SIT1基因的单核苷酸多态的研究

目的:通过对信号开始调节穿膜编剧者1基因(SIT1)的单核苷酸多态(SNP)检测,研究SIT1基因与甲状腺功能亢进症Graves病的相关性。方法:使用PCR-测序方法,对SIT1基因的启动子、外显子以及临近的内含子分别在正常人群、甲状腺功能亢进症人群进行测序。结果:SIT1基因有2个高频SNP,对这两个SNP进行基因分型时发现疾病人群和正常人群在不同基因型间差异无统计学意义。但这两个SNP与国际公共数据库公布的SNP完全不同。结论:SIT1基因与甲亢Graves病不相关。SIT1基因的SNP在中国汉族人与外国人存在差别。     

TSHR基因上新发现SNP及其在GD致病中的评价

目的探讨TSH受体上单核苷酸多态性(SNP)与Graves病(GD)的相关性。方法(1)以一GD家系的12个成员(包括3例患者、9例家系成员)为研究对象,抽提外周血DNA,设计引物,扩增TSHR的全部外显子和部分内含子,PCR产物纯化后测序,对TSH受体的SNP进行筛查。(2)应用病例-对照研究方法,检测筛查出的SNP基因型和等位基因变化频率与GD有无相关性。结果共发现8个多态位点,其中第8外显子上的多态位点在SNP库中未见报道,为首次发现。这些多态位点的变化频率在患者与正常组间相比较,无明显统计学差异。结论新发现的SNP及其他多态位点与GD不连锁;提示汉族人TSH受体基因与GD无相关性;该基因的多态位点在不同的人种间存在明显差异。     

UGRPl基因多态性与新疆维吾尔族Graves病相关性研究

目的:探讨UGRPl基因启动子区单核苷酸多态性(SNP)与新疆维吾尔族弥漫性甲状腺肿伴甲亢(Graves病)有无相关性.方法在新疆地区以215例散发维吾尔族Graves病患者及196例维吾尔族健康对照者作为研究对象,采用外周血白细胞抽提DNA,设计引物,多重PCR扩增,应用基因芯片进行SNP位点分析.结果患者UGRPl基因启动子区发现5个多态住点,将这些多态位点的等位基因、基因型频率与对照组比较,无明显统计学差异.其中有两个位点在以往研究中未见报道.结论本研究提示UGRPl基因启动子区单核苷酸多态性与新疆维吾尔族GD可能不相关.     

p53基因甲基化、DNMT3B基因多态性与燃煤型砷中毒关系研究

目的检测p53基因第五外显子＂CCGG＂序列第二个胞嘧啶（C）的甲基化状况,探讨p53基因在地方性砷中毒（地砷病）发生发展中的作用;同时检测DNA甲基化转移酶（DNA methytransferase,DNMT）DNMT3B基因启动子区-149位点C46359T单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）的情况,探讨DNMT3B启动子区-149位点SNP与地砷病易感性是否具有一定的关联。方法采用甲基化敏感性限制性内切酶（Methylation-sensitive restriction Endonuclease,MS-RE）-PCR法,检测118例砷中毒患者和126例正常对照p53基因第五外显子甲基化状况;采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析技术（PCR-RFLP）,检测123例砷中毒患者与126例正常对照DNMT3B启动子区-149位点SNP情况。结果 （1）p53基因第五外显子甲基化率砷中毒组为50.85%,对照组为88.89%,砷中毒组明显低于对照组（P〈0.01）;在砷中毒不同病情组,甲基化率均低于对照组,差异均有统计学意义（P〈0.01）,且随着病情加重,甲基化率有降低的趋势,但差异无统计学意义（P〉0.05）;（2）砷中毒人群DNMT3B启动子区CT杂合型频率为4.89%,TT纯合型频率为95.11%,未检出CC纯合型;对照组人群中DNMT3B启动子区CT杂和型频率为4.76%,TT纯合型频率为95.24%,未检出CC纯合型;该基因该多态位点基因型分布在砷中毒人群和对照组人群中差异无统计学意义（P〉0.05）;经性别、年龄校正,未发现-149多态位点不同基因型与罹患地砷病有关联OR=1.138（95%CI：0.309~4.198,P=0.846）;（3）根据文献报道的数据,将对照组人群与中国北部人群、美国白种人群、英国人群基因型分布进行比较,发现对照组人群与中国北部人群差异无统计学意义（P〉0.05）,与美国白人、英国人比较,差异有统计学意义（P〈0.01）。结论 （1）燃煤砷污染可致砷中毒组人群p53基因第五外显子低甲基化;（2）本次实验未观察到DNMT3B基因启动子区-149位点C46359T SNP与罹患地砷病存在关联;（3）对照组人群DNMT3B基因启动子区-149位点SNP与北方人群报道基因型分布一致,在该基因该位点SNP检测方面为中国人群基因库提供了基础数据。     

