舟山市枸杞岛一起家庭聚集性发热伴血小板减少综合征疫情调查

目的调查浙江省舟山市枸杞岛一起家庭聚集性发热伴血小板减少综合征(SFTS)疫情流行病学特征,为其预防控制提供依据。方法 2015年7月对舟山市枸杞岛SFTS患者及其密切接触者和周围环境进行流行病学调查及媒介蜱监测,采集患者血清进行发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒(SFTSV)核酸检测、序列测定和同源性分析。结果舟山市枸杞岛一对老年夫妇先后出现发热、腹泻、血小板减少等临床症状,经核酸检测确诊为SFTS,1例有蜱叮咬史;密切接触者和媒介蜱的SFTSV检测均为阴性。其中分离自1例患者的病毒核苷酸序列与我国岱山病毒株(ZJ2013-06)以及我国宁波病毒株(Rodent01/NB/CHN/2014)和日本病毒株(SPL097A/Japan)的同源性为98.8%~99.9%,而与岱山主要流行株、淮阳山及河南省流行株的同源性为94.0%~96.0%。结论首次证实舟山市枸杞岛存在SFTS流行,病例与蜱叮咬传播有关,疫情是否因候鸟迁徙扩散SFTSV有待进一步研究。     

江苏省新型布尼亚病毒分离株全长S片段基因特征分析

目的分析江苏省新型布尼亚病毒(SFTSV)分离株全长S片段基因的特征,为SFTSV监测和防控提供依据。方法通过GenBank获取江苏省上传的SFTSV毒株全长S片段基因序列信息,通过构建系统进化树鉴定基因型,分析各毒株间核苷酸和氨基酸序列的同源性。结果获取江苏省上传的35株SFTSV毒株基因信息,毒株分离年份为2010—2014年,主要为人源毒株,有28株,占80.00%。基因亚型主要为C4和C2,分别有16和14株,分别占45.71%和40.00%。35株SFTSV毒株全长S片段基因核苷酸序列同源性百分比为94.38%～100.00%,氨基酸序列同源性百分比为89.42%～100.00%;35株毒株与各亚型参考毒株间核苷酸序列同源性百分比为94.11%～100.00%,氨基酸序列同源性百分比为89.18%～100.00%;人源毒株与宿主动物分离株间核苷酸和氨基酸同源性为94.74%～99.91%和91.42%～99.80%。结论江苏省SFTSV分离株序列间亲缘性较近,其核苷酸和氨基酸高度同源。     

江苏省发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒的核酸检测及全基因组序列分析

目的 对江苏省2010年发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒(SFTSV)进行核酸检测并分析其全基因组序列.方法 用荧光定量PCR的方法对江苏省2010年SFTSV感染病例进行核酸检测,将所有阳性标本进行病毒分离,取8株代表性毒株测定其全基因组序列,序列结果用DNA Star和MEGA4软件进行分析.结果 33例发热伴血小板减少综合征疑似病例中,20例SFTSV核酸检测阳性.1例狗标本SFTSV检测也为阳性.8株SFTSV毒株全基因组序列与国内其他地区流行株的序列高度同源,其中M片段核苷酸序列同源性介于95.8％～98.7％之间,氨基酸序列同源性介于98.7％～99.7％之间;而与汉坦病毒属和白蛉热病毒属的相关序列相比差异较大,M段核苷酸序列同源性最高仅为27.1％,氨基酸序列同源性最高仅为7.3％.与一代病例密切接触后发病的二代病例序列与一代病例序列完全一致;狗携带的SFTSV序列与病人序列高度同源.结论 SFTSV江苏株与国内参考株序列无明显差异,与布尼亚病毒科的其他属序列差异巨大;SFTSV存在人传人的可能性;狗可能是SFTSV的传播宿主之一.     

