TT病毒的检测及部分核苷酸序列比较

目的 为阐明ＴＴ病毒（ＴＴＶ）流行病学特征和基因级异质性以及血清学诊断试剂的研制提供资料。方法 从健康查体者的血清中提取ＤＮＡ，设计一套引物，采用套式聚合酶链反应（ｎｅｓｔｅｌ－ＰＣＲ）检测ＴＴＶ，对其中７例阳性标本进行了克隆测序，并与２株ＴＴＶ的核苷酸序列作了比较。结果 １１１例正常人中ＴＴＶ的感染率为１２．６％。７株中国株ＴＴＶ间的核苷酸同源性为９０．６％～９５．４％，与日本株ＴＸ０１１（Ｏ）     

7株TT病毒部分核苷酸及氨基酸序列分析

目的 了解TT病毒（Transfusion transmitted virus,TTV）在我国的流行情况,研究我国TTV株序列特点。方法 采用半巢式聚合酶链反应（PCR）扩增TTVDNA,PCR阳性扩增产物直接测序。结果 我国7例TTVDNA株部分序列与日本株相比,核苷酸及氨基酸同源性分别为64．7％－98．4％及62．7％－96．4％;7株间的核苷酸及氨基酸同源性分别为63．5％－98．4％及60．2％－96．4％,分别属于两种型及其中一型中的两种亚型。结论 我国存在TTV并可能存在多种TTV基因型。     

散发性戊型肝炎病毒部分核苷酸序列分析

目的为阐明戊型肝炎病毒（ＨＥＶ）毒株的地理分布、流行特征以及研制血清学诊断试剂和基因工程疫苗提供资料。方法选择１例浙江仙居山区散发性ＨＥ患者，从其血清中分离ＨＥＶＲＮＡ，通过逆转录－套式聚合酶链反应法（ＲＴ－ｎＰＣＲ），扩增该散发性ＨＥＶ（Ｚ－３３株）ＯＲＦ２区部分ｃＤＮＡ片段（４９７ｂｐ），然后进行直接序列分析，并与ＨＥＶ各主要代表株序列作比较。结果Ｚ－３３株与新疆流行株ＣＨ１．１的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为９６．７％及９８．２％；与缅甸流行株的同源性分别为９４．２％及９９．１％；与缅甸散发株的同源性分别为９５．２％及９９．１％，与墨西哥株的同源性分别为８１．８％及９４．５％。结论浙江仙居散发性ＨＥＶＺ－３３株和新疆流行株ＣＨ１．１一样，与ＨＥＶ缅甸株可能为同一亚型。     

丁型肝炎病毒中国湖南株高变区部分序列分析

用耐高温逆转录以及套式聚合酶链反应方法,对HDV中国湖南株基因组高变区1642～417片段(D1),以及保守区681～895片段(D3)进行扩增,用荧光法直接测序,对其进行序列分析。D1片段除去引物外可判读222nt(1662～197),D3片段除去引物还有176nt(701～875)。两段序列分别与美国株、意大利株、日本株以及中国河南株进行了比较。结果显示,中国湖南株高变区1662～197片段(D1)与日本株的同源性仅为44.06％,与意大利株的同源性相对较高,但也仅为72.57％。日本株在该片段的同源性特别低,而中国河南株在该片段的同源性并不特别低。各株之间在该片段的同源性仅为44.06％～72.56％,说明HDV基因组1662～197片段是高变区。中国湖南株D1片段与其它各株的同源性为44.06％～72.57％,且与中国河南株同源性也仅为62.61％,提示中国湖南株可能系一新的亚型。各株之间在701～875片段(D3)的同源性较高,中国湖南株与意大利株更为接近(93.03％),而与中国河南株(91.82％)、美国株(89.54％)和日本株(89.54％)的同源性相对较低。各株之间的同源性比较接近,提示HDV基因组701～875片段是相对保守区。同源性的高低与地理位置分布不一致,其原因有待进一步研究。     

中国上海丁型肝炎病毒部分基因的克隆与序列分析

从我国上海无症状乙型肝炎病毒表面抗原（ＨＢｓＡｇ）携带者混合血清中提取ＲＮＡ，通过逆转录聚合酶链反应获得丁型肝炎病毒（ＨＤＶ）的长约３７０个碱基对的ｃＤＮＡ片段，将其克隆测序并与已知的ＨＤＶ各基因型代表株序列比较，结果表明，它与意大利株的同源性较高（９８．１％），与台湾株（Ｉａ型）及美国－１（Ｉｂ型）的同源性相近（９１．０％，９２．０％），与日本－１株（Ⅱ型）及秘鲁株（Ⅲ型）的同源性为７９．３％（     

