华南HCV 1b亚型NS5A插入式复制子重组质粒的构建和序列分析

摘要：目的构建来自华南不同慢性丙型肝炎（CHC）患者的HCV NS5A的复制子重组质粒并测序分析,探索HCV NS5A在抗病
毒应答中生物学特性。方法以能够高效复制的1b型HCV复制子质粒为骨架,构成带有MIuⅠ和BclⅠ双酶切位点的开关质
粒,采用逆转录-聚合酶链反应从不同CHC患者血清中扩增获得HCV 1b亚型NS5A全长片段,克隆到pMD-18载体中,测序分
析其中的PKRBD、ISDR、V3和IRRDR区域的变异情况。扩增产物中无MIuⅠ和BclⅠ酶切序列的,在引物中引入相关酶切序
列后再扩增,双酶切后将NS5A区段置换入HCV 1b复制子骨架中。结果成功扩增出NS5A全长片段并克隆测序,将NS5A区
ISDR-V3区域置换入复制子中,测序结果正确。序列比对显示应答株的ISDR和PKRBD氨基酸变异数目比无应答株高;V3和
IRRDR区域存在较高氨基酸突变率。结论成功构建包含华南HCV 1b亚型NS5A核心区域的复制子插入式重组质粒,为研究
HCV NS5A生物学特性、干扰素抵抗的机制以及难治性CHC患者的个体化抗病毒治疗分析奠定了基础。
     

HCV1b亚型ISDR变异影响PEG-IFN/RBV抗病毒疗效的新特点分析

目的 探讨HCV干扰素敏感决定区(ISDR)氨基酸(aa)序列变异度对聚乙二醇干扰素(PEG-IFN)联合利巴韦林(RBV)治疗1b亚型慢性丙型肝炎(CHC)疗效的影响.方法 58例HCV 1b亚型慢性感染者采用PEG-IFN/RBV联合方案治疗48周,并随访24周.定量检测血清HCV RNA,逆转录-聚合酶链反应扩增治疗前血标本中HCV ISDR片段并测序,MEGA 4分析氨基酸序列变异度;二分类Logistic回归分析各变量与持续病毒学应答(SVR)之间的关系.结果 治疗前血清HCV的ISDR氨基酸序列与HCVJ株比较,15例为野生型(未突变),42例为中间型(1-3个突变),1例为突变型(≥4个突变).其中2218位点突变最多,约为60.3％(35/58).dSDR aa突变数目与SVR关系密切(P=0.000),ISDR aa突变数≥2的CHC组所获得的EVR和SVR明显高于aa突变数＜2的CHC组(P=0.041/P=0.012).结论 华南HCV 1b亚型ISDR突变型(氨基酸变异≥4)极少.ISDR aa变异能够预测SVR;采用PEG-IFN/RBV联合方案治疗,对SVR有预测价值的ISDR aa突变数可由4个减少为2个.     

丙型肝炎病毒NS5A基因的克隆及序列比对分析

目的:研究HCV N S5A区基因的结构与功能,为提高干扰素(IFN)治疗HCV感染的有效性提供依据,及为建立以N S5A蛋白做抗原的新一代诊断试剂盒,提高HCV感染检出率作出有益的尝试。方法:以含HCV 1b全长cDNA的质粒HCV 17为模板,利用巢式PCR扩增出一段长约500bp的cDNA片段,以此基因片段作为目的基因,进行T-A克隆,构建PMD 18-T-N S5A。结果:经酶切及测序证实,PMD 18-T-N S5A质粒中的插入基因片段为HCV 1b N S5A区部分基因,与HCV标准株HCV J序列进行比对分析,核苷酸和氨基酸序列的同源性均为90%以上,并且该区段包含了干扰素敏感决定区(ISDR)。结论:建立HCVN S5A基因片段稳定的无性繁殖系,并进行同源性分析对研究ISDR序列与IFN疗效的关系是非常重要的;通过基因重组表达N S5A蛋白,可用于HCV诊断试剂盒的研究。     

