CCR5基因编码区894C缺失突变在中国人群中的发现

目的：调查中国汉族人HIV协同受体CCR5编码区基因突变和SNP特点。方法：PCR扩增CCR5编码区，PCR产物直接进行基因测定。结果：在50例标本中，发现一例CCR5X编码区894C杂合子；采用反向经物进行验证，确定测定结果准确无误，该人缺失引起移码突变，使CCR5C端减少了44个氨基酸，结论：中国汉族人群中存在CCD5 894C，该突变能导致CCR5受体结构和功能改变。     

中国汉族人群中艾滋病相关的CCR2—641和CCR5—C927T等位基？…

目的 调查中国汉族人群中北病相关的ＣＣＲ－２６１少ＣＣＲ５－Ｃ９２７Ｔ等位基因突变频率和我态性特点。方法 用试剂盒提取中国８８９例汉语人外周血单个核细胞的基因组ＤＮＡ,随之进行聚合酶链反应／限制性片段长度多态性（ＰＣＲ／ＲＦＬＰ）技术和ＤＮＡ直接测序法分析,并对有关的数据进行统计学分析。结果 在检测的８８９例个体中,一型ＣＣＲ５－Ｃ９２７Ｔ基因突变检测,结果显示野生型ＣＣＲ５－６４Ｉ等位基因突变频     

中国人HIV—1感染相关的基因CCR5多态性检测和不同方法提取 …

目的 检测中国人基因组中ＨＩＶ－１感染相关的特异性协同受体（ＣＣＲ５）的基因多态性和比较提取人基因组ＤＮＡ方法的优缺点。方法 我们分别用常规法和柱层析法从１２１９名中国人外周血ＰＢＭＣ中提取基因组ＤＮＡ样品,对纯化后的ＤＮＡ样品质量进行定笥和定量分析,并对其基因组ＤＮＡ中ＣＣＲ５基因进行了ＰＣＲ,Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交和直接ＤＮＡ测序等分析。     

中国人HIV-1感染相关的基因CCR5多态性检测和不同方法提取的基因组DNA的比较

目的 检测中国人基因组中HIV-1感染相关的特异性协同受体(CCR5)的基因多态性和比较提取人基因组DNA方法的优缺点。方法 我们分别用常规法和柱层析法从1219名中国人外周血PBMC中提取基因组DNA样品,对纯化后的DNA样品质量进行定性和定量分析;并对其基因组DNA中CCR5基因进行了PCR、Southern杂交和直接DNA测序等分析。结果 在中国人基因组中,检测的CCR5基因多态性是wt/wt 1 210例、wt/△32 3例,未检测到CCR5△32/△32纯合子突变,CCR5等位基因突变率为0.125％。常规法提取的基因组DNA所需的外周静脉血多(5ml);DNA的量较少且不稳定;操作步骤复杂。相反,QIAamp Boold Kit柱层析法提取DNA仅需要外周血200μl,可稳定地获得一定量的DNA,操作简便。结论 首次报道了中国人CCR5等位基因突变率是0.125％,提示我国绝大多数人群对嗜巨细胞HIV-1病毒的遗传易感性较高;同时证实试剂盒法提取的DNA更适合于CCR5基因多态性分析。     

CCR5Δ32基因多态性在辽宁省老年系统性红斑狼疮诊断中的意义

目的探讨辽宁地区老年系统性红斑狼疮(SLE)患者和正常老年人群CCR5基因多态性差异,探索其基因多态性在SLE诊断中的意义。方法收集500例老年SLE患者及500例老年健康人作对照,对其SLE相关指标及CCR5基因多态性检测。结果500例样本以CCR5/CCR5纯合子基因型为主,无CCR5Δ32/CCR5Δ32基因型,CCR5基因频率显著高于CCR5Δ32(P<0.05);CCR5/CCR5Δ32组发病年龄低于CCR5/CCR5组,但无显著差异(P>0.05)。而抗dsDNA抗体阳性率明显高于CCR5/CCR5组(P<0.05)。结论辽宁老年人群中主要以CCR5野生基因型为主,CCR5Δ32突变频率较低。CCR5Δ32突变可以通过提高抗dsDNA抗体的阳性率来影响SLE。     

