浙江省衢州市一起基孔肯雅热疫情流行病学调查

目的了解浙江省衢州市一起基孔肯雅热(CHIK)的流行特征,探索有效的防控策略,为今后防控工作提供依据。方法对病例进行流行病学个案调查,采用实时荧光定量PCR检测患者血清中登革热病毒和基孔肯雅病毒(CHIKV)核酸,结合CHIK疫情流行情况,提出防控策略。结果 4例病例经实验室检测CHIKV核酸均为阳性,其中1例病例曾有孟加拉国旅行史,3例本地病例与首例病例同村居住,且无外出旅行史。经过实施病例搜索及疫点灭蚊等综合防控措施,该起疫情得到有效控制。结论该起疫情是浙江省首起由输入性CHIK病例引起本地病例的案例,加强出入境检疫、开展医疗机构症状监测和控制传播媒介密度是预防控制CHIK的重要措施。     

基孔肯雅病毒LAMP检测方法的建立及其应用研究

目的:建立快速、灵敏、特异的基孔肯雅病毒(CHIKV)环介导等温基因扩增(LAMP)检测方法,将该方法应用于基孔肯雅热(CHIK)可疑患者的快速筛查。方法:根据CHIKV核酸序列多重比对结果设计并合成LAMP专用的扩增引物,摸索最佳反应条件,建立灵敏、特异的CHIKV核酸LAMP检测新方法;应用该方法对疑似患者血清中提取的核酸进行快速检测。结果:本方法对CHIKV样本的检测灵敏度达到27拷贝/反应,检测灵敏度高于普通PCR法,略低于实时荧光PCR法。本方法快速、灵敏,并具有较高的特异性和很好的重复性,可在两小时内对CHIK疑似病例进行准确诊断。利用本方法对入境CHIK患者及国内患者样本进行检测,均取得了良好的效果。结论:本方法适合国境口岸一线及基层卫生机构对CHIK可疑患者进行快速检测,对防止CHIK疫情向我国的传播及保障我国公共卫生安全均具有重要意义。     

广州市2010 年新发现一株基孔肯雅病毒基因特征研究

基孔肯雅热（CHIK）是由CHIK病毒（CHIKV）经伊蚊传播的一种急性传染病。2010 年广州市疾病预防控制中心监测到1 名疑似登革热发热症状的患者,血样经实验室检测显示登革病毒核酸为阴性,CHIKV核酸为阳性,继而分离获得1 株CHIKV。采用RT-PCR 扩增此毒株的全基因并测序,与GenBank 中的中国地区和全球代表株进行全基因进化分析,以了解其序列特征和可能的传播来源。     

中国基孔肯雅热暴发疫情关键控制措施效果模拟

目的 应用常微分方程(ODE)模型研究基孔肯雅热(CHIK)在社区暴发及流行的传播动力学规律,并评价灭蚊、病例隔离等关键控制措施的效果。方法 根据CHIK的疾病自然史建立适合CHIK暴发特点的ODE模型。收集中国CHIK暴发疫情数据,将模型与实际疫情数据拟合,获得模型关键参数,模拟无干预情况下的暴发疫情特点。然后加入灭蚊和隔离措施,评价不同干预措施的防控效果。结果 ODE模型显示,在无干预的情况下,在11 000人的社区中输入1例病例,累计发病人数将超过941人,罹患率超过8.55%。不同时间采取隔离措施,结果显示,由于病毒已经在蚊虫中持续存在了一定时间,隔离效果不理想,发病人数和自然状态相比虽有降低,但疫情持续时间却未见减少;不同时间采取灭蚊措施,防控效果显著,越早灭蚊,效果越好;“灭蚊+隔离”措施的效果与只采取灭蚊措施的效果相同。结论 在CHIK的暴发疫情处置中,最重要的防控措施为灭蚊,但在不能杀灭所有蚊虫时需要采取病例防蚊隔离措施。     