丙型肝炎病毒NS5A基因真核表达载体的构建

目的：构建HCV NS5A/pCI-neo真核表达载体,转染Huh-7细胞系,为体外高效表达NS5A蛋白奠定基础。方法：用PCR方法从带有丙型肝炎病毒NS5A基因的pC DNA 3.1（+）/HCV NS345质粒中扩增出HCV NS5A基因,然后TA克隆于pGEM-T载体中,转化大肠杆菌JM109。阳性克隆经测序鉴定,再经双酶切消化后插入真核表达载体pCI-neo上,经酶切鉴定与测序证实。结果：用PCR方法扩增出HCV NS5A基因全序列,因其 cDNA的G+C含量高直接测序未成功,后经TA克隆,筛选得到的阳性克隆经测序鉴定,与设计的HCV NS5A基因序列完全一致。经酶切连接并成功插入pCI-neo上。结论：成功构建了高效表达丙型肝炎病毒NS5A基因的pCI-neo真核表达载体。     

丙型肝炎病毒C，E2，NS3区基因嵌合重组载体的构建

目的：构建包含丙型肝炎病毒（HCV）C区、E2区及NS3区的嵌合重组载体。方法：设计合成3对寡核苷酸引物，用PCR法从HCV重组质粒pHCVc、pBE2和pGMXNS3-5中特异扩增出编码HCV C区、E2和NS3区抗原的部分基因片段（501、603和900bp)，分别用HindⅢ、BamHⅠ、EcoRⅠ和XhoⅠ酶切后，逐个定向连接到质粒pcDNA3中，转化宿主菌XL1－Blue，分别用上述内切酶酶切及DNA测序鉴定重组质粒。结果：酶切鉴定示所切下的片段大小与预计相符，测序结果与文献报道序列及预计结果一致，证实符合表达框架。结论成功构建了HCV嵌合重组质粒pcDNA3-C-E2-NS3.     

丙型肝炎病毒C,E2,NS3区基因嵌合重组载体的构建

【目的】构建包含丙型肝炎病毒（HCV）C区、E2区及NS3区的嵌合重组载体。【方法】设计合成3对寡核苷酸引物,用PCR法从HCV重组质粒pHCVc、pBE2和pGMXNS3-5中特异扩增出编码HCVC区、E2区和NS3区抗原的部分基因片段（501、603和900bp）,分别用HindⅢ、BamHⅠ、EcoRⅠ和XhoⅠ酶切后,逐个定向连接到质粒pcDNA3中,转化宿主菌XL1-Blue,分别用上述内切酶酶切及DNA测序鉴定重组质粒。【结果】酶切鉴定示所切下的片段大小均与预计相符,测序结果与文献报道序列及预计结果一致,证实符合表达框架。【结论】成功构建了HCV嵌合重组质粒pcDNA3-C-E2-NS3。     

丙型肝炎病毒NS5B区基因的扩增、克隆及序列分析

目的 对丙型肝炎病毒(HCV)NSSB区基因克隆并测序，研究其变异状况。方法 从HCV RNA阳性血清中抽提病毒RNA，利用巢式RT-PCR对NS5B区基因进行扩增，将扩增获得的靶cDNA克隆至P^KPL-3a质粒载体中，并以内引物为测序引物进行序列测定分析。结果 构建了已克隆HCVNS5B区基因的重组质粒KHC5—1；序列分析表明，与HCV-BDS株同源性最高，属于主要流行于我国的HCV 1b基因亚型。结论 证实了在NS5B区，与RNA依赖的RNA聚合酶(RDRP)活性密切相关的基元结构Gly-Asp-Asp及其相邻序列的同源性非常高。     