用核酸序列分析鉴别甲肝病毒疫苗株与野毒株

目的鉴别在接种甲肝减毒活疫苗（Ｈ２株）后２３天发生的一例甲型肝炎,其病原体是疫苗株还是野毒株。方法用细胞培养、ＩＥＭ等确认病原体,接种普通狨猴检定病毒毒力,测定核苷酸序列分析病毒基因型。结果甲型肝炎的确诊依据有：抗ＩｇＭ（＋）,双份血清ＨＡＶ总抗体效价１６倍增长以及粪便排出ＨＡＶ（郑株）。该粪便悬液攻击普通狨猴后,肝脏呈现持续性组织病理改变,证明郑株是强毒ＨＡＶ。郑株的３个片段共１３７７个核苷酸序列分析表明,与１９８８年上海甲肝流行株合－５２的同源性高达（９８．３０～９９．４０）％,判定为ＩＡ基因亚型,与Ｈ２株疫苗病毒的基因亚型不同。结论该例甲型肝炎是接种甲肝减毒活疫苗中交叉感染野毒株引发的偶合病例,与疫苗接种无关     

中国分离的甲属病毒YN87448毒株非结构区基因的核苷酸序列测定及分析

目的　研究我国首例从发热病人血清中分离的YN87448病毒的分子致病基础。方法　甲属病毒基因序列保守区设计引物,用逆转录聚合酶链反应(RTPCR)方法扩增,再将扩增片段克隆到pGEMT载体。测定YN87448毒株非结构基因序列。结果　YN87448病毒非结构区基因序列为7613个核苷酸(不包括5′端帽子结构),编码非结构蛋白1(nsP1),非结构蛋白2(nsP2),非结构蛋白3(nsP3),非结构蛋白4(nsP4);有一个起始密码子(ATG)位于第60位碱基;含有2个终止密码子(TGA),分别位于基因组nsP3基因和nsP4基因的末端。YN87448病毒非结构区基因与辛德毕斯病毒家族中唯一能致成年小鼠死亡的S.A.AR86株相应基因的核苷酸序列同源性为988%,但YN87448毒株不致成年小鼠死亡。与S.A.AR86株相比,基因结构上有三点明显差异:YN87448毒株在nsP3区位于基因组5256bp5309bp含54个核苷酸的插入;位于基因组5603bp处3个核苷酸(AGT)的缺失;在nsP3和nsP4之间有乳白突变终止密码子(TGA)。此序列已输入GeneBank,序列号为AF103734。结论　YN87448为一株新的辛德毕斯病毒株。     

中国狂犬病毒疫苗株（5aG株）糖蛋白基因的克隆与序列分析

用逆转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）方法从中国狂犬疫苗株（５ａＧ株）病毒感染细胞中扩增得到该株病毒糖蛋白基因，并进行序列测定。结果表明该基因开放阅读框架全长１５７５ｂｐ，编码５０５个氨基酸的成熟糖蛋白及Ｎ－端１９个氨基酸的信号肽，该基因与其他株系相应基因比较，核酸序列同源性为８８％～９１％，氨基酸序列同源性为８７％～９０％，其中膜外区同源性高于膜内区及跨膜区同源性。糖蛋白中重要功能区段嗜乙酰胆碱受体区段、抗原位点３等在个株系间高度保守。     

猪戊肝病毒的克隆和部分序列分析

目的：调查戊型肝炎病毒（HEV）对猪的感染情况。方法：用HEV抗体试剂盒检测猪血清中的抗体；用逆转录聚合酶链方法（RT－PCR）检测猪血清中的HEV RNA，对PCR阳性产物进行克隆测序，并对序列进行分析。结果：10份猪血清中有1份为HEV抗体阳性，2份为HEV RNA阳性，其中1份为抗体和RNA均阳性。序列分析显示，从猪中克隆的2株序列（G6和G8）之间在ORF1（102－387bp）和ORF2（6007－6354bp)区域的核苷酸序列的同源性分别为94％和93％，该2株序列在ORF1区在HEVⅠ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ和Ⅷ型的同源性分别为76％－79％、80％、79％－80％、88％－90％、75％－76％、79％、78％－79％和75％－78％；在ORF2区与Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型的同源性为75％－77％、74％－77％、77％－78％和84％－99％，与ⅣA亚型的同源性为93％－97％。结论：猪感染的HEV的基因序列与人群中散发性戊型肝炎病毒的ⅣA亚型同源性最高。     

