基于网络药理学探讨穿心莲治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 通过网络药理学的方法查找穿心莲重要的活性成分和作用靶点,探讨穿心莲治疗新型冠状病毒性肺炎(COVID-19)的作用机制.方法 应用TCMSP数据库筛选穿心莲的药物活性成分和作用靶点、GeneCards数据库搜索新型冠状病毒性肺炎的靶点,利用Uniprot数据库将靶点蛋白基因标准化.将药物靶点与疾病靶点取交集靶点得...     

穿心莲治疗肺炎网络药理学分子机制研究

目的 采用网络药理学方法研究穿心莲治疗肺炎的作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对穿心莲的成分及靶点进行收集,通过比较毒物基因组学数据库(CTD)对肺炎的疾病靶点进行收集,并把收集到的药物靶点与疾病靶点进行匹配;使用Cytoscape建立药物成分-靶点网络图和靶点蛋白网络图;基于Clue...     

基于网络药理学的半夏抗癌活性成分及作用机制研究

目的 构建半夏抗癌的"成分-靶点-通路"网络,探究半夏可能抗癌活性成分及其潜在作用机制.方法 通过文献和TCMSP数据库查找半夏化学成分,采用类药性(DL)以及口服生物利用度(OB)评估筛选活性成分;根据反向药效团匹配方法,利用Drugbank、Pharmmapper数据库筛选半夏活性成分潜在靶点基因,通过GeneCa...     

基于网络药理学分析土茯苓治疗乳腺癌的作用机制

目的 基于网络药理学分析土茯苓治疗乳腺癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库分析平台（the Traditional Chinese Medicine Database Analysis Platform,TCMSP）获取土茯苓的主要活性成分及其靶点。以TCMSP预测的活性成分为基础,通过Swiss、SEA、TCMSP和PharmMapper数据库预测、合并土茯苓主要活性成分的靶点;从OMIM、CTD、Genecards、PharmGKB和DisGeNET数据库获取乳腺癌主要作用靶点;通过取交集到土茯苓与乳腺癌的共同靶点;STRING数据库对共同靶点进行蛋白-蛋白相互作用（protein-protein interaction network,PPI）分析、Cytoscape 3.8.2软件构建PPI网络;采用Metascape平台对核心靶点进行GO富集分析与KEGG信号通路富集分析,并利用微生信在线绘图平台进行可视化处理。结果 从土茯苓中筛选得到15种活性成分及614个作用靶点,与2 195个乳腺癌相关靶点取交集,得到273个共同靶点;土茯苓治疗乳腺癌的有效活性成分有异黄杞苷、花旗松素、槲皮素、柚皮素、落新妇苷、谷甾醇、β-谷甾醇、豆甾醇和薯蓣皂苷元等;关键靶点为RAC-α丝氨酸／苏氨酸-蛋白激酶、肿瘤细胞抗原、表皮生长因子受体等;涉及生物学通路较多,主要功能有细胞代谢、细胞生长、细胞增殖、转移、凋亡和血管生成等,且多数通路与PI3K/AKT信号通路相关。结论 土茯苓治疗乳腺癌具有多成分、多靶点、多通路的特点,通过分子网络的内在联系预测到土茯苓可能通过PI3K/AKT信号通路发挥治疗乳腺癌的作用,这为其实验研究和临床应用提供了一定的理论基础。     

柴胡多组分协同治疗乳腺癌作用机制的网络药理学研究

目的:运用网络药理学方法筛选柴胡治疗乳腺癌的有效成分和作用靶点,探究其成分-靶点-疾病的关系。方法:通过中药系统药理学数据库信息挖掘及文献检索收集筛选柴胡的活性成分;多个数据库联用筛选柴胡的作用靶点及乳腺癌疾病相关基因,构建成分靶点-疾病靶点的可视化网络拓扑关系图,筛选出核心靶点。进一步进行蛋白互作网络分析、GO生物学过程富集、信号通路富集分析。结果:柴胡的11个活性成分可通过调控PTGS2、NOS2、AR、ESR2等52个乳腺癌疾病靶点,影响类固醇激素受体活性等生物学过程及内分泌抵抗、铂耐药、乳腺癌相关信号通路,从而发挥治疗乳腺癌的作用。结论:本研究初步验证了柴胡治疗乳腺癌的靶点及作用方式,可为进一步揭示其作用机制奠定基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨枳实治疗乳腺癌的作用机制

目的:探讨枳实治疗乳腺癌的有效活性成分及其潜在机制.方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)分析枳实中的化合物,筛选其活性成分和潜在靶标,采用Cytoscape 3.7.2软件对枳实化合物-靶点网络进行构建,...     