2017年盐城市1例人感染新布尼亚病毒全基因组分子特征分析

目的分析盐城市2017年1例发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒(SFTSV)全基因组序列,对其来源、地理分布特征以及病毒遗传特征进行分子溯源,为防控盐城市人感染新布尼亚病毒疫情提供实验室依据。方法采用荧光定量RTPCR的方法,对该SFTSV病例及其相关媒介宿主进行核酸检测,测定其全基因组序列,采用相应的生物信息软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果确诊病例分离出SFTSV盐城株,其L、M、S基因与不同基因型参考株核苷酸同源性分别为94.9%～98.7%,94.1%～97.5%,94.6%～98.7%;氨基酸同源性分别为98.8%～100.0%,97.3%～98.7%,93.0%～98.4%;人与4种媒介宿主间毒株序列高度同源,L、M、S基因核苷酸序列同源性分别为95.8%～96.3%,94.3%～96.1%,95.7%～96.0%;氨基酸序列分别为98.8%～100.0%,98.2%～98.7%,93.6%～94.5%。遗传进化树显示:盐城株L、M、S基因属于C3基因亚群,具有独特的进化分支,为非主流优势流行株。结论盐城SFTSV毒株与江苏代表株不属于同一进化分支的毒株,可能有独特的传播途径。     

江西省1株汉滩型汉坦病毒的分离与鉴定

目的 了解江西省啮齿动物携带的肾综合征出血热汉坦病毒的基因型别。方法 采用Vero-E6细胞对8份免疫荧光汉坦病毒抗原阳性鼠肺标本进行病毒分离,采用直接免疫荧光法和RT-PCR方法对培养物进行鉴定,对分离株部分M基因进行序列测定和分析。结果 1份标本培养后经直接免疫荧光试验检测到汉坦病毒特异性免疫荧光颗粒,培养物能在Vero-E6细胞中稳定传代,毒株命名为AYW89-15。毒株核酸经汉坦病毒M基因特异性分型引物进行RT-PCR检测,获得汉滩型汉坦病毒(Hantaan virus, HTNV)预期大小的目的片段;通过序列分析发现,分离株与HTNV参考株核苷酸同源性为83.1%～94.7%,氨基酸同源性为95.0%～99.0%,与汉城型等其他型别汉坦病毒核苷酸和氨基酸同源性均低于75%。进化树分析表明AYW89-15位于HTNV所在的枝系。 结论 新分离株AYW89-15为HTNV。     

江西省风疹病毒E1基因特性与疫苗株基因差异分析

目的研究江西省2006年-2012年风疹病毒毒株的基因特性,为江西省的风疹防治策略提供科学依据。方法采集风疹疑似病例咽拭子标本进行病毒分离,对分离到的风疹病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒E1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit 7.0、Mega 3.0生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析。结果江西省2006年-2012年共分离到13株风疹毒株,均为麻风疹1E基因型,为本省风疹病毒本土野毒株。各分离株之间E1基因核苷酸同源性为97.8%~100%,氨基酸同源性为98.8%~100%;与疫苗株BRDⅡ株(RVi/Beijing.CHN/80)核苷酸同源性为89.3%~89.7%,氨基酸同源性为98.8%~99.6%,大部分核苷酸的突变为无义突变,氨基酸序列比较保守。结论江西省2006年-2012年风疹病毒分离株为1E基因型,我国风疹疫苗株BRDⅡ株在分子水平上对本省疫苗保护效果较好。     

