生物信息学在寄生虫学中的应用

生物信息学是建立在牛物学和信息科学基础上的一门新兴学科,基因组信息学、蛋白质的结构模拟以及药物设计是牛物信息学的三个组成部分.随着基冈绀学的发展,寄生虫病的研究进入分子水半,彤成r分子寄生虫学这一门新兴学科.随着寄生虫的基因和蛋白质数据的激增,生物信息学在寄生虫学研究中的重要性越来越突出了.     

伯氏疟原虫静息巯基氧化酶的生物信息学分析和体外酶活检测

目的克隆、表达伯氏疟原虫静息巯基氧化酶(PbQSOX)基因,纯化重组Pb QSOX蛋白(rPbQSOX),并对其生物信息学特点和酶活性进行分析。方法分别采用BLAST、SMART、ClustalW对P QSOX蛋白的信号肽、蛋白结构域、活性位点、同源性进行分析;通过BLAST和MAGA5构建PbQSOX的系统进化树;应用SWISS-MODEL对PbQSOX蛋白的三级结构进行预测。BALB/c雌性小鼠经腹腔感染伯氏疟原虫(1×10^7/鼠),于感染后第4天提取疟原虫基因组DNA。PCR扩增PbQSOX基因,经测序正确后,将目的片段连接至原核表达载体pET30a(+),构建重组质粒pET30a(+)-PbQSOX。将鉴定正确的重组质粒转化至大肠埃希菌BL21中,经异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导后,取菌液进行十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和蛋白质免疫印迹(Western blotting)分析;应用镍氨三乙酸琼脂糖柱纯化可溶性的rPbQSOX,并以三(2-羧乙基)膦(TCEP)或二硫苏糖醇(DTT)为酶反应底物分析rPbQSOX的酶活性。P QSOX大部分其他物种的同源基因。多序列蛋白比对与蛋白结构域分析结果显示,PbQSOX蛋白含1个信号肽,存在Trx1、ψErv和Erv/ALR结构域,但完全缺失了Trx2结构域。Pb QSOX蛋白含3个关键的CXXC活化基序(C为半胱氨酸Cys,X为任意氨基酸),即CPAC、CRNC和CNYC;采用MAGA5邻接法构建的系统进化树显示,PbQSOX与约氏疟原虫QSOX(PyQSOX)的亲缘关系最近;SWISS-MODEL同源建模法分析结果显示,用已知的布氏锥虫QSOX(TbQSOX)可预测PbQSOX蛋白的三级结构。PCR扩增PbQSOX基因,获得1486 bp目的条带,经测序为PbQSOX基因序列;pET30a(+)-PbQSOX质粒经NdeⅠ、HindⅢ双酶切与测序鉴定正确。SDS-PAGE和Western bloting分析结果显示,rPbQSOX重组蛋白主要以可溶形式表达,相对分子质量约59000。纯化后的rPbQSOX对TCEP的催化活性为0.84±0.18,DTT的催化活性为0.78±0.14(P<0.01)。结论PbQSOX蛋白为单Trx1结构域的伯氏疟原虫静息巯基氧化酶,构建、表达的rPbQSOX蛋白为可溶性蛋白,具有一定的静息巯基氧化酶催化活性。     

转基因技术在疟原虫药物抗性机制研究中的应用

疟疾是世界上危害人类健康最严重的感染性疾病之一.随着抗疟药物的广泛使用,疟原虫抗药性问题日趋严重.开展疟原虫药物抗性机制的研究,有助于开发新的药物以及制定用药策略.采用疟原虫转基因的方法能够从分子水平证实抗性基因与药物敏感的相关性以及基因突变在药物抗性产生中所起的作用.该文综述了疟原虫转基因技术在氯喹和磺胺多辛-乙胺嘧啶药物抗性机制研究中的应用.     

恶性疟原虫基因组结构研究进展

恶性疟原虫基因组结构研究进展较快,本对恶性疟原虫在这方面的进展进行了综述,旨在为我国恶性疟原虫分子生物学的研究提供参考。     

恶性疟原虫基因组结构研究进展

恶性疟原虫基因组结构研究进展较快,本文对恶性疟原虫在这方面的进展进行了综 述,旨在为我国恶性疟原虫分子生物学的研究提供参考。     

Sequencing the genome of Plasmodium falciparum

Advances in microbial genomic sequencing have the potential to revolutionize the control of infectious diseases. Recently, a consortium of researchers and funding agencies from the United States and Great Britain have embarked on a project to sequence the genome from Plasmodium falciparum, the most important cause of human malaria. The Malaria Genome Sequencing Project has reached an important milestone with the completion of the entire DNA sequence and annotation of chromosome 2, a 950 kilobase chromosome of Plasmodium falciparum. This review article will provide an overview of the malaria genome sequencing project, highlight progress in the field of microbial sequencing, and suggest new directions for future malaria research.     

恶性疟原虫对青蒿素类药物抗药性的最新研究进展

恶性疟是一种致死性很高的全球性寄生虫病。由于长期抗疟药的使用,目前恶性疟原虫对主要抗疟药物普遍产生抗药性,青蒿素类药物是在氯喹、奎宁抗药性产生后的主要替代治疗药,也是至今唯一没有出现普遍抗药性的抗疟药。但是,近年不少研究和临床观察发现青蒿素类药物的敏感性正逐渐下降,提示恶性疟原虫对青蒿素及其衍生物的抗药性正在形成。本文就近期青蒿素药抗药性的现状及其机制的研究进展情况进行了综述。     

恶性疟原虫AMA-1基因多态性研究进展

疟原虫裂殖子顶端膜抗原1(AMA-1)在裂殖子晚期破裂前大量合成抗原物质,在裂殖子黏附、入侵红细胞过程中起到重要作用。近期的研究主要通过对其进行分子生物学及免疫学进行的研究,表明AMA-1可作为疟原虫的重要疫苗候选抗原之一。本文介绍恶性疟原虫AMA-1的分子结构、基因多态性的研究进展,着重分析一些有重要功能的区域片段,基因家族的分类以及造成多态性的原因,为进一步对AMA-1基因多态性研究提供参考。     

恶性疟原虫氯喹抗药性基因pfcrt研究进展

自从1959年第1例抗氯喹的恶性疟病人出现以来,恶性疟原虫氯喹抗药性(chloroquineresistance,CQR)已经遍及所有恶性疟流行地区,在东南亚地区CQR引发了更为严重的公共卫生问题,在我国云南、海南等省也有CQR恶性疟的流行。因此,对恶性疟原虫氯喹抗药性的研究已经成为当前疟疾防治研究中的一个重点。随着恶性疟原虫基因组研究的进展,抗药性基因已经成为CQR研究的热点。国外研究     

Thrombopoietin in Plasmodium falciparum malaria

Thrombopoietin (TPO) is the key growth factor for platelet production and is elevated in states of platelet depletion. As thrombocytopenia is a common finding in malaria, we analysed TPO regulation before, during and after antimalarial treatment. Before treatment, TPO serum levels were significantly higher in patients with severe malaria (n = 35) than in patients with uncomplicated malaria (n = 44; P = 0.024), normalizing within 14-21 d of therapy. The rapid normalization of TPO levels and increase in low peripheral platelet counts after treatment indicate that the biosynthesis of TPO and its regulation in malaria patients are normal.