广东流行的三株登革1型病毒包膜蛋白基因的序列测定与分析

目的通过对广东省不同地区、不同流行期间分离的三株登革1型病毒(DVI)的结构蛋白E基因进行序列测定及分析．了解各流行株之间的遗传差异，追踪其可能的传染来源：方法应用RT-PCR技术扩增病毒的结构蛋白E基因，克隆到PMD18-T载体．转化JM109宿主菌，挑取阳性克隆进行鉴定及序列测定，应用计算机软件与国内外参考及流行株进行同源性分析．并绘制基因系统发生树：结果3株DVI病毒E基因序列长度均为l485bp，编码495个氨基酸，核苷酸序列同源性在91％～98％之间、推测的氨基酸序列同源性在94％～99％之间：GD23／95与A88核苷酸(氨基酸)同源性为95％(98％)，与其他株的同源性相对较低，2株属同一基因型；GD14／97和GD05／99与Cambodia共享序列非常接近．3株同属另一基因型。结论广东省1997、1999和1995年流行的登革热可能来自境外不同的疫源地。     

东莞市2015—2016年柯萨奇病毒A6型流行情况及特征分析

目的 研究东莞市2015—2016年手足口病(HFMD)病例中柯萨奇病毒A6型(CVA6)的流行情况及基因特征。方法 采用RT-PCR方法对HFMD疑似病例标本进行检测,CVA6阳性标本上送广东省疾病预防控制中心,进行病毒分离及鉴定,扩增并测定VP1基因序列。从GenBank中选取其他CVA6代表株进行参考比对,利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,并用Mega4.0.2软件构建亲缘性进化树。结果 在1 145份标本中检出CVA6阳性标本580份,阳性率为50.66%(580/1 145)。序列比对显示,20株CVA6分离株VP1基因之间核苷酸同源性为93.6%~100.0%,氨基酸同源性为97.7%~100.0%。东莞市CVA6分离株VP1与近年来全球各地流行株核苷酸和氨基酸的同源性分别为93.4%~98.5%和97.0%~99.7%,与CVA6原型株Gdula以及我国山东省1996年分离株核苷酸和氨基酸相似性仅为82.5%~85.8%和94.1%~96.4%。系统进化树分析显示,2015—2016年东莞地区CVA6与近年来流行于世界各地的CVA6分离株同源性较高,而与原型株进化距离较远。结论 2015—2016年东莞市HFMD病原以CVA6为主,流行株为近年来流行于全国各地的CVA6新变种。     

广东省东莞市2017-2018年登革病毒E基因进化分析

目的 测定广东省东莞市2017—2018年Ⅰ~Ⅳ型登革病毒（DENV-1~DENV-4）的E基因序列,分析其系统进化情况及流行基因亚型,从分子水平探讨病毒来源。方法 收集东莞市2017—2018年140例可疑登革热患者急性期血清,用实时荧光PCR方法检测病毒核酸,阳性血清用C6/36细胞分离培养登革病毒,测定分离株E基因序列,绘制系统进化树,结合流行病学资料进行分子流行病学分析。结果 140份急性期血清中DENV核酸阳性54份,阳性率38.6%,DENV-1阳性占53.7%。分离得到17株毒株。序列比对和系统进化分析显示,10株DENV-1分离株间核苷酸同源性为90.0%~99.9%,氨基酸同源性为96.6%~99.8%,分属基因Ⅰ型和基因Ⅴ型。7株基因Ⅰ型分离株与泰国2015年、缅甸2015年、中山2015年及越南2016年流行株核苷酸同源性较高(99.3%~99.9%),其中2018年本地株D2018078与2017年输入株D2017008核苷酸同源性达99.8%;3株基因Ⅴ型分离株与印度2014年、2017年株及新加坡2014年流行株核苷酸同源性较高(97.7%~99.1%)。4株DENV-2分离株间核苷酸同源性为91.0%~98.6%,推导氨基酸同源性为97.6%~99.8%,分属混合型和亚洲Ⅰ型,2株混合型分离株与马来西亚2014年、台湾2015年流行株核苷酸同源性较高(99.6%~99.7%);2株亚洲Ⅰ型分离株分别与越南2015年、泰国2011年流行株核苷酸同源性较高(99.3%~99.5%)。2株DENV-3分离株间核苷酸同源性为98.4%,氨基酸同源性为99.4%,均属基因Ⅰ型,与缅甸2017年、马来西亚2015年流行株核苷酸同源性较高(99.3%~99.7%)。1株DENV-4分离株与越南2013、2016年流行株同源性较高(99.3%~99.5%),属基因Ⅰ型。结论 2017—2018年东莞市登革热的病原体主要为DENV-1,其次是DENV-2,各至少有2种基因亚型同时在流行;DENV-3和DENV-4各至少有1种基因亚型在流行。流行方式主要为南亚和东南亚国家及我国中山、台湾等地输入病例引起的本地暴发流行,存在输入引起本地感染的风险。     