山东省烟台市人与动物新型布尼亚病毒感染调查及同源性分析

目的 了解山东省烟台市人和动物发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒 （SFTSV）感染及流行情况。方法 2011年4－11月分别在烟台市的蓬莱和莱州2个SFTS病例高发地区连续采集与人密切接触的5种家养动物 （羊、 牛、 猪、 犬、 鸡） 血清标本3 576份,应用双抗原夹心ELISA方法和Real time RT-PCR方法检测血清中SFTSV总抗体和病毒核酸; 观察不同月份感染情况; 采集两地人群血清2 590份,应用间接ELISA方法检测SFTSV IgG抗体; 用Vero细胞从核酸阳性的人和动物血清中分离病毒,通过RT-PCR方法对 SFTSV S片段进行序列扩增、 同源性分析。结果 3 576份动物血清标本中SFTSV血清总抗体阳性1 439份,阳性率为40.24%,病毒核酸阳性163份,阳性率为4.56%。其中羊、 牛、 鸡、 犬、 猪抗体阳性率分别为62.78%、 52.97%、 45.56%、28.73%和1.45%,核酸阳性率分别为5.72%、 4.63%、 3.02%、 5.25%和3.73%。动物体内的抗原抗体随季节消长而变化。2 590份人群血清SFTSV IgG抗体阳性率为5.41%。对10株来自人的毒株和3株来自动物的毒株进行S片段基因序列扩增分析,显示其同源性在95.23%～100.00%,与国内其他省市分离毒株比较,其同源性在94.72%～99.13%,高度同源。结论 烟台地区存在SFTSV流行,人与家养动物普遍易感,其基因序列高度同源,提示家养动物可能作为SFTSV的增殖宿主和扩散宿主,应引起高度重视。     

舟山群岛各县区新布尼亚病毒基因同源性分析

目的 了解舟山群岛各县区流行的新布尼亚病毒的基因同源性.方法 采集舟山群岛不同县区5例发热伴血小板减少综合征(SFTS)重症或死亡患者的急性期血清,用Vero细胞分离培养毒株,采用RT-PCR扩增所获毒株L、M、S特异性基因节段,使用DNA Star和MEGA5.2软件进行同源性分析并构建系统进化树.结果 5株发热伴血小板综合征病毒(SFTSV)的L、M、S基因序列可分成3个进化分支.第一分支毒株全基因序列与韩国JP系列毒株及日本SPL004A有较高同源性,核苷酸相似度在97.8％;第二分支与临近内陆地区部分毒株和日本的部分毒株序列(SPL057A)均有高度同源性,核苷酸相似度均在98.8％～99.9％;第三分支毒株与来源于江苏(JS2007-1等)、辽宁(LN3/2010)、河南(WCH-97/2011)、安徽(AH15/2010)、河南淮阳山(2010-FQM)、湖北(HB2014-20)有较高同源性,核苷酸相似度在97.8％～98.5％.结论 舟山群岛内流行的SFTSV同源性不一,存在韩国-舟山、中国其他地区-舟山传播路径可能性.     

辽宁省新布尼亚病毒流行特点及生物特性分析

目的 调查2009-2011年辽宁省8市发热伴血小板减少综合征新病原,探讨新布尼亚病毒在自然界中可能存在的动物宿主及传播媒介.方法 采用ELISA方法检测2009-2011年辽宁省发热伴血小板减少患者血液中发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒(SFTSV) IgM抗体,采用间接免疫荧光染色法检测鼠肺SFTSV抗原,利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测鼠肺、蜱悬液、细胞阳性分离物的SFTSV核酸,采用VERO-E6细胞对患者血液及脾悬液标本进行病毒分离鉴定,并进行核苷酸测序分析.结果 大连、丹东、抚顺、铁岭均检出SFTSV的IgM抗体阳性;103份中检出20份鼠肺SFTSV抗原阳性,但SFTSV核酸检测均阴性;20组中1组蜱悬液SFTSV核酸检测阳性并分离出SFTSV病毒;148份中有26份急性期血液样本经VERO-E6细胞分离出现细胞病变,经鉴定为SFTSV病毒,并对M片段进行核苷酸序列分析.结论 新布尼亚病毒是辽宁省4市发热伴血小板减少综合征的新病原,未检出可能的自然界中的动物宿主鼠类携带SFTSV核酸,蜱可能是其传播媒介之一.     

