基于网络药理学及分子对接研究桃仁-红花治疗膝骨关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学及分子对接技术研究桃仁-红花治疗膝骨关节炎(KOA)的作用机制.方法:采用TCMSP及Uniprot数据库收集整合桃仁、红花的活性成分及其药理作用靶点,在GeneCards数据库检索KOA的靶点基因,通过Venny获取疾病-药物交互靶点,借助STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作网络...     

基于网络药理学探讨“红花-桃仁”药对防治冠心病的作用机制＊

目的 采用网络药理学的方法，筛选“红花-桃仁”药对防治冠心病的作用靶点，揭示“红花-桃仁”防治冠心病的中医配伍机制。方法 通过查阅文献（PubMed、CNKI）、中药系统药理学数据库（TCMSP）检索“红花-桃仁”的所有化学成分，以ADME参数（OB ≥ 30％和DL ≥ 0.15）及药效活性为标准，筛选“红花-桃仁”的活性化合物，然后通过BATMAN-TCM数据库，筛选活性化合物的作用靶点，建立靶点数据集；使用 Cytoscape3.6.1软件构建“活性化合物-靶点-疾病”复杂网络关系图；运用STRING数据库、生物学信息注释数据库（DAVID）进行蛋白互作关系分析、基因本体（GO）功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析研究其防治冠心病的配伍机制。结果 共检索出255个化合物，其中38个化合物作为活性化合物；共检索出718个作用靶点，通网络拓扑特征评价筛选出10个潜在作用靶点与药对防治冠心病的配伍机制最为密切，利用DAVID数据库对10个潜在作用靶点进行基因GO功能富集分析和KEGG通路富集分析，筛选出66个生物过程和18条信号通路参与“红花-桃仁”药对防治冠心病的作用。而与“红花-桃仁”药对防治冠心病最为密切的信号通路包括肿瘤坏死因子信号通路、疟疾、非洲锥虫病、NOD样受体信号通路等，同时其主要涉及的生物过程包括脂多糖介导的信号通路、序列特异性DNA结合转录因子活性的正调控、蛋白磷酸化的正调控、蛋白激酶B信号转导、一氧化氮生物合成过程的正调控等；其防治冠心病的机制主要是通过上调或下调这些生物过程和信号通路，发挥多成分、多靶点、多途径相须协同增效的生物学效应。结论 网络药理学为揭示“红花-桃仁”防治冠心病的中医配伍机制提供了新的思路和方法，也为“红花-桃仁”药对的深入研究及开发利用提供了现代科学内涵。     

桃仁-红花配伍治疗增生性瘢痕的网络药理学研究

目的：使用网络药理学方法研究使用桃仁-红花配伍防治增生性瘢痕的机制。方法：利用OMIM数据库系统、Disgenet数据库系统、Genecards数据库系统得到疾病的功能靶位,利用中药系统药理学数据库与分析平台、Swiss Target Prediction数据库系统获取药物成分及功能靶位网络信息,利用Cytoscape 3.7.1软件系统绘制桃仁-红花的活性成分-潜在功能靶位网络,利用STRING数据库系统得到与靶位相互作用的网络关系数据,通过R程序的Bioconductor生物信息技术应用软件包完成关键靶基因的基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：共得到桃仁-红花药对潜在活性成分44个,经筛选获得潜在药物靶点561个,潜在疾病靶点794个,对比取交集后获得对增生性瘢痕有治疗意义的靶点88个。结论：本研究验证了桃仁-红花药对可通过数个靶点、多种途径治疗增生性瘢痕,为今后治疗提供新的用药思路。     

基于网络药理学探究丹参-桃仁治疗稳定型心绞痛机制

目的:探讨丹参-桃仁治疗稳定型心绞痛的作用机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索丹参-桃仁的有效成分和相关靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-关键靶点”网络,从STRING平台生成蛋白质-蛋白质相互作用网络,在Metascape数据库进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:化学成分-靶点网络包含88个化合物和1 071个相应靶点,药物活性成分主要为木犀草素、丹参酮IIA、β-谷固醇、隐丹参酮、鼠尾草酚酮等。蛋白质-蛋白质相互作用网络关键靶点为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、肿瘤蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor, TNF)、白细胞介素-6 (Interleukin-6,IL-6)、 MYC原癌基因(MYC Proto-Oncogene, MYC)、雌激素受体1(Estrogen Receptor 1,ESR1)。GO分析主要为对激素的反应、细胞体、膜...     