一株鸭乙型肝炎病毒DHBV全基因的克隆和序列分析

目的 从本地樱桃谷鸭血清中克隆鸭乙型肝炎病毒(DHBV)DNA,并进行序列分析。方法 用PCR扩增DHBV全基因,连接至T载体上,挑选克隆进行测序分析,与GenBank中16株DHBV全基因组进行同源性比较,并进行分子进化树分析。结果 24-18与16株DHBV基因组比较,核苷酸同源性介于89.4%~99.3%之间,各开放阅读框氨基酸同源性比较显示差异显著地方位于P区。结论 24-18属于DHBV西方基因型中的一个亚型。     

河南省9株狂犬病毒的N基因序列分析

 目的 分析河南省9株狂犬病毒的核蛋白基因序列,探讨狂犬病毒流行株毒力与致病性的可能变异。方法 以RT-nested-PCR扩增9株2006年12月分离于河南省信阳市的狂犬病毒街株,经纯化、克隆、测序后获得9条N基因全长序列,采用生物信息学软件对N基因序列进行分析。结果 9株狂犬病毒核蛋白在核苷酸及氨基酸水平上彼此的同源性分别为97.5%~99.3%和98.4%~99.8%;病毒与CTN疫苗的核苷酸序列同源性最高,为88.9%~90.1%,氨基酸序列同源性为97.6%~98.0%;与其他疫苗株相比,9株病毒与其核苷酸及氨基酸同源性范围分别为84.4%~87.9%和94.2%~97.3%;与已知的基因1型狂犬病毒比较,9株病毒核蛋白氨基酸序列发生了若干位点的取代。结论 9株河南省狂犬病毒流行株均属基因1型,其核蛋白在基因的核苷酸及推导的氨基酸水平上均有变异,这些变异可能影响疫苗对流行株所致狂犬病的保护效果。     

东莞市2014—2017年Ⅰ型登革病毒流行情况及E基因序列分析

目的 研究2014—2017年东莞市Ⅰ型登革病毒（DENV-1）流行情况,分析其可能的地域来源及基因特征。方法 采用实时荧光PCR方法对2014—2017年东莞市疾病预防控制中心收到的登革热疫情样本进行核酸检测分型,阳性标本进行病毒分离及鉴定,扩增并测定部分分离株E基因序列,共得到8株DENV-1及其E基因序列,与Genebank中选取的世界各地DENV-1流行株及原型株进行参考对比,用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,用Mega4.0.2软件进行分子分型和系统进化树构建。结果 665份标本中DENV阳性251份,其中DENV-1阳性占90.0%。以9月、10月为发病高峰期,占86.7%;男女比例为0.92∶1,20~<70岁年龄组发病例数最多,占75.1%;DENV-1阳性本地病例以虎门、麻涌、南城、厚街和莞城五个镇街最多,占76.4%。序列比对显示,8株DENV-1的E基因序列核苷酸同源性为90.2%~99.6%,氨基酸同源性为96.4%~100.0%,与选取的近年世界各地流行株的核苷酸与氨基酸同源性分别为89.2%~100.0%和90.2%~100.0%。系统进化树分析显示,2014—2017年东莞8株DENV-1分离株与我国广州、深圳及新加坡、马来西亚等东南亚国家当年或往年DENV-1流行株同源性较高,分属基因Ⅰ、Ⅱ、Ⅴ型 ,但以基因Ⅰ、Ⅴ型为主。所有8株分离株与原型株进化距离较远。结论 2014—2017年东莞市登革病毒流行以DENV-1为主,流行基因亚型主要为基因Ⅰ型和基因Ⅴ型,流行方式为广深等周边地市及新加坡、马来西亚等东南亚各国输入病例引起的本地暴发流行。     

