减味寿胎丸治疗自然流产活性成分和作用机制的网络药理学研究

目的 基于网络药理学,筛选减味寿胎丸(JWSTP)主要活性成分,预测其活性成分的作用靶点,探讨JWSTP治疗自然流产(SA)的作用机制.方法 应用中药系统药理学分析平台筛选JWSTP的活性成分和作用靶点,SA的疾病靶点筛选自GeneCards和OMIM数据库,预测JWSTP治疗SA的潜在靶点;对潜在靶点构建蛋白互作网络...     

基于网络药理学探讨丹参对冠心病的作用机制

目的:分析丹参对冠心病的有效活性化合物及其靶点的作用机制。方法:应用中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库筛选出丹参中的潜在化学活性物质及相关靶点蛋白,采用基因组注释数据库平台(Genecards)预测冠心病的作用靶点,并运用uniprot数据库查询与之相对应的基因名称,借助Cytoscape(3.7.2)软件,构建"药物-疾病-靶点"的网络图可视化,通过String数据库平台构建蛋白互作网络,再利用Bioconductor平台和R语言GO富集分析和KEGG富集分析。结果:通过筛选,共获得丹参的化学物质65种,与冠心病相关的关键化学物质54种,丹参-冠心病的共同靶点50个;获得PPI核心基因为ESR1、CCND1、FOS、NCOA1、APP、NR3C1、AR、NCOA2、RELA、EGFR、IL6、NYC、PGR、PPARG、RB1、CASP3;获得73条GO生物学功能包括类固醇激素受体活性、核受体活性、转录因子活性等,和19条相关信号通路,涉及内分泌抵抗;PI3K-Akt信号通路;细胞凋亡等。结论:丹参治疗冠心病体现了中药多成分、多靶点的特点,可以通过各种途径实现对冠心病发生发展过程的调控,为后续实验提供了思路和依据。     

基于网络药理学探讨穿心莲治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 通过网络药理学的方法查找穿心莲重要的活性成分和作用靶点,探讨穿心莲治疗新型冠状病毒性肺炎(COVID-19)的作用机制.方法 应用TCMSP数据库筛选穿心莲的药物活性成分和作用靶点、GeneCards数据库搜索新型冠状病毒性肺炎的靶点,利用Uniprot数据库将靶点蛋白基因标准化.将药物靶点与疾病靶点取交集靶点得...     

基于网络药理学探讨王不留行治疗前列腺肿瘤的机制研究

目的 探索王不留行治疗前列腺肿瘤的可能作用机制.方法 通过中药系统药理学技术平台(TC-MSP)数据库得出王不留行的活性成分,利用GeneCards数据库以及DRAR-CPI服务器筛选王不留行的活性成分及治疗前列腺肿瘤的潜在作用靶点,进而采用Cytoscape 3.7.1软件构建王不留行的化合物-靶点网络图.通过STR...     

基于网络药理学角度探讨当归四逆汤对子宫内膜异位症的干预机制

目的 基于网络药理学探讨当归四逆汤治疗子宫内膜异位症（EMS）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选当归四逆汤有效活性成分及潜在靶点，在Genecard、OMIM和TTD数据库中寻找EMS相关靶点基因取当归四逆汤靶点基因与EMS相关靶点基因共同靶点。通过Cytoscape 3.5.0软件构建“当归四逆汤活性成分-潜在靶点-EMS”网络图。运用String数据库构建构建蛋白质互作（PPI）网络图。对潜在靶点基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果 数据库筛选的得到当归四逆汤有效活性成分151个，与EMS相关潜在作用靶基因71个，KEGG富集通路分析主要包括化学致癌受体激活，脂质和动脉粥样硬化通路等。结论 当归四逆汤具有多活性成分，能通过多靶点，多通路发挥EMS保护作用。     

穿心莲内酯治疗口腔鳞状细胞癌的网络药理学分子机制探析

目的 基于网络药理学研究穿心莲内酯治疗口腔鳞状细胞癌的分子机制。方法 在相关数据库获取穿心莲内酯的潜在作用靶点,筛选口腔鳞状细胞癌的潜在靶点,使用Venny数据库获得其共同靶基因,使用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质互相作用网络图,使用DAVID数据库进行GO富集和KEGG通路分析,使用Cytoscape软件寻找关键靶基因,并使用分子对接进行验证。结果 穿心莲内酯找到100个潜在靶点,口腔鳞状细胞癌找到1990个潜在靶点,两者有31个共同靶基因,GSK3β与JAK2被认为是穿心莲内酯治疗口腔鳞状细胞癌的关键基因。结论 本研究体现了穿心莲内酯治疗口腔鳞状细胞癌的潜在分子机制,为进一步研究口腔鳞状细胞癌的治疗提供新的方案与思路。     

身痛逐瘀汤抗骨关节炎网络药理学研究

目的 运用网络药理学方法 探讨身痛逐瘀汤抗骨关节炎的调控机制.方法 借助中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选身痛逐瘀汤的有效活性成分;结合PubChem数据库等进行靶点预测,利用GeneCards等数据库查找骨关节炎的靶点;药物-疾病交集靶点映射后使用Cytoscape构建成分-靶点网络;通过STRING和...     