淮北市HCV感染者基因亚型分布特征及1b型天然耐药突变分析

目的：分析淮北市HCV感染病人基因亚型分布特征及1b型天然耐药突变情况，为HCV临床抗病毒治疗和感染防控提供依据。方法：选取2019-2022年就诊于淮北矿工总医院住院的HCV感染者(未经任何DAAs治疗)HCV-RNA阳性血清样本，抽提RNA后逆转录，采用巢式PCR扩增NS5B、NS5A及NS3/4A区域基因序列，产物送交测序公司测序。采用Mega11.0软件对测序结果进行序列比对分析。结果：结果 HCV 1b型(68.63%)为主要亚型，2a型次之(29.41%),此外检出3a型2例(1.96%)。HCV亚型的分布与性别、年龄无明显相关(P>0.05),1b型多见于≥55岁年龄组中。RASs主要类型为：NS5B区C316N(100.00%);NS5A区Q54H(40.47%),Y93H(19.05%);NS3/4A区Q86P(30.88%),I71V+Q86P(19.12%),V170I+Q86P(14.71%)及T72I/A+Q86P(13.24%)。其中突变频率较高的RASs依次为：C316N(100.00%)、Q54H(60.00%)、Q86P(53.78%)、Y93H...     

抑制丙型肝炎病毒 NS5A基因表达的shRNA系统的构建及意义

目的：构建抑制丙型肝炎病毒 NS5A基因(HCV NS5A)表达的短发夹RNA(shRNA)真核表达载体系统,观察其对HCV NS5A蛋白表达的抑制作用。方法：根据HCV NS5A基因已知序列,设计3段19个碱基的HCV NS5A特异性靶序列,合成两对63 bp并含有编码shRNA序列的寡核苷酸,双链退火后,克隆到经过BamHⅠ和Hind Ⅲ双酶切后线性的pSilencer^TM 3.1-H1neo载体的H1启动子下游,重组构建RNA干扰(RNAi)质粒,进行电泳,将3个不同的RNAi质粒和阴性对照质粒分别与HCV NS5A真核表达质粒共转染正常肝细胞HL-7702细胞系,用Western  blotting印迹法鉴定 NS5A蛋白表达。结果：对重新构建的pSilencer^TM3.1-H1neoHCV  NS5A- R1、R2、R3质粒进行测序,与设计的序列完全相同;3个质粒电泳均在4　348 bp处出现特异性条带;Western blotting印迹法测得R1、R2和R3的 NS5A蛋白未见明显条带,阴性对照质粒 NS5A蛋白在相对分子质量5　600处出现条带。结论：设计合成的3个不同位点的63个碱基均成功插入到预计位点,并且序列完全正确,对HCV NS5A基因表达有特异性抑制作用。     

丙型肝炎病毒NS5A基因真核表达载体的构建及其在HL-7702细胞中的高效表达

目的：构建丙型肝炎病毒(HCV)NS5A基因的真核表达载体，并在正常人肝细胞株(HL-7702细胞)中进行表达，为今后研究HCV NS5A蛋白功能奠定基础。方法：从含HCV NS345序列的重组质粒pCDNA3.1（+）/ NS345中扩增出HCV NS5A基因片段，构建pCI-neo/ NS5A重组表达质粒。用脂质体将其转染HL-7702细胞，通过Western blotting印迹法鉴定NS5A蛋白。结果：用PCR方法扩增的HCV NS5A基因全长1 344 bp,与PGEM-T重组，测序证实所克隆的NS5A基因片段大小正确；成功地构建pCI-neo/ NS5A重组表达质粒，瞬时转染HL-7702细胞表达NS5A蛋白，Western blotting印迹法显示其相对分子质量约为56 000。结论：HCV NS5A的真核表达载体pCI-neo/ NS5A在HL-7702细胞中能有效表达NS5A蛋白，NS5A蛋白可导致病毒复制、肝细胞癌发生，且NS5A区为IFN敏感性决定区。     

Pilotstudie zur Bedeutung von Mutationen der Hepatitis C Virus 1b “Interferon Sensitivity Determining Region” (NS5A aa 2209–2248) für das Ansprechen auf Interferon-α bei Patienten mit chronischer Hepatitis

Hepatitis G virus (HCV) isolates from 12 patients with chronic hepatitis C underwent the sequence analysis. Among the 12 patients, 9 obtained a complete response (CR), 2 partial response (PR) and 1 non—response (NR) after the treatment with IFN-α. The results showed that only single amino acide (aa) substitution in iIFN sensitivity determining region (ISDR) (aa 2213 and aa 2218) in 6 cases with CR was observed, while 3 cases of CR and all PR and NR cases had no aa mutation of ISDR. It is suggested that the ISDR in HCV NS5A was yet not identified by our patients.     

