登革2型病毒全长NS1基因真核表达载体的构建及序列分析

目的克隆登革2型病毒(DEN2)全长NS1基因，构建NS1基因的真核表达重组质粒。方法用RT—PCR技术扩增DEN2(NGC株)全长的NSl基因序列，并定向克隆入pPICZαB的KpnⅠ／XbalⅠ位点，构建真核表达载体pPICZαB—NS1，转化E.coli DH5a菌。阳性重组质粒用PCR、酶切及序列测定等方法鉴定。结果阳性质粒经PCR及KpnⅠ／XbaⅠ双酶切获得了一个核苷酸长度为1134bp的基因；序列测定证实该基因与DEN2(NGC株AF038403)NS1基因序列有99％同源。结论成功构建了含有DEN2全长NS1基因的真核表达载体DPICZαB—NS1，为NS1的进一步酵母表达奠定了良好的基础。     

广州2002年登革病毒流行株的分离鉴定及进化分析

目的从2002年广州采集的可疑登革病人血清中分离登革病毒,明确流行株的血清型及基因型,并鉴定该分离株的毒力。方法采集疑似登革热患者血清20份,应用C6／36细胞体外培养的方法进行病毒分离,并合成登革病毒通用引物,进行逆转录一聚合酶链反应(RT-PCR)后,将PCR扩增产物克隆到T载体进行序列测定和比对。确定血清型后,进一步扩增在病毒进化上有代表意义的病毒血清型特异性E／NS1连接区基因片段,测序后用邻位相连(N—J)法构建登革病毒进化树,分析此次登革病毒流行株的来源。通过乳鼠脑内接种及空斑实验,测定分离株的毒力。结果上述20份血清标本中,5份标本出现明显的细胞病变,主要表现为细胞融合,形成大小不一的空泡和网状结构。RT-PCR扩增、序列测定证实为登革病毒Ⅰ型。E／NS1连接区基因序列片段分析表明,2002年广州分离株(DEN-1／GZ2002)的核苷酸序列与基因型Ⅳ型的DEN—1／T14株(澳大利亚,1981)同源性最高,达98％。N—J法构建进化树显示：11株DEN-1病毒分成3个基因群,分别与Rico-Hesse1990分型中的Ⅰ,Ⅳ和Ⅴ型以及Ana P．Goncalvez 2002年分型中的亚洲型,南太平洋型和美N／tbN型相符,本室分离的DEN-1／GZ2002株属于Ⅳ型或者称南太平洋型。DEN-1／GZ2002株脑内接种乳鼠11d左右导致乳鼠弓背,后肢麻痹、瘫痪,直至死亡。感染Vero细胞8d后可见小而不透明的空斑,病毒滴度可达10^6pfu／ml,TCID50为4．37log pfu／0．2ml。结论2002年广州登革热流行为登革病毒Ⅰ型感染所致,病毒基因型为Ⅳ型,本实验虽然未明确毒力相关基因,动物实验及细胞感染实验证实该分离株的毒力较弱。     

两株登革2型病毒E、NS1蛋白基因序列测定及其系统发生分析

目的 :对从登革出血热 (denguehemorrhagicfever ,DHF)病人血清分离到的一株登革 2型病毒 (denguevirustype 2 ,DEN 2B株 )和DEN 2NGC株作E、NS1蛋白部分基因序列测定并进行系统发生树分析 ,了解其变异及分子进化特证。方法 :利用RT PCR法扩增B株和NGC株E、NS1部分基因片段 ,PCR产物直接测序 ;利用DNAssist软件预测其氨基酸序列 ,以及PHYLIP软件的CLUSTAL方法绘制系统发生树。结果 :B株与NGC株E蛋白基因区第 1～ 4 76nt(4 76bp)碱基序列存在 8个位点的差异 ;编码氨基酸存在 4个位置的不同 ;NS1基因区第 5 89～ 1 0 0 …     

