应用PCR—SSP进行HLA—AB基因分型及与血清学方法的比较

目的 建立HLAⅠ类基因分型技术并应用于骨髓七配型。方法 采用序列特异性聚合酶链反应（PCR－SSP）进行HLA－AB基因分型，并与HLAⅠ类血清学分型（微量淋巴细胞毒试验）进行比较。结果 运用PCR－SSP技术共对22例需骨髓移植的病人和48例供者进行基因分型，2例病人确认了HLA 新缘骨髓供者，其中1 已成功进行了骨髓移植；基因分型和血清分型比较，43例结果完全一致（61.4%），血清分型错误率高达38.6%(27/70)。结论 PCR－SSP分型技术具有准确性高，简便快速等优点，将取代传统的血清学方法。     

6965名汉族骨髓供者HLA多态性分析

目的　分析中国汉族骨髓供者的人类白细胞抗原 (HLA)多态性 ,并寻找和鉴定新的HLA等位基因。方法　采用序列特异性引物聚合酶链反应、DNA测序技术以及分子克隆等以DNA为基础的HLA基因分型技术。结果　共鉴定 6 96 5人份无关汉族骨髓供者的HLA A、B、DRB1座位上的等位基因 ,其中 4 70 7人份为南方汉族个体 ,2 2 5 8人份为北方汉族个体。在受检群体中共检出 72种HLA特异性 ,包括过去很少在汉族人群中被检测到的HLA A2 5、A34、A74、B4 1、B4 2、B5 3、B73、B81等。HLA A、B、DRB1座位上尚未被检测出的空白基因频率分别小于 0 .2 0 % ,0 .2 5 %和 0 .70 %。发现 3个新等位基因 ,已被WHO命名为HLA A 0 2 5 3N ,HLA A 1114和HLA B 5 6 10。结论　在骨髓供者HLA分型中使用以DNA为基础的基因分型技术 ,可以得到精确可靠的基因频率以及发现新的等位基因。一些HLA基因在南北汉族人群中的分布有明显的差异 ,为了能最大限度地募集到带有不同HLA分型的骨髓供者 ,有必要在我国南北多个地区筛选骨髓供者     

一个新的等位基因:HLA-A~*1114克隆和序列分析

目的　识别确认中国人群的HLA新等位基因。方法　使用PCR SSP以及以测序为基础的分型 (SBT)技术 ,在HLA分型常规工作中发现 1个与HLA A 110 2基因相关的新基因 ,以基因克隆及DNA测序 ,分析该基因和A 110 2基因序列的差异。结果　该基因和A 110 2基因序列的差异在于外显子 3区域中 ,5 2 4A >G ,5 2 6G>C以及 5 2 7C >G等 3个碱基的取代 ,使密码子 175由组氨酸变为精氨酸 ,密码子 176由丙氨酸变为精氨酸。结论该基因为HLA新等位基因 ,2 0 0 2年 9月已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA A 1114。用PCR SSP方法 ,在 30 0 0名随机造血干细胞供者中 ,未发现其他带有A 1114基因的个体。     

一个HLA-A抗原三联体家庭的分子遗传学研究

目的　研究江苏省骨髓库供者SZHD1及其 4名家庭成员的HLA A抗原HLA三联体表型的分子遗传学基础。方法　使用标准微量淋巴细胞毒试验和特异性单克隆抗体 ,测定淋巴细胞HLA血清学抗原特异性。使用PCR SSP方法作HLA基因分型 ,并进一步采用分子克隆和DNA序列方法分析测定相应的基因结构。结果　供者SZHD1的淋巴细胞带有HLA A2、A11.2和A2 4等 3个抗原。分子克隆和DNA序列分析表明相应等位基因为HLA A 0 2 0 6、A 110 2和A 2 4 0 2 0 10 1。家系调查表明该供者的 1条单体型为HLA A 2 4 0 2 0 10 1,A 110 2 ;B 38;DRB1 15。同一条单体型带有 2个表达的HLA A等位基因 ,该单体型按孟德尔定律分离 ,稳定地传递了 3代。供者的父亲、哥哥、妹妹、及其孩子也带有该单体型。结论　供者SZHD1及其 4名家庭成员的 1条HLA单体型上 ,带有 2个表达的HLA A等位基因 ,该单体型稳定地遗传 ,表现出HLA遗传多态性的一种新形式。HLA A座位表达 3种抗原的家庭为世界上首次报告。     

