基于Arlequin软件的HLA单倍型分析研究

目的应用Arlequin软件进行HLA单倍型的分析。方法将HLA-A和B两基因座位的等位基因分型数据进行格式转换,编辑成.arp格式输入文件,导入Arlequin软件进行分析计算。结果用Arlequin软件进行HLA单倍型分析,直接得出各单倍型及等位基因的频率和统计表,分析得出19种HLA-A等位基因、39种HLA-B等位基因和128种A-B单倍型。结论 Arlequin软件可用于HLA单倍型的计算,该方法具有简便、快速、广谱、可操作性强的特点。     

中国北方汉族造血干细胞捐献者人类白细胞抗原-A、B、DRB1基因和单倍型高分辨水平的多态性研究

目的 从高分辨率水平研究中国北方汉族人群人类白细胞抗原(Human Leukocyte Antigens,HLA)-A、B、DRB1基因和单倍型的多态性.方法 采用聚合酶链反应-测序分型方法(Polymerase Chain Reaction-Sequence Based Typing,PCR-SBT)对631名随机北方汉族个体的HLA-A、B、DRB1基冈进行序列分析,进而采用最大似然性方法计算等位基因和单倍型的分布频率.结果 30个HLA-A等位基因中,频率高于0.05的5种常见等位基因A*1101、A*2402、A*0207、A*0201和A*3303的频率总和为69.26%;64个HLA-B等位基因中,频率高于0.05的4种常见等位基因B*4001、B*4601、B*5801和B*1502的频率总和为38.11%,41个DRB1等位基因中,频率高于0.05的7种常见等位基因DRB1*0901、DRB1*1501、DRB1*1202、DRB1*0701、DRB1*0803、DRB1*1101和DRB1*0405的频率总和为59.98%.499条A-B、659条BDRB1和2 426条A-B-DRB1单倍型中,分别有38、39和31条单倍型频率高于0.005,其频率总和分别为59.82%、53.69%和32.38%,A*0207-B*4601、B*4601-DRB1*0901和A*0207-B*4601-DRB1*0901分别为其最主要单倍型.结论 中国北方汉族人群高分辨水平的HLA-A、B、DRB1等位基因和单倍型的多态性数据可作为人类学、法医学、移植配型和疾病相关性研究和应用的参考数据.     

中国部分汉族人群362种HLA单倍型的家系调查及重组单倍型分析

本研究旨在发现中国人群人类白细胞抗原（humanleukocyteantigen,HLA）-A—B—DRBI新单倍型,调查mA单倍型分布特征。采用179个家庭及子女HLA．A、B、DRBl位点的基因分型结果,通过家系和HLA遗传模型特征分离分析791条HLA单倍型。结果发现4条新的HLA重组单倍型,重组位点位于HLA—DRB1基因座位,其中3条重组单倍型来自父源染色单体,1条来自母源染色单体,其比例为3：1。HLA—DRB1与A或B基因位点重组率为0．92％（4／433）。通过家系调查HLA分离分析得到362种HLA～A—B～DRB1单倍型,其中A33-B58-DR17、A2．B46．DR9、A30-B13-DR7、A11-B13-DR15、A11-B75-DR12和A2-B46-DR14单倍型检出频率最高,与应用非血缘供者人群的HLA基因分布调查资料的结果-致,但A1-B63-DR12、A29-B46-DR15、A1-B61-DR10、A34-B35-DR9、A29-B54-DR4、A23-B13-DR16、A34-B62-DR15等单倍型是非血缘供者人群HLA基因分布调查资料为未被报道过的罕见单倍型。结论：通过家系HLA单倍型调查能清楚地确定HLA—A—B—DRB1单倍型型别。本研究结果将为人类HLA研究、器官移植及HLA疾病相关性分析等提供重要依据。     

慢性粒细胞性白血病与HLA等位基因多态性的相关性

目的探讨慢性粒细胞性白血病（CML）的易感性与HLA等位基因多态性的相关性。方法采用聚合酶链反应序列特异性引物（PCR—SSP）分型技术对46例CML患者进行HLA—A、B、DRB1基因分型，并与7418例健康对照的分型结果进行对比。结果CML患者HLA—A^＊30、B^＊45、B^＊81、DRB1^＊09基因频率较对照组升高（P〈0．05），HLA—A^＊03、DRB1^＊12、DRB1^＊13基因频率降低（P〈0．05），差异有显著性。结论HLA—A^＊30、B^＊45、B^＊81、DRB1^＊09等位基因与CML相关，HLA—A^＊03、DRB1^＊12、DRB1^＊13可能具有保护作用。     

