 2～0.212 0,其中齿瓣石豆兰与斑唇石豆兰之间的遗传距离最小,亲缘关系最为接近。序列已上传至NCBI,登录号为JN619409～JN619419。结论 获得了11种石豆兰属植物的rDNA ITS序列,为石豆兰属植物分子鉴定和遗传多样性研究奠定了基础。     

远志及其近缘种的ITS序列分析及鉴定

目的:对远志属3种药用植物进行分子鉴定。方法:利用PCR直接测序法对远志ITS序列进行测定,结合Genbank中远志、卵叶远志和瓜子金的ITS序列,经Clustalx比对后,用软件MEGA3.1计算了Kimura 2-Parameter(K2P)距离,并构建了NJ(邻接)树。结果:远志属3种药用植物ITS1长度为269 bp~271 bp,ITS2长度为216 bp~217 bp,变异位点26个,信息位点1个;瓜子金与其他样品的遗传距离最大,卵叶远志与远志2个Genbank样品遗传距离最小。结论:ITS序列无法区别卵叶远志和远志,但可以作为瓜子金的分子鉴定依据。     

9种柴胡属植物的核糖体ITS序列及其在药材鉴定中的应用

目的 研究9种柴胡属药用植物rDNA ITS序列的差异和规律,寻找可准确鉴定柴胡类药材的分子性状。方法 PCR扩增ITS序列,测序,DNAssist version 2．2软件进行序列比对,并计算同源性。结果 柴胡属植物ITS序列与外类群ITS序列比对同源性均小于75％,序列间两两比对同源性均大于88％,同种植物则大于99％。结论 ITS序列作为柴胡类药材鉴定依据具有一定实用性和可靠性。     

韩茵陈等3种药材基源rDNA内转录间隔区的序列分析鉴定

目的:建立一种简便、实用的亲缘关系相近的茵陈类药材DNA分子鉴定方法;找出中韩两国茵陈药材在遗传学上的差异.方法:采用聚合酶链反应产物直接测序法对3种茵陈(茵陈蒿、韩茵陈和白莲蒿)进行鉴别.从3种茵陈的组织材料中提取DNA,扩增rDNA的内转录间隔区(internal transcribed spacers, ITS)和5.8 s的序列.对扩增产物进行了DNA序列分析.结果:韩茵陈、白莲蒿在PCR产物凝胶电泳图谱上有明显差异,且DNA序列分析结果差异为3.96%,韩茵陈和茵陈蒿在遗传学上存在差异.结论:用rDNA的ITS序列分析法鉴别茵陈类药材,方法简便、准确.     

益母草类中药原植物的核核糖体内转录间隔区序列分析

目的分析益母草属4种植物nrDNAITS序列,探讨其在益母草药材DNA分子鉴别中的作用。方法对4种益母草属植物分别进行ITS序列的PCR扩增和测序,并运用CLUSTRALX和MEGA软件进行分析。结果测得4种植物的ITS序列,包括ITS1、5.8S和ITS2全长序列以及18S、26S部分序列;益母草及其易混淆的3种植物ITS1、ITS2序列的差异性分别为7.2%～18.8%和14.2%～27%。根据ITS序列特征所构建的系统树与传统分类有所不同。结论ITS序列特征可作为益母草种间鉴别的有效分子标记。     

应用等位基因特异聚核酶链式反应鉴别半夏类药材

目的 建立能区分半夏正、伪品的分子鉴定方法.方法 下载GenBank中半夏属、犁头尖属及天南星属相关序列,利用DNAMAN进行比对分析,根据ITS序列中半夏的SNP位点设计引物PtITS178F和PtITS555R,采用等位基因特异PCR进行扩增.结果 对半夏5个产地的新鲜样品、10个产地的药材以及5批虎掌、水半夏样品进行PCR检测.引物PtITS178F和PtITS555R只对半夏类药材扩增395 bp片段,虎掌和水半夏均无扩增条带.结论 等位基因特异PCR能准确检测半夏的SNP位点,达到准确鉴别半夏正伪品的目的,是一种有前途的中药材分子鉴定方法.     

