检测人细小病毒4的TaqMan实时荧光定量PCR方法的建立与评价

目的检测血液和原料血浆中人细小病毒4(Parvovirus 4,Parv4)的污染情况,建立Parv4的TaqMan实时荧光定量PCR检测体系。方法将全基因合成的标准品质粒纯化后制备为阳性标准品,从而构建标准曲线并建立检测体系,然后对该检测体系进行方法学评价。结果成功建立了Parv4的检测体系,其标准曲线的相关系数r=0.9997。方法学评价显示,该检测体系的灵敏度达10copies/μl;重复性好,批内重复和批间重复的变异系数均小于2%;特异性良好,以水貂肠炎病毒(MEV)和猪细小病毒(PPV)的核酸样品为模板进行检测时结果为阴性。结论本研究建立的基于TaqMan探针的Parv4荧光定量PCR检测方法可以很好地定量检测血液、原料血浆及血液制品中的Parv4,对于保障输血安全及血液制品的病毒安全性具有重要意义。     

两种方法检测HBV基因分型比较及基因型检出率与HBV DNA定量的关系

目的分析磁珠法与煮沸法检测乙型肝炎病毒(HBV)基因分型的优势,进一步分析基因型检出率与HBV DNA定量的关系。方法选取2013年10月至2016年7月、2017年1月至2018年1月该院感染病科就诊的1 943例慢性乙型肝炎患者作为研究对象。其中2013年10月至2016年7月采用提取HBV DNA,进一步采用荧光探针聚合酶链反应(PCR)检测乙型肝炎基因分型。2017年1月至2018年1月采用Abbot m2000提取的HBV DNA(磁珠法),进一步采用荧光探针PCR检测乙型肝炎基因分型。比较两种检测方法的结果差异。根据基因分型结果分析基因分型的检出率与HBV DNA定量水平的关系。结果磁珠法提取的HBV基因型检出率显著提高(P0.05),但是磁珠法检测C型检出率降低,B、D型检出率更高(P0.05)。HBV基因型检出率随着HBV DNA水平的升高而升高(P0.05)。结论相对于煮沸法提取的HBV DNA,磁珠法更能够提高乙型肝炎基因分型阳性率,并且能够提高非C型以及低病毒载量的患者检出率,更值得应用于临床。     

嗜肺巴斯德菌TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR快速检测方法的建立及应用研究

目的 建立嗜肺巴斯德菌的TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR快速检测方法.方法 针对嗜肺巴斯德菌16SrRNA基因设计特异性引物和探针,建立嗜肺巴斯德菌TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法,并验证该方法的特异度、敏感度和稳定性.对2008～2011年采集的1 680份样本进行检测.结果 嗜肺巴斯德菌TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法具有高度特异性,对多杀巴斯德菌、产气巴斯德菌、支气管鲍特杆菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌均无交叉反应,检测灵敏度达22拷贝.标准曲线显示备浓度范围内具有良好的线性关系,相关系数为0.999,斜率为-3.488,PCR效率为100％.荧光定量PCR检测1 680份样本,检出137份嗜肺巴斯德菌阳性.该方法可直接从样本中特异性地检出嗜肺巴斯德菌.结论 TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法具有灵敏、特异、稳定的特性,适用于嗜肺巴斯德菌的快速检测.     

双探针实时荧光定量PCR检测对拉米呋啶耐药的乙型肝炎患者HBV变异

目的研究双探针实时荧光定量PCR方法检测对拉米夫定耐药的乙肝患者血清中HBV病毒变异的可行性。方法用双探针MGB实时荧光定量PCR法检测拉米夫定治疗后的乙型肝炎患者血清,确定HBV YMDD变异类型,与测序法进行比对。结果68例标本中本法测出27例YMDD野生株,20例Y IDD变异株,11例YVDD变异株,与直接测序结果一致。另有10例标本测得为混合株,经克隆后测序证实,混合株中存在优势株。直接测序只能检测出优势株。结论双探针MGB实时荧光定量PCR法可以快速、准确地测出HBV DNA混合变异毒株。     

