2009年宁波市甲3亚型流感流行特征 与HA1基因特性的分析

目的 了解2009年宁波市甲3亚型流感病毒的流行特征及血凝素基因HA1区域的变异情况。 方法 全年度每周从流感监测哨点医院收集流感样病例标本进行病毒分离,获得的甲3亚型流感毒株按不同时间、地点进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因特性分析。 结果 所选取的15株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为987 bp,编码329个氨基酸;2009年上半年的流行株与2008年秋季的流行株在该区域有7个氨基酸位点存在差异,2009年下半年的流行株与2009上半年又存在10个氨基酸位点的差异。上半年与下半年的流行株在种系发生树上形成两个分支,为不同性状的流行株。 结论 2009年上半年及下半年宁波市甲3亚型流感流行株与2008年相比,在血凝素基因HA1区域都发生了较为明显的改变,且上半年与下半年的2个流行株之间血凝素基因的差异也较大。说明2009年宁波市流行的甲3亚型流感病毒变异较为频繁。     

2007年江西省甲3亚型流感毒株HA1基因特性的分析

目的了解江西省2007年分离的甲3亚型流感病毒株HA1基因变异特征,分析WHO2007～2008年甲3亚型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感的预防效果。方法采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的H3型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit（Version5.0）、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析。结果所选取的8株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为960bp,未发现核苷酸的丢失和插入,平均点突变率为1.13%。2007年甲3亚型流感病毒分离株与2007～2008年WHO疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是97.8%～98.4%,在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为3.25个,但有毒株已出现在2个抗原决定簇区4个氨基酸替换。结论2007年根据WHO2007～2008年推荐疫苗株生产的疫苗对我省的甲3亚型流感预防效果不够理想。     

2007年江西省甲3亚型流感毒株HA1基因特性的分析

目的了解江西省2007年分离的甲3亚型流感病毒株HA1基因变异特征,分析WHO2007～2008年甲3亚型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感的预防效果。方法采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的H3型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit（Version5.0）、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析。结果所选取的8株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为960bp,未发现核苷酸的丢失和插入,平均点突变率为1.13%。2007年甲3亚型流感病毒分离株与2007～2008年WHO疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是97.8%～98.4%,在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为3.25个,但有毒株已出现在2个抗原决定簇区4个氨基酸替换。结论2007年根据WHO2007～2008年推荐疫苗株生产的疫苗对我省的甲3亚型流感预防效果不够理想。     

2004年冬季北京患儿中低滴度甲3型流感病毒HA1基因特性分析

目的 分析2004年流感流行季节北京地区流感样病患儿患者分离的低滴度甲3型流感病毒血凝素（HA1）基因的特性。方法用2004年流感流行季节分离的22株低滴度甲3型流感病毒提取病毒RNA，经RT．PCR扩增得到HA1区基因片段。用生物信息软件分析HA1区基因特性。结果扩增的血凝素HA1区基因均为987bp。22株HA1氨基酸序列与当年的疫苗参考株比较，发现氨基酸变异，变异位点在3个抗原决定簇（A、B、D）和受体结合部位的位点，提示本流行季节的流感病毒变异较大，与世界卫生组织推荐2005年疫苗参考株比较，与南半球参考株有2个抗原决定簇（A、D）的氨基酸存在不同，与北半球参考株无明显差异。还发现1株变异，在高保守受体结合部位的底部98位氨基酸也发生了变异。结论2004年冬季流感流行株的变异倾向值得密切关注。     