登革Ⅱ型病毒Tr1751株E蛋白基因的克隆与表达载体的构建

目的从登革Ⅱ病毒Tr1751株中克隆表达E蛋白的基因,构建了真核表达质粒,为其后继的关于结构和功能的研究提供了条件。方法合成DEN2(Tr1751株)的E蛋白基因引物,通过RT-PCR的方法扩增含有信号肽E蛋白的基因片段,并与真核载体p IRES-hr GFP-1α连接,得到重组的质粒p IRES-hr GFP-1α-E,再用PCR、双酶切和测序的方法进行鉴定。结果 RT-PCR得到的为1 527bp的E蛋白基因片段,酶切鉴定和测序显示重组的质粒含有DEN2病毒中的E蛋白的基因。用重组质粒测序后与Gen Bank中的已知Tr1751株进行相似性比对,核苷酸序列和推导的氨基酸序列同源性均为99%。结论成功的构建出含有全长DEN2的E蛋白基因的真核质粒,为登革病毒核酸疫苗的研究奠定了基础。     

登革2型病毒NGC株NS1基因部分序列pcDNA3.1载体的构建

目的：克隆登革2型病毒NGC株NS1基因部分序列,构建NS1基因部分序列的真核表达载体。方法：用PCR技术扩增登革2型病毒NGC株NS1基因部分序列,并定向克隆入pcDNA3.1（＋）的kpnⅠ、xhoⅠ位点,构建真核重组载体pcDNA3.1（＋）-NS1,转化EcoliDH5a。阳性重组质粒用PCR、酶切及序列测定等方法鉴定。电穿孔法将真核重组载体转染COS-7细胞,RT-PCR鉴定其表达情况。结果：阳性质粒经kpnⅠ及xhoⅠ双酶切及PCR获得了1个核苷酸长度为413 bp的基因,序列测定证实与NGC株NS1基因部分基因序列有99%同源,重组真核质粒转染COS-7细胞经RT-PCR鉴定证实有表达。结论：成功构建了含有登革2型病毒NGC株NS1基因部分序列基因的真核重组载体pcDNA3.1（＋）-NS1。     

禽流感病毒分离株NS基因同源性及等位基因类型分析

目的　克隆测定国内具有代表性的禽流感病毒 (AIV)的非结构 (NS)蛋白基因核苷酸序列 ,分析其同源性和等位基因类型 ,为进一步探索禽流感NS蛋白抗体监测方法奠定基础。方法　经RT PCR扩增了国内 3株H9N2、2株H5N1、2株H7N2亚型AIV分离株的NS蛋白基因 ,并把扩增的基因片段克隆到pGEM T载体中测序 ,将测序结果与GenBank中的核苷酸序列进行同源性比较 ,绘制基因进化树。结果　经测序获得了各AIV分离株NS基因的完整编码序列。同源性分析表明 ,3株H9亚型AIV的NS基因之间的同源性为 96 %～ 98% ;两株H5亚型AIVNS基因同源性为 91 6 % ;两株H7亚型AIV的NS基因同源性为 98 9%。H5和H9亚型分离株的NS基因之间的同源性均高于 90 % ;而H7N2亚型分离株与其它两种亚型分离株的NS基因同源性约为 6 0 %～ 70 %。在AIVNS基因系统发育进化树中 ,H5、H9亚型分离株都处于等位基因A群内 ;3株H9亚型分离株的进化关系较近 ,与香港、广东的部分H5N1病毒株起源相同 ,而 2株H5病毒的NS基因则处于不同分枝内 ;2株H7亚型分离株的NS基因都处于等位基因B群内 ,进化关系较近。结论　这 7株国内AIV分离株的NS基因之间的同源性差异较大 ,约为 6 0 %～ 99% ,且包括A、B两种类型的等位基因     