中国南北方汉族急性淋巴细胞白血病患者HLA基因分型特征

目的 研究中国南北方汉族急性淋巴细胞白血病(ALL)患者人群中人类白细胞抗原(HLA)-A,B,DRB1等位基因的分布特征.方法 根据11个南方省区556名南方汉族和18个北方省区644名北方汉族ALL患者的HLA-A,B,DRB1表型数据,采用最大似然性方法分别计算两个群体的HLA-A,B,DRB1等位基因和单倍型频率并采用卡方检验方法比较其分布特征.结果 南北方汉族ALL患者群体中,A*02,A*11,A*24,A*33,B*13,B*46,B*51,B*60,B*62,DRB1*04,DRB1*08,DRB1*09,DRB1*11,DRB1*12,DRB1*14和DRB1*15均比较常见,另外B*58,B*62和B*75仅在南方群体中较高,而A*30,B*35,B*61和DRB1*07则仅常见于北方患者,7个A,12个B和5个DRB1等位基因的分布存在显著性差异.结论 中国南北方汉族ALL患者人群HLA-A,B,DRB1等位基因的分布有其自身特征,此研究数据可作为ALL患者群体的HLA相关研究和应用的参考数据.     

2 210例江西籍汉族骨髓供者的HLA-A、B、DRB1等位基因和单倍型频率

目的分析江西汉族骨髓供者人类白细胞抗原(HLA)-A、B、DRB1等位基因频率和HLA单倍型频率。方法根据2210例江西汉族无关骨髓供者的HLA基因型数据,采用最大似然性方法计算HLA-A、B、DRB1的基因频率和单倍型频率。结果江西汉族骨髓供者中共观察到72个HLA等位基因,其中A*02、A*11、A*24、A*33、B60、B*46、B*13、B*58、B*51、B75、B62、DRB1*09、DRB1*12、DRB1*15、DRB1*04、DRB1*08、DRB1*11、DRB1*14和DRB1*13的频率高于0.05。358条A-B单倍型中,A2-B46、A11-B60、A33-B58等26条单倍型的频率高于0.01,68条单倍型表现为显著的正连锁不平衡;420条B-DR单倍型中,B46-DR9、B13-DR15、B75-DR12等22条单倍型频率高于0.01,82条单倍型表现为显著的正连锁不平衡;2518条A-B-DR单倍型中,386条单倍型有意义(频率大于等于4.52×10-4),A2-B46-DR9、A2-B46-DR8、A11-B13-DR15、A33-B58-DR13、A33-B58-DR17、A30-B13-DR7等39条单倍型频率高于0.005。结论江西汉族HLA-A、B、DRB1等位基因和HLA单倍型的分布特征接近南方汉族人群,但又有其自身特殊性,本研究群体的HLA等位基因频率和单倍型频率可作为江西汉族人群的参考标准。     

中国南方汉族急性淋巴细胞白血病与 HLA基因相关性研究

为了研究中国南方汉族急性淋巴细胞白血病与人类白细胞抗原HLA-A、B、DRBI基因的遗传相关性,找 出ALL的易感基因,对以DNA作HLA基因分型的南方汉族人群的201例ALL患者进行甄选,并以4707例南方汉 族的志愿捐献造血干细胞的健康供者作为正常对照组,对两组间HLA等位基因多态性分布,通过HIA等位基因频 率(GF)分布的x2检验、显著性差异进行比较,计算疾病的危险率(RR)、病因分数(EF)和预防分数(PF),研究 ALL与HLA等位基因相关性。结果表明:南方汉族ALL患者的HLA-A26(GF=4.32％,x2=4.90,RR=1.774,EF =0.036),B56(GF=1.92％,x2=4.65,RR=2.116,EF=0.023),DR9(GF=1.29％,x2=3.99,RR=1.349,EF =0.092)3个基因频率显著高于正常对照组(P<0.05);HLA-A30(GF=1.25％,x2=3.92,RR=0.415,PF= 0.081),A33(GF=1.78％,x2=4.842,RR=0.612,PF=0.110)和B58(GF=1.83%,x2=7.21,RR=0.516,PF= 0.149)3个基因频率显著低于正常对照组(P<0.05)。结论:HLA-A26、B56、DR9 3个HLA基因与ALL有较强的 相关性,对南方汉族ALL患者可能有遗传易感作用;HLA-A30、A33、B58 3个基因可能是保护性基因。     

