期刊文摘

肠型胃癌基因表达的cDNA微阵列分析[李新华 ,张万岱 ,王波涛 ,肖　冰 ,张振书 .世界华人消化杂志 ,2 0 0 4 ;12 (1) :16 - 19]　　目的 :研究肠型胃癌发生发展的基因表达变化 .方法 :利用肠型胃癌和相应非癌组织的mRNA通过逆转录方法 ,将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两种cDNA上制成探针 ,然后与表达谱芯片 (含 4 0 96条基因 )进行杂交后扫描 ,通过计算机辅助判别基因的差异表达 .结果 :肠型胃癌和相应非癌组织组织中差异表达的基因有 6 6 6条 ,上调表达 333条 ,下调表达 333条 .参与细胞增生、凋亡、分化和转移调控的多种基因的表达水平…     

新型去甲万古霉素-纤维蛋白胶磷酸钙人工骨研究

目的 利用基因表达谱芯片技术筛选过表达Cdx2的胃癌MGC-803细胞与对照组间差异表达的免疫相关基因,探讨Cdx2对胃癌细胞免疫相关基因表达的影响。 方法 分别抽取Cdx2转染组和对照组的细胞总RNA,分离纯化mRNA并逆转录合成荧光分子(Cy3/ Cy5)标记cDNA 探针,与含有21522条人类22k基因表达谱芯片进行杂交。采用LuxScan 10K/A双通道激光扫描仪扫描芯片上两种信号,应用LuxScan3.0图像分析软件对芯片图像进行处理和分析。 结果 在21522条基因中,胃癌细胞间差异性表达基因为有551条,其中302条上调,249条下调。其中与免疫相关的基因共有7个,分别为HLA-E、RRAS、ULBP2、HLA-G、HLA-C、CTSB、CTSL,均表达上调。结论 Cdx2过表达上调了胃癌MGC803细胞免疫相关基因的表达,这可能与胃癌细胞生物学行为的改变有关。 【关键词】 胃癌;Cdx2;免疫相关基因;差异表达基因     

EBVaGC肿瘤差异表达的基因表达谱芯片筛选

目的应用全基因组表达谱芯片技术,分析EB病毒(EBV)阳性胃癌细胞系与EBV阴性胃癌细胞系基因表达谱差异,筛选EBV相关胃癌(EBVaGC)相关基因。方法采用TRIzol一步法提取3种EBV阳性胃癌细胞系(GT38、PT、SNU-719)和3种EBV阴性胃癌细胞系(SGC7901、HGC-27、MKN-45)总RNA并纯化,逆转录合成cDNA,利用荧光染料(Cy3)标记aaUTP,转录合成标记的cRNA,与Agilent人类全基因组表达谱芯片杂交,扫描荧光信号图像,对芯片原始数据扣除本底和归一化处理,利用倍数差异和t检验计算筛选差异表达的基因,采用上海博豪生物在线分析系统进行基因的功能注释和关联分析,明确差异基因的生物学功能。将处理前后差异表达倍数>2.0或<0.5,且在不同样本间的具有统计学差异的基因判断为差异表达基因。选取特定的差异表达基因,应用实时荧光PCR技术验证芯片结果的可靠性。结果聚类热图及矩阵图分析显示,EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系之间表达谱存在明显差异。EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系之间有322条基因的表达有明显差异,其中与肿瘤相关的基因涉及转录翻译、信号转导、黏附、细胞增殖和凋亡以及免疫应答等多种生物学过程。选取6条差异基因进行验证,结果有3条基因表达上调,3条基因表达下调,表达趋势与芯片结果一致。结论 EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系基因表达存在明显差异,提示EBV感染可影响胃癌细胞相关基因的表达,分析这些差异表达基因有助于阐明EBV感染在EBVaGC发生发展中的作用机制,为进一步筛选EBVaGC特异性肿瘤标记物以及进行生物治疗提供理论依据。     

