建立检测细胞色素P450酶与紫杉醇代谢相关突变位点的基因芯片分型方法

目的 建立针对与临床抗癌药物紫杉醇代谢相关的细胞色素P450(CYP450)酶基因多态性位点的快速、准确、高通量的基因芯片基因分型方法.方法 选取CYP450酶2C8*3、3A4* 18、3A5*3C等3个与紫杉醇代谢相关突变位点,根据基因库中报道的序列,设计每个基因多态性位点的野生型和突变型探针,在突变位点2侧设计PCR扩增引物,PCR片段长度应＜200 bp,并构建标准质粒.探针在3'端氨基修饰,下游引物标记荧光素Cy3,将探针按一定顺序点样于经醛基化处理的玻片制备成基因芯片.人体血液DNA样本分别通过3对引物扩增后与基因芯片上的探针杂交,通过扫描图像和配套软件对结果进行分析和判断.同时,对50份血液样本进行检测.结果 通过标准质粒杂交结果显示,每个位点对应的1对探针均能将野生型和突变型质粒进行准确地区分,无非特异性杂交信号出现;检测50份血液样本,CYP2C8 * 3位点的突变率为2%,CYP3A4 * 18位点均为野生型,CYP3A5 * 3C位点的突变率为62%.同时,通过测序法进行验证,基因芯片方法与测序方法的结果完全一致.结论 建立的同时检测抗癌药物紫杉醇代谢相关的CYP450酶基因多态性位点CYP2C8*3、CYP3A4 * 18、CYP3A5 * 3C的基因芯片分型方法快速、准确,结果可靠,重复性好,可用于指导紫杉醇患者的个体化用药,并为分析个体患者对于紫杉醇药物体内代谢提供了一个高通量技术平台.     

PCR-Pyrosequencing 快速检测药物代谢酶基因CYP2C19多态性方法的建立及应用

目的 旨在建立一种快速及高通量的CYP2C19药物代谢酶相关基因多态性的检测方法,为个体化治疗提供用药参考.方法 抽取96例人外周血DNA,应用带有生物素标记的扩增引物,经PCR扩增并制备焦磷酸测序单链模板,于PyroMark ID焦磷酸测序仪上进行焦磷酸测序,且以Sanger测序法测序结果为对照,观察分析准确性.结果 运用焦磷酸测序可以成功检测CYP2C19相关基因型;单个SNP位点检测经与Sanger测序方法比较,符合率为100％.同时,通过设计焦磷酸测序引物,两个PCR产物可合并于一管中进行焦磷酸测序,与单管检测一个位点的焦磷酸测序方法相比,能有效降低检测成本,节省检测时间.结论 该方法可准确、高通量、快速检测药物代谢酶相关基因多态性,该方法在个性化医疗上有较大的推广应用价值,也可以将该平台运用于其他疾病相关基因多态性检测.     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术检测华法林代谢酶基因多态性

目的用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术建立检测人群中华法林代谢酶基因多态性的方法。方法选取2011年1月至2013年1月北京安贞医院心脏外科心脏机械瓣膜置换术后接受华法林抗凝治疗的患者10例,采集外周血,提取全血基因组DNA,用MALDI-TOF-MS技术检测10例患者华法林代谢酶基因CYP2C9*2(rs1799853)、CYP2C9*3(rs1057910)、CYP2C9*6(rs9332131)、VKORC1 CT(rs9923231)(-1639GA)、GGCX GC(rs11676382)的单核苷酸多态性(SNP)位点,并用Sanger测序法进行验证。结果用MALDI-TOF-MS技术可以同时完成10份标本3个华法林代谢酶基因5个SNP位点的检测。10名服华法林的心脏机械瓣膜置换术患者中,发现VKORC1-1639GA AG型2例,AA型8例,A等位基因频率为90%。未发现CYP2C9*2(rs1799853)、CYP2C9*3(rs1057910)、CYP2C9*6(rs9332131)和GGCX GC(rs11676382)突变。经与Sanger测序法比较,符合率为100%。结论成功建立MALDI-TOF-MS技术检测华法林代谢酶基因多态性的平台,该法具有高通量、快速、准确的特点,在个性化医疗上有较大的推广应用价值。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术检测药物代谢酶基因多态性平台的建立