基于网络药理学和分子对接研究红花治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接的方法研究红花治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:通过查阅文献和数据库获取红花的有效药物成分,利用数据库预测红花的成分靶点与AD的靶点,并对红花靶标基因进行标准化。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花-成分-靶点”网络,利用红花的靶标基因与AD的靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析,最后利用Ledock软件对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得21种红花有效成分和391个作用靶点,AD的疾病靶点535个,其中红花与AD的共同作用靶点有94个。共得到535个GO分析,43个KEGG通路,主要涉及阿尔茨海默病信号通路、ErbB信号通路、5-羟色胺能突触、癌症中的蛋白多糖等;分子对接结果显示,核心成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论:红花治疗由微循环障碍引起的AD的潜在作用机制,且具有多成分、多靶点、多通路的特点。     

桃仁—红花药对治疗类风湿关节炎的网络药理学机制探讨

目的：以网络药理学为研究基础,探讨桃仁—红花药对治疗类风湿关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)的药理作用。方法：在中药系统药理学分析(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)平台上搜索桃仁—红花药对的化学成分和作用靶点,通过Cytoscape 3.6.1绘制活性成分—靶点网络图。利用GeneCards、在线人类孟德尔遗传（Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM）数据库检索RA相关靶点,将药物疾病交集基因上传至STRING11.0数据库构建蛋白质相互作用（Protein-protein Interaction,PPI）关系图,并通过Cytoscape软件将结果可视化。关键基因上传Metascape平台对基因本体论（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路进行分析。结果 :共获取桃仁—红花药对活性成分包括槲...     

基于网络药理学和分子对接的泽泻汤治疗高脂血症作用机制研究

目的 基于网络药理学及分子对接技术,构建泽泻汤治疗高脂血症的成分-通路-靶点网络,探讨其潜在作用机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）并结合文献,筛选泽泻汤的活性成分;借助TCMSP和PharmMapper数据库筛选泽泻汤活性成分的作用靶点,并建立活性成分靶点库;利用OMIM、TTD、DrugBank、PharmGKB和GeneCards数据库获取高脂血症的相关靶点,并建立疾病靶点库;运用STRING数据库和Cytoscape软件构建成分靶点与疾病靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选得到核心靶点;采用DAVID数据库和OmicsBean平台分别对核心靶点进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析和基因本体（GO）功能分析;最后通过Discovery Studio软件验证泽泻汤中活性成分与髓过氧化物酶（MPO）、基质金属蛋白酶9（MMP9）、凝血因子Ⅱ（F2）、过氧化物酶增殖物激活受体a（PPARA）和哺乳动物雷帕霉素靶蛋白（mTOR）5个靶点的结合活性。结果 共挖掘到泽泻汤中16个活性成分及369个潜在成分靶点,与284个高脂血症相关靶点相互映射,并通过PPI网络分析筛选得到16个核心靶点,包括MPO、MMP9、F2、PPARA和mTOR等,推测这些靶点可能为泽泻汤治疗高脂血症的核心靶点。同时,分子对接结果显示,泽泻汤中所含的泽泻醇类、大黄素和白术三醇与高脂血症的核心靶点有较强的结合能力。KEGG富集分析发现与高脂血症相关的主要调控通路涉及缺氧诱导因子-1（HIF-1）、胰岛素抵抗、胰岛素信号等。结论 泽泻汤的活性成分可能通过作用于MPO、MMP9、F2、PPARA和mTOR等多个高脂血症相关靶点,调节HIF-1、胰岛素抵抗、胰岛素信号通路,从而发挥治疗高脂血症的作用,为后续研究泽泻汤治疗高脂血症的分子机制提供了思路。     

