特应性皮炎全基因组关联研究进展北大核心CSCD

随着测序与分析技术的发展,近年来特应性皮炎(AD)的全基因组关联研究(GWAS)逐渐增加。本文系统地总结了AD的GWAS,发现自2009年以来共报道了11个AD的GWAS,以欧洲人群居多,仅见1个在中国汉族和1个在日本人群的报告。这些GWAS共发现36个染色体区域上76个SNPs与AD在全基因组水平上相关。相关基因主要与表皮皮肤屏障功能和免疫功能相关。这些发现为AD的精准分型和治疗带来新的视角。     

七个全基因组关联分析提示的易感位点与汉族人群年龄相关性黄斑变性的相关性分析

目的验证全基因组关联分析所发现的7个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs), 包括rs13278062(TNFRSF10A)、rs3750846(ARMS2-HTRA1)、rs429358(APOE)、rs5817082(CEPT)、rs2043085(LIPC)、rs1626340(TGFBR1)以及rs8135665(SLC16A8)与四川汉族人群年龄相关性黄斑变性(age-related macular degeneration, AMD)的相关性。方法采用病例-对照研究, 用飞行质谱对576例湿性AMD患者和572例健康对照进行SNPs分型并通过Sanger测序进行验证。在两组各SNP位点基因型分布均满足Hardy-Weinberg平衡的前提下, 分析各位点的遗传模式, 并比较其等位基因与基因型频率的分布。结果 TNFRSF10A rs13278062在杂合子模型(P=0.000, OR=1.529, 95%CI=1.196-1.954)和显性模型(P=0.002, OR=1.459, 95%CI=1.154-1.865)下...     

ABCB1和ABCC2基因多态性与中国汉族儿童抗结核药物致肝毒性易感性的相关性研究

目的 探讨ABCB1和ABCC2基因多态性与中国汉族儿童抗结核药物致肝毒性(anti-tuberculosis drug-induced hepatotoxicity,ATDH)易感性的相关性.方法 在中国汉族结核病患儿中,采用病例对照研究,利用高通量的MassARRAY平台,对于ABCB1和ABCC2基因的16个标签单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点展开基因分型,并采用logistic回归分析以上SNP位点等位基因和基因型频率在ATDH病例组和ATDH对照组中的分布差异.结果 本研究共纳入41例ATDH病例以及189例对照.ABCB1和ABCC2基因SNP位点的等位基因以及基因型在两组间频率分布差异均无统计学意义(P＞0.05).SNP位点分别按照显性遗传模型和隐性遗传模型分析,各位点基因型在两组间频率分布差异均无统计学意义(P＞0.05).结论 ABCB1和ABCC2基因多态性可能与中国汉族儿童ATDH的发生并无相关性.     

PRKCI基因单核苷酸多态性与神经管畸形的相关性研究

目的探讨PRKCI基因单核苷酸多态性（SNP）与中国山西省神经管畸形（NTDs）发生的相关性。方法采用病例对照研究,利用MassARRAY分子量阵列分析平台,检测133例NTDs标本和135例非病理性胎儿标本PRKCI基因中17个标签SNPs的基因分型,分析其与NTDs发生的相关性。结果 17个SNPs位点中,16个的微效等位基因频率（MAF）与HapMap或dbSNP数据库的结果基本一致。除rs9876082外,其余SNPs位点的基因型分布和等位基因频率在病例组和对照组均无明显差异。rs9876082位点为纯合的微效等位基因A时,NTDs的发病率增加（P=0.035,比值比=2.135,95%可信区间=1.846-2.471）,但是调整其它变量后进行logistic回归分析,这种相关性不再明显（P=0.057）。结论 PRKCI基因rs9876082位点与NTDs的发生有弱的相关性,这种相关性需进一步加大样本进行验证,PRKCI基因可能不是通过其SNPs影响NTDs的易感性。     

HIV/AIDS的遗传背景及全基因组关联研究

宿主遗传背景是人类免疫缺陷病毒(HIV)感染机体后个体间表型差异的主要影响因素之一.它不仅影响HIV易感性,而且影响获得性免疫缺陷综合征(AIDS)进程.全基因组关联研究(GWAS)是一种在全基因组范围内检测与疾病相关基因的技术方法.目前,共有22项与HIV/AIDS相关的GWAS,发现了多个与HIV感染及AIDS进程相关的易感基因和位点.这些结果对研究宿主遗传背景在HIV感染中的作用、AIDS进程的预测及疫苗的研发都有重要意义.本文将对HIV/AIDS的遗传背景及其相关的GWAS作一综述.     