在家系完整的单倍体联合第三方脐血移植中研究供受者HLA单倍型和等位基因错配对移植预后的影响北大核心CSCD

目的在HLA—A、-B、-C、-DRB1、-DQB14高分辨基因分型的基础上,分析供受者单倍型和等位基因错配在单倍体联合第三方脐血移植对预后的影响。方法回顾性分析2012年1月至2014年12月期间行单倍体联合第三方脐血移植的230例恶性血液病患者,采用基因测序和寡核苷酸探针杂交方法进行供受者HLA—A、-B、-C、-DRB1、-DQB1高分辨基因分型。结果供受者根据HLA—A、-B、-C、-DRB1、-DQB1基因分型结果及相合度,分为HLA-5／10、-6／10、-7／10、98／10四组,其3年总生存（OS）率分别为48．7％、59．3％、71．1％、38．3％（P=0．068）。供受者HLA-6／10相合组与HLA-5／10相合组相比,3年OS率差异有统计学意义（P=-0．041）。在供受者HLA-6／10相合组：当HLA—I类位点（HLA-A、-B、-C）相合3年OS率为61．5％,与HLA-5／10相合组相比差异有统计学意义（P=0．017）,且HLA—A位点等位基因相合3年OS及无事件生存（EFS）率分别为90．5％8n84．4％,明显高于HLA-5／10相合组（P=0．013,P=0．013）。供受者与脐血单倍型相合88例,不合51例,两者巨核系重建累积发生率分别为95．3％和86．2％（P=0．007）,粒系重建累积发生率分别为98．8％和96．1％（P=0．022）。结论在单倍体联合第三方脐血移植的供者选择中,HLA相合度及等位基因错配对预后均有意义,选择与供受者单倍型相合的第三方脐血可促进移植后造血重建。     

安徽汉族HLA-A、B、DRB1基因多态性和单倍型的分布特征

目的分析安徽汉族人群中人类白细胞抗原(HLA)-A、B、DRB1基因和单倍型的分布特征。方法根据2816例安徽汉族无关骨髓供者的HLA基因型数据,分别采用方根法和最大似然性方法计算HLA-A、B、DRB1基因频率和单倍型频率,并进行群体比较。结果安徽汉族中共检出78个HLA基因,其中A*02、A*11、A*24、A*33、A*30、B*13、B*46、B60、B62、B*58、B61、DRB1*09、DRB1*15、DRB1*04、DRB1*07、DRB1*12、DRB1*08、DRB1*13、DRB1*11和DRB1*14最常见。440条A-B单倍型和481条B-DR单倍型中,A2-B46、A30-B13等26条A-B单倍型以及B13-DR7、B46-DR9等27条B-DR单倍型最常见;另外,至少80条A-B单倍型和102条B-DR单倍型呈现显著的正连锁不平衡,其中A2-B46、A30-B13、A33-B58、A33-B44、A2-B38等17条A-B单倍型以及B13-DR7、B46-DR9、B58-DR17、B44-DR13、B54-DR4、B52-DR15、B58-DR3、B57-DR7等18条B-DR单倍型表现为强连锁不平衡。3488条A-B-DR单倍型中,537条A-B-DR单倍型的频率大于等于3.55×10-4,A30-B13-DR7和A2-B46-DR9等27条单倍型频率高于0.005。结论安徽汉族人群HLA-A、B、DR基因和单倍型的分布比较接近中国北方汉族人群,但一定程度上受到南方汉族人群的影响。     

