宏基因组二代测序在重症肺炎患者病原学中的应用

目的 探究重症肺炎患者肺泡灌洗液（BALF）宏基因组二代测序（mNGS）与传统培养病原学诊断的差异以及mNGS结果对抗生素方案调整的影响。方法 回顾性分析2019年8月至2021年4月于贵州医科大学附属医院重症医学科住院期间,同时送检BALF传统培养和mNGS的重症肺炎患者。比较两种病原学检测结果的差异,分析mNGS与传统培养诊断的阳性率、一致性及抗生素方案的调整。结果研究期间共纳入患者75例,其中mNGS的阳性率为97.3%,传统培养阳性率为41.3%;mNGS细菌的检出率为94.7%,传统培养细菌检出率为38.7%;mNGS真菌检出次数最多的为耶氏肺孢子菌24.0%。mNGS对于罕见菌、不典型菌、真菌以及病毒的阳性率远高于传统培养。两组病原学检测结果一致性差（Kappa=0.038,P=0.229）,mNGS较传统培养检出更多种类的微生物。基于mNGS检测结果,临床医生对于69%的患者进行抗生素方案的调整。结论 mNGS在重症肺炎患者病原学诊断中敏感性高,对于免疫抑制重症肺炎患者尤为适用。同时,mNGS可以指导临床医师调整抗生素策略。     

感染性心内膜炎瓣膜mNGS检测的病原学价值

摘要:目的评估 瓣膜宏基因组二代测序( metagenomie next generation sequeneing, mNGS) 对感染性心内膜炎( infective endocar-ditis, IE)的病原学诊断价值。方法收集于2022 年6月1日至11月30日在南京医科大学附属南京医院接受瓣膜手术患者25例，根据改良杜克标准确诊为IE患者20例,非IE患者5例。采集各患者的静脉血及瓣膜组织标本，同时进行血培养、瓣膜培养以及瓣膜mNGS检测,并进一步比较mNGS和传统诊断方法(血培养、瓣膜培养)诊断IE病原学的临床效能。结果在20例经病理诊断为IE的患者中,血培养阳性8例，瓣膜培养阳性3例,瓣膜mNGS阳性19例;血培养、瓣膜培养和瓣膜mNGS诊断IE的敏感性分别为40%、15%和95%。瓣膜mNGS与血培养或瓣膜培养的检测结果在细菌的属水平上相一致。瓣膜mNGS的属相对丰度(P=0.001)、种序列数(P=0.028)、覆盖率(P=0.003)与抗生素的使用时间有关。瓣膜mNGS可以指导培养阴性IE患者的抗生素治疗。结论瓣膜 mNGS对IE的病原学诊断具有较高的临床价值,为后续患者的抗生素治疗提供了依据。     

mNGS在鹦鹉热衣原体肺炎中的应用价值

摘要:目的检测并分 析鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床病理参数及实验室检查结果。方法收集2021年7月至2022年8月经宏基因组二代测序技术( mNGS)诊断为鹦鹉热衣原体肺炎患者17例,对其临床病理参数及实验室检查结果进行回顾性分析及总结。结果17 例鹦鹉热衣原体肺炎患者临床主要表现为发热,白细胞计数正常或升高,中性粒细胞百分比、C反应蛋白、纤维蛋白原、D-二聚体、乳酸脱氢酶B型钠尿肽等升高，淋巴细胞百分比及清蛋白降低。结论mNGS检测为鹦鹉热衣原.体肺炎的诊断及防治缩短了诊疗时间,可使患者得到及时、精准治疗。     

采用mNGS技术诊断皮氏罗尔斯顿菌脑膜炎一例并文献复习

目的提高临床医师对皮氏罗尔斯顿菌脑膜炎的认识。方法对1例确诊为皮氏罗尔斯顿菌脑膜炎患者的临床资料进行分析,并以"皮氏罗尔斯顿菌""脑膜炎"或"Ralstonia pickettii""meningitis"为检索词对中国期刊全文数据库(CNKI)、万方数据知识服务平台、维普中文科技期刊数据及生物医学文献数据库(PubMed)中的文献进行检索,对相关病例的临床资料进行总结。结果该例患者因发热、头痛伴恶心、呕吐入院,通过宏基因组二代测序(mNGS)明确皮氏罗尔斯顿菌脑膜炎诊断,经美罗培南抗感染治疗有效,其后好转出院,出院后无继续服用药物,出院后3个月随访无复发。在数据库检索到3例皮氏罗尔斯顿菌脑膜炎患者,其中2例有颅内手术史、1例为早产儿,3例经积极的抗感染治疗均痊愈。结论皮氏罗尔斯顿菌作为条件致病菌引起的颅内感染临床少见,mNGS技术的应用可提高该病的确诊水平。     