采用PCR-SSP方法对威尔士骨髓供者登记处供者做HLA-A、-B、-DR和-DQ定型

为了建立和维持一个骨髓供者登记处,大量的志愿者需要采用DNA技术进行HLA-A、B和DR准确定型,在献血者征募到威尔士骨髓供者登记名册(WBMDR)上时,作者建立和验证了一个低分辨率的PCR-序列特异性引物(SSP)方法对HLA-A、-B、-DRB和-DQB1等位基因定型。用DNA抽提试剂盒从EDTA抗凝的全血中抽提DNA,用于HLA定型的148条PCR引物加入96管PCR-SSP混合物中,在HLA-A、B、DRB3、DRB4和DRB5基因中,10个规定的“对照”混合物分享序列基序。PCR条件,内对照,PCR步骤和HLA-A、B、DRB、DQB1特异性定型与以前报导一样。用一组挑选的DNA参比标本和1798例WBMDR供者验证这个方法,包括用血清学方法进行的HLA-A、B定型。用计算机凝胶成像系统、对偶表型定型方法进行表现型定型和获得数据。用数据库的两次记录程序,记录HLA等位基因和等位基因组菜单,使转录错误减到最少。表现型定型由:等位基因水平的稀有等位基因/特异性和DR/DQ单倍型定型;Hardy-Weinberg平衡试验;纯合子分析以及内部供体的连续检查和/或外部供体的复查来进行质量控制。这个方     

HLA-B血清学纯合型标本的PCR-SSP基因分型

目的 探讨血清学和PCR—SSP 2种方法在HLA-B位点分型的应用价值。方法 对血清学分型HLA—B位点纯合型标本,用PCR—SSP方法进行基因分型。结果 血清学分型为纯合型的75例标本中,PCR—SSP方法基因分型有12例为杂合型。结论 HLA—B的PCR—SSP基因分型结果准确、可靠,而血清学分型方法成本低,快速简便。     

中国北方汉族骨髓供者HLA-B＊15组基因多态性的PCR-SBT分型研究

为了研究中国北方汉族骨髓供者HLA—B＊15等位基因的分布特征，探讨其可能对临床供体选择的影响，从中华骨髓库陕西分库内随机抽取815名已知低分辨分型结果中国北方汉族骨髓供者，采用聚合酶链反应-碱基序列直接测序（PCR—SBT）方法对其中206例HLA—B＊15阳性样本和另外附加17例样本进行HLA—B位点DNA测序分析，并应用同源模建分子模拟技术对所有结果模拟出三维结构，用计算机软件Swiss—PdbViewer比较模拟结构间的差异大小。结果表明：随机抽取的815例样本HIJA—A、B、DRB1基因分布符合Hardy—Weinberg平衡定律，HIJA—B＊15基因频率为0．1379，总共检出16种HIJA—B＊15等位基因，分属7种血清学特异性，以B＊1501、B＊1511、B＊1502和B＊1518为主，频率分别为0．0485、0．0215、0．0178和0．0160，累计频率构成比占全部B＊15的75．11％，其余12种B＊15等位基因频率均〈0．0100。19例HIJA—B＊15，-测序分析表明，其中10例中低分辨水平上的纯合子中仅4例为真正意义上的B＊15xx，-纯合子，且均由各自优势基因构成。三维结构模拟分析发现同一血清型中既存在结构差异微小的等位基因，如B＊1501、1505、1507、1525、1527、1532（RMSD≤0．02nm），也存在差异较大的等位基因，如B＊1502、1511、1521之间以及B＊1503、1546之间（RMSD均为0．29nm），而一些分属不同血清型的等位基因之间结构却近似（RMSD值≤0．02nm）。结论：本研究应用PCR—SBT，首次取得了中国北方汉族样本量最大的高分辨水平HLA—B＊15基因多态性分布特征，这将有助于临床患者寻找合适供者，并为移植免疫及本地区群体遗传学等方面的研究提供了重要依据，且对于临床选择最适供者，像HLA—B＊15这样血清学特异性及基因亚型高度多态性的家族进行准确的高分辨分型是必要的。     