目的 建立基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术检测患者体内药物代谢酶基因多态性的平台。方法 选取2013年10月～2014年6月在北京协和医院门诊就诊患者53例EDTA抗凝外周血,提取全血基因组DNA,用MALDI-TOF-MS技术检测53例患者药物代谢酶基因CYP2C9*2(rs1799853),CYP2C9*3(rs1057910),CYP2C19*2(rs4244285),CYP2C19*3(rs4986893),CYP2C19*4(rs28399504),CYP2C19*5(rs56337013)和CYP2C19*17(rs12248560)的单核苷酸多态性(SNP)位点,并用Sanger测序法进行验证。结果 用 MALDI-TOF-MS 技术可以同时完成53份样本,2个药物代谢酶基因,7个SNP位点的检测。53例患者中,发现CYP2C19*2(rs4244285)AG型25例,AA型6例,GG型22例,A等位基因频率为34.9%。CYP2C19*3(rs4986893)AG型4例,GG型49例,A等位基因频率为3.8%。CYP2C9*3(rs1057910)CA型5例,AA型48例,C等位基因频率为4.7%。未发现 CYP2C9*2(rs1799853),CYP2C19*4(rs28399504),CYP2C19*5(rs56337013)和CYP2C19*17(rs12248560)位点突变。经与Sanger测序法比较,两种检测方法结果的符合率为100%。结论 成功建立MALDI-TOF-MS技术检测药物代谢酶基因多态性的平台,该平台具有高通量、准确的特点,对个性化用药治疗具有重要的临床应用价值。     

中国北方汉族人体MTHFR和CBS基因多态性与脑梗死及脑出血遗传相关性的研究

背景关于MTHFR和CBS基因是否为脑血管病易感基因存在争议.目的研究人体MTHFR和CBS基因多态性与脑梗死及脑出血的遗传相关性.设计病例对照研究.地点和对象中国北方汉族人群中选取54例脑梗死患者(脑梗死组)、27例脑出血患者(脑出血组)及96例健康人(对照组).干预采用限制性内切酶片段长度多态性方法(PCR-RFLP).对人的MTHFR基因C677T多态性位点、CBS基因T27796C进行检测.主要观察指标MTHFR,CBS基因PCR与限制性酶切结果.3组MTH-FR,CBS的基因型及等位基因频率分布.结果MTHFR基因的C677T位点与脑梗死及脑出血均有显著相关,脑梗死组(47.2%)、脑出血组(44.4%)与对照组(60.9%)之间T/C等位基因频率存在差异(x2=5.28,4.69,P＜0.05).TT等位基因型较CC型患脑梗死、脑出血的风险高(OR=2.53;OR=3.0).CBS基因T27796C多态性位点与脑梗死及脑出血无明显相关(P＞0.05).结论MTHFR基因C677T突变位点与脑梗死及脑出血有相关性,MTH-FR基因可能是脑卒中的一个易感基因.CBS基因T27796C多态性位点与脑梗死、脑出血无明显相关.     

四川德阳地区汉族女性人群MTHFR和MTRR基因多态性研究

目的探讨四川德阳地区汉族女性人群编码叶酸代谢通路中关键酶的基因5,10-亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)C677T、A1298C和甲硫氨酸合成酶还原酶(MTRR)A66G位点的基因型及等位基因的频率分布,以指导孕妇的叶酸补充。方法采用Taqman-MGB方法对中国四川德阳地区2 573例妇女的MTHFR基因C677T、A1298C和MTRR基因A66G位点进行基因检测,然后根据检测结果进行大规模基因型频率分布统计,并参考山东、河南、海南三省相关数据进行统计学比较。结果 MTHFR基因C677T的等位基因频率分别为63.45和36.55,MTHFR基因A1298C的等位基因频率分别为78.20和21.80,MTRR基因A66G的等位基因频率分别为72.81和27.19。四川地区人群与其他地区人群基因多态性分布频率比较发现,MTHFR基因C677T、A1298C多态性分布地区差异有统计学意义(P值均<0.01)。结论本研究结果表明,MTHFR基因C677T、A1298C多态性分布具有地区差异,MTHFR多态性是孕妇生育神经管缺陷(neural tube defects,NTDs)后代的危险因素,因此基于MTHFR多态性检测的孕期叶酸补充指导和监测将是进一步降低新生儿出生缺陷的重要方法。     