G6PD缺乏症基因诊断方法的建立

目的：建立有效可行的葡萄糖‐6‐磷酸脱氢酶（glucose‐6‐phosphate dehydrogenase ,G6PD）缺乏症基因突变型检测的经济、快速、无污染的实用方法。方法建立多重 Taqman MGB 探针荧光 PCR体系,对6种国内主要基因突变型（1376G＞ T、1388G＞ A、95A＞G、871G＞A、392G＞ T、1024C＞ T ）进行突变检测,同时加入βactin基因作内参对整个PCR体系进行监控。用30份已知基因型样品进行重复性检测实验。对200例未知样本同时用多重 Taqman MGB探针荧光法和DNA直接测序法进行检测验证。结果建立的多重Taqman MGB探针荧光PCR法同时检测6个国内最常见G6PD基因突变位点,可在1小时内出检测结果,批内与批间的重复性均为100％。200例未知基因型样本检出34例突变,Taqman MGB探针荧光 PCR法分型结果与DNA直接测序法检测结果一致,阳性符合率、阴性符合率均为100％。结论建立的多重Taqman MGB探针荧光PCR法,可在1小时内出结果,PCR后无需开管,是一种快速、有效可行的G6PD缺乏症基因诊断方法。     

基于TaqMan探针的幽门螺杆菌实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的探讨基于TaqMan探针的幽门螺杆菌23SrDNA基因片段的实时荧光定量PCR检测的有效方法。方法根据幽门螺杆菌23SrDNA序列设计引物和探针,构建质粒标准品,建立实时荧光定量PCR体系并进行方法学评价,并对2012年5月至10月收集的100份临床样本进行检测同时应用免疫组化及银染方法进行比较分析。结果建立了检测23SrDNA的实时荧光定量PCR方法：107-102copies/ul范围内均有＂S＂型扩增曲线,最低检测浓度为102copies/ul,标准曲线相关系数为1。对临床其它消化道病原体不出现特异性的扩增曲线。对100份样本进行检测,实时荧光定量PCR能检出31份阳性,而免疫组化方法能检出25份阳性,银染方法能检出28份阳性。结论实时荧光定量PCR方法可成功检测幽门螺杆菌,且该方法具有灵敏度和特异性高及重复性好等优点。     

实时荧光定量PCR方法检测乙型肝炎病毒基因型

目的建立一种快速准确的实时荧光PCR方法检测乙型肝炎病毒基因型。用此方法对安徽地区乙肝患者进行检测,了解该地区HBV基因型分布情况。方法首先用实时荧光定量PCR方法对150例安徽地区乙肝患者进行HBVDNA定量检测和分型检测,然后对其中载毒量大于5000IU/mL的113例标本和1例1000IU/mL≤载毒量<5000IU/mL进行测序分型检测,验证所建立方法的准确性,了解安徽地区HBV基因型分布情况。结果150例HBV样本中HBVDNA含量<1000IU/mL30例,分型检测结果均为阴性,对载毒量≥5000IU/mL的样本检出率为97.35%(110/113);对1000IU/mL≤载毒量<5000IU/mL的样本检出率为14.29%(1/7);对全部DNA阳性样本的检出率为92.5%(111/120)。HBV分型检测与HBVDNA测序检测的114例样本中,只要是HBVB基因型、C基因型或B/C混合型,乙型肝炎病毒基因分型检测都能检出来(共111例),其中部分样本经分型检测属于B/C混合基因型,测序结果都是混合基因型中占优势的基因型结果,总体符合率为100%。未能被本法检出的样本共3例,3例样本经测序分型均为D型。120例病毒载毒量≥1000IU/mL乙肝患者中B型病例占51.67%(62/120);C型占29.17%(35/120);B/C混合型占11.67%(14/120)。PCR测序检出为D型3例,占2.5%(3/120)。结论应用TaqMan探针的实时荧光定量PCR方法能快速对我国HBV主要基因型B基因型、C基因型进行检测,结果准确可靠,特异性高。安徽地区的HBV基因型以B型为主,C型次之,亦存在着D型的少数感染病例和B/C的混合感染。     

荧光定量分型PCR法在HBV-DNA检测中的应用

目的：探讨荧光定量分型PCR法在乙型肝炎病毒（HBV）-DNA检测中的作用,为HBV基因的分型提供参考。方法对120份 HBV-DNA阳性样本分别采用荧光定量分型PCR法和直接测序法检测,比较两种方法的检测效果。结果120份样本均被荧光定量分型PCR 法和直接测序法成功分型,荧光定量分型PCR 检出29（24．17％）例混合感染样本,直接测序法检出7（5．83％）例,前者检出率高于后者（χ^2＝15．817,P＝0．000）;两种方法的一致性较好（Kappa 值为81．67％）;检测结果不一致的样本经TA 克隆后,证实与荧光定量分型PCR 法的检测结果一致。结论荧光定量分型PCR 法是一种简便、快速高效的HBV 基因分型法,对基因型混合感染样本的检出率高于直接测序法,且正确率高。     

