吉林省2013年麻疹病毒核蛋白基因推导的氨基酸位点变异分析

目的 研究吉林省2013年麻疹病毒核蛋白（Nucleoprotein,NP）氨基酸位点的变异.方法 对吉林省2013年麻疹病例咽拭子标本用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增NP基因片段,将麻疹病毒RT-PCR阳性产物进行测序,分析其NP基因推导的氨基酸序列变异情况.结果 吉林省2013年麻疹病毒均为H1a基因亚型.以吉林省2001年麻疹病毒NP基因推导的氨基酸序列为基准,2013年50份麻疹病毒RT-PCR阳性标本中有部分标本在4个氨基酸位点出现变异;在其中3个出现变异的氨基酸位点422位点（G→S）、457位点（S→G）、497位点（R→K）上,2001-2008年33株麻疹病毒中仅有个别毒株出现该3个位点的变异,而2009年、2010年、2013年在该3个位点发生如上变异的麻疹毒株所占比例分别为100％、76.9％以及32.0％ ～32.6％;在第430位点,仅2013年有44.0％的麻疹病毒阳性标本出现P→S的变异.结论 吉林省2013年麻疹病毒呈现NP的氨基酸位点变异多样化,提示要关注NP的氨基酸变异趋势.     

引起乌鲁木齐成人麻疹暴发的麻疹病毒基因特征分析

目的 分析引起新疆乌鲁木齐市2008年成人麻疹暴发流行的麻疹野病毒的基因特征.方法 用Vero/Slam细胞从成人麻疹暴发患者的标本中分离出麻疹野病毒,应用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）对麻疹野病毒分离株扩增核蛋白N基因羧基末端676个核苷酸片段,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析.以N基因羧基末端450个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸变异分析.结果 共分离到11株麻疹野病毒,这些病毒N基因450个核苷酸之间的差异为0～0.2%,均为H1基因型中的H1a基因亚型.11株麻疹野病毒与H1基因型代表株（Chin9372）的核苷酸和氨基酸差异分别为：2.2%～2.4%之间和4.0%～4.6%之间.结论 引起新疆乌鲁木齐市2008年成人麻疹暴发流行的麻疹野病毒为H1a基因亚型.     

RT-PCR-RFLP用于麻疹病毒疫苗株和H1基因型的分析

目的 建立RT-PCR-RFLP方法 用于天津地区2002-2008年流行的麻疹野病毒基因型研究.方法 采集疑似麻疹患者的尿标本和咽拭子,传代细胞分离病毒.提取病毒液中的RNA,用一步RT-PCR法扩增麻疹病毒核蛋白(nucleoprotein,N)基因C端594个核苷酸片段,扩增产物经Bcn I酶切后琼脂糖凝胶电泳进行限制性片段多态性分析(RFLP),同时与序列分析进行对比验证.根据结果 构建基因系统发生树进行亲缘关系和遗传距离分析.结果 2002-2008年189份标本,分离获得69株麻疹病毒,N基因C端RT-PCR检测全部阳性,RFLP分析H1a是优势流行亚型,占98.55%(68/69),仅1株(1.45%)为H1b基因亚型,分型结果 与序列测定完全一致.系统发生树分析显示H1a亚型毒株分为2个亚枝,变异范围为0.2%～3.8%,存在不同病毒株引起的传播链共循环.结论 基于Bcn I限制性内切酶的RT-PCR-RFLP方法 能够特异性区分A基因型、H1a、H1b基因亚型,具有快速、简便、准确和经济的优点,更适用于国内大规模麻疹病毒的监测.     

福建省2014—2019年麻疹病毒基因型监测情况分析

目的:分析福建省2014—2019年不同基因型麻疹野病毒流行情况,为制定后续麻疹防控策略,完成消除麻疹目标提供参考。方法:收集福建省2014—2019年麻疹发病监测数据及各地市上送的麻疹疑似病例咽拭子样本,采用逆转录-聚合酶链反应扩增麻疹病毒N蛋白羧基端450个核苷酸序列,对扩增产物进行序列鉴定和分析。结果:2014—...     