长沙市2014—2019年31株风疹病毒基因型流行特征

目的 对2014—2019年长沙市风疹病毒进行分子流行病学、基因特征及溯源研究。方法 风疹疑似患者鼻咽拭子先通过荧光逆转录聚合酶链反应（real time-PCR, RT-PCR）进行风疹病毒核酸检测,风疹病毒阳性标本再进行RT-PCR扩增E1基因片段,序列拼接后构建进化树及氨基酸同源性分析。结果 截至2019年10月31日,收集到市区上送风疹疑似病例标本1 726份,其中阳性87份（5.04%）,2014年至2019年风疹阳性率分别为1.27%（6/471）、1.70%（4/235）、1.83%（4/218）、0%（0/133）、11.18%（18/161）和10.83%（55/508）。2018年开始风疹病例显著增多。感染人群中62.07%（54/87）分布于10~20岁。本研究共获得31株风疹病毒序列,2014年3株2B型,1株1E型;2016年1株2B型;2018年10株1E型;2019年16株1E型。GenBank序列号为MN251800-MN251830。进化树分析显示2018—2019年毒株与香港地区本土循环流行的1E基因型毒株位于同一分支,区别于2018年以前长沙市地区流行的毒株。毒株之间的核苷酸同源性为99.5%~100.0%,与WHO参考株核苷酸同源性为96.0%~96.4%。E1基因第324位A突变为T,第329位F突变为L,关键位点未发生变化。结论 2018—2019年长沙地区风疹流行毒株为不同地区同一1E基因型毒株感染造成,应加强本地学生及成年人中风疹疫苗接种计划及风疹病毒学的监测。     

佛山市登革2型病毒流行株结构基因序列测定及分析

目的对我国登革2型病毒1993年广东省佛山市流行株GD06/93结构蛋白基因进行序列测定及分析,追踪其地域来源、基因组结构与致病性的关系,为研究开发登革病毒新型疫苗奠定基础。方法根据登革2型国际标准株NGC序列,设计2对重叠引物,RT-PCR扩增,分别克隆到pMD18-T载体,转化受体菌DH5α,挑取阳性克隆进行PCR、酶切鉴定及序列测定。结果GD06/93株结构基因序列长度为2325bp,编码775个氨基酸。与其它登革2型病毒株TSV01、Taiwan-1008DHF、NGC、44、ThD2_0038_74、ThNH81/93、gd08/98、04、Cuba165/97及S1进行比较,其核酸序列同源性分别为97%、96%、95%、95%、95%、94%、94%、92%、92%、91%。结论GD06/93病毒株的结构基因序列与已发表的其它登革2型病毒株同源性很高。在比较的6株登革2型病毒株中,GD06/93株与同期在澳大利亚流行的TSV01株同源性最高。     

长沙市2013—2016年HFMD重症病例肠道病毒谱及其基因特征

目的 了解2013年至2016年长沙市手足口重症病例感染柯萨奇病毒A组6型(CAV 6)和柯萨奇病毒A组10型(CAV 10)肠道病毒的流行趋势,并对其VP1基因进化概况进行分析。方法 运用描述性统计学分析方法对全市重症手足口病流行病学资料进行整理。CAV 6和CAV 10型肠道病毒阳性咽拭子、肛拭子或粪便标本用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增VP1基因片段,序列比对后用MEGA软件构建进化树。结果 2013—2016年全市共检测111份重症手足口病例标本,肠道病毒阳性标本80份,检出率为72.07%。80份肠道病毒阳性标本中,CAV 6型10株, CAV 10型8株。核苷酸序列的同源性分析发现,CAV 6型肠道病毒核苷酸序列之间存在0.8%~6.6%的差异。CAV 10型肠道病毒核苷酸序列之间存在1.1%~5.6%的变化差异。8株CAV 6型毒株均位于D2分支,1株处于D1分支。6株CAV 10型毒株位于E分支。结论 CAV 6和CAV 10肠道病毒在基因水平并未发生明显突变。重症病例中出现CAV 6型和CAV 10型感染高峰年份,但2016年有所降低,应将CAV 6和CAV 10型肠道病毒纳入常规监测,降低手足口发病风险。     