中国汉族人HIV辅助受体CCR5编码区新SNP位点研究

目的：普查中国汉族人群HIV－1协同受体CCR5编码区的基因多态性位点，为中国的艾滋病防治提供依据。方法：CCR5编码区用2对引物进行PCR扩增，设计测序引物依次测序，样本数为45例，用DNAstar分析测序结果，寻找SNP位点。结果：在编码区共发现6个SNP位点，4个引起氨基酸改变：A184G、G503T、G668A、G999T；一个单碱基缺失，引起移码突变和提前终止。A184G、G503T、G999T，三个中国汉族人所特有的SNP位点为首次发现，等位基因频率分别为1％，39．5％和9．5％；其中G503T分布明显不符合Hardy-Weinberg平衡。G668A和894C缺失曾在中国和日本人群中发现过，但我们的结果与所报道的基因频率不完全一致。结论：中国汉族人CCR5编码区SNP位点有自己的特点，与高加索人和非洲人明显不同，与日本人也不完全一致。我们共找到5个引起氨基酸改变的突变或SNP位点，其中3个为首次发现，这些SNP对于HIV－1感染和艾滋病病程的影响值得进一步研究。     

中国汉族人HIV—1辅助受体等相关基因CCR5、CCR2b、CXCR4和SDF1编码区SNP位点调查

目的：调查中国汉族人群中HIV－1感染相关基因CCR5、CCR2b、CXCR4及SDF1编码区的基因多态性特点，为我国的艾滋病防治提供基础数据。方法：CCR5用2对引物进行PCR扩增，用PCR产物做模板直接测序。CCR2b编码区经PCR扩增后，用测序引物逐段分别测序。CXCR4（cDNA编号AF147204）编码区用2对引物进行PCR扩增，然后测序。SDF1编码区用4对引物进行PCR扩增，然后分别测序。样本总数为45例，测序结果用DNAstar综合分析，寻找和鉴定SNP位点。结果：CCR5基因编码区共发现6个SNP位点，4个引起氨基酸改变，1个单碱基缺失，引起移码突变和翻译提前终止。184A→G、503G→T、668G→A、999→T等位基因频率分别为1．1％、21．1％、8．9％和10．0％。CCR2b编码区共发现8个SNP位点，6个错义突变，即43位G→C、190位G→A、260－位C→A、302位C→A、315位G→C、433位G→A，突变频率分别为：30．0％、27．8％、32．2％、5．6％、10．0％和3．3％。CXCR4编码区共发现7个SNP位点，3个错义突变即38位C→T、90位A→T、712位A→C，1个终止突变：106位G→T，基因突变频率分别为：4．4％、4．4％、10．0％和3．3％。在SDF1编码区发现1个错义SNP位点：192位G→T，突变频率为8．9％；1例单碱基缺失：100位T缺失（100ΔT），引起34位氨基酸移码突变。结论：中国汉族人HIV－1相关基因编码区有自己的多态性特点。4个HIV－1相关基因编码区共工到22个SNP位点，17个为首次报道；2个单碱基缺失均导致移码突变和翻译提前终止，1个已经报道。它们对HIV－1感染和艾滋病病程的影响值得进一步研究。     

1例HIV-1感染者HIV辅助受体CCR5基因的核酸序列分析

目的 研究中国人HIV辅助受体CCR5基因变异的频率和类型,观察CCR5基因变异HIV感染和发病的关系。方法 采集6例河北籍HIV感染者和部分配偶、子女的共14份血液标本,分离外周血淋巴细胞,提取mRNA,用RT-PCR方法对CCR5基因进行扩增分析。对其中1例纯合的CCR5缺失缺陷型感染者的扩增片段进行了克隆和序列测定。结果 在所检测的14份样品中,发现1例纯合的CCR5基因缺失缺陷型。对该片段的序列测定表明,其缺失片段为60个碱基,与国外报道的32个碱基缺失有28个碱基重叠。结论 首次在中国人群中发现了纯合的辅助受体CCR5基因缺失缺陷型,对这种基因变异与HIV感染和发病关系的研究正在进行中。     