Taqman MGB双探针方法检测慢性乙型肝炎病毒YMDD变异的研究

目的:探讨Taqman MGB双探针方法检测慢性乙型肝炎病毒YMDD变异的可靠性。方法:采用荧光定量PCR法检测HBV-DNA含量,Taqman MGB双探针方法和测序方法检测其YMDD变异,以测序方法为参考方法,评价Taqman MGB双探针方法的可靠性。结果:246例HBV DNA阳性患者血清标本中,TaqmanMGB双探针方法阳性检出率100%,100例正常对照全部为阴性;YMDD无突变106例,YMDD有突变(YIDD变异 YVDD变异)140例,与核酸测序方法比较,符合率100%。该方法经过敏感度实验,最低检出下限为1×103copies/ml。结论:Taqman MGB双探针方法能便捷、灵敏、特异地检测YMDD基序变异情况,适用于临床检测慢性乙型肝炎患者拉米夫定治疗的YMDD基序变异。     

DD3基因实时荧光定量RT—PCR检测前列腺癌特异性方法的建立

目的 建立DD3基因实时荧光定量PCR检测前列腺癌特异性方法,为前列腺癌的快速诊断提供分子诊断依据.方法 根据Genebank中的 DD3 mRNA全序列,设计DD3基因的特异引物和探针,采用基因重组技术构建用于DD3基因检测的定量标准品;建立DD3基因的实时荧光定量方法.结果 成功构建了用于DD3基因荧光定量PCR检测的标准重组质粒和DD3基因实时荧光定量PCR方法;经稳定性、特异度、重复性和敏感度实验方法学评价,DD3基因实时荧光定量PCR方法的最低检测限为1.64 copy/ml,线性范围为1.64～1.64×1012copy/ml.结论 DD3基因实时荧光定量PCR检测前列腺癌特异性方法的建立,将为前列腺癌特异性诊断及其临床应用奠定方法学基础.     

核酸测序法与荧光PCR法测定HBV基因分型比对试验分析

目的 对核酸测序方法和荧光PCR法用于乙型肝炎病毒（HBV）分型检测的灵敏度、特异度和分型准确性进行比对分析.方法 核酸测序方法作为金标准与荧光PCR法检测结果进行分析,计算乙型肝炎病毒（HBV）分型检测的灵敏度、特异度和分型准确性.结果 200例样本中,金标准检测结果阳性78例;在这78例中,荧光PCR法检测结果阳性78例,荧光PCR法用于乙型肝炎病毒（HBV）检测的灵敏度为100.00%;金标准检测结果阴性122例,荧光PCR法检测结果阴性121例,荧光PCR法用于乙型肝炎病毒（HBV）检测的特异度为99.18%.荧光PCR法用于乙型肝炎病毒（HBV）分型检测的分型准确性为100%.荧光PCR法和金标准方法的分型检测结果,无统计学差异.结论 荧光PCR法具有高灵敏度、高特异度、防污染能力强、自动化程度高、速度快等优点,适合用于传染病监测和临床使用的乙型肝炎病毒（HBV）的分型快速检测.     

一种快速检测HBV基因的荧光定量PCR法的建立

目的：利用二聚体蝎型荧光探针技术,建立一种能用于临床的快捷、敏感、特异、价格低廉的HBV实时荧光定量PCR检测方法。方法：根据HBV基因组保守区域precore／core设计二聚体蝎型荧光探针和引物,构建质粒标准品,优化荧光定量PCR条件,并进行方法学评价。结果：所建方法的检测范围为10^1～10^8 copies／μl,灵敏度达到10copies／μl,低拷贝样品的批内和日间重复性（CV）分别为1．71％和2．57％,高拷贝样品的批内和日间GV,分别为3．00％和3．86％。与商品化TaqMan试剂盒相比,本法阳性检出率较高,且检测时间缩短了45min（约减少1／3）,成本降低50％。结论：成功建立了快速检测HBVDNA的二聚体蝎型荧光定量PCR方法,为研发适合临床应用的HBV基因定量检测试剂盒奠定了基础。     