中国特发性癫痫病患者CLCN2基因第17号外显子单核苷酸多态性检测与分析

目的 检测中国特发性癫痫人群电压门控门控氯通道2基因CLCN2第17号外显子单核苷酸多态性(SNP)并分析其与特发性癫痫的关系.方法 选取中国195例特发性癫痫患者为研究对象,以162位年龄匹配的非癫痫正常人群做对照,利用PCR-SSCP技术检测CLCN2基因第17号外显子SNP,并进行遗传平衡适合性检验和X2独立性检验.结果 17号外显子C2003G SNP(cDS序列)多态位点等位基因频率,基因型频率在病例组和对照组间分布的差异无统计学意义(X2=0.15,P>0.05,X2=0.47,P>0.05).结论 对于中国人群,C2003G,SNP与特发性癫痫(IE)的发生没有相关性,且该SNP位点表现低度多态.     

线粒体NDUFB6基因单核苷酸多态与2型糖尿病关系的研究

目的:通过对线粒体基因NDUFB6[NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1 beta subcomplex]进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)的检测,对高频率SNP进行基因分型,研究NDUFB6基因与2型糖尿病的相关性?方法:使用PCR+测序方法,以15个2型糖尿病患者和9个正常人为样本,对NDUFB6基因的启动子?外显子以及临近的内含子进行测序以确定该基因的SNP;对高频率的SNP,仍使用PCR+测序方法分别在192个2型糖尿病患者与正常人中进行基因分型?结果:总共发现NDUFB6基因的6个SNP,其中3个SNP出现频率较高?NDUFB6基因启动子的1个SNP(-1211C > T)在2型糖尿病人群与正常人群有显著差异(P < 0.05)?结论:NDUFB6基因启动子的-1211C > T多态性可能与2型糖尿病的发病有关?     

PLUNC基因编码区单核苷酸多态位点G14595T与鼻咽癌的相关研究

目的检查腭、肺及鼻咽上皮克隆（PLUNC）基因编码区单核苷酸多态（SNP）位点G14595T与广东地区鼻咽癌易感性有无明显关联。方法用直接测序的方法检测基因编码区、调控区和侧翼区及部分内含子区,确定SNP位置和类型。用聚合酶链式反应一限制性酶切片段长度多态性（PER-RFLP）结合测序方法对编码区多态性位点G14595T在广东地区239例鼻咽癌患者和286例对照人群中进行相关性分析。结果通过测序共获取9个SNP;其中8个SNP位点之间均呈高度连锁不平衡;3个SNP位点可以作为htSNP;编码区多态位点G14595T在239例鼻咽癌患者和286例对照人群中等位基因型频率差别很小。结论PLUNC基因编码区多态位点G14595T在鼻咽癌患者和对照人群中等位基因型频率差别很小,这说明该位点与中国广东地区鼻咽癌易感性无明显关联。     