CYP4A11基因多态性与心肌梗死相关

目的 研究在不同性别中CYP4A11基因多态性与心肌梗死的关系.方法 166例心肌梗死患者和158例对照组,选择CYPA11基因的3个SNPs(rs9332978、rs3890011和rs1126742),应用TaqMan SNP基因分型法进行基因分型,并应用病例对照的研究方法进行相关性分析.结果 rs3890011的基因分型在心肌梗死组和对照组之间的分布存在明显差异(P＜0.05),心肌梗死组携带GG基因型(GG vs CC+ GC)高于对照组(P＜0.05),在排除吸烟、高血压、糖尿病等混杂因素后,仍存在显著性差异(95％ CI:1.138～2.432,P＜0.01).结论 CYP4A11基因的rs3890011多态性与心肌梗死相关,rs3890011的GG基因型可作为心肌梗死易感基因标记.     

难治性癫痫患病风险与MDR1基因tag SNPs rs3789243及rs2235046位点多态性的相关性

目的探讨MDR1基因tag SNPs与中国汉族难治性癫痫患病风险的关系。方法安徽合肥周边地区的汉族癫痫患者164例和健康对照198例,通过传统SNP基因分型技术PCR-CTPP对MDR1基因的标签SNPs rs3789243和rs2235046进行基因分型,随机样本测序验证,并进行统计学分析。结果 SNPs rs3789243的CC基因型分布频率在癫痫病例组和正常对照组之间、难治组和对照组之间均有显著性差异(P<0.01),相对危险度分别为4.315和7.123(P<0.01);SNPs rs2235046的AA基因型分布频率在癫痫病例组和对照组之间有显著性差异(P<0.01),相对危险度为2.837(P<0.01)。结论 MDR1基因多态性rs3789243基因型CC和rs2235046基因型AA可能与癫痫的患病风险升高有关;rs3789243基因型CC可能与IE风险升高有关。     

中国北方汉族人群VANGL1、FZD3和FZD6基因交互作用与神经管缺陷的关系

目的探讨VANGL1、FZD3和FZD6基因单核苷酸多态性(SNPs)位点间的交互作用对中国北方汉族人群神经管缺陷(NTDs)患病风险的影响。方法选取VANGL1基因2个SNPs(rs4 839 469和rs34 059 106),FZD3基因2个SNPs(rs2 241 802和rs28 639 533)以及FZD6基因3个SNPs(rs827 528、rs3 808 553和rs12 549 394),采用PCR扩增和测序的方法对135例NTDs患者和135例正常对照者进行基因分型,使用多因子降维法软件(MDR)分析基因-基因交互作用。结果 VANGL1基因rs4 839 469位点基因型分布在病例组与对照组之间有差异(P0.05),FZD6基因rs3 808 553位点基因型分布在病例组与对照组之间有差异(P0.05);MDR分析结果显示VANGL1、FZD3和FZD6基因交互作用存在于两位点模型(rs4 839 469-rs3 808 553)(OR=3.18,95%CI:1.85~5.44;χ2=18.39,P0.0001),3位点模型(rs4 839 469-rs2 241 802-rs3 808 553)(OR=4.17,95%CI:2.43~7.14;χ2=28.5,P0.0001)以及4位点模型(rs4 839 469-rs2 241 802-rs827 528-rs3 808 553)(OR=7.34,95%CI:3.98~13.54;χ2=45.3,P0.0001)。结论 VANGL1、FZD3和FZD6基因存在交互作用,并可能增加NTDs的发病风险。     

