2006～2008年B型流感病毒泰山分离株血凝素基因序列分析

目的分析泰安市2006~2008年度分离的B型流感病毒HA1基因序列,探究其基因变异特点及种系进化分布,为流感防治提供技术支持。方法采集监测医院流感样病例鼻、咽拭子标本,分离流感病毒并进行型别鉴定,选取部分B型流感病毒株提取病毒RNA,采用逆转录-聚合酶链反应扩增血凝素基因,扩增产物经纯化后进行血凝素基因HAl区核苷酸序列测定并推导编码的氨基酸序列,然后用DNAsTAR MegAlign序列分析软件进行基因种系进化特性分析。结果 2006/2007年度分离的B型流感病毒均为Victroria系;2007/2008年度以Yamagata系为优势株,也有少量Victroria系活动。与B/Shanghai/361/2002/2和B/Tianjin/144/05比较,Yamagata系泰山分离株HA氨基酸替换数为8~10个,所有毒株均在7~9个相同氨基酸位点发生了相同替换;与疫苗推荐株B/Malaysia/2506/2004比较,Vic-troria系泰山分离株氨基酸替换数为2~3个,所有毒株均在HA2个相同氨基酸位点发生了相同替换。结论 Yama-gata系泰山分离株HA1基因特性已发生改变,从基因水平说明当地Yamagata系流行株抗原发生了变异;Victroria系分离株基因特性虽有所改变,但是否已成为有流行病学意义的变异株,尚有待进一步观察。2006/2007年度流感疫苗对当地B型流感应有一定预防作用,2007/2008年度疫苗对B型流感的预防效果欠佳。     

珠海市2007-2008年乙型流感病毒基因特性分析

目的了解珠海市近两年乙型流感病毒的基因变异情况。方法采集珠海市流感样病例样本进行流感病毒的分离和鉴定,并对分离到的乙型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒基因后进行病毒血凝素HA1基因核苷酸序列测定,用Mega、DNA Star、GeneDoc软件对测序结果进行分析处理,并与WHO推荐的疫苗株基因序列进行比对。结果 2007-2008年分离的乙型流感毒株分属于Yamagata系和Victoria系两个谱系,谱系内毒株间距离很近。Yamagata系毒株与B/Brisbane/3/2007的核苷酸同源性极高,在99.4%~99.7%之间;Victoria系乙型流感病毒株与B/Malasia/2506/2004的核苷酸同源性亦很高,在98.6%~99.1%之间。与疫苗株和其它流行株相比,本次分离的两个谱系毒株均未发现核苷酸的丢失和插入,但均增加一个潜在的糖基化位点。结论珠海市人群交替流行着Yamagata系和Victoria系两个抗原性不同的进化系的乙型流感病毒,病毒的基因发生了变异。2007-2008两年WHO推荐的乙型流感疫苗株与我地区当年流行株为不同谱系毒株,预防保护效果不好。     

2012年邯郸市乙型Yamagata系流感病毒HA1基因变异分析

目的研究邯郸市2012年流感监测中分离的Yamagata系乙型流感毒株HA1的抗原性和基因特性,阐明HA1基因的变异与流感流行的关系。方法用MDCK细胞分离培养流感病毒,提取病毒核酸,采用RT-PCR方法特异性扩增病毒HA1基因,进行核苷酸序列测定,用DNAStar中Megalign软件进行分析。结果2012年分离的Yamagata系乙型流感病毒与2008~2009年代表株B/Florida/4/2006相比亲缘关系较远,核苷酸同源性为96.2%~96.8%,氨基酸同源性为96.5%~97.4%,HA1区9个位点氨基酸发生替换,其中6个参与抗原表位构成;与WHO推荐的2012~2013年疫苗株B/Wisconsin/01/2010相比亲缘关系近,核苷酸同源性为98.8%~99.4%,氨基酸同源性为97.4%~98.5%,有5个位点发生氨基酸替换,其中3个参与抗原表位的构成;与国家流感中心提供的标准抗血清的血凝抑制滴度≥1︰640。结论邯郸市2012年分离的Yamagata系乙型流感病毒血凝素蛋白HA1与B/Florida/4/2006相比已形成新的变种,与B/Wisconsin/01/2010相比也发生了新的变异,但尚不能确定是否形成Yamagata系有代表性的新变种。     