宏基因组二代测序技术在慢性肺曲霉病诊断中的价值

目的：评估宏基因组二代测序技术在慢性肺曲霉病诊断中的价值。方法：回顾性收集2017年9月至2019年9月在复旦大学附属中山医院感染病科住院的疑似慢性肺曲霉病患者,并同步采集标本进行传统培养、血清烟曲霉特异性抗体IgG检测及mNGS检测,分析mNGS在慢性肺曲霉病诊断中的价值。 结果：共有78例疑似慢性肺曲霉病的患者纳入分析,根据诊断标准,最终诊断CPA 35例,non-CPA 43例。送检的的78例样本中,痰标本55例、支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)标本17例、肺组织标本6例。与最终诊断相比,mNGS诊断CPA的敏感度和特异度分别为65.7%和86.0%,烟曲霉特异性抗体IgG的敏感度和特异度分别为48.6%和90.7%,传统培养的敏感度和特异度分别为28.6%和93.0%,其中mNGS的敏感度显著高于传统培养方法(P=0.001)。对于临床诊断的CPA患者,mNGS检测的阳性率为50.0%。mNGS、烟曲霉特异性抗体IgG和传统培养方法的ROC曲线下面积(Area Under Curve, AUC)分别为0.759、0.696和0.608。在所有最终诊断为CPA的35例患者的样本中,痰标本、BALF标本和肺组织标本的mNGS阳性率分别为56.5%(13/23)、77.8%(7/9)和100%(3/3),但三组之间的差异无统计学意义。结论：在CPA的诊断中,mNGS的敏感度显著高于传统培养方法,在传统诊断方法无法确诊的患者中,mNGS仍有较高的阳性率,同时在检测时间上具有明显优势。     

宏基因组二代测序技术在临床病原学诊断中的应用

感染性疾病是威胁人类生命健康的主要疾病,病原学诊断是感染性疾病诊治的关键环节.近年来,宏基因组二代测序技术(mNGS)迅速发展.与传统病原学检测技术相比,mNGS能无偏倚性直接分析出标本中的病原体谱、丰度和分布情况,改变传统病原学诊断模式,具有良好的应用前景.该文对mNGS在病原体检测、感染性疾病诊断、检测影响因素和结...     

外周血宏基因组二代测序技术在脓毒症患者中的临床诊断价值

目的 探讨外周血宏基因组二代测序技术(mNGS)在脓毒症患者中的临床诊断价值。方法 回顾性分析首都医科大学大兴医院ICU 2021年10月至2023年2月采用mNGS技术对脓毒症患者感染灶和外周血样本配对进行检测的病例资料42例,同时进行感染灶和外周血样本常规培养,评价配对感染灶和外周血样本mNGS检测在脓毒症患者中的诊断效能。结果 脓毒症患者感染灶和外周血样本常规培养检出率分别为61.90%(26/42)和23.81%(10/42),感染灶和外周血样本mNGS检出率分别为95.24%(40/42)和76.19%(32/42)。感染灶和外周血mNGS结果与感染灶培养结果一致性较高(84.62%vs.57.69%)。如以感染灶培养结果为金标准,外周血标本mNGS较感染灶标本mNGS而言,仍表现出了较高的敏感度(84.62%vs. 100%),且二者有相似的阳性预测能力(68.75%vs. 65.00%);外周血mNGS较外周血培养有更高的敏感度(84.62%vs. 11.54%)和阳性预测值(68.75%vs. 30.00%),差异均有统计学意义(χ²=27.810...     

宏基因二代测序技术对脊柱感染病原学诊断的价值

目的:探讨宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术对脊柱感染病原学诊断的价值。方法:回顾性分析2018年1月至2019年12月复旦大学附属中山医院收治的24例疑似脊柱感染患者的病例资料,采用常规微生物培养法和mNGS技术检测脊柱组织标本。结果:mNGS总体检测阳性率高于常规培养法(62.5%vs 35.0%),mNGS平均耗时36～48 h,明显短于常规培养法的平均天数21.8 d。脊柱感染主要检出病原体为结核分枝杆菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌。结论:mNGS能够快速检测脊柱感染病原体,为临床早期精准治疗提供重要的病原学依据。     