PCR—SBT法HLA基因分型模棱两可结果的判读及解决对策

目的研究PCR—SBT法HLA基因分型结果判读中出现的模棱两可问题并提出解决策略。方法对306名随机抽取的组织配型患者的DNA采用PCR-序列特异性引物（Sequence Specific Primer,SSP）低分辨方法检测,同时采用PCR—SBT法进行HLA—A,B,DRB1高分辨基因分型。PCR—SBT法模棱两可结果用PCR—SSP高分辨方法复核确认。结果所有306例检测标本的高低分辨血清学抗原一致,经PCR—SBT基因测序方法检测有111份模棱两可结果,占36．3％（111／306）。其中HLA—A座位有30对等位基因存在模棱两可结果,占所有检测标本等位基因总数的3．3％;HLA—B座位有66对,占7．2％;HLA—DRB1座位有36对,占3．9％。所有模棱两可标本经PCR—SSP HLA基因高分辨分型试剂PCR—SSP等方法复核确认。结论针对PCR—SBT法进行HLA—A,B,DRB1高分辨基因分型模棱两可结果所建立的解决策略,对于提高HLA数据分型的速度和分型准确性有重要意义。     

采用PCR—SSP方法对威尔士骨髓供者登记处供者做HLA—A,—B,—DR和—DQ定型

为了建立和维持一个骨髓供者登记处,大量的志愿者需要采用DNA技术进行HLA-A,B和DR准确定型,在献血者征募到威尔士骨髓供者登记名册(WBMDR)上时,我们建立和验证了一个低分辨率的PCR-序列特异性引物(SSP)方法对HLA-A,-B,-DRB和-DQB1等位基因定型。用DNA抽提试剂盒从EDTA抗凝的全血中抽提DNA,用于HLA定型的148条PCR引物加入96管PCR-SSP混合物中,在HLA-A,B,DRB3,DRB4和DRB5基因中,10个规定的“对照”混合物分享序列基     

中国汉族人群A_2亚型分子遗传背景的研究

目的　研究中国汉族人群ABO血型系统A2 亚型的分子遗传背景。方法采用PCR SSP法ABO基因分型试剂盒进行ABO常规基因定型。血清学确定为A2 亚型、PCR SSP法基因定型为A2 0 1或A1 0 2基因的 2 0例样本 ,对其ABO基因的第 6、第 7外显子进行DNA直接测序。结果① 2 6 0个随机的个体 ,经PCR SSP方法ABO基因定型试剂盒检测 ,检出O1、B、A1 0 1 (A4 6 7c)和A1 0 2 /1 0 3(A4 6 7T) 4种等位基因 ,但未检出A2等位基因。②采用血清学方法从 2 4 5 2例A或AB型随机献血者中筛检出的 2 0例A2 亚型样本 ,经PCR SSP基因定型 ,仅 5例为A2 0 1O1或A2 0 1B ,而其余 1 5例为A1 0 2O1或A1 0 2B。经DNA直接测序 ,结果 5例证实为A2 1 ,1 3例为A2 4 ,1例为A1 2 ,1例不能确定 ;A2等位基因中除 1 0 6 1C缺失外 ,还存在 4 6 7C >T、1 0 0 9A >G等点突变。结论中国汉族人群A2基因呈现多样性并存在自身特点 ,各A2等位基因的频率及分布与其它人群的资料存在差异 ,中国汉族人群A 2亚型中以A2 4等位基因 (4 6 7T、1 0 0 9G)为主     