北京地区TT病毒分离株全基因的克隆及序列测定

目的 克隆和测定北京地区ＴＴ病毒（ＴＴＶ）分离株全基因序列。方法 采用聚合酶链反应（ＰＣＲ）技术从１例临床非甲￣庚型肝炎病人血清中分段扩增ＴＴＶ全基因,获得５个互相重叠的片段,分别长１９９ｂｐ（１－１９９）,１２６７ｂｐ（９０－１３５６,８７８ｂｐ（１３５４－２２３１,１１２９ｂｐ（２１７８－３３０６,４３４ｂｐ（３３０６－３７３９）,用标准的分子生物学方法测定了这５个序列,从而得到全长ＴＴＶ基因     

中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VPl区基因特点分析

目的分析中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VPl区基因特点。方法收集42份甲肝患者急性期血清标本,经核酸提取、逆转录及巢氏PCR,测得结构一非结构蛋白VP3-VPl-2A区序列,进行序列同源性比较并分析其基因特点。结果42株HAV病毒株在VPl-2A连接处核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89．1％～100％和97．3％～100％;在全长结构蛋白VP3-VPl区的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为87．6％～100％和98．8％～100％。VPl-2A连接处序列相同的病毒株在全长结构蛋白VP3．VPl区的核苷酸同源性为98．4％～100％,0～2个氨基酸位点不同。本实验所得序列在中和抗原位点处氨基酸序列均未变异。结论42株病毒株均属于I型,40株是IA亚型,2株IB亚型。本实验所用HAV流行株在结构蛋白VP3．VPl区的核苷酸存在差异但是氨基酸序列高度保守且没有中和抗原位点处的变异。VPl-2A结合处核苷酸序列相同的分离株在全长结构蛋白VP3-VPl区核苷酸序列相同或相近,氨基酸序列保守。     

北京市朝阳区2010-2012年麻疹野毒株分子流行特征分析

目的 了解近三年北京市朝阳区流行的麻疹野病毒分子流行特征,为本地区消除麻疹提供科学依据.方法 采集北京市朝阳区2010-2012年麻疹疑似病例的咽拭子和（或）尿液标本接种vero/SLAM细胞,对分离的麻疹病毒用逆转录及聚合酶链反应扩增麻疹病毒核蛋白（N）基因羧基末端676个核苷酸片段,对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以羧基末端450个核苷酸片段构建基因亲缘关系树,进行遗传距离及核苷酸、氨基酸同源性分析.结果 分离出18株麻疹病毒,均为H1基因型,H1a亚型.这18株野毒株之间核苷酸同源性为98.2％～100.0％（核苷酸差异为0～8bp）,氨基酸变异范围为0～2.7％（氨基酸差异为0～4AA）.与H1a亚型参考毒株Chin9322相比,核苷酸变异范围为0.7％～1.6％（核苷酸差异为3 ～7 bp）.18株野毒株共有7种基因序列,其中2010年5种、2011年1种、2012年3种基因序列.V2基因序列出现在2010和2012年的病例中,V7序列出现在2010和2011年的病例中.其余5种序列只在单一年份的病例中检出.结论 北京近年来流行的本土麻疹病毒为H1a亚型,当年相同基因序列的一组病例提示有麻疹传播链的存在.北京市朝阳区存在基因序列完全相同的麻疹野毒株在2010、2012年循环出现.     

中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VP1区基因特点分析

目的 分析中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VP1区基因特点.方法 收集42份甲肝患者急性期血清标本,经核酸提取、逆转录及巢氏PCR,测得结构-非结构蛋白VP3-VP1-2A区序列,进行序列同源性比较并分析其基因特点.结果 42株HAV病毒株在VP1-2A连接处核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.1%～100%和97.3%～100%;在全长结构蛋白VP3-VP1区的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为87.6%～100%和98.8%～100%.VP1-2A连接处序列相同的病毒株在全长结构蛋白VP3-VP1区的核苷酸同源性为98.4%～100%,0～2个氨基酸位点不同.本实验所得序列在中和抗原位点处氨基酸序列均未变异.结论 42株病毒株均属于I型,40株是IA亚型,2株IB亚型.本实验所用HAV流行株在结构蛋白VP3-VP1区的核苷酸存在差异但是氨基酸序列高度保守且没有中和抗原位点处的变异.VP1-2A结合处核苷酸序列相同的分离株在全长结构蛋白VP3-VP1区核苷酸序列相同或相近,氨基酸序列保守.     