Cdx2基因过表达对胃癌细胞免疫相关基因表达的影响

目的 利用基因表达谱芯片技术筛选过表达Cdx2的胃癌MGC-803细胞与对照组间差异表达的免疫相关基因. 探讨Cdx2对胃癌细胞免疫相关基因表达的影响。 方法 分别抽取Cdx2转染组和对照组的细胞总RNA,分离纯化mRNA并逆转录合成荧光分子(Cy3/ Cy5)标记cDNA 探针,与含有21522条人类22k基因表达谱芯片进行杂交。采用LuxScan 10K/A双通道激光扫描仪扫描芯片上两种信号,应用LuxScan3.0图像分析软件对芯片图像进行处理和分析。 结果 在21522条基因中,胃癌细胞间差异性表达基因为有551条,其中302条上调,249条下调。其中与免疫相关的基因共有7个,分别为HLA-E、RRAS、ULBP2、HLA-G、HLA-C、CTSB、CTSL,均表达上调。结论 Cdx2过表达上调了胃癌MGC803细胞免疫相关基因的表达,这可能与胃癌细胞生物学行为的改变有关。     

常染色体显性遗传多囊肾差异表达基因的研究

目的:应用表达谱芯片研究常染色体显性遗传多囊肾病(ADPKD)与正常肾组织基因表达的差异,探讨此病的致病因素及可能的治疗途径.方法:等量的人正常肾和ADPKD肾组织的mRNA分别用Cy3和Cy5逆转录荧光标记,制作cDNA探针,混合后与4 096点人cDNA表达谱芯片进行杂交,ScanArray4000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,数字化处理和分析后比较两种组织基因表达谱的差异.RT-PCR法验证其中4条基因表达水平.结果:在ADPKD肾组织与正常肾组织中存在463条差异表达基因,其中206条基因在多囊肾组织中高表达,特别是细胞周期素D2(cyclin D2)、基质金属蛋白酶1(MMP1)、组织金属蛋白酶抑制因子1(TIMP1)、成纤维细胞活化蛋白基因等;257条基因在多囊肾组织中低表达,特别是蛋白磷酸酶1A、酸性磷酸酶1基因等.RT-PCR法验证的4条基因表达水平与芯片结果相一致.结论: ADPKD病理改变可能与细胞周期蛋白、MMPs以及各种生长因子相关基因的上调有关,钙调素抑制剂和MMPs抑制剂可能会对其有一定的治疗作用.     

胃癌和癌旁组织ECM 1基因水平检测及其临床意义

目的检测细胞外基质蛋白1基因在胃癌和癌旁组织中的表达,并分析及其临床意义。方法基于TagMan-MGB荧光探针技术,建立实时荧光定量RT-PCR方法,检测胃癌癌旁组织(n=38),胃癌(淋巴结未转移)(n=18)和胃癌(淋巴结转移)(n=20)中ECM1基因的表达。结果癌旁组织、淋巴结未转移和淋巴结已转移的胃癌组织ECM1基因的表达均值分别为(6.67±2.29)×108拷贝/gRNA,(7.41±2.65)×108拷贝/gRNA,(5.01±2.22)×109拷贝/gRNA。淋巴结未转移的胃癌组织ECM1基因表达均值高于癌旁组织,但两者差异无统计学意义(P>0.05);淋巴结已发生转移的胃癌组织ECM1基因表达明显高于癌旁和淋巴结未转移的胃癌组织,差异有统计学意义(P<0.01)。结论ECM1基因在转移性胃癌中表达升高,可能与胃癌转移相关。     