2007 - 2009年广西壮族自治区甲3亚型流感 病毒HA1基因变异的特征研究

目的 从HA1基因层面探讨2007 - 2009年广西壮族自治区(广西)甲3流感病毒的变异、进化发展规律,探寻与WHO疫苗推荐株以及上海市、北京市和浙江省等地当年流行株之间的差异。 方法 提取广西22株2007 - 2009年甲3流感毒株RNA,并测定其血凝素重链(HA1)区域的核苷酸序列,采用生物信息软件,分析与当年疫苗推荐株及上海、北京和浙江等地在HAI以及HAI抗原决定簇区域的差异,分析进化关系。 结果 22株广西甲3流感病毒2007年与2008年比较接近,HA1区核苷酸和氨基酸的同源性均值分别为99.39%和99.08%;而与2009年变异较大,同源性均值分别为99.04%和97.78%。而对比世界卫生组织(WHO)推荐的2008 - 2009年甲3流感疫苗株A/Brisbane/10/2007,广西3年分离株HA1区氨基酸酸同源性均值分别为99.81%、99.25%和97.94%。2009年广西甲3流感病毒与当年疫苗株比较,HA1抗原决定簇发生了6个氨基酸的替换,且发生在A、D、E三区。各年度散发株和暴发株同源性较均在99.00%以上。2007年广西甲3毒株与上海及北京比,HA1区氨基酸同源性均值分别为99.83%和99.12%,2008年比较结果分别为98.93%和99.25%。基因进化树分析显示2009年分离株与2007年、2008年及当年疫苗株距离较远,单独分支。 结论 广西2007年与2008年甲3流感病毒HA1基因特性较为接近,2009年毒株发生了较大变异。广西与上海、浙江等地分离株更为接近,而与北京分离株差异较大。WHO推荐的当年疫苗株均滞后广西流行株。     

1990～2004年上海市甲型流感病毒基因特性的研究

目的研究1990～2004年上海市甲型流感病毒流行株血凝素(HA)基因的特性,探讨流感病毒基因的变异与流感流行的关系。方法采用鸡胚和MDCK细胞两种方法分离甲型流感病毒。提取病毒RNA进行逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增产物纯化,核苷酸序列测定,并用MegAlign软件进行基因种系发生树分析。结果2000年以来上海市流行的甲3亚型与A/Sydney/5/1997(H3N2),A/Wuhan/359/1995(H3N2)相比,HA1区的核苷酸同源性为95.7%～98.6%和96.8%～98.6%。与90年代流行甲3亚型同源性为88.4%～92.8%,氨基酸的替换发生在抗原决定簇A、B、E、D区和受体结合位点(RBS)的左臂。甲1亚型与A/HongKong/1131/1998(H1N1)、A/Shanghai/7/1999(H1N1)相比,核苷酸同源性为97.8%～99.3%,与90年代流行的甲1亚型同源性为96.8%～97.8%。基因种系发生树表明近几年甲型流感病毒与90年代流行株存在基因特性不同的分支。结论2000年以来上海市H1N1亚型的抗原性未发生明显的变异,H3N2亚型流感病毒的基因发生变异使抗原性发生漂移,是近年引起局部地流感暴发的主要因素。     

2003-2014年浙江省宁波市乙型流行性感冒病毒血凝素和神经氨酸酶基因变化特征分析

目的 分析2003-2014年宁波市乙型流行性感冒(流感)病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的分子流行病学特征。方法 采集宁波市2003-2014年哨点监测医院的流感样病例标本进行流感病毒分离鉴定,选取不同时期的乙型流感毒株进行HA和NA基因序列测定,采用生物信息学软件分析变异和进化。结果 宁波市乙型流感病毒Victoria和Yamagata两大普系流行株的HA及NA基因在2003-2014年间每年均有不同程度的氨基酸序列变异,其中最明显的为2005年与2009年的Victoria系毒株及2007年与2010年的Yamagata毒株变异。每当HA基因序列发生明显变异时NA基因也同时出现明显的变异,而且有时NA基因的变异比HA基因更明显。同时发现2013-2014年流行的乙型流感病毒为Yamagata系HA与Victoria系NA的重配株。结论 乙型流感两大谱系流行株的HA基因发生变异时NA基因也会出现变异,甚至较HA基因更快。2013-2014年宁波市乙型流感高发的流行株为Yamagata系HA与Victoria系NA基因的重配株。     

