一种钩藤属植物的分子鉴定

目的:以核糖体转录间隔区(rDNA ITS)序列为分子标记,对1种钩藤属植物归类到种提供分子证据.方法:改良CTAB法提取钩藤植物材料总DNA,通过引物对rDNA ITS区序列进行PCR扩增,经过克隆、测序后,与GenBank中已有的钩藤属植物rDNA ITS区序列进行比对,并应用Clustal X,BioEdit等软件计算分析,用PAUP软件构建系统发育树.结果:测序得到该钩膝植物的rDNA ITS区序列长度为719bp,序列分析结果显示该钩藤植物与Genbank中已有的华钩藤Uncaria sinensis rDNA ITS区序列之间相似性达99.7%,并且在系统发育树中并排聚类成一支.结论:基于rDNA ITS区序列的测序分析和系统发育树构建的分子生物学方法,能够对该钩藤属植物进行准确的分子鉴定,为钩藤属中药材的种类鉴定和种间的分类地位提供分子生物学理论依据.     

贵州中药材钩藤属植物的分子鉴定

目的：对来自贵州钩藤原产地类似钩藤的4个中药植物材料的rDNA ITS序列进行分析，并构建了它们的系统发育树，从遗传本质上对这些材料的分类地位和种类鉴定提供分子证据。方法：对4个中药植物材料的rDNA ITS区进行了PCR扩增、测序，运用ClustalX、BioEdit和PAUP^＊ 4．0 beta 10等软件对ITS区序列进行分析。结果：获得rDNA ITS1、ITS2和5．8S rDNA完整序列，以Mitragyna rubrostipulata（AJ492621）和Mitragyna rubrostipulata（AJ605988）为外群，构建这4个类似钩藤的植物材料的系统发育树。结论：研究材料属于药用钩藤属的重要种类，并且是与Uncaria rhynchophylla具有很近亲缘关系的4个相近种类。     

毛钩藤和无柄果钩藤的ITS序列分析研究

目的以核糖体转录间隔区(rDNA ITS)序列为分子标记,对钩藤属的2种常用中药材毛钩藤Uncariahirsute和无柄果钩藤U.sessilifructus进行遗传分析,阐明钩藤属内不同种间的分子系统发育关系。方法通过改良CTAB法对毛钩藤和无柄果钩藤进行总DNA提取,利用通用引物对rDNA ITS序列进行PCR扩增,RFLP分析和序列测定,用PAUP软件进行系统发育分析,构建最大简约树。结果获得毛钩藤和无柄果钩藤的限制性内切酶(MspⅠHaeⅢ)酶切图谱以及rDNA ITS区的完整序列,其序列长度均为718 bp。结论通过基于rDNAITS序列进行RFLP分析、序列测定和系统发育树构建的分子生物学方法,能够对钩藤属植物进行准确的分子鉴定,为钩藤属中药材的种类鉴定和种间的分类地位提供分子生物学依据。     

基于ITS2序列白头翁属原植物及药材的DNA条形码鉴定研究

目的:利用内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)序列对白头翁属基原植物、药材进行DNA分子鉴定,为白头翁属植物的种类鉴定和遗传多样性研究提供理论依据。方法:提取白头翁属植物的DNA,对其ITS2序列进行逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增与测序,且从Gen Bank下载上述所属植物的ITS2序列。所有序列经DNAMAN软件拼接,采用MEGA 6.0软件比对分析以及计算相关数据,基于K2P模型构建Neighbor-Joining(NJ)系统发育树。从ITS2数据库中下载序列的ITS2二级结构信息,比较各样本间ITS2序列二级结构的差异。结果:从NJ系统发育树分析看出,所有样本被聚为3大支。白头翁属植物自成1支,银莲花属植物为1支,獐耳细辛属植物为1支,白头翁属基原植物、药材的ITS2序列完全一致,并与其他混淆药材及植物明显区分。结论:ITS2序列可对白头翁药材、原植物进行鉴别,且在近缘物种鉴定方面具有较大应用价值,可用于白头翁属植物种类的分子鉴定。     

通过ITS技术对不同来源辽细辛进行鉴别

目的:利用ITS序列对不同来源辽细辛进行DNA分子鉴定。方法:提取辽细辛植物的DNA,对其ITS序列进行逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增与测序,且从GenBank中下载上述所属植物的ITS序列,进行辽细辛的比对。结果:从NJ系统发育树分析看出,两属4个物种的26个样本被聚为3大支。细辛植物自成1支,汉城细辛属1支,马兜铃属植物1支。结论:表明ITS序列可以对细辛原植物进行鉴别,且在近缘物种鉴定方面具有较大应用价值。     