安徽省诺如病毒G II.4/Sydney 2012变异株分子特征分析

目的了解安徽省某高校一起急性胃肠炎暴发疫情的病原体基因分型和分子特征。方法采用实时荧光定量PCR法(Real-time PCR)对6份粪便/肛拭子标本检测诺如病毒核酸,检出的阳性标本经传统RT-PCR扩增衣壳蛋白区(ORF2)部分序列、基因测序和型别鉴定,利用Clustal X 2.0和Mega 6.0软件对测定序列进行核苷酸同源性比对和构建基因进化和亲缘性关系树。结果检出4份标本诺如病毒核酸阳性,阳性率为66.67%(4/6);基因序列比对和进化亲缘性关系显示:诺如病毒基因型为GII.4型;2毒株序列之间核苷酸同源性为100%;与2014~2015年上海株、香港株核酸同源性最高,均为100%;与2012澳大利亚Sydney株(JX459908)同源性为99.6%;与上海和香港两地区毒株亲缘性关系最近,聚为独立一簇,同属GII.4/Sydney 2012分支。结论引发该起急性胃肠炎暴发的病原体为GII.4型诺如病毒,且属于GII.4 Sydney 2012变异株。     

从革螨和恙螨中检测到发热伴血小板减少综合征病毒核酸

目的调查革螨、恙螨携带发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒(SFTSV)情况。方法收集黑线姬鼠和山羊体表革螨和恙螨,按属种分类,用荧光定量PCR和常规RTPCR法检测革螨和恙螨体内是否携带SFTSV基因组核酸。结果黑线姬鼠体表收集的5组小盾纤恙螨SFTSV基因组核酸均为阳性,黑线姬鼠体表收集的3组毒棘厉螨和山羊体表收集的1组毒棘厉螨SFTSV基因组核酸均为阳性。基因测序结果显示,与SFTSVJS4株NP基因比对,其同源性在99%～100%。结论小盾纤恙螨和毒棘厉螨均可携带SFTSV,具有传播SFTS的可能。     

新疆克里米亚-刚果出血热病毒株S基因分子生物学特性研究

目的对新疆地区2005年分离自亚洲璃眼蜱的3株克里米亚-刚果出血热（CCHF）病毒株进行S基因序列测定并分析比较该病毒的分子生物学遗传特性。方法应用逆转录聚合酶链反应扩增出病毒基因组S片段，纯化后直接测定其核苷酸序列，用DNASTAR软件对测定的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行比较分析。结果3株病毒S基因都由1673个核苷酸组成，开放阅读框均为1449个核苷酸，编码482个氨基酸，3株病毒间核苷酸及氨基酸同源性序列为99．5％，与其他已发表的9株CCHF病毒株的核苷酸序列同源性在92．7％～99．8％之间。这3株病毒与已分离的7001和79121株同属1个基因组，序列相差2％～3％之间。与尼日利亚的原型株IBAR10200的差异性为13％，远大于与中国原型株66019之间的6．8％的差异。结论中国株为相对独立的一个类群，新疆自治区境内不同地区分离的CCHF病毒S基因分子结构差异相对较小。     

云南省2007--2009年流行性腮腺炎病毒SH和HN基因的遗传特征分析

目的 分析2007-2009年云南省腮腺炎病毒(MuV)分离株的SH和HN遗传特征.方法 采用反转录-聚合酶链反应从Vero细胞分离的病毒株基因组中扩增出SH基因和HN基因,测序后用Mega4.1软件分析其遗传特征.结果 云南省分离14株MuV的SH基因其核苷酸和氨基酸同源性为98.3%～100.0%和96.5%～100.0%,与其他省份比较其同源性为92.6%～99.4%和87.7%～100.0%,其中Wsh1和Wsh2与其他F基因型差异较大;与疫苗株同源性为84.5%～85.1%和77.2%;与其他基因型同源性为83.4%～90.9%和70.1%～86.0%.6株MuV分离株的HN基因与核苷酸和氨基酸同源性分别为99.3%～99.5%和99.1%～99.7%;与中国分离株SP株的核苷酸和氨基酸同源性均为99.8%;与其他基因型同源性为94.7%～96.8%和95.5%～99.1%;与疫苗株的同源性为92.4%～93.2%和95.5%～96.4%.结论 2007-2009年云南省流行的MuV均为F基因型;其HN基因比SH基因保守.