恶性疟原虫MESA基因的克隆和测序

目的克隆、测定恶性疟原虫海南株(FCC1／HN)成熟疟原虫感染红细胞表面抗原(MESA)基因序列，并进行序列分析。方法根据恶性疟原虫palo-alto株MESA基因已知序列，设计合成四对引物，用PCR技术从FCC1／HN株基因组DNA中扩增出4个部分序列重叠的MESA基因片段，分别克隆入pMD-18T测序载体。用双脱氧链末端终止法测定这4个基因片段的序列，拼接得到全长MESA基因序列。应用DNAstar、AnthProt软件辅助进行序列同源性比较和抗原表位区预测。结果PCR扩增得到特异的恶性疟原虫FCC1／HN株MESA基因片段，酶切及PCR鉴定获得了包含MESA基因片段的重组质粒。测序结果表明，FCC1／HN株MESA全基因编码区长4102bp，A T含量为72．11％，G C含量为27．89％，有1个内含子；编码1323个氨基酸残基，分子量为154470u。序列分析表明，FCC1／HN株与Palo-aho、D10株MESA蛋白在长度和序列组成上呈多态性，序列差异较大区域位于MESA蛋白的氨基酸重复区1、3、4、5和7。经多参数综合分析，有7个潜在的抗原表位区。结论测定、分析了恶性疟原虫FCC1／HN株MESA基因序列。FCC1／HN株MESA基因与其它分离株的MESA基因编码的氨基酸序列存在一定差异。     

散发性庚型肝炎病毒部分核苷酸序列分析

目的 获得散发性庚型肝炎病毒杭州株E2/NS1区部分核苷酸序列。方法 选择1例浙江杭州散发性庚型肝炎患者，从其血清中分离HGVRNA，通过逆转录-套式聚合酶链反应（RT-nPCR)法，扩增该散发性HGV（HZ-2株）E2/NS1区部分cDNA片段，然后克隆到质粒pGEX-4T-3中，并进行核苷酸序列分析结果 HGV杭州株与河北株（HGVC964）、美国株（HGU44402）的核苷酸同源性为92.5%和89.8%。氨基酸同源性为98.0%和93.9%。结论 该项研究将为HGV诊断试剂盒 的研制及基因工程疫苗的研制提供资料。     

PCR技术在丙型肝炎病毒RNA聚合酶基因分析中的应用

目的研究本地区HCV病毒分离株的分型,为临床治疗提供依据。方法利用PCR技术克隆并测定NS5B基因片段的核苷酸序列,并对其核苷酸和氨基酸序列进行比较分析。结果克隆的NS5B片段的核苷酸和氨基酸序列与HCV-Ⅱ型代表株相应部分序列的同源性最高,而且氨基酸序列比较结果显示,37个分离株中RNA聚合酶结构及其相关序列无任何变异。结论该分离株应属HCV—Ⅱ型。NS5B基因片段可能在病毒复制中起重要作用。     

恶性疟原虫FCCl／HN株LDH基因的克隆及序列分析

目的 克隆并测定恶性疟原虫海南(FCCl／HN)株LDN基因序列,比较FCCl/HN株与国外分离株LDH基因序列的差异。方法 根据LDH基因已知序列设计合成一对引物,应用PCR技术从FCCl/HN株基因组DNA中扩增LDH基因,并将其克隆入pMDl8-T载体。用双脱氧链末端终止法进行基因序列测定,并用分子生物学软件进行不同分离株LDH基因序列的同源性比较。结果 PCR扩增得到特异的FCCl／HN株LDH基因片段并构建了pT—LDH重组质粒。恶性疟原虫FCCl／HN株LDH基因全长951bp,编码316个氨基酸。序列分析表明,我国恶性疟原虫FCCl／HN株与国外的3所、Honduras 1株LDH基因编码氨基酸序列完全一致。结论 成功克隆恶性疟原虫FCCl,HN株LDH基因。序列测定及同源性分析表明,FCCl/HN株与其它分离株的LDH基因序列高度保守。     

