Affymetrix基因表达谱芯片技术筛选胰腺癌异常表达基因的研究

目的:利用基因表达谱芯片筛选出胰腺癌组织与癌旁正常组织的差异表达基因。方法:收集新疆医科大学第三附属医院2014年1月—2016年6月间手术切除的10例胰腺导管细胞癌组织及其相应癌旁正常组织,用TRIzol法提取总RNA后采用含49395个基因探针的Affymetrix基因表达谱芯片筛选出差异表达基因,并行GO分析和pathway分析,对部分差异表达基因行实时定量PCR法验证表达情况。结果:样本总RNA检测合格,基因芯片质量评估良好,检测结果可靠且可重复性高。经芯片降噪处理后共检测38079个基因,其中存在差异表达的基因共512个,表达上调的基因419个,表达下调的基因93个;共287个差异表达基因编码与3个GO分类(生物学过程、分子功能、细胞组分)相关的蛋白;共29条信号通路存在明显基因差异表达,涉及126个基因。经PCR验证,差异表达基因CPB1、CELA3B、CPA1、POSTN、PLA2G1B、CTRC及SPINK1的表达情况与基因芯片检测结果吻合。结论:胰腺导管细胞癌组织与癌旁正常组织间存在大量差异表达的基因,这些基因主要与生物学过程、分子功能及细胞组分相关,且参与了多个细胞信号通路的调控。     

应用液相芯片分析肝细胞癌及癌旁组织小分子RNA表达谱差异

目的运用液相芯片技术研究肝细胞癌（HCC）及毗邻癌旁组织中小分子RNA（miRNA）表达谱差异。方法常规抽提20例HCC及对照癌旁组织中总RNA，采用含有114种miRNA的液相芯片及配套的Luminex 100检测系统进行miRNA差异表达谱分析；选取部分筛选出的差异表达miRNA，以半定量逆转录-聚合酶链反应（RT—PCR）和Western blot分析其相对应的靶mRNA和目的蛋白表达状况。结果HCC的miRNA表达谱中差异表达miRNA共有28个，其中上调6个，下调22个，20例标本中共存性差异表达miRNA有9个（上调2个，下调7个，P〈0．01）；选取表达明显上调的miR-222作为进一步研究对象，半定量RT—PCR和Western blot分别证实其调节的靶目标-结缔组织生长因子（CTGF）在mRNA水平HCC和癌旁组织中差异无统计学意义。而蛋白质水平在HCC中表达明显下降。结论液相芯片筛选差异表达miRNA为HCC发病机制和诊断治疗的研究提供了新的思路；miR-18可能通过转录后基因沉默机制抑制CTGF mRNA翻译，从而促进HCC浸润转移。     

细胞粘附分子在肝细胞癌发生及转移中的作用

目的 探讨细胞粘附分子在肝细胞癌发生和转移中的作用。方法 运用cDNA基因芯片和逆转录聚合酶链反应（RT－PCR）技术检测25例肝细胞癌和8例正常肝组织标本中神经细胞粘附分子（NCAM）、细胞内粘附分子（ICAM）、血管细胞粘附分子（VCAM）的表达。结果 基因芯片检测结果提示细胞粘附分子基因在肝细胞癌中表达均显著增高（P＜0.05)，肝癌转移组与无转移组相差也较明显（P＜0.05)，RT－PCR检测结果与基因芯片结果相同。结论 基因芯片能够为肝细胞癌的相关基因分析提供特异和可靠的数据。肝细胞癌的发生和转移可能与肝脏组织中粘附分子基因表达升高有关。     

细胞周期及生长调控因子在肝癌及正常肝组织中的表达

目的 了解肝癌中细胞周期及生长调控因子的表达概况,探寻其在肝癌与正常肝组织中的表达差异。方法 以24例肝癌及癌旁正常肝组织的总RNA反转录合成含有α-^32PdATP的cDNA为探针,与Atlas微阵列表达分析膜进行差异杂交,并应用半定量逆转录－聚合酶链式反应（RT－PCR）及印迹法（Northern)杂交验证。结果 在所分析的588种已知基因中,与细胞周期及生长调控相关的基因共有79个,其中TFDP－2、E2F－3、ERK等7个在肝癌组织中表达上调,MAPKK和CDK3表达下高.地RT－PCR结果和Northern杂交的结果均证实了Atlas微阵列差异杂交的准确性。结论 通过Atlas微阵列较全面系统地研究肝癌的基因表达改变,这些基因的表达改变组成了一个肝癌特异的基因表达谱。一些与细胞周期及生长调控有关的差异表达基因为研究肝癌的发病机制及肝癌的发生、发展提供了有益的线索。     