新疆和田2006年甲肝病毒流行株基因分型研究

目的 了解2006年新疆和田甲型肝炎病毒(HAV)流行株基因型特征,为HAV溯源研究打下基础.方法 收集了新疆和田部分甲肝病人血清标本,用HAV结构.非结构区基因VP1-2A引物,经核酸提取,RT-PCR,序列测定,对HAV进行基因分型研究.结果 新疆和田VP1-2A区HAV核苷酸序列变异为0%～3.9%,分为不同基因簇,但都属1A亚型;VP1-2A区氨基酸序列只有0～2个差异.与已发表的2005年新疆伊犁部分甲肝病毒流行株基因有相同序列或同源性较高.结论 和田有多株甲肝病毒存在,本研究流行可能有多个传染源,多个传播链,在人群免疫水平较低时,引起甲肝流行.结果 表明HAV分子流行病学方法在HAV流行株遗传变异及溯源研究中,以及控制HAV流行中具有重要作用.     

中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VP1区基因特点分析

目的 分析中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VP1区基因特点.方法 收集42份甲肝患者急性期血清标本,经核酸提取、逆转录及巢氏PCR,测得结构-非结构蛋白VP3-VP1-2A区序列,进行序列同源性比较并分析其基因特点.结果 42株HAV病毒株在VP1-2A连接处核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.1%～100%和97.3%～100%;在全长结构蛋白VP3-VP1区的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为87.6%～100%和98.8%～100%.VP1-2A连接处序列相同的病毒株在全长结构蛋白VP3-VP1区的核苷酸同源性为98.4%～100%,0～2个氨基酸位点不同.本实验所得序列在中和抗原位点处氨基酸序列均未变异.结论 42株病毒株均属于I型,40株是IA亚型,2株IB亚型.本实验所用HAV流行株在结构蛋白VP3-VP1区的核苷酸存在差异但是氨基酸序列高度保守且没有中和抗原位点处的变异.VP1-2A结合处核苷酸序列相同的分离株在全长结构蛋白VP3-VP1区核苷酸序列相同或相近,氨基酸序列保守.     

狂犬病毒5aG株核蛋白基因的克隆及序列分析

用ＲＴ、ＲＡＣＥ、ＰＣＲ等方法，从中国狂犬疫苗株（５ａＧ）病毒感染的鼠脑组织中扩增病毒核蛋白基因，用双链测序法进行了全基因核酸序列分析。结果表明：该基因开放阅读框架全长１３５３ｂｐ，编码４５０个氨基酸。与其它３株狂犬病毒核蛋白相比，核酸序列同源性为９０％～９６％，氨基酸序列同源性为９５％～９６％。表明核蛋白保守性较好。     

一株新型戊型肝炎病毒的部分克隆及分析

目的　对得自北京地区一例急性散发性戊型肝炎病人病毒 (ChinaT)作基因克隆分析。方法　用逆转录套式聚合酶链反应方法从患者粪便中克隆病毒并做核苷酸序列分析。结果　ChinaT株与 4株典型中国株HEV(ChinaA、ChinaB、ChinaC、ChinaD)、缅甸株、墨西哥株、美国株、非洲的乍得株核苷酸 /氨基酸同源性分别为 78% /92 %、78% /92 %、79% /90 %、78% /94%、76 % /92 %。结论　ChinaT株有较高的基因异质性 ,与其它HEV株有很大的不同 ,是一新型HEV。     

我国2型登革病毒NS1基因的克隆及部分碱基序列的测定

将我国登革２型病毒株ＮＳ１基因的聚合酶链反应（ＰＣＲ）扩增片段直接克隆到Ｔ－载体ＤＮＡ中。用限制性内切酶分析经蓝／白斑筛选和ＰＣＲ鉴定的阳性克隆的ＤＮＡ，证明插入片段与扩增的ＮＳ１片段的大小一致。用双脱氧链末端终止法测序结果表明，ＮＳ１基因扩增片段５’端的部分碱基序列并未发生改变。     

抗登革3型病毒单链抗体的可溶性表达和鉴定

目的为解决鼠源性单克隆抗体用於临床会引起变态反应等负作用问题，试图从基因水平上对登革３型病毒鼠源性单抗进行人源化改造以减少其鼠源性。方法选用对登革病毒４个血清型及部分黄病毒具有中和活性的抗登革３型病毒单克隆抗体３Ｄ３的轻重链可变区基因，通过反转录和聚合酶链反应（ＰＣＲ）扩，扩增后的轻重链可变区ＰＣＲ产物通过连接引物连接成单链抗体基因，然后与噬菌体载体ｐＣＡＮＴＡＢ５Ｅ连接，转化大肠杆菌ＨＢ２１５１，使单链抗体以可溶性的形式表达在上清液中。结果通过免疫荧光和ＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析表明，可溶性表达的单链抗体能与登革３型病毒抗原发生特异性结合，在ＳＤＳ－ＰＡＧＥ中在２８ｋＤ处有一条带和单链抗体的分子量大小一致。结论表达产物与原单抗３Ｄ３一样，具有与登革３型病毒抗原结合的特性。     