用聚合酶链反应—银染单链构象多态性鉴别腮腺炎病毒株

用腮腺炎病毒小疏水蛋白（ＳＨ）基因及其旁侧区的逆转录（ＲＴ）套式聚合酶链反应（Ｎ－ＰＣＲ）产物进行银染单链构象多态性（ＳＳＣＰ）分析，建立了较适的样品变性和聚丙烯酰胺凝胶电泳（ＰＡＧＥ）条件。根据单链电泳模式可将所测６株腮腺炎病毒分为四种ＳＳＣＰ模式，３株兰州野毒株Ｗｌｚ１，Ｗｌｚ２，Ｗｌｚ３呈现一种模式，这３株病毒的ＳＨ基因及其旁侧区ｃＤＮＡ序列之间平均差异仅为０．９６％；两株上海野毒株Ｗｓｈ１和Ｗｓｈ２株的相应序列之间差异为４％，呈现另两种模式。Ｅｎｄｅｒｓ株呈现一种与野毒株差别较大的特殊模式。３株兰州野毒与２株上海野毒相应区域序列之间差异为３．４％～４．５％，故本法可区别ＳＨ基因及其旁侧区ｃＤＮＡ序列之间差异为３．４％的野毒株，且ＳＳＣＰ模式的相近程度与相应区域中核苷酸序列同源性大小一致。此法可用于腮腺炎病毒株分子特性和遣传变异的初步鉴定和分子流行病学研究     

汉滩病毒Z10株G1糖蛋白编码区克隆及序列分析

目的 汉滩病毒浙１０（Ｚ１０）株Ｇ１糖蛋白编码区的克隆、核苷酸序列分析，提供我国应用最为广泛的肾综合征出血热（ＨＦＲＳ）疫苗株序列资料。方法 反转录ＰＣＲ法扩增Ｇ１基因片段，克隆入ｐＧＥＭ－Ｔ载体，双脱氧链终止法测定核苷酸序列。结果 测定１４４９个核苷酸，可编码４８３个氨基酸。与Ｉ型７６／１１８、Ｌｅｅ、Ｈｏｊｏ株比较核苷酸同源性分别为８７％、８６％、８６％，与Ⅱ型Ｒ２２株同源性为６７％。比较氨基     

贵州地区不同人群TTV核酸检测及部分核苷酸序列分析

目的 了解贵州地区TTV感染状况，分析TTV贵州株的基因特点。方法 以公布的TTV第1读码区序列设计两对寡核苷酸引物，用套式聚合酶链反应法(nested—PCR)检测贵州地区不同人群血清中TTV核酸(TTV DNA)，并对3份TTV DNA阳性血清的PcR产物，用直接测序法测定核苷酸序列。结果 62例正常人，37例志愿献血员，50例血液透析患者，107例静脉药瘾者及139例肝病患者血清中TTV DNA阳性率分别为6．45％(4／62)，8．1％(3／37)，26.0％(13／50)，25.23％(27／107)和16.55％(23／139)。在肝病组中，重型肝炎、肝硬化、肝癌患者的TTV DNA阳性率分别为35.71％(5／14)，14．15％(15／106)和15．79(3／19)。测定的282个核苷酸中，3株贵州株的同源性均高于99％，与日本株N22相比，同源性都为98％。结论 贵州存在TTV感染，血透患者中有较高的TTV感染率，TTV可能是重型肝炎的病原因子，3株贵州株可能为同一基因型。     

流行性腮腺炎疫苗株S79全基因序列测定与分析

目的 腮腺炎疫苗株S79工作种子噬斑纯化及全基因组测序,针对国内已经分离出的毒株,从分子生物学角度探讨疫苗保护力相关问题.方法 噬斑纯化S79疫苗株,利用RT-PCR分段扩增S79株两种亚株的全基因并测序,比较S79株与其来源株Jeryl Lynn(JL)核酸序列差异;从GenBank中获得WHO各基因型参考株和中国腮腺炎流行株疏水蛋白(SH)序列,分析病毒株和疫苗株遗传距离,并构建基因亲缘性关系树.结果 S79疫苗株由两种亚株构成,比例为2∶5(major∶minor),获得全基因序列并递交GenBank;与相应的JL株相比,核苷酸序列同源性分别为99.7%和100%.亚株序列中存在散在区段异源重组.S79疫苗株为A基因型,中国的流行株为F基因型,遗传距离为11.2%～20.0%.结论 S79疫苗株由两种亚株构成,两亚株的全基因序列与JL株基本一致,但亚株的比例与国际上应用的其他JL疫苗株存在较大差异.疫苗株与中国流行株不属于同一基因型,遗传距离较远.S79疫苗免疫保护效果的差异可能主要与疫苗株和流行株不属于同一基因型有关.     