CDX2基因过表达促进胃癌细胞凋亡的分子机理研究

目的:利用基因表达谱芯片技术筛选CDX2高表达的胃癌MGC803/CDX2细胞和对照组MGC803/EV细胞中差异表达的基因,探讨CDX2高表达促进胃癌细胞凋亡的分子机理.方法:Trizol一步法提取高表达CDX2的MGC803/CDX2细胞和对照组MGC803/EV细胞的总RNA,并纯化mRNA,反转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,与22 k基因表达谱芯片进行杂交;采用LuxScan 3.0图像分析软件对芯片图像进行分析,把图像信号转化为数字信号,最后以差异为>2倍或<0.5倍的标准来确定差异表达基因.结果:在23 238个基因中筛选出与细胞凋亡有关的差异性表达基因15条,其中8条基因表达上调和7条基因表达下调.结论:CDX2基因过表达促进胃癌细胞凋亡可能与这15条差异表达基因关系密切.     

应用基因芯片技术对2型糖尿病胰岛素抵抗脂肪信号转导相关基因的研究

目的 应用基因芯片技术比较2型糖尿病胰岛素抵抗(IR)患者与正常人大网膜脂肪组织信号转导相关基因表达谱的差异,以进一步阐明IR的发病机制并探索新的治疗方法。方法 分别以Cy5和Cy3两种荧光染料通过逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)将IR组和对照组脂肪组织的mRNA标记成探针,并与载有1组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交。通过扫描荧光强度,经计算机软件分析,寻找两组差异表达基因。结果 IR组和对照组之间共筛选出82条差异表达基因。其中信号转导相关差异表达基因19条,表达增加的基因12条,表达降低的基因7条。RT-PCR验证,IR组MKP-4表达明显升高。结论 基因表达谱芯片筛选提示IR的发病涉及多个方面,并与受体信号转导密切相关,为阐明IR的信号转导机制提供强有力的工具。     

急性胰腺炎不同病理类型基因表达谱差异的研究﹡

目的:联合应用cDNA微阵列和组织微阵列技术并采用计算机辅助处理技术研究正常胰腺组织、MAP、SAP之间基因表达谱,筛选出MAP与正常粘膜以及MAP与SAP之间的差异表达基因。方法:分别抽提正常胰腺组织、MAP和SAP组织的总RNA并纯化mRNA;将各mR-NA逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA一链做探针,分别混合后在3张含有4096条双点人类全长基因的芯片上进行杂交。用ScanArray 4000扫描芯片荧光信号图像,用GenePix Pro 3.0软件对扫描图像进行数字化处理和分析。结果3次杂交出现一致性显著异常,表达差异在2倍以上的基因有141条,其中表达上调的74条,表达下调的67条。结论通过基因表达谱差异的比较,提示MAP和SAP在基因水平存在差异,差异2倍以上的141个基因可能与AP的发生和发展以及相关早期炎症的启动和演化有关。     

基因芯片技术筛选2型糖尿病胰岛素抵抗脂肪代谢相关差异表达基因

目的:应用基因芯片技术比较2型糖尿病胰岛素抵抗(IR)患者和正常人大网膜组织脂肪代谢相关基因表达谱的差异,探讨IR可能的发病机制.方法:分别用Cy5 和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将IR组(n＝5)和正常对照组(n＝5)脂肪组织的mRNA标记成探针,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交,通过扫描荧光强度,计算机软件分析,寻找两组差异表达基因.然后对芯片筛选结果中差异表达的FOXC2基因用Northern印迹法进行验证.结果:IR组和正常对照组之间共筛选出82条差异表达已知基因;其中脂肪代谢相关基因10条,表达增加的基因5条,表达降低的基因5条.Northern印迹证实IR组FOXC2 mRNA表达明显升高,与基因芯片检测结果一致. 结论:IR的发病与脂肪代谢相关,FOXC2可能是2型糖尿病IR的候选基因.     