基于ITS2序列的茄科酸浆属植物的DNA分子鉴定

目的:利用内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)序列对茄科酸浆属植物进行分子鉴定。方法:对酸浆属与散血丹属植物样本的ITS2序列进行逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增和测序。为扩大研究范围,从Gen Bank中下载了上述2个属植物样本的ITS2序列。所有序列经Codon Code Aligner V3.0.1软件拼接,DNAMAN软件比对分析,采用MEGA 5.10计算相关数据,基于K2P模型构建邻接聚类树。从ITS2数据库中获得所测样本及下载序列的ITS2二级结构信息,分析各样本间ITS2序列二级结构的差异。结果:从邻接聚类树分析可知,所有样本被聚为两大支。酸浆属植物自成1支,散血丹属植物为1支,且除极个别样本外,2个属的各物种种内样本可各为1支,表现出单系性;且每2支之间的Bootstrap支持率均很高。结论:ITS2序列在近缘物种间的系统学研究、品种的鉴定方面具有较大的应用潜力,适用于酸浆属植物的分子鉴定。     

木瓜属药用植物DNA条形码鉴定研究

目的对木瓜属药用植物进行ITS2、psb A-trn H序列分析,为其分子鉴定提供依据。方法对5种木瓜属药用植物的19个样本ITS2序列进行PCR扩增和测序,用MEGA6.0计算其种间、种内的Kimura 2-parameter(K2P)距离,及各序列变异位点并构建系统发育树,并预测ITS2二级结构。结果 ITS2序列间存在明显差异,psb A-trn H序列间也存在稳定差异;构建的系统发育树显示木瓜属的不同基原样本各聚为一支,能很好将5种植物区分,显示出单系性;比较木瓜属5种植物的ITS2二级结构存在明显差异。结论 ITS和psb A-trn H序列可以有效准确鉴别5种木瓜属植物。     

基于ITS2序列的球兰属植物种间鉴定研究

目的:利用ITS2序列对球兰属植物进行DNA分子鉴定,为其物种鉴定和遗传多样性研究寻求新路径。方法:提取80份球兰样品的DNA,通过PCR扩增ITS2序列并测序,预测其ITS2二级结构。运用MEGA6.0等软件构建邻接(NJ)系统发育树,计算各类别遗传距离。通过叶片形态学特征对其聚类结果进行验证。结果:80份球兰属植物ITS2序列长度约为250 bp,样品CG含量在60.44%～72.88%之间,平均CG含量为68.12%。种内恒定位点数为32,变异位点数为217。NJ系统发育树中80份样品可聚类为11类。序列总体平均遗传距离为0.171,对80份球兰样品的鉴别成功率约为81.25%,结合ITS2序列二级结构可直观地将大部分球兰属植物区分。基于ITS2序列的NJ进化树可阐述球兰属植物的种间关系,聚为一类的球兰属植物叶片颜色和叶形较为相似,也在一定程度上验证了聚类树构建的合理性。结论:ITS2序列可作为解决球兰属植物物种鉴定难题的有效方法。     

基于ITS条形码标记对当归属药用植物的鉴别

目的利用ITS条形码标记技术对当归属药用植物进行鉴别。方法选取该属32个物种158条核糖体内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行分子鉴别分析。所得序列运用MEGA 6.0软件计算种内和种间遗传距离,同时分别构建邻接树(neighbor-joining tree,NJ)、最大似然树(maximum-likelihood tree,ML)和最大简约树(maximum-parsimony tree,MP),分析ITS序列的鉴别能力和当归属药用植物种间的系统发育关系。结果当归属物种间ITS序列最小遗传距离大于种内最大遗传距离,而且系统发育结果显示,每个物种的ITS基因型序列能较好地聚类为对应于该物种本身的分支,且具有中到高度的支持率,说明ITS序列能够将当归属物种区分开。结论 ITS序列可以作为当归属药用植物的DNA分子条形码标记,将在该属物种的分子鉴定方面发挥重要潜力。     