肝癌及癌旁肝组织基因表达的分析

目的 了解肝癌的基因表达概况、寻找肝癌及癌旁肝组织中差异表达基因。方法 以24例肝癌及癌旁肝组织的总RNA反转录合成含有α－^32PdATP的cDNA为探针,与Atlas微阵列表达分析膜进行差异杂交。结果 放射自显影结果经AtlasImage^TM软件分析显示：在所分析的588种已知基因中,TFDP2、Aktl、E2F－3等18个在肝癌组织中表达上调,TDGF1、BAK、LAR等25个表达下调,参与细胞增殖、凋亡、分化、细胞间相互作用、与细胞侵袭相关的基因表达水平发生了明显改变。结论 通过Atlas微阵列系统分析发现的这些基因的表达改变组成了一个肝癌特异的基因表达谱,系统地研究肝癌的基因表达改变,与肝癌发生相关的差异变化基因可为肝癌早期诊断和治疗提供线索。     

Twist基因在肝细胞肝癌中的表达及意义

目的探讨转录因子Twist在人肝细胞肝癌、癌旁和肝硬化组织中的表达及其意义。方法利用免疫组化方法检测26例肝细胞肝癌标本（癌和癌旁组织）和10例肝硬化标本中Twist的表达情况;利用逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）和Western蛋白印迹方法检测其中10例标本中的Twist mRNA和其蛋白的表达情况,分析其临床病理意义。结果免疫组化显示：Twist蛋白在肝癌、癌旁和肝硬化组织中的阳性率分别为84．6％、19．2％和20．0％,Twist在肝癌组织中的表达明显强于癌旁或肝硬化组织（P〈0．05）;大多数癌旁和肝硬化组织无Twist表达,癌旁与肝硬化组织相比阳性率无差别（P〈0．05）。与癌旁组织相比,Twist mRNA和其蛋白在肝癌组织中表达明显上调（P〈0．05）。结论Twist在肝细胞肝癌组织中的过高表达与肝癌的发生发展相关。     

E3泛素连接酶RNF87在肝细胞癌组织中的表达及意义

目的:探讨E3泛素连接酶RNF87在肝癌组织中的表达,分析与肝癌患者预后的关系。方法 :山东大学齐鲁医院2008年1月—2013年12月肝癌患者标本98例。采用免疫组化及Western blot法检测RNF87在肝癌和对应癌旁组织中的表达,探讨RNF87表达与肝癌患者预后及复发的关系。结果:免疫组化及Western blot实验结果显示,RNF87在肝癌组织中表达水平较癌旁组织明显降低;肿瘤组织中RNF87的表达水平与肝癌患者预后和术后复发明显相关(P0.01);RNF87低表达与微血管侵犯密切相关(P0.05)。结论:RNF87在肝癌组织中的表达明显降低,其表达水平可作为判断肝癌患者预后的指标,RNF87可能是潜在的抑癌基因。     

LIN-28B在原发性肝癌组织中的表达及其临床意义

目的 检测不同恶性程度的原发性肝癌组织中LIN-28B的mRNA和蛋白的表达及其临床意义.方法 应用荧光实时定量PCR(real-time quantitative PCR)技术和Western blot方法检测LIN-28B的mRNA及蛋白在36例肝癌(高分化10例,中分化14例,低分化12例)及相应的癌旁肝组织和10例正常肝脏组织中的表达,并分析与临床病理特点之间的相关性.结果荧光实时定量PCR分析显示,低分化的肝癌组织中LIN-28B阳性率为100%;中分化的肝癌组织阳性率为71.4%;高分化的肝癌组织阳性率只有20%.癌旁组织和正常肝组织中该基因低表达或不表达.Western blot检测的该基因蛋白质表达情况与mRNA的结果相似.结论 LIN28B基因的过表达与肝癌细胞的恶性程度密切相关,表达量越高,其恶性程度愈大.     