SEN病毒ORF2基因序列和抗原性的初步分析

目的对SEN病毒(SENV)开放阅读框(ORF)2基因进行序列测定分析和原核表达,并对表达蛋白进行抗原性分析。方法用聚合酶链反应(PCR)方法扩增SENVORF2基因,对该基因进行序列测定、系统进化分析,双酶切扩增产物与原核表达载体pRSETB构建成重组质粒,诱导表达后进行SDSPAGE和免疫印迹分析。结果该株SENVORF2与北京株(AY072045)核苷酸同源性为97%,氨基酸同源性为59%;与日本株(AB059352)同源性分别为90%和56%。含有SENVORF2质粒的菌株表达相对分子质量约为19×103的融合蛋白,免疫印迹证明该融合蛋白能与SENVDNA阳性血清发生特异反应。结论表达了158个氨基酸的SENVORF2原核表达蛋白具有一定的抗原活性。     

散发性戊型肝炎病毒部分核苷酸序列分析

目的为阐明戊型肝炎病毒（ＨＥＶ）毒株的地理分布、流行特征以及研制血清学诊断试剂和基因工程疫苗提供资料。方法选择１例浙江仙居山区散发性ＨＥ患者，从其血清中分离ＨＥＶＲＮＡ，通过逆转录－套式聚合酶链反应法（ＲＴ－ｎＰＣＲ），扩增该散发性ＨＥＶ（Ｚ－３３株）ＯＲＦ２区部分ｃＤＮＡ片段（４９７ｂｐ），然后进行直接序列分析，并与ＨＥＶ各主要代表株序列作比较。结果Ｚ－３３株与新疆流行株ＣＨ１．１的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为９６．７％及９８．２％；与缅甸流行株的同源性分别为９４．２％及９９．１％；与缅甸散发株的同源性分别为９５．２％及９９．１％，与墨西哥株的同源性分别为８１．８％及９４．５％。结论浙江仙居散发性ＨＥＶＺ－３３株和新疆流行株ＣＨ１．１一样，与ＨＥＶ缅甸株可能为同一亚型。     

丙型肝炎病毒三种不同分型方法的比较

分别应用聚合酶链反应（ＰＣＲ）产物酶切分型法（酶切法）、型特异引物分型ＰＣＲ法及血清丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）型特异性抗体酶联免疫测定法（ＥＩＡ），对１２０例抗－ＨＣＶ阳性患者血清进行ＨＣＶ分型检测，比较其分型结果。结果显示酶切法与ＰＣＲ法均成功地对９６例（８０％）进行分型，其中Ⅱ型８６例（８９．６％），Ⅲ型８例（８．３％），Ⅱ／Ⅲ型混合感染２例（２．１％），且两种方法的结果完全一致。ＥＩＡ法检测出型特异性抗体７８例（６５％），其中血清１型（相当于基因Ⅰ、Ⅱ型）６８例（８７．２％），血清２型（相当于基因Ⅲ、Ⅳ）６例（７．７％），血清１、２型双阳性者４例（５．１％）。对三种方法均阳性的６６例的分型结果进行比较，ＥＩＡ法与酶切法和ＰＣＲ法的符合率达９７．０％。表明三种分型方法的结果高度一致。     

PCR结合单酶切对戊型肝炎病毒进行基因分型的研究

目的　建立PCR结合单酶切对戊型肝炎病毒(HEV)进行基因分型的方法,并将其应用于HEV基因型分布的研究。方法　采用简并引物扩增1～4型HEVORF1片段,1、2型HEVPCR产物为2 75、2 6 9bp ,3、4型PCR产物为317、314bp ,分别应用NaeⅠ、NotⅠ消化两种长度的PCR产物,根据酶切结果区分4种基因型。结果　采用此方法对4种基因型的HEV标准株分型,结果与预期一致;4 3份HEVIgM阳性的临床标本中,19份PCR阳性,分型结果均为4型HEV。结论　此方法可以快速简便地区分HEV 4种基因型。南京地区散发戊型肝炎大多由4型HEV所致。