基于ITS序列分析铁皮石斛与近缘类群的亲缘关系

目的:采用分子系统学方法分析铁皮石斛及其近缘种的遗传多样性,为准确进行基源鉴定、阐明属内的种间关系提供分子证据。方法:采集25种40个石斛样品分离提取DNA,PCR扩增ITS区及5.8S rDNA完整序列并测序,用Mega3.1软件进行分子遗传进化分析。采用邻接法和最大简约法分析铁皮石斛亲缘关系构造系统树。结果:对25种石斛类植物的ITS区序列进行分析,两种方法得到的系统树基本一致。ITS序列在石斛种间存在极其显著的差异,铁皮石斛与其它各种石斛均有各自特异性的序列位点。结论:ITS序列作为石斛属植物种间的分子鉴定标记是可行的。     

武当山区重楼属植物基于ITS2的种内鉴别研究

目的对武当山区重楼属植物进行种内分子鉴定研究,以DNA条形码技术解决重楼因种内形态差异小而难以鉴别的问题,规范重楼的正品来源,确保本地药材的质量以及临床用药的有效性。方法对ITS(internal transcribed spacers)序列进行克隆测序,以核基因ITS2片段作为DNA条形码,对研究材料进行PCR(polymerase chain reaction)扩增并双向测序,所得序列经Codon Code Aligner拼接后,用软件MEGA6.0(Molecular Evolutionary Genetics Analysis 6.0)进行相关数据分析,并构建NJ邻接树(neighbor-joining tree),利用Keller等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2的二级结构。结果经BLAST鉴定,采集的武当山区重楼样本来源准确;武当山区重楼属植物ITS2序列长度均为232 bp,与七叶一枝花的基因序列相比,球药隔重楼有16个变异位点,华重楼只有1个变异位点;武当山区重楼的ITS2序列种内K2P(Kimura-2-parameter)距离为0~0.073 6,种内平均K2P距离为0.027 2;由所构建的系统聚类树可以看出,本地区重楼主要分为七叶一枝花和球药隔重楼2大类,华重楼为七叶一枝花的变种,宽叶重楼、狭叶重楼与七叶一枝花为一支,不支持宽叶重楼、狭叶重楼成为独立的变种;比较ITS2二级结构发现,武当山区重楼属植物螺旋区的茎环数目、大小、位置有明显差异。结论 DNA条形码为重楼属药用植物鉴别开辟一条新途径,不论是相似性搜索法、最近距离法还是NJ系统发育树等方法,其分析结果均充分表明,ITS2序列可将不同品种重楼药材很好地区分开;七叶一枝花、狭叶重楼、宽叶重楼的ITS2基因232个碱基序列完全相同,MEGA 6.0的分析结果也表明宽叶重楼、狭叶重楼与七叶一枝花属于一支,不支持宽叶重楼、狭叶重楼成为独立的变种,建议作为七叶一枝花的变型处理;ITS2作为DNA条形码序列能够有效地区别重楼属植物,在中药材的鉴定中具有重要的应用前景,在实现规范化种植规程中可用于种质种源的正确鉴定。     

基于4种序列的辽产苍术属植物DNA条形码鉴定

目的：采用4种序列对辽宁产苍术属植物进行鉴定,进而选择适合苍术属植物DNA条形码鉴定的序列。方法：使用试剂盒提取辽宁产4种苍术属植物关苍术Atractylodes japonica Koidz.ex Kitam、朝鲜苍术A.coreana （Nakai） Kitam、茅苍术A.lancea （Thunb.） DC.、北苍术A.chinensis （Bunge） Koidz.共43份样品的总DNA,进行聚合酶链式反应（PCR）扩增及产物测序;使用DNAMAN 8.0软件对测得的双向序列进行拼接;使用MEGA 6.0软件进行序列比对;使用邻接法构建系统聚类树。结果：仅内转录间隔区2（ITS2）序列将4种苍术属植物各分为一支,聚类效果较好,psbA-trnH、matK、rbcL聚类混乱,物种分离度低。结论：ITS2序列可作为苍术属植物DNA条形码鉴定的有效序列片段,苍术野生品和栽培品、叶裂与叶不裂均聚在一起,ITS2序列片段不能区分。     