基于网络药理学及分子对接探究补肾健脾方治疗慢性乙型肝炎的作用机制

[目的]基于网络药理学和分子对接技术探究补肾健脾方治疗慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)的作用机制。[方法]借助中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、UniProt等数据库筛选活性成分及其对应靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-靶点网络图。通过DisGeNET和STRING数据库构建药物-疾病交集靶点的蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络。采用DAVID数据库进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。对药物核心活性成分和靶点进行分子对接,以验证预测结果。[结果]补肾健脾方包含槲皮素、山奈酚等188个活性成分,以及白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、血清白蛋白(albumin,ALB)...     

基于网络药理学探讨当归治疗阿尔茨海默病的机制

目的 采用网络药理学的方法,预测当归治疗阿尔茨海默病(AD)的潜在作用靶点及其作用机制。方法通过中药系统药理学(TCMSP)数据库筛选当归的主要活性成分,并在Swiss Target Prediction平台对当归活性成分的作用靶点进行预测。通过Genecads数据库筛选AD的主要靶点,将当归有效成分靶点与AD的主要靶点取交集,得到当归治疗AD的靶点。利用String平台构建蛋白质相互作用(PPI)网络,运用Metascape平台进行基因本体(GO)及代谢途径分析数据库(KEGG)进行富集分析。应用Autodock vina软件对网络药理学结果进行验证。结果经筛选获得西多糖苷、豆甾醇、α-胡麻烯、β-谷甾醇等10种当归治疗AD的有效成分,329个潜在药物靶点,当归有效成分与AD共有靶点75个,Sitogluside,beta-sitosterol,Stigmasterol可能是当归治疗AD的关键活性成分。PPI网络分析显示,AKT1、PTGS2、MAPK14可能是当归治疗AD的核心靶点。通路分析提示当归治疗AD的机制可能与cGMP-PKG信号通路、NF-kB信号通路、神经活性配体-受体...     

基于网络药理学探讨牛大力治疗抑郁症的活性成分及分子机制

目的:采用网络药理学方法研究牛大力治疗抑郁症的活性成分及作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)与文献资料检索筛选出牛大力活性成分;运用Swiss Target Prediction预测成分靶点,并从Gene Cards数据库中预测抑郁症相关靶点;同时,采用Cytoscape 3.2.1软件构建活...     

菟丝子—黄芪治疗骨质疏松症的网络药理学机制研究

【目的】运用网络药理学方法探讨菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的作用机制。【方法】首先采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和GeneCards数据库,分别筛选菟丝子、黄芪的中药活性成分,中药靶标及骨质疏松症的疾病靶标,将中药靶标一一映射到疾病靶标,得到中药-疾病靶标并构建中药-成分-疾病-靶标调控网络。其次通过构建中药-疾病靶标的蛋白互作网络和条形图,筛选核心靶标。最后将中药-疾病靶标进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,得出中药-疾病靶标涉及的功能和信号通路。【结果】筛选得到菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的21个有效成分和127个中药-疾病靶标,中药-疾病靶标涉及的GO功能主要包括转录激活活性、转录因子活性、辅因子结合、核受体活性、类固醇激素受体活性、RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合、泛素样蛋白连接酶结合、类固醇结合等。中药-疾病靶标涉及的KEGG通路主要包括前列腺癌信号通路、糖尿病并发症的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路、动脉粥样硬化信号通路、结直肠癌信号通路、乙肝信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、小细胞肺癌信号通路、内分泌失调信号通路、细胞凋亡信号通路、乳腺癌信号通路等。【结论】运用网络药理学研究方法可预测出菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的主要活性成分、功能活动和信号通路。     

基于网络药理学预测当归贝母苦参丸治疗前列腺癌作用靶点及细胞内信号转导通路

目的:通过网络药理学方法预测分析当归贝母苦参丸治疗前列腺癌的潜在机制。方法:通过TCMSP数据库检索中药的化学成分和作用靶点,并于UniProtKB网络平台获取每种靶蛋白的基因名。借助CTD等数据库查询疾病靶点。在STRING数据库中构建蛋白-蛋白互作网络（PPI）,于Cytoscape中进行网络可视化分析。通过DAVID数据平台对关键靶蛋白进行分析。结果:从TCMSP数据库中共筛选得到26个药物有效成分。PPI网络包括135个药物疾病交集靶基因,关键蛋白为34个。基因本体论（GO）分析这些靶基因涉及生物功能条目最多,共290个。京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路主要涉及肿瘤信号通路等。结论:当归贝母苦参丸治疗前列腺癌是多靶点、多通路协同作用的结果,能够通过抑制细胞增殖,促进细胞凋亡,抑制迁移以及抑制肿瘤血管生成等多方面发挥其抗肿瘤作用。     