恶性疟原虫红内期p41-3基因真核表达重组质粒的构建及序列分析

[目的]构建恶性疟原虫海南(FCC1/HN)株p41-3基因真核表达重组质粒pcDNA3-p41-3;测定p41-3基因序列,并了解FCC1/HN株与其它分离株p41-3序列的差异.[方法]根据p41-3基因已知序列设计合成2对引物,用PCR技术从FCC1/HN株基因组DNA中扩增p41-3基因;将p41-3基因定向克隆入真核表达载体pcDNA3,转化大肠杆菌DH5α感受态细胞;用酶切,PCR扩增鉴定筛选到的重组质粒阳性克隆.以正确的重组质粒为模板,用双脱氧链末端终止法测定p41-3基因序列,应用软件辅助分析p41-3序列及进行同源性比较.[结果]PCR扩增得到特异的FCC1/HN株p41-3基因;正确的pcD-NA3-p41-3重组质粒被筛选和鉴定.测序表明,FCC1/HN株p41-3基因大小为2 137 bp,编码375个氨基酸.恶性疟原虫FCC1/HN株与FCBR株p41-3基因核苷酸序列同性为98.98%,编码氨基酸序列同源性为99.73%.[结论]从恶性疟原虫FCC1/HN株基因组DNA中获取p41-3基因,成功构建真核表达重组质粒pcDNA3-p41-3,并测定了FCC1/HN株p41-3基因的序列;FCC1/HN株与其它分离株p41-3基因有高度的同源性.     

Sequence determination of exp- 1 Gene of Plasmodium Falciparum Isolate FCC1／HN

目的 测定恶性疟原虫FCCl／HN株exp-1基因序列。方法 根据exp-1基因已知序列设计合成1对引物，用PCR技术从FCCl／HN株基因组DNA中扩增exp-1基因；将exp-1基因克隆入pMD-18T载体，转化大肠杆菌JMl09感受态细胞，铺x—gal LB平板；挑取阳性菌落，用酶切，PCR扩增进行鉴定。以正确的重组质粒为模板，用双脱氧链末端终止法测定exp-1基因序列。结果 从恶性疟原虫FCCl／HN株基因组DNA中获取exp-1基因，成功克隆入pMD-18T载体；测序表明FCCl／HN株exp-1基因全长937bp，编码162个氨基酸。结论 克隆了恶性疟原虫FCCl／HN株exp-1基因，并测定了其核苷酸序列，为进-步研究其功能奠定基础。     

登革2型病毒NGC株感染白纹伊蚊C6/36细胞中浓核病毒DNA的扩增和序列测定

目的:探索白纹伊蚊C6/36细胞对登革2型病毒(Dengue Type 2 virus,DEN2)不敏感的原因.方法:根据Genbank提供的DEN2新几内亚株(NGC株)NS1基因序列设计引物,设立病毒对照组、病毒DNA酶(DNase)处理组和细胞对照组,通过提取核酸、逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)、限制性内切酶(Hind Ⅲ)酶切、1.5%琼脂糖凝胶电泳检测RT-PCR及其酶切产物,并对其扩增产物进行序列测定,用软件比对与白纹伊蚊C6/36细胞浓核病毒(Densonucleosis virus,DNV)基因的同源性.结果:经RT-PCR,细胞和病毒组均出现约1 300 bp的条带,不能被Hind Ⅲ酶切,而病毒DNase处理组未能扩增出此条带;经GenBank比对,该片段序列与白纹伊蚊C6/36细胞DNV部分序列的同源性达95%以上.结论:C6/36细胞对DEN2不敏感的原因是由于伊蚊C6/36 DNV的污染.     

用cox1基因片段的PCR鉴别亚洲带绦虫和牛带绦虫

目的：用cox1基因片段的PCR技术对亚洲带绦虫和牛带绦虫的快速鉴别。方法：用亚洲带绦虫和牛带绦虫线粒体cox1基因片段的特异性引物以及带绦虫cox1基因片段的通用引物,对贵州省都匀地区和从江地区的带绦虫虫卵和节片DNA进行常规PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测和核酸序列测定,并用NC-BI Blast对扩增产物的核酸序列与NCBI数据库中带绦虫的cox1基因进行比对。结果：5株都匀带绦虫DNA样品经亚洲带绦虫cox1基因片段的特异性引物PCR,均扩增出约260 bp的产物,PCR产物的核酸序列与NCBI数据库中亚洲带绦虫线粒体cox1基因片段的同源性为100%;2株从江带绦虫的DNA样品用亚洲带绦虫特异性引物和牛带绦虫特异性引物的PCR均未见扩增产物,而通用引物PCR则扩增出约1 000 bp的产物,核酸序列与NCBI数据库中牛带绦虫线粒体cox1基因片段的同源性为99%,在牛带绦虫特异性引物的结合位点存在一个碱基差异。结论：常规PCR扩增特异性的cox1基因片段可快速鉴定亚洲带绦虫;从江牛带绦虫株的cox1基因特异性片段部分存在变异,导致与特异性引物结合能力的差异,可采用cox1基因通用引物PCR结合测序进行鉴定。     