基于网络药理学的左归丸治疗骨质疏松作用机制探讨

目的:采用网络药理学方法探究左归丸对治疗骨质疏松的有效活性成分、作用靶点和潜在分子机制.方法:利用TC-MSP数据库预测左归丸活性成分,筛选潜在的活性成分及作用靶点,在GeneCards数据库检索出骨质疏松相关的疾病靶点基因,通过Drugbank和Uniprot数据库筛选后,得到左归丸—骨质疏松疾病交集基因.采用Cyt...     

基于网络药理学探讨女贞子治疗动脉粥样硬化的作用机制

[目的] 基于网络药理学和生物信息学方法分析女贞子治疗动脉粥样硬化的分子生物学机制。[方法] 基于TCMSP数据库与文献挖掘女贞子中化学成分; 利用PharmMapper网站预测女贞子化学成分靶点, 构建"成分-靶点"网络; 利用TTD、DisGeNET、DrugBank数据库筛选与AS疾病作用相关靶点。利用Cytoscape软件对化合物靶点和AS疾病靶点进行网络拓扑分析。利用STRING数据库对共有靶点构建PPI网络, 进行GO分析和KEGG分析。采用油红O染色和检测细胞内总胆固醇含量评价红景天苷和毛蕊花糖苷抗动脉粥样硬化活性。[结果] "成分-AS疾病靶点"网络显示14个活性成分和170个疾病靶点; 女贞子化学成分和动脉粥样硬化共同靶点9个; GO分析确定352个条目, KEGG通路富集结果确定了14条与AS相关的通路。细胞实验显示红景天苷和毛蕊花糖苷显著减少泡沫细胞的形成, 降低细胞内胆固醇含量。[结论] 女贞子中苯乙醇苷类化合物可能通过调节AMPK、PPAR信号通路调节胆固醇代谢发挥抗动脉粥样硬化作用。     

基于网络药理学探讨丹参对冠心病的作用机制

目的:分析丹参对冠心病的有效活性化合物及其靶点的作用机制。方法:应用中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库筛选出丹参中的潜在化学活性物质及相关靶点蛋白,采用基因组注释数据库平台(Genecards)预测冠心病的作用靶点,并运用uniprot数据库查询与之相对应的基因名称,借助Cytoscape(3.7.2)软件,构建"药物-疾病-靶点"的网络图可视化,通过String数据库平台构建蛋白互作网络,再利用Bioconductor平台和R语言GO富集分析和KEGG富集分析。结果:通过筛选,共获得丹参的化学物质65种,与冠心病相关的关键化学物质54种,丹参-冠心病的共同靶点50个;获得PPI核心基因为ESR1、CCND1、FOS、NCOA1、APP、NR3C1、AR、NCOA2、RELA、EGFR、IL6、NYC、PGR、PPARG、RB1、CASP3;获得73条GO生物学功能包括类固醇激素受体活性、核受体活性、转录因子活性等,和19条相关信号通路,涉及内分泌抵抗;PI3K-Akt信号通路;细胞凋亡等。结论:丹参治疗冠心病体现了中药多成分、多靶点的特点,可以通过各种途径实现对冠心病发生发展过程的调控,为后续实验提供了思路和依据。     

基于网络药理学探讨白花蛇舌草-半枝莲抗肝细胞癌的作用机制

[目的]基于网络药理学探讨白花蛇舌草-半枝莲药对治疗肝细胞癌的潜在靶点及作用机制。[方法]利用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索白花蛇舌草和半枝莲活性成分,导入Drugbank数据库进行蛋白靶点匹配,使用GeneCards数据库、人类在线孟德尔遗传(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)数据库、治疗目标数据库(Therapeutic Target Database,TTD)、Drugbank、肝细胞癌肿瘤数据库(Oncogenomic Database of Hepatocellular Carcinoma,OncoDB.HCC)和Liverome数据库等获取肝细胞癌相关靶点,运用Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点”网络,String数据库构建蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,并通过网络拓扑分析筛选关键成分及核心靶点,最后利用R语言及Cluego对预测得到的核心靶点进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。[结果]白花蛇舌草-半枝莲药治疗肝细胞癌的潜在靶点 89个,通过网络拓扑分析筛选得到6个核心靶点、5种关键成分。GO功能富集分析显示,白花蛇舌草-半枝莲药对主要参与细胞增殖、细胞凋亡、炎症反应和血管生成等生物学途径。KEGG通路富集分析显示,p53抑癌基因通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(phosphatidylinositol-3-kinase/protein kinase B,PI3K-Akt)通路、缺氧诱导因子-1(hypoxia inducible factor-1,HIF-1)通路、核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)通路、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)通路等是其关键信号通路。[结论]白花蛇舌草-半枝莲药对中有效成分主要是槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇等,通过调节p53、PI3K-Akt、HIF-1、NF-κB和VEGF等信号通路抑制肝癌细胞增殖,并促进细胞凋亡,减少炎症反应,抑制血管生成,从而实现对肝细胞癌的治疗作用。     

