念珠状链杆菌引起鼠咬热1例

目的 通过对一株念珠状链杆菌及其引发的鼠咬热病例的回顾性分析,为临床微生物室和临床医生提供诊治经验。方法 病例回顾性分析：患者因被老鼠咬伤左手拇指引起发热就诊,入院后进行血培养,并用美华Ma120、梅里埃Vitek 2细菌鉴定系统、杭州滨河微量生化管、梅里埃TM质谱仪和16SrRNA基因测序进行细菌鉴定。临床给予阿莫西林氟氯西林联合左氧氟沙星抗感染治疗12 d。结果 血培养分离出革兰阴性呈链状、菌体有念珠状肿胀的L型细菌;该菌用美华Ma120、梅里埃Vitek 2细菌鉴定系统、杭州滨河微量生化管、梅里埃TM质谱仪均无法鉴定;16sRNA基因测序结果显示该菌与念珠状链杆菌的相似度为100%;临床确诊为念珠状链杆菌型鼠咬热,用阿莫西林氟氯西林联合左氧氟沙星治疗有效。结论 念珠状链杆菌能引起人类鼠咬热,该菌用16sRNA基因测序能准确鉴定,常规细菌鉴定仪和质谱仪均难以鉴定。临床医生对于有鼠咬史的患者,血液中检出革兰阴性呈链状、菌体有念珠状肿胀的L型细菌时需考虑念珠状链杆菌引发鼠咬热的可能。     

念珠状链杆菌的研究现状

念珠状链杆菌是人类鼠咬热及哈佛山热的主要致病菌,对人和实验小鼠等温血类动物有极强的致病性。近年来,随着城市范围的扩大、宠物种类的增多,被其感染而发病的人数也逐渐增加,尤其是对于生物医学实验工作者来说,该菌已被认为是一种职业危害。为此,部分发达国家已将该菌的感染列为新发感染性疾病的范畴。本文将就其生物学特性、致病性、实验室诊断及流行病学特征等方面的研究现状做一简要综述。     

不同品系小鼠对实验感染念珠状链杆菌敏感性的观察

本文通过念珠状链杆菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｂａｃｉｌｕｓｍｏｎｉｌｉｆｏｒｍｉｓ，Ｓ．ｍ．）实验感染昆明、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ、ＢＡＬＢ／ｃ、ＩＣＲ、ＮＩＨ、ＤＢＡ共６个品系小鼠，观察其对Ｓ．ｍ．敏感性的差异。其中昆明、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ两个品系在腹腔接种后表现出明显的临床、病理改变。昆明小鼠发病率和死亡率分别为９２％和８０％；Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ分别是８０％和１２％。昆明小鼠较之Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ小鼠起病急、病情严重，多数动物死于感染的急性期。其余品系的发病率为：ＮＩＨ８％、ＢＡＬＢ／ｃ和ＤＢＡ４％，没有动物死亡；ＩＣＲ在接种后无任何临床病理改变。在实验感染后临床病理改变方面，昆明小鼠和Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ小鼠间有较大不同。昆明小鼠以末梢血管淤血、四肢尾部水肿、关节炎、截瘫、腹泻为主，而Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ小鼠则以注射部位和其它部位皮下脓肿、化脓性关节炎为主。本研究提示，中国昆明小鼠对Ｓ．ｍ．敏感性最高，可以将其作为“哨兵动物”用于实验大鼠Ｓ．ｍ．的常规监测；不同品系小鼠不仅对实验感染Ｓ．ｍ．的敏感性不同，而且表现出不同的临床病理改变。     

念珠状链杆菌在小鼠群中的自然感染和发病特征的观察

本文在国内首次报告了念珠状链杆菌在清洁级Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ小鼠群中的自然感染，并从临床、病理解剖、病原学及流行病学方面进行了较为详细的观察，在受检的１４例发病动物中，颈部淋巴结肿大、化脓占７１．４％，皮下、肺门淋巴结脓肿分别占５０．０％和２１．４％，多发性关节炎（包括趾、跗关节）占２１．４％，子宫积脓占７．１％，从所有病灶及部分动物的血液、脾、肝、肺、肾均分离到了单一的细菌。该菌在小鼠成功地进行了急性感染实验，受感染动物出现了典型的念珠状链杆菌病的临床及病理特征，即败血症、关节炎、淤血、水肿、紫绀、结膜炎等。所分离的致病菌在病原学上也完全符合念珠状链杆菌的病原学特征。在饲养环境上与发病鼠群有密切关系的其它４个品系小鼠群，即６１５、ＢＡＬＢ／ｃ、ＣＢＡ、ＫＭ，均未波感染，证明在对该菌的易感性方面存在品系差异。     