原发性肝癌癌旁组织生长激素受体的基因研究

目的探讨原发性肝癌癌旁组织生长激素受体（GHR）的基因表达情况或变化。方法采用放射配体法、半定量的逆转录-多聚酶链式反应（RT—PCR）对45例原发性肝癌（HCC）的癌旁组织进行了生长激素受体（GHR）的检测，以8例正常肝组织作为对照，并随机选择12例RT—PCR阳性扩增产物直接进行DNA序列测定。结果在蛋白表达水平，应用放射性配体法于正常肝组织与45例HCC癌旁组织中检测到单一的GH特异性结合位点（即GHR）。对照组肝组织GHR的RT值为40．2932±3。5667．fmol／mg；protein，Kd为0．6167±0．1007nmol／L。HCC癌旁组织GHR的RT为33．6283±3．6218fmol／mg。protein，Kd值为0．6319±0．1978nmol／L，与正常肝组织相比，HCC癌旁GHR的RT降低（P〈0．05）．而Kd无显著性改变（P〉0．05）。半定量的RT—PCR法发现GHRmRNA在正常肝组织与HCC癌旁组织的表达率均为100％。GHRmRNA在正常肝组织与原发性肝癌癌旁组织的表达两者之间差异无显著性（P〉0．05）。结论全部肝癌癌旁组织在蛋白与mRNA水平均表达GHR，在其受体功能未明的情况下，目前rhGH在肝癌患者中的使用应慎重，以免造成肿瘤的增殖与复发。     

体外循环前后外周血单个核细胞细胞因子的差异表达

目的探讨基因芯片技术在心血管外科临床及科研中的应用价值，应用表达谱基因芯片筛选体外循环（CPB）前后外周血单个核细胞（PBMC）的差异表达基因，为CPB炎性反应的研究提供线索。方法CPB开始、CPB结束即刻抽取患者动脉血，分离PBMC，用BD Atlas^TM cDNA Expression Arrays表达谱基因芯片对比细胞因子的差异表达，应用逆转录-聚合酶链式反应（RT—PCR）对结果进行验证。结果将基因芯片技术成功应用于CPB研究，并得到CPB前后PBMC细胞因子基因表达谱，其中自细胞介素-6（IL-6）和Wnt5a差异表达较明显，但半定量RT—PCR验证结果未发现差异有统计学意义（P=0．888，0．135）。结论基因芯片技术在CPB后细胞因子变化的研究中有一定应用价值；表达谱基因芯片初步筛选出了CPB后的差异表达基因，这些基因可能参与了CPB引起的炎性反应及其他病理生理反应；PBMC可能不是CPB中细胞因子的主要来源。     

肝癌介入治疗对多药耐药相关蛋白基因表达的影响

目的：研究肝癌介入治疗前后多药耐药相关蛋白基因的表达情况并探讨其临床意义。方法：选择28例不能手术的肝癌患者行TACE治疗,TACE前后对肝癌组织进行细针穿刺活检,再利用实时荧光定量PCR法检测MRP1、MRP2、MRP3和MRP5基因的表达水平,比较TACE治疗前后多药耐药相关蛋白基因的表达情况。结果：28例肝癌患者行TACE治疗后MRP1、MRP3和MRP5基因的表达水平比TACE治疗前表达量明显增高（P〈0.05）,而MRP2基因的表达水平在TACE治疗前后没有显著性差异（P〉0.05）。结论：肝癌患者进行TACE治疗与否不影响MRP2的基因表达,因而肝癌的获得性多药耐药可能与MRP1、MRP3、MRP5基因的表达有关。     