中国满族人群HLA-A、B、DRB1基因和单倍型的多态性分析

目的研究中国满族人群HLA-A、B、DRB1等位基因和单倍型的多态性。方法根据2 183名满族骨髓捐献者的HLA-A、B、DRB1基因分型数据,采用最大似然性方法计算HLA-A、B、DRB1等位基因和单倍型频率。结果满族人群中共检出18个HLA-A、44个HLA-B和15个HLA-DRB1等位基因,其常见等位基因为A*02、A*11、A*24、A*30、A*33、B*13、B*35、B*46、B*51、B*40(B60)、B*40(B61)、B*15(B62)、DRB1*04、DRB1*07、DRB1*08、DRB1*09、DRB1*11、DRB1*12、DRB1*13、DRB1*14和DRB1*15。A*30-B*13、A*02-DRB1*15、B*13-DRB1*07和A*30-B*13-DRB1*07分别为其最常见A-B、A-DRB1B-DRB1和A-B-DRB1单倍型,31条A-B、24条A-DRB1和27条B-DRB1单倍型频率≥0.01,32条A-B-DRB1单倍型频率≥0.005。14条A-B、3条A-DRB1、14条B-DRB1和38条A-B-DRB1单倍型呈现强连锁不平衡格局(ALD≥0.40)。结论中国满族人群HLA-A、B、DRB1等位基因和单倍型的分布比较接近北方汉族人群并具有其自身分布特点。     

云南地区人群HLA-A、B、DRB1等位基因遗传多态性的分析

目的了解中国造血干细胞捐献者资料库云南省分库HLA-A、B、DRB1基因多态性,分析云南地区人群HLA-A、B、DRB1等位基因频率特征。方法采用流式序列特异性寡核苷酸探针(PCR-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)结合直接测序法(PCR-sequence based typing,PCR-SBT)方法,对来自中国造血干细胞捐献者资料库云南分库的1 000名无血缘关系的捐献者进行基因分型,运用方根法计算HLA-A、B、DRB1基因频率,并与其他人群进行比较。结果在云南地区人群中共检出68种HLA基因特异型。其中HLA-A位点18个,HLA-B位点37个,HLA-DR位点13个。A*11(34.66%)、A*02(34.2%)和A*24(19.63%)3个等位基因为云南分库捐献者HLA-A座位的主要等位基因;B*46(12.83%)、B*40(60)(10.9%)和B*15(62)(9.78%)为HLA-B座位的主要等位基因;HLA-DRB1座位以DRB1*12(16.7%)、DRB1*15(16.46%)、DRB1*09(13.46%)和DRB1*04(12.77%)4个等位基因频率为高。最常见的A-B-DRB1单倍型是A*02-B*46-DRB1*09,频率是3.76%。结论云南地区人群的HLA基因多态性与南方汉族接近,但有其自身的一些特点。有必要在本地区开展造血干细胞捐献者的招募工作。     

山东半岛地区汉族人群HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因及单体型多态性的研究

目的研究山东半岛地区汉族人群HLA-A、B、DRB1等位基因多态性的分布特征。方法应用聚合酶链反应-直接测序分型(polymerase chain reaction sequence-based typing,PCR-SBT)法和序列特异性寡核苷酸探针杂交技术(Polymerase chain reaction and sequence-specific olignucleotide probe hybridizations,PCR-SSOP)高分辨试剂,对山东半岛地区865名无血缘关系的汉族健康人群HLA-A、B、DRB1进行基因分型。结果检出HLA-A、B、DRB1等位基因分别有33、73、43种,经统计分析这3个基因座分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05),A*3001-B*1302-DRB1*0701(7.61%)和A*3303-B*4403-DRB1*1302(1.674%)单体型是山东半岛地区汉族人群最常见单体型。结论山东半岛地区汉族人群HLA-A、B、DRB1基因座单体型分布具有高度的遗传多态性且有其自身分布特点。本研究获得的的HLA-A、B、DRB1基因座单体型分布数据及相关遗传参数资料,为HLA在人类学、免疫遗传学、法医学和其它的组织器官移植方面的应用和科学研究提供和积累了基础资料。     