慢性丙型肝炎直接抗病毒药物治疗进展

丙型肝炎（丙肝）是全球面临的公共卫生问题,约有1.8亿丙肝病毒（HCV）感染者,每年新增病例300万~400万。国际公认的聚乙二醇干扰素（pegylated interferon,PEG-IFN）α联合利巴韦林（ribavirin,RBV）标准方案（standard of care,SOC）治疗基因1型慢性丙型肝炎（chronic hepatitis C,CHC）的持续病毒学应答（sustained virological response,SVR）率为40%~50%[1]。此外,临床上有30%~40%的CHC患者不能耐受SOC不良反应而影响治疗,导致丙肝进展。     

Direct-acting Antiviral Agents Resistance-associated Polymorphisms in Chinese Treatment-na?ve Patients Infected with Genotype 1b Hepatitis C Virus

Background:

It has been reported that several baseline polymorphisms of direct-acting antivirals (DAAs) agents resistance-associated variants (RAVs) would affect the treatment outcomes of patients chronically infected with hepatitis C virus (CHC). The aim of this study is to investigate the prevalence of DAAs RAVs in treatment-naïve GT1b CHC patients.

Methods:

Direct sequencing and ultra-deep sequencing of the HCV NS3, NS5A, and NS5B gene were performed in baseline serum samples of treatment-naïve patients infected with genotype 1b hepatitis C virus (HCVs).

Results:

One hundred and sixty CHC patients were studied. Complete sequence information was obtained for 145 patients (NS3), 148 patients (NS5A), and 137 patients (NS5B). Treatment-failure associated variants of DAAs were detected: 56.6% (82/145) of the patients presented S122G for simeprevir (NS3 protease inhibitor); 10.1% (14/148) of the patients presented Y93H for daclatasvir and ledipasvir (NS5A protein inhibitors); 94.2% (129/137) of the patients presented C316N for sofosbuvir (NS5B polymerase inhibitor). Nearly, all of the DAAs RAVs detected by ultra-deep sequencing could be detected by direct sequencing.

Conclusions:

The majority of genotype 1b CHC patients in China present a virus population carrying HCV DAAs RAVs. Pretreatment sequencing of HCV genome might need to be performed when patients infected with GT1b HCV receiving DAAs-containing regimens in China. Population sequencing would be quite quantified for the work.     

干扰素α对丙型肝炎病毒复制子的抑制作用

目的 利用丙型肝炎病毒（HCV）复制子细胞模型,体外研究干扰素α（IFN-α）对HCV复制子的抑制作用,并探讨IFN-α信号传导与激活转录分子（STAT）及介导IFN-α抗病毒作用的干扰素刺激基因（ISGs）的表达水平。方法 以HCV复制子质粒为模板体外转录合成HCV复制子RNA,将此RNA转染Huh7肝癌细胞并经G418筛选,建立HCV复制子细胞株;用不同剂量（0—5000 IU／m1）IFN-α处理HCV复制子细胞72h或用1000 IU／ml IFN-α处理细胞不同时间（0、24、48、72、96h）,通过半定量RT—PCR及实时定量PCR同时检测HCVRNA,Western印迹检测HCVNSSA蛋白表达水平,研究IFN-α对HCV复制子的抑制作用。结果 IFN-α能明显抑制HCVRNA的复制,10IU／ml及25 IU／mlIFN-α可使HCVRNA较无IFN-α处理的对照细胞分别降低约68％及75％;IFN-α 1000IU／ml作用24h或96h导致HCVRNA较对照组分别降低75％及88％,同样,IFN-α对HCVNSSA蛋白的合成也有明显抑制作用,说明IFN-α的抗HCV作用呈剂量及时间依赖性;HCV复制子细胞中有抗病毒作用的ISG（PKR、2′5′OAS、G1P3、ISG20及ISGF3γ）呈明显的IFN诱导性表达。结论 IFN-α能明显抑制HCVRNA的复制,其抑制作用与IFN-α剂量及作用时间有关,PKR、2′5′OAS、G1P3、ISG20及ISGF3γ等ISG可能介导IFN-α的抗HCV作用。     