k-ras基因在中国结直肠癌患者中的突变状态

目的:评价中国结直肠癌患者中K-ras基因突变状态及其与临床病理参数的关系.方法:收集2008-01/2009-12在中国人民解放军南京军区福州总医院手术切除的临床资料完整的结直肠癌石蜡包埋组织280例,分别应用实时荧光定量PCR和直接测序法检测结直肠癌中K-ras基因外显子2中第12、13编码子上最常见的7种突变类型...     

DNA聚合酶β基因启动子在食管癌组织中的突变分析

目的:研究人食管癌组织、癌旁组织及其远端正常黏膜组织中DNA聚合酶β(DNA polymerase beta,polβ)基因启动子的突变情况.方法:采用聚合酶链反应(PCR)、DNA序列分析技术对25例食管癌患者手术切除的病变标本进行DNA pol β基因启动子序列检测,并利用DNASIS、OMIGA等软件分析测序数据.结果:25例中,食管癌组织、癌旁组织和正常黏膜组织中DNA polβ基因启动子发生突变者分别为8、6、5例,三组问突变率差异无统计学意义.在三组标本中共有35个突变点(癌组织包括18个突变点,癌旁组织包括9个突变点,正常黏膜组织8个突变点),25个点在polβ核心启动子区域,其中,-37位C→A突变出现8次;.-5位G→T突变出现7次;29位T→C突变出现2次;-19位出现C的缺失和插入C突变各1次.结论:DNA polβ基因启动子突变可能与食管癌的发生和发展有关.     

hMLH1和hMSH2基因在胃癌易感人群中的突变

目的:分析中国北方地区胃癌家系人群及胃癌散发患者hMLH1和hMSH2基因的突变.方法:收集胃癌家族史的胃癌患者16例及5个家系健康人114例,无胃癌家族史的胃癌患者56例,正常人群对照100例.采取外周血,用小样本血液DNA提取试剂盒提取DNA.分别扩增hMLH1的外显子3、8、12、13和外显子16以及hMSH2的外显子5和外显子7,热变性后,用毛细管电泳进行单链构象多态性的分析,对可疑样本进行测序.结果:突变出现在hMLH1基因第8、第12和第16外显子,而外显子3和外显子13没有检测到突变,hMSH2基因的外显子5和外显子7也没有检测到突变.在有家族史的胃癌患者的16例外周血标本中,有6例出现突变,突变率37%;无胃癌家族史的56例患者,总计6例出现突变,突变率11%;胃癌家系健康人群的114例样本中,31例出现突变,突变率27%;在100例对照样本中,5例出现突变,突变率5%.第8外显子的突变点位于219位密码子的第一个碱基(ATC→GTC):第12外显子的突变点位于第384位密码子的第二个碱基(GTT→GAT);第16外显子的突变点位于第553位密码子的第二个碱基(AGT→AGG),这三个突变都是碱基置换.但有家族史的胃癌患者和胃癌家系健康成员的突变率明显高于对照组(P=0.001,0.000),无家族史的胃癌患者突变率虽然略高于对照组,但差异不显著(P=0.204).第16外显子的突变是目前尚未见报道的新的突变.结论:胃癌家系人群体细胞存在与遗传性非息肉性结肠癌(hereditary nonpolyposis colorectal cancer,HNPCC)相似的基因突变.     