海南省2019—2020监测年度A (H1N1) pdm09流感病毒基质蛋白基因特性分析

目的 分析2019—2020监测年度（2019年4月1日—2020年3月29日）海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒基质蛋白基因（Matrix, M）进化规律和M2蛋白氨基酸位点变异情况。方法 选取14株2019—2020年海南省分离的A (H1N1) pdm09亚型流感病毒进行基因序列测定,采用Neighbor-Joining方法进行种系进化分析,通过系统进化树比较海南流行株与疫苗株的差异。测序结果用MEGA 10.1.8和DNASTAR7.0.1软件进行基因特性分析及基因同源性分析。结果 2019—2020监测年度,海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒分离株占分离株的4.9%。序列分析显示,海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒与国际疫苗株A/Brisbane/02/2018的M基因在核苷酸系统进化树6B.1分支上,核苷酸与氨基酸同源性范围为98.7%~100.0%、98.8%~100.0%。12株分离株胞外区编码区S23N氨基酸发生变异;跨膜区14株分离株均发生S31N位点突变,突变率为100.0%;1株I39V位点氨基酸变异;9株分离株在胞浆区E70D位氨基酸位点发生变异。结论 2019—2020监测年度海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒活动水平较低,与疫苗株相匹配,对金刚烷胺类药物耐药,应特别关注M2蛋白氨基酸变异情况,为临床抗流感病毒药物的使用提供科学依据。     

广州登革病毒1型NS2a-NS2b基因序列分析

目的对2004年广州军区总医院收治的1例疑似登革病毒感染者进行确诊,通过对病毒的基因序列分析。寻找该例感染病毒的可能来源。方法首先从疑似病人的血清提取血液RNA,用RT—PCR法对比较保守的病毒非结构蛋白NS2a-NS2b上的部分序列进行扩增,并进行基因克隆、测序及同源性分析。结果经RT-PCR和基因测序检测证实为DEN1感染;基因序列分析结果表明．该病毒与我室保存的1995年、1997年、1999年和2003年的DEN1流行株非结构蛋白NS2a-NS2b的部分序列同源性分别为90．8％、97．6％、100％和99．6％。结论该例疑似登革病毒感染患者被确诊为DEN1型病毒感染。与1999年广东省中山市的登革1型病毒流行株在部分非结构蛋白NS2a-NS2b上完全相同．并与1997年广东省潮州市和2003年广州市的流行株为同一基因型。由此初步推断,在我国可能已存在登革1型病毒的疫源地。     

2003年广州市登革1型病毒流行株的分离及NS2基因序列分析

目的对广州市区2003年仲夏—批疑似登革病毒感染的患进行确诊，并从基因水平分析流行株的可能来源。方法用免疫层析法(ICT)检测早期疑似患的DV—IgN和IgG抗体；同时用逆转录-聚合酶链反应(RT—PCR)、细胞培养病毒分离分别进行病原的分离和鉴定；对所分离到的毒株进行基因克隆、测序，并与国际参考株及国内流行株相应的序列进行同源性分析，结合患的流行病学资料推测本次流行株的可能来源。结果发病5d内患DV—IgM抗体阳性率为56．5％(13／23)，发病5～10d的患DV—IgM抗体阳性率为66．7％(16／24)；DV—IgG抗体无1例阳性。从18份发病5d内患的血标本中分离病毒7份，经RT—PCR和基因测序检测证实为DVI感染；用RT—PER检测30份早期患血标本，患的阳性率为83．3％(25／30)。基因序列分析表明，2003年流行株与登革1型病毒柬埔寨流行株及我国1997、1999年登革1型病毒流行株的同源性最高，分别为97％、97％、98％。所有患在发病前两个月均在广州市区某大院内居住，无输血史、无外出史。结论2003年广州登革热流行为登革1型病毒感染所致，推测广东可能存在登革1型病毒的疫源地。     

辽宁省锦州市首例输入性登革热病例的调查、快速检测方法与防控探讨

目的通过调查总结输入性登革热的防治经验,并建立Taqman MGB实时荧光PCR技术快速检测登革热病毒,更好地指导今后登革热防制工作。方法流行病学调查,利用Taqman MGB技术,根据登革病毒3’端非编码区一段序列,设计登革1~4型荧光PCR通用引物和探针,以DF病毒株作为标准,以乙脑毒株作阴性对照,建立荧光PCR检测DF的快速方法。同时给予1份ELISA法检测阳性的临床血清标本进行荧光PCR扩增。结果采用PCR引物对登革1~4型病毒进行扩增,与设计相符;而乙型脑炎病毒均无非特异性扩增条带,对引物的相关性实验结果表明引物之间不会因相互干扰而出现假阳性结果,1份疑似患者血标本RT-PCR扩增阳性率为83.3%(25/30),其核酸序列与登革1型病毒柬埔寨株以及中国1997、1999年流行株GD14/97、GD05/99同源性分别为97%。结论在今后的登革热防控工作中,我们应用RT-PCR检测方法时间短、灵敏性高、有较高的特异性,以此作为为DF的临床早期诊断方法;其次重点加强出国和归国人员的管理,开展登革热防治知识的宣传教育,建立和其他部门的登革热联防体制,加强基层医务人员登革热防治知识培训,提高基层医务人员登革热诊治水平,来达到控制登革热的目标。     

