用锅柄聚合酶链反应法克隆卡地腐霉Pr1基因的未知片段

目的：分离和克隆灭蚊真菌卡地腐霉类枯草杆菌蛋白酶基因已知片段的3′端未知序列。方法：采用PANHANDLE PCR，以基因组DNA为模板，通过链内退火及延伸形成一个类似锅柄形状的结构，经嵌套式PCR扩增得到未知目的片段。通过已知cDNA片段设计引物，PCR扩增得到该蛋白酶部分基因组序列，采用限制性内切酶BamH Ⅰ消化卡地腐霉基因组DNA，经去磷酸化处理后，在消化片段3′端连接一段与卡地腐霉类枯草杆菌蛋白酶基因5′端已知序列互补的5′端磷酸化寡核苷酸链NA，经链内退火及聚合酶延伸形成一锅柄状结构。结果：获得一大小为876bp的PCR产物，经序列分析验证，该panhandle PCR产物包含了已知卡地腐霉类枯草杆菌蛋白酶基因3′端未知的853bp核苷酸序列。结论：这种特殊的PCR方法可以高度有效地克隆和鉴定已知片段两侧的未知基因片段。     

贵阳腐霉几丁质酶的活性及基因片段克隆与序列

目的: 研究贵阳腐霉(Pythium guiyangense Su)几丁质酶的活性及其基因片段的克隆与序列分析.方法: (1) 采用3,5-二硝基水杨酸比色法测定贵阳腐霉分泌的几丁质酶活性;(2)根据NCBI Protein 数据库中多种生物的几丁质酶氨基酸序列的保守区设计引物,以贵阳腐霉基因组DNA为模版,通过PCR扩增获得特异性DNA片段;(3)将该片段克隆并进行测序分析.结果: 贵阳腐霉经诱导后可以分泌几丁质酶.诱导24 h是该酶分泌高峰期.克隆到一207bp的DNA片段,其第182～207碱基序列与狗(Canis familiaris)的几丁质酶基因的部分序列相同.结论: 本实验证明贵阳腐霉核DNA含有几丁质酶基因,在几丁质类似物的诱导下,该菌可以分泌几丁质酶.所克隆的DNA片段可能是几丁质酶基因的部分序列.     

小鼠釉基质丝氨酸蛋白酶基因打靶载体的构建及鉴定

目的：对牙釉质丝氨酸蛋白酶（EMSP1）基因 进行体外扩增，构建基因打靶载体，利用基因打靶技术建立转基因动物模型，研究EMSP1生理功能和病理学意义。方法：根据EMSP1的DNA序列，采用Oligo 6.0软件设计两对引物，以129品系小鼠基因组DNA为模板，分别扩增长为5 000 bp和1 700 bp片段作为同源长短臂。将其分插入通用型基因敲除载体pSSC-9的正向筛选基因neo两侧，用PCR方法、限制性酶切DNA 序列分析进行鉴定。结果：采用双酶切鉴定，阳性重组克隆分别切出5000 bp和1700 bp片段，表明长短臂已克隆于载体中。DNA序列分析表明，成功构建 EMSP1基因打靶载体pSSC-9- EMSP1。结论：成功构建小鼠EMSP1基因打靶载体。     

锅柄聚合酶链反应法扩增贵阳腐霉Pr1基因上游未知序列

目的：在灭蚊真菌贵阳腐霉Pr1基因已知序列的基础上,利用锅柄聚合酶链反应法扩增Pr1基因上游未知序列。方法首先采用限制性内切酶BamHⅠ对基因组DNA进行完全酶切,用小牛肠碱性磷酸酶去磷酸化后,与5′磷酸化的寡核苷酸链连接,经过变性、链内退火和聚合酶延伸形成锅柄状,最后进行嵌套式PCR。结果获得了Pr1基因已知序列上游864bp核苷酸序列,GenBank登录号为：JQ975036。结论锅柄聚合酶链反应法可以高度有效地扩增与已知位点相邻的基因组片段,是一种可靠的染色体步移法,有利于Pr1基因全长的克隆。     