菟丝子—黄芪治疗骨质疏松症的网络药理学机制研究

【目的】运用网络药理学方法探讨菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的作用机制。【方法】首先采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和GeneCards数据库,分别筛选菟丝子、黄芪的中药活性成分,中药靶标及骨质疏松症的疾病靶标,将中药靶标一一映射到疾病靶标,得到中药-疾病靶标并构建中药-成分-疾病-靶标调控网络。其次通过构建中药-疾病靶标的蛋白互作网络和条形图,筛选核心靶标。最后将中药-疾病靶标进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,得出中药-疾病靶标涉及的功能和信号通路。【结果】筛选得到菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的21个有效成分和127个中药-疾病靶标,中药-疾病靶标涉及的GO功能主要包括转录激活活性、转录因子活性、辅因子结合、核受体活性、类固醇激素受体活性、RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合、泛素样蛋白连接酶结合、类固醇结合等。中药-疾病靶标涉及的KEGG通路主要包括前列腺癌信号通路、糖尿病并发症的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路、动脉粥样硬化信号通路、结直肠癌信号通路、乙肝信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、小细胞肺癌信号通路、内分泌失调信号通路、细胞凋亡信号通路、乳腺癌信号通路等。【结论】运用网络药理学研究方法可预测出菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的主要活性成分、功能活动和信号通路。     

基于网络药理学结合分子对接探讨中药枸骨叶抗肿瘤的作用机制

目的 从网络视角出发,探讨枸骨叶抗肿瘤的的可能作用机制,为其临床使用提供依据.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医百科全书数据库(ETCM)及查阅相关文献,获取枸骨叶的有效成分及潜在靶点.利用人类基因组注释数据库(GeneCards)结果对比,获得枸骨叶与肿瘤重合的潜在靶点基因,并通过Cytos...     

基于网络药理学的健脾解毒方抗结直肠癌的作用机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接研究健脾解毒方的抗结直肠癌作用机制.方法 运用TCMSP、TCMID、ETCM数据库预测健脾解毒方有效成分及其作用靶点,利用GeneCards数据库检索肿瘤相关靶点,并进行药物-疾病靶点匹配.将共同靶点导入Cytoscape 3.7.2构建PPI网络并进行网络拓扑分析筛选关键靶点.通过R ...     

基于网络药理学探究蒲参胶囊治疗高脂血症的作用机制

目的?基于网络药理学方法,构建蒲参胶囊药效物质靶点网络,分析其功效物质基础和作用靶标,阐述其治疗高脂血症的可能分子机制,为蒲参胶囊抗高脂血症的实验研究提供思路。方法?首先基于Arrowsmith非文献预测工具探讨蒲参胶囊各味中药及其组分和高脂血症的相关性。其次运用中药成分数据库联合Percepta平台ADME/T预测功能筛选蒲参胶囊药效活性成分,于Similarity Ensemble Approach,STITCH和Benchmark Database分子靶点网站确定活性成分作用靶点。接着使用GeneCards搜索高脂血症相关疾病靶点,联合活性化合物作用靶点,确定药物作用与高脂血症的共同潜在靶标,并使用Cytoscape将结果可视化展示,最后通过使用KEGG数据库及DAVID数据库进行靶标注释与分类。结果?通过Arrowsmith分析得出,蒲参胶囊各味中药药物作用靶点和高脂血症以及其相关疾病如“动脉粥样硬化”“糖尿病”等具有显著相关性,提示蒲参胶囊对这些疾病具有治疗作用。通过药理学方法筛选出活性成分共75个,主要作用靶标有261个,关键靶点和炎症反应相关。基于KEGG和DAVID数据库总结蒲参胶囊发挥活血化瘀,滋阴化浊的治疗作用主要可能是通过以下几条信号通路:①AGE-RAGE信号通路;②Malaria相关途径;③乙型肝炎相关途径;④VEGF信号通路;⑤肿瘤相关途径。结论?蒲参胶囊治疗高脂血症是通过多靶点、多通路共同作用,主要作用环节集中在抑制慢性炎症的发生发展。      

附子理中汤治疗2型糖尿病的网络药理学机制

[目的]探讨附子理中汤治疗2型糖尿病(T2DM)的网络药理学机制.[方法]在中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索附子理中汤的主要有效成分、对应的靶点基因,通过人类基因数据库(GeneCards)获得2型糖尿病的相关靶点基因,将药物有效成分靶点与2型糖尿病靶点相映射,获得交集靶点即为附子理中汤作用于2型糖尿病的预测靶...     