Abstract：

Objective To analyze genetic characterization of the small hydrophobic and hemagglutinin-neuraminidase genes of mumps virus(MuV)isolated in Yunnan province,China from 2007 to 2009.Methods Fourteen MuV strains were isolated in Yunnan,China from 2007 to 2009.Using RT-PCR,the SH gene fragments contained 316 nucleotides in all strains and HN gene of six strains were sequenced.The sequences were aligned with other mumps virus sequences downloaded from GenBank using Mega 4.1 software.Results Fourteen isolated strains were closely related to other reference strains of F genotypes.In SH gene,the homology of nucleotide and amino acid among the fourteen isolated strains were 98.3%-100.0%and 96.5%-100.0%,respectively,and 92.6%%-99.4%and 87.7%-100.0% of homology when compared with that of strains isolated from other provinces in China,respectively.Wsh1 and Wsh2 strains had less homology when compared to other strains of F genotypes.The fourteen strains had homology of 84.5%-85.1%and 77.2%compared to vaccine strains on nucleotide and amino acid,respectively,and had homology of 83.4%-90.9% and 70.1%-86.0% compared to that of other genotypes.In HN gene,the homology of nucleotide and amino acid among the six isolated strains were 99.3%-99.5% and 99.1%-99.7%,respectively,and also 99.8% and 99.8% of homology respectively when compared to the SP strain in China.All the six strains had homology of 92.4%-93.2% and 95.5%-96.4% when compared to the vaecine strains on nucleotide and amino acid,respectively,and had homology of 94.7%-96.8% and 95.5%-99.1%compared to other genotypes.Conclusion Fourteen strains isolated in Yunnan from 2007 to 2009belonged to F genotype of MuV while the HN gene seemed more conservative than SH gene.     

两起新型布尼亚病毒感染病例的病毒序列分析

目的：分析发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒感染（SFTSV）感染患者的临床特点、流行病学以及SFTSV基因序列。方法：收集本市2014年4-6月某医院送检的2例重症发热伴血小板减少（SFTS）患者的血清标本,经核酸荧光PCR检测阳性确诊。对病毒核酸测序并与GenBank数据比对。结果：两名患者均有典型的SFTSV感染的临床症状,以发热、腹泻为首发症状,血常规见粒系及血小板呈进行性降低。从2例患者血清提取的核酸经测序,其基因序列与GenBank中的SFTSV进行比对,0428株（安庆）的RNA多聚酶、糖蛋白、NS蛋白的同源性与安徽代表株AHL/China/2011的同源性最高,均达到99%。0507株（滁州）上述目的基因与江苏株JS2011-013-1的同源性高达99%。结论：SFTSV在本地区散发存在,基因序列分析结果提示其来源或有差异。     

敦化市2009-2011年致手足口病流行肠道病毒71型基因特征分析

目的分析吉林省敦化市流行的肠道病毒71型分离株的基因特征。方法对2009-2011年敦化市手足口病来源的3株EV71分离株进行逆转录-聚合酶链反应扩增VP1基因编码区后进行序列测定,并使用Bioedit和Maga4生物信息学软件进行基因特征分析。结果敦化市3株EV71流行株均为C4a基因亚型,3株EV71分离株之间核苷酸同源性为98.6%~98.8%;与吉林省和龙市的流行株核苷酸同源性为98.8%~99.8%,与吉林省其他地区的2株EV71代表株的核苷酸同源性为97.6%~99.3%,与安徽省阜阳市2008年代表株的核苷酸同源性为98.3%~99.3%。敦化市3株EV71分离株之间、与2008年阜阳株以及吉林省2009-2011年3株代表株的氨基酸同源性均达到100%。结论敦化市3株EV71分离株与同为延边州的和龙市的流行株核苷酸同源性最高,与安徽省阜阳市2008年流行株的核苷酸也具有较近的同源性。敦化市3株EV71分离株之间以及与中国C4a基因型代表株之间都具有较高的氨基酸同源性。     