基于网络药理学探讨益气补肺颗粒对肺癌的免疫调节机制

目的 利用网络药理学方法探讨益气补肺颗粒对肺癌的免疫调节机制。方法应用中药系统药理学数据库分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、公共化合物数据库(PubChem)、药物靶点预测数据库(Swiss Target Prediction)及人类基因数据库(the Human Gene Database,GenCards)分别获得药物成分、药物潜在靶点和肺癌相关靶点,将二者交集靶点通过String数据平台进行药物-疾病蛋白质互作网络构建,进而利用Cytoscape软件筛选出关键药物成分和核心靶点。通过Webgestalt数据平台进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析;运用AutoDock进行分子对接。结果益气补肺颗粒含有潜在活性成分129个,主要成分包括3-甲氧基光甘草定、甘草酚、菜豆醇、7-甲氧基...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨血必净注射液治疗新型冠状病毒肺炎的潜在靶标及机制

Objective To explore the potential regulatory mechanism of Xuebijing injection in the treatment of COVID-19 by using network pharmacology and molecular docking methods. Methods Corresponding target genes of all the active ingredients of Xuebijing injection were obtained by using the pharmacological database and analysis platform of TCM System (TCMSP). And intersections with the COVID-19 gene-related targets in GeneCards database, OMIM database, PharmGkb database, TTD database and DrugBank database using the R programming language. Thus, the core target of Xubijing injection in COVID-19 treatment was obtained; Cytoscape 3.7.2 software was used to construct TCM - compound - target network; PPI network of intersection target was obtained by STRING; Utilized data packets to perform gene ontology (GO) functional enrichment analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway enrichment analysis to predict the mechanism of overlapping targets. Finally, molecular docking technology was implemented to dock key active ingredients with PPI core protein. Results GO functional enrichment analysis included 1 818 biological processes (BP), 20 cellular components (CC) and 89 molecular functions (MF). The first 30 KEGG related pathways involved inflammation and immune response, such as rheumatoid arthritis signaling pathway, IL-17 signaling pathway, Th17 cell differentiation pathway, hypoxia-inducible factor (HIF-1) signaling pathway, JAK-Stat signaling pathway, inflammatory bowel disease signaling pathway, NF-κB signaling pathway, etc. Quercetin, cryptotanshinone, luteolin, β -carotene can affect IL1B, STAT3, AKT1, VEGFA and other overlapping targets. Meanwhile, quercetin may exert anti-inflammatory, antiviral and immune responses through IL1B binding to treat COVID-19. Conclusion This study reveals that chemical components in Xuebijing injection are involved in multiple biological processes and pathways in COVID-19 treatment through binding to key target proteins. © 2022. China Tropical Medicine. All rights reserved.     

川芎通过多成分、多靶点、多信号通路和多生物学功能发挥抗肺癌脑转移作用

目的 利用网络药理学方法和分子对接技术研究川芎治疗肺癌脑转移的潜在分子机制。方法 通过中药系统药理学分析平台TCMSP数据库获取川芎的化学成分和作用靶点；通过GeneCards数据库筛选肺癌脑转移的相关靶点；借助Clusterpro-filerR包进行GO和KEGG富集分析；利用Cytoscape及STRING数据库构建川芎“活性成分-靶点-疾病”网络、蛋白相互作用网络，根据拓扑学参数筛选川芎治疗肺癌脑转移的核心成分及作用靶点，并将两者进行分子对接；最后，通过川芎处理人肺癌细胞PC9，运用Western blot法检测相关蛋白表达对核心靶点进行初步验证。结果 本研究共筛选出（Z）-藁本内酯、丁苯酞、油酸、杨梅酮等48个有效成分；INS、BDNF、FOS、VEGFA、PTGS2、ESR1、MAPK14、PTGS1等49个靶点蛋白；核受体活性、配体激活、转录因子活性等57个生物学功能；Prolactin signaling pathway、Breastcancer、Etrogen signaling pathway等40条信号通路。分子对接结果显示，杨梅酮、丁苯酞、4-羟基-3丁基苯酞、（Z）藁本内酯、洋川芎内酯-E等成分与BDNF、FOS、PTGS2、MAPK14等7个核心靶点有较强亲和能力。Western blot结果显示，0.1 mol/L和1 mol/L川芎处理肺癌细胞PC9后PI3K的磷酸化水平分别为（86.51±13.09）%、（71.58±5.56）%，AKT的磷酸化水平分别为（87.49±13.09）%、（71.47±13.02）%，VEGF的水平分别为（84.39± 8.95）%、（80.65±10.07）%，且差异均具有统计学意义（P<0.01）。结论 川芎通过多成分、多靶点、多信号通路和多生物学功能发挥抗肺癌脑转移的作用。     