我国南方人鼠虫媒病毒血清流行病学调查

目的 调查我国南方地区虫媒病毒的感染分布情况。方法 应用间接免疫荧光技术,对我国南方11个地区3077份人血清标本和401份鼠血清标本进行了14种虫媒病毒血清流行病学调查。结果 人血清中甲病毒（SIN,CHIK,SF,MAY,RR,SAG和GET）抗体的阳性率分别是0．64％,1．13％,0．64％,0．04％,0．94％,0．11％和0．18％;黄病毒（JE和DEN1－4）抗体的阳性率分别是2．70％和8．60％;布尼安病毒抗体（XHF和SSH）,在海南人群中的阳性率分别是2．66％和5．33％。在海南三亚、琼中和琼海3个地区的鼠中,甲病毒（SIN,CHIK,RR和SF）抗体的阳性率分别是1．80％,6．31％,4．50％和6．31％;黄病毒（JE和DEN1－4）抗体的阳性率分别是3．69％和8．11％;布尼安病毒（XHF和SSH）抗体的阳性率分别是3．10％和3．79％;结论 在我国南方一些地区生活的人群和鼠类不同程度的感染了甲病毒、黄病毒和布尼安病毒。     

深圳市一起输入性基孔肯雅热疫情的分子流行病学研究

目的对2012年深圳市一起输入性疑似基孔肯雅热病例病原学特征进行分析。方法对疑似病例血清标本采用ELISA和荧光PCR方法分别检测基孔肯尼雅病毒Ig M、Ig G抗体和核酸,并用C6/36细胞分离病毒。采用荧光定量逆转录PCR方法扩增病毒结构蛋白基因后进行序列测定,并与不同国家和地区的毒株进行同源性比较和进化树分析。结果深圳市2012年7月报告的一起基孔肯雅热疫情为输入性病例。从病例血清标本中检测到病毒核酸,并成功分离到基孔肯尼雅病毒,将其命名为CHIKV-SZ1239。SZ1239株与非洲原型株S27-African、我国广东省2010年暴发疫情株GD05/2010、印度尼西亚2011年流行株CHIK/SBY83/11在E1基因上核苷酸同源性分别为94.0%、93.1%、98.8%。进化树显示SZ1239株与2011年新喀里多尼亚分离株NC/2011/568亲缘关系最近,其次为印度尼西亚流行株,属于Asian基因型。结论从病原学和分子生物学特征上均证实该例基孔肯雅热输入病例是由基孔肯尼雅病毒Asian基因型引起,病毒遗传特征与印度尼西亚地区流行CHIKV一致。     

云南省西南边境地区人血清虫媒病毒抗体调查

本文报告了云南省西南部4个专州9个县的760份人血清对11种虫媒病毒抗原的血凝抑制抗体检查结果,发现不仅乙脑和登革抗体较普遍,同时也存在其它黄病毒组和甲组虫媒病毒的抗体。
甲组虫媒病毒抗体阳性率平均为36.18%(275/760),其中MAY阳性率最高占总阳性数的68.73%(189/275),其次是CHIK占22.18%(61/275),几何平均滴度(GMT),VEE为164.4,MAY为94.48,CHIK为66.7。有交叉反应的血清178份,占64.73%.
黄病毒组抗体阳性率为77.37%(588/760),其中登革和乙脑阳性率最高,前者为36.58%(278/760,后者为27.89%(212/760),其它病毒的阳性率分别为:KFD22.24%(169/760),MVE22.11%(168/760),KUN18.68%(142/760),POW8.82%(67/760),LGT7.89%(60/760)。黄病毒抗体检查中重复感染者较多,占检查数的33.03%(251/760),占黄病毒组总阳性数的42.69%(251/588)。抗体滴度在1:640以上者有403人,占总阳性人次数的36.64%(403/1100),几何平均滴度为355.8。组内交叉反应率达97.09%。     