甲状腺球蛋白基因多态性与自身免疫性甲状腺病的相关性

目的：检测中国人甲状腺球蛋白（Tg）基因的外显子10,12,33是否存在单核苷酸多态性（SNP）,研究其与自身免疫性甲状腺疾病（AITD）的关系．方法：对228例AITD患者[其中Greaves病（GD）146例,桥本甲状腺炎（HT）82例]和131例健康对照者采用PCR-RFLP方法检测Tg基因外显子10,12和33的SNPs．结果：①Tg基因存在E10SNP24T／G,E10SNP158T／C,分别为E12SNPA／G和E33SNPC／T多态性位点．②四个位点基因型及等位基因频率在AITD组或GD亚组或HT亚组与正常对照组之间差异无统计学意义（P〉0．05）．③E10SNP24与E10SNP158,E12SNP与E10SNP24,E12SNP与E10SNP158之间存在连锁不平衡,D’值分别为0．96,0．73和0．74．④HT患者的E33SNP为C等位基因时,E12SNPA,E10SNP24G和E10SNP158C在同一染色单体的基因频率显著多于对照组（P〈0．01,OR=3．06）．结论：中国北方汉族人存在Tg基因外显子10,12和33的单核苷酸多态性（SNP）,且证实Tg基因与此类人群HT的发病有关．     

X 连锁隐性遗传视网膜色素变性一家系 RPGR 和RP2基因的突变分析

目的：对1个X连锁视网膜色素变性（ XLRP）家系进行RPGR和RP2基因的突变分析。方法采集该家系11个成员（患者3例,正常人8例）的外周静脉血,提取基因组DNA。应用PCR方法扩增RPGR和RP2基因的全部外显子和内含子交界处序列,包括RPGR基因15号外显子开放阅读框,产物直接测序进行突变分析。结果在RP2发现了1个多态数据库已报道的单核苷酸多态（ SNP）;在RPGR基因中发现了11个SNP,其中3个为已知SNP,8个为本研究首次报道。所有序列变异与疾病表型无共分离现象。结论排除了RPGR和RP2基因突变导致该家系XLRP的可能性。     

中国北方汉族人VISA基因相关位点单核苷酸多态性分析

目的〓〖HTK〗分析中国北方汉族正常人群VISA基因相关位点单核苷酸多态性(SNP)的分布特征。〖HTW〗方法〓〖HTK〗用DNA序列测定技术分析100例正常人VISA 基因上下游侧翼序列、外显子及外显子/内含子连接区的核苷酸序列。用核酸序列分析软件与Genbank的VISA基因序列比对，分析SNP的基因型、等位基因分布特点，并与高加索人种比较。〖HTW〗结果〓〖HTK〗发现8个SNP，其中5个为已知的SNP,新发现3个；NCBI数据库中有报道而本研究人群中未出现的SNP位点有6个。中国北方汉族正常人群与高加索人VISA基因多个相关位点基因型及等位基因分布有差异(P＜0.05)。〖HTW〗结论〓〖HTK〗本研究结果对了解中国北方正常人群VISA 基因多态性分布特征有一定的参考价值。     

分拣蛋白受体1基因单核苷酸多态性与散发性阿尔茨海默病相关性

目的 探讨分拣蛋白受体1（SORL1）基因多态性与散发性阿尔茨海默病（SAD）的相关性.方法 采用病例对照研究方法,选取179例SAD患者和106例正常健康对照,利用连接酶检测-聚合酶链反应（LDR-PCR）方法对5个候选SORL1基因多态位点rs985421、rs12364988、rs4598682、rs3781834和rs3781836进行基因分型,比较不同等位基因及基因型与SAD发病风险的关系.结果 SORL1基因SNPrs985421等位基因A的频率在SAD组与正常对照组之间存在显著差异（趋势检验：P=0.0044,Padj=0.022;等位基因：P=0.0023,Padj=0.012）.分层分析发现,在APOEε4等位基因非携带者中,SAD组中SORL1SNP rs985421等位基因A的频率显著高于正常对照组（OR=2.260,95％ CI=1.269～4.024,P=0.0048）.此外,logistic回归分析结果进一步揭示SORL1基因rs985421等位基因A与SAD患病风险显著相关（OR=1.968,95％ CI=1.273～3.042,Padj=0.002）.然而,在其他四个SNPs中并没有观察到任何阳性关联信号.结论 SORL1基因SNP rs985421等位基因A可能与中国人群AD发病有关,并且是非APOE ε4依赖型的独立风险等位.     