基于网络药理学探讨三七抗急性肺损伤相关分子机制

目的:利用网络药理学的方法研究三七抗急性肺损伤的相关分子机制。方法:利用TCMSP数据库获取三七的活性成分,再通过药物动力学参数筛选出主要活性成分,并通过文献予以补充;通过Swiss Target Prediction数据库获取各活性成分靶点;通过Gene Cards、OMIM、Dis Ge NET数据库获取急性肺损伤靶点;利用STRING数据库进行蛋白质相互作用分析,采用Cytoscape3.7.2构建PPI网络并挖掘出其潜在蛋白质功能模块;采用Metascape平台对三七抗急性肺损伤靶点进行GO分类富集分析和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出9个活性成分,槲皮素、人参皂苷Rh2和人参皂苷Rg1等可能为三七抗急性肺损伤作用的主要活性成分,核心靶点有PIK3CA、AKT1、PIK3R1、VEGFA、EGFR等。三七抗急性肺损伤作用可能涉及的通路有磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、血管内皮生长因子（VEGF）信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路等。结论:本研究初步揭示了三七抗急性肺损伤的多成分、多靶点、多通路的作用机制。     

基于网络药理学探讨何首乌-丹参治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的应用网络药理学方法预测何首乌-丹参抗阿尔茨海默病(AD)的作用靶点及相关信号通路,挖掘其抗AD的作用机制。方法通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)网站检索何首乌-丹参的活性成分及对应的作用靶点,再通过Drugbank数据库、Dis Ge NET数据库和TTD数据库获得AD的主要致病靶点,采用Cytoscape 3.7.1软件构建药物活性成分-靶点网络图,利用STRING数据库构建蛋白与蛋白相互作用网络,然后运用生物信息学的方法对关键靶点进行基因功能分析和通路富集分析,最后采用MTT法、ELISA法、比色法和实时荧光定量PCR法对网络药理学主要预测的生物过程与信号通路进行验证。结果研究共筛选出何首乌-丹参药对的有效成分24个,对应靶点274个,与AD相关靶点共107个,相关信号通路前10条,GO分析相关度前20个靶点分子功能。细胞实验证实了何首乌-丹参能有效提高PC12细胞的细胞存活率及抑制PC12细胞的炎症反应和氧化应激反应,并促进Nrf2/HO-1信号通路的激活。结论何首乌-丹参主要是通过抗炎和抗氧化应激对AD产生重要的治疗作用,为后续临床治疗AD提供新的思路。     

基于网络药理学和分子对接研究喘可治注射液治疗支气管哮喘的机制

目的 应用网络药理学和分子对接,研究喘可治注射液治疗支气管哮喘的活性成分–靶点–通路及作用机制。方法 借助TCMID和TCMSP数据库、ChemicalBook平台及文献检索获取喘可治注射液中淫羊藿和巴戟天的主要活性成分,运用TCMSP、SwissTargetPrediction、PubChem、GeneCards数据库筛选活性成分靶点,从GeneCards、CTD数据库中获得支气管哮喘靶点,在STRING平台构建蛋白–蛋白相互作用网络,使用OmicShare云平台、DAVID数据库、Origin软件对靶点进行KEGG通路和GO生物过程分析,利用Cytoscape软件构建活性成分–靶点–通路网络图,采用AutoDuck Tools软件对关键活性成分和关键靶点进行分子对接。结果 从喘可治注射液中筛选出9个活性成分,作用于66个支气管哮喘相关靶点,其中18个关键靶点涉及13条主要信号通路,参与12条主要生物过程。由分子对接可知喘可治注射液中关键活性成分淫羊藿次苷I、蔗果四糖与支气管哮喘关键靶点结合度较高。结论 喘可治注射液可通过多靶点、多通路、多机制治疗支气管哮喘。     

基于网络药理学和分子对接探讨当归建中汤治疗痛经的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨当归建中汤治疗痛经的有效成分、潜在靶点及作用通路,阐述其作用机制.方法:通过TCMSP网站建立当归建中汤有效成分与靶点数据库,利用CTD、DisGeNET、Drugbank数据库筛选痛经相关的靶点,对药物靶点与疾病靶点取其交集,利用STRING数据库构建PPI蛋白作用关系,clus...