GRIM-19在肝细胞癌组织中的低表达及对其侵袭能力的影响

目的：检测GRIM-19在肝细咆癌（HCC）中的表达,分析其与HCC生物学行为的关系,并探讨GRIM-19对HCC侵袭能力的影响。方法：应用实时定量PCR技术检测83例HCC及其相对应的癌旁组织和8例正常肝组织中GRIM-19mRNA的表达,分析其与HCC临床病理因素之间的关系。用Westernblot法检测低侵袭力细胞株HL-7702、MHCC-97L和高侵袭力细胞株MHCC-97H、Huh-7中GRIM-19蛋白的表达。应用细胞转染技术将GRIM-19shRNA转入HL-7702和Huh-7,从而构建HL-7702和Huh-7的GRIM-19kd细胞系,并用Westernblot法检测转染效果。应用Transwell细胞迁移实验研究GRIM-19对HCC侵袭能力的影响。结果：实时定量PCR结果显示,83例HCC组织中有52例（62．65％）GRIM-19的表达低于相对应的癌旁组织（P〈O．01）,其表达水平也低于8例正常肝组织（P〈005）。GRIM-19的表达与HCC的TNM临床分期（P=O．011）、微血管浸润（P=O．047）和包膜浸润（P=O．013）密切相关。Westernblot显示HL-7702、MHCC-97L、MHCC-97H、Huh-7细胞系表达GRIM-19蛋白,且低侵袭力细胞株HL-7702、MHCC-97L中GRIM-19表达高于高侵袭力细胞株MHCC-97H、Huh-7。细胞侵袭实验显示GRIM-19低表达促进了HCC的侵袭能力。结论：GRIM-19在HCC的侵袭中起重要作用,可能为检测HCC的侵袭潜能提供新的研究思路。     

应用结肠癌基因表达谱数据整合分析筛选肿瘤相关基因

目的 通过结肠癌基因表达谱数据整合分析筛选肿瘤相关基因.方法 基因芯片技术构建的结肠癌基因表达谱与转录组公共数据库SAGE DGED信息相结合,筛选肿瘤相关基因.定量聚合酶链反应(PCR)验证基因差异表达.组织芯片(腺癌22例、腺瘤20例、正常8例)和免疫组织化学技术检测基因蛋白表达.结果 119条基因(上调17条、下调102条)在基因芯片与SAGEDGED中表达变化结果一致.定量PCR检测TGFBI、NME1、IFITM3、FCGBP和TSPAN1基因表达,结果与基因表达谱数据一致.IFITM3蛋白表达在结肠腺瘤(20%,4/20)和腺癌(55%,12/22)中表达较正常结肠组织(0,0/8)明显升高(P<0.05).结论 基因芯片数据和SAGE DGED相结合,可快速、准确筛选结肠癌肿瘤相关基因.     

应用结肠癌基因表达谱数据整合分析筛选肿瘤相关基因

目的 通过结肠癌基因表达谱数据整合分析筛选肿瘤相关基因.方法 基因芯片技术构建的结肠癌基因表达谱与转录组公共数据库SAGE DGED信息相结合,筛选肿瘤相关基因.定量聚合酶链反应(PCR)验证基因差异表达.组织芯片(腺癌22例、腺瘤20例、正常8例)和免疫组织化学技术检测基因蛋白表达.结果 119条基因(上调17条、下调102条)在基因芯片与SAGEDGED中表达变化结果一致.定量PCR检测TGFBI、NME1、IFITM3、FCGBP和TSPAN1基因表达,结果与基因表达谱数据一致.IFITM3蛋白表达在结肠腺瘤(20%,4/20)和腺癌(55%,12/22)中表达较正常结肠组织(0,0/8)明显升高(P<0.05).结论 基因芯片数据和SAGE DGED相结合,可快速、准确筛选结肠癌肿瘤相关基因.     

应用结肠癌基因表达谱数据整合分析筛选肿瘤相关基因

目的 通过结肠癌基因表达谱数据整合分析筛选肿瘤相关基因.方法 基因芯片技术构建的结肠癌基因表达谱与转录组公共数据库SAGE DGED信息相结合,筛选肿瘤相关基因.定量聚合酶链反应(PCR)验证基因差异表达.组织芯片(腺癌22例、腺瘤20例、正常8例)和免疫组织化学技术检测基因蛋白表达.结果 119条基因(上调17条、下调102条)在基因芯片与SAGEDGED中表达变化结果一致.定量PCR检测TGFBI、NME1、IFITM3、FCGBP和TSPAN1基因表达,结果与基因表达谱数据一致.IFITM3蛋白表达在结肠腺瘤(20%,4/20)和腺癌(55%,12/22)中表达较正常结肠组织(0,0/8)明显升高(P<0.05).结论 基因芯片数据和SAGE DGED相结合,可快速、准确筛选结肠癌肿瘤相关基因.     