脑脊液二代测序在中枢神经系统感染中的病原学诊断价值北大核心CSCD

目的探讨宏基因组二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)在中枢神经系统(central nervous system,CNS)感染性疾病中的病原学诊断价值。方法以2018年1月至2020年6月郑州大学第一附属医院收治的中枢神经系统感染患者为研究对象,根据纳入和排除标准最终确定170例患者。收集患者的一般临床资料以及病原体检测结果。纳入患者均送检常规以及mNGS检测,将检测结果分为常规方法检测组及mNGS检测组。符合正态分布的计量资料用均数±标准差(x±s)表示;不符合正态分布的计量资料用中位数及四分位数表示;分类资料采用例数及百分比[n(%)]表示;比较采用χ2检验或Fisher's精确检验;一致性检验以Kappa值表示;对比分析两种方法对病原微生物的检出情况及检出病原谱的规律。结果在CNS感染性疾病中mNGS检测的总体阳性率高于常规方法(58.23%vs.18.82%),且差异有统计学意义(P<0.01)。两种检测方法均阳性的20例样本中,所检出病原体种类完全一致者10例,完全不一致者和部分一致者各5例。在结核性神经系统感染病例检测中,检测阳性率从高到低依次为血T-SPOT、脑脊液mNGS、结核杆菌DNA、腺苷脱氨酶(ADA)以及结核特异性抗原抗体检测,分别为66.7%、53.8%、40.0%、24.0%、4.0%,抗酸染色阳性率为0%;mNGS与常规方法结合的检测阳性率为80.8%。结论脑脊液mNGS在CNS感染中病原菌检出率总体优于常规方法;但对结核杆菌的检测阳性率较T-SPOT未显示出明显优势;mNGS检测的病原菌更为广泛,有助于深入全面地了解中枢神经系统感染的菌种特点,两者结合在一定程度上弥补了临床常规检测的不足,可最大化提升检出率。     

血清降钙素原在婴幼儿重症肺炎早期诊断中的价值

目的探讨血清降钙素原(PCT)在婴幼儿重症肺炎早期诊断中的价值。方法选择肺炎婴幼儿152例,其中重症肺炎患儿63例(重症肺炎组),包括细菌性肺炎32例,非细菌性肺炎31例;轻症肺炎患儿89例(轻症肺炎组),包括细菌性肺炎47例,非细菌性肺炎42例;健康体检儿童50设对照组。观察治疗前后重症肺炎组、轻症肺炎组、对照组婴幼儿血清PCT水平,比较重、轻度肺炎组患儿细菌性肺炎与非细菌性肺炎PCT水平差异,并计算PCT检查对细菌性肺炎诊断的敏感性、特异性、阳性预测值及阴性预测值。结果治疗前,3组血清PCT比较差异有统计学意义(P0.01)。治疗后,重、中度肺炎组PCT水平均明显下降(P0.01)。细菌性肺炎婴幼儿血清PCT水平显著高于非细菌性肺炎患儿(P0.01)。治疗后,细菌性肺炎患儿PCT水平下降(P0.01)。PCT检测对细菌性肺炎的敏感性、特异性、阳性预测值及阴性预测值分别为90.12%、93.22%、95.45%、85.94%。结论血清PCT检测可作为重症肺炎的客观标准,且可作为区分细菌性肺炎与非细菌性肺炎的实验室指标。     

Clinical metagenomic sequencing for rapid diagnosis of pneumonia and meningitis caused by Chlamydia psittaci

BACKGROUNDChlamydia psittaci (C. psittaci) is a gram-negative intracellular parasitic pathogenic bacterium that can infect avian and mammalian hosts, including humans. The detection of C. psittaci infections typically relies on traditional antigen-based immunoassays or serological testing that often lack sensitivity and/or specificity. Metagenomic next generation sequencing (mNGS) is an emerging tool for diagnosis.AIMTo demonstrate that mNGS represents a valuable tool for rapid, sensitive, and accurate pathogen detection including C. psittaci infections.METHODSFour cases of psittacosis pneumonia and one case of pediatric psittacosis meningitis were diagnosed between December 2019 and May 2020 using mNGS at Changzhou Second People’s Hospital affiliated to Nanjing Medical University. Patients’ clinical characteristics, manifestations, and treatment histories were retrospectively evaluated. RESULTSAll five patients had a history of exposure to wild (psittacine or other birds) or domesticated birds (chickens). All patients had a high fever (> 39℃) and three of them (60%) experienced organ insufficiency during the disease. The laboratory data showed normal to slightly increased leucocyte and neutrophil counts, and elevated procalcitonin levels in all five cases, and very high C-reactive protein levels in psittacosis pneumonia patients. mNGS identified a potential pathogen, C. psittaci, in patients’ bronchoalveolar lavage fluid or cerebrospinal fluid. Computed tomography revealed lung air-space consolidation, pleural thickening, and effusion fluid buildup in psittacosis pneumonia cases, and an arachnoid cyst in the right temporal lobe of the pediatric psittacosis meningitis patient. All patients experienced complete recovery following the administration of targeted anti-chlamydia therapy. CONCLUSIONThis study not only demonstrated that mNGS represents a valuable tool for rapid, sensitive, and accurate pathogen detection, but also raised public health concerns over C. psittaci infections.     