乙型肝炎病毒DNA定量与血清学标志物的关系

目的探讨乙型肝炎（下称乙肝）病毒（HBV）DNA定量与HBV血清学标志物（HBVM）的关系。方法采用实时荧光定量聚合酶链反应（FQ-PCR）检测225例乙肝感染者血清的HBV DNA含量，并用酶联免疫吸附试验（ELISA）对其血清学标志物进行检测。结果在不同HBV M模式中，HBV DNA与HBV前S1抗原（preS1Ag）总检出率差异无统计学意义。在模式乙肝病毒表面抗原（HBsAg）（＋）、乙肝病毒e抗原（HBeAg）（＋）和抗核心抗原抗体（＋）中血清HBV DNA含量明显高于其他模式。在139例HBV DNA阳性的标本中，HBV DNA与preS1Ag检出率差异无统计学意义（P〉0．05），HBV DNA与HBeAg检出率差异有统计学意义（P〈0．01），同时preS1Ag阳性组HBV DNA定量值显著高于preS1Ag阴性组。结论HBV DNA或preS1Ag与HBV复制密切相关，preS1Ag较HBeAg更能敏感反应HBV复制，联合检测HBV DNA与HBVM在乙肝的诊断治疗中更有重要的临床指导价值。     

Taqman MGB探针分型技术检测HBV YMDD 变异及临床应用研究

摘　要: 目的：建立一种快速准确的HBV YMDD变异检测方法，用于乙肝患者拉米夫定治疗中耐药性突变的监测。方法：采用三种特异性TaqmanMGB探针和一对共同引物，建立了检测HBV YMDD变异的荧光定量PCR方法。分别针对总HBV 、YIDD变异、YVDD变异的三管并行检测，可以确定YMDD变异的类型及其在病毒群中的比例。对YMDD野生株、YIDD变异株、YVDD变异株的病毒质粒经过梯度稀释进行检测验证。以序列直接测定法作为诊断YMDD 变异的金标准，对该方法YMDD变异检测的灵敏度、特异性和诊断符合率作评价。并对112例经拉米夫定治疗的血清HBV DNA持续阳性的乙型肝炎患者检测其YMDD变异情况。结果　该方法在105--108Copies/ml 的YMDD野生株、YIDD变异株、YVDD变异株检测中匀未出现非特异性扩增信号；相同浓度的YMDD、YIDD、YVDD在三种不同探针的反应管中的扩增效率基本一致；病毒野生株与YVDD变异株的实际混合比例与计算比例基本一致；该方法检测YIDD、YVDD的最低检测界限为1000 Copies/ml，能在106Copies/ml病毒群中检出0.1%的变异株的存在。以直接测序方法为金标准，该方法YMDD变异检测的灵敏度100%、特异性96%，诊断符合率97.5%。该方法检测112例经拉米夫定1--3年治疗血清HBV-DNA持续阳性的乙型肝炎患者37 例发生YMDD 变异,阳性率27.2%。结论：该方法能够直接检测HBV YMDD变异的类型及其在病毒群中的比例，具有快速、灵敏、准确、经济实用等优点，适合临床实验室开展拉米夫定耐药性突变的监测。     

闽南地区无偿献血者隐匿性乙型肝炎病毒感染研究

目的研究闽南地区无偿献血者中隐匿性乙型肝炎病毒感染(OBI)情况,探讨现有输血传播乙肝病毒(HBV)的检测方法的有效性。方法依据多种与HBV相关血清学指标的检测情况对献血者标本进行HBV携带风险评价分级,对较高携带风险的标本做单份多区段巢式-PCR检测其HBV DNA,对低携带风险的标本做10份混合的巢式-PCR检测。采用这一方案,对闽南地区19 360例HBsAg阴性的无偿献血者标本做检测分析。结果闽南地区HBsAg阴性献血者中的HBV DNA阳性检出率为0.21%(40/19 360,95%CI:0.15%—0.28%),属于OBI;其中抗-HBc阳性检出率85%(34/40),但阳性预测值仅为3.4%(34/995,95%CI:2.4%—4.7%);HBV NRAg阳性预测值30%(6/20),但灵敏度为15%(6/40)。结论现有筛查体系下无偿献血者中仍存在一定比例的OBI,需要寻求更为有效的检测方法。     