2008年福建省肠道病毒71型分离株的遗传特征分析

[目的]分析福建省流行的肠道病毒71（Enterovirus71,EV 71）分离株的遗传特征。[方法]对2008年手足口病例（HFMD）EV 71分离株进行RT-PCR扩增全长VP1基因,测序并分析病毒遗传学特征。[结果]从福州、泉州及龙岩3地市散发的手足口病例中分离到8株EV 71,种系发生树显示2008年福建与阜阳分离株和中国大陆1998年以来的病毒株均为C4亚型,至少分为4个谱系（lineages）。8株福建分离株核苷酸与氨基酸同源性分别为97.4%-100%和99.3%-100%,与Genbank安徽阜阳的5株分离株病毒同源性最高,核苷酸与氨基酸序列同源性为97.6%-99.5%和96.4%-99.3%,其中福建株HF08-17、HS08-140与阜阳分离株同源性为99.2%-99.5%,为同一传播链上的病毒;福清市2分离株（HA08-68和HA08-69）以及长汀县3株（HA08-124,HS08-139和HS08-140）病毒间核苷酸差异性为2.1%-2.2%,说明同一地区存在不同传播链。[结论]2008年福建省EV 71分离株均属于C4亚型,C4亚型病毒在中国大陆具有多传播链、广泛快速传播的特点;福建省内存在亲缘关系较近的EV71多传播链病毒同时流行,应加强监测与分析。     

豫南地区蜱类分布及蜱媒病原体调查与分析

摘要:目的　探讨豫南地区蜱虫分布特点,蜱媒病原体类型及流行性特征。方法　采用布旗法、体表检蜱法采集不同环境中蜱虫,采用PCR方法对蜱媒病原体的感染情况进行流行病学调查研究。结果　3-10月份采集蜱虫730只,分2属3种,其中长角血蜱占80.71%,为当地优势蜱种;蜱虫分布呈季节性消长;经PCR扩增出2种蜱媒病原体的特异性DNA片段,比对显示与发热伴血小板减少综合征病毒（SFTSV）、嗜吞噬细胞无形体有高度同源性;SFTSV阳性率为4.90%;嗜吞噬细胞无形体阳性率为2.49%。结论　豫南地区蜱虫分布有生态及季节性规律,蜱中携带SFTSV、人粒细胞无形体病的病原体,是造成人发热伴血小板减少综合征、无形体病的主要原因,应加强疫区防控措施。     

安徽省肠道病毒71型VP1区基因分析

目的阐述引起安徽省2008年手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD）流行的肠道病毒71型（enterovirus71,EV71）基因特征。方法采集HFMD暴发初期患者标本,进行病毒分离、培养,通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）鉴定上述培养物。扩增病毒株及核酸样本的VP1编码区全基因,并进行序列测定和分析。结果暴发初期分离出3份病毒株,经中和试验及RT-PCR证实为EV71。根据VP1全基因序列与EV71基因型、亚型参考株构建亲缘性关系树,17份测序结果与C4亚型聚为一簇,与A、B、C1、C2、C3、C4基因型别（亚型）的核苷酸的同源性分别为：82.0%-83.0%、84.3%-85.4%、89.7%-91.1%、89.1%-90.7%、88.3%-89.8%、93.0%-94.6%;氨基酸的同源性分别为：93.9%-95.2%、96.6%-97.6%、97.9%-98.6%、98.6%-99.3%、98.3%-98.9%、98.6%-99.6%;簇内比较显示,1株2006年的EV71毒株与另16份2008年样本在C4亚型内又分属两个亚簇,核苷酸、氨基酸的同源性分别为：96.2%-96.9%、98.3%-99.3%。结论引起安徽省2008年HFMD的EV71为C4亚型,与2006年分离的1份毒株有差异,提示安徽省存在C4亚型的不同分支。