棘豆属蒙药材的DNA条形码鉴定研究

目的:利用ITS2序列对棘豆属蒙药材进行分子鉴定。方法:对棘豆属正品药材硬毛棘豆Oxytropis fetissovii Bge.、多叶棘豆Oxytropis myriophylla(Pall.)DC.样品和伪品大花棘豆Oxytropis grandiflora(Pall.)DC.样品的ITS2序列进行了PCR扩增和测序。为扩大研究范围,又从Gen Bank中下载了棘豆属与黄芪属植物样本的ITS2序列。经ITS2 Database网站处理截取ITS2序列,并采用MEGA 5.10计算相关数据,基于K2P模型构建聚类树(NJ树)。并从ITS2网站上获得样本及下载序列的ITS2二级结构信息,分析各样本间ITS2序列二级结构的差异。结果:棘豆属药材的ITS2序列较短,序列长度为216~218 bp,有利于DNA的提取、PCR扩增和测序。多叶棘豆Oxytropis myriophylla(Pall.)DC.、硬毛棘豆Oxytropis fetissovii Bge.与大花棘豆Oxytropis grandiflora(Pall.)DC.的种内遗传距离大于种间遗传距离。在NJ树模型中,棘豆属正品药材与非正品样品可以区分开;与黄芪Astragalus membranaceus(Fisch.)Bge.比较也可以区分开。结论:以ITS2序列为标准的DNA条形码能够有效的鉴定棘豆属药材。     

基于“形态+分子”方法对疑似灵芝属样品的基原探究

目的:为疑似"灵芝"属样品基原探究提供性状和分子鉴定证据。方法:在基于传统形态特征初步鉴定基础上,对疑似灵芝属两样品ZZ和SS的rDNA-ITS区序列进行PCR扩增,经克隆测序后,与GenBank数据库中序列进行BlastN比对,样品及最相似物种ITS序列对齐后使用MEGA 6.0软件构建系统发育树。结果:测序得到样品ZZ和SS的rDNA-ITS区序列分别为752、753个碱基,与已发表极硬红皮孔菌(Pyrrhoderma adamantinum)rDNAITS区序列相似度达99.0%,并在系统发育树中与极硬红皮孔菌聚为一支,而与紫芝、树舌灵芝遗传距离较远。结合样品ZZ和SS的子实体形态和扫描电镜观察鉴定结果判断其为极硬红皮孔菌。结论:基于rDNA-ITS区序列分析和系统发育树构建药用真菌分子鉴定方法,为疑似样品基原鉴定提供理论依据和技术支持。     

中药葛根及其近缘种的rDNA-ITS序列分析

 目的探讨中药葛根及其近缘种的分类地位及系统发育关系，同时为葛根的指纹图谱鉴别提供分子标记。方法测定并分析葛属3种植物的内转录间隔区(ITS)序列及5.8S-rRNA基因序列。结果测得该属3种植物的片段包括ITS1，5.8S和ITS2全长序列以及18S，26S部分序列。野葛与粉葛的ITS1，ITS2的差异性分别在2.10%和2.09%以内,而山葛与野葛、粉葛在ITS1，ITS2的差异性则分别达到8.14%和12.82%以上。根据ITS序列特征构建的系统树，不同产地的野葛首先聚类，然后与粉葛聚在一起，山葛最后聚类。结论根据分子性状特征，粉葛作为野葛的变种，山葛独立成种较为合理。ITS序列特征是中药葛根鉴别的有效分子标记。     

基于ITS序列的中国药用石斛及其混伪品的分子鉴定

目的:通过测定17种药用石斛的rDNA ITS全序列,构建分子系统树,在分子水平对待检种进行鉴别,为石斛的分子鉴定提供依据.方法:采用改良的CTAB法提取石斛叶片DNA,PCR扩增rDNA ITS区全序列,产物回收纯化后直接测序,运用Bioedit,MEGA 4.0等软件分析石斛属植物的rDNA ITS序列的特征.结果:建立了17种药用石斛rDNA ITS区碱基全序列数据库,其中,ITSl的长度为228～234 bp,GC量为45.7%～53.0%,变异位点167个,占总位点67.34%,信息位点106个,占总位点42.74%;ITS2长度为241～247 bp,GC量为44.8%～55.7%,变异位点165个,占总位点66.27%,信息位点115个,占总位点46.18%.属间的遗传距离为0.295,石斛种间的平均遗传距离为0.142,种内各居群间的平均遗传距离为0.002.结论:利用17种石斛的全序列数据库及遗传分析软件,通过对待检种rDNA ITS区进行序列测定,可以在分子水平对石斛不同种质进行鉴别,为石斛的分子鉴定提供依据.     