副溶血性弧茵耐热直接相关溶血素基因的克隆与序列分析

目的探讨克隆副溶血弧菌(Vp)耐热直接相关溶血素基因的方法.方法用PCR技术扩增目的基因双酶切载体pGEX-3X和目的基因DNA,连接并转化大肠杆菌DH5α.对重组质粒进行PCR鉴定、酶切鉴定和序列分析.结果凝胶电泳显示,标准株Vp14-91基因组DNA的PCR产物长约600 bp.阳性克隆的PCR产物也为一长约600 bp的条带,经双酶切可切出一约600bp的条带.DNA测序结果表明与GenBank中的序列有99.1%的同源性.结论利用该方法成功克隆了目的基因,为制备用于现场检测的基因探针和Vp的保护性疫苗以及Vp的致病机制研究奠定了基础.     

杜氏盐藻硝酸盐还原酶基因5'上游序列的克隆与序列分析

目的:克隆杜氏盐藻硝酸盐还原酶(NR)基因5'上游序列,并对其进行测序和序列分析.方法:提取杜氏盐藻基因组DNA,经过BamH I、EcoR I、Hind Ⅲ、Pst I、Sal Ⅰ及Xbal Ⅰ限制性内切酶分别酶切后,再与相应接头连接,分别构建盐藻步行基因组文库BL、EL、HL、PL、SL和XL.采用巢式(LA)-PCR方法,从上述步行基因组文库中扩增杜氏盐藻NR基因5'上游序列,克隆至pMD18-T,对酶切鉴定正确的克隆进行测序.结果:从HL里扩出约1 200 bp特异性片断,回收此片段并进行T载体克隆,对阳性克隆测序.该序列的3'端与已知NR基因cDNA 5'端序列完全一致.该序列含有多个与转录调控有关的保守序列(如CAAT-box和GAGA-box),含有与EBP、EFII、NF-E1、LV 等转录因子以及广谱激活剂Oct-1结合位点相似的核苷酸序列.结论:采用LA-PCR基因组步行方法,从已知cDNA 周围未知启动子或其他调控区域中克隆得到的NR基因的5'上游区序列,可能是一种新的杜氏盐藻启动子区序列.     

弓形虫ROP2基因的体外扩增及真核表达重组质粒的构建

目的　构建弓形虫棒状体蛋白2（POP2）基因真核表达重组质粒。方法　根据ROP2基因已知序列,设计合成一对引物,上、下游引物分别引入EcoRI、SalI酶切位点,用PCR方法从弓形虫RH株基因组DNA中扩增编码ROP2的基因片段,插入pGEX-4T-1质粒,构建原核表达重组质粒pGEX-4T-1-ROP2,而后经EcoR　I、Not　I双酶切出ROP2基因片段,再亚克隆到载体pcDNA3中构建真核表达重组质粒pcDNA3-ROP2。结果　ROP2基因体外扩增产物大小约1043bp,重组质粒经酶切及PCR鉴定表明获得正确重组子,克隆基因测序结果与已知序列基本吻合。结论　在国内首次克隆了弓形虫ROP2基因并构建了真核表达质粒pcDNA3-ROP2,为下一步弓形虫DNA疫苗研究打下了基础。     

弓形虫ROP2基因的体外扩增及真核表达重组质粒的构建

目的 构建弓形虫棒状体蛋白2（ROP2）基因真核表达重组质粒，方法 根据ROP2基因已知序列，设计合成一对引物，上，下游引物分别引入EcoRI,SalI酶切位点，用PCR方法从弓形虫RH株基因组DNA中扩增编码ROP2的基因片段，插入pGEX-4T-1质粒，构建原核表达重组质粒pGEX-4T-1-ROP2，而后经EcoRI,NotI双酶切除ROP2基因片段，再亚克隆到载体pcDNA3中构建真核表达重组质粒pcDNA3-ROP2。结果 ROP2基因体外扩增产物大小约1043bp，重组质粒经酶切及PCR鉴定表明获得正确重组子，克隆基因测序结果与已知序列基本吻合。结论 在国内首次克隆了弓形虫ROP2基因并构建了真核表达质粒pcDNA3-ROP2。为下一步弓形虫DNA疫苗研究打下了基础。     