2007年深圳市Yamagata系B型流感病毒基因特性的分析

目的分析2007年深圳市Yamagata系B型流感病毒血凝素(HA)基因的特性。方法将2007年深圳市分离到的Yamagata系B型流感毒株进行血凝素HA片段核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,用SIMMONIC软件和Mega软件对其进行分析。结果2007年在深圳市流行的Yamagata系B型流感病毒根据197-199位氨基酸的差异可以划分为A、B、C3个分支。分支C在197位上有糖基化位点的增加,而分支A、B则未在该区域呈现出糖基化位点的特征性结构。此外与今年的国内代表株B/Fujianxinluo/54/06相比,除了40号位点上的氨基酸变异为共同存在外,其余大多数的氨基酸点变异是散发存在的。部分的变异位点处在HA1区的抗原表位,可能会导致病毒的抗原性改变。结论2007年在深圳市流行的Yamagata系B型流感病毒与B/Fujianxinluo/54/06相比基因特性已发生变化,并呈现出多样性的变化趋势。     

两株B型流感病毒的基因组序列分析

目的 了解两株B型流感病毒的基因组序列特征。方法 对两株B型流感病毒进行全基因组序列测定和基因进化特性的分析。结果 成功扩增出两株B型流感病毒的全基因组序列,并且两毒株的基因组均属于Yamagata系类似株Ⅱ系。两株病毒的基因组序列与疫苗株B/Florida/4/2006(Yamagata系)以及Victoria系代表株B/Brisbane/60/2008、B/Malaysia/2506/2004相比,HA基因同源性为89.7%～97.3%,NB基因同源性则为95.4%～98.4%。两株病毒的HA蛋白与WHO推荐的疫苗株B/Florida/4/2006(Yamagata系)相比,存在11处氨基酸突变,其中HA的N131K氨基酸位点突变,可能对抗原性产生影响。NB的S198N氨基酸位点突变可能影响神经氨酸酶抑制剂的灵敏度。结论 两株B型流感病毒的遗传进化状态稳定,但是与同分支中的毒株基因序列部分位点存在差异。     

青海省2011-2012年乙型流感病毒HA1基因特性研究

目的 了解2011-2012年青海省乙型流感病毒HA1基因变异情况。方法 随机选择2011-2012年流感病原监测中分离到的乙型流感毒株,提取病毒RNA,通过RT-PCR法扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,采用DNA Star 5.0 MegAlign和MEGA4.0生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列并进行基因特性分析。结果 12株Victoria系乙流感病毒HA1区域核苷酸序列与2009-2011年WHO推荐疫苗株B/Brisbane/60/2008同源性为88.6%~95.7%,氨基酸替换数在2~5个,所有分离株均在1个相同的氨基酸位点发生了相同的替换,部分分离株在320位减少了一个糖基化位点。5株Yamagata系乙型流感病毒HA1区域核苷酸序列与2011-2012年WHO推荐疫苗株B/Wisconsin/01/2010HA1区相比较同源性为97.7%~99.3%,氨基酸替换数在2-3个,所有分离株均在2个相同的氨基酸位点发生了相同的替换(N116K,D196N),在196位增加了一个糖基化位点。结论 青海省2011-2012年乙型流感病毒HA1基因特性正在逐渐发生变异,但尚未形成抗原漂移,今后在流感监测工作中要加强流感病原学的监测,及时发现新的乙型流感病毒变异株。     

泰安市甲型H3N2流感病毒HA1氨基酸变异特点分析

目的了解2006~2008年泰安市甲型H3N2流感病毒HA1基因变异特征。方法采集本地区流感样病例咽拭子,分离病毒,选择甲型H3N2流感病毒,提取核酸,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增并测序,推导其编码氨基酸序列,进行基因进化特征分析。结果 2006~2008年共检测咽拭子524份,分离出流感病毒119株,分离阳性率为22.71%。119株流感病毒中H3N2亚型65株,H1N1亚型2株,B型Victoria系13株,B型Yamagata系39株。对8株H3N2病毒进行基因进化树分析,在其推导HA1蛋白分子抗原决定簇A上有3个氨基酸位点(R142G、N144D和I140K)发生突变。结论在近2个年度的流行季节中,本地区以H3N2亚型和B型Yamagata系为优势毒株,也有B型Victoria系和甲型H1N1亚型的存在。泰山分离株HA1区发生氨基酸替换的位点较少。WHO推荐A/Wisconsin/67/2005为北半球2006~2008年度的流感疫苗株,泰山分离株与此疫苗株的相似性较高,因此认为该流感疫苗对当年度优势株H3N2流感病毒的预防有一定效果。     