新的HLA-A等位基因A~*0290的认定

目的确认1个中国人群中的HLA新等位基因。方法使用PCR-SSP和测序为基础的分型技术,分析确认HLA-A的新等位基因与A*02010101的差异。结果先证者HLA-A位点有1个等位基因的核苷酸序列与已知的HLA等位基因均不同,该基因和A*02010101的差异在第2外显子区域的292位碱基C>G,导致74编码子CAC>GAC,编码的氨基酸由组氨酸(His)变成天冬氨酸(Asp)。结论该基因为HLA新的等位基因,2005年10月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*0290。     

新的HLA等位基因B~*5610的发现和序列分析

目的　识别确认中国人群的HLA新等位基因。方法　经基因克隆和DNA测序 ,分析该基因和B 5 6 0 2基因序列的差异。结果　该基因和B 5 6 0 2基因序列的差异只是在外显子 3区域中 5 5 9C >A以及 5 6 0T >C 2个碱基取代 ,并导致相应的密码子 187由亮氨酸变为苏氨酸。结论　该基因为HLA新等位基因 ,2 0 0 2年 9月已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA B 5 6 10。在大约 30 0 0名随机献血者中 ,未发现其他带有B 5 6 10基因的个体。     

新等位基因HLA-B~* 9537的确认和序列分析

目的识别并确认1个新的HLA等位基因。方法应用PCR-SSO,PCR-SSP基因分型技术对1份临床样本做HLA分型,对可能的HLA新等位基因进行分子克隆和DNA测序,分析与最同源的B*1504的差异。结果得到1份样本的序列与已知的所有HLA-B等位基因序列不一致,与B*1504的差异表现在第3外显子区域中的379G>C,409C>T,412G>A,419C>T,导致氨基酸分别由谷氨酸→天冬氨酸(E103D),苏氨酸→赖氨酸(T113K),谷氨酰胺→谷氨酸(Q114E)和丝氨酸→苯氨酸(S116F)。结论该基因为HLA-B位点的1个新等位基因,已被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*9537     

新的HLA-B*4061等位基因的核苷酸序列分析

本研究探讨HLA新的等位基因HLA-B＊4061的分子基础。采用盐析法抽提样本DNA，利用PCR方法扩增先证者HLA-B基因的第1-8外显子，PCR产物直接经TOPO克隆到质粒载体中得到单链，对所得克隆进行HLA-B基因第2、3、4外显子双向测序分析。应用PCR-SSP方法证实测序所发现的突变。结果表明：先证者样本克隆测序得到2个等位基因，其中1个等位基因为B＋4601，另1个经blast验证其为新的等位基因，新的等位基因序列已递交GenBank（DQ089628，DQ089629，DQ089630）。与最接近的B＊400101等位基因序列相比，新的等位基因仅在第2外显子上有1个核苷酸不同，即第272位C→A，导致第67位氨基酸Ser→Tyr。结论：HLA-B＊4061等位基因为新的HLA-B等位基因，已荣获世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名。     

在中国汉族人中发现新不表达等位基因HLA-A~*0253N

目的　鉴定在中国浙江一个汉族家庭中发现的新的HLA新不表达等位基因。方法　对 1个无γ球蛋白血症患儿及其母作HLA血清学分型与基因分型 ,针对二者结果有差异 (血清学不能检出其中的 1个抗原 ,而DNA基因分型结果为HLA 0 2XX) ,进行基因克隆和基因组DNA全长测序 ,分析该HLA 0 2XX和HLA A 0 2 0 11基因序列差异。结果　该基因与HLA A 0 2 0 11的差异 ,仅在外显子 2区域的 32 4C >G的单个碱基的替换 ,导致了密码子 10 8由酪氨酸变为终止密码子。家系调查表明 ,在被检测的 2 2个家庭成员中 ,患儿及其母亲、外祖父、姐姐和舅舅携带有该基因。而在 718名具有A 0 2基因的随机造血干细胞供者中 ,未发现带有该基因的个体。结论　该基因是 1个HLA A不表达等位基因 ,世界卫生组织 (WHO)基因命名委员会于 2 0 0 1年 9月将其正式命名为HLA A 0 2 5 3N ,其单倍型为A 0 2 5 3N ,B 370 1,DRB1 10 0 1。     