南京市部分幼儿TT病毒DNA检测及基因序列分析

目的 了解幼儿人群中TT病毒的流行率及基因判别。方法 设计、合成引物,采用半套式聚合酶链反应（hemi-nested PCR)方法检测幼儿血清标本并进行序列分析。结果 在110份幼儿血清中,TTV DNA总检出率为12．73％。在107名ALT正常,抗HAV－IgM、HBsAg、抗HCV阴性的幼儿血清中,TTV DNA检出率为11．2％（12／107）;从1名ALT升高幼儿血清中检出TTV DNA,从2名HBsSg阳性幼儿血清中检出TTV DNA阳性血清1份。对2株TTV DNA阳性株序列分析结果显示,它们与日本分离株N22、TA278（G1a)、TX011（G1b)、TS003(G2a)、NA004（G2b)和中国株CHN1相应位置核苷酸序列的同源性分别为83．3％／86．0％、84．2％／87．8％、93．7％／98．6％、67．6％／67．1％、64．9％／64．4％、83．8％／88．3％,经系统发育分析它们属于G1b型。结论 幼儿人群中存在TTV感染,TTV流行率为12．73％。TTV感染可能存在血源传播途径外的其他传播途径,并存在健康携带状态。     

庚型肝炎病毒NS5区基因序列测定和分析

目的为了研究哈尔滨市庚型肝炎病毒（ＨＧＶ）非结构（ＮＳ５）区基因结构特征。方法对阳性标本进行了庚型肝炎病毒ＮＳ５区１８６核苷酸的基因扩增、分子克隆和序列分析，并利用基因分析软件处理结果。结果分离出的２株ＨＧＶＮＳ５区基因序列之间同源性为９５２％，而与国外报道的３株ＨＧＶ序列比较同源性在８４４％～９２４％，变异较大。结论提示ＨＧＶ有不同的基因型，这有待于对各区基因序列进行全面检测，综合判断之后才能确定。分离出的阳性株为从１９８４年肝炎患者血中分离，肯定了我市在８０年代就有庚型肝炎病毒感染存在     

应用不依赖序列的单引物扩增技术获得人博卡病毒全基因序列

目的 研究通过不依赖序列的单引物扩增（Sequence independent single primeramplification,SISPA）技术获得腹泻标本中人博卡病毒的全基因序列.方法 筛检仅含有人博卡病毒的标本,经过滤、超速离心富集和核酸酶处理后提取病毒核酸,采用SISPA-PCR技术扩增病毒序列,克隆后测序,经比对分析获得人博卡病毒基因序列,再用DNAstar拼接成全基因序列.结果 获得了人博卡病毒4834bp的序列,仅两端少部分序列未得到.结论 SISPA-PCR技术是一种可直接从样品中获得病毒全基因序列的方法.     

RT-PCR-RFLP用于麻疹病毒疫苗株和H1基因型的分析

目的 建立RT-PCR-RFLP方法 用于天津地区2002-2008年流行的麻疹野病毒基因型研究.方法 采集疑似麻疹患者的尿标本和咽拭子,传代细胞分离病毒.提取病毒液中的RNA,用一步RT-PCR法扩增麻疹病毒核蛋白(nucleoprotein,N)基因C端594个核苷酸片段,扩增产物经Bcn I酶切后琼脂糖凝胶电泳进行限制性片段多态性分析(RFLP),同时与序列分析进行对比验证.根据结果 构建基因系统发生树进行亲缘关系和遗传距离分析.结果 2002-2008年189份标本,分离获得69株麻疹病毒,N基因C端RT-PCR检测全部阳性,RFLP分析H1a是优势流行亚型,占98.55%(68/69),仅1株(1.45%)为H1b基因亚型,分型结果 与序列测定完全一致.系统发生树分析显示H1a亚型毒株分为2个亚枝,变异范围为0.2%～3.8%,存在不同病毒株引起的传播链共循环.结论 基于Bcn I限制性内切酶的RT-PCR-RFLP方法 能够特异性区分A基因型、H1a、H1b基因亚型,具有快速、简便、准确和经济的优点,更适用于国内大规模麻疹病毒的监测.     

一株新型戊型肝炎病毒的部分克隆及分析

目的　对得自北京地区一例急性散发性戊型肝炎病人病毒 (ChinaT)作基因克隆分析。方法　用逆转录套式聚合酶链反应方法从患者粪便中克隆病毒并做核苷酸序列分析。结果　ChinaT株与 4株典型中国株HEV(ChinaA、ChinaB、ChinaC、ChinaD)、缅甸株、墨西哥株、美国株、非洲的乍得株核苷酸 /氨基酸同源性分别为 78% /92 %、78% /92 %、79% /90 %、78% /94%、76 % /92 %。结论　ChinaT株有较高的基因异质性 ,与其它HEV株有很大的不同 ,是一新型HEV。