2019年南宁市季节性甲型H3N2流感病毒流行情况及HA和NA遗传特性分析

目的分析南宁市2019年H3N2流感病毒流行情况及血凝素(HA)基因和神经氨酸酶基因(NA)分子特征,及时掌握本地流感病毒流行动态和进化方向,为流感治疗及疫苗株的筛选提供科学依据。方法从全球共享禽流感数据倡议组织(GISAID)数据库获得2019年南宁市H3N2 HA和NA全长核苷酸序列。用MEGA V7.0和Interactive Tree of Life V5 (iTOL V5)软件构建系统发育树,利用NetN Glyc1.0软件预测HA、NA基因糖基化位点,用DNAstar V8.1.3软件对流感病毒的HA和NA同源性、氨基酸变异情况进行分析。结果 14株流感病毒的HA和NA基因在系统发育树上均聚成4个类群,进化分类基本一致。本地毒株HA、NA基因与2019-2020年疫苗毒株A/Kansas/14/2017同源性较低。与A/Kansas/14/2017相比,14个毒株HA基因449位点发生突变,导致糖基化位点的减少,1个毒株在142位点增加一个糖基化位点;NA基因无糖基化位点的变化。相对于A/Kansas/14/2017,南宁毒株HA1区蛋白分子上有6(135、137、144、159、160和190)个的氨基酸发生了替换,且涉及到2～3个抗原决定簇位点;受体结合位点突变主要集中在2个位点;NA基因有1个抗原位点整体发生突变,耐药位点非常保守。结论南宁市2019年H3N2亚型流感病毒在流行过程中相对2019-2020疫苗株发生了一定的变异,其匹配度低于2018-2019及2020-2021年疫苗毒株,尤其是HA的变异可能导致疫苗对本地区人群保护作用降低,导致流感流行。     

2019-2020年山东省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒抗原性及血凝素基因特征分析北大核心CSCD

目的了解山东省2019-2020年分离株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性及血凝素(hemagglutinin, HA)基因变异情况。方法采用单向红细胞凝集抑制试验对2019-2020监测年分离的15株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行抗原性分析;PCR扩增病毒的HA基因并测序,进行进化分析,以及糖基化位点、抗原变异位点、受体结合位点的变异分析。结果 2019-2020年流行株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒均为疫苗株A/Brisbane/02/2018的类似株。HA基因均属于6B.1分支,毒株HA基因核苷酸序列与当季疫苗株A/Brisbane/02/2018的同源性为98.5%~99.0%,与最新疫苗株A/Guangdong-Maonan/SWL1536/2019的核苷酸同源性为99.3%~99.8%。所有毒株与当季疫苗株相比均出现了T185I位点变异。结论 2019-2020监测年度山东省流行的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与WHO推荐的疫苗组分匹配性良好,疫苗株推荐存在滞后性。HA基因与其编码的氨基酸持续变异,因此应加强对病毒变异的监测,为疫苗筛选及流感防控措施的制定提供参考。     

湖北地区季节性H1N1流感病毒HA基因特性分析

目的调查分析湖北地区季节性H1N1流感病毒血凝素(HA)的基因特性。方法收集2000年以来临床样品中分离鉴定的H1N1流感病毒毒株,运用RT-PCR扩增病毒HA基因,对扩增片段进行序列测定和分析。结果 H1N1流感病毒HA基因与同期世界卫生组织推荐的疫苗株相应基因的同源性为95.8%～99.6%,分离株HA基因中潜在的抗原性位点和糖基化位点与2000～2008年的疫苗株基本相同,但与2009年疫苗株有一定差异。HA基因进化分析表明在不同年份分离出的流感毒株呈现出不同的亲缘关系。结论湖北地区2000～2008年分离的季节性H1N1流感毒株与世界卫生组织同期推荐的疫苗毒株的HA核苷酸序列有高度同源性,HA基因重要抗原位点的氨基酸没有改变,但与2009年疫苗株有所不同,序列同源性和进化关系表明历年疫苗株可以给人群提供一定程度的保护。     

青海省2010--2012年H3亚型流感病毒HA1基因特性研究

目的了解2010～2012年青海省H3亚型流感病毒HA1基因变异情况,评价2010～2012wH0推荐流感疫苗株对当地H3亚型流感的预防效果。方法随机选择20J0～2012年流感病原监测中分离到的H3亚型流感毒株,提取病毒RNA,采用RT—PCR法扩增病毒HAl皋㈨,纯化产物进干亍核仟酸序列测定,采用MEGA4．0软件时其核苷酸序列及所推导的氨基酸序列进行基因特性分析。结果与2010～2012年WHO推荐疫苗株A／Perth／16／2009相比,青海省2010年H3亚型分离株有5～6个位点发生氨基酸替换,其中N81D处于抗原决定簇E区;2011年分离株有7个位点发生氨基酸替换,I。157S处于抗原决定簇BI式;2012年分离株有9个位点发生氨基酸替换,K144N和A198S、N278K分别处于抗原决定簇A区和B区,并在第45和144位增加了2个糖基化位点。结论2010～2012年青海省H3亚型流感病毒HA1基因发生不同程度的变异;2010～2012年wH（）疫苗株A／Perth／16／2009对2010和2011年H3亚型流感的预防有效,对2012年H3亚型流感的预防效果不够理想。     