汉坦病毒湖北株M片段G1编码区基因变异研究

目的 :探讨近年来汉坦病毒HTN湖北株M基因片段G1编码区部分基因序列的变异情况。方法 :根据汉坦HTNM片段G1编码区核苷酸序列设计引物 ,利用RT PCR方法对 75份病程在 7d以内的肾综合症出血热 (HFRS)患者 (经临床诊断和ELISA确诊 )血清标本进行检测 ,并对扩增出的目的基因片段选用 3种限制性内切酶AluⅠ、RsaⅠ、MboⅠ进行酶切 ,根据限制性片段长度多态性分析筛选出变异毒株 ,继而通过序列测定 ,得到变异毒株G1编码区部分核苷酸序列 ,并与标准株HTN76 118及地方株HTN 114的相应核苷酸序列及氨基酸序列进行比较分析。结果 :75份血清标本通过RT PCR方法进行检测 ,阳性率为 77.3 %。扩增片段用 3种限制性内切酶AluⅠ、RsaⅠ、MboⅠ进行酶切分析 ,发现 4份阳性产物其限制性片段长度多态性与HTN 76 118均不相同 ,但其中 3份阳性产物限制性片段长度多态性与地方株HTN 114基本相同 ,1份与HTN 114株不完全相同。对该扩增产物的核苷酸序列和氨基酸序列进行同源性分析表明 ,其核苷酸序列与标准株 76 118的同源性为 83.3 % ,与地方株HTN 114的同源性为 96 % ;推导氨基酸序列与HTN 76 118的同源性为 93.2 % ,与地方株HTN 114的同源性为 99%。结论 :①近年来引起湖北地区HFRS的主要毒株仍为HTN地方株。②从分析的病     

恶性疟原虫红内期p41—3基因真核表达重组质粒的构建及序列分析

目的 构建恶性疟原虫海南（FCC1／HN）株p41-3基因真核表达重组质粒pcDNA3-p41-3,测定p41-3基因序列,并了解FCC1/HN株与其它分离株p41-3序列的差异。方法 根据p41-3基因已知序列设计合成3对引物,用PCR技术从FCC1/HN株基因组DNA中扩增p41-3基因;将p41-3基因定向克隆入真核表达载体pcDNA3,转化大肠杆菌DH5α感受态细胞;用酶切,PCR扩增鉴定筛选到的重组质粒阳性克隆。以正确的重组质粒为模板,用双脱氧链末端终止法测定p41-3基因序列,应用软件辅助分析p41-3序列及进行同源性比较。结果 PCR扩增得到特异的FCC1/HN株p41-3基因;正确的pcDNA3-p41-3重组质粒被筛选和鉴定。测序表明,FCC1／HN株p41-3基因大小为2137bpo,编码375个氨基酸,恶性疟原虫FCC1/HN株与FCBR株p41-3基因核苷酸序列同性为98．98％,编码氨基酸序列同源性为99．73％。结论 从恶性疟原虫FCCl/HN株 基因组DNA中获取p41-3基因,成功构建真核表达重组质粒pcDNA3-p41-3,并测定了FCC1／HN株p41-3基因的序列;FCC1／HN株与其它分离株p41-3基因有高度的同源性。     