核糖体蛋白L26基因的克隆及其在肝癌中的表达

目的 克隆和分析与肝细胞癌发生发展相关的基因。方法 应用差异显示技术获得24例肝癌及其癌旁组织表达差异的目标基因片段,对其进行克隆、测序,并在基因数据库中检索进行同源性比较,应用印迹法（Northern)杂交技术研究其正常组织分布和肝癌中表达的变化。结果 肝癌中获得一目标基因片段经测序证明其来源于一已知基因核糖体蛋白L26（RPL26）,Northern杂交分析表明该基因在各种组织中广泛表达,83.3%原发性肝癌患者癌组织中RPL26表达显著高于癌旁组织。结论 RLP26可能是肝癌进展的有用的生物学标志。     

RNA干扰逆转人胃癌细胞多药耐药的研究

目的：研究RNA干扰沉默多药耐药（multidrug resistance,MDR）基因对胃癌多药耐药细胞株BGC-823/5-Fu生长的影响。方法：构建靶向MDR1的shRNA干扰质粒转染人胃癌多药耐药细胞株BGC-823/5-FU,噻唑蓝（MTT）法检测耐药细胞对5-Fu的敏感性,实时荧光定量PCR（Real-time-PCR）检测MDR1 mRNA表达的变化,Western blot检测各组细胞P-gp表达的变化,流式细胞术检测细胞周期变化、凋亡情况。结果：与RNAi-control组和normal组相比,RNAi-MDR1组细胞干扰质粒细胞的IC50明显降低,为2.104±0.242（P〈0.05）,敏感性的相对逆转率为76.8%;MDR1 mRNA表达明显下调（P〈0.05）;P-gp的表达水平降低（P〈0.05）;凋亡率明显升高至（5.757±0.684）%。结论：应用RNA干扰有效抑制了MDR1的表达,使P-gp的表达降低,增强了BGC-823/5-Fu细胞对5-Fu的敏感性,为寻找逆转胃癌细胞多药耐药有效方法奠定了基础。     

基因芯片在筛选胆管癌相关基因差异性表达的应用研究

目的　应用cDNA芯片技术进行肝外胆管癌相关基因表达谱差异分析 ,筛选胆管癌相关基因。方法　按一步法分别抽提 6例胆管癌和正常人胆管黏膜总RNA、纯化 ,逆转录合成掺入荧光分子的cDNA链探针 ,与 10 68条人PCR微矩阵芯片杂交 ,扫描芯片荧光信号图像 ,计算机分析比较二种组织基因表达谱差异。结果　胆管癌与正常胆管黏膜的基因表达谱分析 ,发现有 194条基因表达差异 ,6组标本 47条与肿瘤相关的基因一致向上或向下表达 ,2 3条表达上调 ,2 4条表达下调。结论　基因芯片能快速筛选胆管癌相关基因 ,分析这些差异表达的基因能够阐明胆管癌复杂的生物学特性与基因表达之间的内在联系 ,并识别肿瘤的标记物。     

人类新的肝癌高表达基因HCCA3的克隆、鉴定及其临床病理学意义

目的 克隆新的肝癌相关基因并探索其在肝癌发生发展中的作用机制。方法 采用mRNA差异显示技术，分析肝癌和癌旁组织差异表达基因谱，获得的差异表达基因片断作为探针，筛选胎盘cDNA文库，以获得全长cDNA序列。通过Northern印迹杂交的方法，分析所获得的新基因在42例肝癌组织中的表达情况，并分析其临床和病理学意义。结果 克隆了一个新的肝癌相关基因，命名为HCCA3，该基因的全长cDNA 1706 bp，编码一个264个氨基酸的蛋白质，在人类肝癌中广泛表达(78．6％，33／42)，并与肝癌的浸润转移密切相关。结论 HCCA43是一个新的人类基因，在肝癌中的异常高表达可能对肝癌的发生发展具有重要的促进作用。