北京市部分男男同性恋人群中HIV-1分子流行病学研究

目的了解北京市部分男男同性恋(men who have sex with men,MSM)人群HIV-1的分子流行情况,监测该地区人群HIV毒株的最新流行情况。方法提取17例男男同性恋者HIV-1抗体阳性样本全血基因组DNA,直接进行巢式PCR扩增HIVenv基因C2-V5区及gag基因P17-P24区,对PCR产物进行核苷酸序列测定和分析,确定基因亚型。结果17例患者中,共存在CRF01-AE、B亚型和CRF07-BC3种亚型,其中CRF01-AE9例(52.94%),B亚型5例(29.41%),CRF07-BC3例(17.65%)。结论小样本量的流行病学调查显示,北京地区部分男男同性恋人群中主要存在CRF01-AE、B和CRF07-BC3种亚型;CRF01-AE已取代B亚型而成为北京市MSM人群中HIV主要流行亚型,CRF07-BC重组亚型在北京市MSM人群中增长迅速。     

贵州省新发现HIV-1毒株亚型特征研究

目的 分析研究贵州省HIV-1亚型毒株分布及流行特征,为艾滋病防治及疫苗研制提供科学依据.方法 用套式基因扩增方法(PCR)扩增HIV-1毒株gag基因和env基因并测序分析.结果 128例样本扩增、测序成功119例,其中CRF01-AE亚型62例,CRF07-BC重组亚型49例,CRF08-BC重组亚型2例,B亚型6例.结论 本次研究贵州省HIV-1毒株以新发现的CRF01-AE重组亚型流行为主,CRF07-BC重组亚型次之,多亚型并存;分析结果提示贵州省HIV-1毒株亚型向性传播转变.     

柳州市吸毒者HIV-1病毒流行株34例检测分析

目的 了解流行于柳州市吸毒者艾滋病病毒HIV-1毒株的亚型及各种亚型的分布特点.方法 对34例HIV感染者进行详细的流行病学调查,并采集外周静脉防凝血,提取前病毒DNA进行体外扩增,获得包膜蛋白(env)、核心蛋白(gag)、tat区基因的核酸片段,并对各基因区核苷酸进行测定和分析.结果 发现在所有目标人群中共存在B、C 2种亚型以及CRF07-BC(44.12%)和CRF01AE(55.88%)2种重组毒株.结论 柳州市HIV-1亚型以B、C为主,重组毒株以CRF07-BC和CRF01-AE几乎各占一半,柳州市HIV-1亚型比较单一,控制柳州市HIV-1亚型的多样性,做好防艾任重而道远.     

广州市吸毒强戒人员HIV-1基因亚型分布的初步研究

目的分析吸毒人群HIV感染者中HIV-1的基因序列特征,初步确定其感染的基因亚型和各亚型的流行趋势。方法在Genbank中查找HIVgag基因的序列,设计巢式PCR引物。从全血中提取样本的基因组DNA,进行巢式PCR,对PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳和测序,所获序列与国际参考株序列进行比对,确定基因型或亚型。结果对36例HIV-1感染者样本进行扩增,PCR共检测出29例阳性样本,27例测序成功,其中16例为CRF08-BC重组亚型、7例为CRF07-BC重组亚型、4例为CRF01-AE重组亚型,15例阴性对照均无目的条带。结论在广州吸毒强戒人员HIV-1型中以CRFBC亚型为主,其次为CRF01-AE亚型。应加强对HIV-1毒株亚型的监测,以制定更好的防治策略。     

辽宁省99例人类免疫缺陷病毒1感染者gag-pol区基因序列分析

目的 研究辽宁省人类免疫缺陷病毒／艾滋病（HIV／AIDS）患者gag-pol区的基因序列特征。方法采集辽宁省99例HIV-1感染者外周静脉血,提取前病毒DNA,经巢式PCR方法扩增gag—pol区2．6kb片段,与HIVS序列数据库中亚型参考序列共同构建系统进化树以区分亚型,并计算gag—pol区不同编码区域的基因离散率和Ks／Ka比值。结果 在辽宁省99例HIV-1感染者中发现A、B’、B、C、G5种亚型,循环重组型CRF01_AE、CRF03_AB、CRF06_cpx、CRF07_BC、CRF08_BC5种循环重组型和循环重组型间的重组ICR07／08。以B’亚型最多见,其次为CRF01_AE。在gag—pol区内,p17区、p2-p6区基因离散率高于p24区、蛋白酶及逆转录酶编码区。但B亚型p24区基因离散率处于较高水平。CRF07_BC和CRF08_BC在gag-pol各区基因离散率及同义替换、错义替换普遍处于较低水平。各亚型毒株的p2-p6区的Ks／Ka值最低,其均值〈1,而CRF01_AE毒株RT区的Ks／Ka值高达10．45。结论 辽宁省流行的HIV-1 gag—pol区亚型十分复杂。p24、蛋白酶及逆转录酶编码区是更为保守的区域。B亚型毒株的p24区承受较大的正向选择压力,CRF01_AE毒株RT区承受了较大的负向选择压力。CRF07_BC和CRF08_BC传入辽宁省的时间较短,奠基者效应明显。     