果蔬样品中诺如病毒快速检测方法的研究

目的建立果蔬样品表面诺如病毒快速有效的检测方法,评价酸吸附-碱洗脱-PEG沉淀法对果蔬样品表面诺如病毒分离富集的适用性,为诺如病毒疫情的控制和食源性疾病的溯源提供可靠的实验室依据。方法在北京地区采集草莓样品,采用酸吸附-碱洗脱-PEG方法分离富集样品表面病毒颗粒,设计GⅠ和GⅡ的特异性引物和探针,以实时定量RT-PCR法检测病毒核酸。同时优化病毒提取方法,以Mengo病毒做为过程控制对照,制作不同浓度的标准曲线,计算病毒回收率。结果酸吸附-碱洗脱-PEG法病毒回收率为2.36%,符合病毒检测回收率的要求,与其他食源性病毒没有交叉反应,能够应用于日常检测。结论酸吸附-碱洗脱-PEG方法病毒回收率较高,灵敏度和重复性较好,进一步优化后可以应用于果蔬样品的日常检测。     

拉克罗斯病毒和雪靴野兔病毒双重RT-PCR方法的建立

目的建立针对拉克罗斯病毒(LAC)和雪靴野兔病毒(SSH)的双重RT-PCR检测方法。方法分别针对LAC和SSH病毒的S基因设计2对特异性引物,建立同时检测LAC和SSH的双重RT-PCR方法。以黄病毒属的黄热病毒(YFV)、库京病毒(KUNV)、登革病毒(DENV)、乙型脑炎病毒(JEV),布尼亚病毒属的塔希纳病毒(TAHV)和甲病毒属的巴马哈森林病毒(BFV)、玛雅罗病毒(MAYV)、盖塔病毒(GETV)为模板验证方法的特异性,以不同拷贝数的病毒RNA检测该方法的敏感性。结果建立的双重RT-PCR方法能同时扩增到LAC和SSH的目的片段;敏感度分别达到LAC1.41×105copies/μl,SSH 5.6×104copies/μl;与YFV、KUNV、BFV、MAYV无交叉反应。结论建立了双重RT-PCR方法,可用于LAC和SSH病毒的快速检测。     

逆转录-聚合酶链反应用于肾综合征出血热病毒的分型

为建立一种适用基层单位快速进行肾综合征出血热(HFRS)病毒分型的方法,在聚合酶链反应(PCR)检测病毒DNA的基础上,建立检测病毒RNA逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)和套式-PCR方法,以采集的鼠肺和血清标本进行HFRS病毒分型,结果对筛出的3份HFRS病毒阳性鼠肺标本和5份血清均作出准确分型,HFRS病毒均为汉城型.     

水及水产品诺如病毒快速检测技术研究

目的:进行水中病毒富集和水产品前处理方法的研究,以确定水及水产品诺如病毒快速检测技术。方法:不同水中病毒的浓缩富集方法,不同水产品前处理方法,通过荧光PCR检测比较效果,同时检测实际样本的诺如病毒。结果:两步浓缩法浓缩水中病毒效果比PEG沉淀法好,而两种水产品前处理方法相近,实际样本检测诺如病毒均为阴性。结论:确定了水和水产品诺如病毒快速检测技术,为水系和水产品诺如病毒监测提供依据。     

四种食源性病毒多重反转录-聚合酶链反应检测研究

目的 建立同时检测诺如病毒、轮状病毒、星状病毒和甲肝病毒多重RT-PCR检测方法.方法 以四种食源性病毒的高度保守区为靶序列设计特异引物,优化反应体系和条件,确定多重RT-PCR检测四种病毒的特异性和灵敏度,并初步应用于临床样本中四种病毒的同时检测.结果 在灵敏度试验中得到的轮状病毒、诺如病毒和星状病毒稳定的最高检测限均为50 pg/ml,甲肝病毒为100 pg/ml.在128份临床粪便样本中,其中轮状病毒阳性62份(48.44%),诺如病毒阳性8份(6.25%),星状病毒阳性11份(8.59%),甲肝病毒阳性4份(3.12%).结论 研究所建立的多重RT-PCR方法,在实际应用中能同时处理大量的样本,提高PCR检测方法的能力,可以应用于临床病例的诊断和流行病学调查等研究.     