EB病毒LMP1基因C端区缺失突变与肿瘤发生相关性的Meta分析

目的 探讨Epstein-Barr(EB)病毒LMP1基因C端区缺失突变与肿瘤发生的关系.方法 通过计算机检索Cochrane Library、PubMed、EMBASE、中文期刊全文数据库、维普中文科技期刊数据库、中国知网全文数据库(CNKI)等数据库中发表于1995年1月～2012年5月的与EB病毒LMP1 30 bp缺失相关的文献,根据文献纳入标准提取相关数据.采用Stata 11.0软件进行Meta分析,计数资料采用OR及95％ CI表示,对病例组、对照组LMP1基因C端区30 bp缺失进行分析.各组中研究异质性无统计学意义(P≥0.1)时采用固定效应模式分析,否则采用随机模式分析.结果 纳入针对EB病毒LMP1基因C端区缺失突变的文献共13篇.通过对纳入的文献进行Meta分析发现,LMP1 30 bp缺失与肿瘤发生相关,95％ CI为2.88(1.29 ～6.41),合并统计值Z=2.59,P=0.01.结论 EB病毒LMP1基因C端区的缺失突变与肿瘤发生存在相关性.     

新疆哈萨克族人群CCR5基因多态性的调查及分析

目的研究新疆哈萨克族人群中,艾滋病病毒(HIV)辅助趋化因子受体CCR5△32、CCR5-894C等位基因突变的频率和多态性的特点。方法以143例哈萨克族健康人群为研究对象,应用聚合酶链反应(Polymerasechain reaction,PCR)及脱氧核糖核酸(Deoxyribonucleic acid,DNA)直接测序等方法,检测CCR5和CCR5△32、CCR5-894C突变体。结果 143例个体中,CCR5△32扩增分析和CCR5-894C缺失扩增分析结果,均未发现有等位基因突变,均为野生型CCR5。结论由于例数过少,有必要进一步增加样本量,以确定哈萨克族人群是否对HIV有较高的遗传易感性,为有关部门制定相关政策提供准确的依据。     

法洛四联症患者ZFPM2/FOG2基因编码区突变检测

目的 探讨心脏正常发育相关基因改变导致法洛四联症（TOF）的发生机制.方法 通过聚合酶链反应,并结合DNA测序分析方法检测散发106例TOF患者ZFPM2/FOG2基因编码区的突变或单核苷酸多态性位点.结果 在16例不同的患者ZFPM2/FOG2基因的外显子2、6、8上,分别发现多个位点基因改变,并将新发现的基因改变位点在110名健康人中进行验证,证实其改变位点均为突变位点.结论 ZFPM2/FOG2基因新位点的突变可能通过不同的机制进一步导致转录蛋白的改变,推测是法洛四联症发病的重要遗传基础.     

DDIT4基因在结直肠癌组织中的突变及其临床意义

目的探讨DDIT4基因突变在的临床意义。方法应用PCR-直接测序方法检测23份结直肠癌（CRC）、22份结直肠腺瘤（CRA）和18份正常结直肠粘膜组织中DNA损伤诱导转录子4（DDIT4）基因突变情况。结果 CRC标本中共发现两类杂合性突变,均位于DDIT4基因的第2外显子。其中1例为15密码子TCT→ACT,即丝氨酸变为苏氨酸;3例为68密码子GAA→AAA,即谷氨酸变为赖氨酸。22份CRA和18分正常黏膜中均未检测到这两类突变。DDIT4基因在CRC中的基因突变率显著高于CRA和正常组织,P〈0.05。结论 DDIT4基因突变在诱导CRC细胞凋亡过程中发挥一定作用。     

中国汉族人群中艾滋病相关的CCR2-64I和CCR5-C927T等位基因的多态性分析

目的 调查中国汉族人群中艾滋病相关的CCR2-64I和CCR5-C927T等位基因突变频率和多态性特点。方法 用试剂盒提取中国889例汉族人外周血单个核细胞的基因组DNA,随之进行聚合酶链反应/限制性片段长度多态性(PCR/RFLP)技术和DNA直接测序法分析,并对有关的数据进行统计学分析。结果 在检测的889例个体中,野生型CCR2-64I等位基因纯合子(基因型64V/64V)有570例,杂合子(64V/64I)298例,突变纯合子(64I/64I)21例,所占百分比分别是64.1％、33.5％和2.36％,CCR2-64I等位基因突变频率为0.1913。在889份基因样品中,有93例经过CCR5-C927T基因突变检测,结果显示野生型CCR5-C927T纯合子(基因型C/C)为63例,占67.7％;杂合子(C/T)为26例,占28.0％;突变纯合子基因型(T/T)为4例,占4.3％;CCR5-C927T等位基因频率为0.183。统计分析表明在我国汉族人群中,上述两种等位基因多态性呈Hardy-Weinberg平衡分布。结论 本研究首次阐明了土生土长的中国汉族人群中CCR2-64I和CCR5-C927T等位基因突变频率和多态性特点,这一结果将有助于综合评估中国人群对HIV-1感染的遗传易感性,同时为深入研究HIV-1抗性基因在艾滋病发病机制中的作用奠定了基础。     