宜春市2011年至2012年乙型流感病毒耐药基因分析

目的 分析宜春市2011~2012年B型流感病毒耐药基因位点,掌握其耐药情况,为临床治疗和疾病控制提供依据.方法 采集宜春市流感监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,选择分离到的16株B型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒NA基因后进行基因序列测定,用DNAStar5.0,Mage3.1生物软件对测序结果进行分析处理,翻译出氨基酸序列,进行基因特性分析.结果 16株B型流感病毒NA区域核苷酸序列长度均为1140bp,编码380个氨基酸,所有毒株的NA蛋白催化活性位点和辅助位点均未发生氨基酸替换.结论16株毒株均对流感病毒神经氨酸酶抑制剂药物敏感,我们应该继续对流行株耐药情况进行检测.     

2013年宜春市甲型H1N1流感病毒分离鉴定及HA基因分子进化分析

目的 对2013年江西省宜春市甲型H1N1流感病毒HA基因序列及其编码的氨基酸序列进行分子进化分析,为防控甲型H1N1流感大流行和常规监测提供科学根据。方法 随机选择11株2013年宜春市疾病预防控制中心流感监测实验室分离到的甲型H1N1流感病毒毒株,提取病毒RNA,One-step RT-PCR扩增HA基因并双向测序。以世界卫生组织疫苗推荐株A/California/07/2009(H1N1)(GenBank:CY121680)和几株国内外近几年分离的流感甲型H1N1毒株的HA基因为参考序列,采用DNAStar 7.0和Mega 5.0软件对HA基因及其编码的氨基酸序列进行比对,绘制分子进化树,进行HA变异分析。结果 2013年宜春市11株所测甲型H1N1流感病毒与疫苗推荐株亲缘性较近,进一步参考几株国内外近几年分离到的流感甲型H1N1毒株,HA没有发生较大变异;其HA基因序列二硫键、糖基化位点未发生变异;尽管有7株毒株同时在抗原决定簇区A区和受体结合位点130环或其附近发生单个位点氨基酸替换变异,但未形成流行病学变异新种。结论 目前的甲型H1N1流感疫苗仍对人群有保护作用,而抗原决定簇和受体结合位点的变异提示仍需要密切关注甲型H1N1流感的再次流行。     

2015-2017年浙江省衢州市H3N2亚型流感病毒血凝素基因分子进化特征分析

目的 了解浙江省衢州市2015－2017年H3N2亚型流感病毒血凝素（HA）基因分子进化特征,为流感防控提供科学依据。方法 选取衢州市2015－2017年分离到的H3N2亚型流感病毒18株,通过RT-PCR扩增病毒HA基因片段并测序,采用生物信息学软件分析其分子进化特征。结果 18株H3N2亚型流感病毒HA基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.36%~100.00%和96.76%~100.00%,与同年度疫苗株HA基因的核苷酸平均遗传距离分别为0.008 2、0.007 1和0.011 2,氨基酸平均遗传距离分别为0.009 2、0.003 1和0.010 0。分离株的HA基因分支从3C.3a转变为3C.2a支系,其HA氨基酸序列与同年度疫苗株比较,变异位点共涉及HA蛋白的5个抗原表位（A、B、C、D和E区）,2个受体结合位点（T131K、T135N/K）,6个潜在糖基化位点（122NES、126NWT、133NGT、135NSS、144NSS、158NYT）。结论 2015－2017年衢州市H3N2亚型流感病毒可能出现了抗原漂移,当前疫苗株A/HongKong/4801/2014的免疫效果需重新评估。     

2017-2019年度上海市松江区A(H1N1)pdm09流感病毒HA和NA基因特征分析

目的 分析上海市松江区2017-2019监测年度A(H1N1)pdm09流感病毒HA和NA基因特征.方法 对松江区分离的毒株随机挑选46株A(H1N1)pdm09流感病毒毒株进行HA和NA基因序列进化分析和氨基酸位点变异分析,采用神经氨酸酶抑制实验开展奥司他韦和扎那米韦敏感性监测.结果 A(H1N1)pdm09流感病毒...     