人脑源性神经营养因子基因克隆及序列分析

目的：克隆人脑源性神经营养因子（hBDNF)基因并进行序列分析。方法：提取健康成人末梢血白细胞基因组DNA作为模板,应用PCR技术和T－载体克隆法克隆hBDNF基因,筛选阳性克隆,酶切鉴定,并进行序列测定和分析。结果：DNA序列测定的结果与GenBank提供的已知序列（M61181）比较,所克隆的hBDNF基因从超始密码子ATG到终止密码子TAG全长共744bp,序列完全相同,结论：自人基因组DNA中克隆hBDNF基因,为进一步开展阿尔茨海默病（AD）的基因治疗积累了资料。     

Panhandle PCR strategy to amplify the upstream unknown sequence of the Prl gene ofpythium guiyangense

Objective： Based on a partialsubtilisin-like protease, Prl genomic sequence ofPythium guiyangense which has been cloned before, Panhandle PCR strategy was used to amplify the upstream flanking sequence adjacent to the known sequence of the Prl gene. Methods： The genomic DNA was firstly digested with BamH I and then treated with calf intestinal alkaline phosphatase（CIAP）. Next, a 5＇ phosphorylated oligonucleotide was ligated to the 5＇ ends of BamH I -digested DNA. After denaturation, intmstrand annealing and polymemse extension, a pan with a handle was formed,and lastly the nested PCR was performed. Results： A 864 bp product was amplified,which was adjacent to the known sequence of Prl gene.The gene has been accessed by GenBank （Accession：JQ975036）. Conclusion： Panhandle PCR is a quick and convenient approach for amplifying and identifying unknown partner genes,which facilitates cloning full-length Prl gene     

结核分支杆菌Ag85B基因真核表达株的构建

目的 构建结核分支杆菌分泌蛋白Ag85B编码基因的DNA疫苗。方法 以结核分支杆菌H37Rv基因组为模板，PCR扩增Ag85B编码基因，用限制性内切酶消化后，插入真核表达载体pVaxl中，转化大肠杆菌DH5a，进行重组子筛选、鉴定。结果 以结核分支杆菌PCR扩增为阳性，经限制性内切酶消化后可见目的条带，所测定序列与报道的Ag85B序列一致。结论 成功地构建了结核分支杆菌Ag85B基因真核表达株。     

弓形虫GRA1基因变异及真核表达载体的构建

目的：构建弓形虫致密颗粒抗原1（ GRA1）基因真核表达质粒。方法：根据GRA1基因已知序列,设计一对引物。用PCR技术从弓形虫RH株基因组DNA中扩增GRA1基因片段,插入pcDNA3质粒,转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,经酶切及PCR鉴定、测序。结果：从弓形虫RH株基因组中扩增出775 bp的GRA1基因,测序显示该基因存在一135 bp的插入序列,使得所得PCR产物分子量大于预期值（628 bp）。该插入序列造成GRA1基因移码突变。结论：首次报道了变异的弓形虫RH株GRA1基因并构建了该变异基因的重组表达质粒。     

日本血吸虫8k CaBP基因启动子区的克隆与分析

目的克隆日本血吸虫8k CaBP(Sj8CaBP)基因启动子区并对该序列进行分析。方法提取日本血吸虫基因组DNA，并按Clontech Universal Genome Walker^TMKit的操作手册说明，建立日本血吸虫基因组DNA文库。根据手册要求及Sj8CaBP基因的cDNA序列，设计合成该基因染色体步移的特异性引物与试剂盒提供的端子引物进行巢式PCR。将得到的PCR产物克隆测序，测序结果用启动子区的分析软件及与其cDNA序列比对进行分析。结果得到的Sj8CaBP基因长度为1079bp(GenBank登录号AY262018)，该基因包含Sj8CaBP基因完整的开放阅读框(ORF)，包括1个内含子及2个外显子，在其5′端UTR区具有明显的启动子区，包括TATA盒及CAAT盒，没有发现GC盒及一些血吸虫基因启动子区所常见的AP—1(Active protein 1)结合位点。结论从日本血吸虫基因组文库中获得一个长1079bp的Sj8CaBP基因片段(GenBank登录号为AY262018)，经分析证明，该片段包含一个启动子区，具有TATA盒及CAAT盒的结构及1个内含子2个外显子．     