桃仁红花煎治疗无症状性高脂血症43例临床研究

目的:探讨桃仁红花煎治疗无症状性高脂血症的临床疗效和作用机理。方法:对43例体检发现的无症状性高脂血症患者应用桃仁红花煎治疗,并与32例用丹田降脂丸治疗作对比观察,检测2组治疗前后以及停药后1月血浆总胆固醇（TC）、甘油三酯（TG）、低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）、高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）、载脂蛋白A（APOA）、载脂蛋白B（APOB）、一氧化氮（NO）、超氧化物歧化酶（SOD）、丙二醛（MDA）的变化情况。结果:治疗组治疗后,血浆TC、TG、LDL-C、MDA水平明显降低;而APOA、HDL-C、SOD活性及NO水平明显升高,与治疗前比较,差异均有显著或非常显著性意义均（P<0.05或P<0.01）,APOB治疗前后基本无变化（P>0.05）。与对照组治疗后比较,TC、TG、APOA差异均有显著性意义（均P<0.05））;停药1月后,2组总有效率差异仍有显著性意义（P<0.05）。结论:桃仁红花煎能降低血脂,并可防治高脂血症对血管造成的损害。而且停药后反跳作用轻,治疗作用较持久。     

基于网络药理学的大黄-桃仁药对治疗深静脉血栓形成机制研究

目的 运用网络药理学方法探讨大黄-桃仁药对治疗深静脉血栓形成的作用机制.方法 通过TCMSP数据库筛选出大黄-桃仁药对的有效成分并对其进行靶点预测;通过OMIM数据库、GeneCards数据库和CTD数据库收集深静脉血栓形成的靶点;运用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-疾病网络图;Clue GO插...     

基于网络药理学麻黄治疗肺炎的作用机制研究

目的基于网络药理学分析麻黄治疗肺炎的作用机制。方法使用TCMSP数据库收集麻黄的活性成分及靶点,通过uniprot网站筛选基因名称。使用Genecards及OMIM数据库筛选肺炎相关基因并与麻黄靶基因取交集。使用string网站构建蛋白互网络(PPI网络),并使用Cytoscape软件构建"麻黄-靶蛋白-靶基因-肺炎"网络,最后使用RGUI软件中CludterProfiler包进行GO富集分析和KEGG代谢通路分析。结果筛选麻黄靶点及靶基因得到21个成分的234个靶基因名称,与肺炎相关基因取交集后得到101个公共靶基因。"麻黄-靶蛋白-靶基因-肺炎"网络中degree值超过10的基因有PTGS1、NCOA2,麻黄成分有quercetin、kaempferol、luteolin、naringenin、beta-sitosterol、Stigmasterol。PPI网络中degree值50以上的有白细胞介素-6(IL-6)、表皮生长因子受体(EGFR)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶(CASP3)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、有丝分裂原激活蛋白激酶(MAPK8)、Myc原癌基因蛋白(MYC)。GO富集和KEGG富集发现麻黄-肺炎体系中生物过程参与最多,且细胞凋亡通路、TNF信号通路、PI3K-Akt通路、P53信号通路是主要参与的信号通路。结论麻黄-肺炎体系存在着多分子、多靶点、多通路的作用机制。麻黄可能是通过调控IL-6、细胞凋亡通路、TNF信号通路、PI3K-Akt通路、P53信号通路等干预体内多种生物过程的方式治疗肺炎。     

基于网络药理学探讨肉苁蓉治疗血管性痴呆的作用机制

目的基于网络药理学探讨肉苁蓉治疗血管性痴呆(vascular dementia,VD)的作用机制。方法采用TCMSP分析平台检索中药活性成分和中药靶点,利用GeneCards数据库和OMIM数据库筛选肉苁蓉治疗VD的作用靶点,构建蛋白互作网络(PPI),进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,构建可视化的中药-疾病靶点相关的信号通路。结果从肉苁蓉中筛选出4个有效成分,作用于60个血管性痴呆靶点,肉苁蓉治疗VD的核心基因主要有IL6、VEGFA、EGFR、CASP3、MYC、CCND1、FOS、PPARG、AR、RELA、NOS3、ICAM1等。中药-疾病靶点涉及的GO功能主要包括DNA结合转录激活活性、核受体活性、转录因子活性,直接配体调节的序列特异性DNA、乙酰胆碱受体活性、泛素蛋白连接酶结合、RNA聚合酶II转录因子结合等。中药-疾病靶标涉及的KEGG通路主要包括流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、前列腺癌信号通路、糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、癌症中的蛋白多糖信号通路、PI3K-Akt信号通路、肝细胞癌信号通路、细胞凋亡信号通路、丙肝信号通路等。结论基于网络药理学探讨了肉苁蓉治疗血管性痴呆的分子机制,为中药现代化研究提供了理论基础。     