念珠状链杆菌Taqman MGB荧光定量PCR检测方法的建立与初步应用

目的 建立念珠状链杆菌的实时荧光定量PCR检测方法, 实现该菌在多种实验动物中的快速检测。方法 根据NCBI公布的念珠状链杆菌序列, 设计特异性引物和探针, 通过对24株标准参考菌株的扩增, 验证其特异性、敏感性和重复性。运用所建立的方法对小鼠、大鼠、豚鼠、地鼠、兔、长爪沙鼠和树鼩的共823份呼吸道样本进行检测。结果 用所建Taqman MGB荧光定量PCR方法在小鼠、大鼠、豚鼠、地鼠和兔中未检出念珠状链杆菌;检出普通级长爪沙鼠和树鼩中念珠状链杆菌的阳性率分别为1.5%(1/65)和61.7%(37/60)。结论 本研究所建立的念珠状链杆菌Taqman MGB荧光定量PCR检测方法, 能够对实验动物中念珠状链杆菌进行快速准确的检测, 敏感性优于国标方法, 为实验动物质量检测体系的完善奠定了基础。     

基于全基因组测序的72株耐多药结核分枝杆菌耐药基因突变特征分析

目的 利用全基因组测序(whole genome sequencing, WGS)了解天津地区72株耐多药结核分枝杆菌(multidrug-resistant tuberculosis, MDR-TB)的耐药基因突变特征,评估WGS预测MDR-TB耐药性的效果。方法 收集2020年1—9月天津市结核病控制中心门诊部就诊患者的临床菌株,使用硝基苯甲酸(PNB)培养基进行菌种鉴定和固体比例法药敏试验。排除重复菌株后,筛选出72株MDR-TB进行WGS。使用在线数据库进行数据分析,对表型药敏结果与WGS预测的耐药谱进行比较。结果 72株MDR-TB基因型均为L2分支,准广泛耐药(pre-extensive drug-resistant tuberculosis, pre-XDR-TB)在现代株和古代株中的差异无统计学意义(χ²=0.287,P=0.592)。共发现与12种药物耐药相关基因的突变类型81种,对不同药物耐药的菌株中常见突变类型分别为链霉素：rpsL Lys43Arg;异烟肼：katG Ser315Thr;利福平：rpoB Ser450Leu;乙胺丁醇：emb...     

登革1型病毒GZ2002株全基因组测序与分析

目的对2002年分离自广州登革热患者的1型登革病毒GZ2002株进行全基因组序列测定及分析,为探讨其来源和基因组特征提供依据。方法利用C6/36细胞增殖GZ2002株,出现典型细胞病变后收集感染细胞及病毒液提取R NA。根据5株登革病毒1型标准株AY145123、FJ176780、FJ176779、DVU88536、EF025110全序列设计6对相互覆盖的引物。采用R T-PCR法扩增覆盖GZ2002株基因组全长的6个cDNA片段,并将其分别克隆到pMD-18T载体上,通过序列测定和重叠序列拼接获得全基因组序列。结果 GZ2002株基因组全长10 735 nt,单一阅读框长10 176 nt,推测编码3 392个氨基酸,5’及3’-UTR分别为94 nt和462 nt,无显著的密码子偏嗜性。GenBank登录号:JN205310。系统进化分析显示GZ2002株属于DENV-1型基因IV型。比较不同致病性的DENV-1型毒株发现,随DENV毒株致病力的增强,编码区氨基酸突变位点明显增多。GZ2002株、泰国16007株、柬埔寨株及印度尼西亚98901530株的5’-UTR二级结构高度保守,3’-UTR分析显示强毒力泰国16007株与柬埔寨株均存在高突变区。结论 GZ2002株属于DENV-1型基因IV型,可能与1998年印度尼西亚DENV-1流行株相关,编码区株特有氨基酸变异位点及3’-UTR高突变区的生物学意义值得进一步探讨。     