荧光定量聚合酶链反应检测乙型肝炎病毒

目的用荧光定量聚合酶链反应（ＦＱＰＣＲ）方法准确地定量检测血清中乙型肝炎病毒（ＨＢＶ）的数量和免疫指标,以指导临床。方法设计合成了ＨＢＶＦＱＰＣＲ诊断试剂盒,以一种完全闭管式的ＰＣＲ和荧光探针杂交技术相结合所产生的实时检测定量ＰＣＲ方法,检测了５３２份临床血清标本。结果经ＦＱＰＣＲ检测,１５８份ＨＢＶ的ｓ抗原、ｅ抗原、ｃ抗体（ＨＢｓＡｇ、ＨＢｅＡｇ、ＨＢｃＡｂ）都阳性的标本,其血清标本ＨＢＶＤＮＡ也全部阳性,平均ＨＢＶＤＮＡ拷贝数为１．１×１０８／ｍｌ;９８例ＨＢｓＡｇ、ＨＢｅＡｂ、ＨＢｃＡｂ都阳性的标本,其阳性率为７３％（７１例）,平均拷贝数为８．６×１０５／ｍｌ,而常规ＰＣＲ只有３３％的阳性率;６７例ＨＢｓＡｂ、ＨＢｅＡｂ、ＨＢｃＡｂ都阳性标本的平均拷贝数为２．３×１０５／ｍｌ。结论能够避免ＰＣＲ后处理导致的假阳性污染,并实现准确定量。ＦＱＰＣＲ可以检测ＨＢＶ的真实感染和复制情况,对于乙型肝炎的临床诊断,治疗方案的选择和疗效考察有较大的指导意义。     

不同基因型乙型肝炎病毒患者拉米夫定治疗期间YMDD突变株的变化分析

目的研究不同基因型乙型肝炎病毒(HBV)患者拉米夫定治疗期间酪氨酸-蛋氨酸-天冬氨酸-天冬氨酸(YMDD)突变株的变化。方法采用实时荧光聚合酶链反应(PCR)技术和基因测序法分别对115例接受拉米夫定治疗的乙型肝炎患者血清进行乙型肝炎病毒基因(HBV DNA)水平、YMDD突变株及基因型检测。结果拉米夫定治疗时间<12个月、12~24个月及>24个月患者的HBV DNA阳性率分别为75%、35%、16%,YMDD变异率分别为22%、54%、100%。对115例乙型肝炎患者进行HBV基因分型发现,B型占17%,C型占75%,B、C混合型占8%;其中,B型、C型患者中YMDD变异率分别为21%、19.5%,B、C混合型患者中未发现YMDD变异。HBV DNA与HBV的YMDD变异率无明显相关性(P>0.05)。结论拉米夫定治疗期间,HBV的YMDD变异不受病毒基因型的影响。     

Rapid detection of the hepatitis B virus YMDD mutant using TaqMan-minor groove binder probes

BACKGROUND: TaqMan-minor groove binder (MGB) probes were used in a real-time PCR-based assay for the rapid and accurate detection of hepatitis B virus (HBV) YMDD mutants. METHODS: TaqMan-MGB probes were designed to distinguish between wild-type (YMDD) and mutant (YVDD and YIDD) strains of HBV. The detection limit and sensitivity of the assay were determined using a dilution series of a mixture of wild-type and mutant plasmids. Serum samples collected from four patients with chronic mutant HBV infections during lamivudine therapy were analyzed using this method. RESULTS: The detection limit for YVDD and YIDD was 10 and 50 copies, respectively, whereas the sensitivity was 10% within a mixed virus population. In the clinical samples, mutant strains of HBV could be detected at levels <2.6 log copies/ml of HBV DNA. While 15 of the 21 samples tested by this method were positive for the YMDD mutant, direct sequencing and a reverse hybridization line probe assay (INNO-LiPA HBV DR v2) detected the mutant strain in only 11 and 9 samples, respectively. Moreover, the data for 6 samples analyzed by TA cloning were fully consistent with our TaqMan PCR results. CONCLUSIONS: We successfully established a sensitive and accurate assay for the YMDD mutant of HBV. This method may be useful for monitoring patients treated with lamivudine.     

血清HBV标志物、前S2抗原与HBV DNA检测结果的相关性

目的探讨HBV血清标志物、前S2抗原（HBV PreS2-Ag）与HBV DNA的相关性。方法对乙肝患者分别进行五项HBV血清标志物、前S2抗原的检测,同时采用PCR法检测HBVDNA的含量。结果大三阳组前S2抗原（＋）检出率和HBV DNA阳性检出率均高于小三阳组．且与小三阳组比较差异均有统计学意义;前S2抗原（-）组血清HBV DNA检出率为86．90％;前S2抗原（＋）组与血清HBV DNA的差异有统计学意义（P〈0．01）。结论在HBV血清标志物、前S2抗原与HBV DNA检测中联合应用两种方法,可提高检出率．为判断HBV复制和传染性以及指导临床治疗提供更可靠的实验依据。