KAI1基因在胰腺癌中的突变分析

目的探讨KAI1基因在胰腺癌中的突变情况.方法对17例伴有淋巴结转移的原发性胰腺癌(Ⅲ期),7例无淋巴结转移的原发性胰腺癌(2例Ⅰ期,5例Ⅱ期)和9例正常胰腺组织标本进行KAI1基因突变分析.结果24例胰腺癌标本中,7例证实有KAI1点突变.这种突变出现在886位核苷酸上,导致从A到G的转变,缬氨酸置换异亮氨酸,且有突变的癌标本均属于晚期有转移的胰腺癌(Ⅲ期).结论上述结果提示KAI1基因突变使KAI1 mRNA水平降低可能是胰腺癌转移的主要因素之一.     

CHD5基因在食管癌中的表观遗传学改变

目的:研究食管癌发病过程中染色质解旋酶DNA结合蛋白5(Chromodomain helicase DNA-binding protein5,CHD5)基因表观遗传学改变,探讨CHD5基因甲基化作为食管癌诊断标志物的可行性.方法:用甲基化特异性聚合酶链反应(methylation specific PCR,MSP)检测72例食管癌组织及成对癌旁组织,9例正常食管黏膜组织及4株食管癌细胞系中CHD5基因的甲基化状态,并用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)检测CHD5基因在上述食管癌细胞系的表达.结果:69%(50/72)食管癌组织发生CHD5基因启动子区甲基化,32%(23/72)癌旁组织发生甲基化,差异具有统计学意义(χ2=20.254,P<0.05).9例食管正常组织未发生甲基化,2株食管癌细胞系中由于基因启动子区甲基化导致CHD5基因表达缺失,经5-aza-deoxycytidine处理96h后CHD5重新表达.结论:食管癌中CHD5基因频繁发生甲基化,表观遗传学改变是其基因表达的重要调节机制,CHD5基因甲基化有可能作为食管癌诊断的标志物.     

中国汉族人群醛固酮合成酶基因编码区多态性

目的检测中国汉族人群醛固酮合成酶基因(CYP11B2)编码区单核苷酸多态性及分布情况,寻找该基因的遗传标记。方法采用分片段扩增直接测序的方法检测31例血压正常人,32例原发高血压患者和24例原发醛固酮增多患者〔血浆醛固酮与肾素活性比(ARR)﹥50〕的CYP11B2基因的全部编码区和邻近内含子区,将测序结果与美国国家生物技术中心(NCBI)及国际人类基因组单体型图计划(HAPMAP)中日本人、欧洲人和非洲人的序列比对。同时将测序结果进行连锁不平衡分析和单体型构建。结果①共发现18个多态性位点,有6个核苷酸多态性(SNP)位点在中国以外数据库中未见报道,占33%。有1个有意义突变G5821A,其余的为同义突变或者位于内含子区。②各个多态性位点的基因型和等位基因频率在三组间无明显差异。③通过连锁不平衡分析和单体型构建显示,有9个位点相互之间存在完全或者强连锁不平衡;形成7种主要单体型,约占全部单体型的85.4%。其中1种单体型在三组间分布差异明显。结论①突变位点大多数位于内含子区,或者为同义突变,仅有少数有意义。②中国汉族人群CYP11B2基因编码区多态性位点的分布与频率和其他国家人群相比存在着种族差异。③这些多态性位点和单体型为今后的蛋白质功能研究和大样本人群病例-对照关联研究候选SNPs提供了科学依据。