陕西籍汉族造血干细胞献血者HLA-A-、B-、DRB1高分辨多态性分析

目的调查中国陕西籍汉族人群HLA-A-、B-、DRB1高分辨等位基因多态性及其分布特点。方法采用PCR-SBT方法对随机抽取的518名陕西籍汉族人的HLA-A、-B-、DRB1基因作高分辨检测,并用最大似然性方法分析其分布频率。结果在518名中国陕西籍汉族个体中可观察到的高分辨等位基因HLA-A有32个,-B有42个、-DRB1有41个。HLA-A高频等位基因为HLA-A*02(28.38%),以0201、0206和0207最常见;HLA-A*11(21.04%),以1101最常见;HLA-A*24(14.86%),以2402最常见。HLA-B高频等位基因为HLA-B*15(15.06%),以1501、1511、1502最常见;HLA-B*40(13.9%),以4001、4006、4002最常见;HLA-B*13(10.91%),以1302最常见。HLA-DRB1高频等位基因为HLA-DRB1*15(16.70%),以1501最常见;HLA-DRB1*09(12.93%),全部为0901;HLA-DRB1*07(12.45%),全部为0701。HLA-A,-B,-DRB1基因观察到A-B、B-DRB1和A-B-DRB1单体型分别为518条、675条和2 375条,单体型分别占理论数的38.54%(518/1344)、39.20%(675/1 722)和4.31%(2 375/55 104)。HLA-A-B-DR单体型前5位是:A*3001-B*1302-DRB1*0701(4.51%)、A*0207-B*4601-DRB1*0901(1.81%)、A*3303-B*5801-DRB1*0301(1.25%)、A*1101-B*1502-DRB1*1202(1.23%)、A*0101-B*3701-DRB1*1001(1.15%),占全部3座位单体型频率的9.95%。结论陕西汉族基因频率分布符合北方群体特征,但也有其自身的特点。     

应用不同类型白血病患者群体HLA-A、B和DRB1遗传学数据评估HLA相合供者的概率

目的探讨不同类型白血病汉族患者群体找到HLA-A、B和DRB1低分辨全相合无关供者可能性。方法依据1201名急性淋巴细胞白血病(ALL)、1065名急性非淋巴细胞白血病(AML)和1432名慢性粒细胞白血病(CML)汉族患者群体HLA-A、B和DRB1低分辨分型结果,计算这3类白血病汉族患者群体的HLA-A、B和DRB1抗原频率,单体型频率和表型频率,联合应用中华骨髓库(CMDP)中健康汉族供者HLA表型频率数据,进一步推导出这3类白血病汉族患者群体找到至少1名HLA低分辨全相合供者概率及回归方程。结果ALL、AML、CML汉族患者群体表型种类数分别为416851、373903和464373种,其中31%的表型频率均>1/100万;ALL、AML、CML汉族患者群体在CMDP的汉族供者群体中找到至少1名HLA表型相同供者回归方程分别为:P=0.0824LgN-0.3667、P=0.0825LgN-0.3636和P=0.0829LgN-0.3644;计算出81.6%的ALL、81.9%的AML、82.4%的CML汉族患者要找到1名HLA低分辨表型相同的无关供者,CMDP中汉族有效供者群体数平均146.7万。结论应用不同类型白血病患者群体HLA-A、B和DRB1遗传学数据评估患者找到HLA相合供者概率较仅以健康供者群体HLA遗传学数据评估更为精确。为有效地提高患者的移植效果,需要征募更多的无关供者。     

河北汉族HLA-A、B、DRB1基因多态性与慢性粒细胞白血病相关性研究

目的通过对河北省汉族人群进行慢性粒细胞白血病(CML)与人类白细胞抗原(HLA)基因分布频率的相关性研究,探讨HLA基因与CML发病之间的关联,及其与临床预后的相关性。方法应用序列特异性引物聚合酶链反应技术(PCR-sequence specific primers SSP)对河北省汉族人群中142例CML患者和212例正常对照进行HLA-A、B、DRB1基因的检测,比较两者之间HLA基因分布频率的差异,并通过woolf公式计算相对危险率(RR),以甄别出河北省汉族人群对CML发生有统计学意义的"易感基因"和"保护基因"。结果CML患者DRB1*04明显高于正常对照(17.4%vs 10.2%),相对危险系数(RR)=1.929>1(χ2=7.053,P=0.004),而A*02、DRB1*09在CML患者则明显低于正常对照(22.2%vs 33.4%),RR分别为(0.521,0.391),(χ2=8.956,P=0.003;χ2=9.619,P=0.002)。CML患者中A*03、B*13、DRB1*01基因频率与正常对照组相比虽有升高,且RR>1,但通过RR的显著性检验,差异无统计学意义(P>0.05)。结论DRB1*04可能为河北省汉族人群CML患者的"易感基因",而A*02、DRB1*09则可能为河北省汉族人群CML患者的"保护基因",进一步了解遗传因素在河北省汉族人群CML病因发病中的作用,对于CML的诊断、防治和预后判断开辟新的思路。     