骨保护素基因启动子单核苷酸多态性与脊髓型颈椎病的相关研究

目的探讨骨保护素基因启动子149、950T/C单核苷酸多态性与脊髓型颈椎病的相关性。方法提取192例脊髓型颈椎病和192例性别年龄匹配的健康人外周血DNA,聚合酶链反应产物根据限制性内切酶作用后不同分解产物和等位基因来判断每例患者骨保护素的基因型。确定对照组、疾病组不同的基因型及等位基因,评价颈椎病严重度以JOA评分,同时采用颈椎MRI评价病变节段,采用χ2检验比较两组的基因型分布差异。采用两元回归分析来确定脊髓型颈椎病的独立风险因子。结果在疾病组和对照组之间,149T/C基因型分布及等位基因频率间差异存在统计学意义。对于950 T/C单核苷酸多态性,两组分布差异并无统计学意义。对于149T/C基因型,其JOA评分、颈椎MRI受累节段两者差异无统计学意义。Logistic回归分析结果 149 T/C SNP、平均桌面工作时间为脊髓型颈椎病发病的独立风险因素。结论骨保护素149 T/C单核苷酸多态性与脊髓型颈椎病的发病有关,而与其严重度无关。950T/C单核苷酸多态性与脊髓型颈椎病的发病无明确相关性。149 T/C SNP、平均桌面工作时间为脊髓型颈椎病发病的独立风险因素。     

白细胞介素-1β基因多态性与新型甲型H1N1流感的关系

目的 探讨白细胞介素-1β(IL-1β)基因单核苷酸多态性(SNP)与新型甲型H1N1流感易感性的关系.方法针对IL-1β基因5’端的4个SNP位点(rs1143623,rs1143639,rs16944,rs3917345),使用飞行时间质谱分析技术(TOF-MS)对167例H1N1流感组患者和192例健康对照组人群检测其基因多态性.结果 rs16944有A和G两种等位基因,H1N1组A等位基因频率为61.9％,对照组为49.5％,差异有统计学意义(x2=10.761,P=0.001,OR=0.602,95％CI 0.444～0.816);rs1143639有G和A两种等位基因,G等位基因频率在H1N1组中为95.5％,对照组为98.7％,差异也有统计学意义(x2=6.708,P=0.0096,OR=3.564,95％CI 1.281～9.917);其余两个位点在两组人群间无统计学意义.结论 rs16944和rs1143639位点与新型甲型H1N1流感易感性相关.     

IL-23受体基因多态性和Graves病的相关性研究

目的：探讨白介素23受体（IL-23R）基因rs10889677位点多态性与Graves病（简称GD）的关系。方法：从268例上海本地汉族GD患者（其中136例GD眼病患者）和208例正常对照者外周血标本中提取基因组DNA,用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态（PCR-RFLP）技术检测IL-23R基因rs10889677位点变异情况,分析其基因表型、基因频率与GD及其相关眼病的关系。结果：IL-23R基因rs10889677位点基因型和等位基因频率在GD组和对照组中分布差异无显著性（P〉0.05）,且该位点多态性和GD发病年龄及性别均无相关。结论：IL-23R基因rs10889677位点多态性变异,可能不是中国南方汉族人群GD发病的危险因素。     

γ干扰素基因多态性与自身免疫性甲状腺疾病易感性的关系

目的 探讨γ干扰素（IFN-γ）基因多态性与自身免疫性甲状腺疾病（autoinmune thyroid disease,AI-TD）发病易感性的关系.方法 选择汉族弥漫性毒性甲状腺肿（Graves disease,GD）患者（GD组）、桥本甲状腺炎（Hashimoto thyroiditis,HT）患者（HT组）和正常人（对照组）各100例,采用序列特异性引物聚合酶链反应检测等位基因和基因型.结果 GD组IFN-γ基因＋874位点A等位基因的频率明显高于对照组（83.5％ vs.70.5％,P＜0.01）;GD组IFN-γ＋874 AA基因型频率显著高于对照组（72.0％ vs.51.0％,P＜0.01）.HT组中IFN-γ＋ 874位点A及T等位基因的频率与对照组之间的差异无统计学意义（P＞0.05）.结论 在中国汉族人群中,GD患者和正常人之间存在IFN-γ基因＋874位点A等位基因分布的差异.IFN-γ基因＋874位点单核苷酸多态性可能是GD的易感因素.     