广州市登革1型病毒基因组测序及系统进化分析

目的：对引起2002年广州登革热的登革1型病毒分离株（71/02GZ）进行全基因组测序和系统进化分析。方法：采用C6/36细胞培养71/02GZ,分别采用RT-PCR,5’RACE和3’RACE扩增基因组中编码区序列、5’和3’末端非编码区序列,PCR产物克隆到载体并测序,拼接成全基因组序列,分别基于E基因序列、E/NS1连接区240 nt、基因组中10 016 nt进行系统进化分析。结果：71/02GZ株基因组全长10 735 nt,两端非编码区（NCR）长度分别为94 nt和462 nt。基于E基因序列、E/NS1连接区240 nt、基因组中10 016 nt的进化分析结果显示71/02GZ株和2002年广州分离株（GZ01/02,GZ/218/2002）,1995年广东分离株（GD23/95,GD01/95）、1995年广州分离株（GZ01/95）组成一个基因型;而1999年广东分离株（GD05/99）,1997年广东分离株（GD14/97）和1980年广州分离株（GZ/80）属于另一个基因型;另外,71/02GZ株同1998年印度尼西亚分离株（98901530 DF DV-1-ID）的同源性最高。结论：71/     

深圳市2015年首例输入性登革热病毒溯源分析

目的 对2015年深圳市报告的首例输入性登革热病例进行溯源分析。方法 收集该病例流行病学资料及血清样本,并通过免疫层析法和实时荧光RT-PCR对该病例血清中的特异性IgM抗体、IgG抗体、NS1抗原及病毒核酸进行检测。用C6/36细胞对血清进行病毒分离。对分离株的E基因进行序列测定,与不同型别的标准株及不同地区的分离株进行同源性分析并构建系统发生树。同时对糖基化位点、毒力位点上的序列进行比较。结果 从该病例血清中检测出IgM抗体、NS1抗原和2型登革病毒RNA,并成功从血清样本中分离出登革病毒DEN2-SZ1503。 SZ1503与标准2型登革病毒NGC株E基因的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为93.8％和97.8％。系统发生树表明SZ1503与SG（EHI）D2 / 06572Y13株（Malaysia 2013）,具有最高相似性,且位于系统发育树的同一分支中。该分离株同1051株（Indonesia 76）、10株（Somalia 84）和271-206株（Sri Lanka 90）一起属于基因型Ⅳ。SZ1503株E基因的糖基化位点与其他登革热2型毒株相同,毒力位点也与之前报道的毒株一致。结论 病毒学、血清学和流行病学结果表明,该输入登革热病例是由2型登革热病毒引起的,SZ1503病毒株的遗传特征与马来西亚流行的登革热病毒一致。     

河南省1例柬埔寨输入登革热病例的病原分子分型与全基因序列分析

目的鉴定河南省1例来自柬埔寨的登革热输入性病例的登革病毒(dengue virus,DENV)血清型和基因型及其序列特征和传播来源。方法患者血液标本来源于2019年国家疾病监测系统网络直报的登革热疑似病例。样品经快速检测DENV NS1抗原和IgM/IgG抗体,再提取血清中核酸,应用荧光RT-PCR法进行DENV血清型鉴定,同时用Vero和BHK-21细胞对血清标本进行病毒分离培养,阳性培养物扩增全基因组序列,进行序列系统进化分析。结果该病例实验室确诊为DENV 1型感染,并从血清标本中分离到病毒株,测序后拼接成全长10670 nt的全基因组序列,经系统进化分析,该病毒株属于DENV 1型基因Ⅰ型,与东南亚流行株具有较高同源性和较近亲缘关系。结论2019年河南省来自柬埔寨的输入性病例的病原体为DENV 1型基因I型,此为近年来东南亚输入我国的常见血清型和基因型。