Procalcitonin kinetics in the prognosis of severe community-acquired pneumonia

Objectives Procalcitonin (PCT) kinetics is a good prognosis marker in infectious diseases, but few studies of community-acquired pneumonia (CAP) have been performed in intensive care units (ICU). We analyzed the relationship between PCT kinetics and outcome in ICU patients with severe CAP. Design and setting Prospective observational study in a 16-bed university hospital ICU. Patients 100 critically ill patients with community-acquired pneumonia. Measurements and results Median PCT was 5.2 ng/ml on day 1 and 2.9 ng/ml on day 3. It increased from day 1 to day 3 in nonsurvivors but decreased in survivors. In multivariate analysis four variables were associated with death: invasive ventilation (odds ratio 10−), multilobar involvement (5.6−), LOD score (6.9−), and PCT increase from day 1 to day 3 (4.5−). In intubated patients with a PCT level below 0.95 ng/ml on day 3 the survival rate was 95%. Conclusion Increased PCT from day 1 to day 3 in severe CAP is a poor prognosis factor. A PCT level less than 0.95 ng/ml on day 3 in intubated patients is associated with a favorable outcome. Electronic supplementary material The electronic reference of this article is . The online full-text version of this article includes electronic supplementary material. This material is available to authorised users and can be accessed by means of the ESM button beneath the abstract or in the structured full-text article. To cite or link to this article you can use the above reference.     

儿童重症肺炎支原体肺炎的CT影像学特点分析

目的 分析不同年龄段儿童重症肺炎支原体肺炎(SMPP)的胸部CT影像学特点.方法 回顾性分析124例SMPP患儿的胸部CT影像学资料,按不同年龄段分为＜5岁组(60例)和≥5岁组(64例),比较2组的CT影像学特点.结果 124例患儿的病变部位情况为双侧32例(25.81％)、左侧20例(16.13％)、右侧72例(5...     

儿童重症腺病毒肺炎不同阶段的临床影像学特征

目的 探讨儿童重症腺病毒肺炎不同阶段影像学特征与临床表现的相关性。 方法 回顾性分析2016年1月~2017年12月入住我院重症监护室的31例重症腺病毒肺炎病例,将患儿病程分为急性期（起病1月内）、恢复早期（起病1~6月）和恢复后期（起病6月后）3个阶段,分析急性期患儿胸片病变范围与反映肺损伤严重程度的氧和指数的相关性;分析恢复期胸部CT特征与临床表现的相关性。 结果 31例患儿中25例<2岁,6例≥2岁,所有重症腺病毒肺炎患儿急性期均有持续高热、喘息气促症状,白细胞计数多在正常范围或降低,胸片改变早期主要表现双肺内带散在斑片影,随病情进展,肺部渗出快速向中外带发展,呈现肺段及大叶性肺实变,患儿胸片病灶范围越大,其肺损伤程度越重;胸片病灶范围与机械通气时间、ICU住院时间、死亡率呈正相关（P<0.05）,但与总住院时间无明显相关性（P>0.05）。死亡4例均发生在急性期,15例患儿在恢复期行胸部CT检查,11例在恢复早期即表现为肺部”马赛克”征伴反复咳喘症状,在恢复后期喘息症状虽减轻,但复查胸部CT无改善,这11例患儿中<2岁10例,≥2岁仅1例,另有1例<2岁患儿恢复期后期CT表现为支气管扩张和单侧透明肺,其余3例患儿恢复期胸部CT基本恢复正常。 结论 儿童重症腺病毒肺炎急性期胸部X片改变可较准确反映病情严重程度与进展情况,与预后相关;而恢复期伴肺部后遗症患儿胸部CT典型“马赛克”征可长期存在,<2岁患者可能较≥2岁患者在恢复期更容易发生肺部后遗症。     