AA/福建/411/02(H3N2)的基因序列分析及个案调查

目的 了解A／福建／411／02（H3N2）病毒抗原性变异与临床症状的意义。方法 用流感病毒血凝抑制实验检测流感血凝素的抗原性，用新鲜病毒细胞培养液提取病毒RNA，进行逆转录-聚合酶链式反应，扩增产物用纯化试剂盒纯化后测序，用Meg Align软件进行序列分析。结果A／福建／411／02（H3N2）与A／福建／151／2000（H3N2）相比较，抗原性发生较大变异，抗原决定簇A、B、D、E上有8个氨基酸，受体结合部有5个氨基酸发生替换。结论 感染新变异较大A（H3N2）流感病毒患者的临床表现更重。     

2019—2020年山东省H3N2流感病毒抗原性及血凝素基因特征分析

目的 了解2019—2020年流感监测年度山东省分离的H3N2亚型流感病毒抗原性及血凝素(hemagglutinin,HA)基因遗传进化规律与氨基酸变异情况。方法 用免疫雪貂后的抗血清进行红细胞凝集抑制试验,对2019年4月至2020年3月山东省分离的40株H3N2亚型流感毒株进行抗原性分析,并对其中19株待检病毒的HA基因进行序列测定及分析。结果 抗原性分析结果显示检测的H3N2亚型流感病毒中仅仅35%(14/40)与疫苗株A/Kansas/14/2017抗原性类似。系统进化树显示,19株H3N2亚型流感病毒分离株血凝素基因在进化树上全部属于3C.2a分支,与处于3C.3a分支的疫苗株A/Kansas/14/2017亲缘关系较远;与疫苗株相比,所有待检毒株A抗原决定簇有3个位点,B抗原决定簇有2个位点发生改变;受体结合位点均发生T135K位和S137F位变异;19株分离株全部发生133位糖基化位点缺失。结论 抗原性分析及HA基因序列分析结果显示,WHO推荐的 2019—2020 年疫苗株保护效果有可能不理想。应继续密切关注 H3N2 亚型流感病毒的流行与基因变异情况,为流感病毒疫苗株推荐及防控提供科学依据。     

2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09 流感病毒基因特性分析

目的 分析海南省A(H1N1) pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性,了解病毒的变异情况,为海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的防控提供依据.方法 选取14株2019-2020年海南省流感监测网络实验室分离到的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行基因序列测定,测序结果用MEGA 10.1.8和DNAST...     

Sequential mutations in hemagglutinins of influenza B virus isolates: definition of antigenic domains.

Comparative analysis of the amino acid sequences of hemagglutinins (HAs) of influenza B/Lee/40, B/Md/59, and B/HK/73 viruses has allowed examination of the molecular basis of antigenic variation in type B viruses. As seen with influenza type A viruses, antigenic drift in influenza B viruses proceeds mostly through the accumulation of amino acid substitutions within the HA1 portion of the HA molecule. However, the rate of variation observed among the influenza B virus HAs appears to be significantly lower than the observed rate of variation among influenza A virus HAs. The overall rate of amino acid change in the HA1s of the influenza B viruses studied is 2% per 10 years, whereas the HA1s of H3 influenza A viruses vary by 9.2% per 10 years. The sequences of the influenza B HAs were also examined in relation to the three-dimensional model for the A/Aichi/2/68 HA. When the primary amino acid sequences are compared, it appears that most of the important structural features of the type A HAs--such as the sialic acid binding site, the disulfide linkages, and the stem structure of the trimer--are conserved in the influenza B virus HAs. Regions are also identified where extensive amino acid substitutions have occurred among the three antigenically distinct influenza B virus HAs. The locations of these areas in the B HA structure correspond to antigenic regions proposed for the A virus HAs. In addition, modulation of antigenic regions in B virus HAs may also occur through amino acid deletions and variation in glycosylation sites.     

2016年福建省B型流感病毒基因特征分析

目的 分析2016年福建省B型流感病毒(Influenza Virus)血凝素(Hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(Neuramidinase,NA)的基因变异。方法 从中国疾病预防控制信息系统采集日期2016.1.1至2016.12.31的福建省流感监测数据。毒株来源2016年福建省流感网络监测流感样病例,提取病毒(犬肾传代细胞或鸡胚培养分离)核酸进行RT-PCR扩增HA和NA基因片段并测序,MEGA5.0分析基因特征。结果 测序51株B型流感病毒HA、NA片段,与疫苗株核苷酸同源性在97.8%~100%。 研究发现2株重配株(BY-NA/BV-NA)、耐药株1株、Victoria系HA片段新增一个糖基化位点(197),酶活性中心和周围的相关位点氨基酸仍保持高度保守。结论 2016年福建省B型流感毒株少数发生变异与疫苗株不匹配。