CYP8B1基因单核苷酸多态性与胆囊结石病的相关性分析

目的 了解固醇12α羟化酶(Sterol 12α-hydroxylase,CYP8B1)基因单核苷酸多态性(SNP)与中国汉族人群胆囊结石病的关系.方法 采用直接测序法检测CYP8B1基因启动子和编码区序列,确定SNP的位置及类型.对频率>10%的SNP,在胆囊结石病患者和对照者中进行关联研究.结果 在5119 bp测序长度中,共发现11个SNP,1个位于编码区,启动子区5个,3′-非翻译区5个,其中3个为新发现的SNP,而数据库中有12个SNP在本次研究没有检测到.SNP rs3732860的等位基因频率在病例-对照组之间分布差异有统计学意义,病例组A等位基因频率明显低于对照组(P=0.022),携带A等位基因者发生胆石病的危险低于携带G等位基因者(OR=1.465,95%CI 1.055~2.034,P=0.023).结论 CYP8B1基因SNP rs3732860和中国汉族人群胆囊结石形成有关,A等位基因可能对胆囊结石病发病有保护作用.

Abstract：

Objective To identify the single nucleotide polymorphisms of human CYP8B1gene and explore the association of some of these SNPs with gallstone disease in Chinese population.Methods The exon and part of promoter were sequenced by a fluorescent labeling automatic method to identify and characterize the SNPs in Chinese population. For SNPs with an allelic frequency of over 10%, a case-control study was performed in patients and controls.Results Eleven SNPs were found within a 5119 bp region. Among them, 1 was in coding region, 5 in promoter and 5 in 3′-UTR. There were 3 novel SNPs and 12 SNPs in SNP database were not found. The allelic frequency of rs3732860 polymorphism showed a significant difference (P=0.022) in the association study. The subjects with A allele had a significantly lower frequency of gallstone disease than those with G allele (OR=1.465, 95%CI 1.055-2.034, P=0.023).Conclusion SNP rs3732860 of CYP8B1 gene is associated with gallstone disease in Chinese population. And A allele may play a protective role in the pathogenesis of gallstone.     

β_2-AR基因5′-调控区-654位与-1429位单核苷酸多态性与新疆维吾尔族原发性高血压关系的研究

目的：检测新疆维吾尔族人群β2-肾上腺素能受体（β2-AR）基因5′-调控区SNPs,并探讨这些SNPs与新疆维吾尔族EH的关系。方法：应用MALDI-TOF-MS方法测定β2-AR基因5′-调控区-654位与-1429位SNP及类型,并进行基因分型。结果：β2-AR基因5′-调控区-654位与-1429位SNP分别为-654位G→A、-1429位T→A碱基变异。其中-654位SNPs基因型GG、GA、AA频率在正常血压和EH人群间的分布差异无统计学意义（P〉0.05）,位于-1429位SNPs基因型在两组人群中分布差异无统计学意义（P〉0.05）。结论：β2-AR基因-654位与-1429位SNPs可能仅为基因多态性标志。     

冠心病患者L-选择素基因多态性分析

目的观察中国汉族人群L-选择素（L-selectin,SELL）基因4个单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism,SNP）与冠心病（coronaryarterydisease,CAD）的相关性。方法应用荧光标记单碱基延伸及寡核苷酸微阵列芯片杂交技术检测SELL基因rs964555,rs2205848,rs4987318和rs2298900的基因型。结果对照组和CAD组间4个SNP的基因型频率和等位基因频率无统计学差异（P〉0．05）,由rs964555,rs2205848和rs2298900构成的单倍型以CAT型为主,各单倍型频率在两组间无统计学差异（P〉0．05）。结论本研究中SELL基因的4个SNP与CAD的易感性无关。     

Fox j1基因多态性与朝鲜族人群哮喘易感性的相关性

[目的]检测朝鲜族人群Forkhead-box j1(Foxj1)基因的3个单核苷酸多态性(SNP)位点g.-460C＞T,g.1805G＞T,g.3375G＞C的多态性,观察其与朝鲜族人群支气管哮喘易感性的关系.[方法]采用聚合酶链反应法和直接测定序列法检测32例朝鲜族哮喘患者和50例正常对照者的Foxj1基因的单核...