深圳地区120株HIV-1膜区和结构蛋白区基因变异分析

目的研究深圳地区HIV-1病毒株在膜区和结构蛋白区基因变异情况,比较不同亚型毒株之间基因离散率的差异。方法收集HIV-1感染者新鲜血浆,提取血浆中HIV-1病毒株RNA,RT-PCR套式扩增env区和gag区基因,基因测序后进行序列比对和分析,构建基因进化树,计算基因离散率。结果各亚型毒株在env区相互之间基因离散率最大的是B亚型和07-BC亚型,最小的是07-BC亚型和08-BC亚型;各亚型毒株在gag区相互之间基因离散率最大的是01_AE亚型和07-BC亚型,最小的是07-BC亚型和C亚型。结论 07-BC、08-BC及C亚型在两个基因片段上基因距离均最近,说明这三个亚型可能有共同的起源。     

新疆维吾尔族HIV-1感染者gag基因序列分型研究

目的 通过扩增新疆地区HIV-1感染者gag基因片段,确定HIV-1感染者流行株的基因亚型.方法 抽提88例新疆乌鲁木齐市和伊宁市HIV-1感染者的血浆标本的RNA,用巢式PCR扩增gag基因片段,将所得到的序列与国际标准株进行比较,确定被检标本的亚型.结果 在88例HIV感染者的血浆标本中,共成功扩增57例gag基因片段,扩增率为64.8％.经BLAST初步判断和构建进化树并与国际标准株比对确认,57例感染者感染的HIV毒株序列中,有56个为CRF07_BC亚型,1例为C亚型.57例毒株之间的平均基因距离为0.043±0.003,与3例CRF07_BC亚型国际参考株之间的平均基因距离在0.034±0.004～0.039±0.005之间.结论 新疆地区HIV-1感染者以CRF07_BC亚型为主要流行株.57例序列相互之间以及与3株不同来源的国际参考毒株之间表现出高度的同源性.     

适用于中国HIV-1分型的gag基因引物及其应用

目的 对中国流行的主要HIV-1毒株进行遗传特征分析,确定适用于中国HIV分子流行病学调查的gag基因扩增引物.方法 从HIV序列数据库下载CRF07_BC、CRF08_BC、C亚型及M组参考毒株的gag全长序列,经序列比对后设计gag基因扩增引物;获得的基因片段采用邻接法构建系统进化树,评价不同片段用于分析和确定HIV-1亚型的可靠性,并检测部分样本以评定效果.结果 目前我国常用的gag基因306/c-gag引物扩增片段(HXB2 836～1507)构建的系统进化树中,CRF07_BC、C亚型进化簇的Bootstrap值分别为70%和59%,其可靠性较低,难以形成较为稳定的进化簇用于病毒亚型判断.而利用设计的gag基因GUX/GDX引物扩增片段(HXB2 781～1861)构建的系统进化树中,CRF07_Bc、CRF08_BC和C亚型序列能够独立成簇,其Bootstrap值分别为99%、99%和77%,具有较高的可靠性.在实际应用中,新设计的引物具有较高的扩增阳性率和测序成功率,获得序列形成B、C亚型和CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC等5个大的进化簇,其Bootstrap值均超过80%.即使仅用下游引物GDX测序获得的较短片段亦能获得较为可靠的系统进化树.结论 GUX/GDX引物扩增获得的gag基因片段可以构建较为可靠的系统进化树,用于区分和判断我国流行的主要HIV-1毒株亚型,尤其是BC重组毒株和C亚型毒株.该方法在我国HIV分子流行病学调查和研究中有广泛的应用价值.     