广东汉族人群TLR2基因的多态性研究

目的:人类Toll样受体2(TLR2)是先天免疫系统中一个重要的病原微生物识别受体。本研究将建立广东汉族人群TLR2基因座位的功能性多态性图谱,为下一步疾病相关性研究打下基础。方法:收集200例健康、无亲缘关系的中国广东汉族人外周血液,随机抽取其中24例样品,对TLR2基因的启动子区、3个外显子以及它们周围的部分内含子序列进行聚合酶链式反应(PCR)扩增和直接测序,找出多态性位点,对剩余176例样品分别用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)及PCR技术对发现的单核苷酸多态性(SNPs)和插入/缺失(INDEL)多态性位点进行基因分型,分型结果进行Hardy-W e inberg平衡分析、中性进化分析以及连锁不平衡分析。结果:发现5个SNPs位点,其中2个位于启动子区的SNPs是首次发现,位于编码区的3个SNPs位点均为同义突变,频率最高的SNP是rs3804099,其次要等位基因频率为26.3%;在第1外显子区发现1个长度为22bp的INDEL多态位点(-196到-174),其缺失等位基因所占的频率为31.8%。所有多态性位点均符合Hardy-W e inberg平衡。中性检验显示广东汉族人群TLR2基因符合中性进化假说。连锁不平衡分析显示位于调控区的-18945 C/T和-18883 C/G 2位点之间完全连锁,而位于编码区的rs3804099和rs3804100两位点之间紧密连锁。结论:本研究首次建立了汉族正常人群TLR2基因座位的功能性多态性图谱,并研究了其分布频率,发现了一些种族特异性的多态性位点,为今后开展汉族人基因多态性与疾病相关性研究以及人群进化研究提供了重要资料。     

SNCA和PARK16多态性与中国辽宁地区汉族帕金森病人的关联分析

目的: 探究SNCA基因rs3857059和PARK16基因rs16856139单核苷酸多态性(SNPs)的频率分布及与帕金森病的关联性。方法: 本研究以214名中国辽宁地区汉族健康个体和213名帕金森病患者为研究对象,借助多重PCR及单一的限制性内切酶消化后的限制性片段长度多态性(RFLP)分析技术,对上述2种帕金森病易感基因中的2个SNPs位点进行等位基因多态性调查,并将所得的对照及病例组数据进行相关统计分析。结果: 多重PCR-RFLP法成功地检测出2个SNPs位点的所有基因型。基因频率数据显示rs3857059位点的G等位基因频率在帕金森病患者组高于对照组,差异有统计学意义(χ²=7.592,P<0.01,OR= 0.677,95% CI=0.517~0.888);rs16856139位点的T等位基因频率在帕金森病患者组低于对照组,差异有统计学意义(χ²=11.511,P< 0.01,OR= 0.390, 95% CI=0.227~0.669),这些结果提示本研究调查的2个SNPs构成了帕金森病患病的危险因素。结论: 帕金森病易感基因SNCA的rs3857059和PARK16的rs16856139位点基因频率分布在中国辽宁地区汉族群体中与帕金森病相关。     

DTNBP1基因rs4715986位点多态性与中国汉族人群偏执型精神分裂症相关

目的通过两步法研究中国汉族人群DTNBP1基因的多态性与偏执型精神分裂症的相关性。方法发现阶段:在532例偏执型精神分裂症患者及488名健康对照中使用Sanger测序方法检测DTNBP1的11个SNP位点。验证阶段:在1 111例偏执型精神分裂症患者及1 435名健康对照中使用Taqman探针分型的方法对发现阶段检出阳性的rs4715986位点进行验证。结果发现DTNBP1中的rs4715986位点与偏执型精神分裂症的高患病风险相关(χ~2=11.02,P0.01)。在验证人群中重复出rs4715986与偏执型精神分裂症的相关性(χ~2=9.29,P=0.01)。结论DTNBP1基因rs4715986位点的多态性与偏执型精神分裂症的高患病风险相关。DTNBP1可能是中国汉族人群偏执型精神分裂症的易感基因。     

难治性癫痫患病风险与MDRI基因tag SNPs rs3789243及rs2235046位点多态性的相关性

目的 探讨MDRI基因tag SNPs与中国汉族难治性癫痫患病风险的关系.方法 安徽合肥周边地区的汉族癫痫患者164例和健康对照198例,通过传统SNP基因分型技术PER-CTPP对MDRI基因的标签SNPs rs3789243和rs2235046进行基因分型,随机样本测序验证,并进行统计学分析.结果 SNPs rs3789243的CC基因型分布频率在癫痫病例组和正常对照组之间、难治组和对照组之间均有显著性差异(P<0.01),相对危险度分别为4.315和7.123(P<0.01);SNPs rs2235046的AA基因型分布频率在癫痫病例组和对照组之间有显著性差异(P<0.01),相对危险度为2.837(P<0.01).结论 MDRI基因多态性ra3789243基因型CC和rs2235046基因型AA可能与癫痫的患病风险升高有关;rs3789243基凶型CC可能与IE风险升高有关.     