E2F-1过表达对胃癌细胞生物学行为影响的分子机理初步研究

目的 利用基因表达谱芯片技术筛选过表达E2F-1的胃癌MGC-803细胞与对照组间的差异表达基因,探讨E2F-1对胃癌细胞生物学行为影响的分子机理。方法 分别抽取转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞和未转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞的总RNA。纯化mRNA,逆转录合成cDNA标记后,与22K人类基因表达谱芯片进行杂交,扫描后筛选出表达差异的基因。随机选取3个差异表达基因,分别设计引物,用半定量RT-PCR检测验证。 结果 在21522条基因中,两组细胞间的差异表达基因有740条,其中上调基因405条,下调基因335条。差异基因中有73条功能信息不明。随机选取的3个差异表达基因的RT-PCR结果与基因芯片扫描结果相似,具有相同的方向性。结论 胃癌的发生发展是多基因相互作用、多种信号通路相互调节的结果。生物信息学分析显示, E2F-1基因可以通过TP53信号传导途径影响胃癌MGC-803细胞生物学行为的改变,还与众多基因的差异性表达密切相关。     

E2F-1过表达对胃癌细胞生物学行为的影响

目的 探讨E2F-1对胃癌细胞生物学行为影响的分子机制.方法 分别抽取转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞和未转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞的总RNA.纯化mRNA,逆转录合成cDNA标记后,与22K人类基因表达谱芯片进行杂交,扫描后筛选出表达差异的基因.随机选取3个差异表达基因,分别设计引物,用半定量RT-PCR检测验证.结果 在21 522条基因中,两组细胞间的差异表达基因有740条,其中上调基因405条,下调基因335条.差异基因中有73条功能信息不明.随机选取的3个差异表达基因的RT-PCR结果与基因芯片扫描结果相似,具有相同的方向性.结论 胃癌的发生发展是多基因相互作用、多种信号通路相互调节的结果.生物信息学分析显示,E2F-1基因可以通过TP53信号传导途径影响胃癌MGC-803细胞生物学行为的改变,还与众多基因的差异性表达密切相关.     

肿瘤浸润性淋巴细胞的Caltractin 基因过表达

[目的]发现新的肿瘤相关基因,并确定肿瘤组织细胞Cahractin基因的表达状况。[方法]用荧光差异显示法对2例乳腺癌的基因表达进行分析,锁定呈高表达的Caltractin基因。用Northern印迹杂交法测定Caltractin基因在10例恶性肿瘤（乳腺癌5例、肝癌1例、胃癌3例及胃平滑肌肉瘤1例）中的表达。而用原位杂交法检测Caltractin基因在乳腺癌2例及胃癌2例表达的细胞类型。[结果]荧光差异法显示Caltractin基因在乳腺癌组织中呈现过表达。Northern印迹杂交检测显示在10例恶性肿瘤中均出现Caltractin基因的过表达。原位杂交法示肿瘤浸润性淋巴细胞出现caltractin mRNA信号。[结论]caltractln基因在肿瘤浸润性淋巴细胞中呈过表达。关键词：Caltractin基因;肿瘤浸润性淋巴细胞;差异显示法;原位杂交     

应用基因芯片筛选人高、低转移肺巨细胞癌细胞株差异表达基因的初步探讨

目的应用基因芯片探讨人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95D和95C的基因表达差异,筛选肺癌转移相关基因。方法提取人高转移肺巨细胞癌细胞株95D和人低转移肺巨细胞癌细胞株95C的mRNA并反转录为cDNA,分别用Cy5-dUTP和Cy3-dUTP进行标记后与基因芯片杂交,然后用Scan Array 3000扫描仪及Im aGene3.0软件处理杂交信号得到95D和95C的表达差异基因。对部分有差异表达的基因进行RT-PCR分析鉴定。结果在被检测的人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95D和95C中,共有466条基因出现表达差异,其中具有同一GenBank ID号的Doub le基因共108对,包括上调基因47对,下调基因61对。有表达差异的F ln29、RUVBL2、C14orf3等基因RT-PCR结果与基因芯片一致。结论多基因参与了肺癌的转移过程,基因芯片技术是筛选肺癌转移相关基因的有效方法。     

