骨肉瘤基因组DNA的提取及部分酶切分析

目的比较提取骨肉瘤基因组DNA,建立基因组DNA的最佳部分酶切条件并制备其部分酶切产物。方法采用经典的基因组DNA提取法和改良玻璃棒缠绕法提取骨肉瘤基因组DNA,以限制内切酶Sau3A I部分酶切,采用玻璃珠(SilverBeads)DNA胶回收试剂盒与蔗糖梯度离心回收分离目的片段DNA。结果提取基因组DNA片段大于150 kb,37℃,Sau3A I 1∶4(u/μg)部分酶切骨肉瘤基因组DNA 30 min获得18 kb~23 kb基因片段的富集,制备目的片段DNA。结论经改良玻璃棒缠绕法提取骨肉瘤基因组DNA具有纯度、产量高,方法简单,无蛋白和RNA污染,片段足够长,可被Sau3AI部分酶切,玻璃珠(Sil-ver Beads)DNA胶回收试剂盒和蔗糖梯度离心回收分离目的片段DNA纯度高,无小的DNA片段混入,可满足构建入噬菌体载体(EMBL3)基因组文库。为构建骨肉瘤的入EMBL3载体基因组文库做好了前期工作。     

耐辐射球菌基因组DNA酶切条件的优化

目的研究耐辐射奇球菌Deinococcus radiodurans R1基因组DNA酶切的优化条件,从而获得构建基因文库所需的DNA片段,旨在构建DR菌基因组DNA表达文库,进一步筛选文库中与其有相互作用的蛋白。方法培养耐辐射奇球菌,提取基因组DNA,用Sau3AI酶切DR菌基因组DNA,分别从酶浓度、酶切时间等选择酶切产生的DNA片段集中在0.5-5.0 kb的最佳条件,最后通过琼脂糖凝胶电泳进行检测。结果Sau3AI酶切DR菌基因组DNA的最佳酶浓度为0.125 u/10μL,最佳作用时间为3 h,此条件下DR菌基因组DNA片段主要集中于0.5-5.0 kb。结论优化了DR菌基因组DNA的酶切条件,为进一步构建DR菌基因组DNA表达文库,筛选与高抗辐射相关基因产物的互作蛋白奠定了基础。     

EMBL3DNA用于构建肝豆状核变性患者基因组文库

以EMBL 3 DNA为载体,构建肝豆状核变性(HLD)患者的基因组文库。从HLD患者白细胞提取高分子量DNA,经Sau 3A部分酶解,电泳回收15～23kb DNA片段,EMBL 3 DNA用BamHI及EcoRI进行双酶解,两者经T_4 DNA连接酶连接成重组DNA分子。从E.coli溶原菌BHB2688及BHB2690用冻融法及超声破碎法提取包装蛋白,包装效率为1～8x10~7pfu/μg EMBL 3 DNA。连接分子用包装蛋白体外包装,获得了9.2×10~6个重组子,达到建库要求。     

新疆中麻黄基因组DNA文库的构建

目的:构建新疆中麻黄(EphedraIntermedia)的基因组DNA文库。方法用Sau3AI对所提新疆中麻黄基因组DNA进行酶切,回收15-23Kb之间的酶切产物片段,然后与LambdavectorBamHIArms进行连接、包装形成文库,计算文库重组噬菌体滴度、包装效率。结果,所建文库的重组噬菌体滴度为1×106pfu/ml、包装效率为2×106重组子/μg载体DNA。结论成功构建了基因组DNA文库,为进一步研究奠定了基础。     

新疆O139群霍乱弧菌93006菌株基因组文库的构建

目的：构建我国新疆分离O139群霍乱弧菌菌株(93006菌株)的基因组文库,为研究我国O139群霍乱弧菌的来源及其基因组特征提供资料。方法：制备霍乱弧菌高相对分子质量的基因组DNA,用Sau3AI酶将基因组。DNA部分酶切成平均大小为32∽40kb的片段,将部分酶切并经碱性磷酸酶(CIAP)处理的DNA片段与经XbaI、CIAP、BamHI处理的粘粒载体SuperCosl的载体臂相连接,连接产物经体外包装并转染大肠杆菌XL-BluelMR,经氨苄抗性筛选得到阳性克隆,构建霍乱弧菌的基因组文库。结果：该文库共获得了1200个单克隆,平均插入片段的大小为32kb,空载率为0．05％,相当于9个库容量,从本文库中筛选到任一霍乱弧菌的DNA单拷贝序列的机率为99．98％,该文库能承受7次反复冻溶。结论：成功构建了我国新疆分离O139群霍乱弧菌菌株93006的基因组文库,为进一步克隆霍乱弧菌的基因和研究我国O139群霍乱弧菌的来源奠定了基础。     