基于网络药理学探讨牛膝治疗骨关节炎的分子机制

目的基于网络药理学探讨牛膝可能的物质基础,分析牛膝治疗骨关节炎可能的分子机制。方法通过TCMSP数据库挖掘获取牛膝的活性成分、作用靶点,GeneCards和OMIM数据库预测和筛选牛膝活性成分治疗骨关节炎的作用靶点,采用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-作用靶点网络,采用String 10.0构建蛋白质与蛋白质相互作用(PPI)网络,最后通过GO分析和KEGG通路富集分析牛膝防治骨关节炎的作用机制。结果共筛选得到牛膝180个活性成分,涉及1035个作用靶点。结论网络分析结果表明,牛膝主要涉及细胞过程、代谢过程、对应激的应答等生物过程,通过调节AGE-RAGE、IL-17、TNF等信号通路来发挥治疗骨关节炎作用。研究体现了牛膝多成分-多靶点-多途径的作用特点,为进一步开展牛膝治疗骨关节炎作用机制的研究提供了新的思路与方法。     

基于网络药理学的补肾和脉方治疗高血压作用机制研究

目的:利用网络药理学研究由当归芍药散合金匮肾气丸化裁而来的补肾和脉方治疗高血压的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取补肾和脉方的化学成分和作用靶点,构建化合物-靶点网络。通过TTD、OMIM、DrugBank、GAD、PharmGKB、DisGeNET数据库筛选高血压靶点。基于补肾和脉方作用靶点与高血压靶点的交集结果,建立蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,分析交集靶点之间的相互作用,通过拓扑结构筛选关键靶点。利用DAVID 6.8数据库对交集靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:从补肾和脉方中筛选出110个有效成分,得到可能作用于高血压的83个交集靶点。进一步筛选出11个关键靶点,包括白细胞介素-6 (IL-6)、一氧化氮合酶3 (NOS3)、肿瘤坏死因子(TNF)、表皮生长因子(EGF)、血管内皮生长因子(VEGFA)、前列腺素G/H合成酶2 (PTGS2)、过氧化氢酶(CAT)、乙酰胆碱酯酶(ACHE)、JUN、钠依赖性血清素转运体(SLC6A4)和凝血酶(F2)。GO分析得到28条生物过程,主要涉及腺苷酸环化酶激活肾上腺素能受体信号通路、药物反应、缺氧反应、磷脂酶C激活G蛋白偶联受体信号通路、血管收缩的正调节等;KEGG富集分析得到45条信号通路,主要涉及神经活性配体-受体相互作用通路、钙信号通路、5-羟色胺能突触通路、环磷酸鸟苷(cGMP)-蛋白激酶(PKG)信号通路、环磷酸腺苷(cAMP)信号通路、TNF信号通路等。结论:补肾和脉方治疗高血压是多靶点、多途径的直接或间接协同作用。     

基于网络药理学的青黛治疗溃疡性结肠炎作用机制研究

目的:利用网络药理学方法探究青黛治疗溃疡性结肠炎(UC)的作用机制,为临床上应用青黛治疗UC提供参考。方法:检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、UniProt、GeneCards、OMIM数据库,筛选出青黛治疗UC的有效化学成分及靶点,并建立可视化网络模型;利用Cytoscape 3.7. 0软件绘制成分-靶点网络关系图,并分析青黛治疗UC的核心靶点;采用Metascape基因注释工具对靶点进行生物通路富集分析。结果:共筛选出青黛化学成分29个,其中与UC相关的有效成分7个,分别是10H-吲哚并[3,2-b]喹啉、异靛蓝、靛蓝、6-(3-氧代吲哚-2-亚甲基)吲哚并[2,1-b]喹唑啉-12-酮、靛玉红、β-谷甾醇、异维他嗪;成分对应的治疗UC作用靶点18个,包括环加氧酶1 (PTGS1)、雌激素受体1 (ESR1)、丝氨酸蛋白酶1 (PRSS1)、雄激素受体(AR)、糖原合成酶激酶-3β(GSK3B)、细胞有丝分裂检验点激酶1 (CHEK1)、过氧化物酶增殖激活受体γ(PPARG)、乙酰胆碱酯酶(ACHE)、代谢活化酶细胞色素P450-1A1 (CYP1A1)、方烃受体(AHR)、B细胞淋巴瘤-2 (Bcl-2)、半胱氨酸蛋白酶-3 (CASP3)、半胱氨酸蛋白酶-8 (CASP8)、半胱氨酸蛋白酶-9 (CASP9)、蛋白激酶C-α(PRKCA)、对氧磷酶1 (PON1)、转录因子p65 (RELA)、B细胞κ轻肽基因增强子抑制因子激酶β(IKBKB);上述有效成分及靶点经Cytoscape 3.7. 0网络可视化后筛选出包括靛玉红、β-谷甾醇、异维他嗪在内的关键成分与PTGS1、ESR1、PRSS1、CASP3、CASP8、CASP9在内的核心基因;生物富集分析显示,青黛可能主要参与外源性凋亡信号通路、对有毒物质的反应、对有机环化合物的反应、对抗生素的反应、对类固醇激素的反应及参与调节外源性凋亡信号通路等生物过程,通过调控凋亡、p53、白细胞介素-17 (IL-17)等信号通路发挥治疗UC的作用。结论:通过网络药理学预测青黛可能是通过抑制肠道细胞凋亡、抑制肠道炎症症状、促进受损黏膜修复起到治疗UC的作用,为临床应用青黛治疗UC提供参考。     