慢性丙型肝炎患者抗病毒治疗中肝功能与病毒学应答的关系

目的: 观察干扰素α2b(INF-α2b)联合利巴韦林治疗慢性丙型肝炎(CHC)患者肝功能变化的特点,探讨不同病毒学应答模式与肝功能的关系。 方法: 选取CHC患者264例,给予INF-α2b 500万U,隔日1次皮下注射;利巴韦林15mg·kg^-1,每日1次口服,疗程48周。检测不同时间点(基线,治疗12、24、48和72周)患者HCVRNA定量和肝功能等指标。根据转归情况,将患者分为持续病毒学应答(SVR)组、治疗中反弹组、复发组和无应答组,比较4组患者治疗前后肝功能的变化及与应答的关系。 结果: 264例患者中171例(64.8%)获得SVR,37例(14.0%)治疗中反弹,47例(17.8%)复发,9例(3.4%)无应答。与治疗中反弹组比较,基线丙氨酸氨基转移酶(ALT)水平轻度升高的患者较ALT正常的患者易获得SVR(P<0.05)。经抗病毒治疗,4组患者血清ALT和天冬氨酸氨基转移酶(AST)均下降,且12周时下降最明显,与治疗前比较差异有统计学意义(P<0.05)。治疗中反弹组患者在48周时ALT和AST回升,复发组患者停药后24周时ALT和AST回升,直至停药后24周SVR组患者的ALT和AST可维持稳定。与治疗中反弹组比较,SVR组患者在12周时ALT和AST下降更明显,与治疗前比较差异有统计学意义(P<0.05)。在抗病毒治疗过程中,无应答组患者血清ALT和AST水平始终高于SVR组、复发组和治疗中反弹组 (P<0.05)。与治疗前比较,SVR组患者在12周时总胆红素(TBIL)和直接胆红素(DBIL)水平较其他时间点明显下降(P<0.05),直至停药后24周可以维持稳定。在治疗24周时,无应答组患者血清TBIL、DBIL水平明显高于SVR组和治疗中反弹组患者(P<0.05)。 结论: CHC患者基线ALT水平可能与病毒学应答有关。CHC患者抗病毒治疗后肝功能改善,尤其SVR患者改善更明显,随着病毒的复发或反弹,转氨酶会再次升高。     

索磷布韦、达拉他韦联合或不联合利巴韦林对基因1b型慢性丙肝患者HCVRNA转阴率的影响

目的 分析索磷布韦、达拉他韦联合或不联合利巴韦林对基因1b型慢性丙型肝炎(CHC)患者丙型肝炎病毒(HCV)-RNA(HCV RNA)转阴率的影响。方法 将本院收治的82例基因1b型CHC患者作为研究对象,根据患者治疗方法的不同,分为A组(36例)给予达拉他韦+索磷布韦+利巴韦林治疗,B组(46例)给予达拉他韦+索磷布韦治疗。比较两组患者治疗后HCV RNA转阴率,治疗结束后第4、12周HCV RNA不可测(SVR4、SVR12)及不良反应发生情况等差异。结果 在治疗4、8周时,两组患者HCV RNA转阴率有所增加;但治疗后12周时,两组患者HCV RNA转阴率并未继续升高,与治疗后8周时的转阴率持平。结果显示,两组患者在治疗4、8、12周时HCV RNA转阴率的比较,均无显著性差异(P>0.05)。两组患者SVR4、SVR12的比较,亦无显著性差异(P>0.05)。A组治疗期间出现贫血、皮疹、头痛、疲劳、恶心及心悸等不良反应发生率较B组明显升高(P<0.05)。结论 达拉他韦、索磷布韦联合或不联合利巴韦林对基因1b型CHC患者的临床疗效相当,均具有较高的HCV RNA转阴率,但联合利巴韦林可能存在不良反应增加的风险,且达拉他韦+索磷布韦联合治疗基因1b型CHC患者可尝试将疗程缩短为8周。     