阴道毛滴虫Rab1a基因的cDNA克隆及重组表达

目的克隆和分析阴道毛滴虫(Trichomonasvaginalis,Tv)Rab1a基因,构建Rab1a基因表达重组载体并表达其融合蛋白,以进一步探讨其功能。方法提取阴道毛滴虫基因组DNA为模板,扩增TvRab1a基因,用pQE80L载体与TvRab1acDNA克隆构建原核表达重组体并表达融合蛋白,纯化表达产物并由SDS-PAGE鉴定。结果在阴道毛滴虫cDNA文库克隆中发现了Rab1a基因,序列分析显示Rab1a基因的基因组DNA序列含有一个25bp大小的内含子。成功构建了pQE/Rab1a原核表达重组体,并表达出预期大小的重组蛋白质。结论分析表明TvRab1a基因是阴道毛滴虫Rab1鸟苷三磷酸酶同源基因,它含有一个25bp的内含子。获得了该基因的重组蛋白,将对TvRab1a基因的功能进行进一步研究。     

日本血吸虫8k CaBP基因启动子区的克隆与分析

目的 克隆日本血吸虫8kCaBP(Sj8CaBP)基因启动子区并对该序列进行分析。方法 提取日本血吸虫基因组DNA,并按Clontech Universal Genome Walker^TM Kit的操作手册说明,建立日本血吸虫基因组DNA文库。根据手册要求及Sj8CaBP基因的cDNA序列,设计合成该基因染色体步移的特异性引物与试剂盒提供的端子引物进行巢式PCR。将得到的PCR产物克隆测序,测序结果用启动子区的分析软件及与其cDNA序列比对进行分析。结果 得到的Sj8CaBP基因长度为1079bp(GenBank登录号AY262018),该基因包含Sj8CaBP基因完整的开放阅读框(ORF),包括1个内含子及2个外显子,在其5’端UTR区具有明显的启动子区,包括TATA盒及CAAT盒,没有发现GC盒及一些血吸虫基因启动子区所常见的AP-1(Activeprotein1)结合位点。结论 从日本血吸虫基因组文库中获得一个长1079bp的Sj8CaBP基因片段(GenBank登录号为AY262018),经分析证明,该片段包含一个启动子区,具有TATA盒及CAAT盒的结构及1个内含子2个外显子.     

弓形虫GRA7真核表达质粒的构建

目的:构建弓形虫致密颗粒抗原GRA7的真核重组表达质粒。方法:设计GRA7的特异引物,采用多聚酶链反应(PCR)技术从弓形虫RH株基因组DNA中扩增编码GRA7的基因片段,经克隆至pMD18-T载体后,亚克隆至真核表达载体pVAX1而构建真核重组表达质粒pVAX1-GRA7。结果:PCR扩增出GRA7基因的特异片段,所获克隆的序列正确,并被亚克隆到真核表达载体pVAX1,构建了真核重组表达质粒pVAX1-GRA8。结论:成功构建了GRA7的真核重组表达质粒pVAX1-GRA7。     

HSV-tk基因逆转录病毒重组体的构建与DNA序列分析

目的　构建含有单纯疱疹病毒Ⅰ型胸苷激酶 (HSV1 tk)基因的逆转录病毒重组载体pLXSN TK。方法设计一对寡核苷酸引物 ,用PCR方法从质粒pHSV10 6中特异扩增HSV tk基因片段 ( 1168bp) ,分别用BamHI和Eco RI酶切后 ,定向连接到质粒pLXSN中 ,转化宿主菌TG1,分别用上述内切酶 ,PCR和DNA测序鉴定重组质粒。结果　酶切鉴定所切下的片段和PCR扩增的片段大小均与预计相符 ,测序结果与文献报道序列及预计结果一致 ,证实符合表达框架。结论　成功构建了HSV tk嵌合重组质粒pLXSN TK。