一组家族遗传性疾病全基因组测序的分析报告

目的:临床上发现一组特殊病例,一个家族4代人中均发现有同一种神经肌肉性疾病的患者,症状具体表现为上肢肘关节有不同程度的伸直受限,下肢踝关节似马蹄样畸形,足部高弓畸形?无明显内翻内收现象?本研究拟通过全基因组测序,探讨其发病的致病基因及分子机制?方法:利用高通量测序技术,分别对患儿?具有相似症状的患儿父亲及健康母亲的血液样本进行全基因组测序?利用生物信息学分析筛选疾病相关基因突变,并进一步收集该家族中的其他患病及健康成员的血液样本,利用PCR技术进行验证?结果:生物信息学分析发现一系列突变基因,包括ANXA3基因突变[chr4,c.C820T(p.R274*)]?ATP6V1E2基因突变[chr2,c.G136A(p.V46M)]和HIST1H3A基因突变[chr6,c.C205T(p.Q69*)]等?基于家族更多成员血液样本的PCR实验结果进一步证实,ANXA3为该疾病潜在的致病基因,突变可导致其蛋白质高级结构的改变,可能与该疾病发生有关?结论:本研究为从分子水平上了解该家族遗传性疾病的发生提供了一定的理论参考?     

远端型遗传性运动神经元病家系全基因组外显子测序研究

【目的】报告1例远端型遗传性运动神经元病(d HMN)家系,对家系进行分子遗传学研究,探寻致病基因,并探讨全基因组外显子测序在临床诊断和研究中的应用价值。【方法】对该家系进行临床及电生理检查,在排除与临床诊断相关已知基因的突变后,先对该家系的先证者和另一旁支的患者进行全基因组外显子测序、生物信息学分析,然后对采集到血样的22名家系成员,包括10例患者进行突变筛查及突变与疾病共分离分析。【结果】全基因组外显子测序、突变筛查及突变与疾病共分离分析结果显示该家系先证者和患者BSCL2基因3号外显子糖基化位点发生p.Ser90Leu突变,为国内首次报导。【结论】d HMN是一类临床和遗传异质性都很强的遗传病,外显子测序是诊断d HMN的有效方法。在研究具有高度遗传异质性的遗传病时,运用外显子组测序技术发现致病性突变比常规的PCR加产物测序更为简便、快速。     

全基因组测序用于宁夏羊种3型布鲁氏菌毒力基因筛选的研究

目的 从3株布鲁氏菌分离株的全基因组序列中筛选出可能导致脑损害的关键毒力基因,为后续筛选布鲁氏菌致脑损害毒力基因的研究奠定基础.方法 通过BCSP31PCR、传统生化实验对3株分离于布鲁氏菌病患者外周血中的布鲁氏菌进行鉴定分型.利用Illumina Hiseq2000平台对3株布鲁氏菌进行全基因组测序与比较基因组学分析,根据文献报道分析筛选出布鲁氏菌的经典毒力基因,通过检索NCBI核酸数据库查找出所选毒力基因的参考序列,利用所选参考序列分别与3株布鲁氏菌全基因组序列做BLAT比对分析.结果 3株布鲁氏菌经BCSP31PCR、传统生化实验鉴定为羊种3型;比较基因组分析显示3株布鲁氏菌与标准株参考序列的同源性比例均达到99.02％.BLAT比对分析发现所选毒力基因wbkA、pgm、hemolysin、hemolysin Ⅲ和Omp25在这3株布鲁氏菌全基因组序列中的比对分数均达到99％以上.结论 本研究所选取的3株羊种3型布鲁氏菌的全基因组中存在经典的毒力基因序列.     