脂联素基因多态性与代谢综合征相关性研究

目的分析脂联素基因(apM1)多态性与代谢综合征的相关性。方法无亲缘关系的344例汉族不同程度代谢异常者,根据代谢异常程度分为代谢综合征组180例(MS组)与代谢异常组164例,选择同期50例无代谢异常者为对照组,采用多聚酶链反应-限制性片段长度多态性方法检测3组apM1基因外显子2+45和外显子3+331 2个位点的基因多态性,并检测血脂等指标。结果中国汉族人apM1基因外显子2+45位点存在基因多态性,有TT,TG,GG 3种基因型;3组间基因型频率及等位基因频率比较差异无统计学意义(P>0.05);G等位基因携带者(G+)与非G等位基因携带者(G-)血清脂联素、血脂、血糖及胰岛素水平差异无统计学意义(P>0.05);中国汉族人外显子3+331位点不存在基因多态性,均为TT基因型。结论中国汉族人脂联素基因外显子2+45位点的多态性与代谢综合征无相关性;外显子3+331位点不存在基因多态性。     

单核苷酸多态性与血液学肿瘤的研究进展

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)是第3代分子遗传标志,SNP决定基因的功能单位和人群遗传变异的内在特征。它反映了个体表型、疾病易感性和对药物、环境因子反应的差异。血液肿瘤是一种多基因遗传病,涉及到多个遗传易感基因的作用。本文就近年来单核苷酸多态性与其在血液肿瘤研究领域(致癌物质代谢酶基因的SNP、DNA修复基因的SNP、癌基因与抑癌基因的SNP、药物代谢相关酶基因的SNP等)的相关进展作一综述。     

叶酸代谢相关酶基因多态性与不良孕产的关系研究

目的分析探讨叶酸代谢相关酶基因多态性与不良孕产间的关系。方法选择2018年1月～2018年8月本院接收的不良孕产妇56例为研究组,另选同一时期正常生育产妇56例为对照组,两组均采用PCR法进行基因多态性检测,对比两组的基因型分布特点,并分析与不良孕产之间的关联性。结果研究组的MTHFR基因A1298C位点CC突变纯合型、C677T位点TT突变纯合型与MTRR基因A66G位点GG突变纯合型的基因频率均较对照组更高(P0.05);而研究组的MTHFR基因A1298C位点AA野生纯合型、C677T位点CC野生纯合型及MTRR基因A66G位点AA野生纯合型基因频率则较对照组更低(P0.05)。结论不良孕产与叶酸代谢相关酶基因多态性之间关系密切。     

MSR1基因多态性与中国汉族人群前列腺癌易感性的关系

目的探讨巨噬细胞清道夫受体1(MSR1)基因多态性与前列腺癌遗传易感性的关系。方法对93例前列腺癌患者和105例正常对照的中国汉族人群基因组MSR1基因rs12718376、rs918、rs1904577、rs2127565位点进行多态性分析在此过程中采用TaqMan等位基因分型技术及连接酶特异检测技术。结果前列腺癌病例组和正常对照组间的MSR1基因rs918和rs1904577位点基因多态分布差异具有显著性(P0.05);病例组和正常对照组间的MSR1基因rs12718376、rs2127565位点基因多态分布差异无显著性(P0.05),与前列腺癌发病风险无显著相关性。结论中国汉族人群MSR1基因rs918和rs1904577基因多态性与前列腺癌的发生相关,可能是增加前列腺癌危险的因素之一。