Selection and application of serotypical synthetic peptides derived from hepatitis C virus NS5A region

Background   Numerous studies have reported a relationship between hepatitis C virus (HCV) genotype and the response to interferon therapy. Despite high sensitivity and specificity, genotyping methods can be performed only on HCV RNA positive samples. Serotyping might be a rapid and cost effective method for determining HCV genotypes, especially in patients with previously undetectable HCV RNA. In this study, an enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) method for HCV serotyping with the genotype specific, synthetic peptides derived from HCV nonstructural 5a (NS5A) region was developed.
Methods  Based on 45 sequences, representing HCV genotypes 1-6 from Genebank, we synthesised 305 overlapping 30-mer peptides within NS5A region at positions 2182-2343 of HCV. All peptides for antigenic reactivity were tested by enzyme immunoassay with 69 human sera with antiHCV positive representing genotype 1-6. Forty hepatitis C patient sera were serotyped using serotype specific, synthetic peptides and genotyped by sequencing analysis.
Results  The correspondence of amino acids in HCV NS5A region with amino acids in positions 2182-2343 was very low among different genotype peptides. The highly conserved sequences were residues 2182-2211(R1), 2272-2301 (R7) and 2302-2331 (R9): the highly variable 2212-2241 (R3) and 2257-2286 (R6). Using 305 peptides, antigenic regions were located in R3, R7 and R9. Eighteen peptides from highly conserved region representing genotypes 1 to 6 showed broad immunoreactivity with sera containing antibody to all HCV genotypes. Immunoreactivity of the peptides from highly variable region was stronger with similar genotype sera.  Twelve unique peptides showed highly, genotype specific, reactivity with types 1 and 3 sera. Type 2 genotype specific peptides had cross reaction with type 3 serum. No type 4, 5 or 6 specific peptides were selected. The serotyping results showed high agreement with sequencing analysis.   
Conclusions  The major antigenic regions in HCV NS5A region were at 2212-2241(R3), 2272-2301(R7) and 2302-2331(R9).  Eighteen peptides from highly conserved region show genotype independent, immunoreactivity, useful for antiHCV antibody test. Twelve peptides from highly variable region show genotype 1 and 3 dependent immunoreactivity, useful for determining HCV serotype, especially for patients with previously undetectable HCV RNA.

     

GBV-C和HCV共同感染的研究

目的：了解GBV-C和HCV的共同感染率,及不同引物和自制DIG标记探针检测GBV-C的效果。方法：定量RT-PCR检测肝炎患者血清标本中的HCV,RT-nested PCR检测HCV RNA阳性标本中的GBV-C,分析部分标本扩增产物的棱苷酸和氨基酸序列,Southern杂交鉴定GBV-C扩增产物的特异性．结果：211例丙型肝炎病人血清标本中,GBV-C 5’-NCR和GBV-CNS3区检出率分别为31．8%和22．8%,总阳性率为35．1％．部分标本扩增产物的核苷酸序列分析证实,RT-nested PCR获得的检测结果可靠,但序列中存在较高频率的随机突变．自制的GBV-C 5‘-NCR和NS3 DIG标记探针有较高的特异性,可用于检测相应的扩增产物。结论：GBV-C 5‘-NCR引物的检测效果优于GBV-C NS3,GBV-C与HCV有较高的共同感染率。