基因扩增联合测序法对痰标本分离的60株真菌病原学鉴定

目的:应用PCR扩增真菌ITS2区基因,结合基因测序法对痰标本中分离的60株真菌进行病原学鉴别。方法:收集痰标本分离的真菌菌落60份及2种真菌标准菌株(白色念珠菌,烟曲霉菌)培养菌落,分别提取基因组DNA,半巢式PCR扩增ITS2区,扩增产物经测序后,结果与NCBI基因库中的核酸序列进行比对,确定致病菌的种属,并对其分布特征进行分析。结果 :2种真菌标准菌株的ITS2区基因序列比对结果与种属一致。痰标本中60株真菌测序鉴定结果为:曲霉菌属24株(其中烟曲霉菌17例、黑曲霉菌3例、黄曲霉菌2例、土曲霉菌1例、变色曲霉1例),青霉菌属3株(小刺青霉菌1株、娄地青霉菌1株、产黄青霉菌1株),念珠菌属29株(白色念珠菌20株、热带念珠菌3株、近平滑念珠菌2株、光滑念珠菌2株、鲁西坦念珠菌1株、季也蒙毕赤酵母菌1株),其它丝状菌还有暗孢节菱孢菌2株,淡紫拟青霉菌1株和串珠状赤霉菌1株。结论:基因测序法能快速、简便、准确地鉴别痰培养的真菌种属,为本地区呼吸道真菌性疾病病原菌流行病学调查及个性化治疗奠定基础。     

从少量人源粪便中分离隐孢子虫用于全基因组测序的研究

目的 直接从少量人源粪便样本中分离、纯化隐孢子虫卵囊,提取并扩增DNA,使其浓度和纯度符合全基因组测序（WGS）要求。方法 2013年12月-2014年10月收集来自美国佛罗里达州、爱达荷州和缅因州11份少量人源隐孢子虫粪便样本,每份200 mg,使用免疫磁珠分离（IMS）进行纯化卵囊;2014年8-12月收集来自美国农业部52份牛源隐孢子虫粪便样本作为对照,每份2 000 mg,采用饱和蔗糖、氯化铯密度梯度离心法和IMS等方法纯化卵囊。均使用QIAamp DNA Mini试剂盒提取基因组DNA,然后采用REPLI-g MIDI试剂盒进行全基因组扩增（WGA）;最后通过定量PCR(qPCR)对WGA产物进行评估。结果 11份人源隐孢子虫WGA产物的DNA浓度为68.00～257.80 ng/μL。qPCR对隐孢子虫小亚基rRNA基因（SSU rRNA）扩增显示,11个分离株的循环数阈值（Ct）范围为8.92～19.23, Ct值越小表明隐孢子虫基因组DNA浓度越高;其中有6个分离株Ct <15,54.54%的分离株满足WGS要求。52份牛源隐孢子虫WGA产物的DNA浓度为27.2...     

一株利奈唑胺耐药粪肠球菌的全基因组测序和序列比较

目的研究利奈唑胺耐药粪肠球菌的全基因组序列,并探讨与其它肠球菌序列的差异。方法从1例男性急性白血病患者的气管分泌物中分离到粪肠球菌株Deng1(E.fecalis Deng1)。通过Illumina Hiseq2000和Roche454 FLX+进行高通量全基因组鸟枪法测序(high-throughput whole-genome shotgun sequencing)。基因组Contigs和scaffolds通过Newbler汇编软件分析。基因组gap closures通过Sanger测序法确定。通过Phred/Phrap/Consed软件构建圆环型的基因组图,并通过软件Prokaryote Genomes Automatic Annotation Pipeline(PGAAP)进行基因组注释。参考序列和粪肠球菌Deng1基因组之间的系统发育分析(phylogenice analysis)通过muscle软件分析。结果 E.fecalis Deng1圆环形基因组包含2,961,043碱基对,GC含量37.5%。基因组含有2 854个编码序列(CDS),62个tRNA的编码基因,以及4个完整的rRNA基因编码的操纵子。E.fecalis Deng1基因组共有443个毒力因子。E.fecalis Deng1基因组致病岛(PAI)约170kb,含有编码溶细胞毒素、肠球菌表面蛋白Esp和Gls-24-样蛋白等的毒力因子,E.fecalis Deng1含有对链霉素高水平耐药的氨基糖苷类6-腺苷酰转移酶基因(aadK),以及与抗生素耐药相关的emea,lsa和tetM基因。结论完成了一株粪肠球菌完整基因组的测序分析,加深了对LZD耐药流行菌株的认识。     

柯萨奇病毒B5河南分离株全基因组序列测定及分析

目的:了解柯萨奇病毒B5( CoxB5)河南分离株全基因特征及与其他肠道病毒基因的关系.方法:采用RT-PCR扩增全基因,采用DNAStar中的SeqMan拼接所测序列,BioEdit进行同源性比较,Simplot进行相似度分析.结果:CoxB5/Henan/2010基因组全长7 401 bp.与原型株Faulkner...