应用基因芯片研究E2F-1过表达对胃癌细胞免疫相关基因表达的影响

目的利用基因表达谱芯片技术筛选过表达E2F-1的胃癌MGC-803细胞与对照组间差异表达的免疫相关基因,初步探讨E2F-1对胃癌细胞免疫功能影响的机制。方法分别抽取转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞和未转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞的总RNA．纯化mRNA,逆转录合成cDNA标记后,与22K人类基因表达谱芯片进行杂交,扫描后筛选出与免疫相关的差异表达基因,半定量RT-PCR方法验证差异表达基因。结果在21522条基因中,两组细胞间差异表达的免疫相关基因有10条,其中上调基因2条,下调基因8条。上调基因中有1条功能信息不明。其中myc的RT-PCR结果与基因芯片扫描结果相似,具有相同的方向性。结论利用基因芯片技术筛选出E2F-1过表达影响胃癌细胞免疫功能的相关基因,为今后更深入的研究E2F-1对胃癌免疫功能的影响奠定了基础。     

Expression Profile of Metastasis-associated Genes in Esophageal Squamous Cell Carcinoma

Esophageal cancer (EC) is one of the mostcommon fatal cancers in the worldwide , and ischaracterized by its high metastasis ,local lymphnode and blood metastasis at early stage , whichmay be the key factors of its recurrence and poorprognosis[1]. Thus ,better elucidation of molecularmechanism during metastasis is expected to i m-prove prevention and treat ment of EC. Many stud-ies have contributed to advance inits molecular as-pects . This li mited information based on singlegene ,however ,i…     

宫颈鳞癌组织转移相关基因的初步筛查

目的: 应用基因芯片检测盆腔淋巴结转移组和无转移组宫颈鳞癌组织中差异表达基因,从中筛选肿瘤转移相关基因。方法: 利用基因芯片技术对4例盆腔淋巴结转移组和6例无转移组宫颈鳞癌组织标本进行差异表达基因检测,并用Real-time PCR对部分差异表达基因进行验证。通过基因库检索、PUBMED文献检索和基因本体分析从差异表达基因中筛选肿瘤转移相关基因。结果: 从盆腔淋巴结转移组及无转移组宫颈鳞癌组织中筛选出表达差异明显的基因329个,通过Real-time PCR验证,基因芯片结果可靠。从差异表达基因中筛选出与肿瘤转移相关基因44个。结论: 通过基因芯片筛查,初步建立了宫颈鳞癌转移相关差异基因表达谱,说明宫颈鳞癌的转移过程受多基因调控。     

基因表达谱芯片检测肺鳞癌与正常肺组织差异表达的基因

目的：用基因芯片技术探讨肺鳞癌异常基因的表达。方法：提取肺鳞癌组织及正常肺组织的RNA,分别用Cy5-dCTP或Cy3-dCTP标记,再与4096点基因芯片杂交,筛选肺鳞癌组织和正常肺组织表达差异的基因。结果：肺鳞癌组织与正常肺组织表达差异基因225条,其中癌组织中上调基因为116条．下调基因109条;差异极显著性基因37条,表达上调24条,下调13条。结论：多基因参与肺鳞癌发病,基因芯片技术是肺癌基因筛选的有效方法。     

乳牙生理性吸收相关基因初探

目的:应用人类基因芯片技术对人乳牙生理性吸收的基因表达进行分析,筛选差异表达基因,以期研究牙根吸收的基因调控机制。方法:留取与乳牙根吸收部位相对应的软组织为实验组(A)及取适量切除的牙龈瓣为对照组(B),提取总RNA,逆转录为cDNA,用Cy3和Cy5荧光染料标记,与芯片杂交后扫描。结果:有明显差异表达的共有156条,其中表达上调的基因有91条;下调的基因有65条。结论:乳牙生理性吸收可能与多个基因相关。