多巴胺联合酚妥拉明辅助治疗小儿重症肺炎疗效分析

目的观察多巴胺联合酚妥拉明辅助治疗小儿重症肺炎的临床疗效。方法将96例小儿重症肺炎随机分为观察组和对照组各48例,两组患儿均给予保暖、吸氧、雾化吸入、抗感染、止咳、平喘及对症等常规治疗,观察组加用多巴胺3—5μg/（kg·min）、酚妥拉明．3～5μg/（kg·min）,微量泵缓慢静脉注入,每次2—3h,每日2～3次,连用3～5d。结果观察组显效率60．4％和总有效率95．8％明显高于对照组的39．6％和83．3％（P〈0．01）;观察组发热、气促、咳嗽、肺部哆音等临床表现持续时间和住院时间明显比对照组缩短（P均〈0．01）。结论多巴胺和酚妥拉明治疗小儿重症肺炎是一种很好的辅助治疗方法,疗效显著,不良反应少,可缩短住院时间,减少经济负担,值得基层医院推广。     

中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白在重症肺炎合并脓毒症患儿中的表达及临床价值

目的探讨中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白(NGAL)在重症肺炎合并脓毒症患儿中的表达及临床价值。方法选取该院106例重症肺炎合并脓毒症患儿,根据严重程度分为脓毒症组、严重脓毒症组和脓毒症休克组,根据出院时转归分为预后良好组和预后不良组,根据是否合并肾功能障碍分为肾功能障碍组和无肾功能障碍组。分析患儿的NGAL、降钙素原(PCT)、白细胞介素-6(IL-6)、C-反应蛋白(CRP)及小儿危重病例评分(PCIS),采用Spearman秩相关及受试者工作特征曲线(ROC曲线)对各指标进行分析与评价。结果肾功能障碍组NGAL水平明显高于无肾功能障碍组,两组比较差异有统计学意义(P<0.05);NGAL、CRP、PCT、IL-6水平和PCIS在脓毒症组、严重脓毒症组和脓毒症休克组中的差异均有统计学意义(均P<0.05),其中NGAL、PCT、IL-6水平在3组中依次升高,PCIS在3组中依次降低,组间两两比较差异均有统计学意义(均P<0.05);与预后良好组比较,预后不良组的NGAL、CRP、PCT、IL-6水平明显升高,PCIS明显降低,差异均有统计学意义(均P<0.05);Spearman相关分析显示NGAL与CRP、PCT、IL-6呈正相关,与PCIS呈负相关(均P<0.05);NGAL用于预测预后不良的曲线下面积(AUC)为0.915,仅次于PCIS的0.949。结论NGAL在重症肺炎合并脓毒症患儿病情严重程度及预后预测中可能具有一定的临床价值。     

痰液降钙素原检测在儿童社区获得性肺炎中的应用

目的探讨痰液降钙素原（PCT）检测在儿童社区获得性肺炎病原学诊断中的作用。方法儿童社区获得性肺炎患儿120例,用一次性吸痰管吸取深部痰液标本,采用免疫色谱法测定PCT。结果细菌性肺炎组痰液中PCT水平明显高于支原体肺炎组和病毒性肺炎组（P〈0.01）。支原体肺炎组痰液中PCT值轻度增加,与病毒性肺炎组比较差异虽有统计学意义（P〈0.05）,但诊断价值不明显。3组痰液PCT阳性检出率均略高于血清PCT和C反应蛋白（CRP）,但差异无统计学意义（P〉0.05）。结论痰液是临床检测最易得的标本,痰液PCT的检测可作为社区获得性细菌性肺炎的辅助诊断,检测快速、方便,对指导临床早期、合理使用抗菌药物具有重要意义。     

氨溴索联合人免疫球蛋白静脉滴注治疗小儿重症肺炎的疗效观察

目的：观察氨溴索联合人免疫球蛋白静脉滴注治疗小儿重症肺炎的疗效。方法选择153例重症肺炎患儿,随机分为对照组、单用组、联用组各51例,对照组予利巴韦林治疗,单用组在对照组基础上行氨溴索雾化吸入治疗,联用组在单用组基础上行静脉滴注人免疫球蛋白治疗。记录并比较3组患儿的疗效、症状缓解时间、住院时间、并发症发生情况。结果单用组和联用组的总有效率分别为84％、86％,均明显高于对照组的66％（P＜0.017）。单用组和联用组的音消失、止咳、退热、平喘等症状缓解时间及住院时间均比对照组明显缩短（P＜0.05）。联用组的并发症发生率明显低于对照组（P＜0.017）。结论氨溴索联合人免疫球蛋白静脉滴注治疗小儿重症肺炎疗效良好,且安全性高。