泉州市流感疫情实验室检测及H3N2亚型基因特性分析

目的 了解2009年泉州地区流感流行及病毒株的变异情况,探讨流感病毒基因的变异与流感流行的关系.方法 对泉州市198例流感患者的咽拭子采用MDCK细胞培养进行病毒分离,经血清学试验鉴定分型和实时荧光RT-PCR方法检测病毒核酸.对其中4株毒株提取病毒RNA,采用RT-PCR扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAstar megalign软件分析基因.结果 198份咽拭子中有98份为H3N2亚型流感病毒核酸阳性,分离到62株H3N2亚型流感病毒,HA1基因经核苷酸序列测定显示,其基因特性更接近于A/Ningbo/333/2008,核苷酸同源性为98.7%,与A/Xiamen/70/2004的同源性为96.8%,由HA1基因核苷酸序列推导的氨基酸系列与疫苗株A/Brisbane/10/2007相比,有7个氨基酸位点发生变异,其中有1个位点位于抗原决定簇A区(144),有2个位点位于抗原决定簇B区(158、189),种系发生树分析也证实HA1基因存在一定差异.结论引起2009年泉州市流感在部分集体单位流行的病毒为H3N2亚型,其基因特性和抗原性与疫苗株相比均发生了一定变异.

Abstract：

Objective To obtain the information of the 2009 influenza outbreak and the variations of influenza virus strains in quanzhou, and explore the relationship between the genetic variation of influenza virus and influenza epidemic. Methods During the influenza outbreak in quanzhou,one hundred and ninetyeight throat swabs specimens from the patients with influenza were collected. Viruses were isolated with MDCK cells and identified with serological test, followed by real-time RT-PCR. RNA of four influenza virus strains were extracted, then HA1 gene was amplified by RT-PCR. The purified PCR products were sequenced. The data were analyzed with the software DNAstar megalign. Results Total 98 pieces of H3N2 subtype influenza virus nucleic acid were detected in 198 throat swabs specimens,among which 62 influenza virus strains were identified as subtype influenza A( H3N2 ). The sequencing results of HA1 gene in these positive strains showed that their genetic characterization were more closed to strains A/Ningbo/333/2008 with a nucleotide homology of 98.7%, which was 96.8% as compared with A/Xiamen/70/2004. The amino acids sequences deduced from the nucleotide sequences in HA1 region of the isolated strain had 7 mutant sites compared with A/Brisbane/10/2007 vaccine strain. One variant amino acids were found located in the antigenic determinant sites A( 144 ), two were in the sites B( 158,189 ). Phylogenetic analysis also confirmed the difference in HAl domain. Conclusion The influenza virus strains causing the flu outbreak among some communities of quanzhou in 2009 are subtype influenza A ( H3N2 ), whose genetic characterization and antigenicity were different from the vaccine strain.     

甲型H1N1流感死亡病例三株病毒分离株血凝素基因测序分析

目的 对长沙市3株甲型H1N1流感死亡病例病毒分离株HA基因的来源和变异情况进行研究.方法 对长沙市的3例甲型H1N1流感死亡病例的鼻/咽拭子标本进行RT-PCR检测和流感病毒分离,利用WHO推荐的测序引物和CEQTM8000 Genetic Analysis System对3株甲型H1N1流感死亡病例病毒株[A/湖南开福/SWL4142/2009(H1N1),A/湖南长沙/SWL4346/2009(H1 N1),A/湖南芙蓉/SWL4224/2009(H1N1)]HA基因进行测序,测序方法为末端标记循环法(Dye Terminator Cycle sequencing),测序结果提交至GenBank,并用ClustalX和Mega4.1软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树.结果 A/湖南开福/SWL4142/2009(H1N1),A/湖南长沙/SWL4346/2009(H1N1)和A/湖南芙蓉/SWL4224/2009(H1N1)3株病毒株HA基因序列分别与甲型H1 N1流感病毒A/NewYork/3502/2009(H1N1),A/Shanghai/71T/2009(H1N1)和A/Chita/01/2009(H1N1)分离株高度同源,同源性为99%,与国内甲型H1N1流感病毒株A/Sichuan/1/2009(H1N1)核苷酸同源性在99.5%以上;进化树分析显示包括3株病毒株在内的甲型H1N1流感病毒与A/Swine/Indiana/P12439/00亲缘关系近,但与人季节性A流感病毒(H1N1)、禽流感亲缘关系较远.与A/Swine/Indiana/P12439/00 HA基因比较发现:3株病毒株HA基因分别有28、30、27个氨基酸发生变异,但3株病毒株在21个重要抗原位点中只有一个R53K氨基酸替换;对全球364条甲型H1N1流感病毒HA基因序列进行多重比对发现有119个非保守氨基酸位点,其中5个位于重要抗原位点.结论 3株病毒株和其他甲型H1N1流感病毒HA基因可能由北美猪流感病毒变异而来;3株病毒株HA基因与国内外甲型H1N1流感病毒高度同源,同全球绝大多数甲型H1N1流感病毒一样处于稳定状态.     