HIV-1B’亚型及CRF07_BC重组毒株感染者中和反应特征分析

目的探讨我国主要流行的HIV～1B’和CRF07-BC重组毒株感染者中和反应特征。方法采用基于Env假病毒的以表达CD4及CCR5／CXCR4的TZM-bl细胞系为靶细胞的中和抗体测定方法,测定40例感染时间在3年左右的HIV—CRF07-BC重组毒株感染者及31例感染时间在10年以上的HIV-1B’亚型毒株感染者血浆对11株包括B（4株）、CRF07BC（3株）、CRF01-AE（3株）及中和敏感毒株（1株）Env假病毒的中和反应,并分析感染者血浆的中和宽度和中和强度。结果B’亚型毒株感染者在中和宽度及亚型交叉中和强度方面均高于感染时间相对较短的CRF07BC重组毒株感染者,B’亚型感染者对CRF01-AE亚型病毒的中和活性显著高于CRF07-BC重组型感染者：而CRF07-BC重组型感染者对同亚型病毒的中和强度则显著高于B’亚型感染者。结论HIV-1感染者中和抗体宽度以及对异源病毒的中和活性与感染时间正相关,适度的病毒抗原刺激有助于广谱中和活性的产生。     

伊宁市19例HIV-1感染者gag基因序列分型研究

目的：通过扩增伊宁市维吾尔族HIV-1感染者gag基因片段,确定该民族HIV-1感染者流行株的基因亚型。方法：抽提20例新疆伊宁市HIV-1感染者的血浆标本的RNA,用巢式PCR扩增gag基因片段。将所得到的序列与国际标准株进行比较,确定被检标本的亚型。结果：在20例HIV感染者的血浆标本中,共成功扩增19例gag基因片段,扩增率为95％。经BLAST初步判断和构建进化树并与国际标准株比对确认,19例感染者感染的HIV毒株序列中,发现18例为CRF07_BC亚型,1例为C亚型。19例毒株之间的平均基因距离为0．043±0．003,与3例CKF07_BC亚型国际参考株之间的平均基因距离在0．034±0．004-0．039±0．005之间。结论：新疆伊宁市HIV-1感染者以CRF07_BC亚型为主要流行株。19例序列相互之间以及与3株不同来源的国际参考毒株之间表现出高度的同源性。     

深圳市2010年HIV-1分子流行病学调查

目的了解2010年艾滋病病毒-1型（HIV-1）毒株亚型在深圳市的流行情况,为预防和控制HIV在本市的流行提供有价值的资料。方法收集2010年深圳市HIV-1确认为阳性的样本150例,应用巢式聚合酶链反应（nested-PCR）技术,对该样本膜蛋白基因（env基因）和核心蛋白（gag基因）进行扩增,并对各基因区核苷酸序列进行测定和分析。结果共有128份样本获得分型结果,其中CRF01_AE重组株占63.3%（81/128）,B’亚型占14.1%（18/128）,CRF07_BC重组株占13.3%（17/128）,CRF08_BC重组株占7.0%（9/128）,C亚型占0.8%（1/128）,A1亚型占1.6%（2/128）;CRF01_AE重组株以吸毒传播、异性性传播和同性性传播为主,分别占其感染人群的23.5%、45.7%和30.9%,CRF07_BC、CRF08_BC重组株以异性性传播和同性性传播为主,分别占各感染人群的41.2%、58.8%和66.7%、33.3%%,B’亚型主要分布在性传播、献/输血和母婴传播人群。本文首次在吸毒人群中发现A1亚型。结论 2010年深圳市的HIV-1是以CRF01_AE重组株、B’亚型、CRF07_BC和CRF08_BC重组株为主要流行毒株,也存在A1和C亚型;CRF01_AE重组株是各传播途径人群中的主要流行株,并且CRF01_AE重组株在各人群中所占的比例高于国内其他地区。     