逆转录—聚合酶链反应用于肾综合征出血热病毒的分型

为建立一种适用基层单位快速进行肾综合征出血热（HFRS）病毒分型的方法，在聚合酶链反应（PCR（检测病毒DNA的基础上，建立检测病毒RNA逆转录－聚合酶链反应（RT－PCR）和套式－PCR方法，以采集的鼠肺和血清标本进行HFRS病毒分型，结果对筛出的3份HFRS病毒阳性鼠肺标本和5份血清均作出准确分型，HFRS病毒均为汉城型。     

轮状病毒星状病毒和甲型肝炎病毒的单管多重荧光定量RT-PCR检测方法研究

目的建立能同时检测星状病毒、轮状病毒和甲型肝炎病毒的单管多重荧光定量RT-PCR方法。方法根据Gen Bank上下载的上述3种病毒基因组保守序列设计引物和探针,建立并分析多重荧光RT-PCR的重复性、特异性和敏感性;以所建立方法对128例病毒性腹泻患者粪便标本进行检测,同时以基因测序进行验证。结果所建立的多重荧光RT-PCR检测方法对轮状病毒、星状病毒和甲型肝炎病毒具有很好的特异性和重复性,轮状病毒灵敏度达到101拷贝,星状病毒和甲型肝炎病毒灵敏度达到102拷贝。128份粪便标本中,轮状病毒和星状病毒的检出率分别为17.97%和3.13%,甲型肝炎病毒未检出。与基因测序比对结果相符。结论用于轮状病毒、星状病毒和甲肝病毒的单管多重荧光定量RT-PCR方法快速、特异且灵敏,可用于临床病原诊断和流行病学调查。     

从大量水中浓缩病毒的简易现场方法

自从大量水中检测和浓缩肠道病毒的方法产生以来,人们作了许多努力以简化这些方法。Wallis等报道,在现场条件下可以用一种轻便的病毒浓缩器将病毒吸附在微孔滤膜上。这种方法的主要缺点是设备体积大,价格高,采样点必须交通方便,需有压缩氮气瓶或发电机等。目前所用的微孔滤膜法都需要正压以浓缩水并洗脱吸附到滤膜上的病毒。所需正压可由电泵     

浙江省蚊媒携带流行性乙型脑炎病毒的分布特点

目的 了解浙江部分地区蚊媒及猪携带流行性乙型脑炎(乙脑)病毒情况以及浙江省存在的乙脑病毒基因型别.方法 于2007年5月至10月在浙江省仙居、龙泉和慈溪3个县人房及猪舍采集蚊虫标本和猪血清,共采集10 662只蚊虫和204份猪血清,蚊虫标本中以淡色库蚊和中华按蚊为主.利用病毒分离和荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法检测蚊虫携带乙脑病毒,应用酶联接免疫吸附剂测定(ELISA)方法对猪血清进行抗体检测.应用荧光定量RT-PCR方法对细胞分离株进行病毒鉴定;利用RT-PCR方法扩增新分离乙脑病毒PrM基因,并对细胞分离到的病毒进行基因分型.结果 在蚊虫标本中检出7批乙脑病毒核酸阳性样本,并分离出3株病毒,经鉴定3株病毒均为乙脑病毒,基因分析表明3株病毒均属于基因Ⅰ型乙脑病毒.猪血清有121份阳性,总阳性率为59.3%.6月份有50%以上的猪血清中乙脑病毒抗体呈阳性.结论 浙江省部分地区存在着乙脑的传播媒介,在蚊媒和猪中携带有乙脑病毒;采集的蚊虫标本中分离到3株病毒,经鉴定为基因Ⅰ型乙脑病毒,是近年来在浙江省首次分离到的基因Ⅰ型乙脑病毒.     