华南HCV 1b亚型NS5A插入式复制子重组质粒的构建和序列分析

目的构建来自华南不同慢性丙型肝炎(CHC)患者的HCV NS5A的复制子重组质粒并测序分析,探索HCV NS5A在抗病毒应答中生物学特性。方法以能够高效复制的1b型HCV复制子质粒为骨架,构成带有MIuⅠ和BclⅠ双酶切位点的开关质粒,采用逆转录-聚合酶链反应从不同CHC患者血清中扩增获得HCV 1b亚型NS5A全长片段,克隆到pMD-18载体中,测序分析其中的PKRBD、ISDR、V3和IRRDR区域的变异情况。扩增产物中无MIuⅠ和BclⅠ酶切序列的,在引物中引入相关酶切序列后再扩增,双酶切后将NS5A区段置换入HCV 1b复制子骨架中。结果成功扩增出NS5A全长片段并克隆测序,将NS5A区ISDR-V3区域置换入复制子中,测序结果正确。序列比对显示应答株的ISDR和PKRBD氨基酸变异数目比无应答株高;V3和IRRDR区域存在较高氨基酸突变率。结论成功构建包含华南HCV 1b亚型NS5A核心区域的复制子插入式重组质粒,为研究HCV NS5A生物学特性、干扰素抵抗的机制以及难治性CHC患者的个体化抗病毒治疗分析奠定了基础。     

从贵州白纹伊蚊体内分离到一株2型登革病毒

从贵州省独山县麻尾镇白纹伊蚊标本中分离到一株病毒 ,用抗DEN1 4型单克隆抗体经间接免疫荧光法和RT PCR产物酶切分型鉴定为DEN 2 ,并对其NS1和E基因RT PCR产物进行部分基因序列测定 ,与DEN 2NGC株比较 ,麻尾株的NS1基因区有 7个碱基发生点突变 ,E基因区有 1个碱基的插入 ,两个序列被GenBank收录 ,编号分别为AY2 774 0 2、AY2 782 2 6 ;麻尾分离株与其他 9株DEN 2型病毒进行系统发育关系的分析 ,结果显示与D2 - 4 3株系统进化关系最近 ;证明贵州省存在DEN感染的自然循环。     

恶性疟原虫肝期抗原1基因3＇端的克隆及序列分析

[目的]克隆并测定恶性疟原虫海南株(FCC1/HN)肝期抗原1基因(LSA-1)3＇端序列,比较FCC1/HN株与国外分离株LSA-13’端序列的差异.[方法]应用PCR技术从FCC1/HN株基因组DNA中扩增LSA-13’端序列,用T-A克隆法将其克隆入pMD18-T载体.阳性克隆的重组质粒经酶切及PCR扩增鉴定后,用双脱氧链末端终止法进行基因序列测定.应用DNASTAR软件进行不同分离株LSA-13’端序列的同源性分析.[结果]PCR扩增得到特异的FCC1/HN LSA-13’端序列.酶切及PCR鉴定获得了正确的pT-LSA-1重组质粒.测序表明,所克隆的LSA-1 3 ＇端大小为795bp,编码264个氨基酸.序列分析表明,我国恶性疟原虫FCC1/HN株与国外的NF4、T9/96、KEN、PNG及BRA株LSA-13’端编码的氨基酸序列只在3个位点存在不同.[结论]克隆了恶性疟原虫FCC1/HN LSA-13’端片段.序列测定及同源性分析表明,FCC1/HNLSA-1 3＇端序列与其它分离株有高度的同源性.     

肺炎克雷伯菌TEM-1编码基因的克隆测序及基因定位

目的 以我院临床分离的一株肺炎克雷伯菌99—799株为研究对象，对其所产β-内酰胺酶编码基因的序列、亚型及基因定位进行研究。方法 采用聚合酶链反应(PCR)，用β-内酰胺酶通用引物、blaTEM扩增获得β-内酰胺酶编码基因的片段，克隆入pUCm—T载体，以双脱氧链终止法测定核苷酸序列，再通过GenBank进行同源性检测确定其亚型和基因所在位置。结果 肺炎克雷伯菌99—799株所含β-内酰胺酶基因型为TEM型，与TEM-1编码基因序列完全相同，且同时位于细菌150 bp和80bp的大、小质粒上。结论 重庆地区临床分离肺炎克雷伯菌有TEM—1-β内酰胺酶基因亚型的存在.