深圳部分吸毒人群HIV感染者HIV-1分子流行病学调查

目的对深圳市2008年吸毒人群进行HIV-1分子流行病学调查研究,了解本地区吸毒人群HIV-1流行情况、亚型种类、毒株来源、变异情况等,为预防和控制HIV在吸毒人群中的流行提供有价值的资料。方法收集深圳市2008年份吸毒人群HIV-1抗体阳性样本21例,应用巢式聚合酶链式反应（nested—PCR）技术,对该样本膜蛋白基因（env基因）和核心蛋白（gag基因）进行扩增,并对其各基因区核苷酸序列进行测定和分析。结果21例HIV-1阳性样本中共存在CRF01-AE 1种重组毒株以及A11种亚型,其在所有分析样本中的比例分别为90．5％和9．5％;其中12份Env基因样本中,10份为CRF01-AE重组亚型,与国际参考株01AE．TH．90．CM240最近,基因离散率为（9．910±2．432）％,组内离散率为（12．747±3．066）％;2份为A1亚型,与国际参考株a1．gu.92．92ug037最近,基因离散率为（17．15±0．354）％,组内基因离散率0．900％。21份Gag基因样本中,19份为CRF01-AE重组亚型,与国际参考株01AE．TH．90．CM240最近,基因离散率为（5．083±1．341）％,组内离散率为（6．072±1．968）％;2份A1亚型,与国际参考株01ae．en．97．97cngx2f最近,基因离散率为（11．550±0．636）％,组内离散率为2．200％。结论2008年深圳地区HIV-1抗体阳性吸毒人群中HIV-1流行株以CRF01-AE重组亚型为主,并首次在深圳地区吸毒人群中发现A1亚型。     

深圳市HIV-1毒株的流行状况

目的了解深圳地区人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)毒株亚型及流行情况,分析其传染来源和传播规律。方法应用巢式聚合酶链反应技术,对122例在深圳市发现的HIV-1感染者外周血单个核细胞中的env基因和gag基因进行扩增,并对各基因区核苷酸序列进行测定和分析。结果122份样本中共存在CRF01_AE、CRF08_BC、CRF07_BC3种重组毒株以及B'、B、C3种亚型,其在所有分析样本中的比例分别为45.1%(55/122)、31.1%(38/122)、6.6%(8/122)、14.8%(18/122)、1.6%(2/122)和0.8%(1/122)。CRF01_AE、CRF08_BC、CRF07_BC、B和B'亚型间的组内离散率分别为(4.455±1.478)%、(2.997±1.345)%、(4.380±2.024)%、(5.186±2.487)%和(4.869±2.638)%,与部分国内和国际参考株01AE.TH.90.CM240、97CNGX-9F、CN.97.C54A、B.US.83.JRFL、RL42核苷酸序列间的离散率分别为(5.228±0.823)%、(3.634±1.073)%、(4.233±1.119)%、(4.950±2.564)%、(5.795±2.198)%。CRF07_BC和CRF08_BC亚型以吸毒人群为主,CRF01_AE重组亚型以性途径和吸毒人群为主,B和B'亚型主要分布在静脉吸毒、性传播和献/输血人群。结论深圳地区有3种亚型和3种重组亚型HIV-1毒株流行,CRF01_AE、CRF08_BC重组亚型和B'亚型为主要流行毒株,CRF01_AE是性传播人群中的主要流行毒株,CRF08_BC和CRF01_AE是静脉吸毒人群中的主要流行毒株。     

中国HIV-1 B/C重组病毒的gag-pol区基因序列特征分析

目的对6株中国人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)B／c重组病毒的完整gag基因和部分pol基因进行序列分析,从基因水平上分析是否存在新模式的B／C重组病毒并与其母本毒株进行比较研究,尝试对其不同的生物学表型进行解释。方法从确诊的HIV感染者的全血样本中,提取样本基因组DNA,经套式聚合酶链反应(PCR)扩增后,将扩增产物进行纯化和测序。然后将所得序列进行系统进化树和氨基酸变异分析。用Simplot软件进行序列重组分析并确定重组断点区域;用MEGA软件按断点分段做基因进化树分析以验证该断点的正确性;用GCG软件包的Distance程序计算基因距离。并分析所研究的HIV-1B／C重组毒株长2550bp基因区段的分区段的基因离散率及基因重组对其功能可能造成的影响。结果新疆5份样本均未发现重组断点的变化,而重庆1份样本的逆转录酶区内的B／C断点发生了160个核苷酸的移动。氨基酸序列分析显示,我国流行的B／C重组株与其母本B、C毒株之间发生第286位(R—K／N)和第799位(A—T)的变化。结论我国现在流行的HIV-1 B／C重组病毒仍以CRF07-BC和CRF08-BC两种模式为主,在本研究涉及的基因区内尚未发现新模式重组毒株的流行。初步分析表明我国B／C重组毒株286位和799位氨基酸的变异可能为B／C重组株在我国流行中获得传播优势的原因。