基于“活性成分-靶点-通路”网络药理学，探讨蒙药四味石榴散治疗高脂血症的作用机制＊

目的 利用网络药理学手段预测四味石榴散作用靶点，探索其治疗高脂血症的作用机制。方法 以口服生物利用度 > 30%及类药性 > 0.10为建立筛选标准，利用TCMSP数据库和化学专业数据库筛选出四味石榴散符合标准的主要活性成分；利用Swiss Target Prediction预测活性成分的潜在靶点，并于OMIM、DisGeNET、DiGSeE和GeneCard四个疾病靶点数据进行比对，获得四味石榴散治疗高血脂的潜在靶点；结合String分析靶点蛋白交互关系，采用Matascape平台对潜在靶点的GO注释和KEGG Pathway富集分析。利用Cytoscape软件构建四味石榴在降高血脂功效的“活性成分-作用靶点-通路”网络结构图。结果 从蒙药四味石榴散中共筛选出16个高活性化合物，预测分析到35个与降高血脂相关作用靶点，主要参与了脂质合成、转运、排泄及激素水平调节等多种降血脂的生物过程，富集到31条KEGG相关通路，涉及了脂质合成及代谢通路，Th17细胞分化等免疫通路，花生四烯酸代谢等炎症通路，体现其多成分-多靶点-多通路治疗高脂血症的作用机制。结论 蒙药四味石榴散可通过干预脂肪酸代谢，激素调节，免疫稳态等相关通路，起到祛巴达干赫依的作用来治疗高脂血症。     

基于网络药理学和分子对接技术探析通痹健骨方治疗膝骨关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探析通痹健骨方治疗膝骨关节炎(KOA)的作用机制,并进一步运用细胞实验进行验证.方法:依据中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出通痹健骨方活性成分及其对应的靶点;通过检索GeneCards数据库,在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)及DrugBank数据库获取KOA靶点;将...     

基于网络药理学分析莪术的作用机制

目的运用网络药理学的方法研究莪术药理作用的物质基础和作用机制。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)搜索莪术的化学成分、作用靶点、治疗疾病。从而建立化合物-靶点网络、蛋白质相互作用(PPI)网络、靶点-疾病网络、基因-通路网络、基因本体(GO)功能和通路富集分析,研究莪术作用机制。结果筛选得到6个化合物,36个靶点(其中两个化合物没有相应的靶点)相对应疾病102种。PPI网络中有32个靶点,关键靶点有ESR1、AR、NR3C1等。基因功能富集分析共涉及13个条目,其中细胞组成5个,分子功能6个,生物过程2个。通路富集分析得到三条通路,包括神经活性配体-受体相互作用信号通路、逆行内源性大麻素信号通路、烟瘾信号通路。结论本研究初步验证莪术药理作用的分子机制,为进一步深入研究其作用机制提供理论基础。     

基于网络药理学探讨验证白藜芦醇抗NAFLD作用

目的:基于网络药理学、分子对接技术预测白藜芦醇抗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的分子机制,并根据结果在细颗粒物(PM2.5)染毒的肝细胞模型中进行验证.方法:首先通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、PubChem、DrugBank、SwissTargetPrediction数据库获取白藜芦醇相关靶点,与...