难治性癫痫患病风险与MDRI基因tag SNPs rs3789243及rs2235046位点多态性的相关性

目的 探讨MDRI基因tag SNPs与中国汉族难治性癫痫患病风险的关系.方法 安徽合肥周边地区的汉族癫痫患者164例和健康对照198例,通过传统SNP基因分型技术PER-CTPP对MDRI基因的标签SNPs rs3789243和rs2235046进行基因分型,随机样本测序验证,并进行统计学分析.结果 SNPs rs3...     

AIDS相关全基因组关联研究进展

全基因组关联分析( genomewide association studies,GWAS)是应用人类基因组中数以百万计的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)为标记进行病例-对照关联分析,以期确定疾病相关基因、易感区域或疾病的标记物,从而探究复杂疾病遗传机制的方法[1].该研究建立在常见疾病具有常见变异的假设基础上,其基本思想是在一定规模的实验组和对照组中比较全基因组范围内所有SNP位点的等位基因或者基因型频率在某种疾病中出现的差异.若某SNP位点的等位基因或基因型在患病人群中出现的频率明显高于或低于对照组,则认为该位点与疾病间存在关联性,进而根据该位点在基因组中的位置和连锁不平衡关系推测可能的疾病易感基因.     

新疆维、汉、哈族妊娠期糖尿病相关遗传基因分析及与临床资料相关性研究

目的探讨新疆维、汉、哈族妊娠期糖尿病相关遗传基因分析及与临床资料的相关性分析。方法选择2015年6月-2017年9月新疆地区孕妇526例(汉族207例,维吾尔族169例,哈萨克族150例),根据妊娠期是否伴有妊娠期糖尿病分为病例组(n=214例)和对照组(n=312例)。入选既往全基因组关联研究报道且在汉族人群中验证40个2型糖尿病易感基因及11个糖代谢指标相关的遗传位点,应用Mass ARRAY平台进行基因分型,采用SPSS Pearson相关性分析软件对候选多态性位点与汉族、维族、哈族GDM及临床资料的相关性进行分析。结果病例组年龄、BMI、空腹血糖、1h血糖、2h血糖、糖化血红蛋白水平、甘油三酯、高密度水平,均高于对照组(P0.05);病例组低密度水平,低于对照组(P0.05);相关性分析结果表明:汉族人GDM发生率与候选位点基因型和等位基因频率rs12571751关系密切(P0.05);维吾尔族GDM发生与rs2796441和rs1359790关系密切(P0.05);哈萨克族GDM发生与rs2010963、rs3025039基因无统计学意义(P0.05)。结论汉族和维族人群GDM发生的遗传背景存在差异性,ZMIZ1可能是影响汉族人群GDM发生的易感基因,PPARG和CDKN2A/B可能是影响维族人GDM发生的易感基因,其相关性仍有待更大样本研究验证。     

4p14区段和CTLA-4基因多态性与Graves病相关

目的探讨中国安徽蚌埠地区汉族人群4p14区段位点rs6832151和CTLA-4基因4个SNPs(单核苷酸多态性)位点基因多态性与Graves病相关性,和基因-基因交互作用对Graves病的影响。方法提取611例诊断明确的GD患者和644名健康对照者的全基因组DNA,用Taq Man探针技术进行基因分型,使用Plink和Haploview等统计软件分析这些位点与蚌埠地区汉族人群Graves病的相关性。结果 4p14区段位点rs6832151的等位基因、基因型频率在GD组和对照组之间有差异(P0.05),CTLA-4基因区域内rs231804和rs231726两个SNP位点基因型在显性模型下差异显著(P0.05);GMDR模型显示CTLA-4基因内rs10197319、rs231726、rs231804、rs1024161位点和4p14区段内rs6832151位点组成的五阶模型(P=0.001)为最佳模型,CTLA-4基因内rs1024161和rs10197319位点之间上位效应分析结果有差异(P0.05)结论 4p14区段rs6832151,CTLA-4基因区域内rs231804和rs231726位点基因多态性与蚌埠地区汉族人群Graves病的遗传易感性相关;rs6832151(4p14区段)和rs10197319、rs231726、rs231804、rs1024161(CTLA-4基因)5个SNP位点间的基因-基因交互作用与Graves病相关,CTLA-4基因内rs1024161和rs10197319位点之间存在上位效应。     