基于DNA条形码的甘草属植物的分子鉴别

目的:评价不同DNA条形码序列对甘草属的鉴定能力。方法:应用5条常用DNA条形码序列ITS、ITS2、psbA-trnH、matK与rbcL对甘草属进行PCR扩增与序列测序,结合在GenBank数据库下载的序列数据,通过分析各序列种内与种间变异与遗传距离,构建系统发育树,并基于相似性搜索算法和最近距离法计算各序列鉴定成功率,以分析比较各序列对甘草属的鉴定效率。结果:matk序列因扩增与测序成功率均较低,没有加入后续的数据分析。各个序列的鉴定成功率由高到低的顺序为psbA-trnH、ITS、ITS2、rbcL。ITS和ITS2序列种间最小变异均大于种内最大变异,且种内变异最小。Barcoding gap检验结果显示,ITS、ITS2的重叠区较小。NJ树结果显示,只有psbA-trnH序列能把甘草属不同物种分开。结论:利用DNA条形码序列可准确鉴别甘草属植物,psbA-trnH和ITS组合序列可作为鉴定甘草属植物的较优序列组合。本研究为甘草属植物的分子鉴别提供科学依据。     

基于ITS2序列多种龙胆属植物及药材的DNA条形码鉴定研究

目的:基于内转录间隔区2(internal transcribed spacer2,ITS2)碱基序列,运用DNA条形码方法对龙胆属多种植物及药材进行鉴别分类研究,为龙胆药材和基原植物的鉴定和遗传多样性研究提供科学的理论依据。方法:利用试剂盒提取法,提取药材及原植物叶片的DNA,对其中特定的ITS2序列进行PCR扩增及测序,并从GenBank下载同科属植物序列,运用Seq Man软件对序列进行拼接去引物处理之后,采用MEGA 6.0软件对数据进行分析比对,计算K2P遗传距离,并建立Neighbor-Joining(NJ)树,结合下载的序列二级结构,进行比对,分析差异。结果:从NJ聚类树可以看出,不同品种的龙胆属植物三花龙胆、深红龙胆、坚龙胆和笔龙胆都各聚为一支,区分明显,龙胆与条叶龙胆聚为一支未能区分开。除去笔龙胆1份样品产生种内变异之外,各同品种样品的ITS2序列均一致相同,并能与外族群品种准确区分开。结论:运用ITS2序列对龙胆药材及基原植物进行鉴别是有效可行且成功率高的一种方法,能对不同品种、近缘品种进行鉴别,有较强的可行性,DNA分子条形码鉴别方法可用于龙胆属不同植物及药材的鉴定分类。     

基于DNA条形码的三种沉香属物种鉴定研究

目的:利用5个DNA条形码(ITS、matK、rbcL、psbA-trnH和trnL-trnF)对3个沉香属物种白木香、马来沉香和Aquilaria crassna Pierre进行分子鉴定,为沉香属药材的种类鉴定和种间分类地位提供分子生物学依据。方法:使用改良CTAB法提取沉香属植物的总DNA,分别对5个条形码序列进行聚合酶链式反应(PCR)扩增与测序。序列经DNAStar软件拼接,MEGA 7.0软件比对分析及计算相关数据,基于K2P模型构建系统发育树。结果:各条形码序列均被成功扩增与测序,其中trnL-trnF由于含有寡核苷酸重复序列而导致测序序列质量低。ITS及matK均能提供较多遗传信息,但在系统发育树中无法准确区分白木香、马来沉香和Aquilaria crassna Pierre这3个物种,而ITS+matK的组合能准确分辨上述物种。结论:ITS+matK组合序列可以用来鉴别沉香属物种,为沉香属药材的种类鉴定和种间分类地位提供分子生物学依据。     

基于ITS2条形码序列的山豆根基原植物及其混伪品的DNA分子鉴定

山豆根是我国常用中药材,对山豆根基原植物及其易混伪品进行DNA分子鉴定研究具有重要意义。本文对5科9属38个物种84份山豆根基原植物及其混伪品样品的ITS2序列进行序列变异分析、K-2p遗传距离比较及NJ系统发育聚类树构建。结果表明所研究山豆根基原植物样品种内ITS2序列无变异,与其同属密切相关物种的ITS2序列变异位点为102个,平均K-2p遗传距离为0.072,与其他混伪品的ITS2序列变异位点为200个,平均K-2p遗传距离为0.594。山豆根基原植物在NJ系统发育聚类树上聚为一支,支持率为98。因此,ITS2作为DNA条形码序列能够有效的区分山豆根基原植物及其混伪品,为山豆根药材及其混伪品的鉴定提供基础。