恶性疟原虫基因组文库的构建及未知抗原cDNA片段的筛选

恶性疟原虫FCC1／HN株基因组DNA经Sau3AⅠ部分酶切，取14－23kb片段连接入GEW-11λ噬菌体置换型载体构建基因组文库。所得重组体数目为7.3×104pfu，近达构建完整恶性疟原虫基因组文库理论值的10倍。随机挑取该库10个噬菌斑，抽提λDNA，用XhoⅠ酶切，得到14－23kb的插入片段和载体双臂，符合建库要求．以抗体筛选恶性疟原虫cDNA表达文库所获得的未知抗原cDNA片段为探针，在其中筛选到了阳性克隆，为阐明该未知cDNA对应的基因奠定了基础．     

Raji 细胞基因组文库的构建与筛选

目的:构建Raji细胞基因组文库,用EBV DNA探针对文库进行筛选.方法:Raji细胞基因组DNA经Bam HI酶切消化后,低熔点琼脂糖回收9～23 kb的酶切DNA片段,通过匹配黏性末端与磷酸化的Lambda DASH Ⅱ Bam HI酶切载体臂连接,在体外经包装系统包装成活的重组噬菌体,测定原始文库与扩增文库的滴度,用同位素标记的EBV DNA探针对Raji细胞基因组文库进行筛选.结果:Raji细胞原始文库与扩增文库的滴度分别为1.8×105和2.8×108 pfu/mL.文库经筛选获得4个阳性克隆,随机挑取1个阳性克隆稀释后铺平板作进一步杂交鉴定,发现所有噬菌斑均有杂交信号,证明该克隆确为阳性克隆.抽提该阳性克隆DNA,进行BarnHI酶切鉴定,证实插入片段的长度为8.5 kb.经测序、BLAST序列比对,结果显示插入片段一侧为EBV Bam HI W片段,另一侧与人类15号染色体RP11-665A22克隆高度同源.结论:Raji细胞基因组文库的成功构建,为进一步克隆包含EBV整合位点的细胞基因组序列、探讨EBV整合参与肿瘤发生发展的分子机制奠定了基础.     

嗜麦芽寡养单胞菌D2株基因组文库的构建及部分克隆的分析

目的自双齿围沙蚕消化道内分离出的嗜麦芽寡养单胞菌D2株经前期研究发现其具有明显胞外分泌可溶性纤溶酶、蛋白酶等活性。文中构建嗜麦芽寡养单胞菌D2株基因组文库,了解其基因背景。方法用Sau3AⅠ酶切D2株基因组DNA,回收0.2~2kb的DNA片段,连接至pMD18-T质粒载体,转化大肠杆菌JM109,在含有Amp的LB平板上筛选重组子,酶切鉴定后建库保存;随机挑取15个酶切鉴定正确的阳性克隆测序,在网络数据库中进行BLASTX分析。结果共得到转化子约1124个,符合建库要求;经测序证实获得了D2株碱性磷酸酶、AMP-依赖性合成酶、荧光素样单加氧酶等蛋白的结构基因序列。结论成功构建了嗜麦芽寡养单胞菌D2株的基因组文库,为进一步了解该菌的背景及筛选其功能基因奠定基础。     

卡介苗基因组的克隆

以质粒pUC19为载体克隆了卡介苗(即卡介菌,BCG)DNA.Sau3Al部分酶解BCG DNA,通过琼脂糖电泳分离2～9Kb DNA片段.BamHl酶切质粒pUC19,碱性磷酸酶去磷酸化.2～9kb DNA片段与pUC19载体用T4连接酶连接转化大肠杆菌HB101,在含氨苄青霉素(Amp)、5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D-半乳糖苷的LB平板上获得抗Amp白色转化子.随机挑选12个转化子快速提取重组子、电泳检查结果:其中8个分子量扩大.选择5个分子量扩大重组子经BamHl酶切,电泳分析表明DNA插入片段约在2～7kb之间.