2010年广州市甲型H1N1流感病毒分离株NA基因变异分析

目的比较2010年从广州市分离到的甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因与2009年中国大陆甲型H1N1流感病毒NA基因的变异情况,为甲型H1N1流感的监测和防控提供参考资料。方法收集2010年广州市有发热和呼吸道症状患者的咽拭子标本,用甲型H1N1流感病毒特异性引物进行聚合酶链反应(PCR)检测,扩增分离到的甲型H1N1流感病毒NA基因片段,测序后与2009年的H1N1毒株进行比对和进化分析,并用生物信息学方法对耐药位点和糖基化位点进行分析。结果共收集1 194份咽拭子标本,检测到甲型流感病毒阳性327份,其中H1N1流感病毒6株,与2009年分离的甲型H1N1流感病毒相比,有16个位点发生了有义突变,3个位点和NA活性相关,其中222位氨基酸的变异位于NA活性位点上。结论成功扩增了2010年广州市6株甲型H1N1流感病毒株NA基因并测序,未发现H275Y耐药位点的变异。3毒株在NA活性位点222位、228位和425位等氨基酸位点处发生了变异,需继续加强监测。     

甘肃省人感染H7N9禽流感病毒基因组对比分析

目的 分析甘肃省发现的人感染H7N9禽流感病毒序列,对比高致病性禽流感(HPAI)和低致病性禽流感(LPAI)H7N9病毒的基因变异及分子进化特征,为疾病预防控制提供参考.方法 对甘肃省2017年以来发现的人感染H7N9禽流感病毒进行基因组对比,并使用MEGA 7.0等软件分析其全基因组特征.结果 6例人感染H7N9病...     

2020-2021年广西Victoria系乙型流感病毒的抗原性及基因特性分析

目的 了解广西壮族自治区（广西）2020—2021年度B/Victoria(Bv)系流感病毒的抗原性及基因特征。方法 选取广西2020—2021年分离的36株Bv系流感毒株进行全基因组测序,并对血凝素（hemagglutinin,HA）和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因进行序列拼接和基因特性分析。同时采用血凝抑制实验进行抗原性分析。结果 2020—2021年广西分离的Bv系流感病毒与WHO推荐的疫苗株B/Washington/02/2019相比,HA和NA基因的核苷酸同源性分别为99.1%～100.0%和99.1%～99.9%。系统进化树分析发现这36株Bv系流感毒株均属于1A(?3)B分支,与疫苗株属于同一分支,但广西毒株又进一步分为两个小分支。抗原性分析显示这两个小分支没有明显差异,均为疫苗株的类似株。氨基酸变异位点分析发现,HA蛋白携带R133G、N150K、N197D的氨基酸突变,变异涉及3个抗原决定簇。NA蛋白的酶活位点和神经氨酸酶抑制剂耐药位点均未发生突变。结论 2020—2021年度广西流行的Bv系流感病毒与WHO推荐的北半球疫苗株的组分匹配但存在持续变...