中药辛夷及其近缘种的DNA条形码分子鉴定

目的 应用DNA条形码技术对中药辛夷及其近缘种进行分子鉴定,建立快速、准确、便捷的辛夷药材鉴定方法。方法 提取21份辛夷药材基原植物及其近缘种基因组DNA,扩增ITS、ITS2、psbA-trnH、matK和rbcL基因序列并进行双向测序;运用MEGA7.0软件进行序列比对,基于Kimura-2-Parameter(K2P)模型计算种内、种间的遗传距离以评估Barcoding gap,构建邻接(NJ)系统发育树反应鉴定结果。结果 5个引物序列中,psbA-trnH和matK序列的2个引物能正常扩增目的基因,测序成功率均大于98%,rbcL测序成功率较低,只有38.1%;其中matK具有最多的变异位点,psbA-trnH较matK和rbcL的Barcoding gap明显;NJ系统发育树显示,psbA-trnH+matK组合条形码序列能够准确鉴别9个品种,将辛夷药材及其近缘种很好地区分,并首次将其应用到玉兰嫁接砧木品种的分子鉴定。结论 应用psbA-trnH+matK的序列组合能够实现辛夷药材的准确鉴定,并且可以应用于玉兰嫁接砧木品种的快速鉴别。     

不同种质来源孩儿参的rDNA ITS区序列分析及鉴别

目的 通过分析不同种质来源孩儿参ITS序列,为孩儿参种内鉴别提供DNA分子标记。方法 利用特异性引物进行PCR扩增、克隆和测序,对孩儿参的rDNA ITS区间碱基序列进行测定,比较其差异。结果 参试的9个不同种质来源孩儿参的整个ITS长度变异为623～624 bp;其中ITS1为224 bp,G＋C量为52.91%～54.26%;5.8 SrDNA为155 bp,G＋C量为54.49%～55.13%;ITS2为244～245 bp,G＋C量为55.55%～56.41%。整个ITS区共有17个变异位点（2.72%）,ITS1、ITS2和5.8S的变异位点分别为7、7和3个,不同种质来源孩儿参均有若干个特异性的单核苷酸变异位点;各样品的序列同源性均在99.9%以上;序列间的遗传距离为0.003～0.013。显示了不同产地、不同种质孩儿参的变异是不超过1个种的范围内的变异。结论 可利用ITS区序列差异,鉴别不同种质来源的孩儿参。     

长江中下游地区菱属植物的DNA分子鉴别

目的 对野生菱和栽培菱种rDNA ITS片段进行分析，探讨该片段在两大群体中的系统学及鉴别研究意义。方法 对菱的rDNA ITS区进行了PCR扩增、测序，运用clustal、Mega 2．0等软件对ITs区进行序列分析鉴别。结果 获得rDNAI TS1、ITS2和5．8S rDNA完整序列，10个居群菱的ITS1与ITS2序列的长度分别为234～236 bp和220～221 bp，5．8S区均为164bp，不同居群的碱基差异为0．22％～2．94％。变异位点数为16个，信息位点数6个。用NJ法根据ITS序列数据构建系统发生树。结论 尽管菱属各居群间rDNA ITS的差异百分率较小，其亲缘关系较近，但根据ITS序列的特征可以很好地鉴别野生菱、栽培菱，菱属植物有可能都起源于同一种野生类居群。     

苏皖产大戟属药用植物rDNA的ITS序列分析

目的研究苏皖产大戟属内6种药用植物的ITS长度的变异,为探讨大戟属植物的系统演化关系和大戟属植物鉴定提供DNA分子证据。方法利用PCR技术对大戟属植物的rDNAITS区碱基序列进行测定。结果这6种大戟属植物的ITS1的长度范围为255~262bp,ITS2的长度范围为214~236bp。运用Mega2软件进行的系统分析得到大戟属内6种植物的系统进化树。这一分析结果与来自形态学的研究结果相吻合。结论此法可用于大戟属植物种间及真伪品鉴别。     

DNA条形码序列对9种蒿属药用植物的鉴定

目的 采用DNA条形码序列对9种常见的蒿属药用植物进行鉴定,为常见蒿属药用植物的鉴定提供分子依据。方法 对9种常见蒿属药用植物的4条候选DNA条形码序列（ITS2、rbcL、matK、psbA-trnH）进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增和测序效率,应用BLAST1、Distance方法来评估各序列的鉴定效率。此外,基于MEGA5分析9种常见蒿属药用植物ITS2序列种间K2P遗传距离并构建NJ树。结果 除matK外,其余3条片段的PCR扩增和测序效率均为100%,ITS2序列对9种蒿属药用植物的物种水平鉴定成功率最高,为100%,而psbA-trnH、rbcL、matK、matK＋rbcL的鉴定成功率（BLAST1法）分别为83.3%、66.7%、54.5%、75%。通过ITS2序列的种间K2P遗传距离及NJ树均能将不同物种全部区分。结论 ITS2序列可以作为鉴定蒿属药用植物的潜在条形码。     

湛江南药场引种檀香rDNAITS序列系统发育分析

目的研究广东湛江南药场引种檀香与檀香科内植物rDNA ITS序列系统发育的关系。方法采用改良CTAB法提取檀香总DNA,分别对样品rDNA ITS区进行PCR扩增和测序,通过rDNA ITS序列进行分类鉴定及系统发育分析。结果 11个样品rDNA ITS序列间的遗传距离为0.000%-0.144%,邻接法和最大简约法构建的系统发育树显示国内引种自印度和印度尼西亚的檀香与印度檀香聚为一亚支（支持率为84%和95%）。结论基于rDNA ITS序列的测序分析和构建系统发育树的分子生物学方法,可为檀香药材的种类鉴定提供科学依据。     