新等位基因 HLA-B*40: 162 测序分析及确认简

本研究旨在识别并确认中国人群中HLA-B位点的一个新等位基因.应用PCR-SBT对中华骨髓库供者样本进行HLA分型,对可能的HLA-B新等位基因利用组序列特异性引物（GSSP）及单链测序基因分型技术进行测序,并与已知同源性最高的等位基因进行序列比对,分析二者差异.结果发现,有1个样本的HLA-B位点与目前已知的HLA-B基因序列均不一致,与其同源性最高的B＊40：06：01的差异表现在第2外显子272位碱基由C＞T,导致第67位密码子由丝氨酸变为苯丙氨酸.结论：确认该基因为HLA-B位点的1个新等位基因,已经被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B＊ 40：162.     

DNA测序鉴定HLA新等位基因B~* 35:03:07

本研究旨在分析鉴定中国人群HLA-B位点一个新等位基因。应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)技术检测到一个与HLA-B*35:03:01相关的未知基因,应用DNA序列分析技术鉴定并分析该基因与同源性最高的HLA等位基因的序列差异。结果表明,先证者HLA-B位点有1个等位基因的核苷酸序列与所有已知基因序列均不相同,与同源性最高的HLA-B*35:03:01相比,第3外显子387位碱基由C→G,并导致相应的105位密码子编码的氨基酸由CCC变为CCG,编码的氨基酸没有改变,仍为苯丙氨酸。结论:被测样本含有HLA-B新等位基因,WHO HLA因子命名委员会将其正式命名为HLA-B*35:03:07。     

DNA序列分析鉴定HLA新等位基因B~*0740

目的确认一个中国人群中的新HLA等位基因。方法应用单倍型特异性分离(haplotype-specific ex-traction,HSE)技术和DNA序列分析技术鉴定HLA-B~*的新等位基因。结果被检标本HLA-B位点有一个等位基因的核苷酸序列与任何已知的HLA等位基因均不同,与同源性最高的B~*0705相比,在exon3区域中的605位碱基由A>T,引起编码178位的氨基酸由赖氨酸(K)变成甲硫氨酸(M)。血清学分型表明新等位基因的免疫学表型仍为HLA-B7。家系分析提示,HLA-B~*0740基因来源于其母亲。结论该等位基因序列为HLA-B位点的一个新等位基因,于2005年2月由WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B~*0740。     

HLA-B新等位基因B*3936的确认和测序分析

本研究确认HLA新等位基因HLA—B％3936并分析其序列。先证者为脐血造血干细胞捐献者，样本DNA抽提采用PEL—FREEZ抽提试剂盒，利用单链特异性引物PCR方法扩增先证者HLA—B基因的第2—4外显子，对PCR产物直接进行第2、3、4外显子双向测序分析。结果显示：先证者样本中存在2个HLA—B等位基因，其中1个等位基因为HLA—B％4002，另1个经Blast验证确定为新的等位基因，新的等位基因序列已递交GenBank（DQ242650，DQ24265l，DQ242652）。与最接近的B％3901等位基因比较，新的等位基因在第3外显子上有4个核苷酸的差异，其中第527位T→A、第538位C→T、第539位T→G、第544位A→G，这引起氨基酸第152位缬氨酸（Val）→谷氨酸（Glu）、第156位异壳氨酸（Ile）→色氨酸（Trp）、第158位苏氨酸（Thr）→丙氨酸（Ala）。实验结果提示该等位基因为新的HLA-B等位基因，已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA—B％3936。