2012年-2014年阳山县急性呼吸道感染儿童流行病毒检测分析

目的了解2012年-2014年阳山县7种常见流行病毒对急性呼吸道感染儿童的感染情况以及病毒的流行特征。方法收集0岁~6岁急性呼吸道感染患儿鼻咽拭子标本,采用多重荧光PCR方法分别检测标本中的7种流行病毒(博卡病毒、鼻病毒、Ⅲ型副流感病毒、甲型流感病毒、呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒、人冠状病毒)。结果共采集标本240份,其中鼻病毒阳性率最高,人偏肺病毒次之,博卡病毒阳性率最低。博卡病毒和鼻病毒在阳山县的感染情况逐年下降,且在女性急性呼吸道感染儿童中没有检出博卡病毒。结论 2012年-2014年里阳山县急性呼吸道感染儿童以鼻病毒感染最为流行,且在秋季多发。     

自然发生SARS病例的病毒基因溯源分析

目的SARS病毒基因分型特别有助于病毒的溯源和控制。方法对GenBank登记的SARS病毒和SARS样病毒等有关病毒序列进行了分析,以牛冠状病毒,鸟冠状病毒和冠状病毒科的Breda病毒为外组,构建了SARS病毒和SARS样病毒系统进化树,并进行单核苷酸变异分析。结果发现两次SARS自然流行的病毒可分为两个明显不同的聚类;首次把第二次流行时从人类中分离的SARS病毒和从果子狸等动物中分离的SARS样病毒分为H和P基因型;H/P型的主要依据在病毒的非结构多蛋白基因序列而不是Spike基因序列。结论两次SARS自然流行的病毒可能以不同的特性感染人类而不是简单的重复。结合流行病学资料,对第二次流行时的SARS病毒进行分子水平的溯源分析,前两例指标患者的病毒和果子狸等动物的SARS样病毒基因序列的直接关系仍不明确。并对SARS病毒的原型、蝙蝠中的冠状病毒牵连等提出了一些新的观点。     

水体中诺如病毒富集技术的研究

目的评估不同实验条件下NanoCeram-PEG富集法对水中诺如病毒(NV)的富集效果,以获得较优的富集方法。方法构建诺如病毒阳性标准质粒,以此为模板,应用荧光定量RT-PCR方法绘制病毒定量标准曲线;将含诺如病毒粪便悬液加入纯净水中,在不同实验条件下经富集操作,富集液经荧光定量RT-PCR方法进行绝对定量并计算最终回收率,从而确定最优富集方法。结果通过病毒定量标准曲线确定荧光定量RT-PCR方法对水中诺如病毒的检测灵敏度为100 copy/μl。本实验通过正交设计方法考察了洗脱液p H值、洗脱速度和PEG浓度3个因素对最终病毒回收率的影响,最终确定在洗脱液流速为300 ml/min,洗脱液p H值为9.5,PEG6000浓度为13%的条件下病毒回收率最高,达到26.55%。结论证明NanoCeram-PEG富集法具有较好的病毒回收率,加以发展将为水源性诺如病毒疫情的溯源提供可靠的实验室依据。     

臭氧对饮用水中诺瓦尔克病毒的消毒效果

诺瓦尔克病毒和其他人类杯状病毒是胃肠炎的主要病原体,而水体是这些病毒主要的传播途径。美国NorthCarolina大学的ShinGA等人用定量RT-PCR方法测定饮用水经臭氧消毒后其中诺瓦克病毒数量的降低,以评价臭氧对饮用水的消毒效果,同时采用RT-PCR和感染性分析方法测定脊髓灰质炎病毒-1和噬菌体MS2的数量降低,以作为对照比较。在pH=7,5℃,臭氧浓度为0.37mg/L的条件下测定病毒5min内的减少量,通过双重RT-PCR分析,诺瓦克病毒在接触时间10s时数量降低超过3个数量级,这与其他两种病毒的在相同的分析方法下的降低量相似,而且通过RT-PCR分…