毛黄堇和石生黄堇的ITS序列差异分析

目的 从分子水平鉴别濒危药用植物毛黄堇和石生黄堇的差异。方法 分别从毛黄堇和石生黄堇的叶片中提取DNA,以核基因组通用引物为引物进行扩增,扩增产物经纯化后对PCR产物采用直接测序法进行测序。结果 获得ITS及5.8 S rDNA完全序列,分别为毛黄堇561 bp、石生黄堇552 bp;二者的ITS序列差异呈显著性,其中ITS1差异性达16.28%,ITS2差异性达21.21%。结论 ITS序列可有效地鉴别毛黄堇和石生黄堇,并可广泛应用于中药材的鉴别。     

Relationship between DNA Barcoding and Chemical Classification of Salvia Medicinal Herbs

Objective To make the identification of medicinal herbs in Salvia L. quickly and accurately. Methods In this work, DNA barcoding and chemical fingerprint were compared for the identification of herbs in Salvia L. First, the nucleotide sequences of the internal transcribed spacer region two amplified from 48 medicinal plants in Salvia L., and three other groups of medicinal plants in Lamiaceae were sequenced. A molecular phylogeny was constructed using the minimum evolution and maximum parsimony methods according to their sequence diversity. Second, the water-solution bioactive components and lipid soluble components were tested by HPLC. Then a chemical phylogeny was built using HPLC fingerprint data. Comparing the molecular and chemical phylogenetic trees revealed many similarities. Results DNA barcoding was sequencing based and could therefore provide more accurate results within a shorter time especially in large-scale studies. Conclusion The results show that ITS2 region is a novel DNA barcode for the authentication of the species in Salvia L. This is the first work to show the relationship between DNA barcoding and chemical components.     

丹参及鼠尾草属植物的rDNA ITS序列分析

目的研究丹参ITS片段遗传多样性,分析该片段在丹参药材DNA分子鉴别和鼠尾草属植物系统学研究中的意义。方法用一对引物进行PCR扩增,扩增产物纯化后用双脱氧终止法测序。结果获得核糖体DNA中ITS和5.8SrDNA完整序列,13个鼠尾草属植物ITS1与ITS2序列的长度分别为222～224bp、220～223bp。鼠尾草属植物种间ITS1序列差异百分率为0～12.16%,ITS2序列的差异百分率为0.5%～13.51%;丹参种内ITS1序列的差异百分率为0～0.9%,ITS2序列的差异百分率为0～0.5%;鼠尾草属各类群与外类群的差异百分率ITS1序列为16.07%～20.27%,ITS2序列为15.91%～20.27%。用邻接法(NJ)根据ITS1与ITS2序列数据建立系统发生树。结论两段序列在丹参种内保守,在属间有较大的差异,与外类群的差异最大,可作为中药丹参分子鉴定的标记,而鼠尾草属植物的系统发生关系尚须进一步研究。     

应用rDNA ITS测序检测海南岛条件致病性真菌

目的:应用内转录间隔区(ITS)引物建立一种较为敏感、特异检测和鉴定条件致病性真菌的方法,为进一步鉴定不同真菌的种、型的亲缘关系提供分子生物学依据。方法:用常规的真菌检验方法对76份口腔标本做初步鉴定,采用通用引物ITS1、ITS4对可疑真菌菌悬液进行PCR扩增,PCR扩增产物纯化、DNA测序,做序列比对分析。结果:ITS-PCR扩增出种特异的DNA条带,检测菌株76株,DNA测序鉴定出白假丝酵母菌53株(69.7%),其他真菌23株(30.3%)。结论:采用ITS引物测序法,可准确地检测出不同种的条件致病性真菌,并为进一步鉴定菌株的变异性,发现亚种提供基础。     

山东玫瑰花核糖体rDNA ITS序列分析初步探究

[目的]分析不同种质玫瑰花(Rosae Rugosae Flos)核糖体DNA的ITS序列,为其种质资源分子鉴别提供依据。[方法]采用聚合酶链反应(PCR)技术获得ITS基因,进行测序,经CLUSTALX(2.0)软件进行统计分析,计算各样本间的遗传距离。[结果]各样品间遗传距离范围为0.000~0.011,各样本不仅在非编码区的转录间隔区ITS1和ITS2存在多个变异位点,而且在保守的5.8S编码区也存在变异位点。[结论]ITS序列的测定为玫瑰花品种鉴别和种质资源优化提供分子生物学依据。