基于网络药理学探讨聚精助育汤治疗不育症的分子机制

目的 聚精助育汤为临床治疗不育症的自拟复方,疗效确切,其药效机制尚未阐明。方法 利用TCMSP数据库收集聚精助育汤的化合物及其靶点,利用Gencards数据库收集不育症相关疾病靶点,利用STRING 11.0 数据库分析聚精助育汤-不育症共同靶点的蛋白质相互作用(PPI),应用Cystoscape 3.8.0软件进行核心基因的筛选,GO的生物过程(biological process,BP)、分子功能(molecular function,MF)、细胞组分(cell component,CC)富集分析,使用String数据库,使用R 4.0.3软件,绘制气泡图、柱状图。将成分-疾病-通路-靶点等导入系统进行通路网络图的绘制。结果 经过检索、筛选,共获得聚精助育汤化合物248个,化合物潜在靶点2 238个,不育症相关疾病基因1 369个,聚精助育汤-不育症共同靶点185个。网络药理学分析结果表明,槲皮素、木犀草素、山奈酚、γ-氨基丁酸等是聚精助育汤的主要活性成分,ESR1、IL2、FOS、NFE2L2等是聚精助育汤治疗不育症的主要靶点,共同靶点富集于PI3K-AKt等多个信号通路,调节细胞、凋亡、基因转录等生物学过程。结论 初步确定了聚精助育汤治疗不育症的机制及作用靶点,为后续研究提供参考。     

基于网络药理学探讨新伤湿敷液治疗软组织损伤的作用机制

目的 采用网络药理学及分子对接技术探讨新伤湿敷液治疗软组织损伤的成分、靶点、通路三者之间的相互作用机制.方法 通过文献查找及TCMSP数据库获取新伤湿敷液活性成分,利用TCMSP及SWISS数据库获取对应靶标并与Gene Cards、OMIM数据库所获疾病靶标交集以得到核心靶点,基于STRING平台构建靶点相互作用网络...     

基于网络药理学五苓散改善糖尿病肾病作用机制研究

目的基于网络药理学方法探讨五苓散改善糖尿病肾病的作用机制。方法借助TCMSP中药系统药理学分析平台收集五苓散全方5味中药的化合物及有效靶点;利用GeneCards数据库筛选疾病靶点,取交集并绘制维恩图;运用Cytoscape软件构建疾病-药物-活性成分-关键靶点网络;从STRING数据库构建靶点蛋白互作(PPI)网络;进行基因功能GO分析和KEGG通路富集分析。结果获得50个活性化合物,药物靶点29个,疾病靶点2572个,交集靶点21个。PPI网络关键靶点包括CASP3、ESR1、RELA、AR等。GO功能分析主要糖尿病肾病(DN)结合转录激活活性RNA聚合酶II特异性、类固醇激素受体、类固醇结合、核受体活性、转录因子活性直接配体调节的序列特异性DNA结合等相关。通过分析富集的KEGG通路可以发现,糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎、细胞凋亡、甲型流感可能是本方发挥作用的主要信号通路。结论本研究初步预判五苓散可能通过靶向作用关键蛋白和重要通路达到改善糖尿病肾病的效用,有望对中药复方防治糖尿病肾病提供新的证据和研究思路。     

基于网络药理学探讨人参有效成分对骨关节炎的保护作用机制研究

目的：运用网络药理学技术探究人参有效成分对骨关节炎的作用机制。方法：利用TCMSP 数据库筛选人参主要活性化合物和药效基因靶点,并利用GeneCards 和OMIM 数据库筛选骨关节炎相关的靶基因。利用R 语言对人参和骨关节炎相关靶基因取交集,筛选出人参活性化合物治疗骨关节炎的基因靶点,通过Cytoscape 软件绘制基因网络,并用String 数据库构建人参- 蛋白互助图,筛选出核心靶基因,最后采用R 语言对筛选基因靶点进行GO 及KEGG 通路分析。结果：筛选得到人参22 种活性化合物,可能参与治疗骨关节 炎的基因靶点共51 个。获得144 条GO 生物学过程和143 条KEGG 信号通路,主要富集AGE-RAGE、Fluidshear stress and atherosclerosis 和IL-17 等信号通路。结论：人参治疗骨关节炎的作用机制可能与通过抗细胞炎症,降低细凋亡等有关。