广东汉族HLA-A、C、B、DRB1和DQB1基因的高分辨多态性及连锁不平衡分析

目的研究广东汉族人群的人类白细胞抗原(HLA)-A、C、B、DRB1和DQB1基因的高分辨多态性和等位基因间的连锁不平衡关系。方法PCR-测序分型方法(sequence-based typing,SBT)对144名随机广东汉族造血干细胞捐献者的HLA-A、C、B、DRB1和DQB1基因进行序列分析,并采用PyPop软件计算等位基因频率、单体型频率和连锁不平衡参数。结果发现1个新等位基因HLA-Cw*0340;HLA-Ⅰ类基因中,A、C、B基因座分别检出27、24和54个等位基因,其中频率>0.05常见等位基因包括A*1101、A*2402、A*0207、A*0201、A*3303、A*0203、Cw*0102、Cw*0702、Cw*0304、Cw*0801、Cw*0302、B*4601、B*4001、B*1301、B*5801和B*1502;HLA-Ⅱ类基因中,总共观察到30个DRB1和15个DQB1等位基因,频率>0.05的常见等位基因见于DRB1*0901、DRB1*0301、DRB1*1501、DRB1*1202、DRB1*0803、DRB1*1101、DRB1*1602,DQB1*0303、DQB1*0301、DQB1*0502、DQB1*0601、DQB1*0201、DQB1*0302和DQB1*0501;除A-DQB1最常见单体型为A*1101-DQB1*0301外,其它所有两座位单倍型以及A-C-B、A-B-DRB1和A-C-B-DRB1-DQB1扩展单体型的最常见型均由A*0207、Cw*0102、B*4601、DRB1*0901和DQB1*0303组合而成。任意2个HLA基因间均具有强的连锁不平衡,而21.99%—31.63%的有价值连锁不平衡单倍型具有统计学意义(χ2>3.84,P<0.05),其中频率≥0.01的有156条。结论获得了广东汉族人群HLA-A、B、C、DRB1和DQB1基因的等位基因和单体型多态性及连锁不平衡分析数据,为HLA基因的相关研究和应用提供了更加详细的参考资料。     

3238名江苏汉族造血干细胞捐献者HLA-A、B、DRB1位点高分辨基因分型结果的研究

目的 分析中国江苏地区汉族人群造血干细胞捐献志愿者的HLA-A、B、DRB1位点在高分辨基因分型水平上的基因多态性弹倍型分布特征以及常见与罕见等位基因的分布.方法 大量应用基因序列分型技术和少量应用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针技术对中华造血干细胞捐献志愿者资料库江苏分库3238名无关供者的HLA-A、B、DRB1位点等位基因作高分辨分型.结果 HLA-A基因46个,HLA-B基因85个,HLA-DRB1基因51个.HLA-A位点频率最高的是A*11∶01(16.52％),HLA-B位点为B*13∶ 02(11.60％),HLA-DRB1位点为DRBl* 07∶01( 15.78％).单倍型频率最高是A* 30∶ 01-B* 13∶02-DRBl* 07∶01 (8.87％).HLA-A位点常见等位基因(CWD)种类有40种,在样本中的含量达到99.8％,HLA-B位点CWD则有77种(99.5％),HLA-DRB1位点的CWD有47种(99.8％),并发现少量在中国人群未报道的罕见基因.结论 本资料从高分辨水平反映了江苏地区汉族人群HLA的分布状况.对指导临床寻找HLA匹配的无关造血干细胞供者,HLA与疾病相关研究和我国人群群体遗传学研究等有重要意义.