重庆人群IL-1β启动子区-31、-511、-1470单核苷酸多态性位点间的连锁不平衡分析

目的　调查IL 1β启动子区 -3 1、-5 11、-14 70 3个单核苷酸多态性 (singlenucleotidepoly morphisms ,SNPs)的发生频率及是否存在连锁不平衡 (linkagedisequilibrium ,LD )关系。 方法　采用限制性片段长度多态性方法对重庆地区 112名健康个体IL 1β -3 1、-5 11、-14 70SNPs位点进行基因分型 ,应用软件TransposerV1 0对 3个SNPs位点进行LD分析及Pearsonχ2 检验 ,应用软件Arlequine计算单倍型频率及单倍型组成。结果　 10 7名重庆地区正常个体IL 1βC -3 1T、T -5 11C、G -14 70C 3个SNPs的发生频率分别是 45 .3 3 %、5 0 0 0 %及 41.67%。IL 1β启动子区 3个SNPs主要组成 3种单倍型 :T C G( 4 4 1% )、C T C( 4 0 3 % )和C T G( 8 8% )。通过对这 3个SNPs位点两两间进行LD分析 ,发现所有的LD参数 (Δ值 )都不为 0 ( χ2 检验 ,P <0 .0 0 5 )。结论　重庆地区人群IL 1β启动子区 -3 1、-5 11、-14 70 3个SNPs位点呈紧密的连锁不平衡。本研究结果为寻找与炎症等疾病相关单倍型奠定了基础。     

河南省首起奥密克戎COVID-19疫情全基因组特征与溯源分析

目的对河南省首起本土奥密克戎COVID-19确诊病例的呼吸道标本进行SARS-CoV-2全基因组测序, 分析基因组突变及分子溯源情况。方法采用全基因组测序技术对2022年1月7日—1月29日疫情相关的COVID-19病例阳性样本进行全基因组测序和序列比对分析, 分析病毒全基因组序列的一致性和变异进化情况。结果通过SARS-CoV-2基因组高通量测序, 共获得120例病例的SARS-CoV-2全基因组序列, 占安阳COVID-19疫情总病例数的25.64%(120/468)。与武汉参考株(NC₀45512.2)相比, 120例病例的全基因组序列存在57～59个核苷酸突变位点, 在共享57个核苷酸位点的基础上增加1～2个核苷酸突变位点, 均属于VOC/Omicron变异株(BA.1.1进化分支), 基因组序列高度同源。其中, 首发病例A全基因组序列含有57个核苷酸突变位点, 首发病例B全基因组序列在含有57个相同的核苷酸突变位点基础上, 增加1个特有变异位点(C1594T), 提示二者为同一传播链。经中国疾病预防控制中心和河南省疾病预防控制中心与国内本土病例和输入病例...     

我国首例输入性裂谷热病例病毒全基因组测序分析

目的 对我国首例输入性裂谷热病例病毒进行全基因组测定,分析其进化来源及潜在变异.方法 提取样本核酸,非特异性反转录扩增病毒基因组RNA,使用Ion Torrent二代测序仪进行病毒全基因组测定.对获得的基因组数据进行序列拼接、比对、进化树构建和关键位点分析.结果 通过测定获得了病毒全基因组11 979nt,该测定病毒属E基因分支,序列与先前南非分离株Kakamas相似度最高(＞98％).病毒Gn蛋白C端信号肽区存在1个氨基酸突变.结论 本研究分析测定的裂谷热病毒全基因组与目前非洲流行株高度相似,病毒基因特征未出现明显变异.     

DNA池焦磷酸测序法在病例-对照关联研究中的应用

目的探讨DNA池结合焦磷酸测序技术（DNA poo1ing and pyrosequencing,DNA poo1ing-PSQ）在病例-对照关联性研究中的适用性。方法利用前期获取的傣族高血压病例与健康对照样本及基因分型结果,选取有序列复杂性及频率代表性的4个SNP位点,用DNA pooling-PSQ分别对由453例傣族高血压患者及488例傣族对照构建的DNAPb~进行等位基因频率测定,所得结果与用SNaPshot逐一分型计数所得结果进行比较。结果DNA poo1ing-PSQ法对于非复杂性的中高频率SNP位点等位基因频率估计较为准确,差值在0．9％-2．7％之间,所得关联分析结果与SNaPshot法一致;但对于复杂SNPrs12046278及低频SNP rs11066280,所得频率与逐一分型法相差值较大,在11．2%-15．6％之间,位点的关联性结果也不一致。结论DNA poolinm-PS0适用干中频和高频的非复杂性SNPs关联分析．